Fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments Staphylococcus aureus PDF

Fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments : Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques Saisine n°2016-SA-0076 Mise à jour : Mars 2022 Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques Famille des Staphylococcaceae Genre Staphylococcus Bactérie Age...

Fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments : Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques Saisine n°2016-SA-0076 Mise à jour : Mars 2022 Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques Famille des Staphylococcaceae Genre Staphylococcus Bactérie Agent zoonotique 1 Caractéristiques et sources de Staphylococcus aureus (microscopie électronique à Staphylococcus aureus et des balayage) © CDC/ Matthew J. Arduino, DRPH entérotoxines staphylococciques SET ayant été démontré chez l’animal, il conviendrait de les prendre en compte lors de la caractérisation d’épisodes Principales caractéristiques microbiologiques toxiques. La maladie humaine d’origine alimentaire est une intoxination D’autres espèces de staphylocoques producteurs de due à l’ingestion d’entérotoxines staphylococciques (SE 2), coagulase peuvent également produire des SE, notamment protéines thermorésistantes préformées dans l’aliment, dans S. pseudintermedius, mais leur part dans les intoxinations lequel S. aureus ou tout autre staphylocoque producteur de SE demeure à ce jour très peu documentée. Par ailleurs, dans les a pu se développer et produire sa (ou ses) toxine(s). aliments, les staphylocoques producteurs de coagulase sont S. aureus est un coque à coloration de Gram positive. Il essentiellement représentés par l’espèce S. aureus. Pour la mesure de 0,5 à 1 μm de diamètre, ne sporule pas, est immobile, majorité des souches, la production de SE est généralement aéro-anaérobie facultatif et possède une catalase et une associée à une densité de population de l’ordre de 105 bactéries coagulase. S. aureus, espèce type du genre Staphylococcus, par gramme. parfois appelée staphylocoque doré, produit de nombreuses toxines dont les SE, produites par certaines souches (celles Sources du danger portant les gènes de ces toxines) et qui sont responsables de Si les SE sont présentes en quantité suffisante dans toxi-infections alimentaires. À ce jour, 27 sérotypes (SEA à SEE, l’aliment, elles peuvent déclencher les symptômes de SEG à SElZ, SEl26, SEl27) ont été décrits. Pour six d’entre eux l’intoxination (tableau 2). Les staphylocoques sont des bactéries seulement, l’implication dans des cas d’intoxinations a pu être ubiquitaires présentes sur la peau, les muqueuses et la sphère clairement démontrée : SEA (sérotype le plus fréquemment rhinopharyngée chez les animaux à sang chaud (mammifères, détecté lors d’intoxinations) à SEE et SEH. Cependant le oiseaux) et en particulier chez l’Homme (portage intestinal : 20 à caractère émétique des toxines de type SEG, SEI, SER, SES et 30 %; portage nasal : 20 – 55 %, portage manuel 10 %). Les staphylocoques producteurs de coagulase sont responsables de Tableau 1 : Caractéristiques de survie, de croissance et de mammites cliniques et sub-cliniques chez les vaches et chez les toxinogenèse de S. aureus (en conditions de laboratoire) autres ruminants. Croissance* Min. Opt. Max. Ces bactéries sont également isolées de l’environnement Température naturel (sol, eau douce et eau de mer, poussière, air), de (°C) 6 35 - 41 48 l’environnement domestique de l’Homme (cuisine, réfrigérateur), de l’environnement hospitalier, des ateliers de préparation pH 4 6 -7 10 alimentaire (formation de biofilms) ainsi qu’à partir de denrées aw 0,83 0,99 0,99 alimentaires. La peau et les muqueuses de l’Homme et des NaCl (%) / / 20 animaux constituant l’habitat de S. aureus, la présence de ce Aéro- Aéro- micro-organisme dans l’environnement est vraisemblablement Atmosphère Aérobie anaérobie anaérobie due à une contamination par l’Homme ou les animaux. Production de toxines (SE)* Min. Opt. Max. Voies de transmission Température Exceptés les cas contractés en laboratoire, tous les cas 10 34 - 40 45 (°C) d’intoxination à SE décrits à ce jour sont d’origine alimentaire. La pH 5 7-8 9,6 contamination de l’aliment est le plus souvent d’origine humaine. aw 0,86 0,99 0,99 Cette contamination de l’aliment par l’Homme peut avoir lieu par NaCl (%) / / 10 contact direct ou indirect (squames contaminés, plaies, Aéro- Aéro- gouttelettes issues des voies respiratoires contenant le micro- Atmosphère Aérobie anaérobie anaérobie organisme). * Les valeurs extrêmes indiquées dans le tableau ne sont observées que pour certaines souches La contamination des aliments peut aussi être d’origine animale, la plus fréquente étant la contamination du lait en cas 1 Agent responsable de maladie ou d’infection qui peut se transmettre de l’animal à l’Homme ou de l’Homme à l’animal. 2 SE : sigle en langue anglaise (staphylococcal enterotoxin) retenu pour ce document, compte tenu de son emploi généralisé dans la littérature, toutes langues confondues. 1  Fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments : Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques Saisine n°2016-SA-0076 Mise à jour : Mars 2022 de mammites. de nombreux foyers, notamment les foyers familiaux, sont S. aureus peut causer une gamme très large d'infections certainement non déclarés ou non diagnostiqués. En tenant d’origine non alimentaire (du panaris à la septicémie), parfois compte des facteurs de sous-déclaration et de sous-diagnostic, mortelles. le nombre annuel de cas d’intoxinations staphylococciques a été estimée par Santé publique France à 73 021 cas (Intervalle de Des souches de Staphylococcus aureus résistant à la crédibilité (Icr) 90 % 21 058 – 271 056) dont 486 cas hospitalisés méthicilline (SARM), une des causes majeures d’infections (Icr90 % 141 – 1827) pour la période 2008-2013. nosocomiales en Europe, ont été isolées chez des animaux de En Europe en 2019, S. aureus était responsable de 7,5 % compagnie, des animaux de production (porcins, bovins, des foyers de TIAC déclarés : 77 foyers, 1468 malades, 144 volailles) et dans les denrées alimentaires d’origine animale. hospitalisations, aucun décès. L’incidence estimée peut varier Néanmoins, le rôle de l’alimentation dans la transmission du de façon importante selon le système de surveillance mis en SARM à l’Homme n’est pas clairement établi. place dans chaque État membre. De nombreux auteurs Recommandations pour la production considèrent que les intoxinations à staphylocoques constituent une des causes majeures de maladies d’origine alimentaire dans primaire le monde. Les mesures de prévention en production primaire doivent intégrer la surveillance de l’état sanitaire des Rôle des aliments animaux (notamment les mammites), les bonnes pratiques de manipulation, le nettoyage et la désinfection Principaux aliments à considérer du matériel et des locaux, ainsi qu’une hygiène S. aureus peut être isolé d’aliments très variés. Quatre rigoureuse des mains et une protection des plaies. conditions sont requises pour que survienne la contamination d’un aliment par S. aureus et ses entérotoxines : - une source de staphylocoques producteurs d’entérotoxines Maladie humaine d’origine (matière première, porteur sain ou malade, etc.) ; alimentaire - un moyen de transmission à l’aliment (outil de découpe souillé, mauvaises pratiques d’un porteur sain ou d’un Nature de la maladie (tableau 2) malade, etc.) ; - un aliment présentant des caractéristiques physicochimiques La durée d’incubation et la sévérité des symptômes favorables à la croissance de S. aureus et à la toxinogenèse ; dépendent de la quantité d’entérotoxines ingérées et de la - une température favorable pendant le temps nécessaire à sensibilité de chaque individu. une multiplication bactérienne importante et à la Population sensible3 : pas de population toxinogenèse (tableau 1). particulièrement sensible. Les aliments les plus souvent associés aux toxi-infections alimentaires sont : Relations dose-effet4 et dose-réponse5 - les aliments recontaminés après un traitement thermique ou La dose minimale d’entérotoxine à ingérer pour provoquer tout autre procédé éliminant la microflore banale. Plus les premiers symptômes reste encore mal définie. Une étude l’aliment est manipulé, plus le risque est élevé. Ces aliments récente montre que la dose produisant un effet chez 10 % des sont, par exemple, les produits carnés cuits et tranchés, les personnes exposées (« benchmark dose BMDL10 »)6 est de 6 ng salades composées y compris les salades de riz ou de par personne pour l’entérotoxine SEA. légumes, les gâteaux à la crème et les plats cuisinés manipulés après cuisson ; Épidémiologie - les aliments fermentés à acidification lente permettant la La surveillance des intoxinations staphylococciques est croissance de S. aureus durant la fermentation, par exemple, assurée par la déclaration obligatoire (DO) des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) (tableau 3). Il faut souligner que Tableau 2 : Caractéristiques de la maladie humaine d’origine alimentaire Durée moyenne Durée des Durée de la période Principaux symptômes Complications d'incubation symptômes contagieuse 30 min - 8 h - Caractéristiques: nausées suivies de 18 - 24 h Aucune contagiosité. La mortalité reste (3 h en moyenne) vomissements incoercibles en fusées exceptionnelle (taux de Autres symptômes décrits : Les diarrhées et la Entérotoxines non mortalité : 0,02 %), atteignant - Douleurs abdominales faiblesse générale transmissibles de les individus les plus - Diarrhées peuvent durer 24 h personne à personne. vulnérables à la déshydratation - Vertiges de plus. (nourrissons et personnes âgées) et les personnes - Frissons atteintes d’une pathologie - Faiblesse générale parfois accompagnée sous-jacente. d’une fièvre modérée Taux d’hospitalisation estimé : Lors des cas les plus sévères, des maux 16 % des cas confirmés. de tête, une prostration et une hypotension ont été rapportés. 3 Les personnes ayant une probabilité plus forte que la moyenne de développer, après exposition au danger par voie alimentaire [dans le cas des fiches de l’Anses], des symptômes de la maladie, ou des formes graves de la maladie. 4 Relation entre la dose (la quantité de cellules microbiennes ou de toxines ingérées au cours d’un repas) et l’effet chez un individu. 5 Pour un effet donné, relation entre la dose et la réponse, c’est-à-dire la probabilité de la manifestation de cet effet, dans la population. 6 La BMDL correspond à la borne inférieure de l’intervalle de confiance à 95 % de la Benchmark dose (BMD) : dose correspondant à un niveau spécifié de réponse obtenue par modélisation de la relation dose-réponse à partir de données expérimentales ou épidémiologiques. 2 Fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments : Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques Saisine n°2016-SA-0076 Mise à jour : Mars 2022 Tableau 3 : Données épidémiologiques françaises relatives aux toxi-infections alimentaires collectives causées par les entérotoxines staphylococciques – Mise à jour Mars 2022 (Source : Santé publique France) Année 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 1 TIAC confirmées à S. aureus Foyers (%2) 5 (2,3 %) 15 (8 %) 14(6 %) 22 (7 %) 25 (7 %) 19 (6 %) 26 (7 %) 17 (4 %) 13 (5 %) Malades (%) 67 (2,8 %) 140 (6 %) 172 (6 %) 243 (8 %) 197 (4 %) 213 (4 %) 391 (9 %) 107 (2 %) 265 (13 %) Hospitalisations 5 (2,6 %) 10 (6 %) 14 (5 %) 19 (7 %) 15 (6 %) 8 (3 %) 17 (5 %) 8 (3 %) 8 (4 %) TIAC suspectées à S. aureus Foyers (%) 295 (36,7 %) 321 (36 %) 345 (36 %) 382 (42 %) 328 (35 %) 308 (40 %) 328 (34 %) 428 (39 %) 221 (40 %) Malades (%) 1867 (28,5 2080 (30 %) 2164 (29 %) 2431 (35 %) 1579 (23 %) 1847 (31 %) 1603 (22 %) 2369 (27 %) 1954 (30 %)3 %)3 Hospitalisations 176 (39,4 %) 147 (37 %) 138 (40 %) 118 (41 %) 90 (28 %) 88 (30 %) 92 (25 %) 89 (39 %) 53 (38 %) 1 Foyers dans lesquels l’agent est isolé dans un échantillon d'origine humaine et / ou dans les aliments consommés par les malades 2 % par rapport au total des cas ou foyers avec des agents déterminés 3 Deux décès ont été recensés, un en 2012 et un en 2020. certains fromages ou certaines salaisons fermentées, telles Surveillance dans les aliments que des salamis ; Le règlement (CE) n°2073/2005 modifié, relatif aux critères - les produits séchés ou à teneur en eau réduite, dans lesquels microbiologiques applicables aux denrées alimentaires, fixe : la croissance de S. aureus a pu être favorisée à une des étapes de fabrication ou de stockage par une température - un critère d’hygiène des procédés relatif aux staphylocoques favorable avant réduction de l’aw. Ces aliments sont, par producteurs de coagulase (SCP)9 dans les laits et produits exemple, le lait en poudre, les pâtes, les poissons séchés. laitiers, et dans les coquillages et crustacés décoquillés et décortiqués cuits ; Les staphylocoques producteurs d’entérotoxines représentent la première cause de TIAC impliquant le lait et les - un critère de sécurité relatif aux entérotoxines produits laitiers. staphylococciques dans le lait et les produits laitiers (n=5, m= pas de détection dans 25g), en cas de non-respect du Traitements d’inactivation en milieu industriel critère d’hygiène si des SCP sont dénombrés à une concentration supérieure à 105 ufc/g. (tableau 4) 78 Le dénombrement des SCP se fait selon la norme NF EN Contrairement à la bactérie, les SE sont stables dans les ISO 688810 - parties 1, 2 et 3. Les deux premières parties sont conditions de traitements thermiques généralement appliqués des techniques classiques de comptage des colonies sur milieu aux aliments. Si la stérilisation (du lait par exemple, type sélectif gélosé après inoculation directe de dilutions décimales traitement UHT) peut causer une dénaturation partielle des SE, de l’aliment et incubation à 37 °C. La troisième partie décrit une elle laisse néanmoins subsister un risque d’intoxination. De plus, méthode de recherche et de dénombrement par la technique du les SE résistent à la plupart des autres traitements appliqués en nombre le plus probable après une étape d’enrichissement. La industries agroalimentaires. Il faut donc considérer qu’une fois détection des entérotoxines staphylococciques de types SEA à formées dans la matière première ou l’aliment, les entérotoxines SEE se fait selon la norme EN ISO 19020, utilisant des outils de ne peuvent pas être suffisamment inactivées pour supprimer le type immunochimique qualitatif. risque d’intoxination. Tableau 4 : Impact des traitements en milieu industriel Traitement Conditions Impact Matrice Température La destruction de S. aureus peut être assurée par la pasteurisation. Valeurs de D6 Aliments ayant une aw de 0,99 (variation selon l’aliment et la souche de S. aureus testée) : et un pH compris entre 6,5 et 7 D60 °C = 0,8 – 10 min D72 °C= 0,1 – 1 s Désinfectants Sensible à tous les désinfectants autorisés en IAA, sous réserve du suivi des modalités d’utilisation recommandées. Hautes pressions 600 MPa pendant 15 min à 20 °C 3 réductions décimales Viande de volaille 600 MPa pendant 6 min à 31 °C 2,67 réductions décimales Viande de bœuf marinée (aw = 0,985) 1,12 réduction décimale Jambon cuit (aw = 0,978) 0,55 réduction décimale Jambon sec (aw = 0,89) Rayonnements ionisants S. aureus : D10 7 = 0,45 kGy Entérotoxines : D10= 27 à 95 kGy Données issues de la littérature scientifique, il convient de s’assurer de l’autorisation et des conditions d’utilisation de certains des traitements mentionnés dans ce tableau. 7 D est le temps nécessaire pour diviser par 10 la population du danger microbiologique initialement présente. 8 D10 est la dose (en kGy) nécessaire pour réduire une population à 10 % de son effectif initial. 9 Dans les aliments, les staphylocoques producteurs de coagulase sont essentiellement représentés par l’espèce S. aureus. 10 Microbiologie de la chaîne alimentaire – Méthode horizontale pour le dénombrement des staphylocoques à coagulase positive (Staphylococcus aureus et autres espèces). 3 Fiche de description de danger biologique transmissible par les aliments : Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques Saisine n°2016-SA-0076 Mise à jour : Mars 2022 Recommandations aux opérateurs Hygiène domestique - Le nettoyage et la désinfection du matériel et des Recommandations aux consommateurs locaux doivent être particulièrement rigoureux compte - Il est recommandé de respecter les bonnes pratiques tenu de la forte adhésion des staphylocoques aux d’hygiène lors de la manipulation et de la préparation surfaces. des aliments (lavage des mains, nettoyage du matériel, - Pour tenir compte du fait que de très nombreux etc.). opérateurs sont des porteurs sains, le lavage rigoureux - Avant la préparation des repas, désinfecter et des mains et le port d’une coiffe et d’un masque bucco- protéger les plaies ou les boutons purulents avec un nasal sont des bonnes pratiques d’hygiène (BPH) pansement étanche ou utiliser des gants. essentielles à respecter en fonction des conclusions de - Il est essentiel de respecter la chaîne du froid. Les l’analyse des dangers. aliments cuisinés doivent être refroidis et placés au - Les manipulateurs de denrées alimentaires réfrigérateur dans un délai de deux heures s’ils ne sont présentant des lésions cutanées doivent être écartés pas consommés immédiatement. de la manipulation des denrées non conditionnées et/ou emballées, tant que les lésions ne sont pas correctement couvertes (port de gants adaptés). Eu Liens égard à la forte proportion de porteurs sains, et au fait Références générales que le portage n’est pas constant chez la plupart des EFSA (European Food Safety Authority) and ECDC (European Centre for individus, le dépistage de S. aureus lors des visites Disease Prevention and Control). 2021. The European Union one health 2019 médicales n’est pas utile. La prévention des zoonoses report. Efsa Journal, 19(2). contaminations consiste en l’application rigoureuse des Guillier, L., Bergis, H., Guillier, F., Noel, V., Auvray, F., Hennekinne, J.-A. 2016. Dose-response modelling of staphylococcal enterotoxins using BPH rappelées ci-dessus. outbreak data. Procedia Food Science 7, 129-132. - Il est nécessaire de détruire les staphylocoques par Hugas M., Garriga M., Monfort J.M. 2002. New mild technologies in meat un traitement adapté, thermique ou autre, avant qu’ils processing: high pressure as a model technology. Meat Science, 62, 359– 371 ne se soient multipliés, ou bien d’empêcher leur ICMSF. 1996. Microorganisms in Foods 5: Characteristics of Microbial multiplication en maintenant les aliments en-dessous Pathogens. Blackie Academic & Professional, Londres de 6 °C. Le respect de la chaîne du froid est donc Le Loir Y., Gautier M. 2009. Staphylococcus aureus, collection : capital en ce qui concerne les staphylocoques. Monographies de microbiologie, Editions Tec&Doc Lavoisier, décembre 2009. - Tout processus technologique alimentaire appliqué Patterson M. F. 2005. A Review - Microbiology of pressure-treated foods. dans une zone de température dangereuse (de +10 °C Journal of Applied Microbiology, 98, 1400–1409 à + 45 °C) doit être de courte durée ou doit s’appuyer Rizzi V. 2011. Update on EFSA activities and S. aureus reporting in sur d’autres paramètres que la température pour animals and food. Workshop of the NRLs for Coagulase Positive stopper la croissance de la bactérie, tel qu’un pH Staphylococci - Maisons-Alfort, France, 16 June 2011 inférieur à 5. SCVPH. 2003. Opinion of the scientific committee on veterinary measures relating to public health on staphylococcal enterotoxins in milk - Les staphylocoques étant thermosensibles alors products, particularly cheeses. SCVPH plenary meeting, March 27-28 que leurs entérotoxines sont thermostables, Van Cauteren D, Le Strat Y, Sommen C, Bruyand M,Tourdjman M, l’assainissement d’un produit fortement contaminé par Jourdan-Da Silva N, & Desenclos, J. C. 2018. Estimation de la morbidité et de la mortalité liées aux infections d’origine alimentaire en France S. aureus n’est pas garanti par un traitement thermique. métropolitaine, 2008-2013. Bull Epidémiol Hebd. 2018;(1):2-10 Ce dernier détruira les bactéries mais pas leurs Zhang, D. F., Yang, X. Y., Zhang, J., Qin, X., et al. 2018. Identification entérotoxines si elles sont présentes. Une fois formées and characterization of two novel superantigens among Staphylococcus dans l’aliment, les entérotoxines ne peuvent être aureus complex. International Journal of Medical Microbiology, 308(4), 438- 446. efficacement éliminées. Liens utiles Centre national de référence des staphylocoques : Groupement hospitalier Est, centre de microbiologie et pathologie, institut de microbiologie, Université Claude Bernard, Lyon-I (Lyon). http://cnr- staphylocoques.univ-lyon1.fr Santé Publique France - Données relatives aux toxi-infections alimentaires collectives déclarées en France : (https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies- infectieuses-d-origine-alimentaire/toxi-infections-alimentaires- collectives/donnees/#tabs) Laboratoire de référence de l’Union européenne et Laboratoire national de référence pour les staphylocoques à coagulase positive, y compris Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques : Laboratoire de sécurité des aliments - Anses, Maisons-Alfort. https://www.anses.fr/fr/content/laboratoire-national-de- r%C3%A9f%C3%A9rence-staphylocoques-%C3%A0-coagulase-positive-y- compris EFSA Foodborne outbreaks dashboard : https://www.efsa.europa.eu/en/microstrategy/FBO-dashboard 4