Microbiologie Médicale - Chapitre 1 - PDF

Chapitre 1 Définitions  MICROBIOLOGIE MEDICALE Etude des germes microscopiques qui attaquent l’Homme et peuvent causer des maladies Pr. BEKHTI KHADIJA Laboratoire de biotechnologie et molécules bioactives...

Chapitre 1 Définitions  MICROBIOLOGIE MEDICALE Etude des germes microscopiques qui attaquent l’Homme et peuvent causer des maladies Pr. BEKHTI KHADIJA Laboratoire de biotechnologie et molécules bioactives [email protected]  Objectifs Se familiariser avec: les différents germes pathogènes pour l’Homme connaître leurs formes, leurs modes de transmission leurs actions pathogènes leurs diagnostiques  Germes pathogènes *Bactéries, *Protozoaires parasites, *Champignons microscopiques, *Virus  Relation germe-hôte *Bactéries, *Protozoaires parasites *Champignons microscopiques, Infection /infestation *Virus 1/ virulence du germe 2/ réaction immunitaire de l'hôte Pathologie =maladie  Germes. 1.Commensal : colonise sans provoquer de maladie = flore commensale de la peau ou des muqueuses (intestinal, buccale, vaginale) Joue un rôle dans la protection antibactérienne, dans la digestion et dans la synthèse de vitamines 2.Germe virulent = provoque une maladie * *  Germe virulent 1. Colonisation : cutanée, muqueux 2. Franchissement, atteinte des espaces sous-cutanés ou sous muqueux par élaboration des enzymes L’atteinte des viscères par dissémination hématogène (septicémie) 3. multiplication par développement de stratégies pour échapper aux mécanismes immunitaire * Production de toxines qui agissent à distance ou in situ sur les cellules et les organes.  Différents types de germe virulent Opportuniste Pathogène stricte  Phases de l'infection 1. phase de latence ou incubation 2. phase d'état ou maladie  Spécificité de l’infection Spécificité d'espèce : Capacité d’un germe à coloniser un hôte (génétique) Tropisme tissulaire Spécificité de l’infection Étroite Large Notion de réservoir Hôte qui héberge un germe sans signe de maladie  Mode de transmission contact inhalation digestion transfusion transplacentaire  Sources des infections Infection endogène Infection exogène Nature de l’infection exogène Épidémique endémique Pandémique Nature de l’infection endogène Sporadique  Effet pathogène/Pathologie/maladie Cutanée peau Cutanéo-muqueuse peau, muqueuse Viscérale tube digestif (Gastroentérite) Pulmonaire poumon (pneumopathie) Hépatique Foie (hépatite), Endocardite Cœur Nephretique Rein(néphrite) vaginite, prostatite Appareil uro-vaginal cystite, urétrite) Méningite Méninge otite, sinusite, angine ORL * septicémie le sang Bactéries pathogènes pour l’Homme Cocci à Gram+ Cocci à Gram- Bacille à Gram+ Bacille à Gram+ Spirochètes Mycobactéries BAAR acides gras ramifiés à longue chaîne carbonée Bactéries pathogènes Cocci à Gram+ et à Gram- Cocci à Gram+ Staphylococcus Streptococcus  STAPHYLOCOCCUS S.aureus responsable de divers pathologies S.epidermidis S.haemolyticus, responsables des IU Caractère épidémiologique de Staphylococcus aureus 1.Infections suppurative cutanée. Furoncle ’impétigo bulleux Folliculites Impétigo Panaris Furoncle  2.Infection suppurative ORL extension locorégionale méningites sinusite, otite)  3.Infection suppurative profonde infection urinaire Pneumonie 4. Infection suppurative nosocomiale Selon le site  Infection non suppurative d’origine toxique Syndromes cutanés staphylococciques Syndrome d’exfoliation généralisée : syndrome de Ritter ou de la peau ébouillantée. Infection non suppurative d’origine toxique Choc toxique staphylococcique Fièvre Hypotension Rasch cutanée Intoxication alimentaire  Diagnostique Clinique : Prélèvement d’un biotope pathologique 1. Culture et isolement Gélose nutritive différentielle – Gélose BCP (BromoCrésol Pourpre) – Gélose CLED ( Bleu de Bromo Thymol) Virage au jaune Fermentation du lactose  Contrôle de qualité: Prélèvement d’un aliment Et diagnostique dans les laboratoires d’hygiène Gélose nutritive sélective Gélose Baird Parker Incubation à 42°C (tellurite Potassium et Gélose Chapman le chlorure de lithium. ) (teneur élevée en NaCl) Colonies Staph aureus dans le Chapman acidifie noires, brillantes (réduit le tellurite en tellure). le milieu car il fermente le mannitol entouré d'un halo transparent ( lécithinase +) et d'un liseré opaque (lipoprotéinase +)  Identification BIOCHIMIQUE La coagulases libre: exo enzyme transformant le fibrinogène en fibrine. incuber 4 heures à 37°C un mélange plasma de lapin oxalté + bouillon Cœur Cervelle où a été cultivé le germe étudié. catalase+ Si le fibrinogène, soluble dans H2O2 H2+O2 le plasma, se transforme en fibrine solide, un caillot se formera au fond du tube. St. epidermidis ou St. aureus.St haemolyticus, enzyme de catalyse de ADN) en nucléotides St aureus DNase Fermentation du glucose sans gaz milieu ADN Révélation Dans le kligler bleu de toluidine  STREPTOCOCCUS S.pyogène= S.groupe A S.agalactiae=S.groupe B S.pneumonia=S.non goupable  S. pyogènes = S groupe A Réservoir Humain / rhinopharynx Opportuniste Pathologie Pathologie suppurative suppurative Pathologie non suppurative fièvre 39°C, Hypotension Érythrodermie Syndrome Streptococcique = la scarlatine angine érythémateuse Complication post-streptococcique Rhumatisme Articulaire Aigu(R.A.A) touche principalement le cœur et L'érysipèle les reins complication Cellulite  Diagnostique  Recherche des ASLO : anticorps antistreptolysine O par un test sérologique Culture sur gélose au sang frais  petites colonies beta hémolytique  Sérogroupage type A  Streptococcus agalactiae Réservoir : animal et Humain (Flore intestinale /tractus urogénital féminin). Infection Urinaire Infections néonatales pneumonie méningite septicémie  DIAGNOSTIQUE  culture sur gélose au sang frais petites colonies avec zone d’hémolyse beta  Identification de l'espèce par sérogroupage agglutination des particules de latex sensibilisées avec des anticorps anti- streptocoques du groupe B. PROPHYLAXIE  Steptococcus pneumoniae= pneumocoque Réservoir: Homme (rhinopharynx) Germe non groupable capsulé Transmission: aérienne Germe : opportuniste Pathologie pneumonie otite Sinusite méningite.  Diagnostique LCR, culture sur gélose au sang frais: Test à l optochine colonies alpha hémolytiques, sel de cuivre, l'éthyl-hydrocupréine Technique antibiogramme Zone d’inhibition >12mm sensible à l’optochine Gram+:Diplocoque en forme de 8. 95% des SOUCHES sont sensibles TEST DE LYSE à LA BILE ( desoxycholate de sodium 2%) Les souches de S. pneumoniae sont lysées par la bile  COCCI à GRAM- Neisseria meningitidis, NEISSERIA Neisseria gonorrhoeae Diplocoque à face aplatie capsulé Aérobie ,+ CO2(5-10%). Fragiles exigeant Oxydase + (cytochrome oxydase) Catalase +  NEISSERIA MENINGITIDIS Réservoir Transmission Pathologie humain voie aérienne méningite (rhinopharynx)  DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE Examen du LCR Isolement : Culture sur gélose enrichie et 5 à 10/° de CO2. colonies lisses, translucides, de 1 à 3 mm, non hémolytiques Catalase +, oxydase+  NEISSERIA GONORRHOEAE ou gonocoque Réservoir Transmission Pathologie muqueuses voie vénérienne Blennorragie Uro-génitales Homme Ecoulement jaune verdâtre. Complication stérilité. ulcérations de la cornée chez le nouveau née  DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE Prélèvement goutte matinal chez l’homme et au niveau de l’ endoccol chez la femme. Examen directe germes intracellulaires au sein des polynucléaires Culture : milieux riches et sélectifs en ajoutant des antimicrobiens : Vancomycine (3 µg/ml); Colistine(7,4 µg/ml) et Fungizone (2 µg/ml) Bactéries pathogènes BACILLE à Gram-  Enterobacteriaceae Coccobacille droits à Gram négatif mobile, aéro-anaérobie facultatif fermentant le glucose et le lactose Oxydase – Catalase + Réservoir : intestin Transmission : ingestion endogène L identification en genre et espèce est de nature biochimique. L’identification en serotype est fonction de l’AgO, l’Ag H et l’Ag K  Germe Eschirechia Proteus, Infection urinaire ** Klebsiella, Gastroentérite*** opportunistes citrobacter, Pneumonie morganella, Méningite Serratia, providentia Gastroentérite Salmonella typhoïde pathogènes strictes Shigella Dysenterie Yersinia peste  Germes opportunistes Exemple : Escherichia : E coli. 80 % de la flore aérobie de l’intestin des mammifères sont des Ecoli Des pathovars E coli uro-pathogènes infections urinaires basses (cystite, urétrite) ou hautes (pyélonéphrites)  méningites néonatales : Infection materno-fetale (sérotype K1) E coli gastro-intestinale Ingestion eau ou aliments contaminés par les excréments: 1. E coli enter pathogène : ECEP O :26,55 ,86,111,119,125,126, 127 ;128,142 Vomissement /tapissent le duodénum et le jéjunum par des fimbriae 2. E coli entéroto-toxinogène : ECET diarrhées aiguë passagère : deux entérotoxines (LT thermolabile et ST thermostable) 3.E coli entéro-hémorragique : ECEH diarrhée hémorragique grave sérotypes O : 157 :H7 toxine Shiga-like Toxin 4. E coli entéro-invasive ECEI diarrhée sanglante fièvre élevée. Envaissement et penetration dans les cellules épithéliales du colon 5. E coli enteroagrégants Diarrhée chronique : Adhèsion et augmentation de la sécrétion de mucus Pathogènes strictes: Salmonella  Physiopathologie phagocytose induite dans les cellules épithéliales Lamina propria S mineures S majeurs Lyse … LPS Pathogènes strictes: Shigella S.dysenteriae sérotype1*** Réservoir : TD Homme Dysenterie bacillaire Physiopathologie Pathogènes strictes Yersinia pestis Réservoir : rongeurs Les cadavres peuvent contaminer les sols et les terriers pendant de nombreuses années. Germe Toxinogène*** Transmission: vecteur ou par inhalation PESTE Transmission par les puces Pathologie: septicémie mortelle  Diagnostique des entérobactéries Infection urinaire : ECBU (examen cytobactériologique des urines  Dysenterie : examen coprologique Recherche des bactéries dans les selles avec mucus et sang Enrichissement (50ul) 3à6h /37°) Vert brillant,thiosulfate,tétrathionate, iode. Isolement dans SS (Sels biliaires-vert brillant) Uréase - Salmonella Shigella Salmonella:mannitol+,lactose- H2S+citrate- Shigella = H2S- CITRATE- Ecoli = indole + stéréotypage  Hygiène alimentaire Recherche des Salmonella et Shigella dans les aliments HEKTOEN (sels biliaires, fuchsine acide ) Autres bacilles à Gram -  Vibrio cholerae. Réservoir Transmission TD Homme ingestion d’eau contaminée Pathologie CHOLERA Diagnostique enrichissement : eau peptonée ph9 isolement sur milieu sélectif TCBS Glucose + Nitrate réductase + ; Oxydase +  Légionella Réservoir : hydro-tellurique  Les tours d’eau des grandes structures **  milieu riche en Fer et zinc T= 25-45 °C. pH de 5,5 à 8,5. bactérie intracellulaire se retrouve dans les amibes de l’eau et dans les biofilms Biofilm Quorum sensing Contamination Inhalation de gouttelettes d’eau chargées de bactéries Etat pseudogripale fièvre, frissons, céphalées, la dégradation de l’état général et douleurs musculaires (myalgies). la gravité dépend ( pneumonie ) âge (> 50 ans) tabagisme  l’exposition prolongée ou fréquente Diagnostique  1984: Gélose sélective GVPC incubation plus de 3jours à 37 atmosphère enrichie en CO2: les colonies gris-bleu, bord net et rosé, avec un aspect de verre frité à la loupe binoculaire identification immunologique IFI  Bordetella pertussis Réservoir : Humain Vaccination obligatoire Pathologie : Coqueluche Diagnostique: clinique Haemophilus  Pseudomonas æruginosa Ubiquitaire non exigeant pathogène opportuniste, Colonise une grande diversité de tissus Persistance sur les surfaces inertes  Isolement Translucides Colonies vertes à bleus Muqueuses Oxydase +