Microbiología Clínica y Genómica

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Questions and Answers

¿Qué es un electroferograma?

  • Un gráfico que muestra la cantidad de ADN en una muestra.
  • Una representación de la secuenciación de la DNA en tiempo real.
  • Un método de amplificación de ADN mediante PCR.
  • Un gráfico resultante de la fluorescencia emitida por ddNTPs en un capilar. (correct)

¿Cuál es una de las aplicaciones del Next Generation Sequencing (NGS) en microbiología clínica?

  • Análisis de la interacción entre virus y bacterias.
  • Estudio de la actividad metabólica de diversas cepas.
  • Detección de genes de resistencia a antibióticos. (correct)
  • Determinación de la estructura tridimensional de proteínas.

¿Cuál es la ventaja principal de la secuenciación masiva respecto a los métodos tradicionales?

  • Limita el análisis a una sola especie de microorganismo.
  • Permite estudiar solo un fragmento muy pequeño de ADN.
  • Disminuye el costo y el tiempo de análisis generando grandes cantidades de información. (correct)
  • Aumenta la complejidad de los datos obtenidos.

¿Qué información filogenética se obtiene de la secuenciación del genoma del SARS-CoV-2?

<p>Evolución temporal y divergencia en clados diferenciados del virus. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el papel de la plataforma @nextrain en el seguimiento de SARS-CoV-2?

<p>Recopilar y analizar la evolución y dispersión del virus a partir de genomas secuenciados. (A)</p> Signup and view all the answers

Cuál de las siguientes técnicas de diagnóstico se utiliza para observar la actividad metabólica de los órganos?

<p>PET-TC (C)</p> Signup and view all the answers

Qué procedimiento se debe seguir si se sospecha de alta contagiosidad al manipular una muestra de laboratorio?

<p>Aislar al paciente (A)</p> Signup and view all the answers

Cuál de las siguientes opciones describe mejor un diagnóstico de presunción?

<p>Identificación de un síndrome febril sin foco (A)</p> Signup and view all the answers

Qué tipo de análisis se menciona para el estudio de meningitis con líquido claro?

<p>Virus del West Nile (B)</p> Signup and view all the answers

Qué prueba puede ser sustituida por métodos genéticos como la PCR?

<p>Seroinmunología (C)</p> Signup and view all the answers

Qué responsabilidad tiene el clínico al solicitar pruebas de laboratorio?

<p>Conocer las pautas de transporte de muestras (A)</p> Signup and view all the answers

Cómo se debe actuar si se tiene una muestra limitada y existe una sospecha de infección en la columna vertebral?

<p>Priorizar la recolección de una muestra de hueso (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cómo se separan los analitos en un espectro de masas?

<p>Por el tamaño de los iones. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué permite la hibridación fluorescente in situ (FISH) en los análisis microbiológicos?

<p>Confirmar la presencia y la identidad de microorganismos. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la principal función del sensor de AST de Reveal?

<p>Detectar la presencia de microorganismos mediante cambios de color. (C)</p> Signup and view all the answers

Cuánto tiempo se tarda en obtener el diagnóstico microbiológico utilizando la técnica mencionada?

<p>1 hora. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué se realiza para estudiar la sensibilidad a los antibióticos en la técnica mencionada?

<p>Microdilución en caldo. (C)</p> Signup and view all the answers

Cuál es el tiempo estimado para obtener datos iniciales con el sensor de AST de Reveal?

<p>3,5 horas. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué diferencia se evalúa al comparar la señal de una sonda específica con la de una sonda universal?

<p>La identificación del microorganismo. (D)</p> Signup and view all the answers

Qué indica el cambio en el color del sensor de AST de Reveal?

<p>La presencia de microorganismos específicos. (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de análisis se realiza para interpretar los resultados en función de los puntos de corte y sus reglas?

<p>Análisis cuantitativos. (C)</p> Signup and view all the answers

Cuál es el principal uso de la técnica de hibridación fluorescente mencionada?

<p>Identificar microorganismos en infecciones polimicrobianas. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuáles son las principales ventajas de la técnica LAMP sobre la PCR tradicional?

<p>No requiere termociclador y es isotérmica (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la efectividad de la prueba de testosterona en términos de sensibilidad y especificidad?

<p>100% de sensibilidad y 97% de especificidad (C)</p> Signup and view all the answers

¿Qué cantidad de sangre se requiere para realizar la prueba de testosterona?

<p>4 ml (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es la duración típica de la amplificación en la técnica de LAMP?

<p>30 minutos (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es un requisito previo para realizar un antimicrobiograma con métodos convencionales?

<p>Que el incubador indique una muestra positiva (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué exclusividad tiene la técnica molecular T2MR en comparación con hemocultivos tradicionales?

<p>No requiere cultivo previo de 24-72 horas (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuáles son los componentes esenciales que se requieren para un procedimiento LAMP?

<p>ADN polimerasa y 4-6 primers (A)</p> Signup and view all the answers

En el contexto de pruebas de detección, ¿qué tipo de ADN no puede detectar la prueba de testosterona?

<p>ADN libre (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de las siguientes técnicas tiene la capacidad de amplificar el ADN sin pasar por un ciclo de desnaturalización?

<p>LAMP (D)</p> Signup and view all the answers

¿Cuánto tiempo tarda en obtenerse un resultado utilizable con el filmarray o el accelerate?

<p>1 hora para el nombre del microorganismo y 7 horas para la CMI (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el principal objetivo de la técnica PCR en el diagnóstico de enfermedades infecciosas?

<p>Detectar y amplificar secciones específicas de ADN. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Qué temperatura se utiliza en el paso de desnaturalización de la PCR?

<p>95°C (C)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de los siguientes componentes es esencial para la amplificación en la PCR?

<p>Primers complementarios. (A)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre la LAMP es correcta?

<p>Ofrece un diagnóstico rápido y específico similar a la PCR. (D)</p> Signup and view all the answers

¿Qué ventaja significativa aportan las técnicas de proteómica y genómica en comparación con la microbiología tradicional?

<p>Mayor rapidez y especificidad en los resultados. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué tipo de información se puede obtener a través de la secuenciación de próxima generación?

<p>El genoma completo de patógenos (B)</p> Signup and view all the answers

¿Cuál es el origen de la taq polimerasa utilizada en la PCR?

<p>De la bacteria Thermus aquaticus que vive en altas temperaturas. (D)</p> Signup and view all the answers

En el contexto del diagnóstico molecular, ¿qué es la metagenómica?

<p>El estudio del microbioma completo de un entorno. (B)</p> Signup and view all the answers

¿Qué efecto tiene la PCR en la sensibilidad del diagnóstico de patógenos?

<p>Aumenta la sensibilidad al detectar bajas concentraciones del patógeno. (B)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Anatomía Patológica

El estudio de las características del tejido afectado por una enfermedad para un diagnóstico definitivo.

Ecografía

Técnica de imagenología que utiliza ondas sonoras para obtener imágenes de estructuras internas.

PET-TC

Prueba de diagnóstico que detecta la actividad del metabolismo de la glucosa en órganos.

Gammagrafía

Medición de la actividad de los órganos mediante sustancias radiactivas.

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Cultivos Microbiológicos

Análisis de muestras para identificar la presencia específica de un microorganismo.

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Seroinmunología

Técnicas que detectan la presencia de antígenos o anticuerpos específicos en la sangre.

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Diagnóstico de Presunción

Un diagnostico realizado con base en la información disponible, pero que aún requiere confirmación.

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Diagnóstico de enfermedades infecciosas: Nueva Era

El desarrollo de la proteómica y la genómica junto con el avance tecnológico está transformando el diagnóstico de enfermedades infecciosas.

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Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR)

Un método de laboratorio que amplifica rápidamente el ADN específico mediante la enzima taq polimerasa, obteniendo millones de copias de un fragmento.

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Taq Polimerasa

Una enzima que proviene de una bacteria que vive a altas temperaturas y permite la amplificación del ADN en la PCR.

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Primers (iniciadores)

Secuencias cortas de ADN que se unen a los extremos de la región del ADN a amplificar.

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Etapas de la PCR

El proceso de PCR implica tres pasos: desnaturalización del ADN, anillado de los primers y extensión.

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Desnaturalización del ADN

En la desnaturalización, el ADN se separa a altas temperaturas, rompiendo los enlaces de hidrógeno.

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Anillado de los Primers

En el anillado, los primers se unen a los extremos de la región del ADN a amplificar a una temperatura específica.

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Extensión del ADN

En la extensión, la taq polimerasa copia el ADN usando los primers como puntos de inicio.

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PCR en el diagnóstico de enfermedades infecciosas

La PCR es una técnica fundamental para el diagnóstico rápido y específico de enfermedades infecciosas, identificando el patógeno específico.

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Espectrometría de Masas

Una técnica que identifica y clasifica microorganismos mediante la comparación de su espectro de masas con una base de datos.

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Cómo funciona la espectrometría de masas

La técnica de espectrometría de masas consiste en ionizar las moléculas de una muestra, acelerarlas en un campo electrostático y medir su tiempo de vuelo.

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Tecnología Molecular Accelerate Pheno

La técnica FISH (Hibridación Fluorescente in situ), combinada con microscopía automatizada, permite la detección e identificación rápida de microorganismos.

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Cómo funciona la técnica FISH

La técnica FISH identifica microorganismos al comparar la señal de una sonda específica con la señal de sondas universales bacterianas y eucarióticas, permitiendo diferenciar posibles contaminantes e infecciones polimicrobianas.

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Análisis de Sensibilidad a Antibióticos con Accelerate Pheno

Esta técnica evalúa la sensibilidad a los antibióticos al medir los cambios morfocinéticos y el crecimiento de las colonias en presencia de concentraciones específicas de antibióticos.

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VITEK REVEAL

El método de diagnóstico VITEK REVEAL utiliza un sensor que responde a los metabolitos volátiles liberados por los microorganismos durante el crecimiento, proporcionando información rápida sobre la identidad del microorganismo y su sensibilidad a los antibióticos.

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Sensor SMS en VITEK REVEAL

El sensor SMS (Small Molecule Array) en VITEK REVEAL detecta cambios en el color dependiendo de los metabolitos liberados por los microorganismos durante el crecimiento.

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Beneficios de las técnicas moleculares

La ventaja de las técnicas moleculares como Accelerate Pheno y VITEK REVEAL es que proporcionan información rápida sobre la identidad del microorganismo y su sensibilidad a los antibióticos, lo que permite una intervención médica oportuna.

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Tiempo de respuesta de Accelerate Pheno

El tiempo de respuesta para obtener información sobre el tipo de microorganismo y su sensibilidad a los antibióticos en Accelerate Pheno es de 1 hora para el diagnóstico y 7 horas para la sensibilidad antimicrobiana.

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Tiempo de respuesta de VITEK REVEAL

El tiempo de respuesta para obtener la información sobre el tipo de microorganismo y su sensibilidad a los antibióticos en VITEK REVEAL es de aproximadamente 3,5 horas.

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Secuenciación de ADN de próxima generación (NGS)

Es una técnica de secuenciación del ADN que permite secuenciar una gran cantidad de segmentos de ADN de forma masiva y en paralelo, en poco tiempo y a un costo reducido por base. Se usa para diagnosticar infecciones, identificar genes de resistencia a antibióticos, y determinar la epidemiología de una infección.

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Secuenciación de ADN metagenómico (mNGS)

Es una técnica que utiliza la secuenciación de ADN de próxima generación (NGS) para analizar secuencias de ADN virales y bacterianas en muestras clínicas. Permite identificar y caracterizar patógenos, incluso cuando están presentes en pequeñas cantidades.

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Secuenciación del genoma completo (WGS)

Permite secuenciar el genoma completo de un microorganismo, lo que proporciona información detallada sobre la estructura genética del patógeno y puede ayudar a comprender su resistencia a antibióticos, virulencia y características específicas.

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GISAID: Base de datos de genomas de SARS-CoV-2

GISAID es una base de datos pública donde se almacenan los genomas secuenciados del SARS-CoV-2. Esta información se utiliza para monitorizar la evolución genómica del virus a tiempo real, lo que permite identificar variantes y estudiar su comportamiento en tiempo real.

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Secuenciación del genoma del SARS-CoV-2

Es la clave para comprender cómo se propaga el virus SARS-CoV-2. La secuencia del genoma del SARS-CoV-2 proporciona información sobre las mutaciones del virus y sus posibles implicaciones para la transmisión, la gravedad de la enfermedad y la eficacia de las vacunas.

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T2MR

Técnicas moleculares como el T2MR (Reacción en Cadena de la Polimerasa en Tiempo Real y Resonancia Magnética de Nanopartículas Paramagnéticas) permiten detectar la etiología de una bacteriemia o fungemia sin necesidad de esperar al crecimiento en los hemocultivos tradicionales. Se pueden realizar directamente sobre la sangre del paciente.

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Filmarray

Un método rápido de diagnóstico para infecciones producido por bacterias, que utiliza tecnología de amplificación de ácidos nucleicos para identificar el patógeno específico.

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Accelerate

Un desarrollo tecnológico que permite la detección rápida y específica de patógenos en las muestras de sangre.

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LAMP (Amplificación Isotérmica de Ácidos Nucleicos)

Una técnica que se basa en la amplificación isotérmica de ácidos nucleicos, lo que significa que la reacción ocurre a una temperatura constante. Permite detectar patógenos con alta sensibilidad y especificidad.

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Actividad de desplazamiento de cadena

La técnica LAMP utiliza una enzima ADN polimerasa con actividad de desplazamiento de cadena 5 → 3. Esto elimina la necesidad de la fase de desnaturalización a alta temperatura que se requiere en la PCR.

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Incubar la muestra

Se requiere que se detecten los microorganismos mediante técnicas como la LAMP. Es decir, no se puede utilizar la sangre directamente del paciente, se necesita que el hemocultivo sea positivo.

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Test de diagnóstico molecular

Un sistema que detecta el ADN de microorganismos completos, no ADN libre en la muestra del paciente.

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Primers en la técnica LAMP

Una técnica que se basa en reconocer seis regiones distintas del gen diana en una muestra, creando un perfil específico de la enfermedad infecciosa.

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Ventajas de la técnica LAMP

Una técnica que se diferencia de la PCR tradicional en su capacidad de amplificar el ADN de forma más rápida, eficiente y a una temperatura constante.

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Diferencias entre el PCR y el LAMP

La técnica LAMP requiere de 4 a 6 primers que se unen a seis regiones distintas del gen diana, mientras que la PCR utiliza solo 2 primers.

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Study Notes

Historia Clínica Infectológica

  • Gregorio Marañón, un reconocido médico internista, destacó la importancia de la interacción médico-paciente, enfatizando la herramienta de la silla como facilitadora de la escucha y exploración del paciente.
  • Desde la época de Marañón hasta la actualidad, la historia clínica ha evolucionado hacia un enfoque más digitalizado, incorporando nuevas tecnologías.
  • La historia clínica es el primer contacto del médico con el paciente. Su formato puede variar según la consulta, desde una exploración física detallada hasta una consulta telefónica.
  • La historia clínica infectológica es crucial para la comprensión de las infecciones.
  • La historia clínica debe incluir: anamnesis, exploración física, pruebas complementarias, conduciendo a un diagnóstico específico o empírico.

Anamnesis

  • La anamnesis requiere preguntar sobre alergias a medicamentos, antecedentes personales y familiares, incluyendo enfermedades crónicas y relevantes fallecimientos.
  • Cuestionar sobre factores de riesgo cardiovascular (como la diabetes, HTA, dislipemia, obesidad), hábitos tóxicos (consumo de tabaco, drogas) e intervenciones quirúrgicas, situación vital, y recursos familiares.
  • Preguntar por el motivo de consulta, fecha de inicio de los síntomas, y los fenómenos asociados a los síntomas.
  • El síntoma guía en enfermedades infecciosas es la fiebre.
  • La epidemiología, entorno que rodea al paciente (hábitos, contactos, viajes, factores ambientales) es esencial para entender la génesis de los síntomas.

Exploración Clínica

  • La exploración física requiere evaluar el estado general, neurológico, cardiopulmonar, abdominal, genitourinario.
  • En los pacientes con infecciones, se debe enfatizar la exploración cutánea, la palpación de adenopatías y la evaluación de las vías venosas.
  • La exploración neurológica requiere evaluar el estado de alerta, pares craneales, fuerza, marcha y equilibrio, y la revisión de signos meníngeos, en caso de sospechas.

Pruebas Complementarias

  • La analítica sanguínea inicial considera la velocidad de sedimentación globular (VSG), proteína C reactiva (PCR) y procalcitonina, para identificar inflamación e infección.
  • Otros parámetros en la analítica sanguínea pueden ser leucocitos, neutrófilos, fibrinógeno.
  • También se requiere un estudio urinario: microbiológico y/o sedimento, según sospecha.
  • Se realizan cultivos microbiológicos (de orina, exudados, hemocultivos, LCR, exudado de nasofaríngeo).
  • Se debe realizar serología vírica y bacteriana para identificar posibles infecciones.

Diagnóstico

  • Se realiza un diagnóstico de presunción, definiendo localización y sospecha de un síndrome infeccioso general o localizado, con o sin fiebre.
  • La etiología se determina con pruebas y estudios para identificar el agente causal.

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