Obecná mikrobiologie II. část PDF

Obecná mikrobiologie II 2. ročník všeobecného lékařství MUDr. Jana Amlerová, Ph.D. Ústav mikrobiologie FN Plzeň Osnova 1. Fáze vyšetřovacího procesu v mikrobiologii 2. Indikace vyšetření 3. Žádanka o mikrobiologické vyšetření 4. Odběr materiálu 5. Uchování mate...

Obecná mikrobiologie II 2. ročník všeobecného lékařství MUDr. Jana Amlerová, Ph.D. Ústav mikrobiologie FN Plzeň Osnova 1. Fáze vyšetřovacího procesu v mikrobiologii 2. Indikace vyšetření 3. Žádanka o mikrobiologické vyšetření 4. Odběr materiálu 5. Uchování materiálu 6. Transport materiálu do laboratoře 7. Příjem vzorku v laboratoři 8. Rozhodnutí o způsobu zpracování vzorku 9. Laboratorní příručka 10. Schéma mikrobiologického vyšetření a. Přímý a nepřímý průkaz b. Typy metod Cíle 1. Umět rozdělit proces mikrobiologického vyšetření do fází 2. Zvládnout základní princip indikace mikrobiologického vyšetření 3. Popsat techniky a zásady správného odběru biologického materiálu pro mikrobiologické vyšetření 4. Umět aplikovat tyto zásady v konkrétních situacích 5. Vědět, jak materiál uchovávat a transportovat do laboratoře 6. Popsat v základech princip rozhodování, jak vzorek zpracovat 7. Znát povinné náležitosti žádanky a umět ji vyplnit 8. Orientovat se v laboratorní příručce 9. Rozumět a interpretovat schéma mikrobiologického vyšetření včetně používaných základních typů metod Mikrobiologická diagnostika Základní cíl prokázat etiologické agens infekce = zjistit, který mikrob je příčinou onemocnění zjistit, jaká by byla vhodná antimikrobiální léčba Metody přímý průkaz prokážeme celého mikroba nebo jeho části v makroorganismu (ve vzorku klinického materiálu) nepřímý průkaz prokážeme reakci organismu na přítomnost určitého mikroba Fáze vyšetřovacího procesu v mikrobiologii  Preanalytická fáze Indikace vyšetření Odběr materiálu Uchování vzorku Transport do laboratoře Příjem vzorku v laboratoři Rozhodnutí, jak zpracovat  Vlastní analýza Zpracování vzorku Uzavření vyšetření (zhodnocení nálezů…)  Postanalytická fáze Interpretace výsledku v kontextu ostatních výsledků a celkového stavu pacienta (komentáře do výsledku, konzultace s klinikem …) Odeslání výsledku Preanalytická fáze Laboratoř Indikace Odběr vzorku Příjem vzorku Transport Příprava k Předání do vyšetření laboratoře Vyšetření Postanalytická fáze („analýza“) Mikroskopie Kultivace Výsledek PCR kontrola Sérologie verifikace Stanovení citlivosti … odeslání Přenos dat LIS – NIS Indikace mikrobiologického vyšetření vyšetření má být provedeno, má-li nějaký smysl, přínos hledisko ekonomické, zátěž pacienta, personálu... invazivní odběr – dobře rozhodnout, nelze opakovat ! vyšetření vždy indikuje lékař (x praxe – někdy zdravotní sestra – špatně) rozhodování: vyšetření ano x ne jaké vyšetření forma odběru materiálu ----------------------------------------------------------------------------------------------- Zásadní otázka při indikaci = Ovlivní výsledek vyšetření další postup (léčbu, diagnostiku…)? Žádanka o vyšetření (průvodka) Význam:  lékařský (údaje o pacientovi)  ekonomický („objednávka služby“, doklad pro proplacení)  právní (součást zdravotnické dokumentace) Uvedení údajů není formalita Co musí žádanka obsahovat identifikace pacienta (jméno, rodné číslo) identifikace plátce (zdravotní pojišťovna…) identifikace odesílajícího pracoviště údaje o materiálu datum a čas odběru, druh materiálu vč. podrobností – lokalizace apod. druh požadovaného vyšetření diagnóza ATB léčba, alergie … důležité údaje z anamnézy (pobyt v cizině, pracovní apod.) další důležité informace  Odběr materiálu na mikrobiologické vyšetření Každý vzorek na mikrobiologické vyšetření musí splňovat:  klinickou validitu ze správného místa (kde lze předpokládat přítomnost mikroba)  technickou validitu ve správný čas (před podáním antibiotika) správným způsobem (lege artis, asepticky) do správných souprav (označené sterilní nádoby, transportní média)  zásadní součást procesu vyšetření jen ze správně odebraného materiálu může být správný výsledek každé vyšetření vyžaduje určitý druh materiálu a určitý způsob odběru „když nevím, zeptám se“ odběr materiálu vždy před zahájení léčby atb (pokud lze) Odběrové soupravy systém nádobek a výtěrovek sterilní transportní média pro uchování životaschopnosti mikrobů a stabilitu jejich struktur Výběr odběrové soupravy podle druhu klinického materiálu výtěr, hnis, krev… podle typu mikroorganismu bakterie, virus…, odolnost… podle metody vyšetření Vzorky klinického materiálu Tekuté a kusové vzorky Stěry a výtěry Speciální -------------------------------- Přednostně tekuté/kusové vzorky Pokud nelze, pak stěr/výtěr Výjimky Výtěr z rekta pro průkaz bakterií (místo stolice) Stěr z uretry pro detekci kapavky (místo moče) … Dohled zdravotnického personálu nad odběrem Kontrola vzorku před odesláním do laboratoře Typy odběrových souprav výtěrovky www.dispolab.cz  Typy odběrových souprav nádobky Zkumavka pro odběr srážlivé krve na sérologická vyšetření www.dispolab.cz  Typy odběrových souprav speciální odběr na urogenitální patogeny Mycoplasma, Ureaplasma hemokultivace uricult odběr na anaerobní vyšetření https://kruuse.com www.biomerieux.cz www.dispolab.cz Výtěr krk Výtěr nazofaryng https://www.sgh.com https://www.rapidmicrobiology.com Výtěr z děložního hrdla https://images.myupchar.com  https://www.vicniss.org.au/media/1926/1500-rod-james-skin-and-soft-tissue-swabs-2.pdf https://woundcareadvisor.com/when-and-how-to-culture-a-chronic-wound-vol3-no1/ www.brainstudy.info/ Hrudní punkce https://www.slideshare.net/nasirnazeer5/pleural-fluid-examination Odběr moče  do sterilní zkumavky (před nasazením ATB léčby) Typy odběrů: střední proud moči spontánně vymočená po řádném omytí zevního ústí uretry jednorázová katetrizace (vycévkování) z permanentního močového katetru (uzavřený systém) riziko kontaminace, kolonizace katetru jen není-li jiná možnost z nefrostomie suprapubická punkce adhezní sáčky u kojenců a batolat Odběr moče z permanentního katetru https://somepomed.org Adhezní sáček pro odběr moče u malých dětí https://www.quirumed.com Odběr materiálu z dolních cest dýchacích sputum nejlépe ranní po vyčištění zubů i jazyka kartáčkem (bez pasty – obsah antibakteriálních látek) a vykloktání sterilním FR nebo DV hluboké odkašlání do sputovky pacienti se zubní protézou – po jejím vynětí a vykloktání indukované sputum pacient inhaluje fyziologický roztok a poté odkašle do sputovky BAL a další speciální techniky tracheální aspirát Odběr sputa http://iacld.ir Odběr katetru Pouze cévní katetry Močové katetry se nevyšetřují Odstřižení konce katetru cca 5 cm Transport ve sterilní zkumavce https://www.semanticscholar.org Odběr hemokultury Různé strategie, podle diagnózy, pracoviště… odběry z různých míst s časovým odstupem odběr z jedné venepunkce do několika lahviček najednou Zásadní je odběr dostatečného objemu krve Obecně platí 2–3 sady z různých venepunkcí (během 15 min) sada = lahvička pro aerobní, anaerobní kultivaci event. mykologickou, pro děti lahvička pediatrická v každé lahvičce 5–10 ml krve odběr po dezinfekci kůže a dezinfekci zátky na lahvičce odběr z periferní žíly venepunkcí, nesrážlivá krev, do lahvičky s tekutou kultivační půdou nikoliv z katétru z katértu se odebírá pouze při podezření na katétrovou infekci odběr hemo z katétru + z periferie srovnání nálezů Hemokultivační lahvičky https://slideplayer.cz/slide/15961505/  Odběr hemokultury 1 4 2 5 3 6 Zdroj: https://www.youtube.com/watch?v=SHx_P08m3_Y Hemokultivační přístroj Hemokultivační přístroj jiného typu Foto ÚM FN v Plzni Vzorky materiálu v laboratoři Foto ÚM FN v Plzni Uchování materiálu Důležité načasovat odběr tak, aby doba uchování do transportu byla minimální Moč do laboratoře do dvou hodin Pokud nelze, uchovávat za předepsaných podmínek Pokojová teplota (výtěry, hemokultura, hnis, punktát…) Chladničková teplota (moč) Mrazák Cíl Uchování životaschopných mikroorganismů (zjm. bakterie) V určitých případech naopak zabránění pomnožení bakterií (moč) Zachování struktur mikroorganismů (nukleové kyseliny…) Transport materiálu do laboratoře Po odběru co nejrychleji přepravit do laboratoře za daných přepravních podmínek Nesmí dojít ke znehodnocení vzorku Zabezpečení, BOZP Transport Osobní (sanitáři…) Svozová služba laboratoře Potrubní pošta Dodržení BOZP Zabezpečení před vylitím, kontaminací… Přeprava biologických vzorků Transport infekčních a potenciálně infekčních látek je předmětem mezinárodních a národních legislativních předpisů. Transport v rámci zdravotnických zařízení Vzorek zvlášť, žádanka zvlášť Využití transportní služby Trojobal Příjem vzorku v laboratoři kontrola identifikace pacienta a vzorku kontrola dalších údajů na žádance očíslování vzorku protokolovým číslem zápis vzorku do laboratorního informačního systému (LIS) předání ke zpracování při nesrovnalostech je nutné přesně dohledat a dořešit, jinak nelze vzorek přijmout a zpracovat Příprava zpracování vzorků v laboratoři Rozhodnutí o zpracování a metodách standardní postupy pro jednotlivé druhy materiálu a dané diagnózy další rozhodnutí – dle lékaře, dle konzultace, dle stavu pacienta… ----------------------------------------------------------------------- Vyšetřovací proces v mikrobiologii Lineární: požadavek → zpracování (metoda) → výsledek Větvený: požadavek → během zpracování různé výsledky → podle nich pokračování procesu → definitivní výsledek Lineární proces vyšetření Příklad Požadavek – stanovení protilátek proti tetanu Vyšetření – metoda ELISA – výsledek hodnota titru protilátek  Větvený proces vyšetření Příklad – požadavek – kultivační vyšetření stěru z rány Proces po jednotlivých krocích V = výsledek Krok Založení kultivace Situace 1 Situace 2 Situace 3 Negativní Pozitivní s klinicky Odečet po 24 hod Pozitivní s nálezem signifikantního patogena V nevýznamným nálezem Identifikace nalezených Identifikace Další postup mikrobů V Stanovení citlivosti na antibiotika Odečet po 24 hod Mikrob dobře citlivý V Mikrob rezistentní Stanovení citlivosti na Další postup další antibiotika Odečet po 24 hod V Postanalytická fáze Výsledek odeslán ihned po ukončení vyšetření Je možné odeslat i předběžný výsledek (kultivace trvá dlouho, je důležité předat klinikovi písemnou informaci hned …) Interpretace výsledku Konečnou interpretaci provádí klinický lékař !! zhodnocení mikrobiologického nálezu ve vztahu k projevům onemocnění, dalším nálezům (např. RTG, CT, biochemie apod.) Vždy nutná komunikace laboratoř – klinik http://www.uspesne.eu/clanek-umeni-komunikace/61/ Laboratorní příručka Součást řízené dokumentace Dostupná na webu Obsah – vybrané informace 1. Informace o laboratoři – kontakty, provozní doba … 2. Manuál pro odběry primárních vzorků Základní informace Požadavkové listy k vyšetření (žádanky) Odběry vzorků, příprava pacienta před vyšetřením Informace k dopravě materiálu Používaný odběrový systém Identifikace pacienta na žádance a označení vzorku Nezbytné operace se vzorkem, stabilita Základní informace k bezpečnosti při práci se vzorky LP 3. Preanalytické procesy v laboratoři Příjem průvodek a materiálu Postupy při doručení vadných (kolizních) primárních vzorků Postupy při nesprávné identifikaci materiálu nebo průvodky Vyšetřování smluvními laboratořemi 4. Přehled vyšetření a metod, které laboratoř provádí 5. Vydávání výsledků a komunikace s laboratoří  Analytická fáze = diagnostika Diagnostika (průkaz agens) Přímá = nález mikroba ve vyšetřovaném vzorku Nepřímá = průkaz specifických stop, které mikrob v organismu zanechal nejčastěji průkaz protilátek lze i detekce buněčné imunity Základní schéma mikrobiologické diagnostiky Přímý průkaz Nepřímý průkaz Mikroskopie Průkaz specifických Ab Kultivace Detekce buněčné imunity Průkaz antigenů Průkaz NK Pokus na zvířeti Identifikace a stanovení citlivosti Schéma mikrobiologické diagnostiky Přímý průkaz Přímý průkaz  Průkaz celého mikroba Mikroskopické vyšetření Viz různá mikroskopická barvení, techniky, … Kultivační vyšetření Kultivace bakterií a hub, tkáňové kultury u virů, … → identifikace a stanovení citlivosti  Průkaz mikrobiálních složek Průkaz antigenů Povrchové struktury (buněčná stěna, cytoplasmatická membrána, bičíky, pouzdra, extracelulární … – protein, polysacharid, …) Intracelulární struktury (i endotoxin G- bakterií) Exotoxiny, enzymy … Průkaz NK Molekulární metody (PCR, …) Schéma mikrobiologické diagnostiky Nepřímý průkaz Nepřímý průkaz = detekce reakce organismu na přítomnost mikroba  Průkaz specifických Ab Různé sérologické metody Celkové specifické Ig Ig ve třídách (IgG, IgM, IgA,…)  Detekce buněčné imunity Speciální techniky Doba trvání mikrobiologického vyšetření Mnoho faktorů – typ vzorku, druh mikroba, použité metody… Hodiny mikroskopie, molekulární metody, jednoduché sérologické metody k průkazu antigenu (aglutinace, imunochromatografie) 24–72 hodin standardní bakteriologická kultivace Až 14 dní kultivačně náročné bakterie Až 9 týdnů kultivace mykobakterií Týdny (1–3) kultivace virů sérologické metody k průkazu protilátek (vyšetření párových sér) Děkuji za pozornost