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Questions and Answers
Welche der folgenden Aussagen beschreibt am besten die Funktion von Matrix-Targeting-Signalen (MTS) in Proteinen?
Welche der folgenden Aussagen beschreibt am besten die Funktion von Matrix-Targeting-Signalen (MTS) in Proteinen?
- Sie modifizieren Proteine, um die Bildung amphipathischer Helices zu verhindern.
- Sie verhindern, dass Proteine aus dem endoplasmatischen Retikulum (ER) ausgeschleust werden.
- Sie leiten Proteine durch die äussere Membran in den Zellkern.
- Sie lenken Proteine in die Mitochondrienmatrix, sofern keine anderen Sortierungssignale vorhanden sind. (correct)
Was ist die Hauptfunktion der KDEL-Sequenz bei Proteinen in Säugetieren und Pflanzen?
Was ist die Hauptfunktion der KDEL-Sequenz bei Proteinen in Säugetieren und Pflanzen?
- Die KDEL-Sequenz katalysiert die Faltung von Proteinen im Zytosol.
- Die KDEL-Sequenz fördert den Transport von Proteinen in die Peroxisomen.
- Die KDEL-Sequenz verhindert die Sekretion von Proteinen aus dem ER und ermöglicht deren Rückführung. (correct)
- Die KDEL-Sequenz leitet Proteine dauerhaft zur Sekretion aus der Zelle.
Welche der folgenden Aminosäuresequenzen ist ein typisches Peroxisome Targeting Signal 1 (PTS1)?
Welche der folgenden Aminosäuresequenzen ist ein typisches Peroxisome Targeting Signal 1 (PTS1)?
- MTS
- SKL* (correct)
- NLS
- KDEL
Was sind TOM und TIM?
Was sind TOM und TIM?
Die Kernlokalisierungssignale (NLS) sind wichtig für den Import von Proteinen in den Zellkern. Was ist ein Hauptmerkmal dieser Signale?
Die Kernlokalisierungssignale (NLS) sind wichtig für den Import von Proteinen in den Zellkern. Was ist ein Hauptmerkmal dieser Signale?
Was ist der Crabtree-Effekt?
Was ist der Crabtree-Effekt?
Welche der folgenden Änderungen ist typisch für die Evolution des Crabtree-Effekts in Saccharomyces?
Welche der folgenden Änderungen ist typisch für die Evolution des Crabtree-Effekts in Saccharomyces?
Wie beeinflusst der Crabtree-Effekt den Stoffwechselweg von Pyruvat?
Wie beeinflusst der Crabtree-Effekt den Stoffwechselweg von Pyruvat?
Was ist die Hauptursache für die kleine Größe von Petite-Kolonien bei Saccharomyces cerevisiae?
Was ist die Hauptursache für die kleine Größe von Petite-Kolonien bei Saccharomyces cerevisiae?
Welche der folgenden Kohlenstoffquellen kann von Petite-Zellen nicht genutzt werden?
Welche der folgenden Kohlenstoffquellen kann von Petite-Zellen nicht genutzt werden?
Welcher der folgenden Faktoren induziert die Bildung von Petite-Kolonien?
Welcher der folgenden Faktoren induziert die Bildung von Petite-Kolonien?
Welche Aussage beschreibt am besten die Form der mitochondrialen DNA (mtDNA) in S. cerevisiae?
Welche Aussage beschreibt am besten die Form der mitochondrialen DNA (mtDNA) in S. cerevisiae?
Welche der folgenden Funktionen wird nicht von Genen codiert, die sich auf der mtDNA von S. cerevisiae befinden?
Welche der folgenden Funktionen wird nicht von Genen codiert, die sich auf der mtDNA von S. cerevisiae befinden?
Woher stammen die meisten Proteine, die in den Mitochondrien von S. cerevisiae benötigt werden?
Woher stammen die meisten Proteine, die in den Mitochondrien von S. cerevisiae benötigt werden?
Was sind Translokasen im Zusammenhang mit dem Import von Proteinen in die Mitochondrien?
Was sind Translokasen im Zusammenhang mit dem Import von Proteinen in die Mitochondrien?
Welche Rolle spielen Chaperone und Hilfsfaktoren beim Import von Proteinen in die Mitochondrien?
Welche Rolle spielen Chaperone und Hilfsfaktoren beim Import von Proteinen in die Mitochondrien?
Welche der folgenden Aussagen beschreibt am besten den Warburg/Crabtree-Effekt im Zusammenhang mit Saccharomyces cerevisiae?
Welche der folgenden Aussagen beschreibt am besten den Warburg/Crabtree-Effekt im Zusammenhang mit Saccharomyces cerevisiae?
Was bedeutet der Begriff 'Syntenie' im Kontext der Genomforschung?
Was bedeutet der Begriff 'Syntenie' im Kontext der Genomforschung?
Welche der folgenden Eigenschaften macht Saccharomyces cerevisiae besonders geeignet für humane Fermentationsnischen?
Welche der folgenden Eigenschaften macht Saccharomyces cerevisiae besonders geeignet für humane Fermentationsnischen?
Was ist die wahrscheinlichste Bedeutung der Abkürzung 'WGD' im Zusammenhang mit Saccharomyces cerevisiae?
Was ist die wahrscheinlichste Bedeutung der Abkürzung 'WGD' im Zusammenhang mit Saccharomyces cerevisiae?
Wenn eine Hefe als 'triploid' beschrieben wird, was bedeutet das in Bezug auf ihre Chromosomen?
Wenn eine Hefe als 'triploid' beschrieben wird, was bedeutet das in Bezug auf ihre Chromosomen?
Welche der folgenden Schlussfolgerungen kann man aus der Information ziehen, dass die Überexpression von ENO1 mit der Progression von Gliomen assoziiert ist?
Welche der folgenden Schlussfolgerungen kann man aus der Information ziehen, dass die Überexpression von ENO1 mit der Progression von Gliomen assoziiert ist?
Warum ist die Fähigkeit von Saccharomyces cerevisiae, schnell anaerob zu werden, ein Vorteil in bestimmten Nischen?
Warum ist die Fähigkeit von Saccharomyces cerevisiae, schnell anaerob zu werden, ein Vorteil in bestimmten Nischen?
Was bedeutet 'Copy number variations' im Zusammenhang mit Krebszellen?
Was bedeutet 'Copy number variations' im Zusammenhang mit Krebszellen?
Welche der folgenden Aussagen beschreibt am besten den Crabtree-Effekt in Saccharomyces cerevisiae?
Welche der folgenden Aussagen beschreibt am besten den Crabtree-Effekt in Saccharomyces cerevisiae?
Welchen Vorteil bietet die Ethanolproduktion durch Saccharomyces cerevisiae in bestimmten ökologischen Nischen?
Welchen Vorteil bietet die Ethanolproduktion durch Saccharomyces cerevisiae in bestimmten ökologischen Nischen?
Was bedeutet der Begriff 'Overflow Metabolism' im Kontext der Hefephysiologie?
Was bedeutet der Begriff 'Overflow Metabolism' im Kontext der Hefephysiologie?
Welche Aussage beschreibt am besten die Beziehung zwischen Glykolyse (Gf), Respiration (Rf) und Fermentation (Ff) bei Crabtree-positiven Hefen?
Welche Aussage beschreibt am besten die Beziehung zwischen Glykolyse (Gf), Respiration (Rf) und Fermentation (Ff) bei Crabtree-positiven Hefen?
Die Evolution des Crabtree Effekts wird hauptsächlich auf welchen Faktor zurückgeführt?
Die Evolution des Crabtree Effekts wird hauptsächlich auf welchen Faktor zurückgeführt?
Was ist die Hauptursache für die Glukose-Repression der Respiration?
Was ist die Hauptursache für die Glukose-Repression der Respiration?
Wie unterscheiden sich 'Grande'- und 'Petite'-Kolonien von Hefe in Bezug auf ihre Stoffwechselwege?
Wie unterscheiden sich 'Grande'- und 'Petite'-Kolonien von Hefe in Bezug auf ihre Stoffwechselwege?
Welchen Einfluss hat eine Hochregulation der Glykolyse unter anaeroben Bedingungen?
Welchen Einfluss hat eine Hochregulation der Glykolyse unter anaeroben Bedingungen?
Warum führt der Verlust ganzer Chromosomen (Aneuploidie) zu Schwierigkeiten in der Meiose?
Warum führt der Verlust ganzer Chromosomen (Aneuploidie) zu Schwierigkeiten in der Meiose?
Welche Aussage beschreibt die Bedeutung der Genomduplikation (WGD) bei Saccharomyces cerevisiae am besten?
Welche Aussage beschreibt die Bedeutung der Genomduplikation (WGD) bei Saccharomyces cerevisiae am besten?
Was bedeutet der Begriff 'Genome Plasticity' im Kontext der Genomorganisation von Eukaryoten?
Was bedeutet der Begriff 'Genome Plasticity' im Kontext der Genomorganisation von Eukaryoten?
Welche Aussage beschreibt am besten, wie Syntäniekarten (Synteny maps) zur Untersuchung der Genomorganisation in Eukaryoten beitragen?
Welche Aussage beschreibt am besten, wie Syntäniekarten (Synteny maps) zur Untersuchung der Genomorganisation in Eukaryoten beitragen?
Ohno's 2R Hypothese besagt, dass frühe Wirbeltierlinien zwei vollständige Genomduplikationen erfahren haben. Welche Aussage beschreibt eine mögliche Konsequenz dieser Duplikationen?
Ohno's 2R Hypothese besagt, dass frühe Wirbeltierlinien zwei vollständige Genomduplikationen erfahren haben. Welche Aussage beschreibt eine mögliche Konsequenz dieser Duplikationen?
Warum sind 'Bausteine' (wie in Lego-Steinen) ein passendes Analogon für Evolutionäre Prozesse?
Warum sind 'Bausteine' (wie in Lego-Steinen) ein passendes Analogon für Evolutionäre Prozesse?
Was ist der Hauptunterschied zwischen Eremothecium coryli und Ashbya gossypii im Hinblick auf vergleichende Genomik?
Was ist der Hauptunterschied zwischen Eremothecium coryli und Ashbya gossypii im Hinblick auf vergleichende Genomik?
Welchen Vorteil bieten zwei Kopien bestimmter Gene nach einer Genomduplikation (Saccharomyces cerevisiae)?
Welchen Vorteil bieten zwei Kopien bestimmter Gene nach einer Genomduplikation (Saccharomyces cerevisiae)?
Welche der folgenden Anpassungen hat Saccharomyces cerevisiae wahrscheinlich geholfen, ein erfolgreicher Fermentationsorganismus zu werden?
Welche der folgenden Anpassungen hat Saccharomyces cerevisiae wahrscheinlich geholfen, ein erfolgreicher Fermentationsorganismus zu werden?
Was versteht man unter 'Whole Genome Duplication' (WGD) im Zusammenhang mit der Evolution von Saccharomyces cerevisiae?
Was versteht man unter 'Whole Genome Duplication' (WGD) im Zusammenhang mit der Evolution von Saccharomyces cerevisiae?
Welche Aussage beschreibt am besten die Beziehung zwischen Gärfluss (GF) und respiratorischem Fluss (RF) in Saccharomyces cerevisiae?
Welche Aussage beschreibt am besten die Beziehung zwischen Gärfluss (GF) und respiratorischem Fluss (RF) in Saccharomyces cerevisiae?
Welche Reaktion ermöglicht es Saccharomyces cerevisiae, überschüssiges NADH während der Fermentation zu verbrauchen?
Welche Reaktion ermöglicht es Saccharomyces cerevisiae, überschüssiges NADH während der Fermentation zu verbrauchen?
Warum dominiert Saccharomyces cerevisiae häufig Fermentationen, obwohl sie in natürlichen Umgebungen wie Weinbergen nicht die häufigste Hefeart ist?
Warum dominiert Saccharomyces cerevisiae häufig Fermentationen, obwohl sie in natürlichen Umgebungen wie Weinbergen nicht die häufigste Hefeart ist?
Wie beeinflusst die Glycerolbildung die alkoholische Fermentation in Saccharomyces cerevisiae?
Wie beeinflusst die Glycerolbildung die alkoholische Fermentation in Saccharomyces cerevisiae?
Ein Forscher vergleicht die Genexpression verschiedener Saccharomyces-Arten bei unterschiedlichen Temperaturen. Er stellt fest, dass S. cerevisiae bei höheren Temperaturen eine deutlich höhere Expression von Genen zeigt, die für die Glykolyse und alkoholische Fermentation verantwortlich sind, als S. kudriavzevii. Welche Schlussfolgerung ist am wahrscheinlichsten?
Ein Forscher vergleicht die Genexpression verschiedener Saccharomyces-Arten bei unterschiedlichen Temperaturen. Er stellt fest, dass S. cerevisiae bei höheren Temperaturen eine deutlich höhere Expression von Genen zeigt, die für die Glykolyse und alkoholische Fermentation verantwortlich sind, als S. kudriavzevii. Welche Schlussfolgerung ist am wahrscheinlichsten?
Flashcards
Ethanol und Glykolyse
Ethanol und Glykolyse
Hochregulation erlaubt mehr Energie und mehr Glukoseverbrauch unter anaeroben Bedingungen.
Ethanolproduktion: Vorteil
Ethanolproduktion: Vorteil
Ermöglicht die Besetzung einer ökologischen Nische durch die Hefe.
Crabtree-Effekt
Crabtree-Effekt
Erhöhter Glukoseverbrauch in der Glykolyse, auf Kosten der Respiration.
Glykolytischer Flux
Glykolytischer Flux
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Crabtree-Effekt: Respiration
Crabtree-Effekt: Respiration
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S. cerevisiae: Vorteil
S. cerevisiae: Vorteil
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Evolutionäre Triebkraft
Evolutionäre Triebkraft
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Overflow Metabolism.
Overflow Metabolism.
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Saccharomyces
Saccharomyces
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S. cerevisiae
S. cerevisiae
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Warburg/Crabtree Effekt
Warburg/Crabtree Effekt
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ENO1 und Gliom Progression
ENO1 und Gliom Progression
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Copy Number Variations
Copy Number Variations
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Triploide Hefe
Triploide Hefe
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Syntenie
Syntenie
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Whole Genome Duplication (WGD)
Whole Genome Duplication (WGD)
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Was sind Petite-Kolonien?
Was sind Petite-Kolonien?
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Wachstum von Petite-Zellen?
Wachstum von Petite-Zellen?
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Wie werden Petites induziert?
Wie werden Petites induziert?
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Was sind "Grande"-Kolonien?
Was sind "Grande"-Kolonien?
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Größe und Form des mitochondrialen Genoms von S. cerevisiae?
Größe und Form des mitochondrialen Genoms von S. cerevisiae?
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Was kodiert Hefe-mtDNA?
Was kodiert Hefe-mtDNA?
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Wie gelangen Proteine in die Mitochondrien?
Wie gelangen Proteine in die Mitochondrien?
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Welche Faktoren sind am Proteinimport in die Mitochondrien beteiligt?
Welche Faktoren sind am Proteinimport in die Mitochondrien beteiligt?
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Matrix-targeting signal (MTS)
Matrix-targeting signal (MTS)
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TOM
TOM
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TIM
TIM
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Peroxisome targeting signal 1 (PTS1)
Peroxisome targeting signal 1 (PTS1)
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KDEL*
KDEL*
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Nuclear (Kern)-Lokalisierungs Signal (NLS)
Nuclear (Kern)-Lokalisierungs Signal (NLS)
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Glykolytischer Fluss beim Crabtree Effekt
Glykolytischer Fluss beim Crabtree Effekt
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WGD (S. cerevisiae)
WGD (S. cerevisiae)
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Aneuploidie
Aneuploidie
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Vorteile von Genkopien
Vorteile von Genkopien
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Syntäniekarte
Syntäniekarte
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Genomplastizität
Genomplastizität
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Hefevorkommen
Hefevorkommen
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Vergleichende Genomik
Vergleichende Genomik
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Bausteine der Evolution
Bausteine der Evolution
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WGD (Whole Genome Duplication)
WGD (Whole Genome Duplication)
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Ohno's 2R Hypothese
Ohno's 2R Hypothese
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Temperaturabhängigkeit
Temperaturabhängigkeit
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Entkopplung GF/RF
Entkopplung GF/RF
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Glycerolbildung
Glycerolbildung
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Alkoholische Fermentation
Alkoholische Fermentation
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Superfermenter
Superfermenter
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Study Notes
Evolution von Saccharomyces
- Die Vorlesung behandelt die Evolution von Saccharomyces, einschliesslich der Frage, was einen Superfermenter ausmacht.
- Es wird die Geschichte von Gier und Habsucht im Zusammenhang mit der Hefeevolution beleuchtet.
- Der Crabtree-Effekt, wird in Bezugnahme auf Gemeinsamkeiten zwischen S. cerevisiae und Krebszellen erläutert.
- Die Genomevolution wird als ein weiterer wichtiger Aspekt der Saccharomyces-Evolution betrachtet
Was macht Saccharomyces cerevisiae zu einem so erfolgreichen Fermentationsstamm?
- Saccharomyces ist im Weinberg nicht reichlich vorhanden, dominiert aber die Fermentationen.
- Die ursprüngliche Quelle von Saccharomyces ist wahrscheinlich das Weingut selbst und alte Trester.
- Als Vektor für die Verbreitung von Saccharomyces zu den reifenden Trauben werden Insekten angenommen.
Warum Saccharomyces cerevisiae?
- S. cerevisiae ist mit S. paradoxus und S. mikatae verwandt.
- Die Fermentationsleistung der verschiedenen Arten ist von der Gärtemperatur abhängig.
- Saccharomyces jurei ist eine neuartige Hefeart, die aus Quercus robur isoliert wurde.
Crabtree-Effekt
- Der Crabtree-Effekt ist nach dem englischen Biochemiker Herbert Grace Crabtree benannt.
- Er beschreibt, dass Hefe (Saccharomyces cerevisiae) Glucose auch in Gegenwart von Sauerstoff zu Ethanol fermentiert, anstatt Biomasse über den Tricarbonsäurezyklus (TCA) zu produzieren.
- TCA ist der Prozess, der normalerweise in den meisten Hefen abläuft (z. B. Kluyveromyces spp.).
- Krebszellen zeigen einen ähnlichen Metabolismus wie beim Crabtree-Effekt und nutzen bevorzugt Glykolyse und Milchsäuregärung gegenüber der Atmungskette, was als Warburg-Effekt bekannt ist.
Die Evolution des Crabtree-Effekts in Saccharomyceten
- Vorfahren der Saccharomyceten hatten eine respirative Fermentation, ähnlich wie Pichia, Debaryomyces, Eremothecium und Kluyveromyces.
- Bei dieser Form nahm der geringe glykolytische Fluss vollständig im respiratorischen Fluss auf.
- Hefen, die sich von der Eremothecium-Linie abspalteten, wie z.B. Lachancea, Torulaspora, Zygotorulaspora, zeigen einen größeren glykolytischen Fluss.
- Dies führt dazu, dass mehr Pyruvat produziert als der respiratorische Fluss bewältigen kann, was den Overflow Metabolismus zur Folge hat.
- Im nächsten Schritt erfolgte eine Hochregulation der Glykolyse, was die Erzeugung von mehr Energie und den Verbrauch von mehr Glukose unter anaeroben Bedingungen ermöglichte.
- Dadurch konnte Ethanol erzeugt und eine neue ökologische Nische erobert werden.
- Beim Crabtree-Effekt wird Glucose in der Glykolyse verstärkt verbraucht, auf Kosten des respiratorischen Flusses .
- Der glykolytische Fluss ist in Gegenwart von Glucose grundsätzlich erhöht, unabhängig von der Sauerstoffverfügbarkeit.
- Da S. cerevisiae höhere Fermentationstemperaturen toleriert, dient er als Hefe in humanen Fermentationsnischen.
- Dies bietet Vorteile in Nischen, die schnell und zumindest vorübergehend anaerob werden.
Grande versus Petite Kolonien
- Petite Kolonien sind klein, weil der aerobe Atmungskettenweg, ATP erzeugt, blockiert ist.
- Die primäre Wirkung der Petite-Mutation besteht in der Unfähigkeit, Cytochrome der Typen a und b zu synthetisieren.
- Wenn sie auf Glucose wachsen, sind Petite-Kolonien etwa 10x kleiner als der Wildtyp.
- Im Gegensatz zu S. cerevisiae bilden die meisten Hefearten keine Petites(petite-negativ).
- Wildtyp-Kolonien werden auch „Grande" genannt.
Wie gelangen Proteine in die Mitochondrien?
- Etwa 10 bis 15 % der Kerngene eukaryotischer Organismen codieren mitochondriale Proteine.
- Diese Proteine werden im Zytosol synthetisiert und von Rezeptoren auf der Oberfläche der Mitochondrien erkannt.
- Translokasen in der äußeren und inneren Membran der Mitochondrien vermitteln den Import und die intramitochondriale Sortierung dieser Proteine; ATP und Membranpotential werden als Energiequellen verwendet.
- Chaperone und Hilfsfaktoren unterstützen die Faltung und den Zusammenbau mitochondrialer Proteine in ihre nativen, dreidimensionalen Strukturen..
- Eine N-terminale Zielsequenz, auch Matrix-Targeting-Signal (MTS) genannt, bringt das N-Terminus über die innere Membran in die Matrix.
- Wenn keine weiteren Sortierinformationen vorliegen, leiten diese Signale Proteine in die Matrix.
- Die meisten PTS1-Sequenzen sind Serin-Lysin-Leucin (SKL*). der Aminosäurestruktur eines Proteins befindet.
- Die KDEL-Sequenz verhindert, dass ein Protein aus dem endoplasmatischen Retikulum (ER) ausgeschieden wird, und erleichtert seine Rückkehr wenn es aus Versehen exportiert wude.
Syntenie - Synteny
- Syntenie: beschreibt eine konservierte Genabfolge bei verschiedenen Arten
- Der Mensch und Schimpanse haben zu 98,8% ihrer DNA gemeinsam.
- Das Artepitheton „troglodytes“des Schimpansen bedeutet „Höhlenbewohner".
Saccharomyces cerevisiae: WGD: Whole Genome Duplication
- S. castelli hat ~5.350 Gene (~550 Duplikatpaare).
- S. cerevisiae hat etwa 5.770 Gene.
- Naumovozyma castelli
- Kartierung von Kluyveromyces waltii Chromosom 4 mit Schwesterregionen auf den Saccharomyces cerevisiae-Chromosomen
- Die Genomorganisation in Eukaryoten ist sehr flexibel.
Das Problem in der Evolution
- Die Evolution braucht Bausteine
- Ohnos Hypothese: 2R Hypothese
- Die Genome von frühen Wirbeltierlinien durchliefen zwei komplette Genomduplikationen, und die heutigen Wirbeltiergenome zeigen eine Paleopolyploidie.
- Drei Genomduplikationen in der Evolutionsgeschichte der Wirbeltiere.
- Zwei nacheinander im Vorfahren der Wirbeltiere, und eine dritte spezifisch für Knochenfische.
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