Bal.docx

Temat 3 **Jaki gen od mukowiscydozy?** CFTR -- co 23 osoba w Polsce jest nosicielem, szansa choroby 1:2500 **Kiedy ryzyko choroby genetycznej jest większe od populacyjnego?** Rodziny ryzyka genetycznego, kazirodztwo, wiek rodziców (z Downa), czynniki mutagenne u obojga rodziców te same **Co jes...

Temat 3 **Jaki gen od mukowiscydozy?** CFTR -- co 23 osoba w Polsce jest nosicielem, szansa choroby 1:2500 **Kiedy ryzyko choroby genetycznej jest większe od populacyjnego?** Rodziny ryzyka genetycznego, kazirodztwo, wiek rodziców (z Downa), czynniki mutagenne u obojga rodziców te same **Co jest powodem tego że niektóre populacje mają częściej dane choroby genetyczne?** Bariery geograficzne, izolacja **Jaka jest częstość chorób jednogenowych i za co odpowiada ta częstość?** Żywo urodzeni -- 1%, śmierci noworodków -- 7%, 70% hospitalizacji dzieci, 80% pieniędzy szpitala **Choroby genetyczne/grupy etniczne** **Wymień przykładowe choroby recesywne** **Mukowiscydoza --** płuca **Fenyloketonuria --** intelekt **brak alfa-1-antytrypsyny --** wątroba, rozedma **galaktozemia --** psychoruchowo i wątroba **tay-sachs** -- ślepota, mózg HEXA, spichrzeniowa **Wymień przykładowe autosomalnie dominujące:** - **Hipercholesterolemia rodzinna** -- LDLR, żółtaki, mało receptorów LDL - **wielotorbielowatość nerek,** - **Huntingtona --** pląsawica, mózg, plejotropia, niepełna penetracja(zależy od wieku) - **achondroplazja --** karłowatość nieproporcjonalna(duża głowa mała reszta), trójzębne dłonie FGFR3(4ch) -- czynnik wzrostu fibroblastów chrząstki gain of function, pełna penetracja **Dziedziczone z płcią:** **DMD --** kaczkowaty chód, ruszanie się Xp21, delecja **Hemofilia A, FRAX** **Jak określa się prawdopodobieństwo defektu chorób powiązanych** Rodowód, dziedziczenie, częstość w populacji, biochemicznie -- blok metaboliczny, hodowla amniocytów, analiza białek **Kiedy zaczynamy używać metody analizy DNA?** Gdy klasyczne techniki -- analizy immuno i enzymatyczna nie dają rady np. Huntington ujawnia się u dorosłych a fajnie wiedzieć wcześniej **Na czym będzie polegała diagnostyka molekularna przyszłości?** Określenie predyspozycji zapisanej w genach na choroby przez co będziemy mogli eliminować czynniki ryzyka, dzięki **markerą molekularnych** -- analiza jak choroba będzie przebiegać **W czym pokładane są największe nadzieje w leczeniu chorób genetycznych** Somatyczna terapia genowa **Jak brzmi pierwsze i drugie prawo Mendla?** **Pierwsze --** powstająca gameta dostaje po jednym allelu od starych **drugie --** dot sposobu: segregacja alleli jest niezależna i przypadkowa **Jakie mechanizmy powodują że prawo Mendla będzie do wyjebania?** - **Sprzężenie genów(**allele są jakby związane i przechodzą zawsze razem 2forU**)** - **Dziedziczenie z X** - **Cechy wieloczynnikowe -- kompleksowe** - **Dziedziczenie mtDNA** - **Przekazywanie chorób pionowych --** dziedziczone od rodziców przez np. łożysko - **Piętno genomowe** **W jaki sposób umiejscowienie genu wpływa na sposób dziedziczenia?** Autosom -- autosomalnie X -- X, mtDNA **Jak nazywamy choroby dziedziczone autosomalnie recesywnie i dlaczego tak to nazywamy?** **Poziome --** występują raczej wśród rodzeństwa a nie dziecko-rodzic (na drzewie gene. Poziomo ) **Kiedy mamy doczynienia z chorobami dominującymi** Albo rodzic jest chory, albo mutacja de novo **Jakie są cechy charakterystyczne dla chorób dominujących:** - **Zmienna ekspresja** -- chorzy w rodzinie mają różną siłę objawów - **Niepełna penetracja --** cechy fenotypowe nieobecne pomimo allelu - **Mozaikowatość germinalna --** zjebane geny tylko w części komórek **Co się składa na cechy wieloczynnikowe** Zmienności genetyczne kompleksowe -- wiele genów, zmienności środowiskowe, polimorfizmy -- drobne różnice w przepisie **Co nam udowadnia choroba wieloczynnikowa jak chodzi o rodzinę?** Fakt, że w rodzinie występują dane predyspozycje do chorobowości **Czym charakteryzują się choroby mitochondraline** - **Specyficzność tkankowa --** w mięśniach jest dużo mitochondriów - **Nasilenie wraz z wiekiem** - **Objawy gdy ponad 85% mit zepsute** Temat 9.3 **Gdzie znajdują się geny odpowiedzialne za cechę kompleksową** Regiony niekodujące -- modyfikują funkcje tych genów **Mechanizmy w chorobach kompleksowych mutacji** SNP, CNV, ins/del, współdziałanie wariantów **W jaki sposób można sklasyfikować choroby kompleksowe** Cechy jakościowe = dyskretne -- 0/1 -- jest cecha albo jej nie ma Cechy ilościowe = ciągłe -- parametry mierzalne -- wzrost iQ... **Jaki będzie przykład gdy rozpoznanie choroby będzie się opierało i o cechy jakościowe i ilościowe?** Astma atopowa -- IgE -- ilościowa, obecność kaszlu, duszności świsty -- jakościowe **Czym jest i na czym polega EPISTAZA?** Współdziałanie wielu genów z różnych loci -- jeden gen wpływa na ujawnienie drugiego **Jak rozkładają się cechy wieloczynnikowe w populacji** Jak krzywa Gausa -- najwięcej cech średnich **Na czym polega zjawisko korelacji wewnątrzrodzinnej** Im bardziej spokrewnieni -- tym większa zgodność cechy ilościowej(rodzice podobny wzrost do dzieci) **Jaka jest wielka trójka chorób kompleksowych=powszechnych?** 1. **Nowotwory** 2. **Sercowe** 3. **Psychiczne** **Jakie choroby kompleksowe mają największe znaczenie w okresie noworodkowym?** Izolowane wady wrodzone, bo potem astma otyłość nowotwory... **Co utrudnia względem chorób dziedziczonych mendlowsko analizę fenotypową chorób kompleksowych** Heterogenność -- różnorodność i złożoność choroby, może być różny stopień nasilenia objawów **Co jest kluczowe przy analizie chorób kompleksowych** Właściwy dobór probantów -- osoby muszą być losowe Uwzględnienie prawdopodobieństwa rejestracji **W jaki sposób odbywa się losowa(kompletna) selekcja i kiedy** Niezależna od fenotypu Dla cech dominujących i częstych **Kiedy i jak odbywa rejestracja niekompletna?** Cechy rzadkie i recesywne Rejestruje **probant** **Od czego zależy prawdopodobieństwo rejestracji** Najbardziej atrakcyjne do zbadania jest sytuacje gyd l probantów jest równa liczbie chorych bo nic nie wiemy o chorbie po analizie drzewa [\$\\mathbf{\\pi =}\\frac{\\mathbf{A}}{\\mathbf{R}}\$]{.math.inline} **, A --** liczba probantów **B --** liczba chorych w populacji **Co oznacz pi = 1 i pi = 0** **0 (selekcja pojedyncza)-- A =1, R-\> inf =\>** R proporcjonalne do pi, niemożliwe wyliczenie R **1(selekcja ucięta) --** rejestrowane są rodziny segregujące A=R, w sumie taki sam jak w przypadku gdy każdy jest zdrowy **W jakim celu rejestruje się rodziny** - **Czy choroba jest rodzinna i jaki to wzór segregacji** - **Czy wielogenowa** - **Czy sprzężona z markerem genetycznym** - **Czy działają środowiskowe czynniki** - **Czy można określić czynniki mutagenne** **Czym jest odziedziczalność** Mówi nam o tym jaka część cehcy jest przez środowisko a jaka przez geny 0% -\> 100% środowisko **Po co bada się osoby niespokrewnione** Asocjacja(określenie jak jest powiązany gen z cechą) między chorobą wieloczynnikową a polimorfizmem genu **Do czego służy analiza segregacyjna** Określenie modelu dziedziczenia Sprawdza się ile jest chorych i porównuje się do tego ile powinno być **Jakie są warunki analizy segregacyjnej?** Polimorfizm cechy, heterozygotyczny rodzic, posiadanie dzieci z przynajmniej jednym chorym **Czym jest sprzężenie genetyczne?** Gdy dwa loci są na tym samym chromosomie w małej odległości Niewielka szansa rekombinacji między nimi -- przechodzą jakby były jednością **Jaka jest miara sprzężenia** Centymorgany (1 rekombinacja/100 mejoz) **Czym jest moc sprzężenie** **Prawdopodobieństwo sprzężenia/prawdopodobieństwo niesprzeżenia xd** **Co stosuje się do pomiaru mocy sprzężenia?** Logarytm lod score **Kiedy stosuje się test parametryczny i czym jest** Test zależny od modelu dziedziczenia Musimy znać model dziedziczenia, częstość alleli i ich penetracje Jeden rodzic musi być **podwójną heterozygotą** warunkującą ceche Predykcja ryzyka **Kiedy stosujemy test nieparametryczny** Gdy nie znamy modelu/w przypadku heterogenności **Po co badamy asocjację** Żeby określić powiązanie choroby z danym genem **Zaleta badnia asocjacji** Na podstawie badań populacyjnych Przypadek-kontrola **W jaki sposób dobiera się populacje w analizie asocjacji** **Unikanie stratyfikacji** -- uniknięcie dobrania populacji danej grupy etnicznej Homogenność w sensie etiologicznym i objawowym chorych **W jaki sposób dobiera się allel w analizie asocjacji?** Zastosowanie GWAS -- testu przesiewowego alleli Wybór alleli w których wiemy że mają powiązanie z chorobą **W jaki sposób przeprowadza sięanalizę asocjacji** **Iloraz szans =** **Względne ryzyko =** **Jakie są skutki odchylenia od równowagi na skutek sprzężenie?** Dodatnia wartość -- mocniejsze sprzężenie choroby z loci **Co służy pomiarowi tego jak środowisko wpływa na cechę kompleksową** Adoptowane rodzeństwo, badanie bliźniąt **Ile wspólnych alleli mają bliźnięta MZ ,krewni I, II, III** 1 ; ½ ; ¼ ; 1/8 **Jakie są modele dziedziczenia** - **Addytywny -- dla ilościowych** - **Progowy -- jakościowych, trzeba przekroczyć próg żeby cecha się ujawniła** Temat 9.6 **Ile mitochondriów plemnika a komórka jajowa?** **Jajowa --** 100k ,plemnik -- 50 **Dlaczego początkowo w oogenezie jest 20 mit** Efekt wąskiego gardłą -- selekcja lepszych mitochondriów **Dlaczego niektóre choroby mitochondrialne są dziedziczone w sposób mendlowski?** Białka niezbędne do procesów w MIT są częściowo kodowane w jądrze **Jakiego procesu najczęściej dotyczy wada w mitochondriach?** Fosforylacji oksydacyjnej **Jaki kształt ma mtDNA** Jest koliste i dwuniciowe 16,5k pz **Jaka struktura zastępuje nieobecne histony w mtDNA zabezpieczając ją** Opłaszczenie białkiem TFAM **Jakie ma funkcje białko TFAM** Opłaszcza mtDNA, jest czynnikiem transkrypcyjnym,reguluje liczbe kopii mtDNA(skryba = przepisywanie = kopiowanie) **Jaką formę tworzy mtDNA nawinięte na białka** Nukleoid połączony z wew błoną MIT **W jaki sposób replikowany jest mtDNA** - Niezależnie od cyklu komórkowego - Pod konreolą nDNA -- kodowane w jądrze są białka do replikacji mtDNA **Jakie białka biorą udział w replikacji mtDNA** - **Polimeraza ү** - **Helikaza TWINKLE** **W jakim miejscu rozpoczyna się replikacja mtDNA** Pętla D, początkowo replikacja jednej nici -- po osiągnięciu 2/3 wchodzi druga **Co kodowane jest w mtDNA** - **2x** rRNA - **22x** tRNA -- transkrypcja - **13x** białka 3 kompleksów oddechowych - **ATPazy** **Jaka jest zawartość mtDNA** Brak intronów, tylko jedna (**D loop**) pozagenowa, dwie nici z sekwencjami kodującymi ciężka **H** i lekka **L** **W jaki sposób zbudowana jest pętla D** Ma trzy obszary promotorwe **LSP** -- transkrypcja L, **HSP1** i **HSP2 --** transkrypcja H **W którym miejscu są te obszary promotorowe na pętli D** LSP i HSP2 -- obejmują całą długość - tRNAPhe HSP1 -- przy tRNALeu -- zawiera tRNAVal -- kodowanie rRNA **Co w mtDNA zamiast homo i heterozygoty?** Homoplazmia -- wszystkie mtDNA mają tą samąsekwencje Heteroplazmia -- mają różną sekwencje **Z jakimi genami kojarzona jest neuropatia wzrokowa Lebera = LHON** MT-ND1, MT-ND4, MT-ND6 MT-ND -- geny kodujące dehydrogenazy NADH **Co się dzieje podczas LHON** Następuje **utrata nerwu wzrokowego** **Teleangiektazja** -- poszerzają się naczynia wzrokowe w oku **Kto choruje na LHON** **Mężczyźni 5x częściej --** 50%penetracji u panów, niska penetracja **Z jakim genem powiązany jest zespół MELAS** MT-TL1 -- geny od tRNA -- transkrypcja **Czym objawia się zespół MELAS** Encefalopatia, kwasica mleczanowa, napady udaropodobne -- brak **leucyny** **Choroby mitochondrialne powiązane z MT-TL1** MELAS, miopatia, cukrzyca z głuchota -- typu II, niedosłuch odbiorczy **Zespół MERRF jaki gen** MT-TK -- koduje tRNA dla lizyny **Objawy MERRF** padaczka miokloniczna z poszarpanymi czerwonymi włóknami (mutacja w tRNA przenoszącym lizynę) **Z jakimi chorobami i czym jest mutacja MT-ATP6** Zespół NARP i Leigha Kodują podjednostki ATPazy **Objawy NARP i LEIGHA** NARP: choroba mitochondrialna osłabienie mięśni, barwnikowe zwyrodnienie siatkówki LEIGHA: podostra dziecięca encefalopatia martwicza, osłabienie mięśni **Zespół LEIGHA = MILS -- co jest przyczyną** Mutacja SURF1 i MT-ATP6, mutacje genów łańcucha oddechowego 1,2,4,5 **Jak nazywamy znaczny spadek liczby kopii mtDNA** Deplecja **Które mutacje mtDNA dziedziczymy od matki** mutacje punktowe **Mutacje DNA jaki efekt** Progowy **Jakie są najczęstsze mutacje mtDNA** Delecje **Jak można podzielić [jądrowe] geny wpływające na mtDNA** Gr pierwsza -- podjednostki fosforylacji, kompleks I i II, dehydrogenaza burszytnianowa Gr druga -- czynniki składania kompleksów i ATPazy, najwięcej związanych z NADH i oksydazą cytochromową **Jakie geny są związane ze składaniem kompleksu IV i jaka choroba i jak dziedziczony** SURF1 i SCO2 -- zespół LEIGHA, autosomalnie recesywnie **Jakie geny odpowiadają za utrzymanie liczby kopii mtDNA** POLG -- polimeraza gamma, padaczka, atraksja, choroba Alspera-Huttenlochera DGUOK -- kinaza deoksyguanozyny -- odzysk nukleotydów, wątrobowo-mózgowy zespół deplecyjny **Jak diagnozujemy choroby MIT** Czynność mięsni w elektromiologii, RM gowy -- Leigha, kwas mlekowy -- intensywność glikolizy **Diagnoza molekularna MIT** Długi PCR -- delecje + zestaw MLPA Sekwencjonowanie następnej generacji Bioptat z mięśni Zmiany mózgowo-wątrobowe -- bioptat z wątroby **Gen DNAJC30 co może powodować** Jest to gen jądrowy i wpływa na neuropatie Lebera **Koenzym Q10 choroba i leczenie** Zespół Lebera, podawanie idebenonu **Jakiej hipotezie pochodzenia człowieka dały MITOCHONDRIA** Out of africa -- pożegnanie z afryką **Mutacje MTDNA a nowotwór** nowotwór powstaje przez brak oddyhchania tlenowego, glikoliza **Zespół PEARSONA** Szpikowo-trzustkowy, niedokrwistość**sideroblastyczna, delecja** **Zespół Kearnsa-Sayre** Triada objawów: 1.oftalmoplegia(niedowład mięśni gałki ocznej) 2.zwyrodnienie barwnikowe siatkówki 3.obustronne opadanie powiek **Choroby powiązane z rearanżacjąmtDNA** - **Perasona** - **CPOE -- oftalmoplegia** - **Kearnsa-Sayre** Temat 11.2 **Czym co do obszaru zainteresowania różni się nutrigenetyka od nutrigenomiki** Nutrigenetyka dotyczy pojedynczych osób a nutrigenomika obejmuje całe populacje **Do czego wykorzystuje się nutriepigenetyke a do czego nutrigenomike** Nutrigenetyke -- zindywidualizowanie diety i ocena wrażliwośći osoby na składniki Nutrigenomike -- określenie jakie substancje jak będą działały na organizmy **Co wchodzi w zakres definicji składnika żywności** Wszystkie substancje w żywności te co są naturalnie i te dodane **Czym są składniki odżywcze** Podgrupa składników żywności, węgle tłuszcze białka witaminy woda i minerały **Czym są glikozydy i jakiej grupy składników są formą** Połączenie **glukoza+aglikon**, składają się na związki **antyoksydacyjne** **Jakie są elementy badania genomiki żywieniowej?** - Żywnościowe -- to co ma w sobie żywność - Żywieniowe -- to jak ktoś się odżywia - Genetyczne -- to na jakie geny wpływa **Receptory a smaki** - **T1R -- słodki i umami** - **T2R - gorzki** - **PKD1L3 PKD2L1 (kanały jonowe) - kwaśny** - **TRPV1 + ENAC - słony** - **CD36** -- tłuszczowy **W jaki sposób fakt że smaki są de facto zakodowane genetycznie wpływa na nawyki żywieniowe** Ludzie z rozwiniętym za nadto T2R nie będą jedli witaminy K i warzywa **Jakie związki dostarczają warzywa** Izotjocjaniany których prekursorami są glukozynolaty **Funkcje GSTT1** Produkuje silny przeciwutleniacz -- S-transferaze glutationową -- wspomaga usuwanie z moczem związków z siarką, zapobiega chorobą naczyniowym **Dla kogo zmutowany GSTT1 szczególnie niebezpieczny** Dla palaczy -- związki kancerogenne są wolno usuwane -- duże ryzyko raka **Zielona herbata -- związek/geny/funkcja genów/działanie** Składnikiem galusan i epikatechina, gen HER2 (wzrost komórek -- zapobieganie rozwojowi raka jajnika), P16(hamowanie metylotransferazy) **Czosnek jaki ma składnik i na jakie geny działa?** Merkaptan allilowy, gen P53 -- enzymy I fazy, zmniejsza działanie tych enzymów -- osłabienie kancerogenezy **Brokuły związek geny i ich działanie** Sulforafan, gen GSTT1 -- s-transferaza -- zapobieganie zwyrodnieniu tętnic **Soja związek geny działanie** Genisteina i dzadzeina, P53, niszczenie zmutowanych komórek, [przemiana estrogenó] **Kurkuma skłądni i gen na jaki działa** Kurkumina, COX2, udział w stanach zapalnych i zapobieganie alzheimera przez beta-amyloid **Jakie produkty aktywują receptor TRPV1** Owoce **Ostra papryka i generalnie ostre rzeczy wpływ i jaki gen** Kapsaicyna, gen TRPV1, dzięki nim chudniemy bo jest termogeneza czyli nam ciepło **Do czego jest nam potrzebny wapń i jakie będą konsekwencje jego braku** W mitozie i segregacji chromosomów -- zaburzenia **Do czego potrzebujemy magnezu i co przez brak** Dla polimerazy DNA, mikortubul i naprawy DNA -- błędy w replikacji **Do czego nam żelazo** Reduktaza rybonukleinowa i cytochromy -- brak zdolności naprawy DNA **CYNK** Dysmutaza ponadtlenkowa, endonukleaza IV i P53 -- stres oksydacyjny **Selen** Metabolizm metioniny i antyoksydacja **Mangan** Składnik dysmutazy ponadtlenkowej -- uszkodzenie superoksydazy DNA **Jakie są ważne wskaźniki uwzględniane w zindywidualizowanej diecie** 1. **RDA --** recomended -- zaleane spożycie 2. **EAR --** średnie zapotrzebowanie grupy(E od estimated) 3. **AI** -- wystarczające spożycie **Który wskaźnik z powyższych ma najczęstsze zastosowanie** RDA **Czym jest górny poziom spożycia?** Największe spożycie składnika które jest safe **Co powoduje SNP MTHFR** Mthfr jest odpowiedzialny za metabolizm **folianów** (przekształca homocysteine z metioniny) **Co powoduje nieprawidłowe działąnie MTHFR** Wady cewy nerwowej, Alzheimer, uszkodzenie śródbłonka Trzeba brać kwas foliowy Kobiety w ciazy powinny jesc **Z czym związany jest APOE** VLDL i HDL **U których ludzi zawartośćLDL i APOB największa** APOE4 a najmniejsza u APOE2 Tematy ostatnie **Kiedy można wykryć choroby jednogenowe** 2 i 3 trymestr ciąży **Jak nazywa się baza danych chorób jednogenowych** OMIM **Czy wada wrodzona=choroba genetyczna** nie **Na czym polega tragedia thalidomidowa** Matki brały lek na rzyganie, który okazał się teratogenem **Jak nazywa się rejestr wad wrodzonych (konsorcja)** EUROCAT ECLAMC ICBDSR **Rejestr wad wrodzonych w Polsce** PRWWR -- członek EUROCAT