Purificación de Enzimas: Estrategias y Métodos

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Questions and Answers

¿Cuál es una de las características de los reactores de tanque agitado y flujo continuo (TAFC)?

  • No facilitan el reemplazo del catalizador.
  • Son difíciles de construir y controlar.
  • Permiten el uso exclusivo de sustratos líquidos.
  • Son de fácil construcción y control. (correct)

¿Qué se busca al ajustar la velocidad de flujo en un bio-reactor?

  • Maximizar la pérdida de catalizador.
  • Reducir la concentración de sustrato.
  • Dar tiempo a la enzima para transformar sustrato en producto. (correct)
  • Aumentar el volumen vacío del bioreactor.

¿Cuál de las siguientes opciones es una desventaja de los reactores de tanque agitado?

  • Pueden producir inhibición por producto. (correct)
  • Tienen un alto porcentaje de ocupación del catalizador.
  • No son adecuados para sustratos sólidos.
  • Permiten un mezclado deficiente de sustratos.

¿Qué tipo de reacciones son adecuados para los reactores de lecho empaquetado?

<p>Reacciones con sustratos sólidos o coloides. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es un método de eliminación de ácidos nucleicos mencionado?

<p>Desnaturalización (D)</p> Signup and view all the answers

Para evitar la pérdida de enzimas inmovilizadas en los reactores de tanque agitado, ¿qué se debe hacer?

<p>Aumentar la agitación para mejorar la difusión. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué efecto tiene un ajuste de pH mayor al pH isoeléctrico (pi) de una enzima?

<p>Los aminoácidos forman aniones (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es una limitación principal de los reactores de tanque agitado con respecto a la ocupación del catalizador?

<p>Solo un 2% del reactor está ocupado por el catalizador. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de bio-reactor se caracteriza por un sistema de retención de catalizador a través de filtros o sedimentación?

<p>Reactores de tanque agitado y flujo continuo. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de las siguientes sustancias es un detergente catiónico utilizado en la precipitación de ácidos nucleicos?

<p>Bromuro de cetrimetilamonio (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de los siguientes tipos de bio-reactores no se considera un reactor continuo?

<p>Reactores por lotes. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre la precipitación de proteínas es correcta?

<p>Depende del tipo de sal y su concentración (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué provoca la desnaturalización de los ácidos nucleicos?

<p>Un aumento en la viscosidad del medio (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de nucleasa se utiliza para la hidrólisis del ADN?

<p>Deoxinucleasa (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué efecto tiene la adición de sulfato amónico a una solución de enzimas?

<p>Disminuye la solubilidad de las proteínas no deseadas (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la función principal de las nucleasas?

<p>Hidrólisis de ácidos nucleicos hasta nucleótidos (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la primera etapa en el procedimiento de formación del enlace covalente?

<p>Activación de grupos funcionales (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de inhibidor puede impedir que el centro activo forme parte del enlace covalente?

<p>Inhibidor irreversible (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es una de las ventajas de la inmovilización enzimática mencionada?

<p>Manipulación sencilla de los derivados inmovilizados (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué reacción se realiza utilizando reactivos bifuncionales en el entrecruzamiento?

<p>Formación de enlaces covalentes entre las moléculas de enzima (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es un inconveniente de la inmovilización enzimática?

<p>Alteración de la estructura del centro activo (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de los siguientes reactivos no es considerado bifuncional para el entrecruzamiento?

<p>Sulfatos (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué efecto tiene la inmovilización enzimática en la carga de enzima según el contenido?

<p>La carga de enzima permanece constante (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ocurre en la formación de enlaces covalentes usando la propia enzima como soporte?

<p>Se resulta en una estructura tridimensional entrecruzada (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el principal componente que se encuentra en los bio-reactores de fibra hueca?

<p>Enzima inmovilizada o soluble (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es un parámetro clave para evaluar el rendimiento de un bio-reactor?

<p>Estabilidad (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué factor NO afecta la actividad de un bio-reactor?

<p>Tamaño de la planta (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué se entiende por estabilidad en un bio-reactor?

<p>Tiempo en que la actividad decae a la mitad (D)</p> Signup and view all the answers

La selectividad de un bio-reactor se refiere a:

<p>La proporción del producto deseado frente a otros productos (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué acción se toma cuando la estabilidad de un bio-reactor disminuye?

<p>Renovar la enzima (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el objetivo al trabajar con sustratos inestables en un bio-reactor?

<p>Evitar la creación de productos secundarios (B)</p> Signup and view all the answers

La actividad volumétrica en un bio-reactor implica medir:

<p>La cantidad de sustrato y producto por tiempo (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el principal objetivo de regular la velocidad de salida del producto en un reactor de tanque agitado con flujo continuo?

<p>Mantener el equilibrio entre la entrada de sustrato y la salida de producto. (D)</p> Signup and view all the answers

En los bio-reactores de lecho empaquetado, ¿qué ocurre si el tiempo de residencia del sustrato es insuficiente?

<p>El sustrato se volverá a recircular para su transformación adicional. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué caracteriza a los reactores de tanque agitado comparados con los bio-reactores de lecho empaquetado?

<p>Los reactores de tanque agitado son discontinuos y de mezcla total. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué método se usa para mantener el biocatalizador en un bio-reactor?

<p>Inmovilizar la enzima sobre un soporte. (C)</p> Signup and view all the answers

En un sistema de bio-reactores en serie, ¿cuál es una ventaja clave?

<p>Permite una mayor eficiencia en la conversión del sustrato. (B)</p> Signup and view all the answers

En el proceso de reciclar el sustrato en un bio-reactor, ¿cuál es un resultado esperado?

<p>Sería posible mejorar el porcentaje de conversión. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué debe hacerse si la corriente de producto en un reactor contiene sustrato?

<p>Se debe reducir la velocidad de entrada del sustrato. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es una función de la ultrafiltración en un bio-reactor con enzimas solubles?

<p>Permitir la salida del producto pero no del catalizador. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ocurre cuando hay una distribución de cargas del sustrato y soporte?

<p>Los sustratos con carga + son atraídos por los soportes con carga - (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué mide el coeficiente de partición?

<p>La concentración del sustrato en la solución frente a la concentración en la superficie de la enzima (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de los siguientes factores limita la disponibilidad de sustrato para la reacción?

<p>Agitación insuficiente (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué describe la velocidad de difusión de los sustratos según la ley de Fick?

<p>La velocidad de difusión hacia el interior del soporte (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de las siguientes es una resistencia externa que limita la difusión de sustrato?

<p>Insolubilidad del soporte en el medio de reacción (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué efecto tiene la capa de Nernst en la difusión del sustrato?

<p>Disminuye la concentración de sustrato alrededor de la enzima (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cómo se puede mejorar la velocidad de difusión del sustrato en un medio de reacción?

<p>Aumentando la agitación del sistema (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ocurre en una situación ideal de mezcla sin limitación de la difusión?

<p>Los parámetros cinéticos son idénticos a los de la enzima libre (A)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Eliminación de ácidos nucleicos

La eliminación de ácidos nucleicos es crucial en la purificación de enzimas, ya que estos contaminantes pueden afectar negativamente la viscosidad del medio y dificultar las manipulaciones.

Desnaturalización de ácidos nucleicos

La desnaturalización de los ácidos nucleicos implica la alteración de su estructura, lo que reduce su solubilidad y facilita su eliminación.

Precipitación de ácidos nucleicos

En la precipitación de ácidos nucleicos, se utilizan agentes que forman complejos con los grupos fosfato negativos de los ácidos nucleicos, provocando su precipitación.

Nucleasas

Las nucleasas son enzimas que descomponen los ácidos nucleicos en nucleótidos, facilitando su eliminación.

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Ajustes de pH para precipitar proteínas

El ajuste de pH es una técnica utilizada para precipitar proteínas al modificar su carga eléctrica y solubilidad.

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Punto isoeléctrico (pI)

El punto isoeléctrico (pI) de una proteína representa el pH específico en el que su carga eléctrica neta es cero, lo que afecta su solubilidad.

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Naturaleza anfotérica de las proteínas

Las proteínas son moléculas anfotéricas, lo que significa que pueden tener carga positiva, negativa o neutra dependiendo del pH del medio.

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Sulfato de amonio

El sulfato de amonio es una sal utilizada en la purificación de enzimas debido a su capacidad de precipitar selectivamente proteínas, concentrar enzimas y reducir el volumen de proteínas no deseadas.

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Reactores de tanque agitado y flujo continuo

Los reactores de tanque agitado y flujo continuo permiten una entrada constante de sustrato, su transformación en producto y una velocidad de salida del producto coincidente con la velocidad de entrada del sustrato.

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Tiempo de residencia en un reactor

El tiempo que el sustrato permanece dentro del reactor determina la cantidad de transformación en producto. Un tiempo de residencia corto puede resultar en un producto que todavía contiene sustrato.

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Reciclado en un reactor

El producto que no se ha transformado completamente puede volverse a introducir en el reactor (reciclado) para mejorar su transformación.

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Reactor de tanque agitado (discontinuo)

Los reactores de tanque agitado que son discontinuos de mezcla total se caracterizan por la mezcla completa del sustrato en el reactor.

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Reactor de tanque agitado y alimentación continua

Los reactores de tanque agitado y alimentación continua son bio-reactores continuos y de mezcla total.

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Bio-reactor de lecho empaquetado

En un bio-reactor de lecho empaquetado, el sustrato se coloca en contacto con un material sólido (el lecho) y luego se recircula.

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Bio-reactores en serie

Los bio-reactores pueden trabajar en serie, lo que significa que el producto de un reactor se introduce en otro reactor para completar su transformación.

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Bio-reactores: función del biocatalizador

En los bio-reactores, el biocatalizador se mantiene dentro del reactor. Se agrega una corriente de sustrato y se recolecta el producto a medida que se va produciendo.

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Bio-reactores de tanque agitado y flujo continuo (TAFC)

Un tipo de bio-reactor utilizado para transformar sustratos en productos mediante la acción de un catalizador. Es una vasija grande con un catalizador interno y un sistema para controlar el flujo de sustrato dentro y fuera del reactor.

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Ventajas de los bio-reactores TAFC

Un bio-reactor que permite el control preciso del flujo de sustrato y la concentración del mismo. Esto facilita la optimización de la producción del producto final. También se pueden usar para hacer bio-reactores en serie.

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Limitación del bio-reactor TAFC

Los bio-reactores TAFC tienen un gran volumen vacío, lo cual implica que solo una pequeña parte del reactor participa en la reacción. Esto limita la productividad global del proceso y el porcentaje de conversión.

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Reactores de lecho empaquetado

Son bio-reactores que utilizan una columna sólida con el catalizador inmovilizado. El sustrato fluye a través de la columna, donde se transforma en el producto final con la ayuda del catalizador.

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Ventajas de los reactores de lecho empaquetado

Su diseño permite el flujo continuo de sustrato a través del lecho, lo cual asegura que la reacción se lleve a cabo de manera eficiente y que se produce un producto de alta calidad.

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Reactores de lecho fluidificado

Un tipo de bio-reactor que utiliza partículas catalíticas suspendidas en un fluido. Estos bio-reactores se caracterizan por su rápida mezcla y alto rendimiento.

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Reactores de fibra hueca

Tipo de bio-reactor que utiliza membranas con poros microscópicos para separar el catalizador del sustrato. La enzima permanece dentro de los poros, se filtra el sustrato y el producto se difunde al exterior.

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Ventajas de los reactores de fibra hueca

Estos bio-reactores son ideales para reacciones con catalizador inmovilizado, ya que minimizan las limitaciones de difusión y aumentan la productividad. Son adecuados para reacciones con un alto porcentaje de conversión y poca pérdida de catalizador.

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Bio-reactores de fibra hueca

Un tipo de bio-reactor que utiliza unidades de ultrafiltración con enzimas inmovilizadas o solubles. El sustrato entra a través de fibras huecas, se filtra y genera el producto deseado. La enzima no sale, pero el sustrato y el producto sí.

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Actividad volumétrica

Parámetro que mide la cantidad de producto generado por unidad de volumen del reactor y tiempo de operación. Es deseable una alta productividad.

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Factores que afectan la actividad de un bio-reactor

Factores que afectan la actividad de un bio-reactor, como la temperatura de trabajo, la concentración de enzima y la actividad de la enzima (nativa e inmovilizada).

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Estabilidad del bio-reactor

Mide el tiempo que tarda la actividad del reactor en reducirse a la mitad del valor inicial. Se busca una alta estabilidad para evitar cambios frecuentes en el bio-reactor.

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Selectividad del bio-reactor

Indica la proporción del producto deseado frente al total de productos formados. Una alta selectividad significa que el sustrato se transforma principalmente en el producto deseado.

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Renovación de la enzima

Es el proceso de renovación de la enzima en un bio-reactor. Puede implicar separar la enzima del soporte y volverla a inmovilizar, o simplemente añadir más enzima.

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Inmovilización de enzimas

Proceso de inmovilización de una enzima a un soporte para mejorar su actividad y estabilidad. Se puede usar para controlar la actividad y reutilización de la enzima en el proceso.

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Cantidad de enzima en el soporte

La cantidad de enzima presente en el soporte afectará directamente la actividad del bio-reactor. Una mayor cantidad de enzima generalmente significa una mayor actividad.

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Coeficiente de partición

Es la concentración del sustrato en la superficie de la enzima inmovilizada en relación con la concentración del sustrato en la solución.

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Limitación de difusión

Fenómeno que limita la disponibilidad de sustrato para la reacción debido a la dificultad de difusión.

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Capa de Nernst

Capa delgada alrededor del soporte insoluble que dificulta la difusión del sustrato.

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Ley de Fick

Velocidad de la difusión del sustrato hacia el interior del soporte, que depende de la concentración y el área de la superficie.

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Limitación de la difusión externa

Frena el acceso del sustrato al catalizador inmovilizado, ralentizando la reacción.

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Limitación de la difusión interna

Impide la difusión del sustrato hacia el centro activo de la enzima.

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Agitación

Aumenta la mezcla del sustrato con la enzima, mejorando el acceso del sustrato al sitio activo.

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Aumento de la Km

El sustrato se une con menor afinidad a la enzima inmovilizada debido a la dificultad de difusión.

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Inmovilización covalente

La inmovilización covalente es un método para fijar enzimas a una superficie mediante la formación de enlaces covalentes entre los grupos funcionales de la enzima y la matriz. Estos enlaces son fuertes y permiten que la enzima esté firmemente adherida a la superficie.

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Inhibidor irreversible

Un inhibidor irreversible es un tipo de molécula que se une permanentemente al centro activo de una enzima, impidiendo su actividad. Esto ocurre mediante la formación de un enlace covalente entre el inhibidor y la enzima.

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Limitaciones de la inmovilización covalente

La inmovilización covalente no siempre es la mejor opción para todas las enzimas. Algunas enzimas, especialmente aquellas sensibles a cambios de pH o fuerza iónica, pueden verse afectadas negativamente por la inmovilización covalente, perdiendo su actividad.

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Reticulado/Entrecruzamiento

El reticulado o entrecruzamiento es una técnica de inmovilización de enzimas que no utiliza un soporte externo. En este método, se utilizan reactivos bifuncionales para crear enlaces covalentes entre diferentes moléculas de enzima, formando una red tridimensional.

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Reactivos bifuncionales para el reticulado

Los reactivos bifuncionales utilizados para el reticulado de enzimas son moléculas con dos grupos reactivos que pueden unirse a diferentes enzimas. Algunos ejemplos son dialdehídos, diiminoésteres, diisocianatos, sales de bisdiazonio y diaminas.

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Efectos del reticulado en la actividad enzimática

El reticulado de enzimas puede afectar su actividad, ya que los reactivos bifuncionales pueden unirse a regiones importantes de la enzima, incluyendo el centro activo, y así bloquear su función.

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Aplicaciones y limitaciones del reticulado

El reticulado de enzimas puede ser una técnica útil para mejorar la estabilidad y la reutilización de las enzimas, pero es importante considerar sus limitaciones, como la posibilidad de afectar su actividad y la necesidad de optimizar las condiciones para obtener la máxima eficacia.

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Study Notes

General Notes on Enzyme Purification

  • No universal purification strategy exists, as methods depend on enzyme characteristics, desired purity, and yield.
  • Enzyme characteristics (e.g., intracellular vs. extracellular, abundance) and purity/yield requirements dictate the purification approach.
  • Purification involves a series of steps: cell disruption, concentration (centrifugation, salting out, ultrafiltration), chromatography (ion exchange, hydrophobic interaction, gel filtration), and final concentration.
  • Monitoring protein amount and enzyme activity is crucial at each stage. Gel electrophoresis is used for this.
  • An example is chymosin production, using an E. coli K-12 strain with the prochymosin gene under trp promoter.

Techniques for Removing Solid Particles

  • Centrifugation: Used initially for large volumes, using continuous flow centrifuges to remove denser materials (cells, precipitates) from clarified liquid. Allows continuous operation.
  • Filtration: Removes solid particles from large volumes of liquid using a filter medium (e.g., diatomaceous earth, natural/synthetic materials). Filtration rate depends on pressure difference, liquid viscosity, and characteristics of the filter medium.

Techniques for Removing Nucleic Acids

  • Denaturation: Physical methods (e.g., high pH, low ionic strength) disrupt hydrogen bonds in DNA and RNA
  • Precipitation: Using chemical reagents (e.g., cesium chloride) that form complexes with nucleic acids for removal via centrifugation
  • Nucleases: Enzymes that degrade nucleic acids (DNA and/or RNA).

Precipitation/Concentration of Proteins

  • pH Adjustment: Adjusting pH to the isoelectric point (pI) of the protein causes it to lose its charge, leading to precipitation.
  • Salting-in: Low salt concentrations increase protein solubility by reducing electrostatic interactions.
  • Salting-out: High salt concentrations decrease protein solubility by competing with water molecules for hydration, increasing protein-protein interactions. Ammonium sulfate ( (NH₄)₂SO₄) is a common reagent used for this.

Solvent Methods for Protein Purification

  • Methods involving solvents (e.g., methanol, ethanol)
  • Need for low temperatures to avoid enzyme denaturation.
  • Not used routinely on a large scale due to hazard.

Techniques for Removing Nucleic Acids and High Molecular Weight Polymers

  • Removal of high molecular weight polymers (e.g., PEG, polyacrylic acid) is done by filtration or other separation.

General Notes on Chromatography Techniques

  • Ion-exchange: Separates proteins based on their net charge, using charged stationary phases (e.g., deae-cellulose).
  • Affinity: Uses a specific ligand bound to a matrix to isolate proteins that interact with that ligand.
  • Size-exclusion/Gel Filtration: Separates proteins based on size, using porous materials (e.g., Sephadex). Larger molecules elute first.
  • Hydrophobic interaction: Separates proteins based on hydrophobicity, using hydrophobic stationary phases.

Other Methods

  • Discontinuous Fractionation: Batch process used for fractionating proteins based on solubility differences.
  • Continuous methods: Used when high production rates are needed, for example, in bioreactors. It is characterized by a constant flow of materials (sustrates and products).

Bioreactors

  • Devices used for large-scale enzyme production.
  • Different types include stirred tank reactors, packed bed reactors, fluidized bed reactors, and hollow fiber reactors.
  • Key parameters for reactor design include pH and temperature control, gas exchange, solid particle handling, and biological stability of the products and substrates.

Evaluation of Bioreactor Performance

  • Parameters for evaluating bioreactor performance include activity (product yield per unit time), stability (reactor lifetime), and selectivity (desired product yield). Factors like temperature, concentration of enzymes, and other reactor parameters are crucial.

Enzyme Immobilization

  • Methods for fixing enzymes to a solid support (e.g., entrapment, adsorption, covalent binding).
  • Advantages include reusability, ease of separation from products, and stability.
  • Disadvantages include some loss of activity, cost consideration, complex process, and the possibility of the active site being altered.

Co-immobilized Enzymes

  • Combining multiple enzymes on a single support for multi-step reactions.
  • Advantages include high efficiency, reduced purification steps.
  • Disadvantages may include complex engineering to develop optimal conditions.

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