بيوشيمي جلسه 3 دکتر قاسميان PDF
Document Details
Uploaded by Deleted User
دانشگاه علوم پزشکی جندیشاپور اهواز
دکتر مجید قاسمیان
Tags
Summary
هذه الوثيقة هي ملخص لمحاضرة حول الببتيدات والبروتينات. فهي تُغطي المواضيع مثل مصادر البروتينات، واليونيـزيشن
Full Transcript
بنام خدا مدرس :دکتر مجید قاسمیان استادیارگروه بیوشیمی بالینی دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز پپتیدها و پروتئینها منابع بیوشیمی لنینجر بیوشیمی دولین بیوشیمی هارپر یونیزاسیون گروه های اسید آمینه اسیدهای آمینه درداخل مح...
بنام خدا مدرس :دکتر مجید قاسمیان استادیارگروه بیوشیمی بالینی دانشگاه علوم پزشکی جندی شاپور اهواز پپتیدها و پروتئینها منابع بیوشیمی لنینجر بیوشیمی دولین بیوشیمی هارپر یونیزاسیون گروه های اسید آمینه اسیدهای آمینه درداخل محلول به شکل یون دوقطبی یا زویتریون عمل می کنند. زویتریون می تواند به صورت اسید (دهنده پروتون) یا باز (گیرنده پروتون) عمل کند. هر چه تمایل به تفکیک یک هیدروژن بیشتر باشد اسید قوی تر است و pKپایین تر خواهد بود. پروتئینها دو اسBیدآمینه میتواننBد بBه طBور ک واالن از طریBق یBک پیونBد آمیBدی بBه هم متصBل شBوند کBه بBه آن پیون د پپتیدی گفتBه میشBود و بBه محصBول حاصBل دی پپتید گفتBه میشBود.اصطالح ریشه ( )residueاشاره به از دست رفتن عنصر آب در هنگام اتصال یک آمینواسید به آمینواسید دیگر دارد). پیوند سیس و ترانس پیوند پپتیدی ترانس :در این حالت گروه جانبی اسید آمینه های کناری در جهت های مخالف قرار می گیرند پیوند پپتیدی سیس :در این حالت گروه جانبی اسید آمینه های کناری در یک طرف پیوند پپتیدی قرار می گیرند. بنابراین بین گروه های Rجانبی نیروهای نامناسب دافعه ایجاد می شود. به همین خاطر پیوند های پپیتیدی ترانس در پروتئین ها وجود دارد بجز در مکانهایی که پرولین وجود دارد.در پرولین هر دو آرایش سیس و ترانس شکل می گیرد ولی با این حال اکثر آریش نیز به شکل ترانس می باشد. شیرین کننده مصنوعی آسپارتام یا نوتراسوئیت نوعی دی پپتید است که به عنوان شیرین کننده مصنوعی استفاده میشود و از ریشه های آسپارتات و فنیل آالنین تشکیل شده است.سازمان بهداشت جهانی ( )WHOآسپارتام را یک عامل احتمالی سرطان می داند. وقBتی تعBداد کمی اسBیدآمینه از این طریBق بBه هم متصBل شBوند سBاختمانی ایجBاد میکننBد کBه اولیگو پپتید نBام دارد و وقتی که این تعداد زیاد شوند محصول را پلی پپتید گویند. انواع سطوح پروتئین ساختمان اول ساختمان دوم پروتئین ساختمان سوم پروتئین ساختمان چهارم پروتئین ساختمان اول توالی خطی اسیدهای آمینه پپتید :دی ،تری ،تترا پپتید اولیگو پپتید :تا 20اسید آمینه پلی پپتید :از 20تا 50اسید آمینه پروتئین :بیشتر از 50اسید آمینه ساختمان دوم پروتئین اشاره به کونفورماسیون موضعی قسمتی از پلی پپتید دارد که الگوی تا شدن منظمی دارد. انواع ساختاردوم -1 :مارپیچ آلفا -2صفحات بتا -3پیچ بتا مارپیچ آلفا ( :)α-Helixدر این مارپیچ گروه های Rاسیدآمینه به سمت قسمت خارج اسکلت مارپیچ امتداد دارند.واحد تکراری یک دور مارپیچ است که A 5.4طول دارد.و در هر دور 3.6 اسید امینه وجود دارد. این ساختمان با تشکیل پیوند هیدروژنی بین اتم هیدروژن متصل به اتم نیتروژن الکترونگاتیو یک پیوند پپتیدی و اتم اکسیژن کربونیل آمینواسید چهارم (nام و n+4ام) موجود در سمت انتهای آمینو آن پایدار شده و زنجیرههای جانبی به سمت خارج اسکلت مارپیچ بیرون زدهاند. دو اسید آمینه پرولین و گالیسین باعث ناپایداری مارپیچ میشوند. کونفورماسیون بتا ()β-Sheet نوعی کونفورماسیون امتداد یافته تری است که یک ساختمان زیگزاگی دارد و صفحه بتا نامیده می شود. زنجیره های پلی پپتیدی مجاور در یک صفحه بتا به صورت موازی هم سو یا ناهمسو هستند. پیوندهای هیدروژنی بین قطعات مجاور زنجیر پلی پپتیدی برقرار گردیده و گروههای Rآمینواسیدهای مجاور طی یک الگوی متناوب در جهتهای مخالف از این ساختار زیگزاگی خارج میشوند. پروتئین الیاف ابریشم یا فیبروئین ،غنی از صفحات است. نکته پزشکی فولدینگ اشتباه برخی پروتئین ها عامل مرگ تعدادی از بیماری های مغزی می باشد. بیماری جنون گاوی ( ،)Mad cow diseaseبیماری کروتز فیلد ژاکوب ()Creutzfeldt-jakob گاهی به این بیماری ها انسفالیت های اسفنجی شکل هم گفته می شود.زیرا در اغلب موارد ظاهر بافت مغز به صورت سوراخ سوراخ می باشد.عالئم اصلی این بیماران شامل زوال عقلی و از دست رفتن هماهنگی بدن است. عامل این بیماری ها پروتئینی به نام پریون می باشد ( )prion protein=prPکه این پروتئین جزئی از بافت طبیعی مغز بسیاری از پستانداران می باشد. پریون گلیکوپروتئینی است که ژن آن روی بازوی کوتاه کروموزم 20قرار دارد و به طور طبیعی مونومر و غنی از مارپیچ آلفا است.که در اثر جهش در یک اسید آمینه باعث تبدیل فرم طبیعی prP به فرم بیماری زا به نام prPSCمی شود که غنی از صفحات بتا می باشد. ارتباط بالینی :بیماریهای ساختاری ()Conformational Disease در این بیماریها پروتئینها شکل فضایی طبیعی خود را از دست داده مجتمع ()aggregate شده و در بافت رسوب میکنند. پریون :پروتئین هایی که در غیاب DNAو RNAبعنوان عامل عفونی عمل می کند. پریون سالم یک گلیکوپروتئین غنی از -هلیکس است و وقتی Misfoldingصورت میگیرد به صفات تبدیل میشود. prpc قابلیت انحالل باال دارد و به راحتی توسط پروتئازها تجزیه می شود و شامل 3مارپیچ آلفا و 2صفحه بتا است. درحالیکه prpscآرایش سمی و نامحلول است که مشخصه آن تبدیل مارپیچ آلفا به صفحات بتا است و مقاوم به پروتئاز است. در بسیاری از بیماری سیستم عصبی مثل آلزایمر ،هانتینگتون ALS (Amyotrophic lateral ، بیماری اسکلروز جانبی آمیوتروفیک ()Amyotrophic lateral sclerosis=ALS یا بیماری لو گهریگ ِاستیِو ن ویلیام هاوکینگ ()۲۰۱۸– ۱۹۴۲ برش قشر مغز از بیماران مبتال به کروتز فیلد ژاکوب که دژنراسیون اسفنجی (واکوئلی) شکل را نشان می دهد.این دژنراسیون مشخص ترین ویژگی بافتی این بیماری می باشد. پیچ های بتا ()β-Turn در پروتئین های کروی حدود یک سوم اسید های آمینه در ساختار پیچ ها و قوس ها قرار دارند. این پیچ ها دو صفحه موازی ناهمسو را به هم متصل می کنند. در هر پیچ چهار ریشه اسید آمینه وجود دارد. شامل دو نوع هستند نوع Iو نوع II در نوع IIدر موقعیت سوم همواره گالیسین قرار دارد. نکته :معموال در ساختار پیچ ها اسید آمینه پرولین قرار می گیرد. یک تاخوردگی 180درجه در ساختمان پروتئینها ایجاد میکند. در خمیدگی پیوند هیدروژنی میان عامل کربونیل ریشة nو هیدروژن آمین ریشه n + 3ایجاد میشود. ساختمان سوم تمامی ویژگی های مربوط به تا شدن سه بعدی یک پلی پپتید را شرح می دهد.در حالی که در ساختمان دوم به آرایش فضایی ریشه های اسید آمینه اشاره می کند. ارتباط فضایی اسیدهای آمینه دور دست در یک رشتة پلی پپتیدی را گویند. اکثرپروتئین ها تا سطح سوم سازماندهی می شوند. در تشکیل ساختمان سوم پیوندهای غیرکوواالنسی نظیر پیوندهای هیدروفوب (مهمترین) ،یونی ،واندروالس ،هیدروژنی و پیوند کوواالنسی دی سولفید نقش دارند. در ساختمان اول آنزیم کیموتریپسین ،هیستیدین ،57اسید آسپارتیک ، 102 سرین 195دور از یکدیگر قرار دارند با تشکیل ساختمان سوم این سه اسید آمینه در کنار یکدیگر جایگاه فعال آنزیم را بوجود میآورند. ساختمان چهارم وقتی یک پروتئین از چند زیرواحد تشکیل شده باشد آرایش فضایی آنها را ساختمان چهارم می گویند.مثل هموگلوبین که از 4زیر واحد تشکیل شده است. در ساختمان چهارم برهمکنش میان زیرواحدها از نوع غیرکوواالنسی بوده و اتصاالت دی سولفیدی در آن دیده نمیشود. هموگلوبین یک پروتئین تترامر است که حاوی چهار گروه هم است که از دو زنجیره آلفا و دو زنجیره بتا تشکیل شده است. نکته پزشکی :در افراد دیابتی که غلظت قند خون آنها افزایش می یابد گلوکز به انتهای زنجیره بتا متصل می شود و هموگلوبین HbA1Cرا تشکیل می دهند که برای پایش درمانی بیماران دیابتی استفاده می شود. تقسیم بندی پروتئین ها بر اساس تعداد زیر واحد پروتئین های تک زیر واحدی :فقط از یک زنجیره پلی پپتیدی تشکیل شده اند پروتئین های چند زیر واحدی :متشکل از دو یا چند زنجیره پلی پپتیدی می باشند.که ممکن است زنجیره ها یکسان یا متفاوت باشند.و از طریق پیوندهای غیرکواالن به همدیگر متصل شده اند.در صورتی که حداقل دو زنجیر مشابه باشند پروتئین را اولیگومر و واحدهای مشابه را پروتومر می نامند.مثل هموگلوبین :از زنجیر تشکیل شده است دو زنجیر مشابه آلفا و دو زنجیر مشابه بتا. در پروتئین هایی که زیرواحدها توسط پیوندهای کوواالنسی به همدیگر متصل شده اند در این حالت هر پلی پپتید را یک زیرواحد در نظر نمیگیرند بلکه فقط به آنها زنجیر گفته می شود.مثل انسولین که دارای دو رشته پلی پپتیدی است که توسط پیوندهای دی سولفیدی به همدیگر متصل هستند. ساختمان انسولین و هموگلوبین پیوندهای رایج در ساختار پروتئین Peptide bond Covalent bonds Disulfide bond Hydrogen bond Non-covalent bonds Ionic bond Hydrophobic interactions پیوندهای پیوندهای یونی : کوواالنس بین ریشه های با بار مخالف شکل ی می گیرد pHقدرت باندهای یونی را تحت تاثیر قرار می دهد پیوند های هیدروفوبیک Non-polar radicals Polar radicals خالصه ای از انواع پیوندها در پروتئین ها فولد شدن (:)Folding فرآیندی که یک پروتئین بعد از سنتز طی میکند تا شکل سه بعدی نهایی خود را بیاید. برخی از پروتئینها خود به خود فولد میشوند ولی برخی دیگر نیاز به پروتئینهای کمکی (چاپرون پروتئینها ) دارند. پروتئینهای کمکی عبارتند از: : Protein Disulfide Isomerase )PDI( این آنزیم در نوآرائی اتصاالت دی سولفیدی ساختمان پروتئینها نقش دارد. : prolyl Cis – trans Isomerase وظیفة این آنزیم تبدیل ایزومرهای سیس و ترانس پرولین به هم است. : Molecular chaperones یکی از مشخصات این پروتئینها القاء در برابر انواع استرسها میباشد نظیر افزایش دما ،افزایش رادیکالهای آزاد.پروتئینهای شوک حرارتی ،)HSPs( ،دستهای از چاپرونها محسوب میشوند. نکته پزشکی :نقص در فولد شدن پروتئین باعث بیماری می شود سیستیک فیبروزیس ( )Cystic fibrosisناشی از نقص در یک پروتئین متصل به غشاء به نام تنظیم کننده هدایت ترانس ممبران سیستیک فیبروزیس ( )CFTRمی باشد.که به عنوان کانال یونهای کلر عمل می کند. معمول ترین جهش ایجاد کننده CFحذف یک ریشه فنیل آالنین در موقعیت 508در CFTRمی باشد.که سبب فولد شدن نامناسب این پروتئین می باشد. پروتئین ها به طور کلی در دو گروه اصلی قرار می گیرند: -1پروتئین های فیبری یا رشته ای :که زنجیره های پلی پپتیدی آنها به صورت رشته های یا صفحات بلند آرایش می یابند.معموًال از یک ساختمان دوم تشکیل می شوند.اغلب نقش ساختمانی و حفاظتی دارند.کالژن ،کراتین آلفا و فیبروئین ابریشم مثالهای از این گروه هستند. -2پروتئین های گلبولی یا کروی :که زنجیره های پلی پپتیدی به شکل کروی آرایش می یابند. اغلب حاوی چند نوع ساختمان دوم هستند.بیشتر آنزیم ها و پروتئین های تنظیمی جزء این گروه هستند.کیموتریپسین ،میوگلوبین ،کربوکسی پپتیداز ،سیتوکروم cمثالهایی از این گروه هستند. :کالژن فراوانترین و مهمترین پروتئین ماتریکس خارج سلولی است. تمام پروتئینهای کالژن از سه رشتة پلی پپتیدی تشکیل میشوند که هر رشته پلی پپتیدی را -chainمینامند. زنجیر آلفا یک مارپیچ چپگرد بوده که در هر دور آن به طور متوسط سه اسید آمینه وجود دارد. این سه رشته تروپوکالژن را بوجود میآورد. محتوای آمینواسیدی موجود در کالژن بخاطر فشارهای ساختمانی غیرمعمول بوده و توالی آمینواسیدی آن عمومًا یک واحد تکراری سه پپتیدی Gly-X-Pro/HPro ،میباشد. که در آن Xمیتواند هر ریشه آمینواسیدی باشد. بیماری های مرتبط با کالژن تیپ Iکالژن ،فراوانترین و مهمترین تیپ کالژن است که در ساختمان پوست ،استخوان ،دیوارة عروق، قرنیه و تاندونها وجود دارد. تیپ IIکالژن در غضروف و تیپ IVآن در غشاءهای بازال (پایه) مثال غشای پایه کلیه وجود دارد. سندروم آلپورت حاصل نقص کالژن تیپ IVاست. epidermolysis bullosa به علت نقص در کالژن VIIایجاد می شود. یکی از مشخصات کالژن وجود هیدروکسی پرولین و هیدروکسی لیزین است. هیدروکسی پرولین با تشکیل پیوندهای هیدروژنی باعث پایدار شدن ساختمان کالژن شده ولی هیدروکسی لیزین محل اتصال زنجیرههای کربوهیدراتی است. لیزیل هیدروکسیالز مسئول تبدیل لیزین به هیدروکسی لیزین است. به خاطر نقش کوآنزیمی ویتامین Cدر بیوسنتز آمینواسید های هیدروکسیله در کالژن ،کمبود آن باعث ایجاد بیماری اسکوری میشود. بیماری اسکوری اسکوربوت (به فرانسوی ) )Scorbut :یا ِاسِکروی یک بیماری است که در اثر کمبود ویتامین ،Cکه در سنتز و ساخت کالژن نقش دارد ،به وجود میآید. اسکوربوت موجب ظاهر شدن لکههایی بر روی پوست ،اسفنجی شدن لثهها و خونریزی غشاهای مخاطی میشود.لکهها بر روی رانها و پاها بیشتر ظاهر میشوند.افراد مبتال به اسکوربوت رنگپریده و افسرده هستند ،و ممکن است دچار فلجی یک یا چند عضو شوند. این بیماری می تواند منجر به کم خونی ،خستگی ،خونریزی خود به خودی، درد در اندام ها به خصوص پاها ،ورم در برخی از قسمت های بدن و گاهی اوقات زخم لثه و از بین رفتن دندان ها شود. Proline Hydroxyproline & Lysine & Hydroxylysine Proline & Lysyl Hydroxylases Fe2+ Fe3+ Dehydroascorb Ascorbat ate e سندروم آلپورت ()Alport Syndrome سندروم آلپورت نوعی از اختالالت کلیوی و شنوایی است و در مواردی درگیری سیستم بینایی را نیز ایجاد می کند. در اثر جهش ژنتیکی در ژنهای مرتبط با کالژن 4ایجاد می شود. تقریبا در ادرار تمام افراد بیمار خون وجود دارد (هماچوری ) ،که نشان دهنده عملکرد غیرعادی کلیه ها میباشد. بسیاری افراد مبتال به سندرم آلپورت سطوح باالیی از پروتئین را نیز در ادرار خود دارند (پروتئینوری ) . عملکرد کلیه ها حین پیشرفت این بیماری کاهش میابد و منجر به مرحله آخر بیماری کلیوی ( )ESRDمیشود. افراد مبتال به سندرم آلپورت ،طی اواخر کودکی یا اوایل نوجوانی ،مکررا از دست دادن شنوایی حسی عصبی ،که از طریق آنومالی های گوش داخلی ایجاد میشود را تجربه میکنند. افراد بیمار ممکن است شکل عدسی چشم هایشان را از دست بدهند و رنگ آمیزی غیرعادی بافت حساس به نور در پشت چشم ( شبکیه ) را نیز داشته باشند. بیماری پروانهای اپیدرمولیز بولوسا ( (Epidermolysis )EB( ) Bullosa یک بیماری ژنتیکی پوستی و نادر است که باعث ایجاد تاول ،زخم و اسکار بر روی پوست و غشاهای مخاطی مانند دهان ،نای ،مری و… در پاسخ به حداقل ترومای مکانیکی میشود. شدت بیماری از مالیم تا کشنده تغییر میکند.این بیماری واگیر ندارد. در نتیجه این بیماری ،پوست به شدت شکننده شده و با کوچکترین خراشی الیه الیه شده و کنده میشود. تاولهای زیاد از بارزترین عالیم این بیماری است. احتمال ابتال به سرطان پوست در این بیماران بیش از سایرین میباشد. این بیماری در تمامی گروه های قومی و نژادی رخ می دهد. به طور مساوی در مردان و زنان بروز می کند. بیماری استئوژنز ایمپرفکتا (تشکیل غیر طبیعی استخوان ها در کودکان) بیماری اهلرز دانلوس(( )Ehlers-Danlosبا مفاصل شل مشخص می شود) هر دو در اثر جایگزینی یک اسید آمینه با گروه Rبزرگتر مثل سیستئین یا سرین به جای یک ریشه گالیسین در زنجیره های کالژن ایجاد می شود. االستین برای اتساع و ارتجاع تکامل پیدا کرده و در بافتهایی مثل ریه و دیوارههای عروق خونی وجود دارد. غالبًا از اسیدهای آمینه حاوی گروه Rغیرقطبی کوچک مثل آالنین ،والین و گالیسین تشکیل شده است. حاوی هیدروکسی پرولین بوده ولی هیدروکسی لیزین ندارد. در ساختمان این پروتئین ساختار خاصی به نام دسموزین وجود دارد که مشتقی از 4ریشه لیزین است. در Williams syndromeحذف ژن االستین رخ داده است. سندروم نشانگان ویلیامز .سندروم نشانگان ویلیامز نوعی سندروم مادرزادی است که باعث بروز اختالالت شدید در جسم و ذهن نوزاد می شود این بیماری باعث بروز انواع نشانه ها در بدن و چهره فرد می شود که به آن اصطالحا چهره جن مانند یا پری مانند می .گویند .سندورم ویلیامز می تواند در قلب ،رگ های خونی ،کلیه و سایر اندام ها مشکل ایجاد کند .این بیماران با مراجعه پیوسته به پزشک و با درمان مناسب ،می توانند سالم بمانند و در مدرسه خوب عمل کنند .نوزادان مبتال به سندروم ویلیامز ،به علت حذف یک ژن خاص روی کروموزم 7دچار این اختالل میشوند این قسمت حذف شده شامل یک ژن مسئول تولید یک پروتئین به نام االستین است که به رگهای خونی ،قدرت و .انعطاف پذیری میدهد بخش عمده پروتئینهای مو ،پر و ناخن را تشکیل میدهند. از مشخصات -کراتین وجود اتصاالت دی سولفید فراوان به واسطه حضور تعداد زیادی آمینو اسید سیستئین است که در تشکیل پیوندهای عرضی دی سولفیدی نقش دارد. ایجاد موهای فرفری با تغیر جایگاه پیوندهای دی سولفیدی مرکب برخی از پروتئین ها فقط حاوی اسیدهای آمینه هستند که به آنها پروتئین های ساده گفته می شود.مثل ریبونوکلئاز و کیموتریپسین برخی از پروتئین ها درساختمان خود عالوه بر اسید آمینه ،اجزای شیمیایی دیگری نیز دارند به این مولکولها پروتئین های کونژوگه یا مرکب می گویند. به قسمت غیر پروتئینی اغلب گروه پروستتیک می گویند. لیپوپروتئین ها :حاوی لیپید هستند مثل LDL ، HDL ، VLDL گلیکوپروتئین ها :حاوی قند هستند مثل ایمونوگلوبولین G متالوپروتئینها :حاوی فلز هستند مثل فریتین که دارای آهن است ،الکل دهیدروژناز حاوی روی است. فسفوپروتئین ها :دارای گروه فسفات هستند مثل کازئین شیر پروتئینها الف) دناتوراسیون: اولین مرحله در تعیین ساختمان اول پروتئین دناتوراسیون می باشد. وقتی ساختمان فضایی پروتئین بهاندازهای از دست برود که قادر به انجام فعالیت خود نباشد ،به این فرایند دناتوراسیون گفته میشود. ساختمانهای دوم ،سوم و چهارم پروتئین از بین رفته ولی ساختمان اول دست نخورده باقی میماند. پروتئین با دناتوره شدن فعالیت بیولوژیکی خود را از دست داده و در محلول رسوب میکند. پروتئینها در حضور دماهای باال ،حاللهای آلی ،اسیدها و بازها ،دترژنتها ،اوره و نمک دناتوره میشوند. بعضی از پروتئینهای کروی دناتوره مجددًا ساختمان طبیعی و فعال خود را باز مییابند ،این فرایند را رناتوراسیون میگویند. ب) تبدیل رشته های پلی پپتیدی طویل به قطعات کوتاه: آنزیمها و ترکیبات شیمیایی قادرند پیوندهای پپتیدی را در جایگاههای ویژه برش دهند. هیدرولیز پروتئین ها تریپسین :پیوندهای پپتیدی را میشکند که عامل کربوکسیل آنها مربوط به لیزین و آرژنین باشد. کیموتریپسین :پیوندهای پپتیدی را میشکند که عامل کربوکسیل آنها مربوط به اسیدهای آمینه آروماتیک باشد. پپسین :پیوندهای پپتیدی را میشکند که عامل آمین آنها مربوط به اسیدهای آمینه آرماتیک باشد. سیانوژن برماید ( :)CNBrپیوندهای پپتیدی را میشکند که عامل کربوکسیل آنها مربوط به اسید آمینه متیونین باشد.