Bactériologie Spécifique PDF

Bactériologie spécifique Plan Cocci à gram positif Mycobactéries Entérobactéries Chlamydia Spirochètes Cocci à gram négatif Bacille à gram négatif Pseudomonas Helicobacter Anaérobies Vibrions...

Bactériologie spécifique Plan Cocci à gram positif Mycobactéries Entérobactéries Chlamydia Spirochètes Cocci à gram négatif Bacille à gram négatif Pseudomonas Helicobacter Anaérobies Vibrions Campylobacter Acinetobacter Bacille à gram positif Mycoplasmes Legionella Fait par : Salma RADKI, Dina Thithrit QSIR et Aya ASSABAR  Cocci à gram positif (immobiles) Staphylococcus aureus La présence ou l’absence d’une coagulase permet de distinguer : Les staphylocoque coagulase + : S. aureus pathogène spécifique Taxonomie Les staphylocoque coagulase – (SCN) : S. non aureus qui sont des bactéries opportunistes responsables d’infections nosocomiales Appartient à la famille des micrococcacae Réservoir : Homme : muqueuses et peau surtout les fosses nasales (rhino-pharynx), (peau du visage et des mains, périnée) Environnement : largement répandu : eau, sol et aliments Transmission : Epidémiologie Directe interhumaine : manuportage Indirecte : matériel hospitalier, stéthoscopes Alimentaire Lésions suppuratives et nécrotiques : peau et muqueuse (furoncle), os (ostéomyélite), arthrites, tissu Septicémies, endocardites Pathologie Pneumopathies secondaires ou nosocomiales Intoxications alimentaires dues aux entérotoxines Syndrome toxique (toxic shock syndrome) Coagulases Hémolysines DNAse Fibrinolysine Facteur de virulence Entérotoxines Hyaluronidase détruit le TC Leucocidine de Panton et Valentine Toxine du choc toxique  Diagnostic Prélèvement : Les prélèvements sont variés et concernent le site de l’infection bactériologique Examen direct : (observation au microscope) Etat frais : bactérie immobile non sporulée. Coloration de Gram : Cocci à Gram+ disposés généralement en amas Culture : Facile sur milieu ordinaire Milieu de chapman : Nacl+ mannitol (S. aureus est reperé par ses colonies jaunes pigmentées) Milieu Baird-Paker : colonies noires entourés d’un halo clair Gelose au sang + ANC : les colonies sont entourées d’une zone d’hémolyse Identification : Coloration de Gram à partir des colonies : Cocci Gram + Caractères du genre Staphylococcus :  Catalase : Staph. Formation de bulles d’oxygène = catalase +. (Ce test permet de faire la différence entre Staphylococcus (+) et Streptococcus (-))  Oxydase permet de faire la différence entre staphylococcus (oxydase-) et micrococcus (oxydase+) Caractères d’espèce Aureus :  Coagulase : principal test qui caractérise S. aureus=> Aptitude de la bactérie à coaguler le plasma  Désoxyribonucléase thermostable : Test + = zone claire autour de la strie Streptococcus et Enterococcus : Taxonomie Streptococcus : Groupés en diplocoques et en chainettes Bactéries anaérobies aérotolérantes et catalase – Les critères de classification Elle fait appel à 3 caractères : Hémolyse sur gélose au sang frais (GS) : On distingue Streptocoques beta hémolytiques Hémolyse totale = halo clair autour des colonies  Streptocoques alpha-hémolytiques Hémolyse partielle (verdâtre) Streptocoques viridans (oraux), pneumocoque Streptocoques non hémolytiques Absence d’hémolyse (ancienne appellation : streptocoques gamma- hémolytiques) Caractères antigéniques : Liés à la présence de l’antigène de groupe pariétal = Polysaccharide C de Lancefield Présent chez les Beta hémolytiques Permet de distinguer ≈ 20 groupes de Streptocoques notés A, B, C, D, F, G...V Les groupes ABCDFG impliqués en pathologie Caractères biochimiques : Epidémiologie Réservoir : Homme et animaux : commensaux des muqueuses : Cavités oro-pharyngées (ABCDE non groupables) Tube digestif, vagin (Groupes BD entérocoques) Transmission : Directe : salive, per-partum, main Indirecte : objet, eau Vitalité :  Faible pour les espèces oro-pharyngées Importante pour les espèces intestinales Persistance dans les selles Streptocoque A Manifestations locales et régionales  ORL : angines érythémateuses (enfants), abcès amygdaliens, otites..., complications : RAA (0,15/100.000), GNA, érythème noueux  Cutanées et sous-cutanées : érysipèle, impétigo, surinfections de plaies, cellulites gangréneuses, complications : GNA Manifestations générales  Scarlatine (phage) : fièvre + pharyngite + exanthème + énanthème  Localisations septiques diverses : pleuropulmonaires, ostéoarticulaires  Syndrome de choc toxique Porteurs asymptomatiques (naso-pharynx, peau...) Streptocoque B Pathologie Infections néonatales : contamination par voie trans- placentaire ou lors de l'accouchement Infections chez les sujets à risque (âgé, diabète) : infections urinaires, septicémies, arthrites, endocardites Facteur de virulence : Streptocoque A : Capsule (ac. Hyaluronique), immunogène, pouvoir invasif - Protéine M, immunogène, adhérence, pouvoir invasif Enzymes et toxines  Toxines érythrogènes  Streptolysine O, hémolysine, immunogène -> ASLO  Streptokinase est une fibrinolysine (dissémination) -> ASK  Hyaluronidase permet la diffusion dans les tissus -> ASH  DNAse ou streptodornase dépolymérise l'AND -> ASD Streptocoque B : Capsule (ac. Sialique), pouvoir invasif Entérocoques : Adhésines : attachement aux épithéliums et valves cardiaques Prélèvement : Selon le site de l’infection :  Gorge : écouvillonnage amygdales et pharynx Peau : ponction ou écouvillonnage de vésicules Plaie : écouvillonnage Méningite : LCR Autres : urine, placenta, Hémocultures... Examen direct après coloration de Gram : Cocci à Gram + groupés par paires ou en chainettes Recherche directe d’Ag ou d’Enzymes à partir du prélèvement : hometests Culture : gélose enrichissie Gélose à 5% de sang défibriné (mouton, cheval) Diagnostic Milieu d’enrichissement (Brain Heart infusion = BHI) bactériologique Incubation Identification : Aspect des colonies et type d’hémolyse Coloration de Gram à partir des colonies Recherche de la Catalase (enzyme respiratoire) : négative Recherche des caractères biochimiques : galerie d’identification, pour les entérocoques : hydrolyse de l’esculine Détermination des groupes de Lancefield :  Basée sur la présence dans la paroi des Streptocoques d’un polyoside C spécifiques. Il existe 17 groupes sérologiques : A, B, C, E, F, G, H, K, L, M, O, P, R, S, T, U et V  Chez le streptocoque du groupe A de Lancefield, la protéine M est le principal antigène de la paroi (60 types différents) Diagnostic indirect sérologique (Streptocoque A) : Les Ac spécifiques contre les enzymes du strepto A sont recherchés dans les syndromes post streptococciques (RAA, GNA...) On recherche ainsi : ASLO (antistreptolysine O), ASK (antistreptokinase) et ASD (antistreptodornase) Streptococcus pneumoniae :  Pneumocoque Famille des streptcocaccae Taxonomie Groupe Streptococaccae oralis Espèce : Streptococcus pneumoniae Diplocoques Réservoir : Hôte normal de l’arbre respiratoire supérieur de l’Homme (rhino-pharynx) Epidémiologie Transmission : Interhumaine : par voie aérienne, contact direct et étroit Souvent retrouvée chez le sujet jeune (enfant) A l’occasion d’une baisse de l’immunité, anomalies du tractus respiratoire, affections générales, asplenie (splénectomie, fonctionnelle = drépanocytose), malnutrition...le pneumocoque va entrainer : Des affections loco-régionales : Bronchites, trachéobronchites, sinusites, otites, conjonctivites, pneumonies franches lobaires aiguës (accompagnées dans 15 pleurésies) Des affections à distance : Péricardites, méningites, péritonites, arthrites Un caractere important des infections pneumocoque est à retenir : la fréquence des réactions fibrineuses génératrices de cloisonnements aggravant le pronostic Pathologie Facteur de virulence : Pneumolysine qui permet l’envahissement tissulaire et vasculaire La capsule polyosidique qui le protège de la phagocytose. Les souches encapsulées sont très virulentes Proteine de surface : permet l’adhésion aux cellules cibles Acides teichoiques et peptidoglycane : inflammation et choc Autre : neuraminidase, hyaluronidase... Prélèvement : Selon le site de l’infection : crachat, LCR, pus d’oreilles, hémocultures si méningite ou pneumonie Germe fragile : prélèvement avant toute antibiothérapie et transport rapide au laboratoire Examen microscopique :  Etat frais : recherche de la capsule par le test à l’encre de chine Coloration de Gram : Cocci ovoïdes ou lancéolés en « flamme de bougie » ou appariés par leurs extrémités pointues - Gram+ Diagnostic rapide par recherche directe des Ag solubles : Les Ag capsulaires sont libérés dans :  Les produits pathologiques : LCR, urine  Dans les milieux de culture Détection par agglutination de particules de latex sensibilisées Diagnostic Intérêt dans les infections décapitées (patent ayant déjà reçu une antibiothérapie) bactériologie Culture : geme exigent, gélose avec polyvitamine Gélose à 5% de sang défibriné (disque d’optochine sur un quadrant) Gélose chocolat polyvitex Incubation Identification : Aspect des colonies : plates et ombiliquées Hémolyse Alpha Sensibilité à l’optochine Coloration de Gram : Cocci à Gram + Catalase négative Agglutination avec les particules sensibilisées aux Ac capsulaires Caractères biochimiques : galerie Api 20 Strept Mycobactéries Les bactéries du genre Mycobacterium sont des bacilles « acido-alcoolo-résistants » BAAR Particulières par : structure et mode évolutif des infections Le genre comprend : Des espèces saprophytes ou commensales : Mycobactéries atypiques Des espèces pathogènes responsables essentiellement de maladies respiratoires qui ont traversé l’histoire : → Mycobacterium tuberculoses : agent de la tuberculose → Mycobacterium leprae : agent de la lèpre Les espèces : Complexe Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch /BK) : → Mycobacterium tuberculosis (Espèce prédominante) → Mycobacterium tuberculosis bovis ou caprae → Mycobacterium tuberculosis africanum Mycobacterium leprae Mycobactéries atypiques : Mycobactéries non tuberculeuses, plus de 100 espèces Mycobacterium tuberculose : Ordre des Actinomycétales Famille des Mycobacteriaceae Taxonomie Genre unique : Mycobacterium La définition du genre Mycobacterium repose sur : L’acido-alcoolo-résistance des bacilles et l’analyse des constituants pariétaux : acides mycoliques La détermination du contenu en GC% de l’ADN génomique : 61 à 71% sauf M. leprae (54 à 57%) Morphologie : Mal coloré par le Gram : Gram+ Immobiles, non sporulés, non capsulés Coloré par la méthode de Ziehl-Neelsen : Acido-Alcoolo-Résistance BAAR Constitution chimique et antigénique : Lipides : M. tuberculosis : lipides 20 à 45 % Paroi riche (60 %) en acides mycoliques  Peu perméable aux substances hydrophiles + AAR Protéines : support de l’activité tuberculinique Polysaccharides –> formation AC circulants qui n'ont pas de rôle protecteur, médiocres outils diagnostiques Tuberculose : immunité est à médiation cellulaire Résistance aux agents physiques et chimiques : Résiste au froid, à la dessiccation, aux acides dilués, antiseptiques et détergents. Très sensible à la chaleur, aux UV et rayons X Peut survivre longtemps dans des produits contaminés : exportations  Caractères culturaux : Aérobie stricte : localisation pulmonaire Caractères Ne pousse pas sur les milieux usuels, nécessite milieux enrichis La durée de culture des M.africanum est plus lente que celle des M.Bovis qui aussi est plus lente que celle des M. bactériologiques tuberculosis Immunité : Deux types de réaction à support cellulaire qui ont pour base expérimentale le phénomène de KOH : Etat de sensibilisation vis-à-vis des protéines du BK ou allergie tuberculeuse : hypersensibilité retardée  Mise en évidence même les extraits bacillaires (tuberculine)  Apparition signifie que le sujet a fait sa primo-infection Etat de forte résistance à l’égard du bacille : Imparfaite, macrophages activés par les cellules T-lymphocytes, rôle de la souche vaccinale : bacille de Calmette et Guérin (BCG) Génétique : Aucun plasmide n’a été mis en évidence chez M.tuberculosis Des séquences d’ADN spécifiques et répétées en plusieurs endroits du chromosome : outil de l’étude épidémiologique de la tuberculose La résistance aux antituberculeux par sélection de mutants résistants Réservoir, transmission : M. tuberculosis ou bacille de Koch (BK) : Réservoir :  Pathogène spécifique stricte de l’homme  Animaux familiers de l'homme peuvent occasionnellement être contaminés : chien, chat, singe... Transmission :  Interhumaine directe par voie aérienne : lésions pulmonaire cavitaires riches en bacille  Contamination par mains, aliments ou objets souillés : exceptionnelle  Contamination digestive : possible M. africanum : Variant de M. tuberculosis en Afrique noire (20- 80% de tuberculose dans ces pays) Réservoir: homme Contamination interhumaine par voie aérienne  Mycobacterium bovis : Caractères Réservoir animal (zoonose) épidémiologiques Tuberculose pulmonaire des bovins, mammite tuberculeuse avec contamination du lait Contamination humaine  Ingestion de lait cru contaminé (non pasteurisé)  Voie aérienne au contact des animaux : Rare Physiopathologie : M. tuberculosis est émis dans les gouttelettes de PFLÜGGE La maladie résulte de la multiplication du bacille et ses interactions avec l’hôte Substratum anatomique : granulome et surtout caséification M. tuberculosis ne produit pas de toxine Si multiplication bacillaire limitée, apparition en 3-6 semaines : petit tubercule, les bacilles meurent progressivement (primo-infection latente avec l’hypersensibilité tuberculinique et l’immunité de surinfection) Si la multiplication est important : envahissement des ganglions : primo infection patente avec deux éventualités :  Favorable le plus souvent  Défavorable 10% : tuberculose maladie Physiophatologie de l’infection : La maladie tuberculeuse : Multiplication des bacilles de la primo-infection soit immédiatement ou après un temps de latence, (réinfection endogène) Deux types de localisation : pulmonaires ou extra-pulmonaires (pauvres en bacilles mais invalidantes ou gravissimes) Chez le VIH+, l'infection par le BK : Mène très fréquemment à la tuberculose, souvent généralisée et dans 50 % localisations multiples, pulmonaires et extra pulmonaires Diagnostic direct : Le diagnostic de certitude repose sur : La mise en évidence de M. tuberculosis dans les prélèvements pathologiques Règles de sécurité Respect scrupuleux des procédures de prélèvements, d’analyse et d’interprétation Laboratoire de niveau de sécurité 2 -3 :  Diagnostic  Poste de sécurité microbiologique protégeant opérateur et échantillon bactériologique  Organisation du laboratoire Précautions et mesures de protection : gants, lunettes, masques FFP2, blouses et surblouses Quels prélèvements réaliser ? Respiratoires : Expectorations : matin à jeun, rinçage de la bouche avec du SS est expectorations des secrétions pulmonaires dans un flacon stérile à large ouverture Tubage gastrique (Patient à jeun, en décubitus) Aspiration bronchique, lavage broncho-alvéolaire → Les crachats doivent être répétés si possible 3j de suite Autres prélèvements : Urines, Liquides de ponction (LCR) Biopsies : ganglions, os.... Suppuration Hémocultures : peu d’indications Prélèvements à éviter ou à limiter Selles (sauf chez le patient HIV+) Prélèvement sur écouvillon → Diagnostic de lèpre (Bacilles de Hansen) → Frottis de fosses nasales Pus recueilli sur seringue (sécurité++) Transport Dans les flacons stériles à fermeture étanche et correctement étiquetés Accompagnés des renseignements administratifs et cliniques Acheminés le plus rapidement au laboratoire Si traitement différé, mettre à +4°C (sauf Sang et Moelle osseuse => 37°C ou 22°C) Diagnostic immunologique : Intérêt Diagnostic de tuberculose latente  Diagnostic de tuberculose extra-pulmonaire Enquête au tour d’un cas de tuberculose Principe commun Cellules T-mémoire Cytokines inflammatoires : Interféron gamma (IFN-γ) Tests Test in vivo : IDR Test in-vitro :  Réalisé sur sang total  Dosage de la sécrétion d’interferon-gamma par les lymphocytes stimulés en présence d’Ag spécifiques de M. tuberculosis cibles majeures de la réponse immune Technique :  ELISA : QuantiFERON-TB Gold (Cellestis)  ELISpot: T-SPOT.TB test (Oxford Immunotech)  Sensibilité bonne, spécificité améliorée/BCG  Réactions croisées avec certaines mycobactéries non tuberculeuses Sérodiagnostic : Il n’y a pas actuellement de sérodiagnostic fiable de la tuberculose NB : Sensibilité ATB : recherche de gènes et mutations de résistance à : → RIF et INH (anti bacillaires de première ligne) → Fluoroquinolones et aminosides (anti bacillaires de deuxième ligne) → Pénicilline G Mycobactéries atypiques : Mycobactéries non tuberculeuses Nombreux groupes émergents :  Meilleure connaissance : apport de la biologie moléculaire  Terrains immunodéprimés (sida, transplantés) Infections nosocomiales  Infections chroniques Presque la même structure que M. tuberculosis conférant le caractère AAR Taxonomie >100 espèces reconnues actuellement (hybridation ADN/ADN) Classer en fonction des critères de Runyon :  Croissance lente ou rapide  Colonies non pigmentées ou pigmentées Croissante lente non chromogène : M.avium, M.intracellulaire Croissance lente, photochromogène : M.kansasii, M.marinum Croissance lente scotochromogène : M.xenopi, M.scrofulaceum Croissance rapide non chromogène : M.fortuitum, M.abcessus Ubiquistes de l’environnement (réservoir hydrique, eau du robinet...) Certaines sont parasites des animaux (M.avium, M.marinum...) Epidémiologie D‘autres sont saprophytes (M.gordonae, M.chelonae, M.flavescens..) Elles sont habituellement isolées en tant que contaminant Grande résistance aux antiseptiques ex : chlore, stérilisation à froid du matériel médical thermosensible Peuvent contaminer certaines solutions antiseptiques, les liquides de dialyse, certains réactifs de laboratoire L’homme peut être colonisé au niveau des muqueuses Toutes sont susceptibles de se multiplier chez l'homme et de provoquer des maladies simulant la tuberculose que l'on appelle mycobactérioses Pouvoir pathogène Infections communautaires ou de plus en plus souvent nosocomiales Formes pulmonaires : Chroniques sur terrain à risque : pneumoconiose, emphysème, dilatation des bronches, BPCO (M.avium, M.kansasii) Formes extra pulmonaires → Adénites chez l’enfant (M.avium, M.scrofulaceum) → Infections cutanées et sous cutanées: M.fortuitum et piercing, M.haemophilum et Sida → Infections osseuses et articulaires post traumatiques ou post chirurgicales: Ex: M.Xenopi Formes générales disséminées chez immunodéprimé : M.avium, M.haemphilum Diagnostic direct : Prélèvement : fonction du site  Diagnostic Examen direct: Ziehl Neelsen (BAAR) bactériologique Culture en milieu Loewenstein Jensen ou Coletsos, croissance variable en milieu liquide Cas particuliers : → M.haemophilum: hémine (sang) → M.fortuitum: croissance à 25-30 °C, sur milieu enrichi, en < 7 jours. Identification :  Critères biochimiques : long et complexe  Sondes ADN : M.avium-intra-cellulaire  Amplification et séquençage de l’ADNr 16S Antibiogramme mal standardisé et souvent peu prédictif de l’efficacité clinique Détection moléculaire à partir des prélèvements Mycobacterium leprae : Une seule espèce : Mycobacterium leprae 216 108 cas de lèpre ont été enregistrés à l’échelle mondiale Maladie chronique connue depuis 600 ans avant JC (inde) Au Maroc : un total de 801 cas a été notifiés entre 2000 et 2017 Réservoir : humain Epidémiologie Transmission interhumaine : difficile, par les secrétions nasales, oro- pharyngés, ulcères cutanés. Maladie exotique : Afrique noire, Antilles, Amérique centrale, latine, inde, extrême orient. Clinique Tropisme cutané et muqueux (zones froides) 4 formes cliniques en fonction de la réponse immunitaire : → Lèpre indéterminée : débutante → Lèpre tuberculoïde (T) : bactéries, lésions nerveuses → Lèpre lépromateuse (L) : bactéries, lésions nerveuses → Lèpre intermédiaire (I) ou borderline  Diagnostic direct : Le diagnostic de la lèpre est clinique et le rôle du laboratoire est de mettre en évidence le bacille à l'examen microscopique Prélèvement : frottis → Muqueuse nasale → Suc dermique (lobule de l’oreille) → Biopsie cutanée ou rarement nerveuses Diagnostic Examen direct après coloration de ZN bactériologique Mise en évidence des bacilles sur frottis après coloration de Ziehl : BARR groupé en amas sous forme de globes M. leprae est non cultivable Isolement chez l’animal : coussinet plantaire Amplification génique : Technique de PCR : gène codant pour l’ARNr16S Diagnostic non spécifique : Test à la lépromine : IDR à la lépromine (test de Mitsuda), permet de définir la forme de la maladie : → Positif dans la forme T → Négatif dans la forme L Il n'y a pas de sérodiagnostic fiable de la lèpre Entérobactéries Test de contamination fécale Bacilles à Gram négatif Caractéristiques biologiques communes Localisées dans le TD, plantes et sol Pathogènes strictes, opportunistes ou occasionnels Caractères morphologiques : Bacille gram - Caractères culturaux : Poussent sur milieu ordinaire Caractères antigéniques : Présentent 3 types d’antigènes O (paroi), H (flagelle), et K (capsule) -Permettent de classer en sérotypes les souches de même espèce ou genre Caractères biochimiques : Communs :  Aéro-anaérobies Fermentent le glucose Caractères Oxydase – Nitrate réductase + (réduction du nitrate en nitrite) bactériologiques Facteurs de virulence : Reconnaissance de l’hôte Fixation aux tissus ou aux cellules Invasion et destruction tissulaire Présence de capsule Exotoxines Destruction et désorganisation du système immunitaire Transmission : Directe : Manuportée Indirecte : Eau, aliments souillés, Cathéter, sondes, Vecteurs (puces « Yersinia ») Porteurs sains : (ex : salmonelles mineurs) Epidémiologie Réceptivité : Totale chez les sujets à immunité faible Sujets prédisposés : pers âgées, ID, NN (méningites à E.coli) Il existe une immunité acquise aux entérobactéries (vaccin à renouveler /3 ans pour salmonelle Contamination : Ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par des éjections de malades ou porteurs sains Mécanisme : Invasion et altération de la muqueuse intestinale Physiopathologie Sécrétion de toxine Types de pathogènes : Pathogènes spécifiques : Responsables des diarrhées cholériformes ou dysentériques Pathogènes opportunistes : Dus à un déséquilibre de la flore ou une défaillance du SI Pathogènes spécifiques : Syndrome dysentérique (diarrhée glairosanglante, douleurs abdominales, fièvres) Pathogènes opportunistes : Infections urinaires Clinique  Infections neurologiques (méningite) Infection ostéoarticulaire Infections nosocomiales Diagnostic bactériologique : Différents types de prélèvements : Urines, sang, LCR, épanchements, pus… Le prélèvement doit être de bonne qualité, ce qui conditionne les conditions de transport et de conservation sont variables selon le prélèvement ex : yersinia (triple emballage pour la protection du manipulateur, prélèvement) Examen microscopique : Diagnostic Examen direct entre lame et lamelle : mobilité caractéristique bactériologique Coloration : Gram Ensemencement : Choix des milieux de culture Types de milieux : Sur gélose ou bouillon ordinaires : CLEP, BCP chocolat, sang (ordinaire / sélectif) Identification : Sérotypage : Le but est de différencier les souches des microorganismes en fonction de leurs compositions antigéniques Caractères biochimiques Recherche de toxines Identification par biologie moléculaire Antibiogramme : Grande résistance naturelle à certaines familles d’ATB hydrophobe Différentes entérobactéries Escherichia Coli Salmonella Shigella Taxonomie Le genre d’entérobactérie le plus Salmonella enterica : 6 espèces : Faible pouvoir souvent responsable d’infections 1, 2, 3, 3a, 3b, 4, 6 métabolique, toujours humaines Salmonella bovisori : Rare immobiles. Genre : Escherichia  Espèce : Escherichia coli Génotypiquement très voisines des Escherichiae 4 espèces Facteurs de pathogénicité Une capsule Des protéines Le LPS Des systèmes de captation du fer Des adhésines Des toxines Habitat – pouvoir Habitat : Hôte normal du tube Habitat : commun de la sous- Habitat : Sont strictement pathogène digestif espèce enterica (I) sont les humaines Pouvoir pathogène : E. coli animaux à sang chaud, tandis Elles ne font pas partie de la flore (germe opportuniste) est que l’habitat commun des sous- intestinale normale responsable de : espèces II, IIIa, IIIb, IV et VI sont Pouvoir pathogène : Elles sont Infections de l’arbre les animaux à sang froid et responsables de la dysenterie urinaire l’environnement bacillaire Infections abdominales Pouvoir pathogène : la gastro- Bactériémies entérite, la bactériémie, la fièvre Choc endotoxique (fièvre, entérique ou typhoïde et l’état collapsus, hémorragie) de portage asymptomatique Méningites et bactériémies du nouveau- né et du nourrisson Les pathovars (4) d’E. Coli peuvent donner des syndromes diarrhéiques et des pathos A partir de prélèvements divers, Diagnostic direct : Prélèvement : coproculture à la urines, selles, sang, LCR, pus, phase aigüe de la maladie.  liquide d'ascite, on recherche le Prélèvement : Cas des fièvres Culture : colibacille par des techniques typhoïdes Milieu sélectif (SS ou bactériologiques : La règle : il faut faire Hektoen) Examen microscopique : hémoculture + coproculture pour Incubation pendant 24 h présence de bacilles à avoir un diagnostic dans 90% des à 37°C Gram- cas Agglutination à l’aide de sérums Culture : milieux Cas des toxi-infections spécifiques ordinaires ou lactosés alimentaires Diagnostic bactériologique Un sérotypage : pour les Culture : Milieu sélectif et milieu souches- liquide d’enrichissement entéropathogènes (EPEC) Diagnostic indirect : Le et pour les sérotypes sérodiagnostic d'une fièvre O157 (EHEC) typhoïde ou de Félix La mise en évidence des Consiste à rechercher les ac du entérotoxines n'est pas malade en présence de facile suspensions antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C La recherche de Les ac anti O apparaissent les l'antigène K1 1ers mais disparaissent plus vite, les ac anti H persistent plus longtemps. L'analyse des résultats permet de suspecter l'agent causal et de fixer la date de l'infection (cinétique des AC) Chlamydiae : Bactéries intracellulaires obligatoires regroupant plusieurs espèces, certaines sont pathogènes pour l’Homme Responsables d’affections polymorphes Méthodes de diagnostic varient fonction de l’espèce Classification : Famille : Chlamydiaceae  Genre : Chlamydia : C. trachomatis Taxonomie  3 biovars : trachoma, lymphogranuloma venereum (LGV) et pneumonia de la souris  19 sérovars dont 15 pour le biovar trachoma et 4 pour LGV Chlamydophila : comprend actuellement 6 espèces: deux rencontrées chez l’Homme: C.pneumoniae, C.psittaci Morphologie : Gram négatif Caractères Possèdent membrane externe, avec LPS mais absence de peptidoglycane bactériologiques Se présente sous trois formes antigéniquement distinctes : → Les corps réticulés CR : intracellulaire, non infectieux → Les corps élementaires CE : Extracellulaire, particules infectieuses → Corps aberrant : responsable d’infection chronique, viable mais non cultivable Structure antigénique : La paroi contient plusieurs structures antigéniques : → Antigène de genre → Antigène spécifique d’espèces → Antigènes spécifiques de type : protéine majeure de la Membrane externe : MOMP Espèce Trachomatis (sérovars domiants E 50%, F 20%, Pneumoniae Psittaci D 10%) Sérovars A, B, Ba, C D, Da, E, F, G, Ga, L1, L2, L2a, Un Nombreux H, I, Ia, J, K L3 Hôte Homme Homme Homme Homme Oiseaux Mammifères Chaîne Homme Transmission Indirecte Contact sexuel Contact Voie aérienne Contact avec les oiseaux épidémiologique (mouche, Accouchement sexuel Poussières infectantes mains, objets)  Pouvoir Trachome Genitale Infections Pneumonie pathogène Occulaire (NNé) broncho- Encéphalite Pulmonaire (NNé) pulmonaires Réceptivité Immunité humorale et cellulaire n’empêchent Immunité humorale et cellulaire pas les recontaminations n’empêchent pas les recontaminations Cycle de développement : identique pour toutes les espèces Intracellulaires obligatoires, comprend plusieurs étapes : → Attachement initial du CE à la cellule hôte et entrée par phagocytose → Différenciation du CE en CR puis multiplication dans inclusion cytoplasmique Physiopathologie → Différenciation des CR en CE → Sortie des CE par éclatement de la cellule, infectant les cellules voisines → Le cycle dure 48 à 72 heures → Parfois altération du cycle et persistance du CR : infection chronique Ce cycle a pour conséquence : → Des prélèvements cellulaires et l’utilisation des cultures cellulaires pour le diagnostic → Traitement par des ATB à pénétration cellulaire Clinique Chlamydia trachomatis : Les infections à C.trachomatis sont sérovars-spécifiques Le trachome : Sérovars A-C (Kératoconjonctivite) multiple et surinfections Les IST : Sérovars D-K (urétrite) Lymphogranulomatose vénérienne : sérovars L1-L3 C.psittaci : Ornithose-psittacose C.pneumoniae : (Incubation plusieurs semaines) Infections broncho-pulmonaires Maladie coronarienne, asthme  Diagnostic direct : Prélèvement La qualité du prélèvement doit ramener les cellules qui contiennent le corps bactérien IST : → Chez la femme : Biopsies (endomètre, trompes) liquide de Douglas et prelevemene urétral, 1er jet d’urines → Chez l’homme : Ne pas avoir uriné dans l’heure précédente LGV : Ponction ganglion infecté non fistulisé, si non, prélèvement de pus Conjonctivite : grattage de conjonctive inférieure après élimination des exsudats car purulents Trachome : grattage de la conjonctive supérieure Infections pulmonaires : Diagnostic → Prélèvement pharyngé́ ou aspiration endotrachéale bactériologique → Le crachat est possible pour C.psittaci Transport spécifique Traitement de l’échantillon Culture cellulaire Inoculation des cellules, incubation 2 à 3 jours Révélation coloration MGG ou iodo-iodure, mieux IF, ELISA Performance de la culture cellulaire fonction de l’espèce :  C.trachomatis : Technique de référence : car Spécificité 100%, Sensibilité 80-90% Typage : intérêt épidémiologique Inadéquat : urines, sperme, liquide articulaire, péritonéal  C.pneumoniae : Moins sensible, non utilisé en routine  C.psittaci : rarement réalisé Détection des Ag : C.trachomatis (pours les infections basses) : prélèvement accessible et facile Immuno- enzymatique EIA : → Tests sur membrane  → Rapide, faible sensibilité et spécificité Immunofluorescence directe : → Utilise anticorps monoclonaux spécifiques d’espèce → Rapide, sensibilité : 80 à 90% NB : Si Immunofluorescence sur produit pathologique : on va voir comme un ciel étoilé (révélation du CE) Si Culture + Immunofluorescence : l’anticorps monoclonal va se fixer sur les CR qui sont intracellulaires : aspect d’inclusions intracellulaires Détection du génome : Hybridation ADN/ARN : non recommandée  Seulement C.trachomatis  Sensibilité́ variable : 60 à 90%  Bonne spécificité Amplification : (type PCR) Trousses personnalisées pour C.trachomatis → Plus sensible que la culture, IF et EIA → Peut être réalisée sur l’urine (1er jet) → Sensibilité́ 98%, spécificité 99% PCR “maison” pour C.pneumoniae et C.psittaci Diagnostic indirect : (place importante pour diagnostic surtout de C.pneumoniae mais aussi des infections hautes à C.trachomatis) Techniques : Prélèvement : sanguin sur tube sec Micro Immunofluorescence (MIF) : technique de référence : car elle va chercher d’une manière spécifique les IgA, IgG et IgM : → Différencie et titre toutes les classes → Distingue l’espèce : C.pneumoniae et C.trachomatis → Réactions croisées : nombreuses Tests immunoenzymatiques : Diagnostic d’espèce : C.pneumoniae et C.trachomatis  Western Blot Interprétation : Indications : → Deux prélèvements à 15 jours → Utilisation des antigènes des trois espèces Infections à C.trachomatis : → Pas d’intérêt : infections urogénitales basses (faux négatifs et IgM fugaces) → Intérêt : infections profondes ou hautes :  Séroconversion (1er prélèvement : pas d’anticorps, 2ème prélèvement : présence d’Ac) ou augmentation significative (multiplication X4 des Ac entre les deux prélèvements) : infection en évolution  Ig totaux ou IgG≥1/64 : infection passée ou en cours Infections à C.pneumoniae : Le diagnostic de certitude repose sur la sérologie Infections à C.psittaci : Même chôse que diagnostic de C.pneumoniae avec seuil différent NB : Résistance à plusieurs ATB de la famille des B lactamine Pas de vaccin Spirochètes Morphologie caractéristique : Flexibles à paroi mince Forme hélicoïdale ou spiralée Se déplacent par ondulations Mise en évidence selon trois procédures : → Examen à fonds noir → Coloration par imprégnation argentique → Coloration cytologique, May-Grunewald-Giemsa Culture : soit impossible (Treponema), soit difficile et longue (Leptospira, Borrelia) Diagnostic : plus souvent sérologique => Recherche d’Ac (IgM et/ou IgG) +PCR possible +Traitement efficaces à base de : pénicilline G, amoxicilline, ceftriaxone, tétracyclines ou encore macrolides Genre Treponema : Morphologie : Bacille très fin spiralé avec des spires régulières serrées à extrémités effilées Prenant mal le Gram d'où̀ le nom de T. pallidum Observables au microscope à fond noir Mobilité en pas de vis, pendulaire Caractères Culture : bactériologiques Non cultivable in vitro, survie quelques heures dans le milieu de Nelson Fragile, sensible aux : antiseptiques, chaleur (42°), froid, dessiccation Structure antigénique : Cardiolipide ou haptène lipidique de Wassermann : Commun aux tréponèmes Présent dans foie, cœur et tissus humains Ac correspondants = Réagines : Ag protéique spécifique de genre tréponème, Ag polyosidique d’enveloppe spécifique de T. pallidum, Ag du corps tréponémiques spécifique de T. Pallidum Réservoir : Strictement humain Transmission : sexuelle, maternofœtale (vers le 4ème mois), transplantation, sanguine Réceptivité : Totale, immunité acquise ne protège pas Epidémiologie Facteurs favorisants : recrudescence Migrations, tourisme exotique, homosexualité́... Rapports non protégés Aspects épidémiologiques : Endémiques, groupes à risques Pénétration muqueuse ou effraction cutanée Multiplication locale et diffusion sanguine et lymphatique Physiopathologie Tissus cibles : ganglions, peau, muqueuses, foie, rate... Multiplication responsable des différentes phases cliniques Réponse immunitaire responsable de la disparition des symptômes Syphilis vénérienne : évolue en quatre phases successives : grande simulatrice Syphilis primaire (4-6 semaines) : Incubation : 3 semaines : dépend de la taille de l’inoculum et immunité́, silencieuse  Chancre d’inoculation : → Exulcération unique, indolore à base induré → Localisation : génitale, anale, buccale... → Très contagieux Adénopathie satellite : Unilatérale, multiple, indolore, dure Evolution : guérison spontanée sans séquelles en 4 à 6 semaines Syphilis secondaire : Dissémination septicémique Début : 2mois à 2ans après contage Lésions cutanéo-muqueuses contagieuses Manifestations générales : Clinique → Asthénie, fébricule, céphalées, alopécie diffuse → Polyadénopathies Évolution : guérison spontanée 1 à 3ans Syphilis latente ou sérologique : Phase de syphilis latente > 10 ans : Sérologie Asymptomatique Non contagieuse Durée : 2 à 20ans Syphilis tertiaire : Début : 2 à 10 ans après début de maladie chez 20 à 30% Complications viscérales (mécanisme immunitaire) : → Lésions osseuses ou cutanéo-muqueuses : gommes → Lésions viscérales non contagieuses Cardio-vasculaires : aortite, anévrysme de l'aorte Neurologiques : tabès, paralysie générale Syphilis congénitale : Mère présentant une syphilis active Passage transplacentaire dès 2ème trimestre  3 tableaux si la grossesse est menée à terme : Syphilis fœtale, Syphilis congénitale précoce et Syphilis congénitale tardive Diagnostic direct : Prélèvement : (avant prise ATB ou application antiseptique) Syphilis vénérienne (I et II aire) : raclage/vaccinostyle du centre des lésions (sérosités exempte du sang) Syphilis congénitale : Bulles, coryza, sang du cordon, placenta, secrétions, parfois LCR et liquide amniotique Examen direct : Seul argument si sérologie non contributive : chancre, syphilis congénitale précoce Examen à l’état frais : Immédiatement au MO à fond noir Bactérie mobile à spires régulières et réfringentes Ne différencie pas les tréponèmes pathogènes Diagnostic Examen après coloration (peu d’intérêt) bactériologique Immunofluorescence : Utilise un AC antisyphilitiques marqué Différencie les tréponèmes pathogènes des tréponèmes saprophytes Meilleure sensibilité PCR dans LCR NB : culture non réalisable Diagnostic indirect : Prélèvement : sang et LCR (deux sérums à 15j d’intervalle) Deux grands groupes de réactions sérologiques selon l’antigène utilisé : Réactions à Ag non tréponémique : test de dépistage → Détection des Ac dirigés anti-Ag cardiolipidique → Réaction d’agglutination passive VDRL → Se positive 8 à 20j après le début du chancre → Meilleur critère sérologique de guérison → Peu spécifique mais sensible et simple Réactions à Ag tréponémique : (TPHA : T.Pallidum hemagglutination assay) → Test de dépistage  → Se positive environ une semaine après l’apparition du chancre → Reste le plus souvent positif chez un malade guéri → Faux négatif : phénomène de zone TPPA : T. Pallidum particle agglutination assay TPHA ou TPPA : même utilité pour diagnostic sérologique de la syphilis TPPA donne des titres légèrement plus élevés Fluorescent Treponema Antibody (TFA) : technique de confirmation ELISA Test de NELSON : Immobilisation des tréponèmes abandonné Test d’immunotransfert (Western blot) : Détection séparée des IgG et IgM. (Détection précoce) Recherche des IgM (en cas de suspicion de S. congénitae) Genre Leptospira : Morphologie : Bactéries spiralées en forme de tire-bouchon Différentes des autres spirochètes par la présence de crochets fins Trop fins pour être visibles au M. ordinaire Caractères Visible au microscope à fond noir bactériologiques Tous les leptospires semblent pareils Caractères antigéniques : Différents antigènes pour : le genre, le groupe et les sérovars qui différencient les leptospires pathogènes Résistance dans milieu extérieur : Survie plusieurs mois dans les milieux aqueux à l’ombre et à pH alcalin, la dessiccation tue rapidement les leptospires Epidémiologie Réservoir : Animaux mammifères (les rongeurs) Homme : hôte accidentel Milieu extérieur humide : contaminé par les urines des animaux Transmission : Directement par exposition à l’urine d’animaux infectés Indirectement : eau souillée par ces mêmes urines  Pénétration des leptospires par les muqueuses intactes (oculaires, buccales, nasales…) et la peau lésée Sujet réceptif : Immunité est acquise soit par la maladie (par réponse humorale spécifique aux sérovars : protège contre le même sérovar pour les réinfections), soit par vaccination Facteurs favorisants : Chaleur, contacts avec l’eau douce, professions exposées. Clinique Incubation 5 à 20 jours Début brutal pseudo-grippal Leptospirose ictéro-hémorragique Formes anictériques Diagnostic Prélèvement : avant toute antibiothérapie et ne doivent pas être congelés. Leptospira interrogans => groupe de risque 2 bactériologique En fonction de la phase de la maladie : Sang pour la culture (jusqu’à 10j après la maladie) Urine, LCR (quelques jours après le début de la maladie) + Sang pour la sérologie (après 10j car les Ac apparaissent au 5-10j après le début de la maladie) Diagnostic spécifique : Diagnostic direct : Examen direct : Etat frais après concentration : microscope à fond noir (examen diffcile : artefact, faux positifs et faux négatifs) Culture : Isolement de l’AP : examen de référence + centre spécialisé PCR / Immunohistologie / inoculation à l’animal Diagnostic indirect : ELISA : Ag du genre (moins spécifique) pour le dépistage MAT : Réaction d’agglutination lyse de Martin et Pettit (Gold standard, sensible et spécifique du sérogrp et du sérovar) pour la confirmation NB : Toujours interpréter la sérologie en fonction de la clinique et du contexte épidémiologique Genre Borrelia : Taxonomie Famille : Spirochaetaceae  Genre : Borrelia Caractères Morphologie : Hélicoïdale, non colorés au Gram bactériologiques Culture : dans milieux liquides spécifiques uniquement Facteurs de pathogénicité : mal connus Caractères antigéniques : Flagelline : Ag immunodominant Protéine de surface OspC : facteur de virulence (IgM) Protéine immunogène de surface Mobile culturable Epidémiologie Réservoir : (vaste) rongeurs, mammifères… Transmission : par piqures de tiques (B.burgdorferi) ou de poux du corps (B.reccurrentis) Réceptivité : totale Facteurs favorisants : régions chaudes, humides et boisées. Contact avec animaux sauvages Clinique Maladie de Lyme : assez polymorphe (3 phases) Fièvres récurrentes Diagnostic Prélèvements : biopsie cutané, LCR, liquide synovial et/ou biopsie synoviale, sang total, sérum bactériologique Examen direct : état frais : microscope à fond noir -IF (directe ou indirecte) : liquides biologiques ou coupes histologiques Culture : milieu spécifique liquides BSK : très riche (observation hebdo pendant 2 mois) Biologie moléculaire : PCR Diagnostic sérologique : sérum, LCR Les coccis à GN : Bactéries strictement humaines Impliquées dqns des infections graves Maroc : concerné  Pathogène pour N. Meningitidis agent de la MCS : l'humain surtout les Méningocoque : Diplocoque CGN fragile et exigent Neisserias Urgence absolue Possède une capsule polysaccharidique : plusieurs sérogroupes dont A, B, C, Y et W135 sont les plus fréquent (épidémies) N. gonorrhoeae agent d’IST : Gonocoque d’une IST (souvent co-transmis avec Chlamydia trachomatis (bactérie très exigeante)) Epidémiologie N. Meningitidis agent de la MCS : Réservoir : Bactérie strictement humaine. Surtout au niveau du rhino-pharynx, portage selon l’âge, les populations et les saisons Transmission : Interhumaine directe par voie aérienne (bactérie extrêmement fragile) Réceptivité : Totale, enfants et adultes non immunisés. Le monde entier est concerné N. gonorrhoeae agent d’IST : Réservoir : Muqueuses des voies génitales de l’humain. Pas de portage sain, mais existence de formes asymptomatiques surtout chez la femme => favorise la dissémination de l’infection. Transmission : Directe par voie vénérienne (sexuelle) ou prénatale pour les NN Immunité : Maladie non immunisante (réinfections possibles) Pouvoir pathogène N. Meningitidis agent de la MCS : Physiopathologie : Début : rhino-pharyngite souvent inaperçue. Phase d’invasion : dissémination vers les méninges par voie hématogène. Phase d’état : ✓ Inflammation ✓ Septicémie (méningoccocémie) ✓ Méningite cérébrospinale. Le pronostic vital peut être mis en jeu. Facteurs de virulence : Pili ou fimbriae de surface IgA protéase dégradant IgAS L’endotoxine = lipo-oligosaccharide (LOS) (Ag O des BGN) La capsule polysaccharidique  AG protéiques de surface N. gonorrhoeae agent d’IST : Chez l’homme : Blennorragie (urétrite ant souvent aiguë avec écoulement purulent et brulures mictionnelles importantes) Chez la femme : Souvent inaperçue, parfois cervicite + leucorrhées, les formes non traitées peuvent entrainer des complications N. Meningitidis agent de la MCS : Prélèvements biologiques : LCR Sang (hémoculture) Écouvillonnage des lésion purpuriques Examen bactériologique : DCGN en "grain de café", intra et extracellulaires MGG (aspect en grain de café) Diagnostic immunologique => recherche d’Ag solubles (surtout en cas de méningite) : Technique la plus utilisée : Diagnostic agglutination latex essentiellement direct Culture et identification : se fait dans un milieu gélosé au sang cuit avec polyvitamines et une atmosphère riche en CO2. Oxydase + / Catalase + N. gonorrhoeae agent d’IST : Prélèvements : Ecouvillonnage local 1er jet d’urine chez l’Homme Nature des prélèvements : Pus et sécrétions au niveau : Endocervical (F), urétral (H) -Oculaire et cutané (NN) - Urines 1er jet (H). Nb : c’est un germe fragile Examen direct : (après coloration de Gram) : DCGN en "grain de café", intra et extracellulaires Sensibilité Gram chez l’homme 98% et chez la femme 50% Culture et identification : dans les milieux enrichis (gélose sang cuit +polyvits), l’identification spécifique fait appel aux caractères biochimique  Bacille à gram négatif de culture difficile Brucella : Généralités Pathogènes potentiellement utilisables à des fins de bioterrorisme Brucellose (fièvre de Malte) : Zoonose : maladie animale, plus rarement humain Sévère et invalidante, rarement fatale Morphologie : petits coccobacilles, à Gram négatif Caractères Culture : Aérobies stricts bactériologiques Culture lente sur milieux enrichis au sang (T° optimale : 34 °C) Caractère antigénique : lipopolysaccharide est le plus immunogène Facteurs de virulence : bactéries intracellulaires facultatives du monocyte-macrophage Réservoir : mammifères terrestres et marins Réceptivité́ : totale Transmission : Directe au contact d’animaux infectés (cutanée, conjonctivale ou aérienne) Chaîne épidémiologique Indirecte (ingestion de lait contaminé) Interhumaine exceptionnelle (sexuelle, transcutanée) Facteurs favorisants : professions à risque (éleveurs, vétérinaires, techniciens) Période d’incubation variable : 1 à 3 semaines Phase aiguë : septicémie d’origine lymphatique + fièvre ondulante Clinique Phase subaiguë̈ : localisations secondaires (neuroméningées, cardiaques, ostéoarticulaires...) Phase chroniques : asthénie (physique, psychique et sexuelle) Femme enceinte : avortements, accouchements prématurés, mort in utero Diagnostic Diagnostic bactériologique direct : bactériologique A la demande Prélèvement : Groupe de risque : 3 (extrême contagiosité) Hémoculture  Autres prélèvements en fonction du contexte clinique : biopsie, pus, sérum Transporter rapidement les prélèvements au laboratoire, sinon, congeler Examen direct : Microscope otique après coloration de Gram Peu d'utilité́, du fait du matériel clinique (sang le plus souvent), de la très petite taille et de la faible coloration de la bactérie par la coloration de Gram Culture : Germe très exigeant, durée d’incubation d’à peu près 5 jours Identification : Uréase rapide et intense, catalase + et oxydase + Biologie moléculaire Diagnostic indirect : sérologie : N’est utile que lorsque la culture est négative Traitement et Les antibiotiques les plus actifs sont les aminosides (streptomycine et gentamicine), les tétracyclines, la rifampicine, et prévention les fluoroquinolones ✓ Un traitement chirurgical du foyer infectieux est parfois nécessaire Pas de vaccin anti-Brucella efficace et bien toléré chez l’homme Haemophilus influenzae : Taxonomie H.influenzae comporte 6 sérotypes a,b,c,d,e,f Le plus important étant le sérotype b Caractères Petits bacilles ou coccobacilles à Gram négatif avec un polymorphisme important (formes longues) bactériologiques Immobiles, non sporulées, parfois capsulées, aérobies et anaérobies facultatifs Leur croissance exige des milieux de culture enrichis contenant des facteurs de croissance : les facteurs X et V, et une température optimale de 34-37 °C Les souches capsulées donnent des colonies volumineuses, muqueuses ayant tendance à s'étaler ou des colonies lisses, rondes à bords réguliers, bombées, facilement dissociables Les souches non capsulées donnent des colonies lisses, plus petites que les précédentes, difficile à prélever Caractères anti géniques Certaines souches d’H.influenzae possèdent une capsule polysaccharidique permettant de définir 6 différents sérotypes, de a à f Chaque type capsulaire à sa spécificité antigénique sans réactions croisées  Le type b est le plus fréquent dont le polysaccharide capsulaire est le polyribosyl-ribitol phosphate (PRP) Facteurs de virulence Polysaccharide capsulaire : Résistance à la phagocytose Pili : adhésion -IgA protéase Réservoir : Portage : oropharyngée + muqueuses. H.Aphrophilus : présent au niveau plaque dentaire Transmission : interhumaine par voie aérienne. Nouveau-né́ : au moment de l'accouchement Réceptivité : Sujets fragiles : enfant, sujet âgé, immunodéprimé. Épidémiologie Facteurs favorisants : Co-infection bactérienne ou virale, tabagisme, pollution, bronchite chronique Facteurs liés au germe : Facteurs de virulence Infections invasives : Hib chez l’enfant Méningites : syndrome méningé fébrile (céphalée, vomissement, photophobie, raideur de la nuque). 2 à 6 % Clinique de mortalité avec des séquelles neurologiques malgré le ttt Infections ORL : Epiglottite : grave (difficultés respiratoires), otite moyenne aigue, sinusites, conjonctivites, pneumonies, autres états septicémiques : arthrite, péricardite... Diagnostic Prélèvement bactériologique direct Produits mono-microbiens obtenus par ponctions : LCR, liquides articulaires, pleural, hémoculture Produits poly-microbiens: secrétions bronchiques, prélèvement ORL (éviter la contamination par la flore saprophyte) Acheminement Bactérie fragile ➔ transport rapide au laboratoire Examen microscopique à partir du PP Petit bacilles à gram négatif Souvent cocco-bacillaire Aspect plus long, parfois filamenteux Immobile Non sporulés Parfois encapsulés Culture Bactérie exigeante en facteurs de croissance V et X présents dans les globules rouges :  V = NAD (nicotinamide adénine dinucléotide) X = hémine Identification Identification par caractères biochimiques : Mise en évidence de l’exigence en facteurs X et V Technique 1 : disques Technique 2 : cultures comparées Technique 3 : satellitisme Techniques immunologiques : Diagnostic rapide → Repose sur la recherche d’Ag solubles, polysaccharidiques → Directement dans le LCR, le sérum ou dans les urines en cas de méningite, de septicémie ou d’infection pulmonaire Heamophilus ducreyi : Bactérie pathogène spécifique, responsable du chancre mou, infection à transmission sexuelle Généralités et taxonomie Ordre : Pasteurellales Famille des Pasteurellaceae Genre : Haemophilus Espèce : H. ducreyi De distribution mondiale, le chancre mou est une maladie en actuelle recrudescence Épidémiologie On note une nette prédominance masculine de l’affection qui touche neuf hommes pour une femme Cette répartition est peut-être faussée par l’existence de formes inapparentes ou de diagnostic difficile chez la femme Caractères Petit bacille à gram négatif, exigeant en hémine= facteur X, culture difficile bactériologiques Diagnostic Prélèvement : bactériologique direct Grattage du chancre Ponction de l’adénopathie avant fistulisation Transport : rapide Germe fragile  Le transport au laboratoire doit être rapide Examen au microscopique : Petit BGN En courte ou longue chaînette parallèle (aspect en chaîne de vélo) Culture : Culture difficile Exigeant en hémine = facteur X Pseudomonas Généralités et taxonomie : Les bactéries genre sont aérobie strict, mobiles et oxydase (+) Pseudomonas aeruginosa : Caractères Bactérie Gram négatif, ubiquitaire bactériologiques Présente dans l’environnement (eau, sol, plantes) et aussi dans l’environnement hospitalier humide (matériel de dialyse, robinets, éviers, siphons, solutions désinfectantes...) Possède naturellement des résistances à des antibiotiques, problème des souches multi-résistantes. Peut former des biofilms. Cause d’infections pulmonaires nosocomiales 1ère cause d’infection pulmonaire des patients atteints de mucoviscidose Épidémiologie Habitat : Bactérie saprophyte (flore bactérienne). Présente dans l’environnement naturel : eau, milieux humides. Environnement du patient : douches, lavabos, éponges, bocaux d’urine, solutions désinfectantes, endoscopes, respirateurs Bactérie présente chez le patient lui-même : → Portage transitoire dans le TD, voies resp, peau. → Colonise les zones corporelles humides : aisselles, pli de l’aine, conduit auditif. Transmission : Sources environnementales : Directe  Indirecte (matériel lavé à l’eau du réseau) Interhumaine (sujet colonisé) Pression de sélection des antibiotiques : augmente le risque de colonisation. (Les souches sensibles cèdent la place aux souches résistantes). Facteurs de pathogenicité : Facteurs liés à l’hôte : Pseudomonas aeruginosa = pathogène opportuniste Infections chez les patients à immunité affaiblie locale ou générale (grands brulés, chimiothérapie, transplantés, hémodialysés chroniques...) Malades d’unité de soins intensifs avec manœuvres invasives (respirateurs, cathétérisme, sonde...) Facteurs liés à la bactérie : les plus importants Présence de pigments diffusibles : pyocyanine (pigment bleu) et pyoverdine (pigment jaune vert) = produits siderophores Pili et autres protéines de la membrane externe = adhésion bactérienne aux sites d’infection Sécrétion d’enzymes = fixation de la bactérie aux glycosphingolipides = rôle dans la résistance à la phagocytose. Protéase = action nécrotique et hémorragique Pouvoir pathogène 2 types d’infections : Infections nosocomiales Infections communautaires : généralement localisées Diagnostic Prélèvements : Urine, crachat, LCR, pus, matériel médicochirurgical, environnement humide du malade... bactériologique Examen microscope : État frais : bacille mobile (mobilité polaire), après coloration : Bacille Gram – Culture : pas d’exigence particulière, peu se cultiver dans n’importe quel milieu Identification biochimique : oxydase + Antibiogramme : Très grande résistance (nb mécanismes de résistance) Hélicobacter pylori Caractères Bacilles Gram négatif arqués ou spiralés, mobiles (flagelles polaires) bactériologiques Absence de spores et de capsule Culture en microaerophilie, 5 à 10% de CO2 en 4 à 12 jours  Facteurs de virulence : Cytokine vacuolisante → vacuoles acides dans les cellules Uréase très active : libération des ions ammonium qui pourraient neutraliser l’acidité́ gastrique autour de la bactérie L’homme est le principal réservoir de HP HP isolé chez des animaux vivant proche de l’homme et contaminés à son contact (porcs, moutons, singes en Épidémiologie captivité, cafards) La transmission est strictement interhumaine précoce dans l’enfance et intrafamiliale - Trois voies de transmission sont suspectées : gastro-orale, oro-orale et feco- orale La prévalence s’élève progressivement avec l’âge dans les pays industrialisés. Le taux d’infection est de 5 à 10% chez l’enfant et atteint 25 à 50% chez l’adulte L’infection à HP provoque constamment une gastrite le plus souvent asymptomatique qui persiste toute la vie en absence d’éradication Elle peut évoluer vers des pathologies plus sévères : Clinique Ulcère gastrique ou duodénal (10% des cas) Cancer gastrique (1% des cas) Lymphome de Malt rarement Méthodes non invasives : Sérologie : utile pour le dépistage (ELISA, Western-blot) Test respiratoire Recherche d’Ag dans les selles : intérêt important pour les sujets dont l’infection a été prouvée par Diagnostic fibroscopie/biopsie bactériologique Méthode invasive : Biopsie lors d’une endoscopie au nb de 3 (pour l’examen anatomopathologique, test à l’uréase et la culture) Culture (faite par la dernière biopsie) : → Germe très exigeant, milieux spécifiques et atmosphère microaérophile → Identification : uréase Traitement Germe de plus en plus résistant Le traitement est actuellement recommandé chez :  → Les malades ayant un ulcère prouvé → Ceux ayant un lymphome du MALT → Voire lors d'atrophie gastrique identifié simplement par recherche d’AG dans les selles Si diagnostic réalisé culture + antibiogramme : Inhibiteur de la pompe à protons (anti –acide) + 2 antibiotiques Sinon : Quadrithérapie bismuthéé (IPP + Citrate de bismuth, métronidazole, tetracycline) Traitement concomitant : Amoxicilline, Métronidazole, Clarithromycie + IPPv Les anaérobies Bactéries incapables d’utiliser et de se multiplier en présence de 20% d’O2 Difficulté d’isolement et d’identification Elles sont responsables d'une grande variété d'infections localisées ou généralisées Urgence du traitement Elle se fait selon leur habitat, leurs caractères morphologiques et culturaux et leur pouvoir pathogène. On distingue : La flore tellurique : bactéries saprophytes du sol et commensales des cavités naturelles de l'homme et des Classification animaux La flore de Veillon : bactéries commensales des voies respiratoires, digestives et génitales de l'homme et des animaux et qui ne peuvent survivre dans le sol, non sporulées. Caractères Métabolisme en l’absence d’oxygène bactériologiques On distingue selon leur sensibilité à l’oxygène : Anaérobies stricts : 0.5% de O2 Anaérobies modérés : 2-8% de O2 Aérobies tolérants : croissent en aérobiose mais préfèrent les conditions anaérobies Anaerobies telluriques : BGP sporulés du genre Clostridium La spore permet leur survie en milieu hostile, sur le sol. Sont aussi commensaux de l’intestin. Leur pouvoir pathogène est dû à la production de toxines Anaérobies non telluriques = flore de Veillon Non sporulés  Commensales des cavités naturelles de l’homme N’élaborent pas de toxines Sont pathogène par leur pouvoir de multiplication Anaérobies telluriques : Contamination, multiplication puis élaboration de toxine Physiopathologie Anaérobies non telluriques : Multiplication très importante dans le site naturel Colonisation de cavités et d’organes normalement stériles Aspect clinique Intoxination, les toxi-infections et infections mixtes Diagnostic Prélèvement : bactériologique Tous les sites peuvent être contaminés. Il faut être un prélèvement de qualité non contaminé par l’O2. Toujours avoir des sachets anaérobies. Transport rapide Examen direct : Aspect macroscopique : Il est souvent évocateur Examen microscopique après coloration de Gram : Flore bactérienne abondante et polymorphe Mise en culture : Une bactérie exigeante (milieux avec polyvitamines) Milieux usuels incubés en aérobiose : infection mixte Sensibilité aux antibiotiques : Sont résistantes aux aminosides Genres Genre Clostridium Flore de Veillon Espèces C. Neurotoxine Clinique : Les circonstances favorisantes sont liées à un Botulinum Epidémiologie : Présente aussi dans traumatisme, un trouble nutritionnel, un déficit l’intestin de plusieurs animaux et de immunitaire ou une infection conjointe. Types d'infections l’homme sont ainsi individualisées : Clinique : Intoxination et toxi-infection Angine fusospirochetienne Diagnostic : Recherche de toxine dans Suppurations diverses : suppurations pulmonaires l’aliment (inoculation à l’animal), ou sérum et digestives (ELISA) - Culture sur GS - Pas Diagnostic : il est d’abord clinique, parfois bactériologique d’antibiogramme C. difficile Toxine A/ Toxine B Le prélèvement selon le type d'infection peut Clinique : présenter une odeur fétide caractéristique Portage asymptomatique de la Coloration de Gram : aspect protéiforme à Gram bactérie positif et à Gram négatif Antibiothérapie au long cours et à La culture en anaérobiose large spectre responsable de colite Prophylaxie : pseudomembraneuse. Vaccination Diagnostic : Antibioprophylaxie en préopératoire Prélèvement de selles Parage de toute plaie infectée Recherche de toxine dans les selles Corriger les tares Culture sur GS Pour C. Botulinum : bonne stérilisation des Traitement : arrêt de l’antibiothérapie. conserves industrielles et familiale Vancomycine ou Métronidazole C. T. Beta/T. Alpha Perfringens Epidémiologie : Présente aussi dans l’intestin de l’animal et de l’homme Contamination endogène ou exogène (plaie souillée de spores de Clostridium) Clinique : Infections tissulaires des tissus mous Myonécrose et gangrène gazeuse Entérite nécrosante Diagnostic : Examen direct : grands bacilles Gram + Culture sur GS Recherche de l’entérotoxine  C. Tetani Exotoxines /Tétanolysine Clinique : Tétanos : trismus puis contractions généralisées douloureuses permanentes avec paroxysmes Diagnostic : Sans intérêt NB : Le traitement sera débuté sans attendre en ayant recours aux antibiotiques des familles suivantes : Bêtalactamines, imidazoles, glycopeptides, lincosamides et cotrimoxazole Vibrions Caractères généraux : Les vibrions sont des bacilles à Gram négatif incurvés Bactéries très mobiles (ciliature polaire) Hôtes naturels du milieu marin (supportent de fortes concentrations en sel) On distingue les vibrions cholériques (comprennent les isolats appartenant aux sérogroupes O1 et O139 de l’espèce vibrio cholerae), et les vibrions non cholériques qui présentent en plus de ces isolats d’autres isolats appartenant aux autres espèces du genre vibrio 12 parmi les 51 espèces connus ans le genre vibrio sont considérées comme pathogènes pour l’homme Bacilles gram négatif, non sporulés, à la forme de bâtonnets droits et incurvés Très mobiles grâce à un cil polaire Caractères Les vibrio possèdent une oxydase Fermentent le glucose sans production de gaz bactériologiques Aero-anaérobies Le germe cultive facilement sur milieu ordinaire, supporte un pH de 9 et une concentration de 3% de NaCl Le vibrio cholerae possède : → Ag flagellaire H → Ag somatique O Seuls les groupes O1 et O139 entraînent le cholera épidémique Physiopathologie Il produit une exotoxine protéique qui est responsable de la maladie en activant l'adénylcyclase cellulaire Diagnostic Prélèvement : bactériologiques Selles recueillies rapidement au cours des 24 h qui suivent la symptomatologie  Vomissements Autres : aliments, eau Examen direct : rapide et facile Intérêt certain pour diagnostic présomptif (1er cas) État frais : bacilles très mobiles et incurvés. Coloration de Gram : Flore monomorphe constituée de bacilles Gram négatif en virgules ou en bâtonnets Transport : Par eau peptonée alcaline ou par papier buvard imbibé par la selle et placé dans flacon hermétique (permet de garder les bactéries viables pendant 4 sems) Culture :