Virus Entériques - Notes de Cours PDF

Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 VIRUS ENTÉRIQUES I) Généralités A- Étiologies des gastro-entérites Il y a beaucoup d’étiologies de gastro-enterites mais on remarque que les plus fréquentes sont le...

Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 VIRUS ENTÉRIQUES I) Généralités A- Étiologies des gastro-entérites Il y a beaucoup d’étiologies de gastro-enterites mais on remarque que les plus fréquentes sont les virus entériques. Elles sont habituellement bénignes dans les pays industrialisés mais peuvent être potentiellement fatales dans les pays à faibles ressources (car beaucoup moins de moyen pour soigner la déshydratation ainsi que pour la détecter) -> déshydratation mortelle. On parle de diarrhée aiguë lorsqu’il y au moins trois selles liquides ou molles par jour datant de moins de 14 jours. 4 situations d’urgences : - Déshydratation aigüe - Sepsis - Syndrome occlusif - Diarrhée fébrile au retour de zone d’endémie palustre Diarrhée = élimination d'au moins 3 selles liquides ou molles par jour - Aiguë : datant de moins de 14 jours (évolution < 2 semaines) - Prolongée : 2 à 4 semaines d'évolution - Chronique : évolution > 4 semaines La grande majorité des diarrhées est spontanément résolutive et ne nécessite qu'un Traitement symptomatique. Il existe diverses étiologies : virales, bactériennes (Clostridium, Yersinia, Vibrio, Salmonella, Shigella…), parasitaires (amibes, Giardia, Cryptosporidies), auto-immune (maladie de Crohn), intolérances, allergies, toxiques (champignons, algues, coquillage, plantes). Physiopathologie : 2 types de mécanismes à l'origine de la diarrhée : Sécrétoire : - libération d'une toxine - à l'origine de troubles de la fonction de sécrétion (= sécrétion active d'électrolytes et d'eau par les cellules épithéliales de l'intestin grêle) - associé à un tableau cholériforme très souvent - Virus ++ (et quelques bactéries) Invasif : - invasion des entérocytes par l'agent pathogène - ou diffusion lymphatique sous-muqueuse de l'agent pathogène - ou action cytotoxique de toxines sur la muqueuse avec destruction des structures villositaires -> à l'origine de troubles de la fonction d'absorption associé à un tableau dysentérique ou gastroentérique - Bactéries entéropathogènes & Protozoaires Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 On remarque que le virus est plutôt à l’origine de la diarrhée sécrétoire. B- Transmission fécale-orale On peut se retrouver avec un pathogène au niveau des aliments et contaminer un nouveau porteur. Le nouveau porteur va excréter le virus par les selles, ce qui risque de permettre au virus d’atteindre les mains, puis recontaminer des aliments, c’est un cycle. C- Épidémiologie Il y a une répartition mondiale. 10 pays sont responsables de 215000 décès infantiles par rotavirus en 2013. L’Inde est le principal pays de décès infantile par gastro-entérites, et ensuite on a des pays d’Afrique. Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 La population la plus touchée sont les moins de 5 ans : 5 à 20% des diarrhées nosocomiales sont en pédiatrie. Il y a un impact socio-économique : en France, chez les moins de 5 ans l’infection à rotavirus totalise par an : 296500 épisodes de diarrhée aiguë, 131200 consultations, 19200 hospitalisations et 13 décès. Le coût direct des infections à rotavirus est de 44 millions d’euros. (arrets de travail des parents, réhydratation, hospitalisation etc…) La vaccination anti rota virus a un très gros impact dans la prévalence des infections. En 2021 on a réduit : 40% réduction de prévalence rotavirus 58 % réduction hospitalisation 36 % réduction de gastro entérite aigue toutes cause confondue 36% de baisse de mortalité D- Caractéristiques Caractéristiques des virus entériques : - Stable et résistant dans l’environnement  Virus nus (comme on l’avait vu dans le 1er cours, les virus enveloppés sont beaucoup plus fragiles que les virus nus puisque l’enveloppe constitue une cible pour l’aciditié, du pH, de l’immunité…) - Variabilité génétique importante pour échapper à la réponse immunitaire et perdurer le cycle infectieux  Virus à ARN (principalement) - Infection élevée  Transmission digestive - Diffusion dans le milieu extérieur  Excrétion fécale : 1010 particules de rotavirus/g de selles, ce qui favorise la transmission et la diffusion - Circulation endémique dans les pays tempérés en hiver ++ - Foyers épidémiques réguliers dans les collectivités d’enfants ou adultes (puisqu’il y a tellement de diversité virale capable de toucher les enfants de gastro-entérites, à l’âge adulte on est rarement protégés contre toute cette diversité virale). - A l’hôpital, infections nosocomiales : patient qui rentre à l’hôpital et qui développe une infection pendant son séjour à l’hôpital. Il faut le prendre en compte pour la prévention et arrêter les chaines de transmission dans le service. Très important d’objectiver une infection nosocomiale car le patient peut avoir recours à la justice car c’est son droit. Ce sont en + des virus très résistants. Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 E- Transmission - Directe : manuportée +++ (contamination de personne à personne), surfaces contaminées ou aéroportées (vomissements qui provoquent des aérosols) - Indirecte : environnement, alimentation ++ ou eaux souillées + Virus à tropisme entérique fréquemment rencontrés : - Rotavirus ++ chez l’enfant - Caclcivirus : Norovirus ou Sapovirus - Adénovirus 40-41 - Astrovirus : Aichi virus, Coronavirus ou Torovirus. Autres virus à transmission féco-orale : hépatite A (VHA) ou hépatite E (VHE) Distribution en fonction des tranches d’âge : Chez l’enfant, en majorité (50%) c’est du Rotavirus. Sa prévalence diminue avec l’âge. Le Norovirus a plutôt une prévalence contraire. Les Sapovirus et les Astrovirus sont plutôt constants au fil du temps. On ne retrouve pas d’Adénovirus.  En fonction de l’âge, on ne retrouve donc pas les mêmes virus. Le rotavirus est très présent mais chez les 2 à 5 ans donc en termes de nombre d’infection, il y a beaucoup plus d’infection à Norovirus lorsque l’on lisse sur toutes les tranches d’âges. F- Diagnostic Prélèvements : selles à la phase aiguë de la maladie (plus intéressant car c’est là que l’on aura le plus de particules virales. Ex : 1010 particules virales en phase aiguë pour les rotavirus). Technique de détection directe du virus (Ag ou génome viral) : - Techniques antigéniques : o Immuno-enzymatiques o Immuno-chromatographiques : tests unitaires avec délai rendu fuite électrolytique et hydrique par mécanisme de malabsorption et sécrétoire. Le virus et sa protéine NSP4 sont responsables d’une activation du système nerveux entérique et d’une augmentation du calcium intracellulaire (Ca2+)i. Ce qui entraine une succession d’évènements : une fuite de chlore, une désorganisation de l’architecture de la cellule et donc une lyse cellulaire. 1. Mécanisme osmotique par malabsorption - Destruction des entérocytes infectés et remplacement par des cellules cryptiques immatures  Atrophie des villosités, surface beaucoup moins rugueuse, donc moins de surface d’échange donc moins d’absorption - Altération des fonctions d’absorption  Diminution de l’activité enzymatique de la muqueuse  Fermentation des nutriments et élévation de la pression osmotique intraluminale  Diminution de l’activité des systèmes de transport des nutriments  Absence d’absorption et de digestion des nutriments 2. Mécanisme sécrétoire Rôle de l’entéroxine NSP4 : - Induction du système nerveux entérique et stimulation de la sécrétion de Cl - - Augmentation du Ca2+ intracellulaire, stimulant les canaux chlore calcium dépendants  Fuite Cl- et H2O Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 Pas à apprendre le schéma. Mais comprendre que ce schéma montre une diarrhée de malabsorption et en plus, une diarrhée sécrétoire. D- Clinique Il a une incubation courte : 24 à 48h. Les symptômes sont inconstants : - Apparition 1 à 4 jours post-contamination - Fièvre + Vomissements + Diarrhée - Les fuites hydriques et électrolytiques peuvent engendrer une déshydratation massive = critère de gravité -> hospitalisation C’est spontanément résolutif en 3 jours. Il y a une excrétion prolongée de virus dans les selles (8-10 jours après disparition des symptômes). Intéressant pour rattraper un diagnostic. Le bébé n’aura pas de larmes et surtout des couches sèches. L’image en dessous montre seulement les symptômes de déshydratation. Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 E- Traitement Il n’existe pas de traitement antiviral spécifique. On utilise un traitement surtout en prévention de la déshydratation. -> SRO (soluté de réhydratation orale) F- Prévention Utilisation des règles d’hygiène simples : lavage soigneux et systématique des mains et désinfection des objets et des surfaces souillés. Il existe une vaccination : administration par voie orale : - Rotarix® : monovalent, 2 doses à 4 semaines d’intervalle (avant l’âge de 16 semaines) - Rotateq® : pentavalent, 3 doses à 4 semaines d’intervalle (avant l’âge de 20-22 semaines) - Vaccins remboursés par la sécurité sociale III) Calicivirus A- Carte d’identité Taxinomie : Il appartient à la famille des Caliciviridae, au genres Norovirus & Sapovirus, et une multitude de génogroupes et génotypes (il existe une grande variabilité génétique). Morphologie : c’est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive, non enveloppé, de diamètre de 27 à 35nm. Il a une capside icosaédrique. Réservoir : mammifères (humains, porcins, bovins) Culture : non (pas encore trouvé la lignée cellulaire permettant au virus de se développer) B- Physiopathologie Épidémies de vomissements profus et de diarrhée : surtout dans les collectivités et sur toutes les tranches d’âge. Le temps d’incubation est de 18 à 48h avec un début brutal. C- Transmission Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 Il y a une transmission fécale-orale, elle peut également venir d’eau et aliments contaminés (coquillage++) ou lors d’inhalation d’aérosols lors de vomissements (grande variabilité génétique rendant leur détection complexe). -> Le diagnostic est assez difficile. IV) Astrovirus A- Carte d’identité Taxinomie : Il appartient à la famille des Astroviridae, du genre Astrovirus, et possède 8 sérotypes humains (1 prédominant). Morphologie : c’est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive, non enveloppé, de diamètre de 28 à 30nm. Il a une capside icosaédrique (étoile à 5 ou 6 branches). Réservoir : mammifères et oiseaux Culture : difficile B- Physiopathologie Les épidémies de diarrhée sont nosocomiales et on les retrouve surtout en collectivité, particulièrement chez les moins de 5 ans et les personnes âgées (+65 ans). Son incubation est de 3 à 4 jours (un peu plus longue que les autres). C- Transmission (identique aux Caiciviridae) Il y a une transmission fécale-orale, elle peut également venir d’eau et aliments contaminés (coquillage++) ou lors d’inhalation d’aérosols lors de vomissements (grande variabilité génétique rendant leur détection complexe). Il existe une saisonnalité avec une prédominance hivernale dans les régions tempérées. Alors que souvent pour les Rotavirus, Adénovirus et norovirus il y a un pic mais qui se trouve plutôt à la fin de l’été et au printemps. V) Adenovirus A- Carte d’identité Taxinomie : Il appartient à la famille des Adenoviridae, du genre Adenovirus, possède 6 groupes/51 sérotypes. Dans le cas des gastro-entérites infantiles : Adénovirus 40/41 (groupe F) et 31. On les a retrouvés lors des infections respiratoires puisqu’il existe une telle diversité virale qu’au sein d’un même genre, certains vont avoir des tropismes différents en fonction des récepteurs qu’ils reconnaissent et donc en fonction de la cellule reconnue, la manifestation clinique en découlera (tropisme cérébrale ou tropisme gastro-intestinale). Morphologie : c’est un virus à ADN bicaténaire linéaire non enveloppé, avec un diamètre compris entre 60 et 90nm. Il a une capside icosaédrique (hémagglutinante). Réservoir : humain Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 En résumé : Panorama des stratégies diagnostiques : pas a connaitre, juste s’en faire une idée Mme.Moisan Virologie C8 29/11/2023 Ce qu’il faut retenir : - La gastroentérite virale est une infection de l'estomac et des intestins causée par un virus. - Les principaux symptômes comprennent la diarrhée et les vomissements, pouvant causer une déshydratation (perte de liquide). - Les patients souffrant d'une grave déshydratation peuvent se voir administrer des liquides par voie intraveineuse (IV) à l'hôpital. - La gastroentérite virale peut se propager par le partage de nourriture, d'eau et d'ustensiles. Le fréquent lavage de mains peut aider à prévenir la propagation de l'infections. - En règle générale, la gastroentérite virale n'est pas une maladie grave, mais les personnes dont le système immunitaire est affaibli sont à risque de contracter une infection plus grave.