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27/10/2023 Pr. FAYOLLE UE1 Infectiologie Mathieu Gonthier Victor PILLAROU MALADIES RESPIRATOIRES I. Coqueluche (Bordetella pertussis) • La coqueluche est causée par le germe de Bordet-Gengou, aussi appelé Bordetella pertussis - Bacille Gram – aérobie strict et très fragile (culture sur milieu sp...

27/10/2023 Pr. FAYOLLE UE1 Infectiologie Mathieu Gonthier Victor PILLAROU MALADIES RESPIRATOIRES I. Coqueluche (Bordetella pertussis) • La coqueluche est causée par le germe de Bordet-Gengou, aussi appelé Bordetella pertussis - Bacille Gram – aérobie strict et très fragile (culture sur milieu spécifique enrichi obligatoire). Cette pathologie a longtemps été une cause de mortalité infantile importante, mais est en forte régression depuis la vaccination obligatoire Depuis quelques années (environ 10 à 20 ans) une recrudescence est observée chez les jeunes adultes (nouveaux parents) et donc chez les nouveau-nés (0 à 6 mois) causé par une perte d'efficacité du vaccin. L’infection concerne surtout les nourrissons, chez qui on peut retrouver des cas de coqueluche maligne • Germe • • • Épidémiologie Pouvoir pathogène Toxi Infection (important à comprendre) B pertussis - Transmission strictement interhumaine par voie aérienne - Taux d'attaque à 75% en cas de contact rapproché - Possibilité d'infection nosocomiale • B parapetussis - Également réservoir animal - Transmission par voie aérienne - Syndrome coquelucheux avec moins de formes graves avec 2 à 3% des cas de coqueluches • Au-delà de deux cas groupés ou nosocomial, elle est une maladie à déclaration obligatoire (+++) à l’ARS et si ils s’agit de cas nosocomiaux il faut les déclarées à l’ARS au CLIN. • • Transport dans les voies aériennes via des gouttelettes Attachement par des adhésines (hémagglutinine filamenteuse et pertactine) au niveau du cavum, sur l’épithélium respiratoire où il sécrète des toxines pertussiques Cette toxine pertussique en structure A-B est une exotoxine protéique qui a une activité cytosolique et dermonécrotique : - Une sous unité B (binding) qui sert à la fixation - Une sous unité A active qui sera internalisé • • Incubation pouvant être silencieuse allant de 1 à 3 semaines : toux sans fièvre • Phase 1 d’invasion où la contagiosité est majeure, marquée par une toux et des cathares (phénomène inflammatoire au niveau de la sphère ORL) pendant 10 jours • Phase 2 d’état où la toux vient par quintes • Phase 3 de convalescence : hyper-réactivité bronchique avec une toux non quinteuse durant plusieurs semaines Clinique • • • Risque vital chez nourrisson <6mois : Coqueluche maligne septique induisant une SDRA (syndrome de détresse respiratoire) et une hyperlymphocytose Lors d’une suspicion de coqueluche chez un moins de 3 mois, une hospitalisation est conseillée. Chez l’adulte toute toux prolongée(>1 semaine doit faire évoquer le diagnostic de coqueluche) Page 1/11 • Diagnostic • Traitement • • • • • • • Prophylaxie • • Diagnostic direct : prélèvement par aspiration nasopharyngée, précoce par rapport aux signes cliniques (dans les trois premières semaines de toux), suivi par une PCR en temps réel. - La PCR est capable de détecter les deux bactéries responsables de la coqueluche - Demande spécifique à faire au laboratoire. Diagnostic indirect : sérodiagnostic (ni recommandé, ni remboursé) Réduire la contagiosité et écourter la symptomatologie Les betas lactamines sont inefficaces sur ces bactéries Utilisation de Macrolides : Azithromycine (3 jours) ou Clarithromycine (7 jours) Isolement du patient Antibioprophylaxie des cas contacts non vaccinés Vaccination (associé au DTpolio) : acellulaire combinant toxine pertussique + hémagglutinine +/pertactine ne protégeant pas contre B.parapertussis. Série de M2,M4 en primo vaccination puis rappel à M11,6 ans et 11-13 ans, 25 ans, 45 ans , 65 ans puis tous les dix ans Il est fortement recommandé pour le personnel travaillant en pédiatrie, car il existe un risque nosocomial important et rappels chez tous les professionnels de santé Mise en place d’une stratégie de cocooning : rappel chez tous les adultes jeunes ayant un projet parental, en cas de grossesse dans la fratrie et chez le conjoint ainsi qu'en post partum. II. Définitions Pneumonie Aigue Communautaire (PAC) • • Infection aigue du parenchyme pulmonaire, d’acquisition communautaire (s’oppose à nosocomial) 500 000 cas/an Pneumonie nosocomiale • Survient moins de 48 h après le début de l’hospitalisation Pneumonie franche lobaire aigue Pneumonies atypiques • Infection aigue du parenchyme pulmonaire, caractérisée par un début brutal, et son caractère systématisé dans un lobe pulmonaire Pneumonies compliquées • Abcès pulmonaire • • - Infection du parenchyme pulmonaire dues aux germes dits « atypiques », intracellulaire Infection du parenchyme pulmonaire, associées à : Pleurésie Abcès Obstacle endobronchique Lésion cavitaire nécrotique Page 2/11 III. Pneumopathies bactériennes 4 types de de pneumopathies bactériennes : • Pneumopathie lobaire aiguë • Pneumopathie atypique • Bronchopneumopathie • Pneumopathie chronique à M.Tuberculosis On retrouve différentes formes cliniques, chacune impliquant plusieurs/différents germes • Aussi appelée pneumopathie franche lobaire aiguë (PFLA) - Correspond à l’atteinte systématisée d’un seul lobe au niveau radiologique comme clinique. • Germes en cause : - Pneumocoque : Streptococcus pneumoniae - Legionella pneumophila Pneumonie Lobaire aiguë • • Pneumopathie plus diffuse qui touche généralement les 2 poumons Germes en cause : - Mycoplasma pneumoniae - Chlamydophila pneumoniae - Chlamydophila psittaci • • Se retrouve souvent dans un contexte de surinfection avec des germes de la sphère ORL Germes en cause : - Pneumocoque (ORL) : Streptococcus pneumoniae - Haemophilus influenzae (ORL) - Bordetella pertussis (coqueluche) - Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus si mucoviscidose sous-jacente Pneumopathie atypique Broncho pneumopathie Pneumopathie chronique • • Mycobactérie responsable de la Tuberculose Mycobacterium du complex tuberculosis ou mycobactérie atypique 1. Diagnostic d’une pneumopathie • • • • • Signes infectieux : fièvre, asthénie Signes fonctionnels respiratoires : dyspnée, toux, secrétions purulentes, douleur au thorax Signes physiques traduisant une atteinte parenchyme - +/- complications : pleurésie, abcès Imagerie radiologique • Signe de gravité PAC -> score de CRB 65 - Confusion Fréquence respiratoire > 30 PASystolique < 90 mmHg ou PADiastolique < 60 mmHg Age (physiologique) > 65 ans Page 3/11 2. Diagnostic microbiologique des pneumopathies bactérienne • • • • Pricipaux agents rencontrées en fonction des situations cliniques et choix du type de prélèvement S. pneumoniae (le plus fréquent) M. pneumoniae, germes atypiques (2iéme en fréquence) Légionella spp. (3iéme en fréquence) • • Pas de signe de gravité : aucun examen microbiologique, prise en charge en ambulatoire Signe de gravité : examens nécessaires pour adapter l’antibiothérapie au germe • • Hémocultures répétées (+dans 30% des cas de pneumonies à pneumocoque) Examen cytobactériologique des crachats (ECBC) - Intérêt limité(sauf si BPCO et DDB car souvent contaminé par germes oropharyngés - Critère de qualité (Barlett) : > 25 polynucléaires par champ et < 10 cellules épithéliales par champ • • • • PCR syndromique multiplex sur prélèvement respiratoire+++ ou nasopharyngée si épidémie Ag urinaire legionelle (sérotype 1), (+ 3J après et jusqu’à 1 an) Ag urinaire pneumoccoque (si pneumopathies graves) PCR bactéries atypiques sur sécretions pulmonaires dans certaines pneumopaties atypiques Au minimum Selon le contexte • PAC necessisant une hospitalisation • Prelevement pulmonaire : - ECBC au minimum - Prélévement pulmonaire profond ( fibroscopie) : aspiration bronchique, LBA, brosssage distal protégé Dans tous les cas, aucun examen ne doit retarder la prise en charge thérapeutique et l’antibiothérapies Page 4/11 IV. Streptococcus pneumoniae • Germe • Cocci Gram + diplocoque, responsable d’une hémolyse incomplète sur gélose de sang : présence d’une hémolysine α. Remarque : sensibilité du pathogène aux sels biliaires et à l’optochine. Pouvoir pathogène • Le rôle du terrain est très important (immunodépression, éthylisme chronique et patients splénectomisés), d’où l’importance du vaccin. Pathogénie • Présence d’un facteur de virulence (la capsule) inhibant la phagocytose • • Prélèvements (sécrétions respiratoires, LBA et hémocultures) Recherche d’Ag solubles dans les urines (uniquement pour les formes graves) • Culture sur gélose de sang sous CO2 (avec pastille d’optochine) => obsolète • Pneumopathie Franche Lobaire Aigue • 86 Ag polysaccharidiques capsulaires différents Diagnostic bactério Diagnostic radiologique Structure antigénique • Traitement curatif Indications de la vaccination Traitement généralement probabiliste - Doit être actif sur S. pneumoniae car fréquent et gravité potentiel de l’infection pneumococcique • Sujet jeune sans comorbidités - Amoxicilline per os - Excellente diffusion dans le parenchyme pulmonaire, efficace même en cas de PSDP (sensibilité diminuée vis à vis de la pénicilline G) - En cas d’allergie à l’amoxicilline, les macrolides peuvent être utilisés • Sujet âgé avec comorbidités : - Amoxicilline+Ac. Clav ou ceftriaxone ou FDAP • PAC en Unité de Soins Intensifs : - C3G+macrolide ou lévofloxacine • Réévaluation à 48 h si échec • Avant 3 ans, les C3G par voies injectables sont privilégiées (sauf allergie croisée) • Enfant<2 ans • Adultes à risques élevés d’infection pneumococcique : - Asplénie - Déficit immunitaire héréditaire - Ttt immunosuppresseur - VIH - Chimio anti-cancéreuse - Greffes • Adultes à risques d’infection pneumococcique INVASIVE : - Insuffisant cardiaque, respiratoire ou rénale Hépatopathie chronique Diabète sous traitement ATCD de brèche ostéoméningée Page 5/11 V. Mycoplasma pneumoniae • • • • • Caractère bactériologique Classification • • Mycoplasme respiratoire : M. pneumoniae Mycoplasme urogénitaux : M. hominis Ureaplasma spp. , M. genitalium • • Clinique Diagnostic direct Diagnostic indirect Pathogénie Traitement VI. Bactérie sans paroi vraie (famille des mollicutes : mollis cutis). Non colorable au Gram-. Multiplication intracellulaire (donc naturellement R aux B-lactamines). Bactéries à croissance lente (7-14 jours) sur milieux spécifiques enrichis en cholestérol. Colonies observées à la loupe : aspect en œuf sur le plat pour M. pneumoniae. • Début progressif, toux sèche Cause importante de pneumopathie interstitielle (ou systématisée !) chez l’enfant et adulte jeune (10% pneumopathies) Manifestations extra respiratoires d’origine immunoallergique probable : o neurologiques : encéphalite, syndrome de Guillain-Barré, o cutanées: syndrome de Stevens-Johnson… • Les prélèvements doivent ramener des cellules auxquelles le mycoplasme adhère. • Les cultures classiques ne permettent pas la mise en évidence de ces bactéries • PCR sur sécrétions respiratoires (car site de multiplication primaire des bactéries) y compris dans les formes secondaires : sensible et rapide, dans labos spécialisés • Sérodiagnostic (pour formes extra-respiratoires) : détection d’IgM ++ et IgG • Attachement par des adhésines aux cellules de l’épithélium respiratoire et destruction des cellules ciliées → inflammation locale → bronchite, pneumopathie Macrolides (enfant) Macrolides, tétracyclines, quinolones (adulte) • • Chlamydia • • • Classification des chlamydiae : 3 espèces pathogènes chez l’homme Infections génitales et généralisées o Chlamydia trachomatis Infections pulmonaires o Chlamydophila pneumoniae (chlamydia pneumoniae); chlamydia psittaci Infection à chlamydia Page 6/11 • • Pathogénie et clinique • Les bactéries du genre chlamydia • • • • Chlamydophila pneumoniae : o pathogène strictement humain dont la transmission est directe, interhumaine et se fait par voie respiratoire o Clinique : pharyngite, sinusite, bronchite, pneumopathie Chlamydia psittaci : o Zoonose : la bactérie est répandue dans le monde animal (oiseaux, bovins et ovins), l'homme n'étant qu'un hôte occasionnel → Transmission des bactéries par aérosols o La psittacose désigne la maladie des perroquets, perruches et serins ainsi que la maladie humaine ; le terme « ornithose » concerne les maladies des oiseaux sauvages ou de bassecour. o La psittacose humaine donne lieu à une bronchopneumonie. Chlamydia trachomatis : o Cause possible de pneumopathie chez l’enfant (transmission par voie génitale de la mère à l’enfant au moment de la naissance (prévention obligatoire des infections oculaires) Bactérie à multiplication intracellulaire obligatoire, 25 fois plus petite que E. coli Ne poussent pas sur milieux gélosés acellulaires Culture des prélèvements sur cultures cellulaires (de type Mac Coy) : non réalisé en routine o Multiplication des bactéries sous forme d’inclusions à l’intérieur des cellules. Ces inclusions contiennent du glycogène o Mise en évidence par coloration des inclusions (au lugol par exemple) Diagnostic direct ++ : par amplification génique (PCR) Cycle complexe : • Forme de résistance dans le milieu extérieur = corps élémentaire • Forme de multiplication : corps réticulé → formation d’une inclusion • Développement de l’inclusion → lyse des cellules et diffusion de l’infection aux cellules adjacentes • Réactions inflammatoires locales importantes → lésions aiguës pouvant évoluer vers la chronicité, avec fibrose Cycle de multiplication Diagnostic Traitement • Direct : • Les cultures classiques sur milieux gélosés acellulaires ne permettent pas la mise en évidence de ces bactéries • Techniques de PCR : o Faites-en routine pour C. trachomatis (écouvillons et milieux de transport dédiés) o Possibles pour C. pneumoniae dans certains laboratoires Indirect : • Sérodiagnostic : possible mais problèmes de réactions non spécifiques ! • Macrolides (enfant) • Macrolides, tétracyclines, quinolones (adulte) Page 7/11 VII. Legionella pneumophilla et spp • Caractère bactériologique Clinique • • • • Diagnostic >50 espèces différentes, dont L. pneumophila : 90% formes cliniques. Autres espèces : L anisa, L. micdadei, L. longbeachae Bacille à Gram négatif, à multiplication intracellulaire préférentielle → bactéries non sensibles aux b-lactamines Pneumopathie de l’adulte Pneumopathie, fièvre de Pontiac, formes extra-pulmonaires fréquence des signes extra-pulmonaires associés souvent tardif → mortalité importante Direct : • • sur urines : o Recherche d’antigènes solubles dans les urines : o → Uniquement positif si légionellose à L. pneumophila sérogroupe 1 sur prélèvement respiratoire : o Demande spécifique à préciser au labo+++ o PCR sur sécrétions respiratoires (ou LBA ou liquide pleural) o Culture sur milieux spécifiques enrichis en Fer, cystéine (BCYE) o Culture lente (4 à 7 jours) o Indispensable pour études épidémiologiques Indirect : • Sérodiagnostic par IFI: titre >256 évocateur d’infection mais diagnostic rétrospectif Notification : Pathogénie • Maladie à déclaration obligatoire auprès de l’ARS Environnement contaminé : • Bactéries saprophytes des eaux. Capables de survivre et de se multiplier entre 4- 60°C • Multiplication des légionelles dans les amibes (réservoir naturel) • Diversité de l’environnement aquatique potentiellement contaminé (centres de cures thermales, systèmes de • ventilation, climatisation…) Page 8/11 Transmission de l’environnement à l’homme : • Inhalation de gouttelettes contaminées. • Multiplication et survie dans les macrophages alvéolaires • Pas de transmission interhumaine Terrain : • Rôle du terrain +++: immunodéprimés, corticothérapie Facteurs de virulence des bactéries : • Bactérie à multiplication intracellulaire (dans phagolysosome des macrophages alvéolaires) • • Traitement et prévention • Rappel : pas de sensibilité aux béta-lactamines! o Sensibilité aux fluoroquinolones (lévofloxacine), macrolides Prévention o Contrôle des procédures de ventilation et d’aérosols : utiliser uniquement de l’eau stérile o Surveillance réglementaire des réseaux d’eau dans les établissements accueillant du public o Seuil critique : <1000 UFC/L et <10 UFC/L si patients immunodéprimés Procédures proposées pour la “décontamination” des circuits o Chauffage régulier des circuits à 70°C, chloration Page 9/11 VIII. Infection à staphylococcus aureus producteur de Panton-Valentine (PVL) • • • Epidémiologie • • Seuls 2% des isolats de S. aureus produisent la PVL= leucocidine de Panton valentine Généralement SASM Récemment apparition d’une souche de SARM productrice de LPV et responsable d’infections communautaires graves chez le nourrisson Infections cutanées primitives nécrosantes : o Furoncles (86% des souches LPV+) o Abcès cutanés primitifs (40%) o Panaris (20%) Pneumopathies primitives à S. aureus : o touchant le sujet jeune o Avec leucopénie o Forte mortalité Clinique • • Diagnostic et Traitement • • Diagnostic microbiologique o Recherche du gêne codant la PVL par PCR (sur souches de S. aureus ou directement sur prélèvements) Résistance aux antibiotiques o Se méfier des infections nécrosantes à S. aureus avec des souches uniquement résistantes à l’oxacilline et sensibles aux autres ATB ! Prise en charge thérapeutique o Spécifique++: nécessité d’utiliser des molécules avec activité anti-toxinique: o clindamycine, linezolide, rifampicine Conseils à donner aux patients (mesure d’hygiène ++) o Voir les Recommandations du Haut Conseil de la sante Publique: Conduite à tenir lors d’épisodes de cas groupés d’infections cutanées suppuratives liées aux souches de SARM Co Page 10/11 IX. Pneumopathie acquise sous ventilation mécanique • • Description de la maladie • • Une PAVM correspond à « toute pneumonie survenant chez un malade dont la respiration est assistée par une machine soit de manière invasive par l’intermédiaire d’un tube endotrachéal ou d’une trachéotomie, soit de manière non invasive par l’intermédiaire d’un masque facial ou d’un autre procédé dans les 48 heures précédant la survenue de l’infection ». Agents pathogènes o S. aureus o E. coli et autres entérobactéries o Pseudomonas aeruginosa Diagnostic microbiologique o Culture du prélèvement respiratoire o PCR multiplex : détection de plusieurs pathogènes → selon la gravité de l’état du patient Traitement o Selon l’agent pathogène QCM 1 A. Bordetella Pertussis est un cocci gram + B. La coqueluche n’est pas immunisante ce qui nécessite plusieurs rappels de vaccin C. Les betas lactamines sont utilisées pour traiter la coqueluche D. La gravité des Pneumonie Aigue Communautaire est calculé grâce au score CRB 65 E. Lors de pneumopathie bactérienne il n’est pas nécessaire de réaliser des hémocultures Correction QCM 1 A. FAUX : Bordetella Pertussis est un bacille gram – B. VRAI C. Faux : Ils sont inefficaces sur bordella pertussis ce qui nécessite l’utilisation de macrolides D. VRAI E. FAUX : Il faut au minimum réaliser plusieurs hémocultures et un examen cytobactériologique des crachats (ECBC) QCM 2 A. La bactérie micloplasma pneumonia n’est pas colorable au gramB. Mycoplasma pneumonia et legionella pneumophila ont une multiplication intracellulaire C. Legionella pneumophilaest sensible aux beta lactame D. Pour legionella, le diagnostic microbiologique se réalise grâce à la recherche d’antigènes solubles dans les urines E. Chlamydia et mycoplasma ont le même traitement Correction QCM 2 A. VRAI B. VRAI C. FAUX : Il est résistant ! D. VRAI E. VRAI Page 11/11