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Genre Staphylococcus ❖ Espèces / pathologies et réservoir Alimentaire Non-alimentaire Staphylococcus aureus (humain, porc) Staphylococcus intermedius (chien)...

Genre Staphylococcus ❖ Espèces / pathologies et réservoir Alimentaire Non-alimentaire Staphylococcus aureus (humain, porc) Staphylococcus intermedius (chien) Réservoir : Rhino-pharynx et peau Staphylococcus hyicus (cheval, bovins, porcs) Préfère des endroits bien chauds et humides Staphylococcus epidermidis (divers) Staphylococcus saprophyticus (divers) On mange un aliment souillé par un Staph. Rien avoir avec l’ingestion d’un aliment Intoxination → ingestion de la toxine produite par le Staph. Infections diverses Toxine responsable → momentanés → direct dans le sang Si rupture de la barrière cutanée (blessure, KT, chirurgie) ▪ Entérotoxine thermostable ▪ Peau et muqueuses ▪ Incubation courte : 30’ (2-4h) ▪ Système génital ▪ Nausée, vomissements, crampes abdominales, diarrhée ▪ Système urinaire ▪ Guérison à >12h ▪ Système respiratoire ▪ État de choc, déshydratation si cc++ et terrain « faible » ▪ Bactériémie / Septicémie ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) S. aureus S. epidermidis Staphylococcaceae S. hyicus Staphylococcus S. saprophyticus S. intermedius Staph. Staph. Staph. Staph. Staph. Caractéristiques morphologiques et aureus intermedius hyicus epidermidis saprophyticus biochimiques Pigmentation Jaune - (blanche) - - - Coques Gram + Hémolyse β β γ γ γ En amas Coagulase libre + + Variable - - Colonies blanches, rondes et bombées Coagulase liée + + - - - Aéro-anaérobies Protéine A + - - - - Catalase + Capsule Variable - - - - Staphylococcus ou Micrococcus R/S novobiocine 5µg S S S S R → pas pathogène ❖ Identification Infections cutanées (pus) Septicémie (hémoculture) Milieu Polymicrobien Milieu Monomicrobien 1. Isolement GS + ANC → 24h/37°C/aéro Isolement GS → 24h/37°C/aéro → colonies blanches → colonies blanches 2. sur gélose au sang → Hémolyse + Coloration de Gram → CG+ en amas Septicémie Hémolyse (hémoculture) →α,Milieu β ou ϒ Monomicrobien 3. Catalase → + 4. β – hémolyse → Staph-latex → S. intermedius, S. aureus γ – hémolyse → R/S novobiocine → S. hyicus, S epidermidis, S. saprophyticus 5. Ou Galerie Api après 3 Ou MALDI-TOF après 1 et 2 Ou autres tests Genre Streptococcus et Enterococcus ❖ Espèces / pathologies et réservoir Souvent ubiquitaires (un peu partout) Enterococcus cecorum Enterococcus faecalis Ostéomyélite → poulet Mammites et infections urinaires ▪ Tractus intestinal ▪ Tractus intestinal Streptococcus agalactiae, Str. dysgalactiae, Str. Streptococcus bovis uberis Septicémie Mammite ▪ Tractus intestinal ▪ Tractus intestinal Streptococcus canis Streptococcus equi Dermatite et VRH → chat Gourme et autres infect° respiratoire → cheval ▪ Peau et muqueuse ▪ VRH Streptococcus pneumoniae Streptococcus Viridans Infection VRN et spticémie Plaque dentaire et endocardite ▪ VRH ▪ VRH (bouche)  Caractéristiques morphologiques et ❖ Définitions – classification biochimiques Procaryote (bactéries) Coques Gram + En chaîne, diplocoque ou amas Streptococcaceae / Enterococcaceae Petites colonies grises, rondes Streptococcus / Enterococcus Aéro-anaérobies Catalase – Str. Str. Str. Str. Str. Str. Str. Str. E. E. agalactiae dysgalactiae canis equi bovis pneumoniae uberis Viridans cecorum faecalis Groupe B C/G -G C D / / / D D Hémolyse β β β β γ α α α α γ Tests Typage Typage Typage Typage PYRR – S. Optichine R. opti. R. opti. PYRR + PYRR + Escul + Escul + Escul + ❖ Identification Infections cutanées (pus) Septicémie (hémoculture) Milieu Polymicrobien Milieu Monomicrobien 1. Septicémie GS + ANC (+ BEA si→ Isolement(hémoculture) Milieu Monomicrobien urinaire) Isolement GS (BEA) → 24h/37°C/aéro → 24h/37°C/aéro → Petites colonies grises → Petites colonies grises 2. Hémolyse sur gélose au sang → α, β ou ϒ Hémolyse + Coloration de Gram → CG+ en chaîne 3. Catalase → - 4. Β / γ – hémolyse → typage α – hémolyse (non groupable) → R/S optiochine Esculine + → PYRR 5. Ou Galerie Api après 3 Ou MALDI-TOF après 2 ou 3 Ou autres tests  Entérobactérie ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) Enterobacteriaceae Caractéristiques morphologiques et biochimiques ❖ réservoir : Ubiquitaires (intestinales) Bacilles Gram – Isolés Espèces entéropathogènes Espèces non-entéropathogènes R. sels biliaires (GMC) Salmonella sp. Klebsiella sp. F. glucose + (Kliger) Escherichia coli Proteus sp. Oxydase – Yersinia sp. Enterobacter sp. Aéro-anaérobie Escherichia coli Genre Salmonella sp. Caractéristiques morphologiques et biochimiques ❖ Définitions – classification Bacille Gram –, isolés Procaryote (bactéries) Glu + Ox – Aéro-anaérobie Enterobacteriaceae Lactose – → non-coliforme ! Salmonella S. Bongori Saccharose – S. Enterica Xylose + ❖ Espèces / pathologies LDC + Salmonella enterica → gastro-entérite, entérocolite, septicémie H2S + Zoonose (ou pas) Espèce entéropathogène ▪ Transmission oro-fécale (+poils, poussières, etc.) ▪ Ne fait pas partie de la flore normale intestinales * Entérobactérie → pathogène ou porteurs sains ❖ Identification Selle Sang 1. Isolement XLD Isolement Mac Conkey → 24h/37°C/aéro → 24h/37°C/aéro → Colonies incolores à centre noir → Colonies incolores 2. Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien Oxydase → - 3. Galerie Api 20E Ou MALDI TOF 4. Sérotypage (Sciensano) Escherichia coli ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) Enterobacteriaceae Escherichia E. coli Caractéristiques morphologiques et biochimiques Bacille Gram –, isolés / Glu – / Ox – / Aéro-anaérobie Entérobactérie F. lactose + Espèce → (XLD) entéropathogène Espèce non Β-glucuronidase entéropathogène → (ChomID CPS Elite) ❖ Espèces / pathologies Espèce entéropathogène Espèce non-entéropathogène Colibacilloses ( = Infection digestive ou urinaire due à un germe) Infections urinaire n°1 → pré- et post-sevrage, entérite, septicémie → Mammites ascendants, pyodermites Ne fait pas partie de la flore normale intestinales → pathogène Flore intestinale 106 à 107 UFC/g Stress du sevrage Transmission oro-fécale (+poils, poussières, etc.) Jeune animaux EPEC → Adhésion + lésions/entérocytes Nouveaux nés (à jeunes animaux) ETEC → Adhésion + entérotoxine Jeunes et adultes NTEC → Adhésion + cytotoxine Jeunes animaux EHEC → Adhésion + vérotoxine (toxémie) → diarrhée hémorragique ❖ Identification Entéropathogène Non-entéropathogène Urine Autre prélèvement (sauf copro) 1. Isolement sur milieu chromogène Isolement Mac Conkey Isolement XLD (ChomID CPS Elite) → 24h/37°C/aéro → 24h/37°C/aéro → 24h/37°C/aéro Septicémie jaune + milieu jaune→ Milieu → Colonies(hémoculture) Monomicrobien → Colonies rouges/bordeaux 2. Galerie Api 20E Galerie Api 20E Ou MALDI TOF Ou MALDI TOF 3. Sérotypage Genre Yersinia sp. Caractéristiques morphologiques et biochimiques ❖ Définitions – classification Bacille Gram –, isolés Procaryote (bactéries) Glu + Ox – Aéro-anaérobie yersiniaceae Yersinia Lactose – → non coliforme Y. Enteritidis F. Mannitol (CIN) Y. pseudotuberculosis Croissance à 29°C ❖ Espèces / pathologies Y. enterocolitica Entérite (portage) Espèce entéropathogène ▪ Transmission oro-fécale (+poils, poussières, etc.) Y. pseudotuberculosis Gastro-entérite, entérocolite, ▪ Ne fait pas partie de la flore normale intestinales septicémie → pathogène * Entérobactérie ❖ Identification Selle Sang 1. Isolement CIN Isolement Mac Conkey → 29°C/24h/aéro → 24h/37°C/aéro → Colonies à centre rose et bords translucides → Petites colonies transparentes → β-galactosidase - 2. Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien Oxydase → - 3. Galerie Api 20E → 29°C Genre Klebsiella sp. Caractéristiques morphologiques et biochimiques Bacille Gram –, isolés ❖ Définitions – classification Glu + Procaryote (bactéries) Ox – Aéro-anaérobie Enterobacteriaceae Lactose + (Mac Conkey) Klebsiella K. pneumoniae F. butane-diolique (= VP+) K. oxytoca β-glucosidase + (ChromID) ❖ Espèces / pathologies Indole – → (K. pneumoniae) Espèce non-entéropathogène Indole + → (K. oxytoca) ▪ Flore normale intestinale moins spécifique qu’E. coli K. pneumoniae Infections respiratoires (VRB), mammites, infections urinaires K. oxytaca Infections urinaires * Entérobactérie ❖ Identification Urine Autre prélèvement 1. Isolement ChomID CPS Elite Isolement Mac Conkey → 24°C/37°C/aéro → 24h/37°C/aéro → Colonies vertes / bleues 2. Galerie Api20E → L+, VP+, indole Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien 3. Ou MALDI TOF Genre Enterobacter sp. Caractéristiques morphologiques et biochimiques ❖ Définitions – classification Bacille Gram –, isolés Glu + Procaryote (bactéries) Ox – Aéro-anaérobie Enterobacteriaceae Lactose + (Mac Conkey) Enterobacter F. butane-diolique (= VP+) β-glucosidase + (ChromID) ❖ Espèces / pathologies Espèce non-entéropathogène ▪ Flore normale intestinale moins spécifique qu’E. coli ▪ Infections urinaires, mammites * Entérobactérie ❖ Identification Urine Autre prélèvement 1. Isolement ChomID CPS Elite Isolement Mac Conkey → 24°C/37°C/aéro → 24h/37°C/aéro → Colonies vertes / bleues 2. Galerie Api20E → L+, VP+ Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien 3. Ou MALDI TOF Genre Proteus sp. Caractéristiques morphologiques et biochimiques ❖ Définitions – classification Bacille Gram –, isolés Glu + Procaryote (bactéries) Ox – Aéro-anaérobie Enterobacteriaceae Lactose – (β-glucosidase –) Proteus P. mirabilis H2S + (Thiosulfate réductase +) P. vulgaris (Kliger et XLD) Indole – → (P. mirabilis) ❖ Espèces / pathologies Indole + → (P. vulgaris) Espèce non-entéropathogène ▪ Flore normale intestinale peu spécifique TDA + (tryptophane désaminase +) ▪ Infections urinaires, mammites * Entérobactérie ❖ Identification Urine Autre prélèvement 1. Isolement ChomID CPS Elite Isolement Mac Conkey → 24°C/37°C/aéro → 24h/37°C/aéro → Milieu orange / brun (TDA) 2. Indole (ajout Griess) → Rose = P. vulgaris Oxydase – → Incolore = P. mirabilis Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien 3. Galerie Api20E Ou MALDI TOF Genre Pseudomonas ❖ Espèces / pathologies et réservoir Espèce Pseudomonas aeruginosa → bacille pyocyanique Opportuniste = Qui manifeste sa virulence sur des organismes aux défenses immunitaires affaiblies Multirésistance aux AB ! Pathologies ▪ Infection de la peau ▪ Surinfection de plaies (brûlures) → pus verdâtre ▪ Otites externes ▪ Infections nosocomiales (VRB, septicémie) Réservoir Environnements aqueux (eau, sol, végétaux) → saprophyte (se nourrit de déchets) ▪ Eviers, robinets, respirateurs ▪ Solutions antiseptiques ▪ Biofilms ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) Pseudomonadaceae Pseudomonas Pseudomonas aeruginosa Caractéristiques morphologiques et biochimiques Bacille Gram – Isolés Oxydase + Production de pyocyanine ❖ Identification Prélèvement mono/polymicrobien 1. Isolement sur Gélose Mac Conkey → 24h/37°C/aéro → Colonies incolores 2. Oxydase → + 3. Septicémie (hémoculture) → Milieu Galerie Api 20NEMonomicrobien Ou MALDI TOF 4. Production de pyocyanine → 24h/37°C/aérobiose → pigment bleuté Genre Listeria ❖ Espèces / pathologies et réservoir Espèce Listeria monocytogenes Pathologies ▪ Avortements ▪ Septicémies ▪ méningites Réservoir Ubiquitaire (!! Silo) ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) Listeriaceae Listeria L. Monocytogenes Caractéristiques morphologiques et biochimiques Petits bacilles Gram + Palissade Petites colonies blanches Non sporulés Catalase + Mobilité à 29°C + Camp test + Esculine + γ-hémolytiques ❖ Identification Listeria monocytogenes 1. Isolement sur GS (+ANC) → 24h/37°C/aéro → Petites colonies blanches → (γ-hémolytique) 2. Coloration de Gram → petits BG + Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien 3. Catalase + 4. BEA → Esculine + 5. Camp test 6. Ou galerie Api Listeria Genre Corynebacterium ❖ Espèces / pathologies et réservoir C. Pseudotuberculosis Follicule ▪ Peau C. ulcerans Mammite ▪ Peau, muqueuses C. renale Infections urinaires ▪ Tractus génital/bovins ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) Corynebacteriaceae C. pseudotuberculosis Corynebacterium C. ulcerans C. renale Caractéristiques morphologiques et biochimiques Petits bacilles Gram + En massue et lettres chinoises Petites colonies blanches Non sporulés Catalase + Mobilité à 29°C - Camp test - Esculine – Hémolyses variables selon l’espèces ❖ Identification Corynebacterium 1. Isolement sur GS (+ANC) → 24h/37°C/aéro → Petites colonies blanches → (β/γ-hémolytique) 2. Coloration de Gram → petits BG + Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien 3. Catalase + 4. BEA → Esculine - Galerie Api Coryne Genre Bacillus ❖ Espèces / pathologies et réservoir Zoonose ! B. anthracis Anthrax (= fièvre charbonneuse) ▪ Ubiquitaire ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) Bacillaceae Bacillus B. anthracis Caractéristiques morphologiques et biochimiques Gros bacilles Gram + En chaîne Sporulés Grosses colonies grises et rugueuses Spore Centrale Catalase + Hémolyse Variable ❖ Identification Bacillus 1. Isolement sur GS → 24h/37°C/aéro → Grosses colonies grises et rugueuses → (β/γ-hémolytique) 2. Coloration de Gram → Gros BG + (en chaîne + sporule centrale) Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien 3. Catalase + Genre Clostridium ❖ Espèces / pathologies et réservoir C. difficile Pathologies intestinales ▪ Tractus intestinal C. perfringens Pathologies intestinales ▪ Tractus intestinal C. tetani Tétanos ▪ Ubiquitaire ❖ Définitions – classification Procaryote (bactéries) Clostridiaceae Clostridium C. difficile C. perfringens C. tetani Caractéristiques morphologiques et biochimiques Gros bacilles Gram + C. difficile C. perfringens C. tetani En chaîne voire isolés Hémolyse γ β β Grosses colonies grises et rugueuses Camp Inverse - + - Catalase – Odeur de sueur de cheval Anaérobies strictes Sporulés Spore Terminale ❖ Identification Clostridium 1. Isolement sur GS → 24h/37°C/aéro → Grosses colonies grises et rugueuses → (β/γ-hémolytique) 2. Coloration de Gram → Gros BG + (en chaîne ou isolé + sporule terminale) Septicémie (hémoculture) → Milieu Monomicrobien 3. Catalase – (= anaérobie stricte) 4. Camp Inverse