Biyokimya - Biyokimyanın Temelleri PDF

# Biyokimya ## Biyokimyanın Temelleri - Biyo moleküller yeryüzündeki kimyasal element ve bileriklerden meydana gelir - Canlı organizmalar cansız moletullerden oluşur. Geşitli canlı organizmalar ortak kimyasal ozellikleri paylaşırlar. ## Hücresel Temeller - En küçük organizmalar tek hücrelidir, mik...

# Biyokimya ## Biyokimyanın Temelleri - Biyo moleküller yeryüzündeki kimyasal element ve bileriklerden meydana gelir - Canlı organizmalar cansız moletullerden oluşur. Geşitli canlı organizmalar ortak kimyasal ozellikleri paylaşırlar. ## Hücresel Temeller - En küçük organizmalar tek hücrelidir, mikrostobiktir - Hücreler tüm canlı organizmaların yapısal ve işlevsel birimleridir ### Plazma Zarı - Hücrenin sınırlarını belirler. İnorganik ve çok yüklü bileşiklerin geçişine engel olur. - Taşıma prokinleri belirli iyon ve moleküllerin geçişine izin verir. - Hücre dışına ekzositoz, içine endositozdur ### Stoplazma ve Stozol - Sitoplazmanın sulu çözeltisine stozol denir. ### Nükleotit - Tüm hücreler ya çekirdek ya da nükleotit içerir. - Çekirdek çift zar ile çevrilidir. Çekirdek genomu taşır. - Nükleotit tek katlı RNA'dan meydana gelmiş protein sentezi yapılan yerdir. ### Mitokondri - Enerji tepkimelerinin gerçekleştiği yerdir ### Endoplazmit Retukulum - Granülsüz ER ribozom içermez. - Lipit sentezi ve ilaç metabolizması gerçekleşir. - Granüllu protein sentezi yapılan yerdir. ### Golgi Kompleksi - Yeni proteinlere sülfat, karbonhidrat ya da lipit eklenmesi ile işlevsel hale getirir. - Ayrılan protein H202, hücre dışına çıkar. ### Peroksizomlar - Hidrogen peroksit, parçalar. - Uzun zincirli yağ asitlerini oksitler. - Zar ile çevrilidir. Yüksek kens. katalaz enzimi bulunur. ### Kloroplast - Güneş ışığını alır ATP ve karbonhidrat üretir ### Glikozisom - Bitkide bulunur, yağları karbonhidrata dönüştürür. ### Hücre Duvarı - Osmotik şişmeye karşı korur. ### Organizmaların gerekli enerji için karbon sentezleme yöntemleri - Güneş ışığı kullananlar fotoototroflardır, yakıtların yükseltgenmesinden yararlananlar kemoototroflardır. #### Fotoototroflar - Karbon kaynağı olarak CO₂ kullanır (bitki) #### Heterotroflar - Organik bileşikleri kullanır (bakteri) ### Aerobik hücrelerde - Yakıt molekullerinden (organik) Oz 'ye e- aktararak enerji elde eder. ### Anaerobik hücrelerde - Oz bulunmaz, elektronu nitrat, sülfat ya da CO₂'ye aktarırlar. ### Prokaryot hücre - E.coli örnektir, koruyucu bir dış zar ve ia plazma zarına sahiptir. - Bakterilerin plazma zarları lipit yopılı çift tabakadan oluşur ### Ökaryot hücrelerde - Getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri duşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik elektrostatik, hidrofobik ve van der wass. ## Kimyasal Temeller - Organizmalar için gerekli elementler; - Yaygın; H,C,N,O, Na, P, S, Cl, K, co - Eser; Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I, W - Karbon hidrogen atomlarıyla tekli, oksijen ve azot atomlarıyla hem tekli hem çiftli bağ yapar. - Üçlü bağlar biyomoleküllerde çok nadirdir. - Çoğu biyomolekül hidrakarbon türevi kabul edilir. ### İşlevsel Gruplar - R-OH hidroksil - R-C-H karbonil - NH₂ amino - NH-C=O amido - C-S tiyo ester - O-P=O fosforil ### Sterokimya - 3 boyutlu yapı konfigurasyon ve konfarmasyonla tanımlanır. - Molekülün sterokimyası için kovalent bağlar önemlidir. - 4 farklı gruba sahip karbon atomu asimetrik ve kiraldır. - Bazı stereoizomerler birbirlerinin ayna görüntüsüdür ve enantiyomer denir. - Ayna görüntüsü alma yana diyasteromer denir. ### Adlandırma Öncelikleri - OCH₃ > OH > NH₂ > COOH > CHO> CH2OH > CH₃ > H - Saat yönü (R), saat yönünün tersi (S) 'dir. - Kinal moleküller Diglikoz) veya (L) aminoasit izomeri şeklinde bulunur. ### Konfigurasyon *- Atomların dizilişleri aynı *- Konfarmasyon : Uzaysal düzlemleri aynıdır. ### Bir Çok Biyomolekül Makromoleküldür - Daha kısa dan bigomoleküllere oligomer denir. - Bir bileşiğin molekül kütlesi dallon cinsinden ifade edilir 1 dalton 1 hidrogen kütlesini tanımlar ## Fiziksel Temeller - Organizmalar çevre ile energi ve madde dönüşümü yoparlar. - Sistem çevresi ile hem energi hem madde dönüşemü yapıyorsa açık sistemdir. - Hücreler, kimyasal, elektromanyetik, mekanik ve osmotik enerjiyi birbirlerine dònüştüre bilirler. ### Fotosentez - Su parçalanın açığa çıkan e Coa`nin indirgenmesi için kullanılır, - Bu sırada oluşan Oz atmosfere salınır. - 6CO<sub>2</sub> + 6H<sub>2</sub>O -> C<sub>6</sub>H<sub>12</sub>O<sub>6</sub> + 6O<sub>2</sub> ### Ökaryot hücrelerde getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri duşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik elektrostatik, hidrofobik ve van der wass. ## Kimyasal Temeller - Organizmalar için gerekli elementler; - Yaygın; H,C,N,O, Na, P, S, Cl, K, co - Eser; Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I, W - Karbon hidrogen atomlarıyla tekli, oksijen ve azot atomlarıyla hem tekli hem çiftli bağ yapar. - Üçlü bağlar biyomoleküllerde çok nadirdir. - Çoğu biyomolekül hidrakarbon türevi kabul edilir. ### İşlevsel Gruplar - R-OH hidroksil - R-C-H karbonil - NH₂ amino - NH-C=O amido - C-S tiyo ester - O-P=O fosforil ### Sterokimya - 3 boyutlu yapı konfigurasyon ve konfarmasyonla tanımlanır. - Molekülün sterokimyası için kovalent bağlar önemlidir. - 4 farklı gruba sahip karbon atomu asimetrik ve kiraldır. - Bazı stereoizomerler birbirlerinin ayna görüntüsüdür ve enantiyomer denir. - Ayna görüntüsü alma yana diyasteromer denir. ### Adlandırma Öncelikleri - OCH₃ > OH > NH₂ > COOH > CHO> CH2OH > CH₃ > H - Saat yönü (R), saat yönünün tersi (S) 'dir. - Kinal moleküller Diglikoz) veya (L) aminoasit izomeri şeklinde bulunur. ### Konfigurasyon *- Atomların dizilişleri aynı *- Konfarmasyon : Uzaysal düzlemleri aynıdır. ### Bir Çok Biyomolekül Makromoleküldür - Daha kısa dan bigomoleküllere oligomer denir. - Bir bileşiğin molekül kütlesi dallon cinsinden ifade edilir 1 dalton 1 hidrogen kütlesini tanımlar ## Fiziksel Temeller - Organizmalar çevre ile energi ve madde dönüşümü yoparlar. - Sistem çevresi ile hem energi hem madde dönüşemü yapıyorsa açık sistemdir. - Hücreler, kimyasal, elektromanyetik, mekanik ve osmotik enerjiyi birbirlerine dònüştüre bilirler. ### Fotosentez - Su parçalanın açığa çıkan e Coa`nin indirgenmesi için kullanılır, - Bu sırada oluşan Oz atmosfere salınır. - 6CO₂ + 6H₂O -> C₆H₁₂O₆ + 6O₂ ### Ökaryot hücrelerde getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri duşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik elektrostatik, hidrofobik ve van der wass. ## Kimyasal Temeller - Organizmalar için gerekli elementler; - Yaygın; H,C,N,O, Na, P, S, Cl, K, co - Eser; Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I, W - Karbon hidrogen atomlarıyla tekli, oksijen ve azot atomlarıyla hem tekli hem çiftli bağ yapar. - Üçlü bağlar biyomoleküllerde çok nadirdir. - Çoğu biyomolekül hidrakarbon türevi kabul edilir. ### İşlevsel Gruplar - R-OH hidroksil - R-C-H karbonil - NH₂ amino - NH-C=O amido - C-S tiyo ester - O-P=O fosforil ### Sterokimya - 3 boyutlu yapı konfigurasyon ve konfarmasyonla tanımlanır. - Molekülün sterokimyası için kovalent bağlar önemlidir. - 4 farklı gruba sahip karbon atomu asimetrik ve kiraldır. - Bazı stereoizomerler birbirlerinin ayna görüntüsüdür ve enantiyomer denir. - Ayna görüntüsü alma yana diyasteromer denir. ### Adlandırma Öncelikleri - OCH₃ > OH > NH₂ > COOH > CHO> CH2OH > CH₃ > H - Saat yönü (R), saat yönünün tersi (S) 'dir. - Kinal moleküller Diglikoz) veya (L) aminoasit izomeri şeklinde bulunur. ### Konfigurasyon *- Atomların dizilişleri aynı *- Konfarmasyon : Uzaysal düzlemleri aynıdır. ### Bir Çok Biyomolekül Makromoleküldür - Daha kısa dan bigomoleküllere oligomer denir. - Bir bileşiğin molekül kütlesi dallon cinsinden ifade edilir 1 dalton 1 hidrogen kütlesini tanımlar ## Fiziksel Temeller - Organizmalar çevre ile energi ve madde dönüşümü yoparlar. - Sistem çevresi ile hem energi hem madde dönüşemü yapıyorsa açık sistemdir. - Hücreler, kimyasal, elektromanyetik, mekanik ve osmotik enerjiyi birbirlerine dònüştüre bilirler. ### Fotosentez - Su parçalanın açığa çıkan e Coa`nin indirgenmesi için kullanılır, - Bu sırada oluşan Oz atmosfere salınır. - 6CO<sub>2</sub> + 6H<sub>2</sub>O -> C<sub>6</sub>H<sub>12</sub>O<sub>6</sub> + 6O<sub>2</sub> ### Ökaryot hücrelerde getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri duşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik elektrostatik, hidrofobik ve van der wass. ## Kimyasal Temeller - Organizmalar için gerekli elementler; - Yaygın; H,C,N,O, Na, P, S, Cl, K, co - Eser; Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I, W - Karbon hidrogen atomlarıyla tekli, oksijen ve azot atomlarıyla hem tekli hem çiftli bağ yapar. - Üçlü bağlar biyomoleküllerde çok nadirdir. - Çoğu biyomolekül hidrakarbon türevi kabul edilir. ### İşlevsel Gruplar - R-OH hidroksil - R-C-H karbonil - NH₂ amino - NH-C=O amido - C-S tiyo ester - O-P=O fosforil ### Sterokimya - 3 boyutlu yapı konfigurasyon ve konfarmasyonla tanımlanır. - Molekülün sterokimyası için kovalent bağlar önemlidir. - 4 farklı gruba sahip karbon atomu asimetrik ve kiraldır. - Bazı stereoizomerler birbirlerinin ayna görüntüsüdür ve enantiyomer denir. - Ayna görüntüsü alma yana diyasteromer denir. ### Adlandırma Öncelikleri - OCH₃ > OH > NH₂ > COOH > CHO> CH2OH > CH₃ > H - Saat yönü (R), saat yönünün tersi (S) 'dir. - Kinal moleküller Diglikoz) veya (L) aminoasit izomeri şeklinde bulunur. ### Konfigurasyon *- Atomların dizilişleri aynı *- Konfarmasyon : Uzaysal düzlemleri aynıdır. ### Bir Çok Biyomolekül Makromoleküldür - Daha kısa dan bigomoleküllere oligomer denir. - Bir bileşiğin molekül kütlesi dallon cinsinden ifade edilir 1 dalton 1 hidrogen kütlesini tanımlar ## Fiziksel Temeller - Organizmalar çevre ile energi ve madde dönüşümü yoparlar. - Sistem çevresi ile hem energi hem madde dönüşemü yapıyorsa açık sistemdir. - Hücreler, kimyasal, elektromanyetik, mekanik ve osmotik enerjiyi birbirlerine dònüştüre bilirler. ### Fotosentez - Su parçalanın açığa çıkan e Coa`nin indirgenmesi için kullanılır, - Bu sırada oluşan Oz atmosfere salınır. - 6CO₂ + 6H₂O -> C₆H₁₂O₆ + 6O₂ ### Ökaryot hücrelerde getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri duşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik, elektrostatik, hidrofobik ve van der wass. ## Kimyasal Temeller - Organizmalar için gerekli elementler; - Yaygın; H,C,N,O, Na, P, S, Cl, K, co - Eser; Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I, W - Karbon hidrogen atomlarıyla tekli, oksijen ve azot atomlarıyla hem tekli hem çiftli bağ yapar. - Üçlü bağlar biyomoleküllerde çok nadirdir. - Çoğu biyomolekül hidrakarbon türevi kabul edilir. ### İşlevsel Gruplar - R-OH hidroksil - R-C-H karbonil - NH₂ amino - NH-C=O amido - C-S tiyo ester - O-P=O fosforil ### Sterokimya - 3 boyutlu yapı konfigurasyon ve konfarmasyonla tanımlanır. - Molekülün sterokimyası için kovalent bağlar önemlidir. - 4 farklı gruba sahip karbon atomu asimetrik ve kiraldır. - Bazı stereoizomerler birbirlerinin ayna görüntüsüdür ve enantiyomer denir. - Ayna görüntüsü alma yana diyasteromer denir. ### Adlandırma Öncelikleri - OCH₃ > OH > NH₂ > COOH > CHO> CH2OH > CH₃ > H - Saat yönü (R), saat yönünün tersi (S) 'dir. - Kinal moleküller Diglikoz) veya (L) aminoasit izomeri şeklinde bulunur. ### Konfigurasyon - Atomların dizilişleri aynı - Konfarmasyon : Uzaysal düzlemleri aynıdır. ### Bir Çok Biyomolekül Makromoleküldür - Daha kısa dan bigomoleküllere oligomer denir. - Bir bileşiğin molekül kütlesi dallon cinsinden ifade edilir 1 dalton 1 hidrogen kütlesini tanımlar ## Fiziksel Temeller - Organizmalar çevre ile energi ve madde dönüşümü yoparlar. - Sistem çevresi ile hem energi hem madde dönüşemü yapıyorsa açık sistemdir. - Hücreler, kimyasal, elektromanyetik, mekanik ve osmotik enerjiyi birbirlerine dönüştüre bilirler. ### Fotosentez - Su parçalanın açığa çıkan e Coa`nin indirgenmesi için kullanılır, - Bu sırada oluşan Oz atmosfere salınır. - 6CO<sub>2</sub> + 6H<sub>2</sub>O -> C<sub>6</sub>H<sub>12</sub>O<sub>6</sub> + 6O<sub>2</sub> ### Ökaryot hücrelerde getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri duşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik, elektrostatik, hidrofobik ve van der wass. ## Kimyasal Temeller - Organizmalar için gerekli elementler; - Yaygın; H,C,N,O, Na, P, S, Cl, K, co - Eser; Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I, W - Karbon hidrogen atomlarıyla tekli, oksijen ve azot atomlarıyla hem tekli hem çiftli bağ yapar. - Üçlü bağlar biyomoleküllerde çok nadirdir. - Çoğu biyomolekül hidrakarbon türevi kabul edilir. ### İşlevsel Gruplar - R-OH hidroksil - R-C-H karbonil - NH<sub>2</sub> amino - NH-C=O amido - C-S tiyo ester - O-P=O fosforil ### Sterokimya - 3 boyutlu yapı konfigurasyon ve konfarmasyonla tanımlanır. - Molekülün sterokimyası için kovalent bağlar önemlidir. - 4 farklı gruba sahip karbon atomu asimetrik ve kiraldır. - Bazı stereoizomerler birbirlerinin ayna görüntüsüdür ve enantiyomer denir. - Ayna görüntüsü alma yana diyasteromer denir. ### Adlandırma Öncelikleri - OCH₃ > OH > NH₂ > COOH > CHO> CH2OH > CH₃ > H - Saat yönü (R), saat yönünün tersi (S) 'dir. - Kinal moleküller Diglikoz) veya (L) aminoasit izomeri şeklinde bulunur. ### Konfigurasyon - Atomların dizilişleri aynı - Konfarmasyon : Uzaysal düzlemleri aynıdır. ### Bir Çok Biyomolekül Makromoleküldür - Daha kısa dan bigomoleküllere oligomer denir. - Bir bileşiğin molekül kütlesi dallon cinsinden ifade edilir 1 dalton 1 hidrogen kütlesini tanımlar ## Fiziksel Temeller - Organizmalar çevre ile energi ve madde dönüşümü yoparlar. - Sistem çevresi ile hem energi hem madde dönüşemü yapıyorsa açık sistemdir. - Hücreler, kimyasal, elektromanyetik, mekanik ve osmotik enerjiyi birbirlerine dönüştüre bilirler. ### Fotosentez - Su parçalanın açığa çıkan e Coa`nin indirgenmesi için kullanılır, - Bu sırada oluşan Oz atmosfere salınır. - 6CO₂ + 6H₂O -> C₆H₁₂O₆ + 6O₂ ### Ökaryot hücrelerde getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri oluşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik, elektrostatik, hidrofobik ve van der wass. ## Kimyasal Temeller - Organizmalar için gerekli elementler; - Yaygın; H,C,N,O, Na, P, S, Cl, K, co - Eser; Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I, W - Karbon hidrogen atomlarıyla tekli, oksijen ve azot atomlarıyla hem tekli hem çiftli bağ yapar. - Üçlü bağlar biyomoleküllerde çok nadirdir. - Çoğu biyomolekül hidrakarbon türevi kabul edilir. ### İşlevsel Gruplar - R-OH hidroksil - R-C-H karbonil - NH₂ amino - NH-C=O amido - C-S tiyo ester - O-P=O fosforil ### Sterokimya - 3 boyutlu yapı konfigurasyon ve konfarmasyonla tanımlanır. - Molekülün sterokimyası için kovalent bağlar önemlidir. - 4 farklı gruba sahip karbon atomu asimetrik ve kiraldır. - Bazı stereoizomerler birbirlerinin ayna görüntüsüdür ve enantiyomer denir. - Ayna görüntüsü alma yana diyasteromer denir. ### Adlandırma Öncelikleri - OCH₃ > OH > NH₂ > COOH > CHO> CH2OH > CH₃ > H - Saat yönü (R), saat yönünün tersi (S) 'dir. - Kinal moleküller Diglikoz) veya (L) aminoasit izomeri şeklinde bulunur. ### Konfigurasyon - Atomların dizilişleri aynı - Konfarmasyon : Uzaysal düzlemleri aynıdır. ### Bir Çok Biyomolekül Makromoleküldür - Daha kısa dan bigomoleküllere oligomer denir. - Bir bileşiğin molekül kütlesi dallon cinsinden ifade edilir 1 dalton 1 hidrogen kütlesini tanımlar ## Fiziksel Temeller - Organizmalar çevre ile energi ve madde dönüşümü yoparlar. - Sistem çevresi ile hem energi hem madde dönüşemü yapıyorsa açık sistemdir. - Hücreler, kimyasal, elektromanyetik, mekanik ve osmotik enerjiyi birbirlerine dönüştüre bilirler. ### Fotosentez - Su parçalanın açığa çıkan e Coa`nin indirgenmesi için kullanılır, - Bu sırada oluşan Oz atmosfere salınır. - 6CO₂ + 6H₂O -> C₆H₁₂O₆ + 6O₂ ### Ökaryot hücrelerde getirdet ve zarla çevrili organeller bulunur. ### Hücreler supramoleküler (molekül üstü) yapılar oluşturur. - Biyomoleküllerin monomerit alt birimleri arasında kovalent bağları vardır. - Bu makromoleküller kovalent olmayan etkileşimlerle bir araya gelip supramoleküler kompleksleri oluşturur. - Kovalent olmayan etkileşimler, hidrojen bağları, iyonik, elektrostatik, hidrofobik ve van der wass.