107 Questions
Waarom is de synthesesnelheid voor alle stalen gelijk en onafhankelijk van het aantal initiële matrijsketens?
Omdat de synthesesnelheid kinetisch gezien gelijk is
Wat is de naam van de fase waarin de fluorescentie snel stijgt en de synthese van PCR-product exponentieel toeneemt?
Exponentiële fase
Wat is de naam van de fase waarin de amplificatiecurve afvlakt en de synthese van PCR-product minder efficiënt wordt?
Interfase
Wat is de naam van de fase waarin de synthese van PCR-product helemaal niet meer plaatsvindt?
Plateaufase
Wat is de eenheid van de Cq-waarde?
Cycli
Waarom is de hoogte van het plateau onafhankelijk van de hoeveelheid initiële matrijsketens?
Omdat de hoeveelheid initiële matrijsketens geen invloed heeft op de hoogte van het plateau
Hoe kan men de hoeveelheid target-DNA kwantificeren?
Door de Cq-waarde te meten
Wat is de naam van de curve die gebruikt wordt om de hoeveelheid target-DNA te kwantificeren?
Standaardcurve
Waarom is de herhaalbaarheid van de plateaufase te laag om te gebruiken voor kwantificatie?
Omdat de plateaufase niet reproduceerbaar is
Wat is de eenheid van de fluorescentie in de lineaire schaal?
Arbitraire eenheid
Wat is het hoofddoel van een kwantitatieve PCR?
Het meten van de hoeveelheid PCR-product tijdens de reactie
Hoe verhoudt de hoeveelheid PCR-product zich tijdens een 100% efficiënte PCR?
De hoeveelheid verdubbelt na elke cyclus
Welke fase van de PCR-reactie is gekenmerkt door een constante synthesnelheid?
De exponentiële fase
Wat is het resultaat na 3 cycli in een PCR-reactie met een startkopij van één enkele kopij van het target-DNA?
23 molecules
Wat is de reden dat de amplificatieefficiëntie in de praktijk vaak lager is dan 100%?
Niet alle strengen in elke cyclus verdubbelen
Hoeveel fases kan men onderscheiden in een PCR-reactie?
3
Wat is het voordeel van een kwantitatieve PCR ten opzichte van een traditionele PCR?
Een meetbare hoeveelheid PCR-product
Wat is de naam van de curve die men bekomt door de hoeveelheid PCR-product uit te zetten in functie van het aantal cycli?
Amplificatiecurve
Waar vindt FRET plaats?
Als de afstand tussen donor en acceptor klein is.
Wat is de functie van de acceptor in het eerste geval?
Om het licht uit te zenden bij spontane terugval.
Wat is de naam van het proces waarbij de energie wordt overgedragen van het donor fluorochroom naar het acceptor fluorochroom?
FRET
Waardoor wordt de acceptor in het tweede geval geëxciteerd?
Door de spontane terugval van de donor.
Wat is de naam van de technologie waarbij de probe wordt gehydrolyseerd tot vrije nucleotiden?
Taqman
Wat is de naam van het proces waarbij de probe bindt op één streng van het PCR-product?
Hybridisatie
Wat is de naam van het proces waarbij de energie wordt omgezet in warmte?
Dark quencher
Wat is de naam van de fase waarin de fluorescentie meetbaar is?
Exponentiële fase
Wat is de functie van de donor in het eerste geval?
Om het licht uit te zenden bij spontane terugval.
Wat is de naam van het proces waarbij het licht wordt uitgezonden bij de spontane terugval van de donor?
Fluorescentie
Wat gebeurt er met de amplificatiecurve naarmate er meer template-DNA in het staal aanwezig is?
De curve verschuift evenwijdig met de X-as in de richting van de oorsprong
Wat is de relatie tussen de concentratie aan template-DNA en de Cq-waarde?
Er is een omgekeerd evenredig verband
Hoe berekent men de PCR-efficiëntie met de richtingscoëfficiënt van de standaardcurve?
E= 10(-1/rico)
Wat is de ideale richtingscoëfficiënt van de standaardcurve?
-3.32
Waarom is de amplificatie van standaarden met hele hoge en met hele lage concentratie meer onderhevig aan variaties?
Omdat de synthese van nevenproducten ongelijkmatig is
Wat is de functie van fluorescerende DNA-bindingsstoffen zoals SYBR® Green I?
Om het PCR-product fluorescent te meten
Wat is het grote nadeel van SYBR® Green I?
Dat het geen enkel onderscheid maakt tussen het gewenste PCR-product en aspecifieke PCR-producten
Wat is de Cq-waarde voor een staal zonder DNA?
Cq > het maximaal aantal geprogrammeerde cycli
Wat is het doel van een kwantitatieve PCR?
Om de concentratie aan template-DNA te meten
Wat is de standaardcurve?
Een dalende rechte die de relatie tussen de log-concentratie en de Cq-waarde weergeeft
Waarom bindt de probe eerder dan de primers tijdens de PCR-reactie?
Omdat de probe een hogere smelttemperatuur heeft dan de primers
Wat gebeurt er met de probe wanneer het Taq polymerase de waterstofbruggen tussen de probe en de streng breekt?
De probe wordt afgebroken naar vrije fluorochroom-gebonden nucleotiden
Waarom leiden aspecifieke PCR-producten niet tot een toename van het fluorescentsignaal?
Omdat aspecifieke PCR-producten niet binden aan de probe
Waarom is de fluorescentie-intensiteit evenredig met het aantal gevormde PCR-kopijen?
Omdat het reporterfluorochroom wordt bevrijd van de quencher
Wat is het resultaat van de 5'-exonuclease activiteit van het Taq polymerase op de probe?
De probe wordt afgebroken naar vrije fluorochroom-gebonden nucleotiden
Wanneer bindt de probe aan het DNA?
Wanneer de temperatuur daalt naar de annealingtemperatuur
Waarom smelt het dubbelstrengs DNA om te kunnen volgen?
Om de lengte, sequentie en verhouding GC/AT basen te bepalen
Wat gebeurt er met de fluorescentie van SYBR Green I wanneer het qPCR-toestel de smelttemperatuur van het PCR-product bereikt?
De fluorescentie neemt plots af
Wat is het voordeel van SYBR Green I?
Het is flexibelst en goedkoopst
Waarom wordt een fluorochroom gebonden aan een terminale adenosine, thymidine of cytidine?
Omdat guanine een quenching-eigenschap heeft
Waarvoor wordt fluorescent resonance energy transfer (FRET) gebruikt?
Om de fluorescentie van een probe te beïnvloeden
Wat is het doel van de smeltcurve analyse?
Om de specifieke smelttemperatuur van het PCR-product te bepalen
Waarom wordt een specifieke probe ontwikkeld voor een welbepaald target?
Om de qPCR veel specifieker te maken
Wat is het resultaat wanneer men een mengsel van aspecifieke PCR-producten bekomt?
Een multi-fase smeltcurve
Waarom wordt de fluorescentie van SYBR Green I gemeten tijdens de smeltcurve analyse?
Om de aanwezigheid van dubbelstrengs DNA te detecteren
Waarom wordt eenprobe gebruikt in plaats van SYBR Green I?
Om een kwantitatieve PCR-strategie te ontwikkelen voor een welbepaald target
Wat is het doel van een kwantitatieve PCR ten opzichte van een traditionele PCR?
Om de hoeveelheid van een bepaalde sequentie te kwantificeren
Wat is de reden dat de amplificatieefficiëntie in de praktijk vaak lager is dan 100%?
Omdat niet alle strengen in elke cyclus verdubbelen
Welke fase van de PCR-reactie is gekenmerkt door een constante synthesnelheid?
De exponentiële fase
Hoe verhoudt de hoeveelheid PCR-product zich tijdens een 100% efficiënte PCR?
De hoeveelheid PCR-product verdubbelt tijdens elke cyclus
Wat is de naam van de curve die men bekomt door de hoeveelheid PCR-product uit te zetten in functie van het aantal cycli?
De amplificatiecurve
Hoeveel fases kan men onderscheiden in een PCR-reactie?
Drie fases
Wat is de functie van de primers in een PCR-reactie?
Het starten van de synthese van PCR-product
Wat is de naam van de fase waarin de synthesnelheid van het PCR-product exponentieel toeneemt?
De exponentiële fase
Wat is het principe van de kwantitatieve PCR?
Het principe dat de lengte van de aanloopfase bepaalt wordt door de hoeveelheid initiële matrijsketens.
Welke fase van de PCR-reactie is gekenmerkt door een exponentiële toename van het PCR-product?
De meetbare exponentiële fase
Hoe verhoudt de Cq-waarde zich tot de concentratie aan template-DNA?
Lager Cq-waarde bij hogere concentratie template-DNA
Wat is de reden dat de amplificatiecurve afvlakt in de interfase?
Door het toenemende verbruik van reagentia zoals primers en dNTPs
Wat is de functie van fluorescerende DNA-bindingsstoffen zoals SYBR Green I?
Om het dubbelstrengs PCR-product te meten
Wat is de eenheid van de Cq-waarde?
Het aantal cycli
Wat is de relatie tussen de concentratie aan template-DNA en de Cq-waarde?
Hoe lager de concentratie aan template-DNA, hoe hoger de Cq-waarde
Wat is de richtingscoëfficiënt van de standaardcurve bij een 100% efficiënte PCR?
-3.32
Wat is het doel van een kwantitatieve PCR?
Om de hoeveelheid target-DNA te kwantificeren
Waarom is de amplificatie van standaarden met hele hoge en met hele lage concentratie meer onderhevig aan variaties?
Om dat de synthese van nevenproducten afhankelijk is van de concentratie
Hoe wordt de hoeveelheid PCR-product weergegeven in een kwantitatieve PCR?
In logaritmische schaal
Wat is het doel van een kwantitatieve PCR?
Om de concentratie aan template-DNA te bepalen
Wat is de Cq-waarde voor een staal zonder DNA?
Groter dan het maximaal aantal geprogrammeerde cycli
Wat is de naam van de curve die gebruikt wordt om de hoeveelheid target-DNA te kwantificeren?
De standaardcurve
Wat is de functie van de fluorescentie in een kwantitatieve PCR?
Om de hoeveelheid PCR-product te meten
Hoe berekent men de PCR-efficiëntie met de richtingscoëfficiënt van de standaardcurve?
E = [10(-1/rico)-1] x 100%
Wat is het grote nadeel van SYBR Green I?
Het maakt geen onderscheid tussen het gewenste PCR-product en aspecifieke PCR-producten
Waarom is de herhaalbaarheid van de plateaufase te laag om te gebruiken voor kwantificatie?
Door de variatie in de hoeveelheid initiële matrijsketens
Wat is de standaardcurve?
Een rechte die de relatie weergeeft tussen de log-concentratie en de Cq-waarde
Wat is het voordeel van SYBR Green I?
Het bindt specifiek aan dubbelstrengs DNA
Wat is de reden dat de probe eerder bindt dan de primers tijdens de PCR-reactie?
De smelttemperatuur van de probe ligt hoger dan die van de primers
Wat gebeurt er met de probe wanneer het Taq polymerase de waterstofbruggen tussen de probe en de streng breekt?
De probe wordt omgezet in vrije fluorochroom-gebonden nucleotiden
Waarom leiden aspecifieke PCR-producten niet tot een toename van het fluorescentsignaal?
Aspecifieke PCR-producten binden niet aan de probe
Wat is de reden dat de fluorescentie-intensiteit evenredig is met het aantal gevormde PCR-kopijen?
De fluorescentie-intensiteit is evenredig met het aantal gevormde PCR-kopijen
Wat is het resultaat van de 5'-exonuclease activiteit van het Taq polymerase op de probe?
De probe wordt omgezet in vrije fluorochroom-gebonden nucleotiden
Waarom is de smelttemperatuur van de probe hoger dan die van de primers?
Om de probe eerder te laten binden dan de primers
Hoe kan men de smelttemperatuur van het PCR-product bepalen?
Door de fluorescentie te meten terwijl de temperatuur langzaam stijgt.
Waarom is SYBR Green I minder specifiek dan een fluorescerende probe?
Omdat SYBR Green I bindt aan alle soorten DNA.
Wat is het voordeel van SYBR Green I ten opzichte van fluorescerende probes?
Dat het goedkoper is.
Wat gebeurt er met de fluorescentie van SYBR Green I wanneer het qPCR-toestel de smelttemperatuur van het PCR-product bereikt?
De fluorescentie daalt plots.
Wat is het doel van een fluorescerende probe in qPCR?
Om de specifieke PCR-producten te kwantificeren.
Wat is het principe achter fluorescent resonance energy transfer (FRET)?
Een fysisch proces dat plaatsvindt wanneer twee fluorochromen elkaar beïnvloeden in geëxciteerde toestand.
Waarom wordt een fluorochroom gebonden aan een terminale adenosine, thymidine of cytidine?
Omdat guanine Intrinsieke quenching-eigenschappen bezit.
Wat is het voordeel van het gebruik van SYBR Green I in onderzoekslaboratoria?
Dat het een flexibele en goedkope methode is.
Wat is het resultaat van het smelten van het dubbelstrengs DNA?
Een afname van de fluorescentie.
Wat is het doel van de smeltcurve analyse?
Om de smelttemperatuur van het PCR-product te bepalen.
Waarom vindt FRET plaats tussen donor en acceptor fluorochroom?
Omdat de afstand tussen donor en acceptor fluorochroom voldoende klein is
Wat is het resultaat van de 5'-exonuclease activiteit van het Taq polymerase op de hydrolyseprobe?
De probe wordt gehydrolyseerd tot vrije nucleotiden
Wat is de functie van de dark quencher in de hydrolyseprobe?
Het ontvangen van energie van het donor fluorochroom en het omzetten van energie in warmte
Wat is het doel van het gebruik van hybridisatieprobes in qPCR?
Het detecteren van het PCR-product in real-time
Wat is het verschil tussen het eerste en het tweede geval van de detectie strategieën met behulp van fluorochromen?
Het feit of de acceptor fluorochroom licht uitzendt bij spontane terugval
Waarom vindt FRET niet plaats wanneer donor en acceptor fluorochroom ver van elkaar verwijderd zijn?
Omdat de afstand tussen donor en acceptor fluorochroom te groot is
Wat is de functie van de reporter in de hydrolyseprobe?
Het uitzenden van fluorescentie bij spontane terugval
Wat is het resultaat van de binding van de hybridisatieprobes aan het PCR-product?
De fluorescentie neemt toe
Wat is het voordeel van het gebruik van hydrolyseprobes in qPCR?
Het vermijden van aspecifieke binding van de probe
Study Notes
Here are the study notes in Dutch:
Kwantitatieve PCR
- Kwantisatie van PCR-product kan worden berekend door de hoeveelheid PCR-product te meten tijdens de PCR-reactie
- In tegenstelling tot traditionele PCR, waarbij het eindproduct wordt gemeten
Amplificatiecurve
- De amplificatiecurve is de grafiek waarin de hoeveelheid PCR-product wordt uitgezet tegen het aantal cycli
- De curve kent 3 fases:
- Exponentiële fase: de hoeveelheid PCR-product neemt exponentieel toe
- Interfase: de amplificatie is minder efficiënt door verbruik van reagentia en schade aan Taq-polymerase
- Plateaufase: de amplificatie is onvoldoende efficiënt om nog een toename van PCR-product te zien
Standenadrcurve
- De standaardcurve is een grafiek waarin de quantification cycle (Cq) wordt uitgezet tegen de log-concentratie van het template-DNA
- De standaardcurve is een dalende rechte, waarbij hoge concentraties van template-DNA overeenkomen met lage Cq-waarden
- De richtingscoëfficiënt van de standaardcurve geeft de PCR-efficiëntie weer
Fluorescerende DNA-bindingsstoffen
- Fluorescerende DNA-bindingsstoffen zoals SYBR Green I binden aan dubbelstrengs DNA en fluoresceren sterk
- Tijdens een kwantitatieve PCR kan de hoeveelheid PCR-product worden gemeten door de fluorescentie te meten na elke amplificatiestap
Fluorescerende probes
- Fluorescerende probes zijn ontworpen voor specifieke kwantificatie van het PCR-product
- Het FRET-principe (fluorescent resonance energy transfer) wordt gebruikt om de fluorescentie van de probe te detecteren
- Er zijn verschillende soorten fluorescent probes, zoals hybridisatieprobes, hydrolyseprobes en Taqman probes
Here are the study notes in Dutch:
Kwantitatieve PCR
- Kwantisatie van PCR-product kan worden berekend door de hoeveelheid PCR-product te meten tijdens de PCR-reactie
- In tegenstelling tot traditionele PCR, waarbij het eindproduct wordt gemeten
Amplificatiecurve
- De amplificatiecurve is de grafiek waarin de hoeveelheid PCR-product wordt uitgezet tegen het aantal cycli
- De curve kent 3 fases:
- Exponentiële fase: de hoeveelheid PCR-product neemt exponentieel toe
- Interfase: de amplificatie is minder efficiënt door verbruik van reagentia en schade aan Taq-polymerase
- Plateaufase: de amplificatie is onvoldoende efficiënt om nog een toename van PCR-product te zien
Standenadrcurve
- De standaardcurve is een grafiek waarin de quantification cycle (Cq) wordt uitgezet tegen de log-concentratie van het template-DNA
- De standaardcurve is een dalende rechte, waarbij hoge concentraties van template-DNA overeenkomen met lage Cq-waarden
- De richtingscoëfficiënt van de standaardcurve geeft de PCR-efficiëntie weer
Fluorescerende DNA-bindingsstoffen
- Fluorescerende DNA-bindingsstoffen zoals SYBR Green I binden aan dubbelstrengs DNA en fluoresceren sterk
- Tijdens een kwantitatieve PCR kan de hoeveelheid PCR-product worden gemeten door de fluorescentie te meten na elke amplificatiestap
Fluorescerende probes
- Fluorescerende probes zijn ontworpen voor specifieke kwantificatie van het PCR-product
- Het FRET-principe (fluorescent resonance energy transfer) wordt gebruikt om de fluorescentie van de probe te detecteren
- Er zijn verschillende soorten fluorescent probes, zoals hybridisatieprobes, hydrolyseprobes en Taqman probes
Dit quiz behandelt het verschil tussen kwantitatieve PCR en traditionele PCR, inclusief de amplificatiecurve en het interpreteren van resultaten.
Make Your Own Quizzes and Flashcards
Convert your notes into interactive study material.
Get started for free
