Diagnostic Microbiology (Lecture 7, 8, 9) PDF

Channel ID : @hu_5ks @hu5ks https://t.me/hu5ks https://t.me/hu5ks Lecture-7, 8, 9: Microbiological methods for identification of microorganisms: Microbiological methods for identification of microorganisms: Various methods used to identify organisms cultivated from pati...

Channel ID : @hu_5ks @hu5ks https://t.me/hu5ks https://t.me/hu5ks Lecture-7, 8, 9: Microbiological methods for identification of microorganisms: Microbiological methods for identification of microorganisms: Various methods used to identify organisms cultivated from patient specimens, associated with bacterial identification..‫ املرتبطة بتحديد البكتيريا‬,‫ طرق مختلفة تستخدم لتحديد الكائنات احلية املزروعة من عينات املرضى‬- The procedures for diagnosis of infectious diseases is as follows: 1. Direct examination of patient specimens. 2. Growth and cultivation of the agents from the specimens. 3. Analysis of the cultivated organisms to establish their identification and other pertinent characteristics such as susceptibility to antimicrobial agents..‫ الفحص املباشر لعينات املرضى‬-.‫ منو وزراعة العوامل من العينات‬-.‫ حتليل الكائنات احلية املزروعة لتحديد هويتها واخلصائص األخرى ذات الصلة مثل القابلية للعوامل املضادة للميكروبات‬- Macroscopic Observation: It provides useful information to both the microbiologist and the physician the macroscopic observation should include the following: ‫ توفر معلومات مفيدة لكل من عالم األحياء الدقيقة‬:‫اﻟﻤﻼﺣﻈﺔ اﻟﻌﯿﺎﻧﯿﺔ‬ :‫ يجب أن تتضمن املالحظة العيانية ما يلي‬,‫والطبيب‬ - Swab or aspirate. - Stool consistency (formed or liquid). - Blood or mucus present. - Volume of specimen. - Fluid—clear or cloudy. The gross examination also allows the processor to determine the adequacy of the specimen and the need for special processing. Areas of blood and mucus are selected for culture and direct microscopic examination. Anaerobic cultures may be indicated if gas, foul smell, or sulfur granules are present. ١  Microscopic Observation: Microscopy is defined as the use of a microscope to magnify (i.e., visually enlarge) Because most infectious agents cannot be detected with the unaided eye, microscopy plays a pivotal role in the laboratory. ‫ ﻓﺈن اﻟﻤﺠﮭﺮ ﯾﻠﻌﺐ دورا‬،‫ ﯾﻌﺮف اﻟﻤﺠﮭﺮ ﺑﺄﻧﮫ اﺳﺘﺨﺪام اﻟﻤﺠﮭﺮ ﻟﻠﺘﻜﺒﯿﺮ )أي اﻟﺘﻜﺒﯿﺮ ﺑﺼﺮﯾﺎ( ﻧﻈﺮا ﻷﻧﮫ ﻻ ﯾﻤﻜﻦ اﻛﺘﺸﺎف ﻣﻌﻈﻢ اﻟﻌﻮاﻣﻞ اﻟﻤﻌﺪﯾﺔ ﺑﺎﻟﻌﯿﻦ ﻏﯿﺮ اﻟﻤﺴﺎﻋﺪة‬:‫اﻟﻤﻼﺣﻈﺔ اﻟﻤﺠﮭﺮﯾﺔ‬.‫ﻣﺤﻮرﯾﺎ ﻓﻲ اﻟﻤﺨﺘﺒﺮ‬ Types of Microscope are: 1. Bright-field microscopy (also known as light microscopy) Many bacteria are difficult to see well because of their lack of contrast with the surrounding medium. Dyes (stains) can be used to stain cells or their organelles and increase their contrast so that they can be more easily seen in the bright-field microscope. ‫اجملهر مشرق اجملال )املعروف أيضا باسم اجملهر الضوئي( من الصعب رؤية العديد من البكتيريا بشكل جيد بسبب‬ ‫ ميكن استخدام األصباغ )البقع( لتلطيخ اخلاليا أو عضياتها وزيادة تباينها بحيث‬.‫عدم تباينها مع الوسط احمليط‬.‫ميكن رؤيتها بسهولة أكبر ف مجهر اجملال الساطع‬ 2. The phase-contrast microscope was developed to improve contrast differences between cells and the surrounding medium, making it possible to see living cells without staining them; with bright-field microscopes, killed and stained preparations must be used. ‫ مما يجعل من املمكن رؤية‬,‫ت تطوير مجهر التباين الطوري لتحسي اختالفات التباين بي اخلاليا والوسط احمليط‬.‫ يجب استخدام املستحضرات املقتلة وامللطخة‬,‫اخلاليا احلية دون تلطيخها; مع مجاهر اجملال الساطع‬ 3. Dark-field this technique has been particularly useful for observing organisms such as Treponema pallidum, a spirochete that is smaller than 0.2 µm in diameter and therefore cannot be observed with a bright-field or phase-contrast microscope. ‫ ﻣﯿﻜﺮوﻣﺘﺮ ﻓﻲ اﻟﻘﻄﺮ‬0.2 ‫ أﺻﻐﺮ ﻣﻦ‬spirochete ‫ وھﻮ‬،Treponema pallidum ‫اﻟﻤﺠﺎل اﻟﻤﻈﻠﻢ ﻛﺎﻧﺖ ھﺬه اﻟﺘﻘﻨﯿﺔ ﻣﻔﯿﺪة ﺑﺸﻜﻞ ﺧﺎص ﻟﻤﺮاﻗﺒﺔ اﻟﻜﺎﺋﻨﺎت اﻟﺤﯿﺔ ﻣﺜﻞ‬.‫وﺑﺎﻟﺘﺎﻟﻲ ﻻ ﯾﻤﻜﻦ ﻣﻼﺣﻈﺘﮫ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪام ﻣﺠﮭﺮ اﻟﻤﺠﺎل اﻟﺴﺎطﻊ أو ﺗﺒﺎﯾﻦ اﻟﻄﻮر‬ 4. Fluorescence microscopy is widely used in clinical diagnostic microbiology. For example, the fluorochrome auramine O, which glows yellow when exposed to ultraviolet light, is strongly absorbed by the cell envelope of Mycobacterium tuberculosis, the bacterium that causes tuberculosis. When the dye is applied to a specimen suspected of containing M. tuberculosis and exposed to ultraviolet light, the bacterium can be detected by the appearance of bright yellow organisms against a dark background. ٢ ‫ اﻟﺬي ﯾﺘﻮھﺞ ﺑﺎﻟﻠﻮن اﻷﺻﻔﺮ ﻋﻨﺪ‬،O ‫ ﯾﺘﻢ اﻣﺘﺼﺎص أوراﻣﯿﻦ اﻟﻔﻠﻮروﻛﺮوم‬،‫ ﻋﻠﻰ ﺳﺒﯿﻞ اﻟﻤﺜﺎل‬.‫ﯾﺴﺘﺨﺪم اﻟﻤﺠﮭﺮ اﻟﻔﻠﻮري ﻋﻠﻰ ﻧﻄﺎق واﺳﻊ ﻓﻲ ﻋﻠﻢ اﻷﺣﯿﺎء اﻟﺪﻗﯿﻘﺔ اﻟﺘﺸﺨﯿﺼﯿﺔ اﻟﺴﺮﯾﺮﯾﺔ‬ M. ‫ ﻋﻨﺪﻣﺎ ﯾﺘﻢ ﺗﻄﺒﯿﻖ اﻟﺼﺒﻐﺔ ﻋﻠﻰ ﻋﯿﻨﺔ ﯾﺸﺘﺒﮫ ﻓﻲ أﻧﮭﺎ ﺗﺤﺘﻮي ﻋﻠﻰ‬.‫ اﻟﺒﻜﺘﯿﺮﯾﺎ اﻟﺘﻲ ﺗﺴﺒﺐ اﻟﺴﻞ‬،‫ ﺑﻘﻮة ﺑﻮاﺳﻄﺔ ﻏﻼف ﺧﻠﯿﺔ اﻟﻤﺘﻔﻄﺮة اﻟﺴﻠﯿﺔ‬،‫ﺗﻌﺮﺿﮫ ﻟﻸﺷﻌﺔ ﻓﻮق اﻟﺒﻨﻔﺴﺠﯿﺔ‬.‫ ﯾﻤﻜﻦ اﻛﺘﺸﺎف اﻟﺒﻜﺘﯿﺮﯾﺎ ﻣﻦ ﺧﻼل ظﮭﻮر ﻛﺎﺋﻨﺎت ﺻﻔﺮاء زاھﯿﺔ ﻋﻠﻰ ﺧﻠﻔﯿﺔ داﻛﻨﺔ‬،‫ وﺗﺘﻌﺮض ﻟﻸﺷﻌﺔ ﻓﻮق اﻟﺒﻨﻔﺴﺠﯿﺔ‬tuberculosis 5. Differential Interference Contrast Microscope (DIC) :Structures, such as spores, vacuoles, and granules, appear three dimensional. DIC microscopy is particularly useful for observing unstained cells because of its ability to generate images that reveal internal cell structures that are less apparent by bright- field techniques. ‫ ثالثية‬,‫ مثل اجلراثيم والفراغات واحلبيبات‬,‫ تظهر الهياكل‬:(DIC) ‫اجملهر التبايني للتداخل التفاضلي‬ ‫ مفيد بشكل خاص ملراقبة اخلاليا غير امللطخة بسبب قدرته على توليد صور تكشف‬DIC ‫ اجملهر‬.‫األبعاد‬.‫عن هياكل اخلاليا الداخلية األقل وضوحا من خالل تقنيات اجملال الساطع‬ 6. The Electron Microscope :There are two types of electron microscopes in general use: - The transmission electron microscope (TEM), which has many features in common with the light microscope; - The scanning electron microscope (SEM). is particularly useful for providing three dimensional images of the surface of microscopic objects. 7. Scanning Probe Microscopes : A new class of microscopes, called scanning probe microscopes, measures surface features by moving a sharp probe over the object’s surface. ‫ ميزات السطح عن طريق حتريك مسبار حاد فوق سطح‬,‫ تسمى مجاهر مسبار املسح الضوئي‬,‫ تقيس فئة جديدة من اجملاهر‬:‫مجاهر مسبار املسح الضوئي‬.‫اجلسم‬ ٣ Direct and Indirect Smears : 1. A direct smear is a preparation of the primary clinical sample received in the laboratory for processing. A direct smear provides a mechanism to identify the number and type of cells present in a specimen, including white blood cells, epithelial cells, and predominant organism type.. ,‫ توفر اللطاخة املباشرة آلية لتحديد عدد ونوع اخلاليا املوجودة ف العينة‬.‫املسحه املباشرة هي إعداد للعينة السريرية األولية املستلمة ف اخملتبر للمعاجلة‬.‫مبا ف ذلك خاليا الدم البيضاء واخلاليا الظهارية ونوع الكائن احلي السائد‬ 2. Indirect smear :organisms obtained after purification or growth on artificial media. Indirect smears may include preparation from solid or semisolid media or broth. Care should be taken to ensure the smear is not too thick when preparing the slide from solid media. ‫ قد تشمل املسحات غير املباشرة‬.‫ الكائنات احلية الدقيقة التي يتم احلصول عليها بعد التنقية أو النمو على وسائط صناعية‬:‫املسحة غير املباشرة‬.‫ يجب توخي احلذر لضمان أن ال تكون املسحة سميكة جدًا عند حتضير الشريحة من الوسائط الصلبة‬.‫التحضير من وسائط صلبة أو شبه صلبة أو من املرق‬ Staining : A specimen must contain at least 105 organisms per milliliter before it is likely that organisms will be seen on a smear. Liquid medium containing 105 organisms per milliliter does not appear turbid to the eye. Specimens containing 102–103 organisms per milliliter produce growth on solid media, there are many types of stains, each with specific applications. 105 ‫ ﻻ ﯾﺒﺪو اﻟﻮﺳﻂ اﻟﺴﺎﺋﻞ اﻟﺬي ﯾﺤﺘﻮي ﻋﻠﻰ‬.‫ ﻛﺎﺋﻨﺎت ﺣﯿﺔ ﻟﻜﻞ ﻣﻠﻠﯿﻠﺘﺮ ﻗﺒﻞ أن ﯾﻜﻮن ﻣﻦ اﻟﻤﺤﺘﻤﻞ أن ﺗﻈﮭﺮ اﻟﻜﺎﺋﻨﺎت اﻟﺤﯿﺔ ﻋﻠﻰ اﻟﻠﻄﺎﺧﺔ‬105 ‫ﯾﺠﺐ أن ﺗﺤﺘﻮي اﻟﻌﯿﻨﺔ ﻋﻠﻰ ﻣﺎ ﻻ ﯾﻘﻞ ﻋﻦ‬ ‫ وﻟﻜﻞ ﻣﻨﮭﺎ ﺗﻄﺒﯿﻘﺎت‬،‫ وھﻨﺎك اﻟﻌﺪﯾﺪ ﻣﻦ أﻧﻮاع اﻟﺒﻘﻊ‬،‫ ﻛﺎﺋﻨﺎت ﺣﯿﺔ ﻟﻜﻞ ﻣﻠﻠﯿﻠﺘﺮ ﻧﻤﻮا ﻋﻠﻰ اﻟﻮﺳﺎﺋﻂ اﻟﺼﻠﺒﺔ‬103-102 ‫ ﺗﻨﺘﺞ اﻟﻌﯿﻨﺎت اﻟﺘﻲ ﺗﺤﺘﻮي ﻋﻠﻰ‬.‫ﻛﺎﺋﻨﺎت ﺣﯿﺔ ﻟﻜﻞ ﻣﻠﻠﯿﻠﺘﺮ ﻋﻜﺮا ﻟﻠﻌﯿﻦ‬.‫ﻣﺤﺪدة‬ Simple stains are directed toward coloring the forms and shapes present, differential stains are directed toward coloring specific components of the elements present, diagnostic antibody or DNA probe–mediated stains are directed specifically at identification of an organism. ,‫ يتم توجيه البقع البسيطة نحو تلوين األشكال واألشكال املوجودة‬- ,‫ يتم توجيه البقع التفاضلية نحو تلوين مكونات محددة من العناصر املوجودة‬-.‫ يتم توجيه األجسام املضادة التشخيصية أو البقع بوساطة مسبار احلمض النووي على وجه التحديد إلى حتديد الكائن احلي‬- ٤ Staining techniques: - Structural details of bacteria cannot be seen under light microscope due to lack of contrast. Hence, it is necessary to use staining methods to produce color contrast and thereby increase the visibility. Before staining, the fixation of the smear to the slide is done.. ‫ من الضروري استخدام طرق التلوين إلنتاج تباين األلوان‬,‫ وبالتالي‬.‫ال ميكن رؤية التفاصيل الهيكلية للبكتيريا حتت اجملهر الضوئي بسبب عدم وجود تباين‬..‫ يتم تثبيت اللطاخة على الشريحة‬,‫ قبل التلوين‬.‫وبالتالي زيادة الرؤية‬ There are two types of fixation as follows: 1. Heat fixation: It is usually done for bacterial smears by gently flame heating an air-dried film of bacteria. This adequately preserves overall morphology but not structures within the cells. ‫ هذا يحافظ بشكل كاف على التشكل‬.‫ عادة ما يتم ذلك لللطخات البكتيرية عن طريق تسخي لهب بلطف فيلم من البكتيريا اجملفف بالهواء‬:‫تثبيت احلرارة‬.‫العام ولكن ليس الهياكل داخل اخلاليا‬ 2. Chemical fixation: It can be done using ethanol, acetic acid, mercuric chloride, formaldehyde, methanol and glutaraldehyde. They are used to protect the fine internal structure of the cells. This is useful for examination of blood smears. The fixed smear is stained by appropriate staining technique. ‫ يتم استخدامها‬.‫ ميكن القيام به باستخدام اإليثانول وحمض اخلليك وكلوريد الزئبق والفورمالديهايد وامليثانول والغلوتارالدهيد‬:‫التثبيت الكيميائي‬ ‫ يتم صبغ اللطاخة الثابتة بتقنية التلوين املناسبة‬.‫ هذا مفيد لفحص مسحات الدم‬.‫حلماية البنية الداخلية الدقيقة للخاليا‬ Common staining techniques used on microbiology: Simple stain: Basic dyes, such as methylene blue or basic fuchsin are used as simplestains. They provide the color contrast, but impart the same color to all the bacteria in a smear. ‫ لكنها تعطي نفس اللون‬،‫ توفر هذه األصباغ تباينًا لونيًا‬.‫ مثل أزرق امليثيلني أو الفوشني القاعدي كصبغات بسيطة‬،‫ تُستخدم األصباغ القاعدية‬:‫ الصبغة البسيطة‬.‫لجميع البكتيريا املوجودة في اللطاخة‬ Negative staining: A drop of bacterial suspension is mixed with dyes, such as India ink or nigrosin. The background gets stained black whereas unstained bacterial/yeast capsule stand out in contrast. It is very useful in the demonstration of bacterial/yeast capsules which do not take up simple stains. ‫ يتم صبغ الخلفية باللون األسود بينما تظهر الكبسولة البكتيرية أو‬.‫ يتم خلط قطرة من معلق البكتيريا مع أصباغ مثل حبر الهند أو النيجروسني‬:‫ الصبغ السلبي‬.‫ يكون هذا الصبغ مفيدًا جدًا في إظهار الكبسوالت البكتيرية أو الفطرية التي ال تلتقط الصبغات البسيطة‬.‫الفطرية غير املصبوغة بشكل بارز ومتناقض‬ Impregnation methods: Bacterial cells and structures that are too thin to be seen under the light microscope, are thickened by impregnation of silver salts on their surface to make them visible, e.g. for demonstration of bacterial flagella and spirochetes. ٥ ‫ يتم تثخني الخاليا البكتيرية والهياكل التي تكون رفيعة جدًا بحيث ال تُرى تحت املجهر الضوئي عن طريق تشريب أمالح الفضة على سطحها‬:😂 ‫ طرق التشريب‬.‫ مثل استخدام هذه الطريقة إلظهار األسواط البكتيرية واللولبيات‬،‫لجعلها مرئية‬ Differentialstain:two stainsare used which impart different colors to different bacteria or bacterial structures, which help in differentiating bacteria. The most commonly employed differential stains are: ‫ تُعد الصبغات‬.‫ مما يساعد في التمييز بني البكتيريا‬،‫ تُستخدم صبغتان تُضفيان ألوانًا مختلفة على البكتيريا أو الهياكل البكتيرية املختلفة‬:‫ الصبغة التفاضلية‬ :‫التفاضلية األكثر شيوعًا هي‬ 1. Gram stain: It differentiates bacteria into gram positive and gram negative groups (G+ or G- bacteria) 2. Acid-fast stain: It differentiates bacteria into acid fast and nonacid fast groups 3. Chromatic granules from other bacteria that do not have them. Single Enzyme Tests (biochemical tests): - Several tests are commonly used to determine the presence of a single enzyme. These tests usually provide rapid results because they can be performed on organisms already grown in culture.. ‫ ﻋﺎدة ﻣﺎ ﺗﻮﻓﺮ ھﺬه اﻻﺧﺘﺒﺎرات ﻧﺘﺎﺋﺞ ﺳﺮﯾﻌﺔ ﻷﻧﮫ ﯾﻤﻜﻦ إﺟﺮاؤھﺎ ﻋﻠﻰ اﻟﻜﺎﺋﻨﺎت اﻟﺤﯿﺔ اﻟﺘﻲ ﻧﻤﺖ‬.‫ﺗﺴﺘﺨﺪم اﻟﻌﺪﯾﺪ ﻣﻦ اﻻﺧﺘﺒﺎرات ﻋﺎدة ﻟﺘﺤﺪﯾﺪ وﺟﻮد إﻧﺰﯾﻢ واﺣﺪ‬. ‫ﺑﺎﻟﻔﻌﻞ ﻓﻲ اﻟﺰراﻋﺔ‬ Catalase Test - The enzyme catalase catalyzes the release of water and oxygen from hydrogen peroxide (H2O2 _ catalase H2O _O2); its presence is determined by direct analysis of a bacterial culture. The rapid production of bubbles when bacterial growth is mixed with a hydrogen peroxide solution is interpreted as a positive test. H2O ‫ _ اﻟﻜﺎﺗﺎﻻز‬H2O2) ‫ﯾﺤﻔﺰ إﻧﺰﯾﻢ اﻟﻜﺎﺗﺎﻻز إطﻼق اﻟﻤﺎء واﻷﻛﺴﺠﯿﻦ ﻣﻦ ﺑﯿﺮوﻛﺴﯿﺪ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻦ‬ ‫ ﯾﻔﺴﺮ اﻹﻧﺘﺎج اﻟﺴﺮﯾﻊ‬.‫_(؛ ﯾﺘﻢ ﺗﺤﺪﯾﺪ وﺟﻮده ﻋﻦ طﺮﯾﻖ اﻟﺘﺤﻠﯿﻞ اﻟﻤﺒﺎﺷﺮ ﻟﻠﺜﻘﺎﻓﺔ اﻟﺒﻜﺘﯿﺮﯾﺔ‬O2.‫ﻟﻠﻔﻘﺎﻋﺎت ﻋﻨﺪ ﺧﻠﻂ اﻟﻨﻤﻮ اﻟﺒﻜﺘﯿﺮي ﺑﻤﺤﻠﻮل ﺑﯿﺮوﻛﺴﯿﺪ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻦ ﻋﻠﻰ أﻧﮫ اﺧﺘﺒﺎر إﯾﺠﺎﺑﻲ‬ - Oxidase Test Cytochrome oxidase participates in electron transport and in the nitrate metabolic pathways of certain bacteria. ‫اﺧﺘﺒﺎر أوﻛﺴﯿﺪﯾﺰ ﯾﺸﺎرك اﻟﺴﯿﺘﻮﻛﺮوم أوﻛﺴﯿﺪﯾﺰ ﻓﻲ ﻧﻘﻞ اﻹﻟﻜﺘﺮوﻧﺎت وﻓﻲ اﻟﻤﺴﺎرات‬.‫اﻷﯾﻀﯿﺔ ﻟﻠﻨﺘﺮات ﻟﺒﻌﺾ اﻟﺒﻜﺘﯿﺮﯾﺎ‬ - Testing for the presence of oxidase can be performed by flooding bacterial colonies on the agar surface with 1% tetramethylp- phenylenediamine dihydrochloride. Alternatively, a sample of the bacterial ٦  colony can be rubbed onto filter paper impregnated with the reagent.A positive reaction is indicated by the development of a purple color. ‫ ميكن فرك عينة من املستعمرة‬,‫ بدال من ذلك‬.‫ من رباعي ميثيل فينيلينديامي ثنائي هيدروكلوريد‬%1 ‫ميكن إجراء اختبار وجود أوكسيديز عن طريق إغراق املستعمرات البكتيرية على سطح أجار بنسبة‬.‫ يشار إلى رد الفعل اإليجابي من خالل تطور اللون األرجواني‬.‫البكتيرية على ورق الترشيح املشرب بالكاشف‬ Indole Test: The enzyme tryptophanase are able to degrade the amino acid tryptophan into pyruvic acid,ammonia, and indole. Indole is detected by combining with an indicator Kovac’s reagent), which results in a pink to red color formation..‫ إنزي التربتوفاناز قادر على حتلل احلمض األميني التربتوفان إلى حمض البيروفيك واألمونيا واإلندول‬-.‫ مما يؤدي إلى تكوين اللون الوردي إلى األحمر‬,(‫ يتم اكتشاف اإلندول عن طريق اجلمع مع مؤشر كاشف كوفاك‬- Urease Test: - Urease hydrolyzes the substrate urea into ammonia, water, and carbon dioxide. The presence of the enzyme is determined by inoculating an organism to broth (Stuart’s urea broth) or agar (Christensen’s urea agar) containing urea as the primary carbon source followed by detecting the production of ammonia. ‫ ﯾﺘﻢ ﺗﺤﺪﯾﺪ وﺟﻮد اﻹﻧﺰﯾﻢ ﻋﻦ طﺮﯾﻖ ﺗﻠﻘﯿﺢ اﻟﻜﺎﺋﻦ اﻟﺤﻲ إﻟﻰ ﻣﺮق )ﻣﺮق اﻟﯿﻮرﯾﺎ ﺳﺘﯿﻮارت( أو أﺟﺎر )أﺟﺎر اﻟﯿﻮرﯾﺎ ﻛﺮﯾﺴﺘﻨﺴﻦ( اﻟﺬي‬.‫ﯾﺤﻠﻞ اﻟﯿﻮرﯾﺎز اﻟﺮﻛﯿﺰة اﻟﯿﻮرﯾﺎ إﻟﻰ اﻷﻣﻮﻧﯿﺎ واﻟﻤﺎء وﺛﺎﻧﻲ أﻛﺴﯿﺪ اﻟﻜﺮﺑﻮن‬.‫ﯾﺤﺘﻮي ﻋﻠﻰ اﻟﯿﻮرﯾﺎ ﻛﻤﺼﺪر أﺳﺎﺳﻲ ﻟﻠﻜﺮﺑﻮن ﻣﺘﺒﻮﻋﺎ ﺑﺎﻟﻜﺸﻒ ﻋﻦ إﻧﺘﺎج اﻷﻣﻮﻧﯿﺎ‬ - Ammonia increases the pH of the medium so its presence is readily detected using a pH indicator. Change in medium pH is a common indicator of metabolic process and, because pH indicators change color with increases (alkalinity). ‫ اﻟﺘﻐﯿﺮ ﻓﻲ اﻟﺮﻗﻢ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻨﻲ اﻟﻤﺘﻮﺳﻂ ھﻮ ﻣﺆﺷﺮ ﺷﺎﺋﻊ ﻟﻌﻤﻠﯿﺔ‬.‫ﺗﺰﯾﺪ اﻷﻣﻮﻧﯿﺎ ﻣﻦ اﻟﺮﻗﻢ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻨﻲ ﻟﻠﻮﺳﻂ ﺑﺤﯿﺚ ﯾﺘﻢ اﻛﺘﺸﺎف وﺟﻮدھﺎ ﺑﺴﮭﻮﻟﺔ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪام ﻣﺆﺷﺮ اﻟﺮﻗﻢ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻨﻲ‬.(‫ وﻷن ﻣﺆﺷﺮات اﻟﺮﻗﻢ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻨﻲ ﺗﻐﯿﺮ اﻟﻠﻮن ﻣﻊ اﻟﺰﯾﺎدات )اﻟﻘﻠﻮﯾﺔ‬،‫اﻟﺘﻤﺜﯿﻞ اﻟﻐﺬاﺋﻲ‬ - The urease test helps identify Proteus spp., and other important bacteria such as Corynebacterium urealyticum and Helicobacter pylori. Oxidation and Fermentation Tests: Bacteria utilize of carbohydrates (e.g., sugar or sugar derivatives) and protein substrates. Oxidation-fermentation determinations are usually accomplished using a special semisolid medium (oxidative fermentative [O-F] medium) that contains low concentrations of peptone and a single carbohydrate substrate such as glucose. ‫ ﻋﺎدة ﻣﺎ ﯾﺘﻢ ﺗﺤﻘﯿﻖ ﺗﺤﺪﯾﺪات اﻷﻛﺴﺪة واﻟﺘﺨﻤﯿﺮ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪام وﺳﻂ ﺷﺒﮫ ﺻﻠﺐ ﺧﺎص )وﺳﻂ اﻟﺘﺨﻤﯿﺮ‬.‫ﺗﺴﺘﺨﺪم اﻟﺒﻜﺘﯿﺮﯾﺎ اﻟﻜﺮﺑﻮھﯿﺪرات )ﻣﺜﻞ اﻟﺴﻜﺮ أو ﻣﺸﺘﻘﺎت اﻟﺴﻜﺮ( ورﻛﺎﺋﺰ اﻟﺒﺮوﺗﯿﻦ‬.‫[( ﯾﺤﺘﻮي ﻋﻠﻰ ﺗﺮﻛﯿﺰات ﻣﻨﺨﻔﻀﺔ ﻣﻦ اﻟﺒﯿﺒﺘﻮن ورﻛﯿﺰة واﺣﺪة ﻣﻦ اﻟﻜﺮﺑﻮھﯿﺪرات ﻣﺜﻞ اﻟﺠﻠﻮﻛﻮز‬O-F] ‫اﻟﺘﺄﻛﺴﺪي‬ ٧  The glucose fermentative or oxidative capacity is generally used to separate organisms into major groups (e.g., Enterobacteriaceae are fermentative; Pseudomonas spp. are oxidative). Amino Acid Degradation: The amino acid substrates most often tested include lysine, tyrosine, ornithine, arginine, and phenylalanine. (The indole test for tryptophan cleavage is presented.) Decarboxylases cleave the carboxyl group from amino acids so that amino acids are converted into amines; lysine is converted to cadaverine, and ornithine is converted to putrescine. ‫( ﯾﺸﻖ‬.‫ )ﯾﺘﻢ ﺗﻘﺪﯾﻢ اﺧﺘﺒﺎر اﻹﻧﺪول ﻻﻧﺸﻘﺎق اﻟﺘﺮﺑﺘﻮﻓﺎن‬.‫ﺗﺸﻤﻞ رﻛﺎﺋﺰ اﻷﺣﻤﺎض اﻷﻣﯿﻨﯿﺔ اﻟﺘﻲ ﯾﺘﻢ اﺧﺘﺒﺎرھﺎ ﻓﻲ أﻏﻠﺐ اﻷﺣﯿﺎن اﻟﻠﯿﺴﯿﻦ واﻟﺘﯿﺮوزﯾﻦ واﻷورﻧﯿﺜﯿﻦ واﻷرﺟﯿﻨﯿﻦ واﻟﻔﯿﻨﯿﻞ أﻻﻧﯿﻦ‬.‫ وﯾﺘﻢ ﺗﺤﻮﯾﻞ اﻷورﻧﯿﺜﯿﻦ إﻟﻰ ﺑﻮﺗﺮﯾﺴﯿﻦ‬،‫اﻟﺪﯾﻜﺮﺑﻮﻛﺴﯿﻞ ﻣﺠﻤﻮﻋﺔ اﻟﻜﺮﺑﻮﻛﺴﯿﻞ ﻣﻦ اﻷﺣﻤﺎض اﻷﻣﯿﻨﯿﺔ ﺑﺤﯿﺚ ﯾﺘﻢ ﺗﺤﻮﯾﻞ اﻷﺣﻤﺎض اﻷﻣﯿﻨﯿﺔ إﻟﻰ أﻣﯿﻨﺎت؛ ﯾﺘﻢ ﺗﺤﻮﯾﻞ اﻟﻠﯿﺴﯿﻦ إﻟﻰ ﻛﺎداﻓﯿﺮﯾﻦ‬ Because amines increase medium pH, they are readily detected by color changes in a pH indictor indicative of alkalinity. Decarboxylation is an anaerobic process that requires an acid environment for activation, the amino acid substrate of interest (i.e., lysine, ornithine, or arginine), and a pH indicator. ‫ إزاﻟﺔ اﻟﻜﺮﺑﻮﻛﺴﯿﻞ ھﻲ‬.‫ ﯾﺘﻢ اﻛﺘﺸﺎﻓﮭﺎ ﺑﺴﮭﻮﻟﺔ ﻋﻦ طﺮﯾﻖ ﺗﻐﯿﺮات اﻟﻠﻮن ﻓﻲ ﻣﺆﺷﺮ اﻟﺮﻗﻢ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻨﻲ اﻟﺬي ﯾﺸﯿﺮ إﻟﻰ اﻟﻘﻠﻮﯾﺔ‬،‫ﻧﻈﺮا ﻷن اﻷﻣﯿﻨﺎت ﺗﺰﯾﺪ ﻣﻦ اﻟﺮﻗﻢ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻨﻲ اﻟﻤﺘﻮﺳﻂ‬.‫ وﻣﺆﺷﺮ اﻟﺮﻗﻢ اﻟﮭﯿﺪروﺟﯿﻨﻲ‬،(‫ ورﻛﯿﺰة اﻷﺣﻤﺎض اﻷﻣﯿﻨﯿﺔ ذات اﻻھﺘﻤﺎم )أي اﻟﻠﯿﺴﯿﻦ أو اﻷورﻧﯿﺜﯿﻦ أو اﻷرﺟﯿﻨﯿﻦ‬،‫ﻋﻤﻠﯿﺔ ﻻھﻮاﺋﯿﺔ ﺗﺘﻄﻠﺐ ﺑﯿﺌﺔ ﺣﻤﻀﯿﺔ ﻟﻠﺘﻨﺸﯿﻂ‬ Complementary diagnostic methods are API test and VITEK system: There are some non-traditional methods for identification of pathogens or their products include: 1. Molecular testing. 2. Saliva based testing. 3. Chromogenic testing. 4. Rapid immunochromatographic testing. All these tests are expensive and not used as ordinary laboratory tests. ٨