Biologie Moléculaire - Extraction d'ADN
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Questions and Answers

Quel est l'objectif principal de la première séance de TP de biologie moléculaire ?

  • Examiner les propriétés des protéines
  • Mesurer l'effet des contaminants sur l'ADN
  • Extraire l'ADN total et analyser sa qualité (correct)
  • Étudier les variations de gènes chez les plantes

Quelle méthode est utilisée pour l'extraction de l'ADN total dans cette séance ?

  • Méthode PEG
  • Méthode CTAB (correct)
  • Méthode d'électrophorèse
  • Méthode de centrifugation

Quels contaminants sont vérifiés lors de l'analyse qualitative de la solution d'acides nucléiques ?

  • Les lipides et les glucides
  • Les protéines et les acides aminés
  • L'eau et l'alcool
  • Les phénols et les polysaccharides (correct)

Quelles longueurs d'onde sont utilisées pour mesurer les absorbances de la solution d'acides nucléiques ?

<p>260 nm, 280 nm, 230 nm (C)</p> Signup and view all the answers

Quel est le but de l'analyse qualitative des acides nucléiques ?

<p>Vérifier la pureté de la solution d'acides nucléiques (A)</p> Signup and view all the answers

Comment les ratios R1 et R2 sont-ils calculés ?

<p>Par des relations mathématiques basées sur les absorbances mesurées (D)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la longueur d'onde correspondant au maximum d'absorbance des acides nucléiques ?

<p>260 nm (A)</p> Signup and view all the answers

Quel produit est utilisé pour vérifier la présence de contaminants autres que les protéines ?

<p>EDTA (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est le volume de la solution mère d'ADN extrait nécessaire pour préparer 2000 µl de solution d'ADN diluée 8 fois?

<p>250 µl (B)</p> Signup and view all the answers

Pourquoi la solution mère d'ADN doit-elle être diluée avant la mesure des absorbances?

<p>Pour obtenir des valeurs d'absorbances inférieures à 1 (A)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la concentration de l'ADN extrait dans la solution diluée si l'absorbance mesurée est de 0,6553?

<p>6,553 µg/ml (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est le facteur de dilution associé à la préparation de la solution diluée d'ADN?

<p>8 (B)</p> Signup and view all the answers

Quel volume d'eau distillée est ajouté à la solution mère d'ADN pour obtenir un volume final de 2000 µl?

<p>1750 µl (C)</p> Signup and view all the answers

À quelle longueur d'onde l'absorbance de la solution d'ADN est-elle mesurée?

<p>260 nm (A)</p> Signup and view all the answers

Quel risque y a-t-il à utiliser des valeurs d'absorbance supérieures à 1 pour quantifier l'ADN extrait?

<p>Sous-estimer la quantité d'ADN (D)</p> Signup and view all the answers

Comment le volume d'eau distillée à ajouter est-il déterminé?

<p>En calculant $V_f - V_i$ (D)</p> Signup and view all the answers

Que signifie un ratio $R_1$ inférieur à 1,6 lors de l'analyse de l'ADN?

<p>La solution est riche en protéines. (C)</p> Signup and view all the answers

Quel ratio $R_1$ indique que la solution est riche en acides nucléiques?

<p>$R_1$ ~ 2,0 (D)</p> Signup and view all the answers

À quelle longueur d'onde est utilisé A(λ) pour l'analyse quantitative des acides nucléaire?

<p>260 (A)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rôle d'une cuve de quartz dans les mesures d'absorbance?

<p>Elle n'absorbe pas dans l'UV. (D)</p> Signup and view all the answers

Si $R_1$ est largement supérieur à 2,0, que peut-on conclure sur la solution?

<p>La solution est contaminée par des phénols. (D)</p> Signup and view all the answers

Quel est le facteur de conversion pour 1 unité d'absorbance équivalente à 50 µg d'ADN double brin par ml?

<p>A(λ=260 nm) (B)</p> Signup and view all the answers

Qu'est-ce qui se produit si $R_2$ est significativement inférieur à 2?

<p>La solution contient des contaminants absorbant à λ=230 nm. (D)</p> Signup and view all the answers

Pourquoi est-il important que la cuve utilisée pour l'absorbance ait une largeur de 1 cm?

<p>Pour garantir des mesures précises. (D)</p> Signup and view all the answers

Quelle quantité d'ADN total est extraite dans 500 µl de solution mère?

<p>131,06 µg (A)</p> Signup and view all the answers

Combien d'ADN total se trouve dans 1 mg de Chou-fleur frais?

<p>0,6553 µg (D)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rapport R1 pour les absorbances mesurées à 260 nm et 280 nm?

<p>2,07 (C)</p> Signup and view all the answers

Que signifie un rapport R1 de 2,07?

<p>La solution est riche en ADN et pauvre en protéines. (A)</p> Signup and view all the answers

Quelle absorbance est mesurée à 230 nm?

<p>0,3690 (D)</p> Signup and view all the answers

Combien de tissu végétal frais a été utilisé pour extraire l'ADN?

<p>200 mg (A)</p> Signup and view all the answers

Quel facteur pourrait indiquer la présence de contaminants dans la solution d'ADN?

<p>Un rapport R2 de 1,77 (B)</p> Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour déterminer la taille en pb des fragments d'ADN?

<p>Projections sur un axe en fonction de la distance (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rôle de l'enzyme de restriction HindIII dans l'analyse de l'ADN végétal?

<p>Elle coupe l'ADN à des sites spécifiques (C)</p> Signup and view all the answers

Pourquoi les bandes épaisses apparaissent-elles vers le bas du gel d'agarose?

<p>Elles représentent des séquences hautement répétées (B)</p> Signup and view all the answers

Comment sont disposés les fragments d'ADN sur le gel après électrophorèse?

<p>En un voile avec plusieurs fragments collés (A)</p> Signup and view all the answers

Quelles distances de migration sont utilisées pour mesurer la taille des fragments dans l'exemple?

<p>2,2 cm, 3,2 cm, 5 cm (A)</p> Signup and view all the answers

Quel type de gel est utilisé pour séparer l'ADN dans cette étude?

<p>Gel d'agarose à 0,8% (B)</p> Signup and view all the answers

Quel type de plantes a été analysé dans cette étude?

<p>Des plantes supérieures (D)</p> Signup and view all the answers

Quel graphique est utilisé pour représenter la taille des fragments d'ADN?

<p>Échelle logarithmique (A)</p> Signup and view all the answers

Comment les molécules d'ADN migrent-elles lors de l'électrophorèse en gel d'agarose ?

<p>Elles migrent du pôle négatif vers le pôle positif. (C)</p> Signup and view all the answers

Quel facteur est déterminant pour la séparation des molécules d'ADN en électrophorèse en gel d'agarose ?

<p>La taille moléculaire de l'ADN. (B)</p> Signup and view all the answers

Comment est réalisée la détermination de la taille des fragments d'ADN sur gel d'agarose ?

<p>En utilisant un marqueur de taille avec des fragments d'ADN de tailles connues. (D)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la méthode utilisée pour tracer la courbe d'étalonnage de la taille des fragments d'ADN ?

<p>En reportant les distances sur un papier semi-logarithmique. (D)</p> Signup and view all the answers

Quel était le point de référence utilisé pour positionner le double décimètre lors de l'expérimentation ?

<p>Le centre du puits où le marqueur de taille a été déposé. (A)</p> Signup and view all the answers

Combien de fragments d'ADN formaient le marqueur de taille utilisé pour l'expérimentation ?

<p>11 fragments. (A)</p> Signup and view all the answers

Quelle est l'échelle utilisée pour représenter la taille des fragments d’ADN dans la courbe d’étalonnage ?

<p>Échelle logarithmique pour les tailles en pb. (B)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Extraction d'ADN végétal

Procédé pour extraire l'ADN d'une plante, comme le chou-fleur, utilisant la méthode CTAB.

Analyse qualitative d'ADN

Vérification de la pureté d'une solution d'ADN en détectant la présence de contaminants (protéines, polysaccharides, etc.).

Spectrophotométrie UV

Technique pour mesurer l'absorbance d'une solution à différentes longueurs d'onde, notamment 260 nm, 280 nm et 230 nm, pour analyser la pureté de l'ADN.

Absorbance à 260 nm

Mesure de l'absorbance de l'ADN, elle est maximale à cette longueur d'onde.

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Absorbance à 280 nm

Mesure l'absorbance des protéines.

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Absorbance à 230 nm

Mesure l'absorbance des contaminants autres que les protéines.

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Ratio de pureté (R1 & R2)

Valeurs calculées à partir des absorbances à 260 nm, 280 nm et 230 nm pour évaluer la pureté de la solution d'ADN.

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Méthode CTAB

Méthode spécifique d'extraction de l'ADN total de plantes.

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Rapport R1

Le rapport R1 est calculé en divisant l'absorbance à 260 nm par l'absorbance à 280 nm.

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Rapport R2

Le rapport R2 est calculé en divisant l'absorbance à 260 nm par l'absorbance à 230 nm.

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R1 < 1,6

La solution est riche en protéines.

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R1 ~ 2,0

La solution est riche en acides nucléiques (ADN + ARN) et pauvre en protéines.

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R1 > 2,0 (largement)

La solution est contaminée par le chloroforme.

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R2 significativement < 2

La solution contient des contaminants absorbant à 230 nm (EDTA, phénols, polysaccharides etc.).

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Analyse quantitative ADN

L'analyse quantitative repose sur l'absorbance à 260 nm et un facteur de conversion.

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Cuve de quartz

Utilisée pour mesurer les absorbances dans l'UV car elle n'absorbe pas dans cette gamme de longueur d'onde (190 - 400 nm).

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Facteur de dilution (FD)

Le rapport entre le volume final de la solution diluée et le volume initial de la solution mère. Il indique combien de fois la solution mère est diluée.

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Volume initial (Vi)

Le volume de la solution mère prélevé pour effectuer la dilution.

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Volume final (Vf)

Le volume total de la solution diluée après avoir ajouté le solvant.

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Préparation d'une solution diluée

Processus qui consiste à réduire la concentration d'une solution en ajoutant un solvant, comme l'eau distillée.

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Solution mère

La solution d'ADN non diluée obtenue après l'extraction.

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Concentration d'ADN

La quantité d'ADN présente dans une solution donnée.

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Quantité d'ADN dans le chou-fleur

La quantité d'ADN total dans une plante est déterminée en mesurant la quantité d'ADN extraite et en la corrélant au poids du tissu végétal utilisé. Dans cet exemple, on a extrait 131,06 µg d'ADN de 200 mg de chou-fleur.

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Calcul de la concentration d'ADN

La concentration d'ADN est calculée en divisant la quantité totale d'ADN par le poids total du tissu végétal. Par exemple, pour déterminer la concentration d'ADN dans 1 mg de chou-fleur, on divise la quantité d'ADN totale (131,06 µg) par le poids du chou-fleur (200 mg).

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R1 : Rapport d'absorbance à 260 nm et 280 nm

Le rapport R1 est calculé en divisant l'absorbance à 260 nm (absorbance maximale de l'ADN) par l'absorbance à 280 nm (absorbance des protéines). Un R1 de 2 indique une solution riche en ADN et pauvre en protéines.

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R2 : Rapport d'absorbance à 260 nm et 230 nm

Le rapport R2 est calculé en divisant l'absorbance à 260 nm par l'absorbance à 230 nm. Un R2 inférieur à 2 indique la présence de contaminants qui absorbent à 230 nm, comme l'EDTA ou les polysaccharides.

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Interprétation du ratio R1

Un R1 de 2,07 indique que la solution est riche en ADN et pauvre en protéines. Un R1 inférieur à 1,6 suggère une solution riche en protéines.

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Interprétation du ratio R2

Un R2 de 1,77 indique la présence de contaminants qui absorbent à 230 nm. Un R2 significativement inférieur à 2 indique une forte présence de contaminants.

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Analyse spectrophotométrique

L'analyse spectrophotométrique est une technique utilisée pour mesurer l'absorbance d'une solution à différentes longueurs d'onde. Elle permet d'évaluer la pureté et la concentration de l'ADN dans l'échantillon.

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Électrophorèse sur gel d'agarose

Technique utilisée pour séparer les molécules d'ADN en fonction de leur taille.

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Migration des molécules d'ADN

Les molécules d'ADN chargées négativement migrent vers le pôle positif (anode) lors de l'électrophorèse.

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Marqueur de taille

Mélange d'ADN de tailles connues utilisé pour déterminer la taille des fragments d'ADN analysés.

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Courbe d'étalonnage

Représentation graphique reliant la taille des fragments d'ADN à leur distance de migration.

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Distance de migration

La distance parcourue par un fragment d'ADN sur le gel pendant l'électrophorèse.

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Papier semi-logarithmique

Utilise une échelle logarithmique pour l'axe des y (taille) afin de représenter les grandes variations de taille des fragments d'ADN.

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Positionnement du double décimètre

Placer le point zéro du double décimètre au centre du puits du gel où le marqueur de taille a été déposé.

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Taille des fragments d'ADN

Déterminée en comparant la distance de migration des fragments d'ADN avec celle du marqueur de taille.

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Courbe de taille

Un graphique qui montre la relation entre la taille des fragments d'ADN en paires de bases (pb) et la distance qu'ils migrent sur un gel d'agarose.

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Migration de l'ADN

Le mouvement des fragments d'ADN sur un gel d'agarose sous l'influence d'un champ électrique.

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Séquences hautement répétées

Des séquences d'ADN qui sont répétées un grand nombre de fois dans le génome.

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Enzyme de restriction

Une enzyme qui coupe l'ADN à des séquences spécifiques llamadas sites de restriction.

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Site de restriction

Une séquence spécifique d'ADN que l'enzyme de restriction peut reconnaître et couper.

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Digestion de l'ADN

Le processus où l'ADN est coupé par une enzyme de restriction.

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Gel d'agarose

Un gel qui sépare les fragments d'ADN en fonction de leur taille.

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Electrophorèse

Une technique qui utilise un champ électrique pour séparer les fragments d'ADN dans un gel d'agarose.

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Study Notes

Biologie Moléculaire - Travaux Pratiques

  • Objectif de la première séance: Extraire l'ADN total d'une plante (ex: Chou-fleur) et analyser qualitativement et quantitativement la solution d'ADN extraite.

Extraction de l'ADN

  • Méthode d'extraction: CTAB (décrite dans le polycopié, page 5).

Analyse qualitative de l'ADN

  • But: Vérifier la pureté de la solution d'acides nucléiques.
  • Contaminants potentiels: Protéines, phénols, polysaccharides, EDTA, chloroforme.
  • Méthode: Spectrophotométrie d'absorption UV à 3 longueurs d'ondes.
    • λ=260 nm : Absorbance maximale des acides nucléiques.
    • λ=280 nm : Absorbance maximale des protéines.
    • λ=230 nm : Absorbance des contaminants (EDTA, phénols).
  • Calcul de rapports (ratios):
    • R1 = DO(260nm) / DO(280nm): Indique la richesse en protéines (R1<1.6), en acides nucléiques (R1 ~ 2) ou en contaminants (R1>>2)
    • R2 = DO(260nm) / DO(230nm): Indique la présence de contaminants à 230nm (R2<<2) ou pas (2 ≤ R2 ≤ 2.2).
  • Cuve de quartz: Utilisée car elle n'absorbe pas dans l'UV (190-400 nm). La largeur de cuve est de 1 cm.

Analyse quantitative de l'ADN

  • Nécessité: Connaître l'absorbance à 260 nm (A(λ=260 nm)).
  • Factor de conversion:
    • 1 unité absorbance ~ 50 µg d'ADN double brin/ml
    • 1 unité absorbance ~ 33 µg d'ADN simple brin/ml
    • 1 unité absorbance ~ 40 µg d'ARN simple brin/ml
  • Préparation d'une solution diluée d'ADN:
    • Facteur de dilution (FD) = Volume final (Vf)/Volume initial (Vi)
    • Pour obtenir un facteur de dilution donné, déterminer le volume initial de la solution mère à prélever.
  • Calcul de la concentration d'ADN:
    • Utiliser la valeur d'absorbance mesurée et le facteur de conversion pour déterminer la concentration d'ADN dans la solution mère en µg/ml.

Préparation et Analyse d'une Solution d'ADN Dilué

  • Calcul de la quantité d'ADN total extrait des 500 µL de la solution mère.
  • Quantité d'ADN total par mg de tissu végétal frais.

Electrophorèse sur gel d'agarose

  • Séparation d'ADN: Les molécules d'ADN migrent vers le pôle positif, la vitesse de migration diminue avec la taille de la molécule.
  • Marqueur de taille: Utilisé pour comparer la taille des fragments d'ADN. Il migre parallèlement aux échantillons d'ADN à analyser.
  • Courbe d'étalonnage: Créée en traçant la relation entre la taille (en pb) des fragments du marqueur et la distance de migration (en cm).
  • Détermination de la taille des fragments d'ADN: Mesurer la distance de migration des fragments par rapport à la courbe d'étalonnage et lire leur taille en pb.

Mise en évidence des Séquences Hautement Répétées

  • Enzyme de restriction HindIII: Utilisée pour couper l'ADN génomique.
  • Production de Voiles: Epaississement du voile d'ADN sur le gel, signe de séquences répétées.

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Quiz Team

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Description

Ce quiz se concentre sur les méthodes d'extraction de l'ADN, en particulier à partir de plantes comme le chou-fleur. Il aborde les techniques qualitatives et quantitatives pour analyser la pureté de la solution d'ADN extraite. Les étudiants devront comprendre les méthodes spectrophotométriques et les contaminants potentiels.

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