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Introduction à l’Ecologie Microbienne
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Introduction à l’Ecologie Microbienne

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@CoolEnglishHorn

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Questions and Answers

Qui a fait la première description d'une cellule biologique en 1665?

  • Ernst Haeckel
  • Louis Joblot
  • Robert Hooke (correct)
  • Antoni van Leeuwenhoek

    • Quel scientifique a découvert la lithotrophie et la nitrification au XIXe siècle?

  • Jacques Monod
  • Louis Pasteur
  • Alexander Fleming
  • Sergueï Vinogradski (correct)

    • Qui a opposé le concept de génération spontanée?

  • Ernst Haeckel
  • Louis Joblot
  • Antoni van Leeuwenhoek (correct)
  • Sergueï Vinogradski

    • Qui a découvert le mode d’organisation en biofilms?

    <p>Claude Zobell</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a découvert l'interaction entre organismes (antibiotiques)?

    <p>Alexander Fleming</p> Signup and view all the answers

    Qui a défini l’écologie et le règne des protistes?

    <p>Ernst Haeckel</p> Signup and view all the answers

    Qui a découvert la fermentation, la stérilisation et la vaccination?

    <p>Louis Pasteur</p> Signup and view all the answers

    Qui a découvert le cycle du bacille du charbon en 1887?

    <p>Julius Richard Petri</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a mis en évidence les virus?

    <p>Dmitri Ivanovsky</p> Signup and view all the answers

    Qui a dit : « Everything is everywhere, the environment selects »?

    <p>Baas Becking</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que l'écologie microbienne étudie principalement?

    <p>Les interactions entre les microorganismes et leur environnement</p> Signup and view all the answers

    Quels domaines sont concernés par l'écologie microbienne?

    <p>Bactéries, archées, eucaryotes et virus</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que la microbiologie environnementale étudie principalement?

    <p>Les microorganismes dans leur écosystème</p> Signup and view all the answers

    Quel est l'un des objectifs de l'étude du monde microbien?

    <p>Comprendre le rôle des microorganismes dans les écosystèmes naturels et anthropisés</p> Signup and view all the answers

    Quels éléments sont inclus dans l'UE Introduction à l’écologie microbienne?

    <p>Taxonomie, phylogénie et diversité microbienne</p> Signup and view all the answers

    Quel est le focus particulier d'étude en écologie microbienne?

    <p>Le fonctionnement des plantes : PGPB et mycorhyzes</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que l'écologie microbienne étudie principalement?

    <p>Les interactions entre microorganismes et avec leur environnement</p> Signup and view all the answers

    Quels domaines sont concernés par l'écologie microbienne?

    <p>Bactéries, archées, eucaryotes et virus</p> Signup and view all the answers

    Quel est le focus particulier d'étude en écologie microbienne?

    <p>Le fonctionnement des plantes : PGPB et mycorhyzes</p> Signup and view all the answers

    Pourquoi étudier le monde microbien?

    <p>Pour comprendre leur rôle dans les écosystèmes naturels et anthropisés</p> Signup and view all the answers

    Qu'est ce que l’écologie microbienne?

    <p>L’étude des interactions entre microorganismes et avec leur environnement</p> Signup and view all the answers

    Quelle est l'une des méthodes d’étude en écologie microbienne?

    <p>Métagénomique</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a fait la première description de microorganismes en 1718?

    <p>Antoni van Leeuwenhoek</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a découvert la lithotrophie et la nitrification au XIXe siècle?

    <p>Sergueï Vinogradski</p> Signup and view all the answers

    Qui a dit : « Everything is everywhere, the environment selects »?

    <p>Baas Becking</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a découvert le mode d’organisation en biofilms?

    <p>Claude Zobell</p> Signup and view all the answers

    Qui a découvert le cycle du bacille du charbon en 1887?

    <p>Julius Richard Petri</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a opposé le concept de génération spontanée?

    <p>Louis Pasteur</p> Signup and view all the answers

    Qui a défini l’écologie et le règne des protistes?

    <p>Ernst Haeckel</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a découvert la fermentation, la stérilisation et la vaccination?

    <p>Louis Pasteur</p> Signup and view all the answers

    Qui a fait la première description d'une cellule biologique en 1665?

    <p>Robert Hooke</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a découvert l’interaction entre organismes (antibiotiques)?

    <p>Alexander Fleming</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que LUCA?

    <p>Un ancêtre commun universel</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la principale différence entre les bactéries et les archées selon les études récentes?

    <p>Leur composition génétique et leur métabolisme</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce qui a été découvert en 1887 dans le domaine de la microbiologie?

    <p>Le cycle du bacille du charbon</p> Signup and view all the answers

    Quel a été le rôle des archées selon Baker et al. en 2020?

    <p>La dégradation des hydrocarbures</p> Signup and view all the answers

    D'où provient l'origine des eucaryotes selon les dernières recherches?

    <p>D'une fusion entre archées et bactéries</p> Signup and view all the answers

    Quel est l'objet d'étude principal de l'UE Introduction à l’écologie microbienne?

    <p>La diversité des microorganismes et leur rôle dans les écosystèmes</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la définition de la sélection naturelle selon Darwin?

    <p>Un tri des individus les plus aptes à survivre ou à se reproduire</p> Signup and view all the answers

    Quelles sont les conditions nécessaires pour induire l'évolution d'un trait biologique dans une population sous l'effet de la sélection naturelle?

    <p>Variation individuelle héritable et corrélée au succès reproducteur</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la fonction principale de la pression de sélection dans la sélection naturelle?

    <p>Influencer la survie et la reproduction des individus dans un environnement donné</p> Signup and view all the answers

    Pourquoi Darwin pensait-il que les ressources devaient être limitées pour qu'il y ait sélection naturelle?

    <p>Parce qu'il avait une vision erronée de la sélection naturelle</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal facteur déterminant la pression de sélection dans la nature?

    <p>La diversité génétique</p> Signup and view all the answers

    Quelle est une condition nécessaire pour que la sélection naturelle induise l'évolution d'un trait biologique?

    <p>La variation du trait biologique doit être corrélée au succès reproducteur</p> Signup and view all the answers

    Quel est le rôle principal de la sélection naturelle dans l'évolution des populations?

    <p>Maintenir une constance dans les caractéristiques génétiques des populations</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal critère pour qu'un trait biologique puisse être influencé par la sélection naturelle?

    <p>Sa variabilité entre les individus et son héritabilité</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce qu'un microbiote?

    <p>Une communauté de micro-organismes vivant dans un même environnement</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que l'évolution du taux de mutation d'une culture bactérienne d'Escherichia coli a montré?

    <p>Elle a été cultivée depuis 1988 et a atteint 55 000 générations</p> Signup and view all the answers

    Comment est décrit le transfert horizontal de gènes?

    <p>Avec une mention de la conjugaison, la transduction et la transformation bactérienne</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce qui est nécessaire pour analyser la diversité microbienne?

    <p>Définir l'espace et le temps de l'étude</p> Signup and view all the answers

    Quels sont les indices de diversité abordés dans le texte?

    <p>Les indices de diversité et les facteurs qui la modifient</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que le microbiote selon le texte?

    <p>Une communauté de micro-organismes vivant dans un même environnement</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que l'espace et le temps ont à voir avec l'étude de la diversité microbienne?

    <p>Ils définissent le cadre temporel et spatial de l'étude</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce qui est comparé dans le texte en ce qui concerne les caractéristiques des bactériens, champignons, archées et viruses?

    <p>Leur taille, matériau génétique, mode de réplication et présence d'organites</p> Signup and view all the answers

    Quels sont les processus abordés en ce qui concerne les mutations dans l'ADN?

    <p>L'insertion/délétion et la substitution, et leur effet sur la séquence de l'ARNm</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que l'adhésion entraîne pour les microorganismes?

    <p>Perte de mobilité mais rend plus disponible certains cations et substrats</p> Signup and view all the answers

    Quel phénomène permet la structuration synchronisée du biofilm bactérien?

    <p>Quorum sensing</p> Signup and view all the answers

    Qui a découvert le rôle des microorganismes dans le 'microbial cloud' humain?

    <p>Meadow et al.</p> Signup and view all the answers

    Quel terme décrit la relation entre les plantes et les microorganismes?

    <p>Symbiose</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal habitat microbien discuté dans le texte?

    <p>Plastisphère</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que la microbiologie environnementale étudie principalement?

    <p>Les microorganismes dans les systèmes aquatiques</p> Signup and view all the answers

    Quel phénomène est associé à la communication intercellulaire dans les biofilms bactériens?

    <p>Quorum sensing</p> Signup and view all the answers

    'Humans differ in their personal microbial cloud.' Quelle étude a fait cette découverte?

    <p>Meadow et al., 2015</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que LUCA selon les dernières recherches?

    <p>Le dernier ancêtre commun universel</p> Signup and view all the answers

    Quelle est l'une des caractéristiques de la biomasse microbienne dans le sol selon le texte?

    <p>Elle contient entre 106 et 109 bactéries.</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal constat concernant la diversité microbienne qui dépend du milieu?

    <p>Elle est influencée par la disponibilité des ressources et les conditions environnementales.</p> Signup and view all the answers

    Quel rôle les microorganismes jouent-ils dans le cycle de l'eau selon le texte?

    <p>Ils participent au processus de condensation et de précipitation.</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la principale caractéristique des microorganismes présents dans les environnements extrêmes?

    <p>Ils sont résistants aux conditions physiques et chimiques extrêmes.</p> Signup and view all the answers

    Quel est l'impact de l'anthropocène sur la perturbation naturelle des sols?

    <p>L'anthropocène intensifie la perturbation naturelle des sols.</p> Signup and view all the answers

    Quel est le nombre approximatif d'espèces inconnues présentes dans 1 g de sol selon le texte?

    <p>Entre 5000 et 20000 espèces inconnues.</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la principale caractéristique de la biomasse microbienne dans le sol selon le texte?

    <p>Elle contient entre 106 et 109 bactéries par gramme de sol</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal impact de l'anthropocène sur la perturbation naturelle des sols?

    <p>Les sols sont plus perturbés depuis l'anthropocène</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la principale caractéristique des microorganismes dans les nuages selon le texte?

    <p>Ils jouent un rôle important dans le cycle de l'eau</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la principale caractéristique des microorganismes dans les nuages selon le texte?

    <p>Ils jouent un rôle important dans le cycle de l'eau</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce qui détermine principalement la diversité microbienne selon le texte?

    <p>Le milieu environnemental</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal facteur de la diversité microbienne selon le texte?

    <p>La disponibilité de nutriments</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la caractéristique principale de la rhizosphère selon le texte?

    <p>Elle est favorable à la croissance des plantes</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la fonction principale des microorganismes dans les sols selon le texte?

    <p>Favoriser la dégradation des nutriments</p> Signup and view all the answers

    Quel est l'objet principal d'étude de l'écologie microbienne selon le texte?

    <p>La diversité et l'activité des microorganismes dans leur environnement</p> Signup and view all the answers

    Quel phénomène entraîne une perte de mobilité mais rend plus disponible certains cations, substrats?

    <p>Adhésion aux surfaces</p> Signup and view all the answers

    Quel terme décrit la multiplication rapide avec production d'exopolymères et la modification de l'état de surface?

    <p>Colonisation rapide</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce qui est discuté dans le texte en relation avec les relations entre organismes?

    <p>Relation plantes-microorganismes</p> Signup and view all the answers

    Qui a découvert la différence des humains dans leur nuage microbien personnel?

    <p>Meadow et al., 2015</p> Signup and view all the answers

    Quel scientifique a mis en évidence les virus dans le texte?

    <p>Amaral-Zettler et al., 2020</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que LUCA selon les dernières recherches?

    <p>Le dernier ancêtre commun universel</p> Signup and view all the answers

    Quel est l'objet d'étude principal de l'UE Introduction à l’écologie microbienne?

    <p>Les microorganismes dans les systèmes aquatiques</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal facteur déterminant la pression de sélection dans la nature selon le texte?

    <p>La disponibilité des ressources limitées</p> Signup and view all the answers

    Quel terme désigne l'étude de l'ADN environnemental dans le domaine de l'écologie microbienne?

    <p>Metatranscriptomique</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est principalement utilisée pour l'isolement des microorganismes sur milieux de culture?

    <p>PCR</p> Signup and view all the answers

    Quelle technique est utilisée pour étudier la diversité génétique en relation avec la fonction des microorganismes?

    <p>Confocal</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour étudier les protéines environnementales dans le domaine de l'écologie microbienne?

    <p>Metaproteomique</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour l'étude de l'ARN environnemental dans le domaine de l'écologie microbienne?

    <p>Metatranscriptomique</p> Signup and view all the answers

    Quel domaine est principalement concerné par l'étude de l'ADN environnemental et de l'ARN environnemental?

    <p>Metagenomique</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour étudier l'ensemble des gènes présents dans un échantillon environnemental?

    <p>Metagenomique</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est principalement utilisée pour étudier les activités métaboliques des microorganismes dans leur environnement?

    <p>Metaproteomique</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour étudier la diversité génétique et fonctionnelle des virus dans un échantillon environnemental?

    <p>Metagenomique</p> Signup and view all the answers

    Quelle technique est principalement utilisée pour visualiser la structure tridimensionnelle d'échantillons biologiques dans le domaine de l'écologie microbienne?

    <p>Confocal</p> Signup and view all the answers

    Quel type de microscopie est utilisé pour l'étalement sur lame d’un échantillon de sol et le comptage au microscope?

    <p>Microscopie à contraste de phase</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour mesurer la minéralisation d’un substrat apporté, telle que le carbone ou l'azote?

    <p>Mesure isotopique du carbone 14 (14C)</p> Signup and view all the answers

    Quelle technique est utilisée pour l'analyse des acides nucléiques à partir d'échantillons de sol?

    <p>Réaction en chaîne par polymérase (PCR)</p> Signup and view all the answers

    Quel type d'électrophorèse est utilisé pour étudier l'impact des HAP sur la structure des communautés microbiennes?

    <p>Électrophorèse sur gel à gradient de dénaturation (DGGE)</p> Signup and view all the answers

    Quel type de mesure permet de connaître la source de carbone utilisée par les microorganismes?

    <p>Analyse isotopique du carbone 13 (13C)</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour mesurer le supplément de carbone ou d'azote minéralisé ou extractible dans un traitement fumigé par rapport au traitement témoin?

    <p>Respirométrie</p> Signup and view all the answers

    Quel type de mesure permet d'estimer la biodiversité et la biomasse microbienne dans un échantillon de sol?

    <p>Techniques PLFA (PhosphoLipid Fatty acid Analysis)</p> Signup and view all the answers

    Quelle technique est utilisée pour l'analyse in situ des biomarqueurs lipidiques, fournissant des informations sur la physiologie et la biodiversité des microorganismes?

    <p>Immunofluorescence</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour quantifier un gène ciblé dans le sol?

    <p>PCR quantitative (qPCR)</p> Signup and view all the answers

    Quelle technique est utilisée pour l'identification in situ des microorganismes?

    <p>FISH</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour relier diversité et fonction par approche SIP (Stable-Isotope Probing) selon le texte?

    <p>NGS</p> Signup and view all the answers

    Quelle technique est utilisée pour l'extraction de l'ADN du sol marqué avec fluorochromes et ciblant les mycorrhizes?

    <p>PCR marquée avec fluorochromes</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode est utilisée pour l'analyse de la structure des communautés microbiennes?

    <p>Analyse de la structure des communautés microbiennes par TRFLP et RFLP</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la profondeur moyenne du milieu marin selon le texte?

    <p>3800 m</p> Signup and view all the answers

    Quel pourcentage de la surface de la terre est occupé par le milieu marin?

    <p>71 %</p> Signup and view all the answers

    Combien d'espèces marines diverses sont vérifiées sur la planète terre?

    <p>243 307 espèces</p> Signup and view all the answers

    Quel type d'organismes domine principalement les paysages marins en termes de biomasse?

    <p>Les animaux</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la diversité spécifique du milieu marin par rapport au milieu terrestre?

    <p>Plus faible</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal habitat des micro-organismes évoqué dans le texte?

    <p>Le milieu marin</p> Signup and view all the answers

    Quel est le pourcentage de la surface de la terre occupé par la profondeur moyenne du milieu marin?

    <p>71 %</p> Signup and view all the answers

    Quel est le rôle important de l'éclairement en profondeur dans le milieu marin?

    <p>Il a un rôle important sur la répartition des espèces.</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce qui renfermerait des groupes nouveaux ou peu connus selon le texte?

    <p>Les micro-organismes</p> Signup and view all the answers

    Qui sont relativement bien répertoriés sur les vertébrés marins selon le texte?

    <p>Invertébrés marins</p> Signup and view all the answers

    Quel pourcentage des gélifiants et épaississants du marché sont constitués par les polysaccharides de la phase matricielle de la paroi?

    <p>40%</p> Signup and view all the answers

    Quels sont les principaux monosaccharides constitutifs des polysaccharides de la paroi des végétaux?

    <p>Oxydation 1C</p> Signup and view all the answers

    Quelle algue est associée à des applications telles que la stabilisation de produits surgelés, la protection des films alimentaires et la clarification des huiles, du vin, du vinaigre et de la bière?

    <p>Laminaria digitata</p> Signup and view all the answers

    Quel additif alimentaire est associé au contrôle de la formation de cristaux au moment de la congélation, à la révélation de goûts et à une texture fine, onctueuse et unie dans les glaces, crèmes glacées et sorbets?

    <p>Alginate de sodium (E 401)</p> Signup and view all the answers

    Quel pourcentage des applications des agars se situe dans le domaine alimentaire?

    <p>90%</p> Signup and view all the answers

    Quel type de métabolisme nécessite à la fois la lumière et le carbone inorganique (CO2)?

    <p>Métabolisme autotrophe</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal défi biotechnologique majeur associé aux microalgues selon le texte?

    <p>Domestiquer les souches pour accroître leur productivité tout en diminuant les coûts de production</p> Signup and view all the answers

    Quel pourcentage de lipides les microalgues peuvent-elles contenir?

    <p>80%</p> Signup and view all the answers

    Quel type d'algues est associé à l'autoassemblage tridimensionnel très complexe de composants microscopiques, modelant pour la fabrication d'appareils miniatures dans l'industrie des composants électroniques?

    <p>Diatomée Thalassiosira pseudonana</p> Signup and view all the answers

    Quelle est l'origine des eucaryotes selon les dernières recherches?

    <p>Des algues microscopiques procaryotes (cyanobactéries) et eucaryotes</p> Signup and view all the answers

    Quelle algue est associée à l'alimentation en eau saumâtre et à la production possible sur des terres non arables?

    <p>Spiruline Arthrospira platensis</p> Signup and view all the answers

    Quelle application est associée aux algues rouges carraghénanes selon le texte?

    <p>Gélifiant pour les desserts et les sauces</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la fonction principale des récifs coralliens selon le texte?

    <p>Fournir un habitat pour les espèces marines</p> Signup and view all the answers

    Qu'est-ce que les zooxanthelles apportent au polype dans la relation symbiotique?

    <p>Oxygène, nourriture, favorise la sécrétion du squelette calcaire</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal usage des macroalgues selon le texte?

    <p>Usage alimentaire</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la principale caractéristique des algues brunes selon le texte?

    <p>Elles peuvent atteindre de grandes tailles (60m)</p> Signup and view all the answers

    Quel est le pourcentage de la production de macroalgue destiné à un usage alimentaire à l'échelle mondiale selon le texte?

    <p>75%</p> Signup and view all the answers

    Quels sont les phycocolloïdes issus des algues mentionnés dans le texte?

    <p>Agars, carraghénanes et alginates</p> Signup and view all the answers

    Quel est le principal pays producteur de macroalgue à l'échelle mondiale selon le texte?

    <p>Chine</p> Signup and view all the answers

    Quel est l'objectif principal de la culture et de la collecte de macroalgues et végétaux aquatiques selon le texte?

    <p>Usage alimentaire</p> Signup and view all the answers

    Study Notes

    • Le texte traite de l'analyse de la diversité virale sur Terre, avec une présentation d'un graphe de réseau montrant les groupes viraux détectés dans différents environnements et leurs connexions.

    • Les caractéristiques des bactériens, champignons, archées et viruses sont comparées, avec une attention particulière sur leur taille, matériau génétique, mode de réplication et présence d'organites.

    • Pour analyser la diversité microbienne, il est nécessaire de définir l'espace et le temps de l'étude.

    • Un microbiote est une communauté de micro-organismes vivant dans un même environnement.

    • Les indices de diversité et les facteurs qui la modifient sont abordés, avec une mention de la présence de processus multi-échelle.

    • Les mutations dans l'ADN sont décrites, avec une distinction entre l'insertion/délétion et la substitution, et leur effet sur la séquence de l'ARNm.

    • L'évolution du taux de mutation d'une culture bactérienne d'Escherichia coli est présentée, montrant qu'elle a été cultivée depuis 1988 et a atteint 55 000 générations.

    • Le transfert horizontal de gènes est discuté, avec une mention de la conjugaison, la transduction et la transformation bactérienne et leurs conséquences sur la diversité des souches d'Escherichia coli et d'autres bactéries.

    • Extraction de l'ADN du sol utilisant des marqueurs PCR ciblant Mycobacterium (Cheung et al, 2005)

    • Analyse de la structure des communautés microbiennes par TRFLP et RFLP (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Extraction de l'ADN du sol PCR marquée avec fluorochromes et ciblant les mycorrhizes (Johnson et al, 2003)

    • RISA analysis extraction ADN PCR ciblant l'ITS (espace intergénique entre 16S et 23S) et séparation sur gel (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Impact des vers de terre sur la structure des communautés microbiennes (Kersanté et al, 2006)

    • Clonage, séquençage, analyses phylogénétiques avec plasmide (vecteur), transformation dans bactérie compétente et ADNr 16s (PCR) ligation (Lerch - IEES Paris Séquençage de l'insert)

    • Criblage et étalement sur un milieu de culture particulier (M1 STAEE parcours OMICS)

    • Quantification des microorganismes par PCR quantitative (qPCR) et cette dernière utilisé pour quantifier un gène ciblé (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Les microorganismes peuvent être actifs, dormants, morts ou extracellulaires, l'ADN est présent dans les bactéries actives, dormantes, mortes et extracellulaires, l'ARN uniquement synthétisé par les bactéries actives dans le sol (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Reverse transcription ADN complémentaire (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Techniques PCR/qPCR utilisées pour cibler un gène fonctionnel avec des marqueurs spécifiques (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Séquençage d'exemple : expression des gènes de dégradation de l'atrazine chez Pseudomonas sp. (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Identification in situ par FISH (Eickhorst and Tippkötter, 2008)

    • Nouvel enjeu : relier diversité et fonction par approche SIP (Stable-Isotope Probing) (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Exemple : bactéries dégradant l'atrazine 13C dans des galeries de vers de terre avec αProteobacteria, γ-Proteobacteria et β-Proteobacteria (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • NGS (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Banque de clones : l’ancêtre (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Applications des NGS avec ARN et ADN, génome entier, ADN codant, génome de novo, ADN immunoprécipité, ADN méthylé, ARN immunoprécipité, ARN non codant, ARNm, mutations/SNP, RNASeq, ExomeSeq, miARN, Small RNASeq, ClipSeq, Séquençage de novo, Reséquençage, Séquençage d'ARN, MeDIPSeq, BisulfiteSeq, Interactions ARN/protéines, Interactions ADN/protéines, Méthylation de l'ADN (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Pour quels questions : Metabarcoding, RNA seq, Whole genome shotgun, Microarray (Lerch - IEES Paris M1 STAEE parcours OMICS)

    • Comparaison entre méthodes : caractérisation de communautés microbiennes d'un sol agricole soumis à différents types de fertilisation, long terme experimental site de Uppsala, Suède, A, B, C, F, H, J, O, L, I, Sol nu, Sol cultivé, Nitrate de calcium, Paille, Engrais vert, Fumier, Boues (STEP), Sciure de bois, Tourbe (Lerch, 2010)

    • Propriétés physico-chimiques des sols avec soils treatments, code, Total C, Total N, C/N, pH, Bare fallow, Unfertilised, Ca(NO3)2, Straw, Straw+ Ca(NO3)2, Green manure, Farmyard manure, Sewage sludge (Lerch, 2010).

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