17 - Técnicas de detección de variación genética II
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Questions and Answers

¿Cuál es el costo actual aproximado para secuenciar un genoma humano?

  • 600 a 800 euros (correct)
  • 1500 euros
  • 1000 euros
  • 300 euros

    • ¿Qué proceso se utiliza para aumentar la cantidad de lecturas en un sistema de secuenciación?

  • Extensión de ARN
  • Paralelización (correct)
  • Electroforesis en gel
  • Aislación de ADN

    • ¿Cuál es el primer paso técnico en el proceso de secuenciación de un genoma?

  • Purificación del ADN
  • Fragmentado del ADN (correct)
  • Carga en sistemas de electroforesis
  • Construcción de la librería

    • Para secuenciar un genoma de tejido concreto, ¿qué se debe hacer antes?

    <p>Aislar ADN a partir de células del tejido específico</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es una de las principales ventajas de los equipos actuales de secuenciación automatizada?

    <p>Reducen el tiempo de procesamiento</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué tipo de muestra se utiliza generalmente para construir la librería de ADN?

    <p>Muestra de sangre periférica</p> Signup and view all the answers

    La purificación de productos de extensión de ADN se realiza después de:

    <p>Las reacciones de extensión de ADN</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la razón principal para fragmentar las largas moléculas de ADN en el proceso de secuenciación?

    <p>Facilitar las lecturas de secuenciación</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es una limitación significativa de la secuenciación de 2ª generación en comparación con la de 1ª generación?

    <p>Las lecturas son más cortas, limitándose a 100-150 pb.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué factor determina el cambio conformacional del poro en las lecturas de ADN?

    <p>La naturaleza de las bases nitrogenadas que atraviesan el poro</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué aspecto del proceso de secuenciación ha cambiado de ser el más complicado a ser más sencillo?

    <p>Ensamblar las secuencias cortas para crear un genoma.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué se busca lograr a futuro en las técnicas de secuenciación de ADN en humanos?

    <p>Obtener lecturas de todo un cromosoma en un solo evento.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es una limitación de la técnica de polimerasa en la síntesis de ADN?

    <p>Se requiere amplificación clonal</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué tecnología se menciona como parte de la secuenciación masiva de 3ª generación?

    <p>Tecnología basada en el uso de nanoporos.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué técnica de secuenciación es más fiable según los porcentajes de error mencionados?

    <p>Illumina, con un 99,99% de fiabilidad</p> Signup and view all the answers

    En el contexto de la secuenciación del ADN, ¿qué problema se aborda principalmente con el uso de supercomputadoras?

    <p>Analizar datos y ensamblar lecturas.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué tipo de secuenciación se recomienda para estudiar el genoma bacteriano?

    <p>Secuenciación por nanopore</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la desventaja de usar la técnica de nanopore en la búsqueda de variantes somáticas?

    <p>Carece de resolución suficiente</p> Signup and view all the answers

    De acuerdo con el contenido, ¿en qué tipo de organismos ya se puede aplicar la técnica de obtener lecturas grandes?

    <p>En bacterias.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es una comparación utilizada para ilustrar el proceso de obtener datos de secuencia en la actualidad?

    <p>Ver una película en el cine sería más complicado que en casa.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es el principal propósito del equipo que detecta cambios conformacionales en ADN?

    <p>Leer moléculas individuales y detectar cambios en tiempo real</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la longitud máxima de las lecturas en la secuenciación de 2ª generación?

    <p>300 pb.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué aspecto del ADN no presenta diferencias estructurales relevantes?

    <p>El esqueleto de fosfato y desoxirribosa</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué ventaja tiene Illumina sobre las lecturas más cortas?

    <p>Ofrece una mayor fiabilidad en las lecturas</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué indica un número de lecturas de 10x en un cromosoma frente a 20x en otro?

    <p>Podría haber una aneuploidía, posiblemente trisomía.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es el propósito principal de detectar translocaciones en el genoma?

    <p>Detectar fusiones y puntos de unión artificiales inesperados.</p> Signup and view all the answers

    En relación a los arrays de genotipado, ¿qué papel juega la fluorescencia?

    <p>Permite conocer los genotipos para cada SNP interrogado.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuáles son los componentes necesarios para realizar una PCR en tiempo real?

    <p>ADN molde, ADN polimerasa termoestable, oligonucleótidos específicos, desoxirribonucleótidos trifosfato, tampón y agua.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué longitud pueden alcanzar las lecturas en la secuenciación de ADN de tercera generación?

    <p>Hasta 150 pb.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué afirmación sobre los ensayos con sondas TaqMan es correcta?

    <p>Implican la adición de dos oligonucleótidos marcados con intercalantes, cada uno para un alelo diferente.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál de las siguientes características no se relaciona con las fusiones de cromosomas?

    <p>Son siempre evidentes en pruebas de diagnóstico.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué fenomeno genético se puede detectar mediante la comparación de lecturas en secuenciación masiva?

    <p>Aneuploidías y translocaciones.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la función del extremo 3'OH libre en el cebador durante la síntesis de ADN?

    <p>Iniciar la síntesis de ADN.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué diferencia fundamental hay entre la tecnología de Sanger y la de Illumina en relación al bloqueo del extremo 3'?

    <p>El bloqueo en Sanger es permanente y en Illumina es reversible.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cómo se logra la detección de la señal fluorescente emitida por los nucleótidos durante el proceso de secuenciación?

    <p>A través de una cámara de alta resolución.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué sucede con los fluoróforos una vez que se detecta la señal de fluorescencia correspondiente a cada base?

    <p>Se eliminan para evitar interferencias en la señal.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué se utiliza para obtener un cambio químico que desbloquee el extremo 3'OH de los nucleótidos?

    <p>El pH del tampón.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es el propósito de marcar los nucleótidos con fluoróforos en la síntesis de ADN?

    <p>Facilitar la lectura de la secuencia de ADN.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué tipo de tecnología se emplea en el proceso de secuenciación descrito?

    <p>Nanotecnología.</p> Signup and view all the answers

    En el proceso de síntesis de ADN, ¿qué ocurre después de que se incorpora un nucleótido?

    <p>Se emite una señal fluorescente para detección.</p> Signup and view all the answers

    Cuál es la característica principal de los cromosomas nucleares en comparación con el ADN mitocondrial?

    <p>El ADN mitocondrial es circular y bicatenario.</p> Signup and view all the answers

    Qué metodología se utiliza actualmente para leer el ADN debido a las limitaciones tecnológicas?

    <p>Se fragmenta el ADN para luego ensamblarlo.</p> Signup and view all the answers

    Qué permite el proceso de faseado en la secuenciación del ADN?

    <p>Conocer las variantes genéticas heredadas de cada progenitor.</p> Signup and view all the answers

    Cuál es el propósito de los adaptadores de ADN bicatenario en el manejo del ADN fragmentado?

    <p>Actuar como etiquetas conocidas para manipular los fragmentos.</p> Signup and view all the answers

    Qué se logra al amplificar el genoma usando una sola combinación de cebadores?

    <p>La amplificación de todo el genoma unido a adaptadores.</p> Signup and view all the answers

    Qué analogía se utiliza para describir el proceso de lectura de secuencias de ADN fragmentadas?

    <p>Es comparable a repartir capítulos entre varias personas.</p> Signup and view all the answers

    Cuál es la función de las ligasas en las reacciones in vitro relacionadas con el ADN?

    <p>Fusionar adaptadores a los extremos de los fragmentos de ADN.</p> Signup and view all the answers

    Cuál es el objetivo principal al intentar leer un cromosoma completo de extremo a extremo?

    <p>Determinar las combinaciones de variantes genéticas heredadas.</p> Signup and view all the answers

    Study Notes

    Técnicas de Detección de Variación Genética

    • Diversas técnicas permiten detectar variaciones genéticas, incluyendo hibridaciones citofluorescentes para identificar aneuploidías o reorganizaciones cromosómicas.
    • La genómica comparativa, usando microarrays, identifica ganancias o pérdidas de ADN.
    • Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una técnica clave, con variantes como la PCR en tiempo real para cuantificación precisa.
    • La secuenciación, iniciada por la técnica de Sanger, implica modificar nucleótidos en la posición 3' para detener la síntesis de ADN y permite identificar la secuencia de ADN con base en la emisión de fluorescencia de cada nucleótido.
    • La secuenciación paralela (en paralelo) permite secuenciar múltiples genomas simultáneamente, aumentando la eficiencia. El desarrollo de nanotecnología ha contribuido a este avance.
    • Los costos de la secuenciación han disminuido drásticamente, haciéndola más accesible, lo que ha impactado a la biomedicina.

    Proceso de Secuenciación Masivo de 2ª Generación

    • La construcción de una librería es un paso inicial para la secuenciación masiva, donde el ADN genómico se fragmenta y se modifican los extremos para análisis posterior.
    • La amplificación clonal multiplica los fragmentos de ADN de forma precisa.
    • La secuenciación se realiza utilizando plataformas con numerosos pocillos/regiones en paralelo.
    • El análisis de datos mapea e identifica variantes genéticas.
    • ADN del paciente se compara con el genoma de referencia o estándar.

    Secuenciación Masivo de 2ª Generación (Illumina)

    • El ADN se fragmenta, se añaden adaptadores y se amplfica.
    • Los fragmentos se fijan a una plataforma de secuenciación en paralelo.
    • Los nucleótidos se incorporan uno a uno de forma secuencial y se detectan con fluoróforos.
    • La incorporación de los nucleótidos se lee para determinar la secuencia de ADN.
    • La alta fiabilidad en la lectura permite identificar variantes con precisión.

    Secuenciación Masivo de 3ª Generación (Oxford Nanopore)

    • Se basa en nanoporos que detectan cambios de voltaje al pasar ADN monocatenario.
    • Permite lecturas largas de ADN y puede identificar variantes genéticas en un solo evento.
    • Los nucleótidos se incorporan sin polimerización.
    • Es más portátil y económico que las tecnologías de 2ª generación.

    Consideraciones Claves

    • Se debe considerar la profundidad de lectura para detectar variantes minoritarias, en especial en tumores donde las células resistentes al tratamiento pueden ser una minoría pero significativas.
    • Las tecnologías de secuenciación masiva son herramientas de gran utilidad para investigación y diagnóstico.

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