Concepts de base en Épidémiologie Cours PDF

Concepts de base en épidémiologie Présenté par: Pr. EL KINANY Khaoula Objectifs:  Définir l’épidémiologie  Définir les différentes branches de l’épidémiologie  Comprendre les champs d’actions de l’épidémiologie  Décrire les différentes études en épidémiologie descriptive et analytiques  Maî...

Concepts de base en épidémiologie Présenté par: Pr. EL KINANY Khaoula Objectifs:  Définir l’épidémiologie  Définir les différentes branches de l’épidémiologie  Comprendre les champs d’actions de l’épidémiologie  Décrire les différentes études en épidémiologie descriptive et analytiques  Maîtriser les principaux outils de mesure en épidémiologie descriptive  UNE ALERTE DANS LES MEDIAS  Le 30 janvier 2020, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) avait tiré la sonnette d’alarme, mais ce n’est que lorsque le Dr Tedros avait qualifié la situation de « pandémie » que les pays avaient pris la pleine mesure de l’urgence de la situation, ce qui avait offert au virus une longueur d’avance.  La pandémie a fait plus de 7 millions de morts, depuis que les premiers cas ont été signalés en Chine fin 2019, et plus de 765 millions de cas ont été confirmés auprès de l’OMS, selon des chiffres sans doute très en deçà de la réalité, selon l’organisation. Phénomène de santé  Evolution dans le temps, et dans l’espace: Cas sporadique: cas isolés sans aucune association Endémie: maladie qui sévit en permanence dans une région/illimité dans le temps et limité dans l’espace. Le paludisme est l'une des grandes endémies des continents africain et asiatique. Épidémie: l’augmentation rapide d'une maladie en un lieu donné sur un moment donné/limité dans le temps et dans l’espace. Pandémie: est une épidémie présente sur une large zone géographique internationale/limité dans le temps mais pas dans l’espace. Définition de l’épidémiologie  Epi = à propos de  Démio = Demos = la population  Logie = Logos = l'étude  Répartition des cas selon: temps (quand ?)/ lieu (où?)/ personne (qui ?) Définition  Anciennement: « sciences des épidémies », étude de la distribution et des déterminants des états de santé ou évènements de santé dans une population définie et l’application de cette étude pour le contrôle de ces problèmes de santé » ‘Mac Mahon 1988’  La distribution: il s’agit de la fréquence du problème, de sa variation en fonction de différents paramètres: temps, espace, caractéristiques sociodémographiques…………….  Les problèmes de santé: ils peuvent correspondre à des maladies (infectieuses ou non, aigues ou chroniques), des handicaps, des traumatismes, des suicides, des indicateurs cliniques (tension artérielle, poids) ou des indicateurs biologiques (hémoglobinurie, cholestérolémie). Définition  Les déterminants: selon les cas, il s’agit des facteurs environnementaux (agents physiques, radiations, bruit, agents chimiques), des facteurs génétiques, des habitudes de vie (alimentation, alcool, tabac), etc.  L’épidémiologie s’intéresse au groupe et non à l’individu. C’est une grande différence par rapport à la médecine clinique. Ces populations sont définies d’après un critère géographique, temporel, sociodémographiques, …….  Branches de l’épidémiologie  Trois branches de l’épidémiologie:  Épidémiologie descriptive: mesurer l’état de santé / étude de la fréquence et de la répartition des maladies et des états de santé.  Épidémiologie analytique: expliquer l’état de santé /étude des facteurs déterminants cette fréquence et cette répartition.  Épidémiologie évaluative: évaluer les actions de soins/étude des résultats des interventions entreprises pour lutter contre les maladies et les états de santé La démarche épidémiologique Revue de la littérature Définition des objectifs Formulation des hypothèses Conceptualisation Choix du type d’étude Population à l’étude / échantillonnage / méthode de collecte Définition des variables Planification Élaboration du plan d’analyse opérationnelle Élaboration du questionnaire Réalisation Collecte des données Saisie et analyse Rédaction du rapport : Diffusion des résultats Types des études en épidémiologie Classification des études épidémiologiques  OBSERVATION ◦ La manœuvre n’est pas le fait de l’investigateur mais peut être celui de la nature (ex. mutation d’un gène), d’un individu (ex. tabagisme), d’un accident (ex. exposition accidentelle à des radiations)..etc  EXPERIENCE ◦ la manœuvre est choisie et décidée (éventuellement avec l’aide d’une randomisation) par l’investigateur, selon un plan préétabli (protocole de recherche clinique) Classification des études épidémiologiques  Prospective (longitudinale) : mesure de l'exposition avant l'apparition de la maladie: exposition maladie? non exposition maladie?  Rétrospective : recherche de l'exposition après constat (ou non) de la maladie: malades exposition? non malades exposition?  Transversale : mesure de l'exposition et de la maladie simultanément. Étude cohorte Étude de cohorte Une cohorte se définit comme un groupe de sujets suivis dans le temps. Les sujets sont sélectionnés sur la base de leur exposition au facteur étudié et sont suivi de manière prospective pour voir s’ils développent la maladie. Étude cas-témoins Étude cas-témoins  L’enquêteur choisit les groupes étudiés sur la base de leur statut malade (cas) et non malade (témoins). Ce sont des études rétrospectives, c'est-à-dire que l’enquêteur va chercher dans le passé des individus des deux groupes l’exposition au facteur étudié  Étude transversale Une étude transversale permet de recueillir les données d'une variable à un moment précis dans le temps. Mesure de l’issue: Nombre de cas prévalents. Une étude transversale est bâtie comme une enquête descriptive dans laquelle des données sur les éventuels facteurs de risque ont été recueillies en même temps que l’information sur le statut vis-à-vis de la maladie. Séries de cas  Étude descriptive correspond à la description détaillée d'un cas ou de plusieurs cas cliniques d'intérêt.  Cette description comprend souvent les symptômes, les signes, le diagnostic, le traitement et le suivi.  La plupart du temps utilisé pour décrire l'histoire naturelle et l’évolution d'une maladie. Étude interventionnelle  Ici l’affectation des sujets au facteur d’exposition étudié est sous le contrôle de l’investigateur.  Les sujets des deux groupes exposés et non exposés sont suivis dans le temps pour comparer le taux d’apparition de la maladie (ou de la guérison).  Le plus souvent elle se fait par tirage au sort (randomisation). Étude interventionnelle  Cette technique garanti la comparabilité des deux groupes puisque chaque individu a la même probabilité d’être affecté au groupe exposé ou au groupe non exposé.  Les essais cliniques correspondent à ce modèle.  Pour des raisons éthiques il n’est pas possible de réaliser ce type d’étude pour étudier des facteurs de risque : limites d’ordre éthique et pratiques  Système de surveillance et de contrôle de santé  ‘la surveillance est le processus de collecte, et d’analyse des données, ainsi que la diffusion à l’ensemble de ceux qui ont besoin d’être informés’ Objectifs généraux de la surveillance épidémiologiques  Décrire un phénomène de la santé : observer l’émergence de pathologies, en fonction des personnes, du temps, du lieu (nombre de cas, taux d’attaque, nombre total de décès, la distribution des cas en termes de lieux, temps, et personnes)  Alerter sur les problèmes aigus nécessitant une action rapide  Évaluer les tendances épidémiologiques dans le temps  Mesurer l’impact des politiques de santé  Collecter, analyser, interpréter, diffuser à ceux qui ont besoin de ces connaissances pour la prise de décision en santé publique Objectifs spécifiques de la surveillance épidémiologiques  Identifier l’agent causal  Localiser la source (le point d’émergence de l’agent pathogène) La source est souvent associée à un lieu fixe, mais également peut être associée à un individu, ou un objet circulant: Source ponctuelle: émission de l’agent pathogène pendant une période très courte, exemple toxi-infection alimentaire collective Source persistante: continue à émettre l’agent pathogène, exemple de la pollution environnementale  Déterminer le mode de transmission/ le véhicule (le support qui a contribué à la diffusion de l’agent pathogène entre la source et la population atteinte)  Identifier la population à risque  Déterminer les facteurs de risque de la maladie Étapes de la surveillance Définition de cas/ Collecte cas et des données épidémiologiques Surveillance Analyse des données/Décrire le phénomène Diffusion/ Communication des conclusions de l’investigation Rétro-information Prise de décision Action: alerte, mesures Système de déclaration obligatoire  Parmi les éléments essentiels de la surveillance épidémiologique, la déclaration obligatoires de certaines maladies, dites à déclaration obligatoire (MDO) = Maladies posant des problèmes de santé publique par leur risque d’évolution épidémique, endémique, ou pandémique (tétanos, rougeole, tuberculose, paludisme, sida, la rage humaine…...)  Les médecins et les biologistes ont le devoir des signaler les MDO à la délégation du ministère de la santé.  La déclaration des MDO est une action de santé publique (investigation/mesures de lutte et prévention) Sources de données Les sources de données d’un indicateur en santé peuvent être :  le dossier du patient,  un questionnaire / une enquête ad hoc établissement (remplie par médecin, infirmier, ou investigateur)  un questionnaire / une enquête ad hoc patient (remplie par le patient),  Les registres spécifiques pour les maladies Déterminants de santé  Les déterminants de la santé est l'ensemble des facteurs qui influencent, positivement ou négativement, l'état de santé des individus et des populations, incluant : déterminants socio-économiques (revenu mensuel, emploi, éducation et alphabétisme) déterminants génétiques et biologiques (facteurs héréditaires) déterminants comportementaux (mode de vie, habitude alimentaire, activité physique, stress) déterminants environnementaux (qualité de l’air, de l’eau, urbanisme, guerre, crises) déterminants liés au système de santé (accès aux soins, observance, qualité des soins) Déterminants de santé Indicateur de santé  Un indicateur de santé est une variable que l’on mesure et qui permet de décrire l'état de santé des individus dans une population (l'espérance de vie, la mortalité, la morbidité).  Il existe trois types d’indicateurs: indicateurs de structure : ils évaluent la gestion des ressources humaines, matérielles, financières nécessaires à la mise en œuvre des processus de soins ; indicateurs de processus : ils évaluent la mise en œuvre d’une activité de soins du processus de prise en charge d’un patient ; indicateurs de résultats : ils évaluent directement, à l’issue de la mise en œuvre d’un processus de soins, les bénéfices ou les risques générés pour le patient en termes d’efficacité, de satisfaction et de sécurité. Mesures épidémiologiques  Ratio ? Proportion ? Taux ?  Les principaux outils de mesure de la morbidité  Les principaux outils de mesure de la mortalité  Ratio  Un ratio, aussi appelé un rapport, exprime les tailles relatives de deux valeurs.  Numérateur et dénominateurs différents (numérateur non inclus dans dénominateur) et la valeur utilisée comme référence peut être n’importe laquelle des deux quantités.  Exemple: un ratio de 2/1 d’eau par rapport au riz, équivaut à un rapport de 1/2 de riz par rapport à l’eau.  Exemple : Nombres de lits hospitaliers par habitant  Le sexe ratio est un rapport couramment utilisé en épidémiologie  Exemple: dans un échantillon, il y a 400 hommes et 200 femmes. Le ratio hommes/femmes est 400/200=2.  Dans un groupe de 131 accidentés, on observe 86 hommes et 45 femmes. Quel est le ratio hommes/femme? Proportion  Une proportion est un rapport dont le numérateur fait partie du dénominateur, tous les deux étant mesurés simultanément.  Une proportion est une partie, une part ou un nombre qui est envisagé par rapport à un tout  Elle est toujours comprise entre 0 et 1.  Elle peut être exprimer en pourcentage.  Exemple : quelle proportion de l’auditoire est gaucher ? (gaucher: 5 personnes/ droitier: 45 personnes)  Exemple: dans un jeu standard de 52 cartes à jouer, il y a 13 carreaux, 13 cœurs, 13 piques, 13 trèfles. Quelle est la proportion de carreaux dans un jeu ?  Exemple: parmi 7500 enfants, 5300 sont vaccinés. Quelle est la couverture vaccinale? Quelle est la part de vaccinés parmi cette population d’enfants? Cote  Cote = probabilité d’un évènement/probabilité de l’évènement inverse  Rapport de cote exposition à un facteur (utilisé dans les enquêtes étiologiques cas témoins)= cote d’exposition chez des cas/ cote d’exposition chez les témoins.  Exemple: 75 enfants ont présenté une diarrhée aigue, 53 enfants ont consommé des glaces, et 22 enfants sont des non-consommateurs ? Indice  Indice permet de comparer des quantités qui ne sont pas de même nature.  Numérateur de nature différente du dénominateur.  Exemple: dans un hôpital, on compte 850 lits pour 12 infirmiers. Indice = 77,3 lits pour 1 infirmier  Exemple: dans un village, on compte 1200 personnes répartis dans 250 foyers. Indice ??? Taux  Un taux mesure la probabilité de survenue d’un événement donné au cours du temps.  Numérateur est le nombre de cas survenus (dans une période donnée) et dénominateur est l’ensemble de la population soumis au risque de la maladie (pendant la même période).  Les taux peuvent être négatifs.  Exemple: taux de prévalence, taux d’incidence Mesures de morbidité  Prévalence  Incidence Mesures de prévalence  Elles prennent en compte le nombre de cas existants d’une maladie donnée observé à un moment donné dans une population donnée. Nombre de cas existants à un instant t Nombre de sujets observés à cet instant t  Exemple : parmi 1 000 patients hospitalisés dans un hôpital donné, lors d’une enquête effectuée un jour donné, on trouve que 40 personnes présentent une infection nosocomiale  Prévalence instantanée  Prévalence à l’instant t = (cas 1 + cas 2 + cas 5)/ population à l’instant t  Prévalence au cours du temps  Prévalence du 1-1-97 au 1-5-97 = (cas 1+ cas 2 + cas 3 + cas 5)/ population moyenne au 1-5-97  Mesure de l’incidence  Elles prennent en compte le nombre de nouveaux cas d’une maladie observé au cours d’une période donnée dans une population.  On distingue le nombre de cas incidents, l’incidence cumulée, le taux d’incidence.  Nombre de cas incidents: c’est le nombre de nouveaux cas au cours d’une période donnée. Exemple: Soit un groupe de 10 sujets, suivi pendant un an. Les résultats sont présentés dans la figure suivante. La période à risque correspond à la période de temps pendant laquelle le sujet est susceptible (« à risque ») de développer l’événement étudié. Incidence cumulée  Incidence cumulée s’exprime en x cas pour 100, 1000, 10.000 etc.  L’incidence cumulée correspond au risque moyen de contracter une maladie pendant une période donnée pour un individu de la population  Exemple « incidence cumulée » Année Nouveaux cas population 1995 22 220 335 1996 28 250 236 1997 26 244 369 1998 28 249 875 1999 30 252 002  Ic (1998) = 28/249 875 = 11,2 pour 100 000  Densité d’incidence (taux d’incidence)  Population instable : nombreuses arrivées et départs, nombreux perdus de vue  Mesure la vitesse de propagation d’une maladie  CONCEPT PERSONNE–TEMPS : Prend en compte pour une population : 1. le nombre d’individus qui deviennent malades 2. les périodes « vécues » pendant lesquelles les événements sont survenus  Taux d’incidence  Tous les individus ne pèsent pas le même poids  Plus précise que l’incidence cumulée lorsque la proportion de perdus de vue est élevée dans une population d’étude.  Impose de connaître la population à risque et le nombre de cas survenus pour chaque période de temps. Taux d’incidence Taux d’incidence  Nombre d’infections = 2  Le temps de participation pour l’ensemble des patients (15+15+5+10+5) = 50 patients-jours  Le taux d’incidence = 2/50 : 2 infections/50 patients-jours.  Taux d’incidence  Calculer temps de participation pour l’ensemble des patients ?  Calculer le taux d’incidence ?  Indicateurs de mortalité Taux brut de mortalité  Le taux brut de mortalité est le rapport des décès d'une année à la population moyenne de cette année. On parle de mortalité brute lorsque l'on tient compte de tous les décès, quelle que soit leur cause  Encore appelé taux de mortalité général. Sa définition est celle de l’incidence comme événement « le décès ». Fortement influencé par la structure d’âge de la population  Taux de mortalité spécifique  Il est spécifique soit de la population à risque (taux spécifique par âge, par sexe….) soit d’un type particulier de mortalité (par cancer, par accident…)  Exemple : la mortalité par causes cardio-vasculaires représente une proportion de 23% parmi les différentes étiologies et occupe ainsi la première place parmi les causes de décès au Maroc. Exemple  En 1999, dans la région française Ile-de-France, 252 décès liés à l’infection par le Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH) et concernant des sujets masculins de 25 à 64 ans ont été recensés parmi les 11 406 décès recensés dans cette partie de la population  Précisez la mortalité brute et la mortalité spécifique ?  Taux de létalité  Le taux de létalité exprime la gravité d'une maladie et l'efficacité d'un traitement. Il s’exprime toujours en %  Le taux de létalité =  Exemple : on a enregistré 10 cas de décès parmi 100 cas de fièvre typhoïde survenus lors d’une épidémie  En 1993, sur l’Ile de la Réunion (département français dans l’Océan Indien), il y a eu 2 713 sujets victimes d’un accident de la voie publique grave, dont 72 sont décédés sur les lieux de l’accident Les mesures d’association (entre une exposition et une maladie) Risque Relatif Odds Ratio Mesures d’association  la recherche des facteurs de risque des maladies, c'est-à-dire la recherche de facteurs qui expliquent une incidence plus élevée (ou moins élevée) du problème de santé chez les sujets exposés que chez les sujets non exposés.  L’existence d'une association (d'un lien, d'une relation) entre l'exposition à cette caractéristique et la maladie Tableau de contingence  Tableau: répartition des sujets de la population selon le statut malades/non malades, exposés/non-exposés Malades Non-malades Total Exposés a b E1 Non-exposés c d E0 Total M1 M0 T Principaux types de mesure  On peut lire le tableau selon l’exposition et selon la malade,  On compare expose/ non exposé  On calcule l’incidence de la maladie étudiée dans chacun des 2 groupes soit : R1 = a / E1 dans le groupe exposé R0 = c / E0 dans le groupe non exposé  Et on écrit le risque relatif: RR = R1/R0 =(a / E1) / ( c / E0)  Théoriquement, l’étendue des valeurs du RR peut aller de 0 à plus l’infini Interprétation du RR Comment énonce-t-on ces résultats en pratique ?  RR = 1,30. Un sujet exposé a un risque d’être malade 1,30 fois plus élevé (ou bien encore a un risque supérieur de 30 % d’être malade) qu’un sujet non exposé.  RR = 2,00. Un sujet exposé a un risque deux fois plus élevé qu’un sujet non exposé (ou supérieur de 100%).  RR = 0,65. Cela signifie que le risque d’un sujet exposé est 0,65 fois celui d’un sujet non exposé ou encore un sujet exposé a un risque plus faible de 35 % (= [1 - 0,65] × 100) d’être malade qu’un sujet non exposé. C’est cette dernière expression (« risque plus faible de x % ») que l’on utilise le plus souvent. Étude cas témoins  La cote d’exposition chez les cas (CEC) et les témoins (CET)  La cote d’exposition est le rapport entre la probabilité d’être exposé et la probabilité de n’être exposé  Mesure de l’association entre l’exposition et la maladie : calcul de OR  Odds ratio  Calcul de la côte (Odds) d’exposition chez les cas: CE cas = a/c  Calcul de la côte (Odds) d’exposition chez les témoins: CE témoins = b/d  OR = CEC/CET = (a/c) / (b/d) = ad/bc Interprétation des résultats  OR > 1: l’association est positive: le risque de maladie est plus fort chez les sujets exposés que chez les sujets non exposés: Facteurs de Risque  OR