Tema 6: Microorganismos Industriales y Enología
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Questions and Answers

¿Cuál de los siguientes compuestos NO es uno de los probados en la asimilación de nitrógeno?

  • D-glucosa
  • Etilamina
  • Cadaverina
  • Fructosa (correct)

¿Qué ajusta el pH a 6,5 cuando se añade nitrito al medio?

  • Agua destilada
  • Nitrato
  • Azúcar
  • Ácido láctico (correct)

¿Cómo se detecta el crecimiento en un auxonograma?

  • Por la coloración del medio
  • Por la formación de burbujas
  • Por el cambio de pH
  • Por la turbidez alrededor del compuesto (correct)

¿Qué tipo de medios se utilizan para los auxonogramas?

<p>Sin fuente de C o N (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuánto tiempo suelen tardar los kits comerciales en proporcionar resultados?

<p>24-48 horas (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué se requiere además de las pruebas de fermentación para identificar microorganismos del vino?

<p>Pruebas complementarias (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué se observa para identificar microorganismos utilizando kits comerciales?

<p>El resultado comparando con una ficha (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de los siguientes compuestos se utiliza para la identificación de levaduras del vino?

<p>Nitrato (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el medio utilizado para el crecimiento de mohos en observación microscópica?

<p>Agar Saboraud (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué se observa en el cultivo de levaduras en un medio líquido con campana de Durham?

<p>Generación de gas (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ácido se debe ajustar a un pH mínimo de 5,5 antes de la autoclave en la asimilación de compuestos carbonados?

<p>Ácido acético (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de las siguientes levaduras es resistente a la cicloheximida?

<p>Brettanomyces (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué forma tienen los bacilos en un cultivo de bacterias?

<p>Cilíndricos (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ingrediente se utiliza en un medio selectivo para Zygosaccharomyces?

<p>Agar acetato 1% (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de estas pruebas se considera positiva si la levadura crece en el medio sin fuente de carbono?

<p>Asimilación de compuestos carbonados (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ocurre con las hifas de los mohos durante su manipulación?

<p>Se rompen con facilidad (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es uno de los objetivos de identificar las levaduras en la elaboración de vino?

<p>Evitar la reselección de cepas vínicas (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuántas pruebas son necesarias, en promedio, para identificar levaduras y bacterias vínicas?

<p>20-30 pruebas (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué se debe hacer primero para observar las esporas de las levaduras bajo el microscopio?

<p>Incubar en medio de esporulación a 25ºC durante 3-7 días (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es un método utilizado para identificar microorganismos enológicos?

<p>Criterios morfológicos, bioquímicos y fisiológicos (B)</p> Signup and view all the answers

En la clasificación de la división de levaduras, ¿cuál de las siguientes es una forma de división asexual?

<p>División bipolar (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de medio se utiliza para incubar un pseudomicelio para su observación?

<p>Medio PDA (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el error común al seleccionar levaduras autóctonas en el mercado?

<p>Optar por levaduras viejas (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de morfología de levaduras se observa en medio sólido?

<p>Morfología de colonia (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la principal utilidad de amplificar las regiones ITS, ETS e IGS en levaduras?

<p>Diferenciar cepas e incluso especies. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de bandas aparecerían en la electroforesis de una PCR-HMA si se formara un heteroduplex?

<p>Cadenas no hibridadas simples en la parte superior. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué enzima se mencionó para la restricción de las regiones amplificadas en el ARDRA-PCR?

<p>HaeIII. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el umbral de diferencia en la secuencia de ADN requerido para formar un heteroduplex?

<p>Más del 2% de diferencia. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué característica tienen los intrones en el ADN de eucariotas?

<p>Se eliminan durante el procesamiento del ARN mensajero. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el resultado de realizarPCR con primers en los extremos de los intrones?

<p>Se obtienen fragmentos útiles para diferenciar levaduras. (C)</p> Signup and view all the answers

En el contexto de PCR fingerprinting, ¿qué son los microsatélites (SSR)?

<p>Secuencias cortas y repetitivas de ADN. (C)</p> Signup and view all the answers

En una PCR-HMA, ¿qué indica la presencia de homoduplex en la electroforesis?

<p>Que los ADN hibridados son de la misma especie. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es uno de los inconvenientes de la PCR convencional?

<p>Es necesario conocer la secuencia de la zona que se desea amplificar. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ventaja tiene la técnica UP-PCR en comparación con la RAPD?

<p>Las condiciones son iguales en todos los laboratorios. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la principal característica de la técnica multiplex RAPD-PCR?

<p>Combina un primer específico y otro aleatorio. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué es el ARDRA?

<p>Una técnica utilizada para analizar el ADN ribosomal amplificado. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es una desventaja de la técnica RAPD?

<p>Los resultados dependen en gran medida del tipo de primer utilizado. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cómo se diferencia la técnica ARDRA de otras técnicas de amplificación?

<p>Se basa en la amplificación de genes que codifican para el ARN ribosomal. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre los primers en la RAPD es correcta?

<p>Un único primer puede hibridar aleatoriamente con varias zonas del ADN. (D)</p> Signup and view all the answers

En el contexto de la Multiplex RAPD-PCR, ¿qué se espera lograr con la combinación de primers?

<p>Facilitar la diferenciación de cepas con bandas fijas y variables. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el principal propósito de las endonucleasas de restricción en el estudio del DNA?

<p>Cortar el DNA en fragmentos específicos para su análisis. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué permite detectar la huella genética del DNA total?

<p>Diferencias a nivel de cromosomas y estabilidad genómica. (A)</p> Signup and view all the answers

En la metodología de huella genética, ¿cuál es el primer paso?

<p>Aislar el DNA totalmente. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué se obtiene tras someter el DNA mitocondrial a enzimas de restricción adecuadas?

<p>Un patrón diferente para cada cepa. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la diferencia en el porcentaje de G+C entre el ADN nuclear y mitocondrial mencionado?

<p>El ADN nuclear tiene un 40% y el mitocondrial un 20%. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Dónde aparecerá el ADN mitocondrial en el gel tras la electroforesis?

<p>En la parte superior, debido a su menor fragmentación. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la ventaja de utilizar la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en el análisis del DNA?

<p>Incrementa la cantidad de DNA para estudios posteriores. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de polimorfismo se observa en las cepas de levaduras enológicas mencionadas?

<p>Intraespecífico del DNA mitocondrial. (B)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Importancia de la identificación de microorganismos.

La identificación de microorganismos en la industria es crítica para conocer la enología de la fermentación, determinar la dominancia de las levaduras inoculadas, y evitar la reselección de cepas vínicas.

Técnicas clásicas de identificación.

Técnicas clásicas como el análisis morfológico, bioquímico y fisiológico se utilizan para identificar microorganismos.

Clasificación de las levaduras según su morfología.

Las levaduras se clasifican según su morfología, reproducción y formación de pseudomicelio.

Técnicas morfológicas para identificar levaduras.

La observación microscópica de la morfología de colonia, la reproducción (asexual y sexual) y la formación de pseudomicelio son esenciales para la identificación de levaduras.

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Observación de esporas en levaduras.

El medio de esporulación a 25ºC durante 3-7 días permite observar la formación de esporas en las levaduras.

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Técnicas de tinción para observar esporas.

Las esporas de las levaduras se pueden observar mejor mediante tinción en un medio de esporulación.

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Observación del pseudomicelio.

El pseudomicelio es un signo de crecimiento específico de las levaduras e indica diversas formas de alargamiento y formación de blastosporas.

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Identificación de las levaduras - Un proceso complejo.

El análisis morfológico, bioquímico y fisiológico de las levaduras es un proceso complejo que requiere tiempo y experiencia.

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Asimilación de nitrógeno

Un método para determinar si un microorganismo puede utilizar un compuesto específico como fuente de nitrógeno.

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Auxonograma

Un método para determinar si un microorganismo puede utilizar un compuesto específico como fuente de carbono.

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Auxonograma

Un método para evaluar la capacidad de utilización de una fuente de carbono o nitrógeno por parte de un microorganismo. Se utiliza un medio sólido sin fuente de carbono o nitrógeno, y se coloca el compuesto a probar en un punto de la placa.

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Kits de identificación de microorganismos

Conjunto de pruebas que se realizan de forma rápida y con pequeños volúmenes para identificar un microorganismo.

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Identificación de levaduras del vino

Conjunto de pruebas para la identificación de levaduras en el vino.

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Prueba de asimilación

Prueba que se realiza en medios sólidos para determinar la capacidad de un microorganismo para asimilar un compuesto. En lugar de una fuente de carbono o nitrógeno, se utiliza el compuesto a analizar en un punto determinado de la placa.

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Prueba de utilización de fuente de carbono

Método para determinar si un microorganismo puede utilizar un compuesto específico como fuente de carbono en un medio sólido.

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Prueba de utilización de fuente de nitrógeno

Método para determinar si un microorganismo puede utilizar un compuesto específico como fuente de nitrógeno en un medio sólido.

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UP-PCR (Universal Primer- PCR)

Una variante de la RAPD que utiliza primers universales más largos y una temperatura de hibridación mayor, mejorando la reproducibilidad y estandarización.

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Multiplex RAPD-PCR

Una modificación de RAPD que utiliza dos primers al mismo tiempo, uno específico y otro aleatorio, mejorando la reproducibilidad y reduciendo el número de bandas.

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ARDRA (Análisis de Restricción del ADN Ribosomal Amplificado)

Una técnica utilizada para diferenciar microorganismos mediante el análisis de restriccion del ADN ribosomal amplificado.

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ITS (Internal Transcribed Spacers)

Segmentos de espacio entre las regiones codificantes del ADN ribosomal (18S, 5.8S, 28S).

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IGS (Intergenic Spacers)

Espaciador que separa la unidad de repetición del gen 5S del ADN ribosomal.

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PCR a base de ITS e IGS

Técnicas que dependen de la amplificación de secuencias de ADN espaciadoras que codifican para los RNA ribosómicos, sin afectar al organismo.

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Primer arbitrario (PCR)

Un único cebador corto (10-15 nucleótidos) que híbrida aleatoriamente con numerosas zonas del ADN, permitiendo estimar la similitud entre organismos.

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Diferencia entre RAPD y Multiplex RAPD-PCR

Diferencia entre las técnicas basadas en primers aleatorios: se utiliza un solo primer en RAPD, mientras que se emplean dos primers, uno específico y otro aleatorio, en Multiplex RAPD-PCR.

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Endonucleasas de restricción

Las endonucleasas de restricción son enzimas que cortan el ADN en secuencias específicas. Esta técnica se utiliza para identificar fragmentos de ADN únicos en cada especie, creando un perfil de restricción característico.

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Huella genética del ADN (fingerprint)

La huella genética del ADN total, también conocida como 'fingerprint', es una técnica que utiliza endonucleasas de restricción para identificar diferencias en el ADN. Este método se utiliza para analizar la estabilidad genómica y el parentesco entre dos cepas.

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Análisis de restricción (RFLP) del ADN mitocondrial

El análisis de restricción (RFLP) del ADN mitocondrial es una técnica que identifica patrones de restricción específicos en el ADN mitocondrial. Este método se utiliza para diferenciar cepas de levaduras, seguir la propagación de una cepa inoculada y analizar polimorfismos intraespecíficos.

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Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)

La técnica de PCR (Reacción en cadena de la polimerasa) es una técnica de amplificación del ADN que permite copiar fragmentos específicos de ADN. Este método se utiliza para detectar y analizar fragmentos específicos de interés en una muestra.

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Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)

La técnica de PCR (Reacción en cadena de la polimerasa) es una técnica de amplificación del ADN que permite copiar fragmentos específicos de ADN. Este método se utiliza para detectar y analizar fragmentos específicos de interés en una muestra.

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RFLP del ADN mitocondrial para S. cerevisiae

Esta técnica se utiliza para diferenciar distintas cepas de Saccharomyces cerevisiae, analizar el polimorfismo intraespecífico del ADN mitocondrial y seguir la implantación de una cepa inoculada en una fermentación.

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Variante RFLP no mitocondrial

Esta variante de la técnica RFLP separa el ADN nuclear del mitocondrial. Al utilizar enzimas que cortan preferentemente regiones ricas en G+C, el ADN nuclear es altamente fragmentado, mientras que el ADN mitocondrial permanece relativamente intacto, permitiendo su análisis.

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Variante RFLP no mitocondrial

Esta variante RFLP separa el ADN nuclear del mitocondrial. Al utilizar enzimas que cortan preferentemente regiones ricas en G+C, el ADN nuclear es altamente fragmentado, mientras que el ADN mitocondrial permanece relativamente intacto, permitiendo su análisis.

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Observación microscópica de mohos

La observación microscópica de los mohos requiere un procedimiento especial debido a la fragilidad de sus hifas. Se cultivan directamente sobre el portaobjetos para facilitar la observación. El medio de cultivo utilizado es similar al empleado para el pseudomicelio, como PDA o Agar Sabouraud.

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Reproducción de mohos

La reproducción de los mohos se caracteriza por la formación de esporas, que pueden ser asexuales (por ejemplo, conidios) o sexuales (por ejemplo, zigosporas). Estas esporas se dispersan en el ambiente y, al encontrar condiciones favorables, germinan para dar lugar a nuevos micelios.

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Medios selectivos para levaduras

El agar acetato al 1% es un medio selectivo para el crecimiento de Zygosaccharomyces, un tipo de levadura. El agar cicloheximida inhibe la síntesis de proteínas en eucariotas, excepto en Brettanomyces, que es resistente a este producto.

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Fermentación de azúcares en levaduras

La fermentación de azúcares se utiliza para identificar levaduras. Se inocula una suspensión de levadura en un medio líquido con azúcar y se observa la producción de gas en una campana de Durham. La presencia de gas indica que la levadura está fermentando el azúcar.

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Asimilación de compuestos carbonados

La asimilación de compuestos carbonados se utiliza para identificar levaduras. Se inocula una suspensión de levadura en un medio sólido con un compuesto de carbono y se observa el crecimiento de la levadura. La presencia de crecimiento indica que la levadura está asimilando el compuesto.

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Morfología de Bacterias

Las Bacterias se pueden clasificar de acuerdo a su morfología, como esféricas (cocos), cilíndricas (bacilos), helicoidales (espirales) y formas intermedias. También se puede clasificar por cómo se agrupan: en cadena, en pareja, en tétradas, cubos, racimo.

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Bacilos

Los bacilos son bacterias con forma alargada o cilíndrica. Pueden aparecer en cadena, empalizada o en otras formas, dependiendo de la especie bacteriana.

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Cultivo de levaduras en agar

El método de cultivo en agar es una técnica común para el estudio de levaduras. El agar es un gel que se utiliza como base para el crecimiento de microorganismos. Se pueden usar diferentes nutrientes y sustancias para seleccionar el tipo de levadura que se quiere cultivar.

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Ribotipado

Las regiones ITS, ETS e IGS son secciones del ADN de las levaduras que varían mucho entre especies. Los genes ribosomales, por otro lado, son muy similares en diferentes especies. Al amplificar estas regiones y cortarlas con enzimas de restricción, se crean patrones únicos (ribotipos) para cada especie.

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ARDRA-PCR

Método de PCR que se utiliza para diferenciar cepas e incluso especies de levaduras. Se basa en la amplificación y la posterior digestión con enzimas de restricción de regiones ITS, ETS o IGS, que son altamente variables entre especies.

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PCR-HMA

Técnica sencilla que aprovecha las diferencias en la secuencia de ADN para diferenciar entre levaduras. Se amplifica un gen específico (RNAr) y luego se permite que las cadenas de ADN se hibriden (se unan). Si las cadenas son de la misma especie, se unirán perfectamente, pero si son de diferentes especies, se unirán de forma imperfecta, creando bandas de ADN de diferentes tamaños.

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PCR con cebadores de “Intron Splice Site”

Los intrones son segmentos del ADN que no se traducen a proteínas y se eliminan durante el procesamiento del ARN mensajero (ARNm). Los intrones tienen secuencias específicas en sus extremos que son esenciales para su eliminación. Al utilizar cebadores (primers) que hibridan con estos extremos, se amplifican fragmentos de ADN que pueden usarse para diferenciar entre levaduras.

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Microsatélites (SSR)

Repetición corta de secuencias de ADN que varían en número y en la distribución entre individuos. Estas repeticiones pueden usarse para crear perfiles de ADN únicos para cada estirpe de levadura.

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PCR fingerprinting con microsatélites (SSR)

Técnica de PCR que se utiliza para identificar diferentes estirpes de levaduras. Se basa en la amplificación de microsatélites (SSR), que son regiones altamente variables del genoma.

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Study Notes

Tema 6: Identificación de Microorganismos Industriales y Monitorización de Poblaciones

  • Importancia de la identificación (especies y cepas): Understanding fermentation processes and their impact on winemaking is crucial. Identifying dominant inoculated yeasts and their biotechnological potential is essential. Avoiding the reselection of wine yeasts is necessary, as existing commercial yeasts are often repeatedly selected and isolated, making the selection of indigenous yeasts difficult. Often, "older" yeasts are mistakenly selected, leading to similar wines and less distinctive characteristics between wineries.

Identificación de Microorganismos Enologicos

  • Obtención de Muestras: A crucial initial step in the identification process
  • Aislamiento: Procedure used to separate and cultivate pure cultures of organisms from a mixed sample
  • Identificación: Determining the specific organisms, employing both traditional and molecular techniques.
  • Técnicas Clásicas: Use morphological, biochemical, and physiological criteria, often using dichotomous keys. Examples include Bergey's Manual to identify bacteria and specialized resources to identify yeasts and molds.
  • Técnicas Moleculares: Advanced methods for organism identification.

Técnicas Clásicas

  • Morfología de Colonias (en medio sólido): Observation of colony morphology provides valuable information:
  • Forma (Forma de la colonia): Punctiform, circular, irregular, filamentous
  • Borde (Borde de la colonia): Entire, undulate, lobate, curled, irregular, filamentous
  • Elevación (Elevación de la colonia): Flat, raised, convex, pulvinate, umbonate
  • Superficie (Superficie de la colonia): Smooth, rough, wrinkled, dry, powdery
  • Observación Microscópica (bacterias y levaduras): Microscopic examination reveals further details aiding species determination.
  • Visualize different types of yeast including division types (multilateral or bipolar budding)
  • Visualize different types of bacteria including division types (multilateral division, or fission; and spiral shapes)
  • Visualize different types of molds including filaments and spores.

Técnicas Bioquímicas y Fisiológicas

  • Crecimiento en Medios Distintos: Evaluating growth patterns in various culture media. Specific examples were given for different organisms.
  • Fermentación de Azúcares: Evaluating the species using various sugars, following a specific protocol to observe gas production.
  • Asimilación de Compuestos Carbonados: Identifying the types of nutrients used for growth in solid media
  • Asimilación de Nitrógeno: Identifying the types of nutrients used for growth in solid media.
  • Auxonogramas: Technique using media without a carbon and nitrogen source

Kits de Identificación de Microorganismos

  • Using commercial kits (identification galleries) greatly speeds and simplifies identification processes that use fermentation tests and assimilation tests.

Microscopía

  • Use simple procedures for easy observing organisms
  • Use techniques to identify microorganisms

Técnicas Moleculares

  • Electroforesis de ADN/Proteínas: DNA or protein separation using an electrical field. This allows for size separation of components.

  • PCR: Polymerase Chain Reaction which amplify DNA fragments in order to use with other methods

  • Análisis de Restricción de DNA: DNA broken into fragments using enzymes that create DNA fragments that are used in electroforesis.

  • ARDRA: Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis used in identifying organisms.

  • MALDI-TOF: Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry, identifies proteins, giving an almost specific identification of microorganism species.

  • PCR con Primers Específicos/UP-PCR/Multiplex RAPD/ PCR Fingerprinting: Special primers targeting specific regions can quickly provide an accurate identification

  • PCR (RAPD) with arbitraries primers: Using random primers allow to identify specific organisms.

  • PCR (ARDRA): Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis provides quicker and specific identifications useful in various analysis.

Otros métodos

  • FISH: Fluorescence In Situ Hybridization: identifying microbes without culturing.
  • Microsatélites (SSR): Simple Sequence Repeats are used for high discrimination among various species
  • PCR secuenciación: Use DNA sequencing to identify a microorganism species

Aplicaciones de las Técnicas Moleculares y Genéticas

  • Ecología del Vino: Understanding wine fermentation, identify new/unknown yeasts, classify commercial yeasts, look for harmful yeasts.

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Quiz Team

Description

Este cuestionario se centra en la identificación de microorganismos industriales, especialmente en el contexto de la enología. Analiza la importancia de reconocer especies y cepas de levaduras y su impacto en los procesos de fermentación y producción de vino. Además, se abordan técnicas para la obtención de muestras, aislamiento e identificación de microorganismos.

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