Secuenciación del ADN - Aidamalia Vargas L PhD - PDF

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Secuenciación del ADN Aidamalia Vargas L PhD. Agregue un pie de página TREY 1 re s e a rc h  Función Decodificación de secuencias genómicas o transcriptómicas Aidmalia Vargas L PhD. TREY 2 re s e a rc h Inventores Walter Gilbert y Frederick Sanger Agregue un pie de página TREY 3 re s e a rc h Secuenciaci Tecnología de Secuenciación de Maxam-Gilbert & Sanger ón del ADN Publicado en 1977 Tecnología de Secuenciación de Sanger “Método de terminación de cadena” “Método dideoxinucleotido” “Método de secuenciación por síntesis” Automatizada en 1995 Applied Biosystem ABI 370 TREY 4 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger H ADN TREY 5 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger TREY 6 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger TREY 7 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger H H TREY 8 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger ddG ddA ddT ddC TREY 9 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger TREY 10 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger TREY 11 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger ATCA X TREY 12 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger TREY 13 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger TREY 14 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger A AGC 200 a 400bp TREY 15 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger TREY 16 re s e a rc h Secuenciación: Método de Sanger automatizado 2 millones bp por día TREY 17 re s e a rc h  Secuenciación: Método de Sanger automatizado electroforesis capilar en gel Fragmentos de ADN terminadores con tintes fluorescente Los fluorocromos crean picos en el ordenador al ser detectados por el láser cromatogra ma A A C G T Secuencia recuperada TREY 18 re s e a rc h  Secuenciación de Última Generación NGS Agregue un pie de página TREY 19 re s e a rc h NGS Generalidades Las moléculas de ADN que Se han aislado millones de Las nuevas tecnologías, se desean secuenciar se fragmentos individuales de equipos y software permiten preparan en reacciones ADN y secuenciado en detectar los productos de “libres”, sin la necesidad de paralelo durante cada reacción resultantes de la ser clonadas en huéspedes ejecución o corrida. secuenciación a partir de microbianos. volúmenes de reacción extremadamente pequeños. Agregue un pie de página TREY 20 re s e a rc h NGS Ventajas Generación de millones de Mayor velocidad durante el No se necesita realizar “reads” cortos en paralelo proceso y bajo costo detección con la técnica de electroforesis Agregue un pie de página TREY 21 re s e a rc h Costo de la secuenciación a través del tiempo Agregue un pie de página TREY 22 re s e a rc h NGS Métodos utilizados Millones a billones en simultaneo Pirosecuenciación y/o Secuenciación por síntesis Secuenciación por Ión Torrent La secuenciación SOLiD (del inglés Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection) o Codificación con dos bases Secuenciación de moléculas individuales en tiempo real (SMRT) Agregue un pie de página TREY 23 re s e a rc h NGS Segunda generación: Secuenciación Illumina Etapas Agregue un pie de página TREY 24 re s e a rc h TREY 25 re s e a rc h TREY re s e a rc h Secuenciación de cuarta generación Una célula de flujo MinION contiene 512 canales con 4 nanoporos en cada canal, para un total de 2.048 nanoporos utilizados para secuenciar ADN o ARN. Los pozos se insertan en una membrana de polímero resistente eléctricamente apoyada por un conjunto de micro andamios conectados a un chipet Katara sensor. al., 2024 Agregue un pie de página TREY 27 re s e a rc h Secuenciación de cuarta generación Es capaz de secuenciar una sola molécula sin amplificación (ADN o ARN), permitiendo la síntesis en tiempo real y la secuenciación sin repeticiones del ciclo. La tecnología de Oxford Nanopore (ONT) Precio de 900 dólares, puede decodificar casi mil millones de bases de ADN en un cuarto de día. Katara et al., 2024 Agregue un pie de página TREY 28 re s e a rc h NGS Importancia a nivel social La capacidad de secuenciar genomas de forma rutinaria abre nuevas posibilidades en la investigación biológica y en aplicaciones biomédicas. Por ejemplo, la secuenciación de bajo costo es un paso hacia la medicina personalizada: un tratamiento médico a la medida de las necesidades de un individuo con base en las variantes génicas de su genoma. Agregue un pie de página TREY 29 re s e a rc h  Aidamalia VARGAS LOWMAN [email protected] Universidad de Panamá Agregue un pie de página TREY 30 re s e a rc h