Ecologie de la faune sauvage en lien avec la santé 2024 PDF

Ecologie de la faune sauvage en lien avec la santé [email protected] 15 avril 2024 BioMed – UE14 - One Heath - Biologie et pathologies environnementales / infectieux Introduction Biotope + Biocénose = Ecosystème Un écosystème est l'ensemble formé par une associat...

Ecologie de la faune sauvage en lien avec la santé [email protected] 15 avril 2024 BioMed – UE14 - One Heath - Biologie et pathologies environnementales / infectieux Introduction Biotope + Biocénose = Ecosystème Un écosystème est l'ensemble formé par une association d’une communauté d'êtres vivants (ou biocénose) et son environnement géologique, édaphique (sol), hydrologique, climatique, etc. (le biotope).  Introduction Approche holistique et intégrée Médecine vétérinaire Biologie Médecine comparée Ecologie UNE Médecine Sciences SEULE de la terre humaine SANTE Sciences sociales Ingéniérie « entre la médecine humaine et la médecine animale il n’y avait pas de ligne de démarcation. L’objet est différent mais l’expérience obtenue constitue la base de toute la médecine » Rudolf Virchow (1821-1902) Introduction 1- Anthropisation des milieux 2- Concept de réservoir 3- Brucellose 4- Influenza aviaire 5- Chiroptères et émergence 6- L’animal sauvage en ville 7- Chytridiomycoses Anthropisation des milieux  Anthropisation des milieux Evolution de la population humaine des différents continents (en milliards d’habitants) Somment mondial de Rio Biotechnologies Prise de conscience environnementale 1er choc pétrolier Aéronautique Automobile Mercantilisme Chimie & électricité Exploitation des Révolution ressources industrielle Développement à coloniales Energies fossiles Métallurgie Concentration grande échelle de Urbanisation 1ère utilisation Equilibre des ressources Chasseurs l’agriculture massive Apparition significative sylvo-pastoral cueilleurs de ressources non Recul des forêts de l’agriculture renouvelables -40000 -10000 -3000 -200 900 1400 1750 1850 1920 2003 Nations Unies; Pison/INED (2011)  Anthropisation des milieux Phases démographiques expliquant Evolution de la population humaine mondiale l’évolution de la population mondiale  Processus d’urbanisation Anthropisation des milieux de la population humaine mondiale Nations Unies; World urbanization prospects  Anthropisation des milieux Production mondiale de viande et d’œufs Répartition de la biomasse (tonnes) animale/humaine FAO; Warner (2019); Eggleton, P. (2020). The State of theWorld’s Insects. Annual Review of Environment and Resources 45: 61-82. doi: https://doi.org/10.1146/annurev-environ-012420-050035.  Anthropisation des milieux Extinctions massives ANTHROPOCÈNE Epoque de l'histoire de la Terre au cours de laquelle les activités humaines ont un impact significatif, global et irréversible sur le système planétaire : débute il y a 10.000 ans après la dernière glaciation de l’Holocène. Crutzen (1995); Steffen et al. The Trajectory of the Anthropocene: the Great Acceleration (2015)  Anthropisation des milieux « taux habituel » d'extinction = 0,1 à 1 espèce Cumul catégories éteinte par million « éteinte à l'état d'espèces et par an sauvage » (E/MSY) et « certainement * éteinte » 2 E/MSY *Nombre d’années nécessaires pour obtenir une extinction au taux habituel d’extinction (1 extinction/103 espèces/siècle) Ceballos G, et al.Sci Adv. 2015 Jun 19;1(5):e1400253. Johnson C et al. Science. 2017 Apr 21;356(6335):270-275.  Depuis 1826 Anthropisation des milieux - Archipel d’Hawaï -> Radiation exceptionnelle = 1 ancêtre (3-4 Ma) -> 54 espèces (Fringillidae) Séries d’extinction (polynésiens, européens)… et paludisme aviaire -> sévère anémie et mortalité des espèces endémiques (50-90 %) Endémiques - Oiseaux allochtones introduits par centaines (depuis le XIXème 1300 m siècle) 700 m Amakihi Chlorodrepanis virens - Impact possible du changement Culex quinquefasciatus climatique? Introduites Atkinson C et al.Changing climate and the altitudinal range of avian malaria in the Hawaiian Islands - an ongoing conservation crisis on the island of Kaua'i. Glob Chang Biol. 2014 20(8):2426-36 Anthropisation des milieux 1 Gt C = 1015 g de carbone Bar-On YM, Phillips R, Milo R. The biomass distribution on Earth. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Jun 19;115(25):6506-6511. doi: 10.1073/pnas.1711842115.  Concept de réservoir Concept de réservoir Vectorisation Extinction Réservoir progressive secondaire en l’absence Hôtes de réservoir vicariants primaire Réservoir primaire Hôtes réservoirs Pérennisation de l’agent Hôte pathogène accidentel Ni entretien Cul de sac Ni transmission épidémiologique  Cible Source Concept de réservoir Population cible Population incapable d’assurer la persistance de l’agent pathogène Population capable d’assurer la persistance de l’agent pathogène (effectif < taille critique) Communauté capable d’assurer la persistance de l’agent pathogène (effectif > taille critique) Réservoir « Une ou plusieurs populations reliées épidémiologiquement entre elles et à des milieux dans lesquels les agents pathogènes se maintiennent de façon pérenne et d’où l’infection est transmise à la population cible » Haydon DT et al.. Identifying reservoirs of infection: a conceptual and practical challenge. Emerg Infect Dis. 2002 Dec;8(12):1468-73. doi: 10.3201/eid0812.010317.  Concept de réservoir Depuis 1700… Animaux 1975-2013 ARN simple brin de polarité positive 10 protéines Jeffries CL et al. J Gen Virol. 2014; Shi et al (2018) Tick-borne virus. Virologica sinica 33:21-43; Pierson TC, et Diamond MS. Nat Microbiol. 2020 Jun;5(6):796-812.  Compétence de l’hôte Faible nombre d’espèces Concept de réservoir « réservoirs » Lagopus lagopus scoticus 78 % de mortalité/rapide Voie d’infection originale du poussin Transmission virémique (titres élevés) Morbidité et mortalité Transmission Agneaux sevrés au pâturage Lepus timidus non virémique/co-feeding Neurotropisme/Encéphalite apathie, tremblements, hyperesthésie, incoordination - + motrice, ataxie, tourner en rond Asymptomatique «petits bonds» avec fièvre. Syndrome grippal Transmission virémique Encéphalite parfois létale Jeffries CL et al. J Gen Virol. 2014; Voordouw MJ.. Parasitology. 2015 Feb;142(2):290-302. Gilbert L. Exp Appl Acarol. 2016 Mar;68(3):363-74.  Concept de réservoir Gilbert L. Louping ill virus in the UK: a review of the hosts, transmission and ecological consequences of control. Exp Appl Acarol. 2016 Mar;68(3):363-74. doi: 10.1007/s10493-015-9952-x.  Concept de réservoir Acaricide Vaccination - Zones infectées fragmentées et dispersion des espèces réservoirs 900 m 200 m 1,5 ha Gilbert L. Louping ill virus in the UK: a review of the hosts, transmission and ecological consequences of control. Exp Appl Acarol. 2016 Mar;68(3):363-74. doi: 10.1007/s10493-015-9952-x. Brucellose  Brucella sp. = petits coccobacilles à Gram négatif /α-protéobactérie Brucellose Intracellulaire facultative Génome compact très conservé Deux chromosomes circulaires Absence de plasmide Absence de phages lysogéniques Variations de phases du lipopoly- saccharides « Rough » vs. « Smooth » 1.Genre très homogène (97 % de similitude) mais variabilité de la spécificité d’hôtes, de la virulence et du potentiel zoonotique 2.Modèle d’étude de l’évolution d’une bactérie parasitaire Suárez-Esquivel M, Chaves-Olarte E, Moreno E, Guzmán-Verri C. Brucella Genomics: Macro and Micro Evolution. Int J Mol Sci. 2020 Oct 20;21(20):7749. doi: 10.3390/ijms21207749.  Espèce Hôte Potentiel Signes cliniques Transmission naturel zoonotique chez l’hôte Brucellose Brucella melitensis +++ Avortement, Contact portée chétive, chute Ingestion de production laitière placenta , direct Infertilité, avorton ou Brucella orchite, épididymite lait Domestique abortus ++ (rare) contaminé Produits laitiers Non pasteurisés Brucella Avortement, portée Non fermentés suis ++ chétive Infertilité, orchite, Ingestion épididymite, troubles placenta , Bactérie ostéo-articulaires avorton ou peu résistante Brucella lait Avortement dans le milieu canis + (45-55 j) contaminé extérieur Infertilité, Transmission orchite, épididymite vénérienne (sperme contaminé) Contact Brucella Avortement, portée Contact direct ovis 0 chétive (rare) Infertilité, orchite, étroit entre béliers épididymite Saillie avec Sauvage des béliers Avorton Cul-de-sac contaminés Byndloss MX, Tsolis RM. Brucella spp. Virulence Factors and Immunity. Annu Rev Anim Biosci. 2016;4:111-27. doi: 10.1146/annurev-animal-021815-111326. Brucellose Déprédation ? millions d’années Moreno E. Retrospective and prospective perspectives on zoonotic brucellosis. Front Microbiol. 2014 May 13;5:213. doi: 10.3389/fmicb.2014.00213.  Brucellose Vaccins vivants atténués B. abortus S19, B. melitensis Rev1 Prophylaxie sanitaire Dépistage/abattage Nombreux test diagnostiques Culture, Rose Bengale, fixation du complément, ELISA… Virulence: B. melitensis > B. suis biovars 1, 3, and 4 ≥ B. abortus > B. canis Suárez-Esquivel M, Chaves-Olarte E, Moreno E, Guzmán-Verri C. Brucella Genomics: Macro and Micro Evolution. Int J Mol Sci. 2020 Oct 20;21(20):7749. doi: 10.3390/ijms21207749. Brucellose  Hardes sauvages éparses Brucellose Intensification Impacts Densité accrue Mélange d’espèces anthropiques sensibles Dégradation des habitats Réduction des populations Goulet d’étranglement Emergence/Adaptation Réponse immunitaire Stratégie vaccinale Sélection Reproduction dirigée Diversité génétique Gestion/Contrôle Moreno E. Retrospective and prospective perspectives on zoonotic brucellosis. Front Microbiol. 2014 May 13;5:213. doi: Soins/abattage/traitements 10.3389/fmicb.2014.00213. Brucellose Diffusion de l’agriculture Evershed R et al.. Dairying, diseases and the evolution of lactase persistence in Europe. Nature. 2022 Aug;608(7922):336-345. doi: 10.1038/s41586-022-05010-7.  Brucellose Reblochon Foyers de brucellose (Brucella melitensis Biovar 3) 2012 et 2021 en élevage bovin dont 2 cas humains en 2012 Au sein de la population de bouquetins des Alpes - Densité-dépendance et hétérogénéité spatiale - Rôle central des femelles dans la dynamique de l’infection - Femelles âgées séropositives significativement plus impactées par la maladie - Chute de moitié de l’effectif de bouquetins - Réduction de la séroprévalence Année 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Nombre de séropositifs 277 218 euthanasiés après capture Tirs sans capture 325 12 Lettre d’information du réseau Ongulés sauvages (2023) N°  Brucellose Avortements, mortinatalité, Portées chétives Paralysie train postérieur, Boiterie, arthrites Orchites Chasse Ingestion Chasse Découpe Transport Brucella Infections confirmées suis Sérologies positives Fièvre ondulante Anorexie, perte de poids Fatigue, sudation, céphalées Douleurs articulaires Assistance Troubles de la reproduction à la mise bas Douleurs dorsales, boiterie Orchites Manipulation Vétérinaire Leiser OP et al.. Feral swine brucellosis in the United States and prospective genomic techniques for disease epidemiology. Vet Microbiol. 2013 Sep 27;166(1-2):1-10; www.amric.org. Influenza aviaire Influenza aviaire Ribonucléoprotéines virales (RNPv): - 8 brins simples d’ARN génomiques de polarité négative enroulés autour de multimères de nucléo-protéines - Structure pseudo-circulaire en hélice Polymérase virale hétérotrimérique: (PB1, PB2 et PA) Protéine de matrice (M1) tapissant la face interne de l’enveloppe lipidique Insérés dans la bicouche lipidique: - Canal à proton (M2) - 2 glycoprotéines : ->Hémagglutinine (HA) trimérique ->Neuraminidase (NA) tétramérique Behillil S, Enouf V, Van der Werf S2019 Virus, épidémies et réseaux de surveillance de la grippe. Actualités pharmaceutiques Vol.58 (589):20-26. Influenza aviaire 8 RNPVs segmentées allant de 890 à 2341 nucléotides Taux de mutation élevé = 2 à 8 substitutions/1000 bases/an Accumulation de mutations ponctuelles = dérive ou glissement antigénique (drift) => Nouveaux NA variants génétiques NA HA HA NA NA Echange de segments génomiques par réassortiment lors de co-infections HA = saut ou cassure antigénique (shift) Behillil S, Enouf V, Van der Werf S2019 Virus, épidémies et réseaux de surveillance de la grippe. Actualités pharmaceutiques Vol.58 (589):20-26.  A- Attachement de l’hémagglutinine aux récepteurs cellulaires (acides Influenza aviaire sialiques) B-Internalisation virale C-Libération des RNPVs D-Import nucléaire des RNPVs F-Traduction des protéines virales H-Export des RNPVs néosynthétisées I-Adressage (HA, NA, M2) et des RNPVs à la membrane plasmique J-Emballage des 8 RNPVs et bourgeonnement K- Libération des virions par l’activité sialidase de la neuraminidase Behillil S, Enouf V, Van der Werf S2019 Virus, épidémies et réseaux de surveillance de la grippe. Actualités pharmaceutiques Vol.58 (589):20-26.  Influenza aviaire Site de fixation au HA récepteur non clivée Récepteur de type « aviaire » HA fixée aux Peptide de acides sialiques fusion mais absence de fusion HA clivée par Récepteur de type « humain » des protéases Peptide cellulaires de fusion exposé Fixation et fusion H17-H18 Lazniewski et al. (2018). The structural variability of the influenza A hemagglutinin receptor-binding siteBriefings in Functional Genomics, 17(6), 2018, 415–427 Influenza aviaire N10-N11 McAuley JL, Gilbertson BP, Trifkovic S, Brown LE and McKimm-Breschkin JL (2019) Influenza Virus Neuraminidase Structure and Functions. Front. Microbiol. 10:39.  Influenza aviaire N- PF -C HA0 Clivage protéique S-S N- HA1 -C N- PF HA2 -C PQRETR/GLF PQRKRKTR/GLF PEIKGR/GLF PEIKGSRVRR/GLF PEKPKTR/GLF PEKPKTCSPLSRCRKTR/GLF PEIPKGR/GLF PEIPKRRRGR/GLF PENPKTR/GLF PENPKQAYQKRMTR/GLF Site de clivage monobasique polybasique Protéases tissulaires (extracellulaire) Protéases ubiquitaires (intracellulaire) TMPRSS2, HAT, matriptase, trypsin-like protéases Furines, subtilases Stech J & T C Mettenleiter (2013) Virulence determinants of high-pathogenic avian influenza viruses in gallinaceous poultry Future Virol. 8(5), 459–468  Influenza aviaire Tropisme 2015-2016 d’organes « Peste aviaire » Infection systémique : poumons, cœur, tractus digestif, système nerveux central… 70 à 100 % de mortalité en 2 à 7 jours ; Gaide et al. Veterinary Research (2022) 53:11 ; Stech J & T C Mettenleiter (2013) Future Virol. 8(5), 459–468  Influenza aviaire Circular neighbour-joining tree Arbre phylogénétique basé sur le segment 1(PB2) Transmission interspécifiques possibles Virus réassortants (spicules membranaires) fréquents (virus aviaires) ou possibles (virus porcins) Lycett SJ, Duchatel F, Digard P. 2019 A brief history of bird flu. Phil. Trans. R. Soc. B 374: 20180257.  Influenza aviaire Transmission sporadique Transmission soutenue Réservoir H1-H16 N1-N9 Transmission Transmission sporadique sporadique Réservoir Réservoir H1-H3 H5-H6-H9 Transmission sporadique Transmission soutenue Transmission sporadique Sonnberg S et al.. 2013. Virus research 178:63-77 Influenza aviaire Phase stable Phase de transition (émergence sporadique) Phase d’adaptation Phase d’expansion Sonnberg S et al.. 2013. Virus research 178:63-77 Influenza aviaire Principaux couloirs de migration des oiseaux Est- Atlantique Centre Asie Amérique centrale Méditerranée et Inde et mer noire Est Asie Ouest- et Australie Pacifique Atlantique Ouest Asie et Afrique El-Shesheny R.2017. Genesis of Influenza A(H5N8) Viruses. Emerg Infect DisLycett SJ, Duchatel F, Digard P. 2019 Phil. Trans. R. Soc. B 374: 20180257. Influenza aviaire Grippe A (H1N1) = S. Munier et al. / Pathologie Biologie 58 (2010) e59–e68 Influenza aviaire A partir de 2009 : forte diversification des HPAI H5 Diffusion mondiale du clade 2.3.4.4 H5NX (H5N1, H5N6, H5N8…) : nombreux réassortants (HPAI LPAI) Plusieurs vagues en Europe Expression clinique polymorphe: forte mortalité chez les canards et avifaune (H5N8 en 2017) mais diffusion possible à distance de virus H5NX peu pathogènes Lycett SJ, Duchatel F, Digard P. 2019 A brief history of bird flu. Phil. Trans. R. Soc. B 374: 20180257. Influenza aviaire W= Wildlife P= Poultry Verhagen, J.H.; Fouchier, R.A.M.; Lewis, N. Highly. Viruses 2021, 13, 212. https://doi.org/ 10.3390/v13020212  Depuis le 1er août 2022 : Influenza aviaire 33 pays d’Europe touchés 309 (sur 914) foyers de volailles en France (pays le plus touché) Incidence actuellement stabilisée à un niveau faible Nombre de foyers hebdomadaires N= 451 « cas » ZRD : Zone à risque de diffusion ZRP : Zone à risque particulier 4 dernières semaines précédant le 02/04/23 Plateforme d’Epidémiologie en Santé Animale Bulletin hebdomadaire de veille sanitaire internationale du 02/04/2023  10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 19/12/2022 Influenza aviaire Signalement 2 mouettes positives virus Influenza HP H5 au lac de Créteil (OFB) 21/12/2022 23/12/2022 25/12/2022 jours Cumul sur 7 derniers quotidiennes Nb d'entrées 27/12/2022 29/12/2022 31/12/2022 02/01/2023 04/01/2023 06/01/2023 08/01/2023 10/01/2023 12/01/2023 14/01/2023 16/01/2023 18/01/2023 20/01/2023 22/01/2023 24/01/2023 26/01/2023 28/01/2023 30/01/2023 01/02/2023 03/02/2023 05/02/2023 07/02/2023 09/02/2023 11/02/2023 13/02/2023 15/02/2023 17/02/2023 19/02/2023 21/02/2023 23/02/2023 25/02/2023 27/02/2023 01/03/2023 03/03/2023 05/03/2023 07/03/2023 09/03/2023 11/03/2023 13/03/2023 15/03/2023 17/03/2023 19/03/2023 Influenza aviaire Influenza aviaire Chiroptères et émergences  Chiroptères et émergence Répartition du nombre d’espèces par ordre des mammifères incluant les espèces récemment éteintes N= 5416 Murin d'Escalera Murin à oreilles échancrées Pipistrelle commune Barbastelle d’Europe Murin de Bechstein Myotis nustrale Pipistrelle de Kuhl Grand murin Murin de Brandt Noctule commune Pipistrelle de Nathusius Grand rhinolophe Murin de Capaccini Noctule de Leisler Pipistrelle pygmée Grande Noctule Murin de Daubenton Oreillard gris Rhinolophe de Méhely Minioptère de Schreibers Murin de Natterer Oreillard montagnard Sérotine commune Molosse de Cestoni Murin des marais Oreillard roux Sérotine de Nilsson Murin cryptique Murin du Maghreb Petit murin Vespertilion bicolore Murin d'Alcathoé Murin à moustaches Petit rhinolophe Vespère de Savi Wilson D.E. et Reeder, D.A.M. (eds) (2005). — Mammals species of the World : a taxonomic and geographic reference. Third edition, The Johns Hopkins Univ. Press, Baltimore; Olival KJ et al. Host and viral traits predict zoonotic spillover from mammals. Nature. 2017 Jun 29;546(7660):646-650. doi: 10.1038/nature22975.  Chiroptères et émergence Torpeur Exceptionnelle diversité Charges virales Hibernation ->espèces -> niches écologiques importantes mais -> régimes alimentaires non létales Fécondité ? Fertilité? Stress oxydatif Contacts directs Température corporelle Aérosolisation Métabolisme (x 34) Longévité (x 3,5) Co-évolution Immunotolérance (65 millions d’années) Agents pathogènes intracellulaires Plus ancien taxon hôte Eléments viraux endogènes Lyssavirus Henipavirus… Dispersion Chronicité infection Migration Brook CE, Dobson AP. Bats as 'special' reservoirs for emerging zoonotic pathogens. Trends Microbiol. 2015 Mar;23(3):172-80. doi: 10.1016/j.tim.2014.12.004. Chiroptères et émergence Henipavirus (Paramyxoviridae) Ribonucléoprotéine virales (RNP): - 1 brin simple d’ARN génomique de polarité négative de 18,2 kb - Nucléocapside (N), phosphoprotéine (P) et ARN polymérase (L) Deux glycoprotéines d’enveloppe: G responsable de l’attachement au récepteur Ephrine-B2 et B3; F responsable de la fusion enveloppe virale-membrane Pteropus sp. cellulaire Réservoir = Chauve-souris frugivores Nipah Portage asymptomatique Salive, sperme, urine, fèces Encéphalite fébrile létale/pneumonie Transmission par ingestion ou contact Hendra avec produits/fluides-excrétas contaminés Park et al. (2018) Henipaviruses  Létalité Chiroptères et émergence Pteropus 199/261 1998-1999 Déplacements 2001, 2007, 2018 contraints 2001…(2018) Déforestation El Niňo Salive par urines brûlis fèces Porcheries intensives Fruits Syndrome respiratoire neurologique sévère Sève Létalité 105/265 Létalité 45/66 5/5 21/23 Soman Pillai V, Krishna G, Valiya Veettil M. Nipah Virus: Past Outbreaks and Future Containment. Viruses. 2020 Apr 20;12(4):465. doi: 10.3390/v12040465.  Chiroptères et émergence Chiroptères = réservoir de plusieurs Lyssavirus Certaines espèces surreprésentées Portage asymptomatique (sécrétion salivaire et synthèse d’anticorps) Modifications du comportement, incoordination, tremblements, mort 2021 5 sérotines positives sur 308 chauves-souris (22 espèces dont 60 % de pipistrelles) En cumul - Sérotine commune: 112 cas - Vespertilion de Natterer: 2 cas Eptesicus serotinus - Minioptère de Schreiber (1 cas) Banyard et Fooks. The impact of novel lyssavirus discovery (2017) Microbiology Australia; Servot et al. Bulletin épidémiologique Santé animale(2022) Chiroptères et émergence Histoplasma capsulatum Non pathogène pour les chiroptères (sauf expérimentalement) Champignon dimorphique Environnement Tissus Diaz JH. Wilderness Environ Med. 2018 Dec;29(4):531-540.  Chiroptères et émergence ** Pseudogymnoascus destructans (champignon psychrophile) Infestation cutanée (museau, oreilles, patagium) Chauve-souris hibernant Utilisation accélérée des réserves adipeuses -> altération du processus d’hibernation (réveil et activité +++) Mortalités de masse (Amérique du Nord) non décrites en Europe (Myotis bechsteinii , M. blythii, ,M. brandtii, M. daubentonii, M. dasycneme , M. escalerei, M. myotis, M. mystacinus, M. nattereri) Lésions moins sévères ->Toilettage efficace => Élimination du champignon Puechmaille SJ et al. Emerg Infect Dis. 2010 16(2):290-3;Puechmaille et al.. PLoS One. 2011 6(4):e19167;Pikula J et al. J Wildl Dis. 2012 Jan;48(1):207-11. Wibbelt G et al. PLoS One. 2013 8(9) L’animal sauvage en ville L’animal sauvage en ville Combs Maet al. Socio-ecological drivers of multiple zoonotic hazards in highly urbanized cities. Glob Chang Biol. 2022 Mar;28(5):1705-1724. doi: 10.1111/gcb.16033.  L’animal sauvage en ville Caractéristiques des espèces synurbiques Passer domesticus Thèse vétérinaire Faucon (2022)  L’animal sauvage en ville Pollution sonore Pollution lumineuse Pollution électro-magnétique Fitness Prédateurs domestiques Morbidité Pollution chimique Mortalité Espaces envahissantes Empoisonnement Actes de malveillance Nourrissage artificiel Agents pathogènes + Parasites Collisions  L’animal sauvage en ville Papillomavirus Trichomonas gallinae Salmonella enterica Typhimurium Poxvirus Mycoplasma gallisepticum L’animal sauvage en ville H H R D  L’animal sauvage en ville Echinococcus multilocularis Hôtes définitifs Vulpes vulpes Oeufs Arvicolinae Hôtes Essonne: 5/35 intermédiaires Val-d’Oise: 0/31 Yvelines: 6/53 Bulletin d’information du Laboratoire National de Référence Echinococcus sp. (2013); Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation no 74 – Juin 2016; Rapport LRSFS 2020  L’animal sauvage en ville 50 appâts/km2 contenant 50 mg de praziquantel Recherche de copro-antigènes (ELISA) d’ E. multilocularis puis PCR sur Œufs de ténias (fèces) Vulpes vulpes Arvicola terrestris Hegglin D, Ward PI, Deplazes P. Anthelmintic baiting of foxes against urban contamination with Echinococcus multilocularis. Emerg Infect Dis. 2003 Oct;9(10):1266-72.  Zone maximale traitée par appâts vaccinaux L’animal sauvage en ville 823.106 doses 1978-2018 Vagues d’extension de la rage en Europe Impact de la vaccination par voie orale Cas de rage Campagnes d’abattage Chien viverrin Müller T et C. Freuling, OIE-Friedrich Leoffler Institut European experience in the use of ORV to control rabies in wildlife  L’animal sauvage en ville Corynebacterium ulcerans toxigénique Borrelia spp. 4 hérissons 8/43 hérissons Borrelia spp. (pneumonie/diphtérie cutanée) 54/60 hérissons Beta-Coronavirus 37/74 hérissons Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline Belerina virus Lésions cutanées inhabituelles 57/147 hérissons Leptospira Staphylococcus aureus interrogans résistant à la méthicilline (mecC-MRSA) 42/112 hérissons 114/188 hérissons (écouvillons nasaux) Virus de la méningo-encéphalite à tiques Anaplasma 1/65 hérissons phagocytophilum Symptômes neurologiques 31/48 hérissons Skuballa et al. (2007); Silaghi et al. (2012); Ayral et al. (2016); Gourlay et al. (2016); Monchatre-Leroy et al. (2017); Berger et al. (2019); Lund Rasmussen et al. (2019); Schönbächler et al. (2019) ; Majerova et al. (2020); Vanmechelene et al. (2020)  L’animal sauvage en ville Mortalités massives Chasse Ingestion Escherichia coli Campylobacter sp. Contact direct Salmonella sp. Contamination des milieux aquatiques Contact direct Morbidité Mortalité Migration Smith, O.M., Snyder, W.E. and Owen, J.P. (2020), Are we overestimating risk of enteric pathogen spillover from wild birds to humans?. Biol Rev, 95: 652-679. https://doi.org/10.1111/brv.12581  L’animal sauvage en ville COMPETENCE CONTACT AVEC SURVIE ET EXPOSITION DU RESERVOIR L’ALIMENT TRANSMISSION Environnement contaminé Dose infectieuse Fréquence et durée Durée de survie de contact de la bactérie Caractéristiques de l’hôte Colonisation avec l’aliment dans favorisant le contact bactérienne l’environnement avec la bactérie de l’hôte Fréquence d’expulsion Résistance de la Fréquence, des fientes bactérie à la durée et intensité préparation de l’excrétion culinaire bactérienne Déplacement des bactéries par vecteurs Dose infectieuse Colonisation possible d’hôtes Contamination non aviaires bactérienne de l’eau d’irrigation ou Maladie de boisson Smith, O.M., Snyder, W.E. and Owen, J.P. (2020), Are we overestimating risk of enteric pathogen spillover from wild birds to humans?. Biol Rev, 95: 652-679. https://doi.org/10.1111/brv.12581 Chytridiomycoses  Chytridiomycoses a: apophyse b: corps cellulaire c: rhizoïde Batrachochytrium dendrobatidis Chytridiomycètes - groupe de champignons majoritairement unicellulaires et ECTOTHERMES aquatiques, saprobies ou parasites (plantes…) - Cycle de vie dimorphique: 1-Forme libre : zoospore sans paroi cellulaire aquatique motile uniflagellée riche en réserves lipidiques (proie du zooplancton) capable de coloniser un substrat 2- Forme fixée sur un substrat (ou un hôte) enkystement (corps Batrachochytrium cellulaire) avec production de rhizoïdes (tubes germinaux) salamandrivorans -> maturation du thalle-> Zoosporange Laundon D, Chrismas N, Bird K, Thomas S, Mock T, Cunliffe M. A cellular and molecular atlas reveals the basis of chytrid development. Elife. 2022 Mar 1;11:e73933. doi: 10.7554/eLife.73933.  Chytridiomycoses - Chytridiomycota longtemps considérés Prévalence de Batrachochytrium dendrobatidis comme inoffensifs pour les animaux chez les amphibiens - 1989 : Déclin mondial des amphibiens (1er congrès mondial d’herpétologie) - 1998 : Chytridiomycose signalée en Amérique du Sud et en Australie - Depuis : responsable du déclin et de l’extinction de respectivement 501 (6,5 %) et 90 espèces d’amphibiens à l’échelle < 1% [10 - 20 %[ ≥ 30 % mondiale = impact le plus fort jamais [1-10 %[ [20 - 30 %[ Données insuffisantes attribué à un agent pathogène © Fisher M - Origine (Asie orientale; Corée) avec co- évolution (50 millions d’années) hôte- agent pathogène (ni déclin ni maladie constatée dans cette zone) : association stable (enzootie?) - Expansion au sein de populations naïves (environnements permissifs ?) consécutive au commerce international  Chytridiomycoses Infection subclinique Rôles majeurs de la peau des amphibiens: chez les larves (= réservoir ?) 1- barrière Pathogénicité +++ 2- respiration après métamorphose 3- homéostasie électrolytiques et hydrique B. dendrobatidis => hyperplasie et hyperkératose de l’épiderme => troubles métaboliques B. salamandrivorans => érosion affectant l’épiderme sur toute sa profondeur => septicémie Fisher MC, Pasmans F, Martel A. Virulence and Pathogenicity of Chytrid Fungi Causing Amphibian Extinctions. Annu Rev Microbiol. 2021 Oct 8;75:673-693.  Germes Chytridiomycoses opportunistes Lésions Espèce sensible Troubles Immunité métaboliques innée Clones (BdGPL*) Inoculum Température Hypervirulence élevé ambiante Métalloprotéases Altitude Chitin-binding-proteins Inoculum Fungalysine… élevé Immunité adaptative Structure Portage génétique Croissance Immunité innée Espèce asymptomatique Super épibiotique Tolérance résistante disséminateurs ? Couches superficielles à l’infection de la peau sans rupture d’intégrité Peptides anti-microbiens * B. dendrobatidis Global Panzootic Lineage Mucosome/Microbiome Fisher MC, Pasmans F, Martel A. Virulence and Pathogenicity of Chytrid Fungi Causing Amphibian Extinctions. Annu Rev Microbiol. 2021 Oct 8;75:673-693.  1- Bovins Vautours = nécrophages essentiels pour la les plus efficaces pour Conclusion fourniture de lait et de l’élimination des travail carcasses CR 2- Usage vétérinaire 3- Effondrement des 4- Carcasses du Diclofénac populations non Gyps bengalensis de vautours consommées Gyps indicus 1994-2004 Toxicité majeure du Diclofénac pour CR les vautours CR Prolifération Contamination Cadavres des des chiens et de l’eau Parsis non des rats (zones rurales) consommés par les vautours Incidence Interdiction de l’usage accrue du Diclofénac de la rage Gyps (Inde, Népal, Pakistan) tenuirostris Ogada DL et al.. Dropping dead: causes and consequences of vulture population declines worldwide. Ann N Y Acad Sci. 2012 Feb;1249:57-71. doi: 10.1111/j.1749- 6632.2011.06293.x.