Microbiologie PDF - 2022-2023

Louise-Adèle Bernier MA1 2022-2023 Bactéries d’intérêt médical – Bactéries aérobies/aéro-ana facultatives Bactérie aérobie = bactérie l’O2 est requis pour sa croissance Bactérie aéro-anaérobie facultativ...

Louise-Adèle Bernier MA1 2022-2023 Bactéries d’intérêt médical – Bactéries aérobies/aéro-ana facultatives Bactérie aérobie = bactérie l’O2 est requis pour sa croissance Bactérie aéro-anaérobie facultative = bactérie dont l’O2 n’est pas nécessaire pour sa croissance Paroi bactérienne Paroi bactérienne rigide, composée mince avec des d’une couche épaisse protéines de transport de peptidoglycan GRAM POSITIF Coques Catalase = oxydoréductase qui catalyse la dismutation du peroxyde d’hydrogène en eau et en dioxygène (2 H2O2 à O2 + 2H2O), on observe un dégagement gazeux. - Catalase + - Test de la coagulase pour distinguer S.aureus des autres staph : s’il y a coagulation du plasma sanguin = coagulase + à S.aureus, sinon c’est coagulase -. - Réservoir naturel = homme et animaux au sang chaud Staphylococcus sp. - 4 types : S.aureus à maladies médiées par des toxines, cutanées et autres. S.epidermidis à bactériémie, endocardite, plaies chirurgicales, infections du tractus urinaire, infections opportunistes des cathéters, dérivation, prothèses, dialysats péritonéaux.  S.saprophyticus à infections du tractus urinaire, infections opportunistes : possède des pili qui lui permettent de remonter l’urètre. S.lugdunensis à endocardite, arthrite, bactériémie, infections opportunistes et infections urnaires. S.haemolyticus à bactériémie, endocardite, infections des os et cartilages, infections urinaires, infections des plaies et infections opportunistes. Staphylococcus aureus - Coagulase + - MRSA = résistance à la méthicilline - Infections liées à la production de toxines ou à sa prolifération - Facteurs de virulence : - Infections pyogènes : Furoncles Infections de plaies Abcès Impetigo (bulleux) Mastites Bactériémies Ostéomyélites Pneumonies Endocardites Folliculites - Infections médiées par les toxines : Syndrome de la peau ébouillantée à les toxines (exfolliatines A et B) reconnaissent des récepteurs sur la couche de l’épiderme et provoquent le décollement de la peau Intoxication alimentaire 2  Syndrome du choc toxique à toutes les souches de staph doré ne produisent pas de TSST et toutes les femmes ne sont pas porteuses du staph doré. - Leucocidine de Panton-Valentine (PVL) = toxine composée de 2 heptamères qui vont avoir une attirance pour les leucocytes (GB). Elle n’aurait pas une action directe sur nos cellules mais sur les GB et serait responsable d’infections cutanées, d’épidémies dans des groupes avec une grande promiscuité (groupes sportifs etc), d’infections pulmonaires nécrosantes très grave. On peut donner de la clindamycine pour traiter ces infections. Soit la toxine est produite en faible qtt et est internalisée dans les GB où elle va réagir avec les mitochondries en stimulant l’apoptose de la cellule. Soit elle est produite en grande qtt et elle va engendrer une cytolyse de la cellule par dégranulation des GB ce qui provoque des dommages tissulaires (inflammations). - 6 genres dont micrococcus, Kocuria, Kytococcus - Commensaux de la peau (peu impliqués dans les infections) Micrococcus sp - Parfois pathogènes opportunistes - Catalase + - Catalase – - 3 groupes selon si la bactérie consomme partiellement, complétement ou pas du tout le sang dans la gélose : Streptococcus sp ⍺-hémolytique : - On distingue S.pneumoniae et S.viridans grâce à l’optochine à pneumocoque y est sensible alors que viridans y est résistant. - S.viridans à flore buco-pharyngée Anginosus (S.constellatus/intermedius/anginosus) à abcès dans le cerveau, l’oropharynx ou dans la cavité péritonéale. Mitis (S.pneumoniae/oralis/mitis) à formation du film sur la plaque dentaire : endocardites, sepsis chez les patients neutropéniques, pneumonie, méningites. Mutans (S.sobrinus/mutans) à caries, bactériémies Salivarius (S.salivarius) à bactériémie, endocardite S.suis à méninigites, bactériémie, syndrome du choc toxique streptococcique 3  - S.pneumoniae à commensal des voies respiratoires supérieures Pneumonies à frissons, fièvre, toux productive avec expectorations sanglantes Méningites (passe la BHE depuis la sphère ORL ou rejoint le sang depuis les poumons, provoque une septicémie) à maux de tête, fièvre, septicémie : par contigüité ou voie hématogène. Bactériémie à patients immunodéprimés, splénectomisés : plus de GB produisant les ac dirigés contre les bactéries encapsulées. β-hémolytique : - Font partie de la classification de Lancefield car contiennent le polyoside C. - On fait le test d’agglutination pour catégoriser les bactéries en fonction de la nature du polyoside C à on mélange la bactérie avec un latex contenant des ac et si le déterminant antigénique, A pour pyogene ou B pour agalactiae, est présent alors on aura un réseau d’agglutination entre les ac et le déterminant ag : on saura que dans tel milieu il y a les ac dirigés contrer le déterminant ag A par exemple, s’il n’y a pas d’agglutination alors ce n’est pas S.pyogene mais s’il y a agglutination alors on confirmera la présence de cette espèce. - Ono distingue les 2 espèces grâce à la bacitracine : S.pyogene y est sensible alors que S.agalactiae y est sensible. - S.pyogenes à groupe A (streptococcoque mangeur de chair) Possède des protéines M permettant l’adhérence aux cellules et sécrète des enzymes. 4  Responsable d’infections suppuratives : ü Pharyngite à on ne recherche que les strep du groupe A dans ce cas ü Scarlatine à rash érythémateux, complication de la pharyngite ü Pyoderma à vésicules de pus sur la peau ü Erysipèle à infection localisée de la peau avec douleur, inflammation, … ü Cellulite à complication de l’érysipèle si plus profond dans les tissus cutanées ü Fasciite nécrosante à évolution de la cellulite qui s’étend jusqu’au muscle et les tissus adipeux, des exotoxines sont produites ü Syndrome du choc toxique streptococcique Responsables d’infections non supuratives : ü Fièvre rhumatoïde ü Glomérulonéphrite - S.agalactiae : bactérie du groupe B Dépisté au niveau vaginal sur un milieu chromogène dont le substrat change de couleur quand la bactérie est présente. Portage sain dans le tube digestif et le vagin à transmission par l’ingestion de liquide vaginal ou de liquide amniotique par le NN à la naissance. Responsable de : ü Maladie précoce néonatale à dans les 7 jours après la naissance, signes de pneumonie, méningite et sepsis. ü Maladie néonatale tardive à apparait + d’1 semaine après la naissance, bactériémie avec méningite (mortalité basse mais séquelles). ü Infection chez la femme enceinte à surtout présente en cas d’endométriose post-partum, infections de plaies, infections urinaires, bactériémies et complications disséminées. ü Infections chez les ID, patients avec pathologie sous-jacente à mortalité accrue, bactériémie (= bactérie dans le sang), pneumonie, infections des os et cartilages, infection de la peau et des tissus mous. 𝛾-hémolytique : Enterococcus Flore buco-pharyngée et intestinale Surtout infections nosocomiales 40 espèces dont E.faecalis et E.faecium Diplocoques ou chainette Pas d’hémolyse ou alors très faible Résistants à la chaleur (30 min à 60°C) Croissance entre 10 et 40°C Résistants à la bile et au NaCl 6,5% Hydrolyse l’esculine en esculétine (= hétéroside à base de glucose) qui forme un complexe noir avec le fer Responsable de : ü Infections urinaires à dysurie et pyurie chez les patients hospitalisés avec cathéters urinaires et recevant des céphalosporines ü Péritonite à après opération abdominale, les patients sont fébrile, positifs aux cultures sanguines, infections polymicrobiennes. ü Bactériémie à associées à une infection localisées ou une endocardite ü Endocardite à infection des valves ou de l’endocarde associée à une bactériémie persistante. Facteurs de pathogénicité : résistance aux AB et capacité d’adhésion et de formation de biofilms. 5  Bacilles - Catalase – - Flore normale de la bouche, gastro-intestinale uro-génitale (vagin à protection via l’acide lactique) - Généralement non pathogène, ce sont plutôt des contaminations On peut la trouver dans les urines lorsqu’on a contamination par les sécrétions vaginales = bacille de Doderlein à permet l’acidification du vagin pour empêcher la prolifération bactérienne. Lactobacillus sp. - Probiotiques : L.casei - Infections (surtout chez les ID) : Plaque dentaire, caries Endocardite : L.rhamnosus provenant de l’hygiène dentaire et d’une valve lésée Abcès Bactériémie à translocation bactérienne, secondaire à l’abcès, endocardite ou d’une pneumonie. - Catalase + - Produit des spores à servent à la survie pour permettre à la bactérie de subsister dans un environnement défavorable. Quand l’environnement redevient favorable à la bactérie, le phénomène inverse de la sporulation s’active càd la germination afin que la bactérie puisse se multiplier (Clostridium difficile produit des spores également). - Majoritairement saprophytes (= tire les nutriments des déchets). - B.anthracis à maladie du Charbon (anthrax), crée des ulcères avec une coloration noirâtre lorsqu’on est exposé à des animaux contaminés, agent de bioT. Infecte l’organisme par 3 voies : par les spores, l’environnement et les animaux. La spore peut s’introduire par contact cutané, par ingestion ou par inhalation. Une fois entrée, elle est prise en charge par des macrophages au seins desquels elle germine car c’est une environnement favorable, elle rejoint ensuite le sang et se Bacillus dissémine vers le SNC grâce à la lymphe. Elle produit une toxine oedémateuse et une toxine létale qui stimulent le SI engendrant la libération de cytokines pro- inflammatoires. L’anthrax cutané (papules douloureuses évoluant en ulcères avec formation d’escarres) provient de la dissémination par la lymphe, s’il est non traité il provoque le décès dans 20% des cas. L’anthax gastro-intestinal provoque le décès dans 100% des cas si non traité (ulcères menant à des lymphoadénoapthies, oedèmes et sepsis). L’anthrax pulmonaire est rare, les spores doivent être transportées par les macrophages alvéolaires dans le système lymphatique. Les facteurs de pathogénicités sont la capsule, la toxine oedémateuse et la toxine létale. 6  - B.cereus à aspect cireux en culture. 2 formes cliniques : ü Une forme émétique avec vomissements qui apparaissent et disparaissent rapidement, provoquée par une toxine thermostable trouvée par exemple dans du riz recuisiné = intoxination. ü Une forme diarrhéique provoquée par une toxine thermolabile produite par les spores ingérées (légumes, viandes) qui germinent avec multiplication de la bactérie, il faut donc un certain temps avant de voir les symptômes = infection. Gastroentérite = forme émétique. Infections oculaires à rapide, destruction progressive de l’œil : perte de perception en 48h. Maladie pulmonaire sévère (rare) à un peu comme l’anthrax chez les ID. - Catalase + - Ne produit pas de spores - Ubiquitaires des plantes et des animaux, c’est un commensal important de la peau - Colonisent les voies respiratoires supérieures, la peau, GI et GU - Aspect très sec et matte sur boite de pétri - C.jeikeium à septicémie, endocardite, infections de plaies, infections à cause de corps étrangers (cathéters). - C.urealyticum à infestions urinaires - C.amycolatum à infections de plaies, infections dans les corps étrangers, septicémie, infections urinaires, infection respiratoires - C.pseudotuberculosis à zoonose, lymphadénite, ulcère lymphangite, abcès, diphtérie respiratoire - C.ulcerans à diphtérie respiratoire - C.diphteriae à diphéterie, pharyngite et endocardite (non toxinogènes). Transmission par droplets ou contact Incubation de 4-10 jours Formation de pseudo-membrane = couche qui ressemble à une membrane et qui se forme à la surface d’une muqueuse (bactéries, lymphos, débris cellulaires, fibrine). Principalement humain Portage oropharynx/peau Corynebacterium La vaccination protège contre la maladie mais pas contre le portage à recommandée mais non obligatoire. Diphtérie respiratoire : pharyngite exsudative, gorge irritée, une des complications est l’asphyxie par réduction du pharynx mais il y a aussi des complications cardiaques et neurologiques chez les patients malades résultant de la production de la toxine diphtérique (exotoxine pantrope) ayant une action sur toute une série de cellules différentes. Diphtérie cutanée : papule qui progresse en un ulcère au niveau de la peau non douloureux. Maladie connue depuis l’antiquité et qui a beaucoup frappé au XIXème siècle Sérothérapie Plusieurs recrudescence d’épidémies à vaccination généralisée mais encore une dizaine de cas depuis qui sont surtout des formes cutanées (C.ulcerans) chez les autochontes et touchant + les femmes. Maladie à déclaration obligatoire : Corynebacterium toxinogène. Prise en charge : prélèvement de gorge et de plaie, antibiothérapie (rifampicine car résiste à la pénicilline et l’érythromycine), isolement, déclaration ,vaccination, recherche de source, antitoxine. Sujets à risque : personnes non vaccinées ou mal protégées, précarité, terrain débilité, voyageurs dans les pays endémiques, vétérinaires, personnel de santé, ID. 7  Recrudescence en 2022 : ü 92 cas dans 7 pays depuis septembre ü Surtout forme cutanées, souche toxinogène ü Diagnostiquées à l’accueil dans les centres de réfugiés ü Causes : augmentation de la promiscuité, provient des patients afghans et syriens actuellement (migrants), augmentation de la circulation dans les pays d’origine, augmentation du risque de transmission dans les structures spécifiques (centre accueil migrants des pays endémiques) ü Risque très bas pour la population générale, risque bas pour les personnes exposées dans les centres et complètement vaccinées, risque modéré pour les personnes travaillant dans les centres et étant ID ou incomplètement vaccinés. ü Mesures : dose booster si pas complétement vaccinés, vaccination du personnel, isolement des cas probables et des cas conformés jusqu’à avoir 2 cultures négatives après prise d’AB, dépistage des cas contacts, information des cliniciens, surveillance et rapportage des cas, éviter la surpopulation, s’assurer des testing. - Catalase + - Ne produit pas de spores - Bactérie intraC - Croissance entre 4-45°C - Pousse dans le frigo = germe psychrophile à porte d’entrée digestive (⚠ différent de Legionnella qui pousse dans les milieux chauds). Veiller au pH, la salinité et la chaleur + pasteurisation - Péritriche - Ubiquitaires des eaux, des sols et des végétaux - Épidémies avec mortalité élevée mais sous-estimation probable du nombre de cas car des infections passent inaperçues, seuls les cas sévères sont rapportés. - Populations à risques : ID en général (cancéreux, infection du SI, cirrhose, hémodialyse, femmes enceintes et nourrissons, traitement aux anti-acides). - Listeria monocytogenes : Présence dans les aliments (poissons crus et fumés, fromages au lait cru non pasteurisés, charcuterie cuite, viande crue, produits pré-emballés, melon pré-coupé) Listeria qui s’explique par les procédés de préparation. On a un relais de la bactérie de l’intestin vers le système lymphatique qui relaye vers le foie ou la rate : la bactérie se multiplie, provoque une bactériémie secondaire, est amenée vers le SNC ou le placenta. Symptomatologie variable : va du syndrome grippal (T°, nausées, vomissements, diarrhée) à la méningite à incidence difficile à évaluer car souvent non rapporté. Maladies néonatales : apparition précoce avec avortement spontanés, surtout au cours du dernier trimestre et si NN 20% décèdent ou apparition tardive à 2-3 semaine de naissance causant méningites ou méningoencéphalite avec septicémie où 10% des NN décèdent ou ont des séquelles. Maladie chez l’adulte sain : syndrome grippal avec ou non gastroentérite Maladie chez la femme enceinte ou patient ID : bactériémie ou hypotension et méningite. Attention à la T° du frigo, à l’hygiène, laver les fruits et légumes, attention aux dates de péremption à recommandations. N’altère pas le goût des aliments, troubles digestifs passent souvent inaperçus. 8  GRAM NEGATIF Coques - Neisseria gonorrhoeae = gonocoque MST fréquente +++ : peut se trouver au niveau génital et au niveau de la gorge Habitat préférentiel = voies urinaires et muqueuses génitales à toujours significatif quand on en trouve. Infections hospitalières les plus fréquentes : ü Blennorragie = gonorrhée à écoulement purulent au site impliqué après 2- 5 jours d’incubation (urètre, col de l’utérus, épididyme, prostate, anus). ü Infections disséminées à se dissémine de l’appareil génito-urinaire à partir du sang vers les articulations : rash érythémateux avec pustules et arthrites. ü Opthalmie des NN à invasion de l’épithélium urétrale, prise en charge par les macrophages avec libération de cytokines et chemokines qui recrutent les GB et polynucléaires expliquant l’écoulement purulent au niveau de l’œil. - Neisseria meningitidis = méningocoque Commensal des voies respiratoires supérieures mais germe responsable de Neisserria sp méningites Habitat préférentiel = nasopharynx de l’homme à colonisation Coque en grain de café dans le LCR = diagnostic Portage +/- 20% Facteurs de virulence : capsule, endotoxine, IgA protéase à passe l’épithélium nasopharyngé par transcytose ou phagocytose et rejoint la circulation sanguine où il y a une action sur les vaisseaux (le lipopolysaccharide des bactéries GRAM – engendre la stimulation du SI) se caractérisant par des pétéchies (points rouges) et un déplacement vers les méninges (confusion, fatigue, raideur de nuque). Infections hospitalières les plus fréquentes : ü Méningites cérébrospinales à inflammation purulente des méninges associées à des céphalées, de la fièvre. Mortalité élevé sauf si instauration rapide d’un traitement AB. ü Méningococcémie à infection disséminée caractérisée par une thrombose des petits vaisseaux sanguins et une atteinte de plusieurs organes, des pétéchies sen transformant en lésions hémorragiques plus larges. ü Pneumonie à forme plus bénigne de la maladie à méningocoque caractérisée par une bronchopneumonie chez les patients présentant une maladie pulmonaire sous-jacente. ü Syndrome de Waterhouse-Friderichsen 9  Bacilles Non fermentante = ne fermente pas le glucose mais possède une oxydase permettant le métabolisme de la bactérie. - Les entérobactéries ne possède pas d’oxydase (pas de coloration violette lors du test). - Fermentent le glucose - Aérobie anérobie facultative - Non fastidieux - Pas de spore - Mobile (flagelles) ou immobile - +/- 50 genres et centaines d’espèces dont qlqs espèces sont infectieuses - Ubiquitaire des sols, de l’eau, des végétaux et de la flore intestinale - Pathogène strict, opportuniste et commensal du tube digestif Gastro-entérite : 4 agents en cause systématiquement recherchés à Salmonella, Shigella, Yersinia et Campylobacter. - Escherichia coli : Enterobacteriaceae Ce sont les antigènes des flagelles qui permettent de caractériser les entérobactéries. Par exemple, E.Coli peut être caractérisée par les lettres O et H qui sont des déterminants de structure. On peut la trouver dans les infections urinaires, les pyélonéphrites ou les cystites aigües car elle possède des pili qui lui permettent de s’accrocher et de remonter l’urètre. On va la mettre en culture sur un milieu CLED qui est le milieu différentiel pour les infections urinaires, il permet de différencier les bactéries qui fermentent ou non le lactose. Bactérie commensale dans le tractus gastro-intestinal mais peut acquérir des facteurs de virulence (phages et plasmides = éléments génétiques mobiles pouvant conférer des résistances) et générer des infections opportunistes. E.Coli est l’agent principal des infections urinaires communautaires (80%) La moitié des septicémies (bactériémies) à entérobactéries sont liées à E.Coli. Les pays les + touchés sont les pays d’Afrique et d’Asie du Sud-Est. 10  La contagion intervient par l’ingestion d’aliments contaminés (les ruminants étant le principal réservoir d’E.Coli), la consommation d’eau souillée ou par le contact avec un animal ou une personne contaminés. Transmission féco-orale à important de se laver les mains, de laver les surfaces de travail et les plats, d’éviter de consommer des tomates/concombres/salades crues, chauffer le lait cru jusqu’à ébullition et bien cuire la viande. 3 types importants : 1) E-toxinogène = ETEC : contamination par l’eau et la nourriture, provoque des diarrhées aiguës aqueuses sévères. C’est la cause majeure de déshydratation chez les enfants et les touristes (diarrhée du voyageur). Le tableau clinique résulte de la toxine pouvant être sensibles ou résistantes à la chaleur et d’adhésines. 2) E-pathogène = EPEC : transmission de personne à personne, cause de diarrhée infantile dans les pays en voie de développement. Provoque des diarrhées aqueuses, des vomissements et peut être persistant, est pathogène via l’adhésion des pili. 3) E-hémorragique = EHEC et autres STEC (shiga-toxin producing) : se répand de personne à personne (féco-oral), via l’eau et via la nourriture. C’est la cause majeure de diarrhée sanglante dans les pays industrialisées. Le tableau clinique se caractérise par un syndrome d’hémolyse urémique, de l’anémie et une dysfonction rénale. 4) E-aggrégant Certaines souches engendrent des tableaux cholériformes et d’autres dysentériques avec des diarrhées sanglantes : Provoque des infections non GI : ü Infections UTI (tractus urinaire) via les pili de type IV à origine intestinale puis la bactéries, grâce à ses pili, remonte l’urètre, la vessie et va jusqu’au rein. Possède aussi des adhésines et des hémolysines. Ces infections sont plus fréquentes chez les femmes car la taille de l’urètre est plus court. ü Méningites néonatales à cause majeure d’atteinte du SNC avec le streptocoque agalactiae (GBS) chez les NN de moins de 1 mois. Il y aurait un rôle de l'antigène capsulaire K1 (75% des souches). ü Septicémies à d’origine urinaire ou GI, mortalité élevée chez une personne immunodéficiente ou si origine abdominale ou SNC. - Klebsiella : K.pneumoniae et K.oxytoca Infections qu’elles provoquent : ü Pneumonies lobaires communautaires ou nosocomiales à destruction nécrotique des alvéoles, formation de cavités et production de mucus. ü Infections des plaies et tissus mous ü Infections du tractus urinaire (UTI) ü Responsable de chancre 11 - Proteus sp : Forme des vagues quand elle se multiplie à la surface de milieu au sang ce qui empêche de visualiser les autres bactéries présentes sur le milieu de culture à on utilise alors le milieu CLED car il est déficient en électrolytes pour les infections urinaires. Propriétés biochimiques et enzymatiques : ü Produit du sulfure d’hydrogène à dégradation d’aa soufrés ou réduction du thiosulfate, précipite en sulfure métallique noir en présence d’un indicateur (sel de fer dans un milieu SS, Hektoen, XLD, …). ü Est uréase positive (URE+) à toutes les bactéries hydrolysent l’urée mais seule une uréase très active aboutit finalement à la réaction, comme le Proteus ou Corynebacterium urealyticum. Le CO2 et le NH3 produit lors de l’hydrolyse se combinent et donnent du carbonate d’ammonium qui alcalinise le milieu, faisant apparaître une coloration rose/rouge. Proteus mirabilis : UTI avec production massive d’uréase qui augmente le pH urinaire à cristaux de struvite (Mg) et d’apatite (Ca) provoquant des lithiases urinaires (calculs), il y a une action toxique sur l’épithélium urinaire. - Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Serratia, … : Rares chez les individus immunocompétents, surtout des infections nosocomiales chez les NN et les immunodéficients. Elles sont parfois difficiles à traiter car elles ont des profils de résistance via la production de carbapénémases. - Salmonella sp : Milieux Hektoen, XLD Salmonella enterica : il y a 3 espèces et + de 2500 sérovars, plusieurs souches de S.enterica varient entre elles par leur déterminant antigénique de surface mais la plupart des salmonelles qui infectent l’humain sont S.enterica subsp enterica (60% sérovars et 99% des infections humaines) à le sérotype n’est pas en italique. Réservoirs = alimentation : œufs, produits laitiers, poulets. Les sérotypes strictement humains sont S.Typhi et S.Paratyphi à transmission féco- orale inter-humaine, portage asymptomatique. Facteurs prédisposants à l’infection : barrière gastrique (gastrectomie), barrière intestinale, microbiome (AB), déficits immunitaires, tumeurs solides, atteinte de la vésicule biliaire (endroit privilégié que les sérotypes choisissent pour coloniser et former des biofilms). Infections : ü Salmonelloses (Salmonella non typhi) à asymptomatique (GEA), bactériémie, infection extra-intestinale. è Gastro-entérite : symptômes classiques de gastro après 24h si le patient a une bonne immunité et guérison spontanée après 7 jours mais si patient fragile, on donne des AB. ü Fièvres thyphoïdes (S.Typhi et Paratyphi) à strictement humain, porteurs asymptomatique, tropisme pour la circulation sanguine, cas sévères (d’abord une phase de bactériémie puis réinfection secondaire avec symptômes digestifs qui apparaissent plus tardivement). è Fièvres entériques : 10-14 jours après l’ingestion (incubation longue alors que pour les non typhi c’est 6-72h), fièvre croissance avec au début des plaintes non spécifiques pendant 1 semaines puis infections graves 3-4 semaines après suivies de manifestations GI. Dans nos régions, les fièvres entériques sont des cas importés, rares. Cycle de l’infection : il y a d’abord une phase bactériémique, la bactérie arrive dans le TD et profite des cellules M pour se retrouve au niveau des macrophages en passant par les plaques de Peyer. Elle rejoint ensuite la rate et le foie via la voie sanguine puis colonise la vésicule biliaire (= réservoir des porteurs sains), crée des biofilms. Enfin, il y a réinfection de l’intestin : c’est à ce moment-là que les symptômes apparaissent. 12 - Shigella sp. : Pathogène entérique qui ressemble fort à E.Coli mais qui sont séparées grâce au tableau clinique. 4 espèces et 50 sérogroupes : Ø S.dysenteriae à infections les plus sévères Ø S.flexneri à pays en voie de développement Ø S.sonnei à pays industrialisés Ø S.boydii à peu fréquents Shigellose : ü Réservoir strictement humain avec une transmission inter-humaine par la voie féco-orale, la dose infectante est très faible donc la transmission est rapide. ü Double mécanisme d’infection : invasion de la muqueuse colique + Shiga toxine. ü 1ère manifestation = diarrhée aqueuse profuse > entérotoxine ü Principales caractéristiques : crampes abdominales basses, ténesme, pus et sang dans les sang > invasion de la muqueuse colique. - Yersinia sp. : 3 espèces pathogènes pour l’homme : Y.Pestis, Y.enterocolitica, Y.pseudotuberculosis Yersinia pestis : ü Agent de la peste noire dont le véhicule est la puce du rat (bacille filtrée au niveau des aiguilles du pro-ventricule). ü Forme bubonique et forme pulmonaire : ü Aujourd’hui, la peste est facilement traitée par des AB ü Elle est endémique à Madagascar : 75% des cas mondiaux, recrudescence saisonnière, forte épidémie urbaine en 2017, 80% des cas sont des formes pulmonaires. Yersinia enterocolitica/pseudotubeculosis : ü Entérocolites à alimentais ou eaux contaminés, saison froide, incubation de 10 jours avec apparition des symptômes pendant 1-2 semaines. Atteinte de l’iléon terminal peut mimer l’appendicite, formes chroniques. Sérogroupes 03 et 09. ü Septicémies, abcès intra-abdo, hépatites, ostéomyélites. 13  - Vibrio sp. : Transmission par les eaux contaminées, inter-humaine à problèmes sanitaires Plus de 100 espèces dont V.cholerae (pays dont l’hygiène est précaire), V.parahaemolyticus (dissout dans le sang), V.vulnificus (infection de plaies). - Vibrio cholerae : Aérobie-anaérobie facultative Oxydase + Incurvé à visible +++ à l’examen microbiologique Fermente le lactose et le glucose Croissance entre 14-40°C Halophile = aime le sel Pathogenèse du cholera : 200 sérogroupes (0-ag) dont 01 et 0139 sont toxinogènes (cholera-toxine) à toxine dimérique thermolabile, se fixe au ganglioside GM1 qui est le récepteur glycolipidique de la membrane des entérocytes. Active l’adénylate cyclase des entérocytes, provoquent une augmentation intraC d’AMPc et une fuite hydrique (excrétion de Na+). Infections : ü Cholera à diarrhée soudaine (syndrome cholériforme), selles liquides et Vibrionaceae vomissements avec comme conséquences : déshydratation, acidose métabolique et hypokaliémie avec choc hypovolémique. ü Gastro-entérite à peut être provoquée par les autres sérotypes. - Vibrio parahaemolyticus : ü Gastro-entérite à douleurs abdominales, selles aqueuses, maux de tête, fièvre. ü Infection de plaie à associé à l’exposition aux eaux contaminées. - Vibrio vulnificus : infections de plaies avec érythèmes, formation de bulles, nécrose tissulaire, septicémie comme complication avec pour conséquence une réaction inflammatoire importante. Représente 90% des décès à Vibrio aux USA, dûe à l’ingestion de fruits de mer ou à l’exposition aux eaux contaminées. - Aeromonas sp. : 30 espèces dont 12 sous-espèces responsables de gastro-entérite (diarrhée), d’infection de plaie et d’infection opportuniste. - Oxydase + - Non fermentants - Pathogène opportuniste (hôpital, ID ou trauma) - Pseudomonas aeruginosa : Aérobie strict Croissance aisée, entre 4-42°C (environnement chaud et humaide) Peu de nutriments requis Pseudomonas sp. Pigments : pyocyanine, pyoverdine, pyorubin à coloration variant du rouge au verdâtre. Odeurs caractéristiques de massepain, amande, odeur de cuir sur les boites de pétri mais odeur puante au niveau des plaies. Aspect métallique sur boite de sang Ubiquitaires des sols, eaux, matières en décomposition Réservoirs humides à l’hôpital (lavabos, toilettes, fleurs, matériel d’entretien, nourritue, dialyse, désinfectants). Pas de portage sauf chez les patients ID ou hospitalisés (biofilm chez les patients atteints de mucoviscidose) 14  Facteurs de virulence : Manifestations cliniques : ü Infections respiratoires à asymptomatique à nécrosante, mucoviscidose, maladie pulmonaire chronique, neutropéniques. Souches muqueuses difficiles à éradiquer car forme des biofilms. Les AB à large spectre et la ventilation prédisposent au développement de la maladie. ü Infections cutanées à colonisation et infection de brûlures allant au sepsis, folliculite après un jacuzzi/épilation. ü Infections urinaires à cathéters urinaires à demeure, AB à large spectre ü Infections auriculaires à otites externes parfois malignes (patients âgés ou diabétiques, forme sévère pouvant endommager les nerfs crâniens et os) ü Infections oculaires à ulcère cornéen (prolifère dans le liquide de conservation des lentilles et pousse dans l’espace cornéen). ü Bactériémies à pousse dans le sang à partir d’un foyer respiratoire, mortalité important selon le type de patients concernés, les souches résistantes et la difficulté du traitement ainsi que la virulence inhérente au germe. Provoque parfois un echtyma gangrenosum (ulcération cutanée). ü Endocardites à rares, chez les drogués. - Autres bactéries non fermentantes, plus résistantes aux AB, provoquant des infections opportunistes, font du corum sensing dans le biofilm (mucoviscidose, germe ORL au départ) : Burkholderia cepacie à infections pulmonaires et opportunistes (UTI). Burkholderia pseudomallei à infections pulmonaires (asymptomatique jusqu’à la formation d’abcès). Stenotrophomonas maltiphilia à infections opportunistes chez ID exposés à des AB à large spectre. - Non fermentante - Oxydase – Acinetobacter sp. - Responsable d’infections pulmonaires (opportuniste chez patients ayant une thérapie respiratoire) et d’infections de plaies. 15 Louise-Adèle Bernier MA1 2022-2023 Bactéries d’intérêt médical – Bactéries anérobies Bactérie anaérobie = bactéries qui n’ont pas besoin de l’O2 pour leur croissance (Bactéroides fragilis). GRAM POSITIF Bacilles - Sporulés - Coloration variable (C.clostridioforme, C.ramosum) - Certains sont aérotolérants (C.tertium) - 200 espèces dont qlqs unes sont pathogènes - Clostridium tetani : 40-78% de mortalité si non traitée Déjection des chevaux, objets rouillés, terre. Clostridium Inoculation de la spore au niveau d’une lésion cutanée, libération d’une neurotoxine qui agit au niveau du SNC à libération continue d’Ach et inhibition de la libération du GABA. ü Tétanos généralisé : spasme musculaires et implication du SNA dans les cas graves (arythmie, déshydratation, transpiration, fluctuation de la pression artérielle). ü Tétanos localisé : spasmes musculaires limités à la zone d’infection. ü Tétanos néonatal : touche le cordon ombilical, très haute mortalité. - Vaccins  - Clostrioides difficile : Production de 2 toxines Responsable de : ü Diarrhée associée à la prise d’AB (clindamycine, pénicillines, céphalosporrines, fluoroquinolones) à source exogène (spores) ou endogène (5% porteurs dans le TD), la prise en charge repose sur l’arrêt de ce qui a développé la maladie. ü Colite pseudomembraneuse à diarrhée profuse, douleurs abdominales, fièvre, fausse membrane au niveau du côlon composée de débris cellulaires et de GB. Les spores peuvent être véhiculés par les mains des soignants en hôpital : épidémie de gastro dans les unités de soin, difficile à éradiquer dans il faut éradiquer l’agent, nettoyer à l’eau de javel, nettoyer ses mains à l’eau et au savon (résistance au gel hydroalcoolique) et voir si la toxine est présente chez les patients qui souffrent de diarrhée puis le mettre en isolement. - Clostridium perfringens : Ubiquitaire : sol, eaux, tractus GI homme et animal. Infections de la peau et des tissus mous : possèdent des enzymes qui lysent les cellules sanguines et détruisent les tissus à contamination de plaie ou trauma par introduction de la spore qui germe et prolifère puis produits les enzymes. ü Cellulite : oedèmes et érythèmes localisés, formation de gaz dans les tissus mous, généralement non douloureux. ü Myosite suppurative : accumulation de pus au niveau des muscles sans nécrose ni symptômes systémiques. ü Myonécrose : rapide destruction des muscles, propagation systémique avec mortalité élevée. Gastro-entérite à contamination par les aliments via l’entérotoxine : ü Crampes abdominales, diarrhée aqueuse, pas de fièvre, nausée, vomissements, guérison spontanée. ü Entérite nécrosante : destruction aiguë et nécrosante du jéjunum avec douleurs abdominales, vomissements, diarrhée sanglante et péritonite. - Clostridium botulinium : Dans l’environnement, les végétaux, les lacs, les déjections des oiseaux, stérilisation inappropriée des bocaux. Production de la toxine botulique qui agit au niveau des synapses en empêchant la libération d’Ach provoquant une paralysie flasque : yeux qui tombent, mâchoire qui tombe, difficulté à parler et à avaler, vision qui se trouble, risque cardio-pulmonaire. ü Botulisme alimentaire : vision trouble, sécheresse de la bouche, constipation, douleurs abdominales, évolution vers une faiblesse descendante bilatérale des muscles périphériques avec paralysie flasque. ü Botulisme infantile : symptômes initialement non spécifiques qui progressent en une paralysie flasque et un arrêt respiratoire. ü Botulisme des plaies : idem que le botulisme alimentaire mais incubation plus longue et moins de symptômes gastro-intestinaux. ü Botulisme d’inhalation : apparition rapide des symptômes et forte mortalité. - Anaérobie ou aérotolérant - Touche la peau, la conjonctive, l’oropharynx, l’appareil génital - Production d’acide propionique Propionibacterium sp. - P.acnes (Cutibacterium) : Acné > réaction inflammatoire Infections opportunistes sur prothèses et dispositifs IV Hémocultures : contamination  - P.propionicum : abcès dentaire et infection du canal lacrymal. Coques - Sensible à la vancomycine - Colonise la bouche, le tractus GI et uro-génital, la peau. Peptostreptococcus sp. - Infection quand ils disséminent vers des sites normalement stériles. - Souvent dans des flores mixtes à difficile de déterminer alors la contribution de chaque germe mais rôle pathogène bien confirmé. GRAM NEGATIF Bacilles Très pathogène chez l’humain à infections intra-abdominales, gynécologiques, de la peau et des Bacteroides fragilis tissus mous, bactériémie. Louise-Adèle Bernier MA1 2022-2023 Bactéries d’intérêt médical – Bactéries capnophiles et microaérophiles Bactérie capnophile = bactérie qui préfère le CO2 Bactérie microaérophile = bactérie qui n’a besoin que de moins de 5% d’O2 GRAM NEGATIF Bacilles - Oxydase – - Agent de vaginoses bactériennes à lors des frottis vaginaux, elle est retrouvée au niveau des clue cells (cellules épithéliales) è Souvent associée à Mobiluncus et aux lactobacilles à + on a de lactobacilles mieux on Gardnerella se porte = score de Nugent bas (le score est d’autant plus élevé que la flore est déséquilibrée càd + de Gardnerella et – de lactobacilles). - Rôle pathogène controversé - Pousse difficilement - 2 espèces : P.multocida et P.canis à pathogènes des animaux. P.multidocida (fréquente) : infections des morsures, maladie pulmonaire chronique, bactériémie, méningite chez patients ID. Pasteurella sp. P.canis : infections des morsures, peu commune. - Capsule composée d’acide hyaluronique - Commensaux de l’oropharynx d’animaux sains à contamination par le biais de griffures ou morsures. - Coccobacilles gram négatif à problème de diagnostic pour les méningites à méningocoque car ressemble aux coques en grain de café Agents responsables de méningites : Streptocoque pneumoniae, Listeria, E.Coli, Streptocoque agalactiae, Neisseria meningitidis et Haemophilus. - Fermentants - Auxotrophes = incapables de synthétiser elles-mêmes leur composant, ont besoin d’apports Haemophilus de nutriments extérieurs. En l’occurrence, Haemophilus a besoin des facteurs X et V (NAD) - Pousse sur gélose chocolat - Colonisent les voies respiratoires supérieures (souches non capsulées) - 6 types capsulaires, 8 biotypes à le sérotype b responsable de méningites chez les enfants est moins présent grâce à la vaccination, aujourd’hui ce sont surtout des souchess sans capsules qui causent les infections.  - H.influenzae Infections invasives : Pneumonie, méningite, épiglottite, cellulite, bactériémie/septicémie, arthrite septique. Infections non invasives : otite, sinusites, exacerbation de BPCO, conjonctivite. Facteurs de virulence : capsule (protège de la phagocytose), fimbriae (adhésion), IgA protéases, LPS (présent chez toutes les GRAM -, stimule la production de cytokines). Facteurs favorisants : surinfection de viroses, obstruction de l’élimination de sécrétions respiratoires, diminution de la clearance des microorganismes par l’escalateur muco-ciliaire, diminution de l’immunité. Souche b chez les patients ayant des déficits immunitaires et non vaccinés. Fréquente dans le monde et moins aux USA - H.aegyptius Conjonctivite Peu commune - H.ducreyi Chancre Peu commune aux USA - H.parainfluenzae Bactériémie, endocardite, infections opportunistes Rare - H.haemolyticus Infections opportunistes Rare - H.parahaemolyticus Infections opportunistes Rare - Croissance sur chocolat en CO2 - Aspect de piqûre et odeur d’eau de javel - Colonisation de l’oropharynx - Opportuniste chez les ID ou trauma de la cavité orale Eikenella corrodens - Infection de morsure humaine (los de bagarre par exemple) à effraction de la barrière cutanée de la bouche et les bactéries entrent dans la peau. - Responsable d’endocardite, sinusite, méningite, d’abcès cérébral et de pneumonie si la bactérie passe dans le sang. - Souvent polymicrobien (anaérobie). - Diagnostic microbiologique difficile car difficulté de la faire pousser - Capnophile ou anaérobie strict, polymorphe Capnocytophaga sp. - Pathogène occasionnel, infections systémiques cheez les ID - C.canimorsus : zoonoses, états septiques graves. - Microaérophile - Forme de virgues ou vol d’oiseaux - Milieux sélectifs, culture avec des AB, filtration - Thermophiles, apprécient la chaleur : croissance à 37-42°C - Volaille = réservoir - C.jejuni, C.coli Campylobacter - C.lari, C.fetus, C.upsaliensis - Espèces émergentes (orales) : C.concisus à sous-espèces pathogènes ou non. C.rectus à pousse en anaérobiose, identification difficile, responsable d’abcès cérébraux, infections pulmonaires, d’infections extra orales si dissémination par le sang. 2  - Principale cause de gastro-entérite bactérienne à la campylobactériose est la 1ère cause de diarrhée bactérienne en Europe. ü Syndrome dysentérique ü Souvent spontanément résolutif ü Diarrhées, nausées, douleurs abdominales, fièvre ü AB pour les patients fragiles, plaintes récidivantes et clinique plus sévère ü Transmission via la viande de bœuf, la viande moins cuite, contamination croisée lors de barbecues (pic saisonnier en été), consommation d’eau ou de lait, jeunes chiots (C.upsaliensis). - Réservoir = humains, primates, cochons. - Microaérophile - Pousse sur milieu sélectif à 30-37°C à culture et identification difficiles. - Flagelle polaire à mobilité +++ - Uréase + à permet de survivre à l’acidité gastrique, alcalinise le milieu. - Transmission féco-orale à hygiène et traitement importants Helicobacter pilory - Responsable de gastro-entérite, d’ulcères peptiques, d’adénocarcinome gastrique. è Gastrite aiguë qui peut devenir chronique avec des fibroses de la muqueuse gastrique pouvant évoluer vers des ulcères (85% sont gastriques et 95% des ulcères duodénaux sont liés à H.Pylori) à peut évoluer en cancers. - Nausées, vomissements, lourdeur - Prévalence + importante dans les pays en voies de développement, beaucoup d’enfants sont contaminés avant 10 ans. 3 Louise-Adèle Bernier MA1 2022-2023 Bactéries d’intérêt médical – Bactéries sans croissance sur milieux usuels SPIROCHETALES Spirochetaceae - Possède une membrane de gram – (sans peptidoglycan) mais n’est considéré ni GRAM – ni GRAM + - Au niveau de la taille, les Borrelia sont plus larges que les tréponèmes (0,2-0,5 x 8-30 µm) - Responsable de la maladie de Lyme et fièvre endémique récurrente - Parfois visible en microscopie optique (T° récurrentes) - Microaérophile - Nutrition complexe - La plupart des espèces ont pour vecteur une tique : Ixodes.ricinus et les hôtes seraient des rongeurs et mammifères à 10% des tiques sont infectées, une fois qu’elles le sont, elles vont produire des larves qui vont se transformer en nymphes qui vont contaminer l’humain de manière accidentelle. è La tique doit rester attachée 12 à 24h pour transmettre la bactérie à l’homme (souvent de jeunes adultes). - Lorsqu’une tique infectée fait une morsure à un humain, il y a 1-2% de risque de maladie mais Borrelia génère peu de réponse inflammatoire. Par contre, il y a diffusion au voisinage du site d’inoculation puis par voie hématogène vers les tissus articulaire, le SNC et le cœur. - L’évolution clinique de la maladie de Lyme se fait en 3 phases : 1) Érythème migrant = dissémination de Borrelia dans la peau (évolue de manière centrifuge à Borrelia partir du site de dissémination) à pathognomonique = diagnostic posé car c’est une burgdorferi manifestation essentielle à la maladie de Lyme en phase primaire. ü Présent dans 50% des cas au niveau des membres inférieurs ü 2 à 30 jours après, on voit un halo rouge centrifuge ü À peu près 15cm, pas toujours présent, peut passer inaperçu et différentes formes ü Les symptômes sont fièvre, fatigue, douleurs musculaires. 2) Atteintes de la peau, du SNC et des articulation si non traité car essaimage de la bactérie dans les liquides biologiques à résolution spontanée ou évolution vers la phase 3. 3) Tardive disséminée à ça peut arriver des mois ou des années après mais c’est assez rare. Le rôle de la bactérie est discuté, on ne connait pas bien les phénomènes immunitaires. - Les complications les plus fréquentes sont neurologiques et articulaires. - Le diagnostic repose sur la clinique, les données biologiques étant normales comme il n’y a pas de syndrome inflammatoire. ü Examen sérologique par ELISA et Western Blot génère des FP par réactions croisées et des FN en stade primaire, il faudrait des Ig intrathécale pour atteindre le SNC et une séropositive seule ne permet pas de poser le diagnostic. ü Culture et détection du génome dans le LCR par des labos de référence, spécificité excellente mais sensibilité faible. - Les tréponèmes (T.pallidum et T.carateum = Pinta) sont des spirochètes enroulés de 0,1-0,2 x 6-20 µm, ils ont 3 flagelles périplasmiques càd enchâssés entre la membrane cellulaire et la membrane externe. On ne peut pas les mettre en culture et ils ne sont pas visibles au microscope optique par Treponema Giemsa ou Gram car ils sont trop fins, on fait donc de la fluorescence et de la microscopie à fond noir. pallidum - Le diagnostic repose sur un test sérologique. - La syphilis est un facteur de risque d’IST chez les personnes jeunes. - Il y a 2 classes épidémiologiques : une précoce qui est contagieuse et qui arrive en – d’1 an et une tardive après 1 an depuis le chancre et qui est non contagieuse.  - Si elle est symptomatique, il y a 4 stades cliniques dont le dernier est neurologique. 1) Stade primaire 3 semaines après l’infection par transmission sexuelle (incubation de 10 à 90 jours) à chancre et lymphadénopathie = ulcération superficielle, dans 2/3 des cas, au point d’inoculation, circonscrite, riche en spirochètes, non douloureux, souvent aypique avec une guérison spontanée en 2 mois mais l’induration et les adénopathies persistent plusieurs semaines. 2) Stade secondaire = phase de dissémination septicémique, correspond à 1/3 des patients non traités et arrive 6 semaines après le premier ulcère en persistant jusqu’à 6 mois. On voit apparaitre des éruptions cutanées (rahs) en 2 phases successives : ü Roséole à éruption précoce, macules roses sur le tronc, 3-10 mm ü Syphilides à tardives, papules rouge-sombre indurées, 3-5 mm parfois squameuses, sur le tronc. Atteinte classique des paumes et plantes mais inconstante (contagieux si érosives car la bactérie sort des papules). ü On voit aussi des symptômes grippaux, plaques muqueuses, atteintes systémiques dûes à la bactériémie, alopécie en clairière, … 3) Il peut y avoir une phase latente qui est asymptomatique et peut durer des années avec un risque d’évolution vers la syphilis tertiaire si non traité. 4) Stade tertiaire : assez rare car les AB sont donnés avant mais se caractérise par des manifestations viscérales de la syphilis tardive jusqu’à 30 ans après l’infection chez les individus non ou mal traités, c’est un stade non contagieux et sévère au cours duquel il y a une multiplication active des bactéries dans l’organisme. On voit des lésions granulomateuses associant destruction et fibrose : ü Gommes à indurations de 2-3 cm, indolentes, sans adénopathies, évoluant en 4 stades : crudité, ramollissement, ulcération, cicatrisation (affaissement du nez). Dans les tissus sous-cutanés, muqueuses, os, viscères ou SNC. ü Syphilis cardio-vasculaire 5) Neurosyphilis peut être présente aussi aux stades secondaires ou tertiaires. ü Symptomatique chez 5-10% des sujets non traités, de 1 mois à 30 ans après le chancre. Peut être précoce (méningite, syphilis vasculaire cérébrale, formes ophtalmiques) ou tardive (classiquement , rare : gommes, paralysie générale, maintenant : troubles du comportement, de la mémoire, désorientation). ü Asymptomatique à anomalies biologiques du LCR de signification pronostique non péjorative. - Syphilis congénitale : infection in utero latente, malformations organiques ou mort fœtale. Souvent, pas de manifestation clinique à la naissance (60%) ensuite on voit apparaître une rhinite suivie d’un rash maculo-papulaire, des malformations osseuses et dentaires puis de la cécité, surdité, des atteintes cardiaques fréquentes chez les survivants. - Épidémiologie : Islande, Espagne, Malte, UK. Souvent les hommes homosexuels de 25 à 35 ans. Leptospiraceae - Spirochètes enroulés de 0,1 x 6-20 µm avec des crochets terminaux et des flagelles périplasmiques - Aérobie strict - Croissance à 28-30°C sur milieux enrichis à culture possible (pendant 4 mois, avec des inhibiteurs) - Sur base du pouvoir pathogène, on a identifié 2 espèces mais sur base moléculaire, on en a identifié Leptospira sp. 22 dont 10 qui sont pathogènes pour l’homme à + de 300 sérovars et 24 sérogroupes - Responsable de la leptospirose = « maladie du rat » car la contamination se fait par le rat ou via des lésions cutanées au contact d’eau (kayak, pêche, …) elle-même contaminée par des urines de rat, le chien contaminé par une morsure de rat est également une source (sous-estimée) possible via ses urines qui pourraient contaminer l’homme tout comme les urines des animaux d’élevage (vétérinaires, égouttiers, …). 2  ü Bactériémie avec dissémination à de nombreux organes et SNC après pénétration cutanée ou par les muqueuses à altérations cellulaires et libération de cytokines à cause de la libération d’enzyme et endotoxines. ü Clinique : la pénétration de la bactérie se fait via une abrasion cutanée ou conjonctive, l’incubation est de 2 à 21 jours puis il y a un début brutal de la maladie suivi d’une évolution biphasique bactériémique et immunologique. Les symptômes sont non spécifiques, il y a un polymorphisme clinique important ce qui fait que le diagnostic est difficile. Cependant, on retrouve 2 formes classiques de la maladie : anictérique pseudo- grippale et ictérique pluri-viscérale. § Forme anictérique pseudo-grippale = forme la plus fréquente (80%), symptômes grippaux (fièvre, maux de tête et myalgies, arthralgies) avec parfois une injection conjonctivale ou un exanthème morbiliforme, une hépato ou splénomégalie. Le patient est bactériémique et on peut isoler le micro-organisme dans le LCR même sans signe méningé, la résolution de la maladie se fait en 1 semaine ou évolue vers la phase 2. § Forme ictérique pluriviscérale = maladie de Veil : des manifestations viscérales d’intensités variables et diversement associées apparaissent au 3ème jour du syndrome fébrile à manifestations hépatiques avec un ictère, rénales avec IRA et rhabdomyolyse, neurologiques avec méningite et méningo-encéphalite, cardio- vasculaires avec myo- ou péricardites et état de choc CV, hémorragiques avec atteinte cutanéo-muqueuses ou viscérales et thrombopénie et enfin, plus rarement, manifestations pulmonaires avec douleurs thoraciques, toux, dyspnée et hémoptysies (sang + mucus expulsés par la toux). À cause d’ac anti-plaquettes, le patient souffre d’hémorragies +/- occultes et dans 5 à 10% des cas de patients souffrant de cette forme, c’est la létalité. GRAM - - Petites bacilles intraC facultatifs - Croissance fastidieuse à 2-6 semaines à 37°C en milieu humide et en présence de CO2 - Réservoir animal, transmission par contact direct ou vecteurs - Fièvre récurrentes et lésions ango-prolifératives à expression clinique varie avec le statut immunitaire du patient - L’espèce la plus rencontré est Bartonella henselae responsable de la maladie de la griffe du chat transmise par les chats et puces et donnant comme symptômes des adénopathies régionales chroniques (= gonflement des ganglions). ü Physiopathologie : la bactérie a un tropisme pour les cellules endothéliales et les hématies ce qui donne lieu à une bactériémie intra-érythrocytaire chez le chat. Bartonella sp. § Patient immunocompétent : infection du ganglion poche du site d’inoculation à la bactérie se met dans les macrophages des ganglions lymphatiques. § Patient ID : angiomatose bacillaire ou peliose hépatique (= prolifération anarchique pseudo-tumorale de vaisseaux capillaires sous l’influence des bactéries à néo- vascularisation. ü Clinique : la bactérie entre par voie cutanée = siège éventuel d’une papule érythémateuse, parfois nécrotique. Il y a une période d’état avec une fièvre parfois isolée et une adénopathie unique ou limitée à 1 site souvent cervical ou axillaire, unilatérale, inflammatoire, sensible, parfois peu ou pas douloureuse, qui persiste 2-4 mois avec éventuelle suppuration. Il existe cependant des formes atypiques avec un syndrome oculo- glandulaire de Parinaud. 3  § Angiomatose bacillaire : lésions cutanées papulonodulaires uniques ou multiples, superficielles rouge-violacé, parfois incolores. § Péliose hépatique ou splénique : prolifération de capillaires (diagnostic histologique) § Endocardite : chez les patients porteurs d’une anomalie valvulaire au contact des chats à cause fréquente d’endocardite à HC négatives. - Intracellulaire obligatoire - Ont été considérés comme des virus car passent les bougies de Chamberland mais ont en fait des membranes similaires aux bacilles gram - , contiennent ADN et ARN, possèdent des ribosomes, synthétisent leurs protéines et acides nucléiques et sont sensibles aux antibiotiques. - Cycle clinique : les corps élémentaires (EB) sont absorbés par les cellules, sont infectieux mais métaboliquement inactifs (ne savent pas se multiplier) donc ils se réorganisent en corps réticulés (ER) métaboliquement actifs, ils se multiplient donc mais sont non infectieux. Ceux-ci se réorganisent ensuite en corps élémentaires qui sont libérés à l’extérieur de la cellule. - 2 genres et 3 espèces importantes en clinique : Chlamydia trachomatis : pathogène humain, trachome oculaire, maladie oculogénitale, pneumonie infantile. ü Les récepteurs pour les corps élémentaires de C.trachomatis sont l’œil, le tractus respiratoire et le tractus génital. ü 2 biovars : trachome et LGV (lymphogranulomateuse vénérienne). ü Responsables d’infections humaines : § Trachome : inflammation chronique granulomateuse sur la surface de l’oeil, allant jusqu’à l’ulcération de la cornée, des cicatrices, la formation de pannus et la cécité. § Conjonctivite chez l’adulte : écoulements purulents, dermatite, infiltrats cornéens et vascularisation cornéenne en cas de maladie chronique. § Conjonctivite néonatale : écoulements purulents, vient d’une infection génitale de la mère à l’accouchement. § Pneumonie infantile : après 2-3 semaines d’incubation, l’enfant développe une rhinite évoluant en bronchite avec toux sèche. Chlamydiae § Infections urogénitales : écoulements muccopurulents, asymptomatique et fréquent chez les femmes. § Lymphogranulome vénérien : ulcère (guérit spontanément), inflammation et gonflement des ganglions régionaux puis symptômes systémiques. Chlamydophila pneumoniae : pathogène humain, provoque des bronchites, pneumonies, sinusites, pharyngites, maladie artérielle des coronaires. ü Transmis par sécrétions respiratoires (gouttelettes) ü Responsable d’infections respiratoires qui peut aller de l’asymptomatique ou bénin à la pneumonie atypique grave nécessitant l’hospitalisation avec toux persistante et malaise. ü Provoque de l’athérosclérose mais controverse ü Se multiplie et persiste dans les voies respiratoires puis se dissémine via les monocytes. Chlamydophila psittaci : pathogène des oiseaux, provoque une pneumonie. ü Les personnes exposées à ce pathogène sont les vétérinaires, gardiens de zoo, pet shops, volaillers, … ü Contamination par inhalation ü Responsable d’infections respiratoires qui va de la colonisation asymptomatique à la bronchopneumonie sévère avec infiltration locale de cellules inflammatoires, nécrose et hémorragie ü Maladie sous-estimée car souvent asymptomatique, le contact avec les oiseaux est non connu, il n’y a pas de test sérologique pour confirmer la maladie et prise d’AB. ü Se multiplie dans les voies respiratoires, est transportée dans les macrophages vers le foie et la rate puis fait une dissémination hématogène à atteinte systémique (atteintes respiratoires, complications rénales, neurologiques et hépatiques possibles. 4  MYCOPLASMA et UREAPLASMA - Ce sont les plus petites bactéries autonomes - Elles n’ont pas de paroi à résistent à de nombreux AB - Ont des stérols membranaires - Pléomorphiques (= capacité d’avoir différentes formes les conditions) - Passent le filtre de 0,45 µm mais ne sont pas des virus vu qu’elles ont une division binaire, une croissance sur milieux artificiels, contiennent ADN et ARN. - Anaérobies facultatifs sauf M.pneumoniae qui est aérobie strict - Croissance lente - Il existe 4 espèces dont 3 sont impliquées dans les infections des voies respiratoires et 3 dans le tractus génital : Mycoplasma pneumoniae : ü ExtraC ü Strictement humain ü Adhésion via la P1 adhésine à destruction des cellules ciliées du tractus respiratoire ü Superantigène ü Modification des lipoprotéines de surface ü Responsable de trachéobronchite, pharyngite, pneumonie, complications secondaire (neurologiques, péricardite, anémie hémolytique, arthrite, lésions cutanéo-muqueuses). Mycoplasma genitalium : ü Infections du tractus urogénital ü Urétrite non-gonococcique, inflammation pelvienne Mycoplasma hominis : ü Infections du tractus respiratoire et urogénital ü Pyélonéphrite, fièvre du postpartum, infections systémiques chez les ID Ureaplasma urealyticum ü Infections du tractus respiratoire et urogénital ü Urétrite non-gonococcique, pyélonéphrite, avortement spontané, naissance prématurée 5 Louise-Adèle Bernier MA1 2022-2023 Bactéries d’intérêt médical – Mycobactéries - Ni gram +, ni gram -. - Bacilles aérobies, non sporulés et immobiles - Paroi cellulaire riche en lipides = surface hydrophobe à résistantes aux AB et détergents - Acido-alcoolo-résistants (BAAR) grâce aux acides mycoliques qu’elles contiennent à pas de décoloration - Coloration avec de la fushine ou auramine - Croissance lente (8 semaines), sur milieux et solides et liquides - 150 espèces dont la plupart sont associées à des malades humaines M.Tuberculosis - Tuberculose - Une des 10 principales causes de mortalité dans le monde, très répandue - Touche + les hommes que les femmes et les personnes HIV + - En Inde, le FR principal est la malnutrition alors qu’en Afrique c’est le HIV à FR = malnutrition, diabète, HIV, alcool - Traitement de 1ère ligne = rifampicine mais certaines souches y sont résistantes - Physiopathologie : transmission aérienne via des sécrétions respiratoires aérosolisées (gouttelettes de Pflügge à droplet nuclei) émises par un patient bacillifère (= patient qui éternue ou tousse des bacilles). Il n’y a que les tuberculoses pulmonaires (+ rares laryngées) qui sont transmissibles à l’entourage, ce risque de transmission est + grand si l’examen diagnostic (microscopique) est positif (et riche), s’il y a des cavernes et de la toux. è Lors d’une lésion primaire, les bacilles inhalées vont dans les alvéoles où elles sont phagocytées par les macrophages alvéolaires ce qui enclenche une réponse pro-inflammatoire avec recrutement d’autres cellules phagocytaires et formation d’un granulome = noyau de macrophages infectés, macrophages spumeux et autres phagocytes puis lymphocytes et gain de collagène pour consolider le tout. L’infection est contenue, l’hôte ne présente aucun symptômes et n’est pas contagieux : il y a calcification du granulome et guérison mais chez les ID, le granulome se caséifie puis se rompt libérant les bacilles tuberculeux au niveau des poumons. è Dans 90% des cas, la primo-infection est maîtrisée par le SI donc le nombre de bacilles de Koch diminue et le foyer se calcifie (visible au rayon X). Cependant, les foyers de grande taille peuvent persister, les BK ne s’y multiplient pas activement = tuberculose latente. è Dans 10% des cas, le BK se multiplie de manière non maîtrisée = tuberculose ou maladie tuberculeuse, immédiatement après l’infection ou après latence, surtout dans les 2 ans après le contage et chez les ID car sont plus à risque. - Clinique : Lors d’une primo-infection tuberculeuse, il y a une incubation de 3 jours. C’est souvent asymptomatique ou alors il y a une fièvre modérée, une altération minime de l’état général, une érythème noueux et une pleurésie de résolution spontanée. Ça peut parfois se compliquer en de rares troubles ventilatoires ou bronchectasies, dans ce cas on évolue vers la maladie par voie bronchique avec fistulisation d’un ganglion (tuberculose pulmonaire) ou par voie hématogène chez les ID (tuberculose miliaire ou extra-pulmonaire). Lors d’une infection latente, le patient a un test sanguin ou cutané positif, une radio du thorax normale et une échantillon respiratoire négatif. La bactérie est présente dans son organisme mais est inactive donc il est non malade et non contagieux. Pour prévenir la maladie tuberculeuse, le patient a besoin de traitement sauf s’il a été exposé et infecté par une personne atteinte de tuberculose multirésistante ou ultrarésistante aux médicaments. Lors de la tuberculose pulmonaire, la bacille de Koch se dissémine par voie bronchique depuis le nodule de primo-infection (granulome) : les lobes les mieux ventilés sont atteints en priorité (sommets et segments postérieurs). Dans ce cas, le patient a un test sanguin et cutané positifs mais il peut avoir une radio du thorax anormale ou un échantillon respiratoire positif après mise en culture et observation à la microscopie optique. Le bactérie étant active dans son organisme, le patient se sent malade avec 5 symptômes qui sont la toux, la fièvre, la perte de poids, des expectorations sanglantes et des sueurs nocturnes. Il est donc contagieux et doit être traité. Lors de la tuberculose miliaire, la BK s’est disséminée par voie hématogène chez l’ID. Il y a de multiples granulomes de petites taille qui vont se multiplier (grain de mil) et le patient souffre de fièvre, dégradation de l’état général, dyspnée et rarement de détresse respiratoire aiguë.  Lors de formes extra-pulmonaires, les sites sont multiples : ü TBC ganglionnaire avec une unique adénopathie cervicale volumineuse et pouvant fistuler à la peau. ü TBC osseuse et spondylodiscite (maladie de Pott) avec atteinte du rachis thoracique inférieur principalement et plus rarement cervical ou lombaire. Il y a un abcès avec un risque de compression médullaire. ü Méningites, pleurésies, péricardites. ü TBC uro-génitale ü TBC surrénalienne ü TBC péritonéale - Diagnostic : le contexte clinique est évocateur (contage, ID/HIV, voyage en zone endémique, dénutri, échec de traitement ou récidive d’une pneumonie) mais la clinique est non spécifique, imagerie mais radio du thorax suggestif et test de labo sauf que la biologie est rarement très inflammatoire à labo bactériologique fondamental pour la confirmation. On peut prélever un échantillon respiratoire et l’observer au microscope en fluorescence avec des colorations à l’auramine et on peut faire un test moléculaire miniaturisé avec PCR pour mettre en évidence le gène de M.tuberculosis et le gène résistant à la rifampicine. - Traitement : la bacille de Koch est résistante à la plupart des AB mais on peut en donner (en combinaison et en 1ère ligne) de l’isoniazide, de la rifampicine, de l’éthambutol et du pyrazinamide pendant 6 mois ou + si on a des bacilles résistantes ou une TBC neuroméningée (extra-pulmonaire). è Dans le cas où la tuberculose est multirésistante (MDR), elle résiste à l’isoniazide et la rifampicine donc on hospitalise en service spécialisé et on utilise des molécules de seconde ligne (fluoroquinolone, linezolide, capréomycine). è Dans le cas où elle est ultrarésistante (XDR), elle est résistante à l’isoniazide, la rifampicine, les fluoroquinolones et 1 molécule IV (AK, Kana, capréomycine) donc on donne un traitement pendant 1 à 2 an et le patient doit être isolé. M.Leprae - Lèpre - Lèpre ou maladie de Hansen - Développement lent, on peut être encore malade jusqu’à 20 ans après l’infection. Cependant, c’est curable et peu contagieux : il faut un contact étroit avec une personne non traitée et via gouttelettes pour être infecté. - BAAR à croissance lente - Tropisme pour la peau et les cellules de Schwann des nerfs périphériques car la bactérie n’apprécie pas les T° élevées, son optimum est à 32°C (dissémination uniquement au niveau de la peau). - Réservoir surtout humain mais une zoonose du tatou vers l’homme existe, des cas ont été recensés aux USA chez des patients qui n’ont pas voyagé (portage au niveau du tatou dont la T° corporelle est de 32°C). - Transmission par gouttelettes ou contact direct - FR = contact avec un patient, proximité physique, parenté biologique, âge et type de lèpre. - Localisée surtout dans 18 pays dont le Brésil, l’Inde, la Chine, certains pays d’Afrique centrale et Madagascar. - Physiopathologie : infection latente acquise dans l’enfance et évoluant vers la maladie à l’âge adulte, l’expression clinique est liée à la réponse immunitaire (cellulaire vs humorale). - Clinique : incubation moyenne de 5 ans (qlqs mois à plusieurs décennies). On observe des lésions cutanéo-muqueuses ou des zones de perte de sensibilité superficielle, on a 2 tableaux : Lèpre pauci-bacillaire = tuberculoïde s’il y a moins de 5 lésions et/ou moins d’1 nerf atteint. ü La plus fréquente ü Niveau cutané : Macules hypochromiques à bords nets ou grands placards érythémateux (décoloration de la peau avec diminution de la sensibilité nerveuse au niveau de la lésion) à lésions peu nombreuses et hypo- ou anesthésiques. ü Niveau nerveux : Hypertrophie des troncs nerveux au niveau cubital, médian, sciatique poplité externe, tibial postérieur ou plexus cervical superficiel à troubles sensitifs et/ou moteurs des mains et des pieds. ü Charge bacillaire nulle ou faible Lèpre multibacillaire s’il y a minimum 6 lésions cutanéo-muqueuses et/ou plusieurs nerfs atteints ü Cutané : petites macules hypochromiques évoluant vers papules ou nodules infiltrés (lépromes), nombreux, partout mais surtout visage. Infiltration diffuse nez et oreille et alopécie des sourcils.  ü Nerveux : bilatérale, diffuse, symétriques mais plus discrète que dans les formes tuberculoïdes. ü Atteintes ORL et viscérales possibles ü Charge bacillaire importante (très contagieux). - Complications : Aiguës : modifications immunologiques spontanées ou en cours de traitement. Chroniques : évolution lente et progressive, complications chroniques des neuropathies : anesthésie, amyotrophie, déformation, plaies chroniques des mains et/ou des pieds, parfois définitives, troubles de l’occlusion palpébrale et sensibilité cornéenne (cécité). Mycobactéries atypiques - Plusieurs agents (100 espèces décrite) : M.ulcerans, M.avium, M.intracellulare = complexe avium M.xenopi M.kansasii M.scrofulaceum M.marinum M.terrae M.fortuitum M.chelonae M.abscessus - Ubiquitaires, d’origine environnementale - Voie de contamination : porte d’entrée digestive, cutanée ou respiratoire - Plus sévère = M.kansasii à infection chez les non ID si inoculum élevé, les autres espèces nécessitent une inoculation, un patient ID ou des lésions pulmonaires chroniques. - Clinique : Au niveau des poumons, les adultes ou les patients avec une lésion pré-existante peuvent être touchés et présenter de la toux, de la fatigue, fièvre, une hémoptysie (sang quand on tousse) et une perte de poids à MAC, M.abcessus, M.xenopi. Au niveau de la peau et articulations, des patients de tout âge, après une chirurgie, une injection etc peuvent présenter un ulcère, un abcès aux tendons, aux articulation et aux os à M.marinum, M.chelonae. Au niveau des ganglions, les enfants peuvent présenter des ganglions unilatéraux sous-mandibulaire, cervical ou préauriculaire à MAC (mycobactéries du complexe avium). L’infection disséminée chez les ID provoque fièvre d’origine inconnue, des nodules SC ou des abcès. Louise-Adèle Bernier MA1 2022-2023 Virus d’intérêt médical : Hépatites virales Hépatite virale A (HAV) Picornaviridae – Hepatovirus : Virus nu à ARN monocaténaire simple brin de polarité + à pourra être directement traduit en protéines virales = vite infectieux. è Possède une capside icosaédrique qui est très stable, à symétrie cubique. è C’est un virus de petite taille, qui fait 30 nm. Agent causal è Composé de 60 protomères et 4 polypeptides. è Virus nu donc très résistant dans l’environnement. Il a d’abord été classé parmi les entérovirus puis a été reclassé en Heparnavirus sur la base de son génome unique. Il n’existe qu’un seul sérotype ce qui a permis de développer une vaccination efficace. Virus strictement humain avec une transmission féco-orale via : - La consommation d’eaux ou aliments contaminés - Manuportage (hygiène des mains) Transmission - Pratiques sexuelles - Rôle possible aussi des liquides biologiques (sang, salive) Avant l’apparition des symptômes, on est déjà contagieux