Enzymes de restriction et ADN polymérases

Les enzymes de restriction sont des enzymes qui reconnaissent des séquences spécifiques d'ADN et les coupent à ces sites.

Les enzymes de restriction permettent de fragmenter l'ADN en segments plus petits ou de couper à des sites choisis.

Certaines enzymes de restriction réalisent des coupures franches, tandis que la majorité effectue des coupures dissymétriques, produisant des extrémités cohésives.

Plus de centaines d'enzymes de restriction ont été caractérisées, chacune reconnaissant différents sites de coupure.

Les enzymes de restriction sont utilisées pour établir une carte de restriction, déterminant l'ordre des sites de restriction sur une molécule d'ADN.

Après digestion enzymatique, les fragments d'ADN sont séparés par électrophorèse, permettant d'identifier leurs tailles.

Les enzymes de restriction sont des endonucléases, clivant les liaisons phosphodiester à l'intérieur de l'ADN.

Les enzymes de restriction sont extraites de micro-organismes, le plus souvent des bactéries.

Les enzymes de restriction sont des enzymes qui coupent l'ADN à des sites spécifiques appelés sites de reconnaissance.

Les enzymes de restriction de type II sont les seules utilisées en génie génétique car elles coupent précisément l'ADN au niveau du site de reconnaissance.

Les enzymes de restriction de type I reconnaissent des séquences non symétriques et coupent l'ADN à une distance variable du site de reconnaissance.

Les enzymes de restriction de type III reconnaissent un site de reconnaissance et coupent l'ADN environ 20 nucléotides après ce site.

Les enzymes de restriction reconnaissent des séquences palindromiques, ce qui signifie que les deux brins d'ADN sont identiques lorsqu'ils sont lus dans le sens inverse.

Les isoschizomères sont des enzymes de restriction qui reconnaissent et coupent le même site de reconnaissance, mais qui proviennent de deux bactéries différentes.

Une coupure à bouts francs se produit au milieu de la séquence palindromique, créant des extrémités lisses et sans saillie.

Une coupure à bouts collants se produit de part et d'autre du centre de symétrie, créant des extrémités avec des saillies complémentaires.

Les enzymes qui dégradent l'ARN.

Les RNases endonucléases coupent l'ARN à l'intérieur de la molécule, les RNases exonucléases dégradent l'ARN à partir des extrémités, et les RNases spécifiques de séquence reconnaissent des séquences spécifiques d'ARN.

Les RNases jouent un rôle dans la maturation de l'ARN, la régulation de l'expression génique, la dégradation des ARN défectueux et la défense contre les virus.

Les RNases éliminent les introns et ajoutent des modifications post-transcriptionnelles à l'ARN pré-messager (pré-ARNm) pour le transformer en ARN messager (ARNm) mature.

Les RNases peuvent dégrader les ARNm, ce qui permet de contrôler l'expression des gènes. Elles sont régulées par des facteurs de transcription et des microARNs (miARNs), ce qui leur permet de participer à des réseaux complexes.

Les RNases dégradent les ARN endommagés ou erronés, contribuant au maintien de l'intégrité de l'ARN dans la cellule.

Certaines RNases dégradent l'ARN viral, empêchant la réplication du virus et protégeant la cellule.

Eco RI est une endonucléase de restriction qui reconnaît la séquence G/AATTC et coupe l'ADN à cet endroit, créant des extrémités cohésives 5' sortantes.

Pst I est une endonucléase de restriction qui reconnaît la séquence CTGCA/G et coupe l'ADN à cet endroit, créant des extrémités cohésives 3' sortantes.

Sma I est une endonucléase de restriction qui reconnaît la séquence CCC/GGG et coupe l'ADN à cet endroit, créant des extrémités franches. Les extrémités franches sont des extrémités d'ADN qui ne sont pas complémentaires et ne peuvent pas se lier entre elles.

Les méthylases sont des enzymes qui ajoutent des groupes méthyle à l'ADN. On peut utiliser ces méthylases pour inhiber la digestion d'un fragment d'ADN par une enzyme de restriction.

Les nucléases sont des enzymes qui coupent les acides nucléiques. Les DNases coupent l'ADN et les RNases coupent l'ARN.

Les DNases coupent l'ADN de manière aléatoire, c'est-à-dire qu'elles ne sont pas spécifiques à un site de restriction.

L'ADN polymérase T7 est une enzyme utilisée dans les applications nécessitant une synthèse rapide et précise d'ADN, telles que la PCR et le séquençage d'ADN. Elle est connue pour sa grande fidélité et sa vitesse élevée.

La Taq ADN polymérase est une enzyme provenant de la bactérie Thermus aquaticus, connue pour sa résistance à la chaleur. Elle est utilisée dans la PCR car elle peut fonctionner à des températures élevées sans se dénaturer.

L'ADN polymérase T7 est une ADN polymérase dépendante de l'ADN, ce qui signifie qu'elle utilise un brin d'ADN comme matrice pour synthétiser un nouveau brin d'ADN. Cette enzyme est très rapide et précise et est donc idéale pour des applications telles que la PCR et le séquençage d'ADN.

La Taq ADN polymérase est une ADN polymérase thermostable, ce qui signifie qu'elle peut résister à des températures élevées sans se dénaturer. Cela est crucial pour la PCR car elle nécessite de chauffer l'ADN à des températures élevées pour le dénaturer (séparer les brins) avant de le refroidir pour permettre la synthèse d'ADN .

La Taq ADN polymérase est capable de synthétiser de nouveaux brins d'ADN en utilisant un brin pré-existant comme modèle. Elle ajoute des nucléotides à l'extrémité 3' du nouveau brin, en suivant la séquence du brin matrice.

Les ligases sont des enzymes qui joignent deux fragments d'ADN en créant une liaison phosphodiester entre un groupement phosphate en 5' et un groupement OH en 3', nécessitant de l'ATP.

Les ligases peuvent lier des extrémités cohésives, qui sont des extrémités d'ADN avec des séquences complémentaires, ou des extrémités franches, qui sont des extrémités d'ADN sans séquences complémentaires.

Si les deux extrémités sont déphosphorylées, la ligation ne peut pas avoir lieu. Cependant, si une seule extrémité est déphosphorylée, la ligation peut avoir lieu sur un des deux brins, laissant l'autre avec une brèche.

L'ADN ligase d'E.coli est utilisée pour lier des extrémités cohésives d'ADN double brin.

La ligase du phage T4 peut lier des extrémités franches ou cohésives d'ADN double brin.

La T4 ARN ligase catalyse la jonction entre un 5' phosphate d'un ARN ou d'un ADN simple brin avec un 3' OH.

Les phosphatases sont des enzymes qui enlèvent des groupes phosphates.

Les kinases sont des enzymes qui ajoutent des groupes phosphates.