Généralités Diagnostic VIH 2024 PDF

RAPPELS SUR LE VIH Epidémiologie-Physiopathologie-Diagnostic Laboratoire National de référence VIH/IST – Centre Hospitalier Abass NDAO 1 PLAN Epidémiologie du VIH Généralité du VIH Physiopathologie Diagnostic Sérologique Diagnostic chez l’...

RAPPELS SUR LE VIH Epidémiologie-Physiopathologie-Diagnostic Laboratoire National de référence VIH/IST – Centre Hospitalier Abass NDAO 1 PLAN Epidémiologie du VIH Généralité du VIH Physiopathologie Diagnostic Sérologique Diagnostic chez l’enfant 2 EPIDEMIOLOGIE Le VIH/SIDA en chiffres…. Estimations mondiales pour les adultes et les enfants  2023 Personnes vivant avec le VIH 39,9 millions [36,1 millions–44,6 millions] Nouvelles infections au VIH 1,3 million [1–1,7 million] Décès dus au sida 630 000 [500 000–820 000]  Statistiques et spécificités régionales sur le VIH et le sida  2023 Nouvelles infections Décès dus au sida Adultes et enfants par le VIH, adultes et chez les adultes et vivant avec le VIH enfants les enfants Afrique orientale et australe 20,8 millions 450 000 260 000 [19,2 millions–23 millions] [360 000–580 000] [210 000–330 000] Afrique occidentale et centrale 5,1 millions 190 000 130 000 [4,5 millions–5,9 millions] [130 000–280 000] [100 000–170 000] Moyen-Orient et Afrique du Nord 210 000 23 000 6 200 [170 000–280 000] [16 000–35 000] [4 100–9 400] Asie et Pacifique 6,7 millions 300 000 150 000 [6,1 millions–7,5 millions] [270 000–370 000] [110 000–200 000] Amérique latine 2,3 millions 120 000 30 000 [2,1 millions–2,6 millions] [97 000–150 000] [27 000–42 000] Caraïbes 340 000 15 000 5100 [280 000–390 000] [9 900–21 000] [3 500– 7 400] Europe de l’Est et Asie centrale 2,1 millions 140 000 44 000 [1,9 million–2,3 millions] [120 000–160 000] [35 000–54 000] Europe occidentale et centrale et 2,3 millions 56 000 13 000 Amérique du Nord [2 millions–2,7 millions] [45 000–67 000] [9 400–17 000] MONDE 39,9 millions 1,3 million 630 000 [36,1 millions – 44,6 millions] [1 million–1,7 million] [500 000–820 000] Les fourchettes accompagnant les estimations de ce tableau définissent les limites dans lesquelles se situent les chiffres réels, sur la base des meilleures informations disponibles.  Nombre de nouvelles infections au VIH dans le monde, 1990– 2023, et objectif 2025 4 500 000 4 000 000 Nombre de nouvelles infections au VIH 3 500 000 3 000 000 2 500 000 2 000 000 1 500 000 1 000 000 500 000 9 90 992 994 996 998 000 002 004 006 008 010 012 014 016 018 020 022 024 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 New HIV infections N- New HIV infections Male+Female; Lower bound N- New HIV infections Male+Female; Upper bound 2025 target Source : estimations épidémiologiques de l’ONUSIDA, 2024 Nombre de décès liés au sida dans le monde, 1990–2023, et objectif 2025 Source : estimations épidémiologiques de l’ONUSIDA, 2024 Nombre de personnes sous ARV, 2010–2023, et objectif 2025 Epidémiologie de l’infection au Sénégal 9 GENERALITE 10  CLASSIFICATION DU VIH  VIH:  Règne : Virus  Rétrovirus à ARN, possédant une RT  Ordre : rétroïdes  Famille : Retroviridae  Appartenant au genre Lentivirus: causant des  Sous-famille : Orthoretrovirinae infections à évolution lente  Genre: Lentivirus  Espèces: VIH, VIS (Singes)  Type 1: (VIH-1), type 2 (VIH-2) 11 MORPHOLOGIE ET STRUCTURE DU VIH VIH1/ VIH2 12 (Brun-Vezinet and Wainberg, 2003))  ORGANISATION GÉNOMIQUE DU VIH Glycoprotéines de l’enveloppe VIH-1 VIH-2 Protéase, RT, Intégrase tat, rev, vif, vpu ou vpx, nef, vpr P17 MA, P24 CA, P7 NC Protéines régulatrices Protéine de structures Enzymes virales 13 ORIGINE ET RÉSERVOIRS DU VIH-1 Ancêtres VIH-1 groupes N et M HIV-1M SIV HIV-1N VIScpzPtt Chimpanzés de l’Ouest de l’Afrique centrale Ancêtres VIH-1 groupes P? VISgor des gorilles de l’Ouest de l’Afrique centrale HIV1-P HIV-1O (Keele et al., 2006; Van Heuverswyn et al., 2006 and 2007) 14 0.05 ORIGINE ET RÉSERVOIRS DU VIH-2 forêt de Taï à l'Est de la Côte d'Ivoire Tai Forest, Cote d’Ivoire Ancêtre du VIH-2: SIVsmm infectant les mangabeys enfumés en Afrique occidentale 15 (Santiago et al., 2005) ORIGINE DE LA DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE DU VIH Taux de mutations élevé Faible fidélité de la transcriptase inverse Vitesse de réplication du génome Pressions de sélection positives Recombinaisons génétiques fréquentes Sélection naturelle de virus Co-infection ou superinfection résistant au système immunitaire Saut de la transcriptase inverse 16  DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE DU VIH Type  Causes Groupe  Pas de correction de la TI Sous-types  Recombinaison virale Sous-Soustypes  Capacité réplicative élevée  Pression de sélection Tai Forest, Cote d’Ivoire (Peeters, 2013) 17 RÉPARTITION GLOBALE DES SOUCHES DU VIH Prévalence très élevée Prévalence moyenne Prévalence faible Tai Forest, Cote d’Ivoire Répartition souche VIH1 Répartition souche VIH2 18  TROPISME DU VIH Cellule hôte Virus 2 récepteurs de pénétration: 2 glycoprotéine d’enveloppe: CD4 et récepteur chimiokine GP120 et GP41 (CCR5 - CXCR4,……..) Cibles du VIH Lymphocytes T CD4+ Monocytes, macrophages Cellules microglie cerveau Cellules dendritiques (dont cellules Langerhans) 19  CYCLE DE RÉPLICATION DU VIH  Cible principale  Lymphocytes TCD4  Macrophages Tai Forest, Cote d’Ivoire 20 (http://archimede.bibl.ulaval.ca/archimede/fichiers/23548/ch01.html) (Consulté le 17/07/2013). PHYSIOPATHOLOGIE 21 VIH provoque une infection avec trois particularités : oinfection dynamique liée à une réplication intense, ininterrompue oInfection liée à la persistance du virus en état latent dans des cellules T CD4 mémoires appelées sanctuaires oinfection lytique liée à la destruction massive des cellules infectées. Immunodépression: infections et affections opportunistes 22 HISTOIRE NATURELLE DE L’INFECTION À VIH 23 DIAGNOSTIC SEROLOGIQUE 24 DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DE L’INFECTION À VIH Bilan initial de confirmation de l’infection Evaluation du système immunitaire Evaluation de la réplication virale Bilan Hémato-Biochimique Diagnostic des infections opportunistes Appréciation de la résistance aux ARVs Evaluation de la toxicité aux ARVs DIAGNOSTIC DIRECT OU INDIRECT??? Diagnostic direct : détection du virus ou partie du virus Isolement Microscopie Détection Détection du du virus électronique d’Ag Génome +++ Diagnostic indirect : stigmates du passage du virus Recherche d’anticorps anti-VIH +++ EVOLUTION DES MARQUEURS BIOLOGIQUES EVOLUTION DES MARQUEURS BIOLOGIQUES PCR et RT-P Source: Rosenberg et al 2015 Recherche d’anticorps = diagnostic sérologique Indications : Chez l’adulte et chez l’enfant de plus de 18 mois 1ère intention : Test de dépistage Tests très sensibles (peu ou pas de faux négatifs), mais peuvent manquer de spécificité (risque de faux positifs) 2ème intention : Test de confirmation Tests très spécifiques TESTS DE DÉPISTAGE Tests ELISA immunoenzymatiques ELIS A Tests de dépistage immuno-enzymatiques: ELISA Tests très sensibles (peu ou pas de faux négatifs), mais peuvent manquer de spécificité (risque de faux positifs)TI ELISA 3ème GENERATION ELISA 4ÈME GÉNÉRATION Tests de dépistage immuno-enzymatiques Techniques manuelles Plateformes automatiques FDA recently approved a fourth- generation HIV Ag/Ab combo assay Règle : Tout résultat positif avec un test de dépistage doit être confirmé par un autre test, à priori plus spécifique et sur un deuxième prélèvement  Tests de confirmation Tests très spécifiques Plusieurs types de tests de confirmation Western Blot (immuno empreinte) +++ Immuno analyse en ligne (LIA) Immunofluorescence indirecte (IFA) Radio-immuno précipitation (RIPA) Technique d’immuno-empreinte Utilisation d'un anticorps conjugué à un enzyme ou un colorant pour détecter la protéine ou l'antigène spécifique Tests de dépistage/confirmation Test de dépistage rapide/TROD JO 2009/108/CE du 10 février 2009 (Union européenne): PCR ADN Un test rapide est un dispositif médical PCR ARN de diagnostic in vitro, utilisé de façon Antigène p24 16 unitaire ou en série limitée, utilisant ELISA 4ème génération des procédures simples et donnant un ELISA 3ème génération 22 résultat “rapide” (8 ans 2010): Test rapide d’orientation diagnostique (TROD)  Test de dépistage rapide/TROD Immunochromatographie Immunofiltration Determin eOraQuick Recom Control HIV-1 Hema-strip Uni-gold HIV-2 HIV-1 Peptide Peptide HIV-spot Genie II Multispot 1/2 Geenius HIV ½ confirmatory Système de flux latéral Principe d'immunochromatographie Le ligand (anticorps) immobilisé dans une membrane de nitrocellulose (ligne de test) Le réactif détecteur (anticorps spécifique couplé à des nanoparticules ou latex de l'or) est déposé dans un tampon conjugué L'échantillon (sérum, plasma) est appliqué au tampon d'échantillon, où il se déplace par capillarité vers le tampon absorbant.  Test de dépistage rapide/TDR Tests rapide de diagnostic non discriminants TDR VIH simple TDR VIH combiné 39  Test de dépistage rapide/TDR Tests rapide de diagnostic non discriminants Tests rapide de diagnostic combiné 40  Test de dépistage rapide/TDR Tests rapide de diagnostic discriminants TDR VIH simple TDR VIH combiné 41  Test de dépistage rapide/TDR Tests rapide de diagnostic discriminants 42 Test de dépistage rapide/TDR Tests rapide de diagnostic discriminants 43 Les tests de diagnostic rapide (TDR) Sont les plus adaptés aux pays à ressources limitées Zones avec un faible nombre d’échantillons à tester par jour ou par série Conservation entre 2-30°C Effectués sur le sérum, plasma et sang total prélevé au bout du doigt, ou autres liquides biologique Peuvent être utilisés par un travailleur non-laboratoire formé pour prendre du sang capillaire à l’aide de lancette au bout du doigt et pour la réalisation du TDR Ne nécessitant pas d'équipement spécialisé au-delà de la lancette. Test de dépistage rapide/TROD Stratégie de diagnostic vs algorithme de diagnostic Stratégie de diagnostic sérologique du VIH Stratégie dépend de une séquence générique de tests effectués pour l’objectif donner un statut VIH Sécurité transfusionnelle fournir un résultat avec une valeur prédictive Groupes à risques (PS, MSM) positive minimum de 99% Population générale La prévalence affecte la valeur prédictive positive Un algorithme de dépistage est des stratégies de dépistage du VIH, donc le choix une combinaison de tests validés de la stratégie d'essai doit tenir compte de la utilisés pour établir un diagnostic prévalence dans la population à tester du VIH avec certitude  Prévalence 10% Recommandations 2015 : stratégies différents selon prévalence Forte prevalence nationale Faible prévalence nationale ≥5% DIAGNOSTIC 40 DIRECT 20 0 Enfant non infecté Naissance 6 mois 12 mois 18 mois MÉTHODES DE DIAGNOSTIC DIRECT 60 TECHNIQUES MOLÉCULAIRES DÉTECTENT LE MATÉRIEL GÉNÉTIQUE Bactéries Virus Matériel Matériel génétique des génétique des bactéries : ADN Virus : ADN ou ARN ADN Bactérie : être unicellulaire sans noyau mais avec la présence d’ADN Ex: Hepatite B ARN SCHEMA BACTERIE Ex: Hepatite A Ex Mycobacterium Tuberculosis Ex: VIH 1µ ADN vs ARN Image adapted from National Human Genome Research Institute CIBLES DU VIH: CELLULES CD4 (LT CD4, MONOCYTES, MACROPHAGES Détection du matériel génétique du VIH dans le sang ADN intégré ou Virus en Cellules ADN proviral réplication DIAGNOSTIC MOLECULAIRE: DIAGNOSTIC PRECOCE DIAGNOCTIC NEO-NATAL chez le nouveau né avant 15 mois Lymphocytes T CD4 Plasma CHARGE VIRALE PLASMATIQUE : Particules virales ou QUANTIFICATION DE L'ARN DES VIRUS virus libres Charge virale est le reflet de la production du VIH de toutes les cellules infectées 64 DIAGNOSTIC PRÉCOCE: PRÉLÈVEMENT  Sang total - Collecte les échantillons de sang total dans des tubes EDTA conformément au indicateurs du fabricant - Mélanger les échantillons en retournant 10 fois le tube - On a besoin de 100 µl de sang pour un test DIAGNOSTIC PRÉCOCE: PRÉLÈVEMENT  DBS - Gouttes de sang recueillies sur papier buvard à partir de sang - Piqure talon, doigt ou orteil - Sur tube EDTA, confectionner des spots de sang environ 60 à 70 UL - Sécher la carte à température ambiante 4h - Placer dans des sachets refermables contenant un dessiccant Diagnostic précoce NB: 3 cercles complets valent mieux que 5 incomplets 67 Échantillon de DBS valide Échantillon de DBS invalide Quantité insuffisante de l’échantillon Comment détecter le matériel génétique ??? Il faut l’amplifier : c’est-à-dire l’augmenter en très… très …grande quantité PCR Avant Après qlq copies 1030 ou 1040 69 PCR: Eléments nécessaires DNA Polymerase Nucleotides ou dNTPs Amorces ou Primers Thermocycleur 71  PCR : ETAPE DE DÉNATURATION Dénaturation de l’ADN pour obtenir des matrices simple chauffage à 94-98°C brin 95° 72 PCR: ETAPE D’HYBRIDATION Refroidir vers 55-65°C Hybridation pour borner et amorcer la réplication de la séquence à amplifier à l’aide d’amorces spécifiques 55° 73 PCR : ETAPE D’ÉLONGATION Elongation pour réaliser Chauffage vers 72°C la polymérisation du brin complémentaire 72° 74 CYCLE DE PCR 1. Dénaturation 2. Hybridation 3. Extension 75 Comment détecter le matériel génétique ??? Il faut l’amplifier : c’est-à-dire l’augmenter en très… très …grande quantité PCR Avant Après qlq copies 1030 ou 1040 78 PLATEFORMES DE DIAGNOSTIC MOLÉCULAIRE 79 TECHNIQUES CONVENTIONNELLES 80  TECHNIQUES CONVENTIONNELLES TaqMan m2000 Nuclisens Biocentric Biocentric EasyQ* Generic HIV-1 Generic HIV-2 Type de mesure PCR qualitative PCR qualitative NASBA PCR qualitative PCR qualitative en temps réel en temps réel qualitative en en temps réel en temps réel temps réel Spécimen Sang total/DBS Sang total/DBS Sang total/DBS Plasma Plasma Région Gag et LTR Pol/integrase gag LTR LTR amplifiée Type et sous- VIH-1 : Groupe VIH-1 : VIH-1 : Groupe VIH-1 : Groupe VIH-2 type amplifiés M, sous-types A- Groupe M, M, sous-types A- M, sous-types H, groupe N, O, sous-types A- H, CRF01_AE et A-H, Groupe O, P H, Groupe O, CRF02_AG N, P N, P Temps de 5-6H 5-6H