CM 3 Habitat UE EcoMic M1 IBE PDF

UE Ecophysio Microbienne - M1 STA2E - parcours IBE Les habitats mirobiens Thomas Lerch Institut d’Écologie et des Sciences de l'Environnement de Paris CNRS – Sorbonne Université – INRAE – UPEC – IRD – Université de Paris Notion de niche ecologique 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE p...

UE Ecophysio Microbienne - M1 STA2E - parcours IBE Les habitats mirobiens Thomas Lerch Institut d’Écologie et des Sciences de l'Environnement de Paris CNRS – Sorbonne Université – INRAE – UPEC – IRD – Université de Paris Notion de niche ecologique 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS La biodiversité: comprendre pour mieux agir, CNRS Les differents biotopes Microorganismes et changement climatique Cavicchioli et al., 2019 Les microorganismes sont partout même dans les environnements extrêmes Merino et al., 2019 SOLS  1 g de sol contient entre 106 et 109 bactéries (80% de la biomasse de la planète)  Entre 5000 et 20000 espèce (NC, inconnues)  Cycles biogéochimiques, croissance plantes  Les sols sont naturellement perturbés et encore plus depuis l’anthropocène 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS Biomasse microbienne qui dépend du milieu 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS Diversité microbienne qui dépend du milieu Ranjard et al, 2007 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS La rhizopshère 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS Les Nuages… 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS Les microorganismes dans les nuages et leur rôle dans le cycle de l’eau… Amato, 2012 Amato et al., 2019 Les microorganismes dans les systèmes aquatiques Sunagawa et al., 2020 Sunagawa et al., 2020 Sunagawa et al., 2020 Sunagawa et al., 2020 Sunagawa et al., 2020 Sunagawa et al., 2020 Les plastisphère : un nouvel habitat microbien Amaral- Zettler et al., 2020 Amaral- Zettler et al., 2020 Amaral- Zettler et al., 2020 Amaral- Zettler et al., 2020 Les relations entre organismes Adhésion aux surfaces • De nombreux microorganismes adhèrent aux particules du sol • L’adhésion entraîne une perte de mobilité mais rends plus disponible certains cations, substrats… Chenu et al. 2001 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS Formation de biofilms bactériens • Adhésion : Fonction des caractéristiques de surfaces et des micro-organismes • Colonisation : Multiplication rapide avec production d’exopolymères (modification de l’état de surface) • Différenciation : Structuration du biofilm synchronisée par la communication intercellulaire (phénomène de quorum sensing) Costerton et al., 1995 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS Relation plantes-microorganismes Annual Reviews Annual Reviews Annual Reviews Relation animaux-microorganismes Relation animaux-microorganismes Relation animaux-microorganismes Relation animaux-microorganismes Relation animaux-microorganismes Le corps humain 11 février 2020 Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS Humans differ in their personal microbial cloud Meadow et al., 2015