SisMik 3 Kemotaksonomi 2024 PDF

Sistematika Mikrobia #3 Klasifikasi Kimiawi Dr.rer.nat. Abdul Rahman Siregar, S.Si., M.Biotech. Lab Mikrobiologi – Fakultgas Biologi UGM Klasifikasi kimiawi/kemotaksonomi Khemotaksonomi: metode analisis fisiko-kimiawi: ✓TLC ✓GC ✓HPLC ✓elektroforesis ✓ Py-MS Anali...

Sistematika Mikrobia #3 Klasifikasi Kimiawi Dr.rer.nat. Abdul Rahman Siregar, S.Si., M.Biotech. Lab Mikrobiologi – Fakultgas Biologi UGM Klasifikasi kimiawi/kemotaksonomi Khemotaksonomi: metode analisis fisiko-kimiawi: ✓TLC ✓GC ✓HPLC ✓elektroforesis ✓ Py-MS Analisis: ✓komposisi kimiawi sel atau komponen sel: ✓dinding sel, ✓membran sel, ✓produk akhir metabolisme Tujuan analisis: klasifikasi dan identifikasi mikrobia Informasi kimiawi dalam Klasifikasi mikrobia Deskripsi genus Bakteri dan Arkhaea Bergeys Manual of determinative Bcateriology (1994) ❑Tugas: ✓Cari salah satu deskripsi genus Bakteri atau Archaea ✓Analisis marker kimiawi yang digunakan untuk mendifinisikan genus Dinding sel Peptidoglikan Khitin Pseudomurein Selulosa  Domain Karakteristik Bakteria Archaea Eukarya Sistem endomembran Tidak ada Tidak ada Ada Murein, lipopolisakarida, Protein, glikoprotein, Bervariasi, tidak ada Dinding sel protein pseudomurein peptidoglikan Hidrokarbon tidak Hidrokarbon tidak Lipid membran Hidrokarbo bercabang bercabang bercabang RNA polimerase Satu jenis Beberapa jenis Beberapa jenis Start kodon Formil-metionin Metionin Metionin Intron Tidak ada Ada beberapa Ada Respon terhadap Pertumbuhan tidak Pertumbuhan tidak Pertumbuhan terhambat antibiotik terhambat terhambat Komposisi Struktur Dinding Sel Bakteri Peptidoglikan (Murein): tersusun dr untaian disakarida yang saling terikat oleh polipeptida membentuk suatu lattice. Dinding sel Archaea Dinding sel fungi Fungal Cell - an overview | ScienceDirect Topics Dinding sel virus...??? Membran sitoplasma dan sitoplasma Fosfolipid Protein membran Protein terlarut Protein enzim Fl agela Asam nukleat (DNA & RNA) GC-content Analisis Protein ✓Comparative Serology of Protein ✓Comparative Electrophoresis of cellular Protein ✓Multilocus Enzyme Electrophoresis (MEE) Protein Serology Serology A science that attempts to detect signs of infection in a patient’s serum such as Ab for a specific microbe. Serological tests based on Abs specifically binding to Ag. - Ag of known identity will react with Ab in an unknown serum sample. - Known Ab can be used to detect Ag in serum Ag-Ab reactions are visible by clumps, precipitates, color changes or release of radioactivity. The most effective tests have high specificity and sensitivity. - Aglutination - Antibody titters - ELISA - Western Blot  Aglutination Agglutination tests – Ab cross-links whole cell Ag, forming complexes that settle out and from visible clumps in the test chamber –blood type, some bacterial & viral diseases Serologi: ELISA ELISA READER Elektroforesis Elektroforesis Elektroforesis Protein elektroforesis Analisis Sidikjari Protein Sidikjari protein ↓ Coding (Pengkodean) ↓ Tabel n x t ↓ Analisis Numerical Systematics ↓ Clustring ↓ Dendrogram ↓ Klasifikasi & Identifikasi Data Fingerrinting Diagramatic reperesentative Dendrogram MLEE (Multilocus Enzyme Electrophoresis) Enzim dari berbagai mikrobia Diisolasi dan dimurnikan Dielektroforesis Divisulaisasikan dengan substrat Sidikjari digunakan untuk analisis klasifikasi dan identifikasi Clustering Analisis Envelop sel TLC peptidoglikan TLC mycolic acid TLC polar lipids HPLC isoprenoid quinones GC asam lemak Analisis TLC Analisis Produk Akhir metabolisme GC atau HPLC: Asam asetat Asam propionat Asam butirat HPLC Pyrolysys Mass Spectrometry (PyMS): Prinsip kerja: pemanasan sel dengan suhu tinggi tanpa oksigen – komponen sel akan terurai menjadi molekul yang lebih kecil Molekul kecil dinalisis dengan Mass spectrometry Karaktersitik: Waktu analysis cepat Dapat mengakomodasi dalam jumlah besar Biaya operasional murah Biaya investasi mahal Pyrolysis-MS Pyrogram PyMS analysis: tampak samping tampak atas