Recherche bibliographique et Internet PDF

LA RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE Emilie Auditeau Enseignant-chercheur Laboratoire Inserm - Neuroépidémiologie Tropicale Objectifs pédagogiques Connaître la démarche globale (méthodologie) de recherche bibliographique Maîtriser les termes scientifiques relatifs à la recherche bibliograph...

LA RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE Emilie Auditeau Enseignant-chercheur Laboratoire Inserm - Neuroépidémiologie Tropicale Objectifs pédagogiques Connaître la démarche globale (méthodologie) de recherche bibliographique Maîtriser les termes scientifiques relatifs à la recherche bibliographique Savoir structurer une recherche bibliographique Connaître les outils informatique à utiliser pour réaliser une recherche bibliographique Pourquoi faire une recherche bibliographique ? Prérequis à tout travail de recherche Ne pas reproduire le même travail Pertinence scientifique Rationnel de recherche (Introduction / Justification du travail) Formulation d’hypothèses de recherche Faire une synthèse des connaissances scientifiques à un instant t « Etat de l’art » actuel Revue de la littérature Revue systématique de la littérature A destination de la communauté scientifique MÉTHODOLOGIE DE RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE Recherche médicale ? Procédé long et coûteux Aspects réglementaires +++ Recherche « fondamentale » Recherche « clinique » In vitro ou in vivo Volontaires sains ou patients Compréhension mécanismes Efficacité de stratégies Fondements de la science Traitements, diagnostic En amont de la recherche clinique Techniques En amont : Recherche bibliographique MÉTHODOLOGIE DE RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE Méthodologie ? Ensemble de méthodes / procédés / règles Réponse à des objectifs de recherche Réponse aux questions suivantes : Qui ?  population d’étude Comment ?  type d’étude Quand ?  période de l’étude Où ?  lieu de l’étude « Contrôle-qualité » de la recherche MÉTHODOLOGIE DE RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE Bibliographie ?  10 Conception d’une recherche 1) Observations – lectures – expériences 2) Choix d’une thématique de recherche 3) Formulation d’une question de recherche 4) Consultation des écrits antérieurs --> Recherche bibliographique 5) Formulation d’hypothèses de recherche 6) Formulation d’objectifs de recherche Méthodologie de la recherche bibliographique 1) Rédiger le protocole de recherche Cas particulier : si c’est dans le cadre d’une revue de la littérature, l’enregistrer sur le site internet PROSPERO Protocole de recherche Définition Document qui décrit toutes les étapes prévues d’une recherche depuis l’identification du problème de recherche, à la mise en œuvre de la recherche et jusqu’à l’utilisation des résultats Intérêt Garantie Pertinence Qualité Faisabilité Obtention de ressources humaines, matérielles et financières Méthodologie de la recherche bibliographique 2) Définir les documents que l’on va inclure dans l’étude : A) Date En fonction du domaine de recherche En fonction de la question de recherche B) Langues Anglais INDISPENSABLE 80% articles écrits entièrement en anglais Résumés en anglais Français Méthodologie de la recherche bibliographique Méthodologie de la recherche bibliographique C) Type de documents Méthodologie de la recherche Types de documents Livre Caractérisé par son ISBN (international standard book number) : 10 chiffres Méthodologie de la recherche Types de documents Articles scientifiques Hebdomadaire à annuel ISSN : International Standard Serial Number DOI : Digital Object Identifier Edité par un éditeur commercial ou société scientifique (« journal ») Homogénéisation de présentation Comité de rédaction (« editorial board ») Expertise de relecture (« rewievers ») Exemple Méthodologie de la recherche Types de documents Congrès Posters Communications orales Méthodologie de la recherche Types de documents Thèses et mémoires Littérature « grise » principalement Méthodologie de la recherche Types de documents Rapport « Report » Recommandations émises par un groupe de travail (experts) Guidelines Exemples : définitions, causes, diagnostic +++ Méthodologie de la recherche Sources d’information 3) Définir les sources d’information que l’on va utiliser Où va-t-on chercher les documents à inclure ? Bibliothèques : physiques ou virtuelles Archives de journaux de la littérature Revues biomédicales et des sciences de la vie de la Bibliothèque nationale de médecine des Instituts nationaux de la santé des États- Unis  Pubmed Revues scientifiques et bibliothèque des institutions universitaires internationales (groupe néerlando-britannique)  Science direct, Scopus Littérature grise : portail Aurore de l’université de Limoges A quelle date réalise t’on la recherche sur les bases de données consultées ? Méthodologie de la recherche Sources d’information Méthodologie de la recherche Sources d’information Méthodologie de la recherche Sources d’information Méthodologie de la recherche Stratégie de recherche 4) Elaborer une stratégie de recherche des documents Définir les mots-clés à placer dans la barre de recherche Pertinence des mots-clés : « Maladie » « Médicament » « Textes libres » ou « MeSH terms » Définir l’équation de recherche Opérateurs « AND » et « OR » Sur Pubmed « Textes libres » Sur Pubmed « MeSH terms » Sur Pubmed « MeSH terms » Sur Pubmed « MeSH terms » Sur Pubmed « MeSH terms » Méthodologie de la recherche Stratégie de recherche 4) Elaborer une stratégie de recherche des documents Définir les mots-clés à placer dans la barre de recherche Pertinence des mots-clés : « Maladie » « Médicament » « Textes libres » ou « MeSH terms » Définir l’équation de recherche Opérateurs « AND » et « OR » En fonction du nombre de résultats : Si > 1000 résultats : préciser la recherche en choisissant d’autres mots- clés Si < 100 résultats : élargir la recherche Méthodologie de la recherche Sélection des études Titres Résumés Documents entiers Exclusion de documents Exclusion de documents Qui va réaliser la sélection des documents ? 1 investigateur principal Idéalement : + au moins 1 autre investigateur Si plusieurs investigateurs : en insu (= en aveugle) = les investigateurs réalisent la sélection des articles de manière indépendante, sans se concerter Est-ce que les investigateurs sont d’accord ? Concordance Méthodologie de la recherche Sélection des études Quels outils utiliser pour gérer la sélection des études ? Logiciel de gestion de références : Zotero Classement des références Export vers applications de sélection des articles & logiciels de traitement de bases de données Application web et mobile : Rayyan Sélection des études pour les revues de littérature Export de la liste des articles inclus vers logiciels de traitement de bases de données Zotero Rayyan QCRI https://rayyan.qcri.org/welco me 35  Avantages Limites  Gratuit - Nécessite une connexion  Gain de temps internet  Efficace - Application mobile non  Simple et facile optimale  Formats d’importation: - Base hébergée en ligne Zotero, Pubmed, CSV… 36 Principales étapes 1/3  Créer son compte  Importer sa base de données d’articles  Mettre au propre sa base (Résoudre les problèmes de doublons)  Préparer le screening : Insérer les mots clefs d’inclusion et d’exclusion 37 Principales étapes 2/3  Inviter un ou plusieurs collaborateurs (lien email)  Vérifier que l’insu est bien activé  Commencer le screening (sur titre et abstract)  Plusieurs modalités de choix  Plusieurs motifs d’exclusions  Possibilités d’ajouter d’autres motifs d’exclusions 38 Principales étapes 3/3  Lever l’insu (une fois le screening terminé)  Voir le graphique résumant la concordance entre les choix  Discuter des articles en conflits  Exporter la sous base des articles inclus (un lien est envoyé dans votre mail pour télécharger le fichier) 39 Bibliographie Rayyan Citation: Mourad Ouzzani, Hossam Hammady, Zbys Fedorowicz, and Ahmed Elmagarmid. Rayyan — a web and mobile app for systematic reviews. Systematic Reviews (2016) 5:210, DOI: 10.1186/s13643-016-0384-4. 40 Méthodologie de la recherche Extraction des données et Données 5) Extraire les données collectées dans les études Données collectées : définies en amont (protocole) Création d’une base de données Excel Access 1 colonne = 1 donnée 1 ligne = 1 document Méthodologie de la recherche Extraction des données et Données Méthodologie de la recherche Evaluation de la qualité des études 6) Evaluer la qualité des études Etudes incluses : méthodologie / qualités méthodologiques différentes Importance d’évaluer la qualité +++ Evaluer le risque d’erreur dans une étude (biais) Outils permettant de « noter » chaque article Méthodologie de la recherche Quantification des résultats 7) Décrire les résultats des études Etude des données collectées : analyse, interprétation des résultats & présentation Comment va-t-on rendre les données collectées compréhensibles de tous ? Outils = les statistiques Image « simplifiée » de la réalité Déduire des « tendances » Compréhension et structure des données Méthodologie de la recherche Quantification des résultats Méthodologie de la recherche Quantification des résultats Méthodologie de la recherche Synthèse des résultats 8) Réaliser un tableau récapitulatif afin de synthétiser les études incluses Récapitulatif : PRISMA PRISMA PRISMA PRISMA EXEMPLE REVUE SYSTÉMATIQUE DE LA LITTÉRATURE « Phytothérapie dans la prise en charge de l’épilepsie en Afrique, Asie, Amérique Latine »  53 L’épilepsie Apparition d’au minimum deux crises non provoquées espacées de plus de 24h (LICE, 2005)  Hyper activation  Maladie chronique (Ngugi et al.,2010) (Baulac et al., 2018) (Schmidt et al., 2014) 3ème maladie neurologique la plus fréquente (OMS, 2007) 80 % des personnes épileptiques vivent dans les PED (Leonardi et al., 2002)  54 La médecine traditionnelle en chiffres 60% 64% des individus en Asie et des nouvelles entités en Afrique chimiques découvertes (OMS, 2000) (Cragg et al., 2013) 60 $ 60% Milliards des pays membres de l’OMS n’ont pas de politique nationale (OMS, 2000) (OMS, 2000)  55 Définition de la médecine traditionnelle Connaissances, théories > soin, diagnostic, prévention Pharmacopées végétales, animales, minérales Propres à une culture Popularité croissante (OMS, 2013) Stratégie de l’OMS à l’horizon 2014-2023 Mettre à profit la contribution de la MT Favoriser un usage sûr et efficace de la MT 69 pays : politique de MT Base de connaissances 119 pays : Qualité, efficacité, innocuité règlementation Couverture sanitaire universelle phytothérapie  56 Difficultés rencontrées par les états Membres (OMS, 2012)  57o Contexte Objectifs Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Objectifs o Discussion Principal Faire un état de l’art des connaissances sur les plantes médicinales utilisées dans la prise en charge de l'épilepsie en Asie, en Afrique et en Amérique latine Spécifiques Récolter des informations ethnopharmacologiques sur l’usage des plantes tropicales et sub-tropicales Déterminer les plantes pour lesquelles il y a une convergence d’usage Documenter l’évaluation préclinique pharmacologique  58o Contexte Objectifs Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Recherche des articles o Discussion  59o Contexte Objectifs Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Recherche des articles o Discussion  60o Contexte Objectifs Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Recherche des articles o Discussion  61o Contexte Objectifs Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Recherche des articles o Discussion  62o Contexte Objectifs Résultats Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Diagramme de flux o Discussion  63o Contexte Objectifs Résultats Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Répartition géographique o Discussion  o Contexte Objectifs Résultats Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Analyse bibliométrique o Discussion 371 plantes 497 citations Enquêtes de terrain Tests sur des modèles in Enquêtes et tests 264 plantes vitro et/ou in vivo 29 plantes 377 citations 107 plantes 29 citations 120 citations Approche de terrain Approche pharmacologique Approche complète Convergences d’usage les plus élevées Bacopa monnieri Acorus Leonotis leonurus (L.) Wettst. calamus L. (L.) R.Br. feuilles rhizome feuilles 10 citations 14 citations 5 citations PO PO PO PTZ, MES, STN, PTZ, MES, PTZ, PIC, BIC, pilocarpine STN NMDA 64  65o Contexte Objectifs Discussion Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Discussion o Discussion Répartition des études non liée à la prévalence a) Aucune plante n'a fait l'objet d’essais cliniques Modèles depréliminaire b) Criblage crises aiguës sur les extraits bruts : 107 plantes 2 c) Mécanisme plantes d'action: potentiel : 125 d’intérêt plantes Bacopa monnieri (L.) Wettst. anti-psychotique et stimule la mémoire (Poonam et al., 2009; Mathew et al., 2010) d) Constituants chimiques identifiés : 8 Acorus calamus L anxiolytique et anti-migraineux plantes (Rajput et al., 2013; Sharma et al., 2012) Faible convergence d’usage Biodiversité & différences culturelles (Chon et al., 2009)  66o Contexte Objectifs Discussion Etude I : Revue systématique de la littérature o Objectifs o Méthodes o Résultats Discussion o Discussion Faiblesses Forces Fiabilité du diagnostic Démarche systématique Pas de pondération en Combinaison des fonction du niveau de approches preuve  Peu d’explorations au Laos et au Pérou LA RECHERCHE DOCUMENTAIRE… ET APRÈS ?  Contexte 68o CadreObjectifs de l’étude Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Résultats Cadre d’étude o o Discussion « Epilepsia » « Sak pa mo » 150 000 PVE 52 000 PVE Prévalence : 20,9 pour 1000 (Bruno et al., 2013) Prévalence : 7,7 pour 1000 (Tran et al., 2006) Déficit thérapeutique : 76 % (Moyano et al., 2014) Déficit thérapeutique : 97 % (Tran et al., 2006) 67 neurologues (Cortez et al., 2008) 9 neurologues (2018) Plus grand nombre d’espèces natives « Hot spot » de biodiversité pour les domestiquées au monde (Egg et al., 2004) plantes endémiques (CIRAD, 2011) 65,7 % PVE utilisent la MT  30 % médecins traditionnels ou « mau ya »  21 % médecins spirituels  6 % moines Prévalence de l’épilepsie en Amérique latine (source: Epilepsy and neurocysticercosis in Latin America:(Tran a et al., 2007) systematic review and meta-analysis, Bruno et al.)  Contexte 69o Contexte Objectifs Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Résultats Prise en charge conventionnelle o o Discussion Structures similaires dans les 2 pays Structures spécialisées dans la prise en charge de l’épilepsie Pérou Laos Centre de Santé Global Association APE Unité clinique : PEC de l’épilepsie Diagnostic de l’épilepsie par les (EEG, TDM) neurologues Laboratoire : Diagnostic Actions de sensibilisation Unité vétérinaire : Recherche Accessibilité aux médicaments  Contexte 70o Contexte Objectifs Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Résultats Prise en charge traditionnelle o o Discussion Curanderos ou chamans Mau ya Moines bouddhistes Vendeurs de plantes sur les marchés Vendeurs de plantes sur les marchés (Bussmann et al., 2006) Personnel des centres de médecine Personnel des 55 unités de médecine traditionnelle (Taylor et al., 2005) complémentaire (Luján-Carpio et al., 2014) Transmission orale Transmission orale et écrite  71o Contexte Objectifs Objectifs Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Résultats Objectifs o o Discussion Objectif principal Déterminer la place de la phytothérapie dans l’itinéraire thérapeutique des personnes atteintes d’épilepsie dans des contextes socio-culturels différents Objectifs spécifiques Réaliser une approche comparée entre les systèmes de recours aux plantes des 2 pays les connaissances, attitudes et pratiques sur l’épilepsie des acteurs du système de soins les itinéraires thérapeutiques des PVE au Laos et au Pérou les remèdes à base de plantes utilisés  72o Contexte CadreObjectifs de l’étude Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Démarche épidémiologique et o o Résultats Discussion ethnopharmacologique Diagnostic d’épilepsie Enquêtes porte-à- porte Collecte de Interviews plantes semi-dirigées PVE, Échantillons tradipraticiens, d’herbier, vendeurs de identification plantes Enregistreme Observation nts participante Photos, données GIS Rituels, séances de soins  73o Contexte Objectifs Méthodologie Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Résultats Schéma et cadre d’étude o o Discussion Etude observationnelle descriptive transversale - 2 communautés rurales - Zone péri-urbaine 71 villages - 31 villages : [8-60 km] CSG - Zone urbaine - Zone rurale  74o Contexte Objectifs Méthodologie Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Populations d’étude o o Résultats Discussion 1. Personnes vivant avec l’épilepsie Laos Pérou Date des enquêtes Février-mai 2017 Février-juin 2015 Méthode d’identification Dépistage actif des PVE et sources médicales Critères d’inclusion Confirmation par un neurologue PVE de la zone d’étude Laos 2. Personnel des centres de médecine traditionnelle 3. Vendeurs de plantes médicinales sur les marchés 4. Tradipraticiens  75o Contexte Objectifs Méthodologie Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Résultats Recueil de données o o Discussion 1 enquêteur, 1 facilitateur et 1 doctorante Questionnaires semi-dirigés Pré-testés Adaptés au contexte socio-culturel et linguistique Contrôle qualité des données Data management Considérations éthiques Comité de Protection des Personnes Sud-ouest et Outre-mer Comité Institutionnel d’Ethique (Lima) & Comité National d’Ethique (Vientiane)  76o Contexte Objectifs Résultats Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes o Résultats Diagramme de flux (1/2) o Discussion 1. Personnes vivant avec l’épilepsie Enquête en Enquête en population population 2006 générale générale n=10 008 Diagnostic n=103 négatif Patients n= 9 828 exclus Cas confirmés n= 31 n=180 Patients inclus n=72 Cas confirmés Patients n=86 non retrouvés Patients inclus Patients n=27 n=266 non retrouvés n=38 Patients interviewés Patients interviewés n=228 n=45  77o Contexte Objectifs Résultats Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes o Résultats Localisation des villages au Pérou o Discussion Cartographie de la zone d’étude de Tumbes, Pérou  78o Contexte Objectifs Résultats Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes o Résultats Localisation des villages au Laos o Discussion Cartographie de la zone d’étude de Vientiane capitale, Laos Cartographie de la zone d’étude de Champassak, Laos  79o Contexte Objectifs Résultats Etude II : Travaux ethnopharmacologiques o Objectifs o Méthodes Caractéristiques socio-démographiques o Résultats o Discussion PVE Laos (n=45) PVE Pérou (n=228) Pourcentage Pourcentage Effectif (%) Effectif (%) p Sexe (homme) 24 53,3 113 49,6 Age 2-19 ans 4 8,9 45 19,8 20-29 ans 14 31,1 30 13,2 30-39 ans 12 26,7 40 p=0,0 17,5 40-49 ans 8 17,8 44 19,3 08 50-59 ans 6 13,3 41 18,0 >60 ans 1 2,2 28 12,2 Activité socio-professionnelle Agriculteur 26 57,7 68 29,8 Etudiant 1 2,2 32 14,0 p