Résumé microbio: Chapitre 2 - Staphylococcus (PDF)

**[Résumé Microbio]** **[Chapitre 2 : Staphylococcus]** Micrococcaceae - Micrococcus \[aérobie stricte\] - Staphylococcus \[Aero-anaérobie facultatif\] - *Staphylococcus epidermidis* - *Staphylococcus saprophyticus* - *Staphylococcus simulans* - *Staphylococcus sc...

**[Résumé Microbio]** **[Chapitre 2 : Staphylococcus]** Micrococcaceae - Micrococcus \[aérobie stricte\] - Staphylococcus \[Aero-anaérobie facultatif\] - *Staphylococcus epidermidis* - *Staphylococcus saprophyticus* - *Staphylococcus simulans* - *Staphylococcus sciuri* - *Staphylococcus hyicus* - *Staphylococcus intermedius* - ***Staphylococcus aureus*** (espèce la plus importante en pathologie humaine) - Morphologie - Petit cocci rond : 0.8-1 micromètre - Groupement : tétrade -- diplo -- courtes chainettes - Immobile - Non sporulé - Habitat : - Réservoir (chez l'homme) : - Nez humain - Cutanée - Intestinal - Transmission : - Directe : - Manuportée à partir du nez - Lésions ouvertes (cutanée -- muqueuse) - Indirecte : - Objets souillés - Aliments - Caractères culturaux : - Température : 37 degré Celsius - Production de pigment jaune doré - Bactérie non exigeante : - Culture sur gélose ANC - Culture Chapman (Milieu nutritif gélosé hypersalé à 7.5% de NaCl) - Stomatococcus \[Aero-anaérobie facultatif\] - Planococcus \[Aero-anaérobie facultatif\] **[Les toxines de *Staphylococcus aureus*]** 1. Hémolysines : a. Alpha (souches humaines) b. Beta (souches animales) 2. Leucocidines  destruction des granulocytes, macrophages et basophiles. 3. Exofoliatines / Epidermolysines toxicité spécifique de l'eau (Syndrome peau ébouillantée) 4. Toxines du choc toxique staphylococcique (TSST) : produite par 95% des souches responsable du syndrome rash érythémateux 5. Toxines pyrogènes impliquée dans les fièvres scarlatiniformes staphylococciques 6. Entérotoxines : Toxines A, B, C1, C2, C3, D et E Toxines protéiques à manifestation clinique digestive car résistantes aux enzymes digestives c. Intoxication alimentaire i. Symptômes : vomissement, diarrhée, douleurs abdominales ii. Aliments : lait, crèmes, viandes souillées iii. Intoxication : épidémie localisée d. Entérocolites pseudo-membraneuses iv. Sélection de souches de *S. aureus* résistants aux traitement et sécrétrices de toxines v. Symptômes : diarrhées intenses, déshydratation, hémorragie digestive **[Les enzymes de *S. aureus*]** 1. Coagulase libre : a. Protéine extracellulaire se lie à la prothrombine=staphylothrombine, transformation du fibrogène en fibrine b. Pathogénie : coagulation du plasma autour cocci protection de la bactérie contre les antibiotiques 2. Coagulase liée : c. Réagit directement avec fibrinogène. d. Existe chez toute souche humaine 3. Fibrinolysine : Pathologie : diffusion des micro caillots septiques, dislocation du caillot. 4. Autres : e. Lipases f. Phosphatase g. Protéases **[Diagnostique]** 1. Prélèvements : a. Asepsie rigoureuse b. Lésions suppuratives 2. Culture 3. Identification c. Grame C positive d. Catalase positive oxydase negative e. Coagulase liée f. Coagulase libre 4. Diagnostique sérologique : titrage des anticorps anti-staphylolysines 5. Lysotypie **[Pouvoir Pathogène]** 1. Infections cutanées, muqueuses a. Superficielles b. Profonde c. Rash scarlatiniforme 2. Infection ORL d. Angine e. Sinusites f. Otites 3. Localisation : g. Pulmonaire h. Rénale i. Cardiaque j. Neuro-méningées 4. Septicémies (mortalité 20-30%) souvent succèdent à une infection élevée 5. Syndromes provoqués / Toxines entérocolites pseudomembraneuses ; choc toxique staphylococcique L'immunité cellulaire (lymphocyte T) jouent un rôle important dans les infections à *S. aureus*. L'immunité humorale est moins importante. Si l'immunité baisse : l'infection augmente ce qui cause : - Syndrome de Job - Granulomatose familiale - Diabète **[Antibiogramme ]** 1. Beta-lactamines : Pénicilline G et V, Oxacilline, Céphalosporines a. Production d'origine plasmidique : ces enzymes inactivent l'antibiotique par ouverture du cycle beta-lactame b. Modification de la cible : Les beta-lactamines ont pour cible la PLP auxquelles elles se fixent irréversiblement ce qui arrête la formation de peptidoglycane. 2. Aminosides : *S. aureus* normalement sensible mais une inactivation enzymatique de l'antibiotique peut être détecté 3. Macrolides : efficace mais cas de résistance par modification de cible ribosomale 4. Glycopeptides c. Vancomycine d. Teicoplanine 5. Ac. Fusidique 6. Rifampicine 7. Fluoroquinolones **[Staphylocoque à coagulase (-)]** - *S. epidermidis* - Résistant à la polymyxine - *S. saprophyticus* infection urinaire chez les jeunes femmes + PLUS résistant aux antibiotiques que *S. aureus* - Résistant à novobiocine - Et fosfomycine - *S. haemolyticus* - Résistant à la bacitracine Faible pouvoir pathogène (mais peuvent être à l'origine d'infections nosocomiales *\[Porte d'entrée : le cathéter ou voies veineuses\]*) et détruits plus rapidement Le mécanisme de résistance est la production de pénicillinase et modification des PLPs. HABITAT : Certains sont hôtes de l'homme (somme *S. epidermidis*), d'autre de l'animal, d'autre des 2. CARACTERES BACTERIOLOGIQUES : - Absence de coagulase - Incapable de fermenter le mannitol - Identification sur caractère bactériologique classique comme nitratase. FACTEURS DE RISQUE DES INFECTIONS NOSOCOMIALES : - Immunodépression - Pathologie comme cancer, SIDA, diabètes - Prise de médicaments comme corticoïdes - Actes invasifs comme chirurgie **[Chapitre 3 : Streptococcus]** - Cocci gramme positif (rond ou ovale) - Diplocoque -- chainettes longues - Immobiles - Capsule caractère irrégulier : A et C capsule en phase exponentielle, *S. pneumoniae* : capsule chez les souches pathogènes Caractères culturaux : - Streptocoques = germes exigeants : culture sur milieux enrichis peptones + extrait de viande + sang - Aérobie -- Anaérobie préférentielles - Aspect des colonies : - A, C, G colonies petites - B et D colonies plus grandes et blanchâtres - Pour *S. peumoniae* 1mm, opaque, muqueuse. Classification des streptocoques se base sur : - Leur pouvoir hémolytique - Hémolyse incomplète : streptocoques alpha hémolytiques comme *Streptococcus viridans* ou *pneumoniae* - Hémolyse complète : streptocoques beta hémolytiques - Pas d'hémolyse : hémolyse gamma : streptocoques non hémolytiques - Classification de Lancefield : un antigène de la paroi permet de définir 20 groupes : A H puis K V. - Les groupes D et N ont des Antigènes à base d'acides téichoïques - Les autre ont le polyoside C, formé d'antigènes polysaccharidiques. - Certains sont dépourvus de ces antigènes et sont alors non groupables. **[Les antigènes ]** - Antigènes structuraux : - Antigènes capsulaires : acide hyaluronique - Antigènes liés à la paroi (pour classification de Lancefield) : protéine M et peptidoglycane - Antigènes cytoplasmiques - Antigènes extracellulaires **[Habitat]** - Streptocoques oraux : S. salivarius, S. mutans, S. sanguis - Streptocoques A C G : oropharynx, peau et muqueuse - Streptocoques B : vagin - Streptocoques D : intestin - *Streptococcus peumoniae* : voies aériennes supérieures Les streptocoques pathogènes responsables d'infections aigues : - Streptocoques alpha-hémolytiques : S. peumoniae - Streptocoques Beta-hémolytiques : - Groupe A : *S. pyogenes* - Habitat : Strictement humaine dans amygdales et pharynx - Caractères culturaux : gélose au sang - Antigènes : - Capsule : acide hyaluronique - Polyoside C - Protéine M - Produits élaborés : - Hémolysine : cytotoxique ; Streptocoques A, C, G : - Streptolysine O : toxine cytotoxique sans O2 - Streptolysine S : insensible au O2, responsable de l'hémolyse en surface - Toxine erythrogene : - Pyrogène - Secrétée par streptocoques groupe A - Responsable de la scarlatine - Streptokinase : (fibrinolysine) A C et G - Dégrade la fibrine - Utilisé dans le traitement médical des embolies - Désoxyribonucléase (Streptodornase) - Lyse des acides nucléiques - Streptococcies cutanées - Hyaluronidase : détruit le tissu conjonctif - Pouvoir pathogène (de 2 types) : - Lésions suppuratives - Angine streptococcique : douleur + fièvre. - Infections cutanéomuqueuses : - Erysipèle - Impétigo streptococcique - Cellulites cutanées - Gangrène sous cutanée streptococcique - Infection locales ou generales : - Surinfections d'atteinte bronchopulmonaires d'origine virale - Endométrites streptococciques - Infections profondes comme endocardites - Choc toxique streptococcique - Complications post-streptococciques - Rhumatisme articulaire aigu : maladie immuno-allergique ; prédispositions familles dû à : - Déterminant Ag commun entre polyoside C - Dépôt de complexe -- immun circulatoire - Glomérulonéphrite aigue : Réservoir et transmission : homme - Fréquence des infections : - 79% non invasive - 21% invasive - Diagnostic bactériologique : - Prélèvement - Examen direct - Culture : gélose sang ; anaérobiose ou 5% CO2 - Identification - Antibiogramme - Dosage anticorps antistreptolysine O (ASLO) ; Infection à streptocoques C et G si élévation de ASLO - Streptodornase (plus spécifique) - Groupe B : *S agalactiae* - Infections périnatales - Mastite bovine - Habitat : Commensale - Pouvoir pathogène : - Infections sévère chez nourrissons et adultes - Immunité : Acide antiplyoside C - Diagnostique microbiologique : - Prélèvement : - Culture : sélective -- bouillon nutritif - Recherche d'Ag soluble - Antibiogramme avec pénicilline, ampicilline par exemple. - Bactérie plus résistante et traitement : ampicilline + gentamycine - Groupe D : *S. bovis* (endocardite ou cancer du côlon)*, S. equinus, S. suis* (Septicémie, méningite) - Très résistants aux antibiotique beta-lactamines **[Chapitre 4 : Streptococcus Pneumoniae et Enterococcus]** *Streptococcus pneumoniae* : - Diplocoques à Gram + - Présence d'une grosse capsule - Alpha hémolytique - Diagnostique : - Prélèvement monomicrobien - Examen direct : la morphologie en diplocoques capsulés est très caractéristique. - Culture GS anaérobie : gélose sélective - Caractères d'identification bactériologique sont : - Sensibilité à l'optochine - Lyse par les sels biliaires - Gonflement de la capsule en présence de sérum pneumococciques - Agglutination de la souche par un sérum antipneumococciques - Habitat : Homme ; commensale des voies respiratoires supérieures ; infection sévère (mortalité importante) ; taux de portage plus élevé chez les enfants et surtout les garçons - Antigènes structuraux : - Capsulaire - Rôle antigénique - Rôle dans la virulence - Antigènes extracellulaires : - Hémolysine - Autolysine - Neuraminidase - Hyaluronidase - Facteur de virulence : pouvoir pathogène des pneumocoques dépend de la présence de la capsule + la pneumolysine - Affections locales : - Pneumonie - Infections broncho-pulmonaires - Infection ORL - Otites moyennes surtout chez les enfants de moins de 3 ans - Affections systématiques : - Méningite à pneumocoque : touche surtout les enfants et les personnes âgées - Septicémies fulminantes - Traitement : - Pénicilline, Ampicilline - Macrolides - Triméthoprime/ Sulfamethoxazole - Sensibilité aux pénicillines : - Sensibilité intermédiaire pour 0.1 \> CMI \< 1 microgramme/mL - Résistant à la pénicilline G pour CMI \> 1 microgramme/ mL - Mécanisme de résistance : Modification des protéines de liaison aux pénicillines PLP. Concerne la pénicilline G mais aussi d'autres beta-lactamine - La vaccination : intérêt chez les enfants pour prévenir les infections invasives - Vaccin antipneumococcique polyvalent (Pneumovax) - Le Prevenar - Les streptocoques non groupables (Première cause d'endocardite): - *Streptococcus mitis* - *Streptococcus sanguis* - *Streptococcus salivarius* - *Streptococcus mutans* - Identification : caractères métaboliques - Sensibilité aux antibiotiques : sensibles aux antibiotiques mais difficile à traiter à cause des sites - Les Entérocoques : - *E. durans* - *E. avium* - *E. gallinarium* - Habitat : Flore bucco-pharyngée et intestinale et peuvent coloniser les muqueuses génito-urinaires - Diagnostic : - Examen direct - Culture milieux usuels - Culture en milieu hypersalé à 6.5% de NaCl - Cultivent en présence de bile et fermentent l'esculine en esculetol qui provoque noircissement du milieu - Résistants à la bacitracine - Groupage après extraction de l'Ag de groupe - Pouvoir pathogène : - Pathogène opportuniste - Responsables d'infections urinaires, dentaires, génitales - Septicémies - Traitement : - Ampicilline - Amoxicilline - Choix bactéricide : ampicilline + gentamycine - Sensibilité aux antibiotiques : - Moins sensibles aux antibios que les streptocoques - Tolérants aux pénicillines, céphalosporines **[Chapitre 5 : Niesseria Moraxella Kingella]** Cocci à Gram négatif (celles listées ont pour réservoir l'homme uniquement) - *Neisseria meningitidis* - Agent du méningocoque - Habitat : Rhinopharynx - Aérobie stricte - Transmission interhumaine par voie aérienne - Morphologie : - Diplocoque en grain de café - Capsule polysaccharidique : 12 sérogroupes A, B, C, X, Y, Z, 29 E, W135, H, I, K, L - Culture : milieux riches en gélose chocolat à 5-10% CO2 ; germe fragile sensible aux variations pH - Caractères biochimiques : Glucose +, Maltose +, Catalase +, Ozydase + - Antigène : Types capsulaires : A, B, C, X, Y, Z, 29 E, W135, H, I, K, L - Pouvoir pathogène : - Méningites à méningocoque : céphalée, vomissement, fièvre 39-40 degré C - Septicémie à méningocoque : - Forme aigue : éruption érythémateuse - Formes suraiguës : purpura fulminans - Arthrites - Atteintes cardiaques - Atteintes pulmonaires - Epidémiologie : - Plus fréquente chez les garçons - Maladie à déclaration obligatoire - Epidémie surtout endémie - Diagnostique : - Culture : gélose chocolat - Identification biochimique - Recherche d'antigènes solubles - Amplification génique (PCR) - Traitement curatif : - Amoxicilline - Céphalosporines de 3^e^ génération - Si allergie aux beta-lactamines : ciprofloxacine - Prophylaxie : - Antibioprophylaxie : - Ceftriaxone (IV) - Ciprofloxacine (VO) - Rifampicine (VO) - Vaccination des enfants - Vaccination de masse lors d'épidémies à Neisseria de sérogroupe A ou C - Vaccination des sujets se rendant en zone de haute endémicité A ou W135 - Pas de vaccin contre le sérogroupe B - Toute substance irritante pour rhinopharynx sera évitée - *Neisseria gonorrhoeae* - Bactérie pathogène stricte chez l'homme - Morphologie : - Gram négatif - Paires, bactérie intraleucocytaire - Culture : - Très fragile dans le milieu extérieur - Culture sur milieu enrichi comme gélose chocolat ou sélective - Caractère biochimique : - Oxydase + - Catalase + - Lactate + - Glucose + - Antigènes : - Pili - Capsule - LPS - Pouvoir pathogène - Chez l'homme : - Urétrite - Epididymite - Prostatite - Chez la femme : - Urétrite et cervicite - Perte vaginale - Complication : salpingite - Dissémination septicémique - Chez les deux sexes : - Pharyngées - Conjonctivite - Gonococcemie - Purulente - Transmission : vénérienne - Immunité : Non protectrice - Epidémiologie : - Malade jeune - Portage asymptomatique - Ignorance de la maladie chez la femme - Diagnostic : - Prélèvement - Urétrite : prélèvement urétral avant toute miction - Cas généralisés : hémoculture - Prélèvement œil - Prélèvement pharyngée etc. - Examen direct : - Cocci Gram négatif intracellulaire - Oxydase + Catalase - Traitement : - Ceftriaxone - Céfixime - Ciprofloxacine - Spectinomycine - Prophylaxie : - Indisponibilité de vaccins efficaces - La prophylaxie locale est efficace - Les mesure d'hygiène - Nisseria Saprophytes - Flore commensale - Pathogène occasionnel - *Moraxella catarrhalis* - 6 espèces : commensales ou pathogène : - Des voix respiratoires chez l'homme - Tractus uro-génital. - Aérobie stricte - Oxydase + - Catalase + - Beta lactamase + - Culture sur gélose au sang - Pouvoir pathogène : - Infection du tractus respiratoire - Infection broncho-pulmonaire - Otites chez l'enfant - Sinusites - *Kingella Kingae* - Pouvoir pathogène : faible Endocardite - Coccobacilles - Gram -- aérobie - Oxydase + Catalase --