Recombinante DNA Technologie en Restrictie-enzymen
48 Questions
0 Views

Choose a study mode

Play Quiz
Study Flashcards
Spaced Repetition
Chat to Lesson

Podcast

Play an AI-generated podcast conversation about this lesson

Questions and Answers

Wat is de functie van endonucleasen in de recombinante DNA technologie?

  • Ze markeren het DNA met methylgroepen om het te beschermen.
  • Ze binden nucleotiden aan elkaar om DNA te vormen.
  • Ze knippen DNA op specifieke locaties binnenin de keten. (correct)
  • Ze breken fosfodiësterbindingen tussen nucleotiden aan het uiteinde van de keten.

Waarom markeren bacteriën hun eigen DNA met methylgroepen?

  • Om het DNA te beschermen tegen UV-straling.
  • Om het onherkenbaar te maken voor restrictie-enzymen. (correct)
  • Om het DNA sneller te repliceren.
  • Om het DNA beter zichtbaar te maken tijdens experimenten.

Wat is een voorbeeld van een restrictie-endonuclease?

  • Topoisomerase
  • DNA polymerase
  • EcoRI (correct)
  • Reverse transcriptase

Welke sequentie herkent het restrictie-enzym EcoRI?

<p>GAATTC (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is het gevolg van de asymmetrische knip in de herkenningssequentie door EcoRI?

<p>Er ontstaan twee fragmenten met een 5’ overhang. (A)</p> Signup and view all the answers

Welke functie heeft de methylering van DNA in bacteriën?

<p>Het beschermen tegen restrictie-enzymen. (C)</p> Signup and view all the answers

Welke van de volgende enzymen herkent en knipt specifieke, korte DNA-sequenties?

<p>Endonuclease (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is het belangrijkste kenmerk van restrictie-enzymen?

<p>Ze herkennen specifieke sequenties in DNA. (B)</p> Signup and view all the answers

Wat is de functie van de antibioticum-resistentiegenen in gist-episomale plasmiden (YEp)?

<p>Ze helpen de plasmiden te repliceren in gistcellen. (C)</p> Signup and view all the answers

Welke van de volgende plasmiden heeft een centromeer en is daardoor mitotisch stabiel?

<p>YCp (A)</p> Signup and view all the answers

Welke auxotrofe mutatie kan gebruikt worden om gist te selecteren die leucine mist?

<p>LEU2 (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is een typisch kenmerk van Yeast Artificial Chromosomes (YACs)?

<p>Ze zijn in staat grote DNA-sequenties te kloneren. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er bij het knippen met SnaBI in het suppressor gen SUP4?

<p>Het suppressor gen wordt vernietigd. (C)</p> Signup and view all the answers

Welke van de volgende plasmiden zijn geen shuttlevectoren voor gist?

<p>Yeast Artificial Chromosomes (D)</p> Signup and view all the answers

Waarom gebruikt men geen antibiotica merkers in gist zoals in prokaryoten?

<p>Er zijn geen geschikte antibiotica beschikbaar voor gisten. (B)</p> Signup and view all the answers

Wat is een belangrijk kenmerk van YRp (Yeast replicating plasmids)?

<p>Ze zijn onstabiel in de cel. (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is de functie van exonucleases in DNA-verwerking?

<p>Ze verwijderen nucleotiden één voor één aan de uiteinden van DNA. (B)</p> Signup and view all the answers

Welke rol spelen ligasen in de DNA-replicatie?

<p>Ze verbinden DNA-moleculen door daarom een chemische binding te maken. (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is nodig om ligase te laten functioneren?

<p>ATP als co-substraat. (B)</p> Signup and view all the answers

Wat doet DNA topoisomerase I?

<p>Het knipt één streng van het DNA om supercoiling te verminderen. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is fosforylering?

<p>Het toevoegen van fosfaatgroepen aan een DNA-molecule. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is de belangrijkste rol van DNA-polymerasen?

<p>Ze synthetiseren nieuwe DNA-strengen. (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is de functie van terminaal deoxynucleotidyl transferase (TdT)?

<p>Het aanhechten van deoxynucleotiden aan het 3' OH einde van DNA (C)</p> Signup and view all the answers

Welke bewering over kinasen is juist?

<p>Ze voegen fosfaatgroepen toe aan de 5'-einde van DNA. (C)</p> Signup and view all the answers

Welke type recombinatie betreft de uitwisseling van genetisch materiaal tussen twee sterk gelijke moleculen?

<p>Homologe recombinatie (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is een kenmerk van T4 DNA ligase?

<p>Het wordt vaak gebruikt bij kloneringen. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat zijn de attL en attR sites?

<p>Zij zijn de resulterende hybridesites na integratie van het bacteriofaag DNA. (A)</p> Signup and view all the answers

Welke rol speelt het recombinase van bacteriofaag lambda in bacteriën?

<p>Het integreert faag DNA in het bacteriële genoom. (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is een kenmerk van plaatsspecifieke recombinatie?

<p>Uitwisseling op zeer specifieke plaatsen in het DNA. (A)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er wanneer de faag de lytische fase ingaat?

<p>De faag snijdt zichzelf uit het bacteriële DNA. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is de rol van Cre recombinase?

<p>Het werkt op de loxP site voor genetische manipulatie. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is een voorbeeld van DNA transpositie?

<p>Verplaatsing van een gen binnen het genoom. (C)</p> Signup and view all the answers

Welke functie heeft de cI repressor in de lysogene cyclus?

<p>Het tijdelijk uitschakelen van faag-genen. (A)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er met de cI repressor bij stijgende temperatuur?

<p>Het wordt inactief en laat de lytische cyclus toe. (B)</p> Signup and view all the answers

Wat is de rol van de cos-eindjes tijdens de infectie van een bacteriële cel?

<p>Ze maken het mogelijk dat het lambda-DNA lineair wordt. (C)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er met het lambda-DNA bij infectie van bacteriën?

<p>Het circulariseert door overlappende cos-eindjes. (A)</p> Signup and view all the answers

Welke van de volgende vormen van replicatie is eerst tijdens het replicatieproces van lambda-DNA?

<p>Theta replicatie. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is de functie van de specifieke enzymen tijdens het packaging proces?

<p>Ze knippen het DNA asymmetrisch en creëren cos-eindjes. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat wordt gevormd na het inpakproces bij de lytische cyclus?

<p>Een matuur faagdeeltje dat uit de bacterie wordt vrijgezet. (B)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er nadat het lambda-DNA is gerepliceerd en er kop- en staart-eiwitten zijn geproduceerd?

<p>Het packaging proces begint. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is de belangrijkste functie van de T-overhang aan de 5’ kant in een TA-vector?

<p>Het vergemakkelijken van de aanhechting van PCR-fragmenten. (C)</p> Signup and view all the answers

Waarom is de aanwezigheid van restrictieplaatsen nog steeds noodzakelijk in vectoren?

<p>Om het DNA-fragment uit de vector te kunnen verwijderen. (C)</p> Signup and view all the answers

Welke rol speelt het enzym topoisomerase in TA-topo klonering?

<p>Het ligateert DNA-fragmenten snel en efficiënt aan de vector. (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is de reden dat PCR-fragmenten niet lang kunnen worden opgeslagen?

<p>Ze worden snel afgebroken door enzymen. (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is een faagpromotor in het context van DNA-klonering?

<p>Een sequentie die transcriptie in bacteriën bevordert. (A)</p> Signup and view all the answers

Hoe wordt een PCR-fragment ingebouwd in een vector met TA-klonering?

<p>Door verbinding te maken met complementaire overhangende basen. (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is de functie van tussenvectoren in DNA-klonering?

<p>Voor de opslag van DNA-fragmenten. (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is een belangrijk element dat zorgt voor de zachtere behandeling van DNA in TA-topo klonering?

<p>De aanwezigheid van het topoisomerase-enzym. (A)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Endonucleasen

Enzymen die DNA en RNA moleculen knippen door fosfodiësterbindingen te verbreken tussen nucleotiden binnenin de keten.

Exonucleasen

Enzymen die DNA en RNA moleculen knippen door fosfodiësterbindingen te verbreken aan de uiteinden van de keten.

Ligasen

Enzymen die twee DNA-fragmenten aan elkaar plakken door een fosfodiësterbinding te vormen.

Restrictie-endonucleasen

Restrictie-endonucleasen herkennen specifieke korte DNA-sequenties (meestal palindromen) en knippen het DNA precies op die locaties.

Signup and view all the flashcards

Methylering van DNA

Bacteriën markeren hun eigen DNA door specifieke plaatsen te methyleren. Dit zorgt ervoor dat het eigen DNA onherkenbaar wordt voor restrictie-enzymen.

Signup and view all the flashcards

EcoRI restrictie-enzym

EcoRI herkent de sequentie GAATTC (in beide strengen van dsDNA) en knipt ter hoogte van deze sequentie. Er ontstaan twee fragmenten met een 5’ overhang.

Signup and view all the flashcards

5' overhang

De knip door EcoRI is asymmetrisch gepositioneerd in de herkenningssequentie, waardoor er twee fragmenten ontstaan met een 5' overhang.

Signup and view all the flashcards

Palindroom

Een herkenningssequentie die hetzelfde leest in beide richtingen (5' naar 3' en 3' naar 5').

Signup and view all the flashcards

Typen exonucleasen

Er bestaan 5'-3' exonucleasen die nucleotiden verwijderen vanaf het 5' einde en 3'-5' exonucleasen die nucleotiden verwijderen vanaf het 3' einde.

Signup and view all the flashcards

Proofreading door DNA polymerase

Sommige DNA polymerasen hebben een 3'-5' exonuclease activiteit, waardoor ze verkeerd ingebouwde nucleotiden kunnen verwijderen. Dit proces heet proofreading.

Signup and view all the flashcards

Verbinden van sticky ends

Ligasen kunnen sticky ends (met overlappende sequenties) verbinden, die eerst door basenparing aan elkaar plakken.

Signup and view all the flashcards

Energie voor ligase

Ligasen gebruiken ATP om de fosfodiësterbinding te sluiten en covalent te verbinden

Signup and view all the flashcards

Fosfaten (of fosforylasen)

Enzymen die een fosfaatgroep verwijderen van het 5' einde van een DNA molecule.

Signup and view all the flashcards

Recombinatie

Het proces waarbij twee DNA-moleculen met elkaar interageren en genetische informatie uitwisselen.

Signup and view all the flashcards

Plaatsspecifieke recombinatie

Een specifiek type recombinatie waarbij DNA-uitwisseling plaatsvindt op zeer specifieke plaatsen.

Signup and view all the flashcards

Recombinase

Een enzym dat betrokken is bij recombinatie, een proces waarbij DNA-moleculen met elkaar interageren en genetische informatie uitwisselen.

Signup and view all the flashcards

Homologe recombinatie

Een type recombinatie waarbij DNA-uitwisseling plaatsvindt tussen twee DNA-moleculen die sterk op elkaar lijken.

Signup and view all the flashcards

Lambda recombinase

Een speciaal type recombinase, afkomstig van de bacteriofaag lambda, dat een belangrijke rol speelt bij het integreren van DNA in het genoom.

Signup and view all the flashcards

Gist-Episomale Plasmiden (YEp)

Episomale plasmiden die repliceren in zowel bacteriën als gisten, met een E.coli replicatie-oorsprong en meerdere antibioticum-resistentiegenen.

Signup and view all the flashcards

ARS (Autonoom Replicerende Sequenties)

Sequenties in het gistgenoom die de start van DNA-replicatie initiëren.

Signup and view all the flashcards

YCp (Gist Centromeer Plasmiden)

Gist-plasmiden met een centromeer, waardoor ze stabieler zijn tijdens celdelingen.

Signup and view all the flashcards

YIp (Gist Integrerende Plasmiden)

Gist-plasmiden die integreren in het gistgenoom via homologe recombinatie.

Signup and view all the flashcards

YACs (Gist Kunstmatige Chromosomen)

Lineaire vectoren voor het kloneren van grote DNA-fragmenten, met centromeer- en telomeersequenties.

Signup and view all the flashcards

Auxotrofe Selectiemerkers in YACs

Auxotrofe selectiemerkers die coderen voor enzymen die essentiële voedingsstoffen synthetiseren, waardoor gisten met de YAC kunnen overleven.

Signup and view all the flashcards

SUP4 Suppressor

Een suppressor van het tyr-tRNA gen, aanwezig in bepaalde YACs.

Signup and view all the flashcards

SnaBI Restrictie-enzym

Een restrictie-enzym dat de SUP4-sequentie knipt, waardoor de suppressor-functie wordt vernietigd.

Signup and view all the flashcards

TA-klonering vector

Een kloneringsvector met een T-overhang aan de 5'-kant, gebruikt om PCR-fragmenten te kloneren zonder het gebruik van restrictie-enzymen.

Signup and view all the flashcards

TA-Topo klonering

Techniek die gebruik maakt van een TA-klonering vector en het enzym topoisomerase om DNA-fragmenten snel en efficiënt te kloneren.

Signup and view all the flashcards

Topoisomerase

Enzym dat zorgt voor de opening en sluiting van de DNA-streng, vandaar de naam 'recombinase'.

Signup and view all the flashcards

T7 & SP6 promotoren

Promotoren in vectoren die gebruikt worden om te controleren in welke richting een gen tot expressie gebracht wordt.

Signup and view all the flashcards

Tussenvectoren

Vectoren specifiek ontworpen om PCR-producten (DNA-fragmenten) op te slaan en te bewaren.

Signup and view all the flashcards

DNA-Assemblage

Een proces om meerdere DNA-fragmenten in een specifieke volgorde samen te stellen voor verdere analyse.

Signup and view all the flashcards

A-overhang bij PCR

Het enzym Taq polymerase produceert tijdens PCR altijd een A-overhang aan de 3' kant van het PCR-product.

Signup and view all the flashcards

Restrictieplaatsen voor fragment verwijdering

Restrictieplaatsen zijn essentieel om fragmenten uit een vector te kunnen verwijderen.

Signup and view all the flashcards

Wat is de cI857 mutatie?

De lysogene cyclus van een lambda faag wordt geactiveerd wanneer de cI repressor actief is. Dit eiwit onderdrukt de expressie van faaggenen. Sommige lambda vectoren hebben een mutatie in het cI repressor gen, waardoor het eiwit temperatuurgevoelig wordt. Deze mutatie wordt cI857 genoemd.

Signup and view all the flashcards

Hoe wordt de lytische cyclus bij een lambda faag met de cI857 mutatie geïnduceerd?

Een bacteriële stam die een lambda faag met de cI857 mutatie draagt, kan bij lage temperatuur gegroeid worden als lysogeen. Bij hogere temperatuur wordt de cI repressor inactief, waardoor de lytische cyclus wordt geactiveerd.

Signup and view all the flashcards

Wat zijn cos-eindjes?

De cos-eindjes van een lambda faag zijn overlappende sequenties aan de 5' kant van het DNA. Ze zijn complementair aan elkaar en zorgen ervoor dat het lineaire faag-DNA circulariseert tijdens de infectie van een bacteriële cel.

Signup and view all the flashcards

Hoe wordt het lambda faag-DNA gerepliceerd in de lytische cyclus?

Het circulair lambda faag-DNA wordt in de lytische cyclus gerepliceerd via een 'theta replicatie' mechanisme. Dit mechanisme is vergelijkbaar met de replicatie van plasmiden.

Signup and view all the flashcards

Wat is 'rolling circle' replicatie?

Na de theta replicatie schakelt de lambda faag over naar 'rolling circle' replicatie. Bij deze vorm van replicatie wordt de template DNA streng rondgedraaid, terwijl een lange lineaire DNA molecule wordt gemaakt. Deze molecule bevat meerdere kopieën van het lambda genoom, die van elkaar gescheiden zijn door cos-eindjes.

Signup and view all the flashcards

Hoe worden de 'kop' en 'staart' van het lambda faagdeeltje geproduceerd?

Tijdens de 'rolling circle' replicatie worden de 'kop' en 'staart' van het lambda faagdeeltje apart geproduceerd. De 'kop' is de structuur die het DNA zal bevatten, terwijl de 'staart' de basis vormt voor de faag.

Signup and view all the flashcards

Hoe wordt het lambda faag-DNA verpakt in de 'kop' van het faagdeeltje?

Specifieke enzymen herkennen de cos-sites op de multimere lineaire DNA molecule die tijdens de 'rolling circle' replicatie wordt geproduceerd. Deze enzymen knippen het DNA asymmetrisch, waardoor de cos-eindjes ontstaan. Het gebied tussen twee cos-eindjes wordt verpakt in de faagkop.

Signup and view all the flashcards

Hoe wordt het lambda faagdeeltje geassembleerd en vrijgegeven?

Na de verpakking in de 'kop' wordt de 'staart' aan het faagdeeltje gekoppeld. Het mature faagdeeltje verlaat de bacterie vervolgens via cellyse.

Signup and view all the flashcards

Study Notes

Samenvatting Gentechnologie 2024-2025

  • Dit is een samenvatting van de PowerPoint-presentaties en aantekeningen uit de lessen.
  • Er worden ook examenvragen opgenomen.
  • Auteur: Lauren Donche

Hoofdstuk 1: Enzymen uit recombinante DNA-technologie

  • Endonucleasen: Enzymen die DNA en RNA knippen door fosfodiësterbindingen te verbreken tussen nucleotiden binnen de keten.
    • Voorbeeld: restrictie-endonucleasen (specifieke DNA-sequenties knippen).
  • Restrictie-enzymen: Deze enzymen worden door bacteriën gebruikt om vreemd DNA te vernietigen.
    • Bacteriën beschermen hun eigen DNA door methylering.
    • Herkennen korte DNA-sequenties (palindromen).
    • Knippen precies op de locaties van de herkenningssequentie.
  • Exonucleasen: Enzymen die DNA en RNA knippen vanaf het einde (5'→3' of 3'→5') van de keten.
  • Ligasen: Enzymen die DNA-moleculen aan elkaar verbinden.
  • Fosfatasen en kinasen: Enzymen betrokken bij het toevoegen en verwijderen van fosfaatgroepen aan DNA.
  • DNA-polymerasen: Enzymen die nieuwe DNA-ketens synthetiseren.
  • Reserve transcriptase: Stukje RNA kopiëren naar DNA
  • Terminal deoxynucleotidyltransferase (TdT)
  • Topoisomerasen: controleren de supercoiling DNA, dit is een proces waarbij dubbelstrengig DNA zichzelf aan elkaar gaat wikkelen.
  • Recombinasen: Enzymen die DNA-moleculen met elkaar uitwisselen.

Hoofdstuk 2: Vectoren in kloneringen

  • Plasmiden: Circulaire, dubbelstrengige DNA-moleculen die zich buiten het chromosoom in bacteriën repliceren.
    • Kunnen genen bevatten met interessante eigenschappen (vb. resistentie tegen antibiotica).
    • Worden gebruikt als kloneringsvectoren.
  • Cosmiden: Plasmiden met cos-sites van bacteriofaag lambda.
    • Hogere kloneringscapaciteit dan plasmiden.
  • Bacteriofagen: Virussen die bacteriën infecteren.
    • Kunnen gebruikt worden als vectoren (zowel lineair of circulair).

Hoofdstuk 3: Moleculaire klonering

  • Universele klonering: Methoden om DNA-fragmenten in eukaryote of prokaryote cellen te kloneren zonder restrictie-enzymen.
  • TA-klonering: Methode waarbij DNA-fragmenten met één overhangende adenine (3'-A) aan de vector toegevoegd worden.
  • TA-topo klonering: Gebruikt topoisomerase.

Hoofdstuk 4: Universele klonering en DNA-assemblage

  • Gibson assembly: Techniek om meerdere DNA-fragmenten aan elkaar te linken met overlappende sequenties en enzymen: DNA-polymerase, DNA-exonuclease en DNA-ligase.
  • Golden Gate assembly: Methode die gebruik van type IIs-restrictie-enzymen maakt voor assemblage van DNA-fragmenten.

Hoofdstuk 5: Recombinante expressie in prokaryoten

  • Recombinante expressie: Expressie van een vreemd gen in een prokaryote cel.
  • Promotor: DNA-sequentie waar RNA-polymerase zich bindt om transcriptie te starten.
  • Shine-Dalgarno sequentie (RBS): Sequentie in prokaryotische mRNA die helpt met ribosoombinding.
  • Kozak sequentie: Sequentie in eukaryotische mRNA die helpt met ribosoombinding.

Hoofdstuk 6: Recombinante expressie in eukaryoten

  • Induceerbare en represseerbare systemen: Systemen die de expressie van een gen reguleren (vb. Lac-operon, tetracycline-operon).

Andere belangrijke informatie

  • Cos-einden: Overlappende uiteinden van sommige bacterieel bacteriofagen
  • Vector: Instrument dat een vreemd fragment kan dragen en repliceren in een cel
  • Transformatie/transfectie: Prokaryote cellen, en eventueel eukaryote (via verschillende methoden)
  • PCR: Polymerase chain reaction.

Studying That Suits You

Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.

Quiz Team

Related Documents

Samenvatting Gentechnologie (2024-2025) PDF

Description

Test je kennis over de rol van endonucleasen en restrictie-enzymen in de recombinante DNA-technologie. Dit quiz behandelt belangrijke concepten zoals methylering en de kenmerken van plasmiden en YACs. Ideaal voor studenten biotechnologie of moleculaire biologie.

More Like This

Use Quizgecko on...
Browser
Open
Browser
Browser