FC9 Diagnostic Microbiological Infections Urinary Tract PDF

04/10/2023 Pr. VERHOEVEN UE1 Agents Infectieux Lila CRIONAY Flavie AZEMA FC9 : Diagnostic microbiologique des infections urinaires ITEMS : • Interpréter les résultats des bandelettes urinaires et des examens cytobactériologiques des urines • Diagnostiquer et traiter une cystite aiguë • Connaître...

04/10/2023 Pr. VERHOEVEN UE1 Agents Infectieux Lila CRIONAY Flavie AZEMA FC9 : Diagnostic microbiologique des infections urinaires ITEMS : • Interpréter les résultats des bandelettes urinaires et des examens cytobactériologiques des urines • Diagnostiquer et traiter une cystite aiguë • Connaître la conduite à tenir face à une cystite récidivante • Diagnostiquer et traiter une pyélonéphrite aiguë, identifier les situations nécessitant une hospitalisation • Diagnostiquer et traiter une prostatite aiguë, identifier les situations nécessitant une hospitalisation • Expliquer la place de l’antibiothérapie chez un patient porteur d’une sonde urinaire • La majorité des infections urinaires (IU) surviennent avec nos propres bactéries, en particulier les bactéries du tube digestif (TD). • Avec des facteurs favorisants, les bactéries du TD peuvent coloniser les voies urinaires et infecter l’appareil urinaire. • L’infection sur sonde urinaire est la première cause d’IU à l’hôpital. I. Définition de l’infection urinaire INTRODUCTION Normalement • L’urine est stérile, à l’exception de la partie distale de l’urètre, qui peut être colonisée par la flore cutanée de manière rétrograde. En général, ces bactéries sont éliminées par la miction • Traces de microbes retrouvées dans la vessie mais à négliger, reste de l’ordre de la recherche • Présence d’un (ou plusieurs) micro-organisme dans l’arbre urinaire sans qu’il ne génère par luimême de manifestation clinique. Colonisation • La colonisation digestive a aussi une influence sur les IU car il y a une colonisation du périnée : o Les bactéries du tube digestif peuvent migrer de l’anus vers les orifices uro-génitaux. • On peut être colonisé sans être infecté. • Quand une colonisation est à l’origine d’une infection urinaire • Si absence de signes cliniques mais qu’on sait qu’une bactérie est présente (suite à un examen) o Pas de raison de le traiter car le patient n’est pas gêné. o La clinique prime sur la paraclinique donc sans signes cliniques on ne traite pas. Bactériurie asymptomatique o Exception : cas de la femme enceinte → même si elle est asymptomatique, on donne un traitement car l’infection peut présenter des risques pour la grossesse (fièvre qui provoquerait des contractions et donc un accouchement prématuré). • Si le patient présente des signes cliniques mais qu’on ne retrouve pas de bactéries à l’ECBU o Il peut y avoir une erreur au niveau du résultat (prélèvement mal fait, erreurs de mesure en laboratoire, ...) donc si un patient est symptomatique, on le traite quand même. 1/16 IU Agression d’un tissu de l’appareil urinaire par un micro-organisme générant une réaction inflammatoire et des signes cliniques de nature et d’intensité variables selon le terrain • Résulte d’une interaction entre les facteurs de virulence du germe et les facteurs de réceptivité (=sensibilité) propres à l’hôte. • Fièvre>38°C (facteur différenciant l’infection urinaire haute de la cystite aiguë simple) • Impériosité mictionnelle (petites mictions à répétition) • Pollakiurie = quand on urine souvent en petite quantité Signes cliniques • Brûlures mictionnelles • Douleur sus-pubienne (sensation de pesanteur à différencier des douleurs à la percussion des fosses lombaires, signe de pyélonéphrite) • + ECBU positive qui confirme que les signes cliniques sont liés à l'infection. II. Physiopathologie 1. Mécanismes d’acquisition d’une infection urinaire MECANISMES D’ACQUISITION D’UNE IU Voie ascendante 99% Voie sanguine • Les bactéries provenant du tube digestif ayant colonisé le périnée, remontent le long de l’urètre → le réservoir de germes est le TD. • Colonisation urétrale (terminale), puis vésicale (cystite = infection urinaire basse classique), puis peut aller jusqu’à atteindre le parenchyme rénal (pyélonéphrite= infection urinaire haute, diagnostic possible sur imagerie (echo scanner/IRM sous formes de petits triangles). • La bactérie se fixe sur le glomérule entraînant une septicémie voire un choc toxique (rare). Sonde à demeure • Sur laquelle se développe le germe, favorise une irritation des voies urinaires et crée un chemin pour le germe. Après geste invasif • Cystoscopie, endoscopie, … favorisant la remontée de germes 2. Facteurs favorisants FACTEURS FAVORISANTS Femme Femmes enceintes Malformation anatomique Obstacle sur les voies urinaires • + Fréquent pour des raisons anatomiques (urètre + court) • Macérations, difficulté à la toilette uro-génitale et imprégnation hormonale • Stase urinaire → stagnation des urines : perdent leur clairance, ce qui influe sur la stérilité des urines et augmente les possibilités d'infection • Si un enfant présente des IU à répétition, il faut faire un bilan impérativement pour voir s’il ne présente pas de malformation. • Lithiase urétrale, adénome prostatique Sonde à demeure • La cause de 9 infections nosocomiales sur 10, ce qui place les infections urinaires en première infection associée aux soins Immunodépression / 2/16 III. Formes cliniques d’IU On classe les formes selon les recommandations de bonnes pratiques de l’AFSSAPS, devenue aujourd’hui l’ANSM. Quelques classifications : • IU basse (simple ou compliquée) = cystite • IU haute (simple ou compliquée) = pyélonéphrite aigue Cas Particuliers : IU chez la femme enceinte (il faut éviter l’accouchement prématuré) et IU nosocomiales TYPE D’IU TERRAIN DIAGNOSTIC AUTRES • BU qui révèlent des nitrites et des leucocytes Cystites aiguës simples (IU basses) Majoritairement femme jeune et femme > 65 ans sans comorbidité o /!\ Nitrites inactivés par la javel (éviter les prélèvements dans les bassins) et parfois certaines bactéries n’en émettent pas car elles ne possèdent pas la nitrate réductase Pas de fièvre (IU basses =  fièvre) o (Pas de nitrites ne veut pas dire pas d’IU) IU simples • BU (pour noter la présence de la bactérie) • ECBU (pour identifier la bactérie) Pyélonéphrites aiguës simples (IU hautes) • Echographie rénale et vésicale dans les 24h ou scanner (facultatif mais conseillé) Fièvre (IU hautes = fièvre) Plainte fonctionnelle urinaire du patient • BU Cystites récidivantes avec > 4 épisodes/an • Micro-organisme particulier • ATB non efficace • Terrain particulier • ECBU o Détermine TTT antibiotique le + efficace qui dépend du germe et de sa virulence • BU ou ECBU IU compliquées Pyélonéphrites aiguës compliquées • Hémocultures (risque de bactériémie car rein vascularisé ++) Dépend de l’état du patient • TDM avec injection ou écho rénale et vésicale en urgence (Vérifier si la cause n’est pas obstructive : si oui, chirurgie pour lever l’obstacle) Hospitalisation en cas de sepsis grave (signes généraux, baisse de tension compensée par un remplissage) ou de choc septique (=sepsis réfractaire au remplissage, nécessite drogues dopamine dobutamine pour remonter tension) 3/16 • ECBU Prostatites Toute IU basse chez l’homme doit faire penser à une prostatite • Hémocultures • Echographie endorectale à distance de l’infection suite à des douleurs au toucher rectal • Patiente asymptomatique IU de la femme enceinte IU nosocomiales (associées aux soins) Bactériurie asymptomatique • 2 ECBU positives avec la même bactérie (seuil > 100 000 UFC/mL ou 10^5) Peut se compliquer d’un choc • Dépistage systématique des femmes enceintes à partir du 4ème mois • Traitement ATB : recommandé pour éviter la fièvre qui peut entrainer des fausses couches • BU ou ECBU • UFC = Unité formant colonie Cystite aiguë et pyélonéphrite gravidique • Découle de la bactérie asymptomatique • Fièvre + SAD = suspicion d’IU Basses ou hautes • Souvent sur SAD (Sonde à demeure) à partir de leur propre flore cutanéodigestive • Bactéries isolées souvent très résistantes aux ATB dans le cadre de l’hôpital • Il faut faire la différence entre colonisation et infection : il peut y avoir colonisation de la sonde sans infection o →Fièvre trancher permet o ECBU • Ne pas traiter avec ATB une colonisation des urines quand il y a une SAD : d’abord essayer de l’enlever • Complications : o Septicémie et état de choc BIEN A RETENIR • Une cystite chez l’homme est toujours compliquée et quand une infection urinaire touche le rein, elle est toujours compliquée • On ne fait jamais de bactériémie sur une cystite • Règles hygiéno-diététiques pour les IU compliquées : prendre des sous-vêtements en coton et boire beaucoup (élimination mécanique) • Le taux de leucocytes n’est pas un critère décisionnel car ils peuvent augmenter avec l’irritation de la SAD • (ATB contre-indiqués chez la femme enceinte : « Tes Amis Qui Soulent Nicole » o Tes : Tétracycline o Amis : Aminosides o Qui : Quinolones o Soulent : Sulfamides o Nicole : Phénicolés) 4/16 IV. Diagnostic microbiologique 1. Prélèvement d’urine PRELEVEMENT D’URINES • Le matin (car stase des urines la nuit) • Après une toilette des organes génitaux externes autour du méat pour éliminer flore bactérienne Moment o H : prépuce décalotté / F : lèvres écartées o Si toilette mal faite : infections à plusieurs germes ce qui est impossible, fausse le résultat et retarde le diagnostic • Recueil du deuxième jet d’urine (= milieu de jet) Recueil o Le début du jet permet de rincer les premiers centimètres de l'arbre urinaire et éliminer les bactéries de la flore urétrale pour ne pas fausser les analyses o Exception : diagnostic d’IST (pas l’objet du cours) : le premier jet d’urine permet de récupérer le pus se trouvant dans les voies urinaires : chlamydia et gonorrhées ++) • Sonde à demeure : recueil dans des conditions bien définies • Ne produisent pas d’urine à la demande Chez le nourrisson ou personnes démentes • Mise en place d’un collecteur (= autocollant) dans des conditions d’asepsie sur la peau désinfectée au niveau du périnée et un sac récupère les urines. o Ne pas laisser le dispositif trop longtemps, les bactéries de la flore cutanée et digestive contaminent le sac (entraine un retard de prise en charge). Il faut donc le vérifier souvent : si pas d’urine au bout de 30 minutes, on le défait et on en remet un nouveau • Rapidement pour éviter la trop forte multiplication des bactéries (existence d’un seuil de bactéries décisionnaires sur la conduite à tenir). Envoi au labo o Pour éviter cela, on peut utiliser des tubes de prélèvement contenant de l’acide borique. o Si ce n’est pas possible, on conserve l’urine à +4°C. 2. Analyse d’urine a. Numération des leucocytes • Au microscope ou par un automate. • Processus inflammatoire si ≥ 104 leuco/mL valeur seuil, sinon absence de processus inflammatoire (< 104 leuco/mL) • Modifications de l’interprétation si : o Présence d’une sonde à demeure augmentation prévisionnelle des GB à cause de l’irritation o Patients immunodéprimés : seuil 104 leuco/mL → inutile, on fait l’antibiogramme directement. • Présence de signes cliniques à signaler au labo qui devra vous donner les noms des microorganismes même si < 104 leuco/mL. Si aucun leucocyte : règles hygiéno-diététiques 5/16 b. Examen direct des urines généralement sans coloration Gram • Se fait directement sur les urines, en parallèle des autres techniques. • L’automate peut dénombrer les bactéries à partir de 10^5 UFC/mL • Sur demande au laboratoire possible de faire une coloration de Gram pour patient grave ou compliqué, permet d’identifier le germe manuellement, mais de moins en moins utilisé. • E.Coli = bacilles les plus impliquées dans les IU, repérables avec la coloration de Gram. La machine effectuant l’examen direct ne repère pas ou peu les cocci. c. Numération des bactéries • Par un automate en 1h (ou anciennement avec des milieux gélosés en 18h) • Mise en culture sur milieu gélosé (aérobie) pour obtenir la souche bactérienne responsable de l'infection, lecture après 24h, c'est une technique semi-quantitative qui permet un décompte imparfait des bactéries, le résultat est à critiquer et à toujours mettre en relation avec les signes cliniques du patient. • Si les signes cliniques sont présents, le laboratoire doit toujours faire un antibiogramme en plus d’un ECBU. • On compte les nombres de petits points sur la gélose (1 point =1 UFC). • Seuil de 103 bactéries : informatif mais pas constant (dépend de la quantité d’urines prélevées). • Écouvillon permettant d’ensemencer l’urine sur la gélose dans la boite de Pétri: Le prof a bien insisté là-dessus : on ne soigne pas des papiers, on se fie d’abord à la clinique, la sémiologie peut être criante avec des analyses peu contributives. d. Identification des bactéries Ancienne méthode : techniques biochimiques, en 18h (Galerie API bioMérieux). On utilise aujourd'hui la spectrométrie de masse : Madi Tof, identification en 30min, qui analyse de façon très globale et fiable toutes les protéines qui façonnent la bactérie (à partir de 250 caractères, l’automate peur identifier 6 500 espèces). Ces nouvelles méthodes permettent de mieux documenter les IU, et donc de les traiter plus efficacement. Pour ceux qui n’ont rien compris dans cette partie : https://www.youtube.com/watch?v=EpqTDLXWo5Q 6/16 e. Antibiogramme • On fait un antibiogramme sur un milieu gélosé en introduisant des ATB dans chacun des puits. • On conclut de la sensibilité de la bactérie à l’ATB en fonction de la pousse constatée quelques heures plus tard (certaines machines sont capables de lire automatiquement avec précision les valeurs de sensibilité aux résistance). o Plus de diamètre est grand, plus l’ATB est efficace • Il faut demander un antibiogramme complémentaire si le patient présente des allergies à certains antibiotiques. • CdG = compte de germes , UFC : unité formant colonie Leuco ≥ 104/mL Cdg ≥ 103 UFC/mL En principe 1 seule souche bactérienne, rarement 2 IU classiques + infections sur SAD : E.coli, Proteus, entérocoque, P.aeruginosa ECBU Pas d'IU (attention si signes cliniques signifie prélèvement non contributif -> clinique > bio ) Leuco < 104/mL Cdg <103 UFC/mL Patient immunocompétent présentant des signes cliniques d’infection urinaire • Arbre décisionnel devant ECBU o IU = une seule bactérie → les labos peuvent documenter jusqu’à deux souches bactériennes : on fait dans ce cas 2 antibiogrammes pour espérer trouver un ATB commun aux deux souches. o Si on trouve plus de 3 germes, aucune conclusion possible : on doit refaire le prélèvement qui sera stérile au labo. Si le traitement mis en place ne marche pas, le 2ème prélèvement nous informera sur la bactérie présente et on adaptera le traitement en fonction) • Arbre décisionnel si ATB préalable o En pratique : si on a prescrit des ATB avant et que le patient va bien : on ne refait pas l’ECBU. o Le laboratoire ne recherche pas les germes rares : si on a des arguments cliniques qui vont dans ce sens, il faut demander au laboratoire explicitement de rechercher ces germes. o Si signes urinaires : il ne peut pas refuser de faire des examens pour documenter la bactérie même si le taux de GB et CdG sont normaux. o Pour les immunodéprimés avec CdG >104 leuco/mL on bombarde d’antibiotiques au préalable en attendant les résultats d’antibiogramme. OUI Leuco ≥ 104/mL Cdg < 103 UFC/mL Refaire ECBU à 2-3 jours pour apprécier l'efficacité de l'ATB ATB préalable Tuberculose (rarissime) NON Autre germe (anaérobie) Tester d'autres milieux nutritifs Leuco <104/mL ECBU Cdg ≥103 UFC/mL 2 ou 3 souches bactériennes Leuco < 104/mL Cdg < 103 UFC/mL Contamination : refaire ECBU Pas d'IU Patient immunocompétent présentant des signes cliniques d’IU. Dans tous les cas, le seuil ne peut être opposé à un tableau clinique évident d’IU 7/16 3. Diagnostic d’IU par bandelette urinaire DIAGNOSTIC D’IU PAR BANDELETTE URINAIRE • Leucocyturie par le test de la leucocyte-estérase Recherche • Estimation de la bactériurie par le test des nitrites (nitrate réductase). Attention : les ammoniums quaternaires négativent les bandelettes urinaires • Signes fonctionnels d'IU chez la femme et patients ayant des IU asymptomatiques Indications o VPN : 95% o VPP : de 35% à 70% donc valeur d'orientation Faux négatifs • Staphylococcus saprophyticus (très uropathogène surtout chez la femme jeune, aucune nitrate estérase+ mais signes cliniques évocateurs, résistance à la fosfomycine) • Pseudomonas, Candida… Acinetobacter, Enteroccoccus, • On la laisse tremper dans l’urine, les marqueurs présents sur la bandelette changent de couleur selon la concentration des réactifs présent dans l’urine. • On a donc une idée des molécules présentes dans l’urine ainsi que leur quantité V. Espèces bactériennes responsables d’IU 1. Les espèces les plus fréquentes ESPECES LES + FREQUENTES : • Escherichia coli+ (85% des cas) IU communautaires (=en ville) • Proteus (mirabilis, vulgaris) 90 à 95% des IU • Klebsiella (pneumoniae) • Staphylococcus à coagulase négative (2%) : se colle sur épithélium urinaire • Enterococcus (faecalis,faecium) (1%) • E.coli (50%) • Proteus • Klebsiella • Enterobacter : problème car résistance assez large aux β-lactamines • +++ Pseudomonas aeruginosa : aime les environnements hydriques (prolifération dans les SAD). Contamination parfois sur le matériel ventilatoire. IU nosocomiales • +++ Staphylococcus saprophyticus à coagulase négative (4%) (++ SAD, pathologies sous-jacentes) • +++ Enterococcus (7%) : contamination au niveau du périnée plus fréquent car plus de matériel • Levures : non documenté sauf si récidive (dans ce cas on réalisera un antifongigramme) • Espèces multirésistantes aux ATB : il faut faire un équilibre entre efficacité, toxicité, incompatibilité avec le traitement de base (ce pourquoi le patient est hospitalisé) et il existe de nombreuses contreindications (exemple : pas de quinolones chez les enfants : bloque les cartilages de croissance, pas de cyclines car attaque les dents) : compliqué à traiter +++. 8/16 • Les patients sont traités, donc on sélectionne dans le tube digestif le contingent déjà résistant et colonise l’environnement hospitalier. Les personnes qui fréquentent l’hôpital (les hémodyalisés, les hospitalisés…) se contaminent avec cette souche. L’utilisation d’antibiotique est fréquente dans les hôpitaux ce qui engendre une pression de sélection en faveur des batteries résistantes. La classe la plus fréquemment rencontrée dans les IU est celle des entérobactéries (bactéries du tube digestif). 2. Les entérobactéries (bacilles gram -) E. Coli, proteus mirabilis Espèces plus résistantes aux antibiotiques : Klebsiella, enterobacter, serratia, citrobacter, proteus.. a. Généralités ENTEROBACTERIES : BACILLES GRAM Attention quand on parle d’entérobactéries, on ne parle que des bacilles Gram - du tube digestif. • Petit bâtonnets roses au Gram. • Espèces pathogènes dans le tube digestif : Salmonella, Shigella, Yersinia (toutes → diarrhées, la tourista, diarrhée du voyageur) Généralités • Espèces colonisant le TD : Escherichia, Enterobacter, Klebsiella, Proteus : ce sont ces espèces-là qui colonisent le plus souvent le compartiment urinaire. • Présentes partout dans l'environnement : eau, sol… • Peuvent héberger des gènes de résistance aux ATB (obtenus via plasmide) : souvent plasmidique = transferts horizontaux : de l’un à l’autre → problématique car dans le TD : milliard de bactéries : toutes deviennent résistantes aux ATB. Sélection des gènes intéressants pour leur survie. • Espèces les plus résistantes aux ATB : Klebsiella, Enterobacter, Serratia (dans réservoir hydrique : chercher un problème sur réseau d’eau infectée si cas d’infections groupées), Citrobacter, Proteus. • Ils ont des antigènes de surface qui participent à la virulence. • L'étude des différents antigènes permet d'établir la fiche d'identité antigénique (sérotype) de certains germes. L'étude des sérotypes permet les études épidémiologiques et la traçabilité dans une épidémie. Structure antigénique o Antigène O : Ag du LPS de la paroi, il est toujours présent. Il permet de classer les bactéries d'une espèce en sérotypes. o Antigène H : Ag flagellaire, de nature protéique. Les flagelles permettent à la bactérie de se coller à l’arbre urinaire et de le coloniser. La bactérie rétracte ensuite ces Ag au niveau du rein pour être plus discret et échapper au système immunitaire. o Antigène K : Ag de capsule ou d’enveloppe (plus rarement). • Exemple de formule : E. coli O157 H7 → permet de classer les bactéries : caractéristiques et pathogénicité Bactérie flagellée 9/16 • C’est une endotoxine (≠exotoxine) situé dans la paroi de la bactérie qui comprend : LPS = lipopolysaccharide o Une fraction protéique qui rend le complexe antigénique o Une fraction poly-osidique qui détermine la spécificité O de l'antigène o Une fraction lipidique qui est responsable de la toxicité du LPS (endotoxine) • Il est à l'origine du choc endotoxinique (exemple : dans la fièvre typhoïde) b. Les différentes entérobactéries ESCHERICHIA COLI • Espèce aéro-anaérobie, entérobactérie majoritaire dans le tube digestif. • Colonise de manière précoce le TD (dans les 40h après la naissance). Bactériologie et habitat • Bactérie souvent mobile, possédant des capacités d'adhésion et de sécrétion de facteurs de virulence (toxines). Si ces facteurs d’adhésion sont absents, ils n’arrivent pas grimper l’arbre urinaire, on a une bactériurie asymptomatique. • Peut héberger des gènes de résistance aux ATB. • Colonisation pathogène si les défenses de l'hôte diminuent et/ou des facteurs de virulence de la souche sont présents. • Infection urinaire : première cause des IU. Mécanisme de colonisation ascendant à point de départ digestif et pouvant se fixer sur les capillaires du rein, générant une insuffisance rénale aigüe. Pathologie • Infection intestinale : gastroentérites d'aspect varié : de la diarrhée « banale » à des formes plus graves : diarrhée hémorragique associée au SHU (syndrome hémolytique et urémique). • Autres infections : Biliaire, péritonéale, néonatale... Méningite ou septicémie : souche capsulée. • Normalement sensible à tous les ATB mais augmentation des résistances au CHU à l’amoxicilline par exemple à partir de 20% de résistance, on ne considère plus la thérapie comme probabiliste. • Les plus efficaces : céphalosporines de 3ème génération (C3G) : céfotaxime / céftriaxone / céftazidime (2% de résistance). TTT • Ensuite les fluoroquinolones de 2ème génération : ofloxacine/ciprofloxacine. • Pour traiter une IU, l’ATB doit impérativement avoir une élimination urinaire. • La prise préalable d’un ATB peut fausser l’ECBU car les antibiotiques sont facilement emmenés vers la vessie alors que pour certains tissus (osseux, …), c’est plus difficile. • Adhésion présentée par les bactéries pour se fixer aux cellules uro-épithéliales grâce a des facteurs d’adhésions (adhésines), les bactéries ne sont alors plus éliminées par les flux naturels. Les molécules d’adhérence permettent la colonisation par proximité. o Différents types de facteurs d’adhésion codés par différents gènes chromosomiques ou plasmidiques : Facteur de pathogénicité ▪ Pili ou fimbriae : structures filamenteuses à la surface des bactéries. Fimbriae de type P (gène pap), S et de type 1. ▪ Protéines non filamenteuses de la membrane externe (afa). ▪ Autres facteurs de pathogénicité : hémolysines et sidérophores. ▪ E. Coli produit des adhésines en cas de : cystites (86% des cas), pyélonéphrites (95% des cas), bactériuries asymptomatiques (9% des cas). 10/16 E. PROTEUS MIRABILIS, PROVIDENCIA STUARTII, MORGANELLA MORGANII Bactériologie et habitat Pathologie • Proteus envahit les cultures : le laboratoire a du mal à détecter une autre bactérie si celle-là est déjà présente → si on choisit de traiter une infection à Proteus mais que celle-ci est non résolutive, il faut refaire des ECBU et rechercher le germe qui nous a échappé la première fois (pas dit cette année). • Proteus sécrète une uréase (enzyme) qui favorise la production de calculs. Elle est responsable d'IU basses et hautes. • Providencia ou Morganella sont responsables d'infections nosocomiales • Proteus mirabilis : phénotype naturel identique à E.Coli TTT • Providencia stuartii, Morganella morganii : résistance à l’amoxicilline, à l’Augmentin (amoxicilline + acide clavulanique) et à la céfalotine (= C1G : céphalosporine de 1ère génération). • Donc les ATB actifs sont les C3G (céphalosporines de 3ème génération) et les fluoroquinolones. • Retenir que l’acide clavulanique est un anti-β-lactamase. GROUPE KES : KLEBSIELLA PNEUMONIAE, ENTEROBACTER CLOACAE, SERRATIA MARCESCENS, CITROBACTER FREUNDII Bactériologie et habitat • Pathogène opportuniste (qui ne provoque pas de maladie en temps normal) surtout présent à l’hôpital. Responsable d’infections nosocomiales. Pathologie • Les facteurs prédisposants sont les malades sondés et les immunodéprimés. Ce sont des souches naturellement plus résistantes aux ATB (résistance naturelle à l’ampicilline) que E. Coli. • Klebsiella pneumoniae : résistance naturelle à l’amoxicilline et à la ticarcilline. TTT • Enterobacter cloacae, Serratia et Citrobacter : résistance à l’Augmentin, à l’amoxicilline et à la céfalotine. • Donc les ATB actifs sont : les C3G (céfotaxime, ceftriaxone) et les fluoroquinolones. 3. Les entérocoques (+ rare) ENTEROCOQUES Types Bactériologie, habitat et pathologie TTT • Enterococcus faecalis (sensible à l’amoxicilline) • Enterococcus faecium (résistants à l’amoxicilline donc ttt par vancomycine) • Cocci Gram+ groupés en chainettes. • Habitat : Présents dans les commensaux du tube digestif de l'homme et des animaux. • Pathologie : Responsables d'IU, d'endocardites, de suppurations intra-abdominales. • Résistance naturelle aux céphalosporines, aux aminosides (tout seul ne marche pas, il faut qu’il soit en synergie avec un B-lactamines), aux quinolones. • Les ATB actifs sont l'amoxicilline, le pipéracilline et les glycopeptides (vancomycine, teicoplanine). 11/16 4. Les Staphylocoques à coagulase négative et Staphylococcus aureus STAPHYLOCOQUES A COAGULASE NEGATIVE ET S.AUREUS • Genre Staphylococcus, cocci à Gram + disposé en diplo et amas. • Bactérie aéro-anaérobie. Bactériologie et habitat • (A RETENIR +++) S. saprophyticus : coagulase négative • S. aureus : coagulase positive (coagulation de plasma de lapin). • Présentes au niveau de la flore commensale cutanée et des muqueuses des mammifères. • Transmission manuportée. • S. saprophyticus (+++) : IU chez la femme jeune (résistance à la fosfomycine) Pathologie • S.aureus : rarement observé dans les IU, après cystoscopie ou sondage. S.aureus dans les urines témoigne d'un état septicémique (endocardite infectieuse). • Patients compliqués : c’est une bactérie qui tue beaucoup. • Les Staphyloccoques sont connus pour développer de très fortes stratégies de résistance aux ATB : il existe deux catégories : o Les Staphylocoques Methi S (sensibles à presque tous les ATB) ne sont pas résistants à la méthionine (= pénicilline de type M qui échappe à la bêta-lactamase du staphylocoque). TTT o Les Staphylocoques Methi R : sont résistants à beaucoup d’ATB et notamment aux pénicillines de type M → Il ne reste alors que les nouveaux ATB et la vancomycine (phénomène de résistance à la vancomycine : très bien contenu car pas de transmission horizontale). Traitements : Staph méthi S : oxacilline, fluoroquiinolone, aminoside. Staph méthi R : vancomycine… 5. Pseudomonas Aeruginosa (bacille pyocyanique) PSEUDOMONAS AERUGINOSA • Bacille à Gram négatif oxydatifs. • Production de pigments : pyocyanine (colore les pus d’une couleur bleutée) pyocholine et pyoverdine. Bactériologie et habitat • Grande versatilité métabolique : température de croissance de 25°C jusqu'à 42°C donc la fièvre ne fait rien. • Bactérie ubiquitaires (eaux, sol...), se trouve dans l'environnement humide (évier, siphons...). Possibilité de portage par le patient (TD, gorge, peau...). Retrouvé plus fréquemment en réanimation. • Reconnaissable à l’odeur dès qu’on rentre dans la chambre du patient (odeur pas forcément désagréable). Pathologie • Infection liée au terrain : mucoviscidose (signe de gravité -> élimination muco-ciliaire moins efficace) • Infections hospitalières : IU, pneumopathies, colonisation des cathéters, suppuration des plaies, colonisation des escarres... 12/16 • Infections souvent nosocomiales, manuportées : très présents dans les environnements hydriques, canalisations notamment (le lavage des mains en déposait sur le personnel hospitalier, qui transmettait ensuite les germes au patient) • Se retrouve aussi au niveau respiratoire à cause de l’humidité continue présente dans les masques à oxygène • Naturellement résistante à beaucoup d’antibiotiques : o C3G et amoxicilline : inefficace. o Utiliser ceftazidine, ciprofloxacine, amikacine (aminosides), imipenème, sensible à la ticarcilline et au pipéracilline. TTT o Tazocilline dans les infections respiratoires. • Rôle important du terrain (immunodépression, mise en place du matériel : cathéter, sonde urinaire, sonde d'intubation). Pathogénicité • Nombreux facteurs de virulence. • Bactérie pathogène opportuniste en milieu hospitalier. VI. Traitement et diagnostic de l’infection urinaire EN VILLE Stratégie de diagnostic en fonction de l’écologie microbienne Souches sauvages sensibles aux ATB : E. coli, Staph saprophyticus. ECBU inutile si cystite aiguë simple (BU). • Souches ayant acquis des mécanismes de résistance (pénicillinase, céphalosporinase de haut niveau, BLSE) : entérobactéries, P. aeruginosa, entérocoque… ECBU + antibiogramme à faire si cystite aiguë compliquée, récidivante, femme enceinte, pyélonéphrite aiguë. • Faire ECBU et antibiogramme + hémoculture si T>38°c. Rares souches très résistantes aux ATB. • Isolement du patient si bactérie multirésistante aux ATB. Cystite simple : ATB monodose : fosfomycine-trométamol, nitrofurantoïne, fluoroquinolone (ofloxacine, norfloxacine, ciprofloxacine). Stratégie de traitement (évolue ++ donc pas à apprendre par cœur) EN MILIEU HOSPITALIER Cystite compliquée : (récidivante ou malformation) Probabiliste : nitrofurantoïne, céfixime, fluoriquinolone (FQ) Après antibiogramme : amoxicilline +/- acide clavulanique, céfixime, FQ, nitrofurantoïne, cotrimoxazole Pyélonéphrite aiguë : Probabiliste : C3G + aminoside = gentamicine si sepsis grave pendant 1 à 3 jours Adapter le traitement en fonction de l’antibiogramme : durée de 10 à 21 jours en fonction de la clinique. Prostatite aiguë : Probabiliste : comme pyélonéphrite aiguë Adapter le traitement en fonction de l’antibiogramme : durée de 14 à 21 jours • Avant de débuter un traitement ATB, réaliser une ECBU et des hémocultures (si T°supérieure ou égal à 38°C) • Tenir compte de l’écologie microbienne du service pour le traitement probabiliste • Les souches bactériennes peuvent être très résistantes aux antibiotiques. • Réévaluation dans 48h avec les résultats de l’antibiogramme (important pour l’internat) • Puis traitement ATB adapté en fonction des résultats de l’antibiogramme • Durée du traitement en fonction de la clinique de 8 à 21 jours 13/16 • Femme enceinte : Stratégie de traitement (évolue ++ donc pas à apprendre par cœur) B-lactamine (amoxicilline, C3G…), nitrofurantoïne, cotrimoxazole à éviter au 1er trimestre • Interdit chez la femme enceinte : o Tétracyclines, Aminosides, Quinolones, Sulfamides, Phénicolés. / « Tes amis qui saoulent Nicole » ➔ moyen mnémotechnique pour retenir les antibiotiques interdir chez la femme enceinte. Attention : On traite des gens, on ne traite pas un résultat ou un papier. Donc si c’est cliniquement efficace, on réévalue le résultat. Mais si les résultats ne sont toujours pas bons mais que la personne n’a plus de signes cliniques, alors on arrête le traitement. On ne traite pas des malades asymptomatiques. Ce qui compte ce sont TOUJOURS les signes cliniques. Petite exception pour la femme enceinte ou les résultats d’analyses sont plus importants qu’en temps normal • Les règles hygiéno-diététiques sont très importantes o Une bonne toilette du périnée permet d’éviter les IU o Boire beaucoup d’eau o Uriner après les rapports sexuels permet une clairance mécanique des voies urinaires et d’éliminer la bactérie (on se nettoie la vessie). • Si trop de récidives : TTT régulier par une cure d’ATB. • Ce qu’il faut retenir, c’est que certains ATB ne marchent pas sur toutes les bactéries et qu’il faut retenir ces exceptions. Il y en quelques-unes dans ce cours, les autres ne sont pas dans ce cours mais seront à apprendre pour les ECN. Voici un petit tableau des différentes classes d’antibiotiques qu’il faudra petit à petit commencer à apprendre… 14/16 VII. Conclusion CONCLUSION • Analyse simple mais si le prélèvement est mal fait : ECBU o On induit une erreur (faux positifs) et risque de traitement antibiotique inutile pour le patient et délétère sur le plan écologique. o Coût financier inutile pour la sécurité sociale si on doit recommencer l’examen avec perte de temps pour les soignants et le patient. o Fréquente en ville et à l’hôpital IU o Parfois grave évoluant vers choc septique ou décès VIII. QCM Question 1 : A propos des cystites, cochez la ou les propositions exactes : A. Une cystite est dite compliquée quand elle touche les hommes B. Il faut toujours faire une bactériémie sur une cystite C. Dans le cas d’une cystite compliquée, on applique des règles hygiéno-diététiques comme porter des sous-vêtements en coton et beaucoup boire de l’eau D. Dans le cas d’une cystite récidivantes (>3 épisodes / an), on utilise la BU (bandelette urinaire) et l’ECBU (Examen cytobactériologique des urines) E. Devant un cas de fièvre avec une pose de sonde à demeure, on peut suspecter une infection urinaire nosocomiales (associées aux soins) Question 2 : A propos des pathologies urinaires, cochez-la ou les propositions exactes : A. Les bactéries responsables de la majorité des infections urinaires communautaires (en ville) sont Escherichia Coli et Proteus (mirabilis, vulgaris) B. Le prélèvement d’urine se fait majoritairement le soir après une toilette des organes génitaux externes et en récoltant l’entièreté des urines. C. L’analyse d’urine comporte une numération des leucocytes, un examen direct des urines avec une coloration de Gram, une identification et numération des bactéries ainsi qu’un antibiogramme D. Les facteurs favorisant une infection urinaire sont les malformations anatomiques et les obstacles sur les voies urinaires E. On envisage le diagnostic d’infection urinaire si on retrouve au moins 2 signes cliniques Question 3 : A propos des pathologies urinaires, cochez-la ou les propositions exactes : A. L’urine est entièrement stérile. B. On peut être colonisé par une bactérie sans être infecté. C. Avoir une malformation anatomique, être un homme et être immunodéprimé sont des facteurs favorisants les infections urinaires. D. Il faut faire une BU et un ECBU lors de cystites aiguës simples. E. Lors d’une analyse d’urine, la valeur seuil du processus inflammatoire est de 10 puissance 5 leuco/mL. Question 4 : A propos des pathologies urinaires, cochez-la ou les propositions exactes : A. Staphylococcus à coagulase négative représente 10% des IU communautaires. B. Les espèces les plus résistantes aux antibiotiques sont: Salmonella, Shigella, Yersinia. C. Concernant esherichia coli, les ATB les plus efficaces sont les C3G et les Fluoroquinolones. D. Klebsiella pneumoniae est un pathogène commensale responsable d’infections nosocomiales. E. Les traitements pour les Staph méthi S est l’oxacilline, la fluoroquinolone et l’aminoside alors que pour le Staph R, c’est seulement la vancomycine. 15/16 Réponse 1 : ACE A. VRAI B. FAUX : On ne fait pas de bactériémie sur une cystite C. VRAI D. FAUX : Une cystite récidivante est définie par un nombre d’épisodes supérieur à 4 par an E. VRAI Réponses 2 : AC A. VRAI B. FAUX : Les prélèvements se font le matin et en récoltant les urines seulement après le deuxième jet d’urine C. VRAI D. FAUX : Il y a d’autres facteurs comme l’immunodépression, les obstacles sur les voies urinaires, … E. FAUX : Le diagnostic d’infection urinaire peut être fait s’il y a la présence de 1 seul signe clinique parmi les suivants • Fièvre>38°C (facteur différenciant l’infection urinaire haute de la cystite aiguë simple) • Impériosité mictionnelle (petites mictions à répétition) • Pollakiurie = quand on urine souvent en petite quantité • Brûlures mictionnelles • Douleur sus-pubienne + ECBU positive qui confirme que les signes cliniques sont liés à l'infection. Réponse 3 : B A. FAUX: l’urine est stérile sauf à la partie distale de l’urètre. B. VRAI C. FAUX: être une femme est un facteur favorisant car l’urètre est plus court. D. FAUX : il faut simplement faire une BU E. FAUX: la valeur seuil est de 10 puissance 4 leuco/mL pour une personne lambda et 10 puissance 5 pour une femme enceinte. Réponse 4 : CE A. FAUX: Staphylococcus à coagulas négative représente 2% des IU communautaires. B. FAUX : Espèces plus résistantes aux antibiotiques : Klebsiella, enterobacter, serratia, citrobacter, proteus.. C. VRAI D. FAUX : Klebiella pnaumoniae est un pathogène opportuniste responsable d’infection nosocomiales. E. VRAI 16/16