Biologia Molecolare - Trascrizione Eucariotica

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Questions and Answers

Qual è la funzione principale degli enhancer e dei silencers nel contesto della trascrizione genica?

  • Inibire la degradazione del mRNA
  • Attivare o disattivare la polimerasi (correct)
  • Modificare la struttura della cromatina
  • Controllare il processo di replicazione del DNA

Che cosa caratterizza la TATA box nella trascrizione eucariote?

  • È una sequenza ricca di citosina e guanina
  • È composta principalmente da adenina e timina (correct)
  • Encapsula la polimerasi II
  • È situata a -35 basi dal sito di inizio della trascrizione

In che modo il DNA looping contribuisce alla trascrizione nei eucarioti?

  • Modifica la sequenza del DNA
  • Permette il legame diretto tra polimerasi e mRNA
  • Facilita il contatto tra elementi distali e il promoter (correct)
  • Inibisce l'azione dei repressori

Qual è il ruolo principale della TATA-binding protein (TBP) nel processo di trascrizione?

<p>Riconoscere la TATA box e piegare la doppia elica (D)</p> Signup and view all the answers

Quale fattore della trascrizione è responsabile della stabilizzazione del legame di TFII D al DNA?

<p>TFII B (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è il ruolo del mediatore durante l'inizio della trascrizione?

<p>Trasmettere segnali positivi e negativi al complesso enzimatico (A)</p> Signup and view all the answers

Qual è il ruolo di TFII H nel complesso di pre-inizio della trascrizione?

<p>Denaturare il DNA e iniziare la trascrizione (B)</p> Signup and view all the answers

Cosa descrive il termine 'consensus' nel contesto della trascrizione dell'RNA polimerasi II?

<p>Rappresentano le zone di legame per fattori generali della trascrizione (A)</p> Signup and view all the answers

Cosa rappresenta il nucleotide +1 nel processo di trascrizione?

<p>Il primo nucleotide da trascrivere (B)</p> Signup and view all the answers

Quale descrizione meglio si adatta al complesso di pre-inizio della trascrizione?

<p>Costituito da TBP e fattori generali di trascrizione che creano la bolla di trascrizione (C)</p> Signup and view all the answers

Cosa determina la presenza di residui di prolina nella sequenza amminoacidica della coda di RNA polimerasi II?

<p>Una conformazione antigenica e riconoscibile (D)</p> Signup and view all the answers

Qual è il ruolo principale della chinasi TFIIH nell'attivazione dell'RNA polimerasi II?

<p>Denaturare il DNA e fosforilare la coda carbossi-terminale (D)</p> Signup and view all the answers

Quali amminoacidi sono fosforilabili più facilmente da TFIIH?

<p>Serina, treonina, tirosina (A)</p> Signup and view all the answers

Cosa implica il processo noto come “firing” nella trascrizione?

<p>La fosforilazione dei gruppi fosfato sulla coda carbossi-terminale (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è l'importanza delle modificazioni post-traduzionali degli RNA appena trascritti?

<p>Preparano l'RNA per la sua traduzione nel citoplasma (D)</p> Signup and view all the answers

Qual è la conseguenza di una struttura peptidica con angoli netti rispetto a una regolare?

<p>Incrementa l'antigenicità della molecola (B)</p> Signup and view all the answers

In cosa consistono le modificazioni post-traduzionali degli RNA?

<p>Capping, splicing e poliadeninazione (B)</p> Signup and view all the answers

Qual è la funzione principale del mediatore nel complesso di assemblaggio con TFIID?

<p>Stimolare la fosforilazione TFIIH-dipendente del CTD (C)</p> Signup and view all the answers

Quale è il ruolo di TFIIH durante la trascrizione?

<p>Consuma ATP per la denaturazione del DNA (A)</p> Signup and view all the answers

Qual è la principale caratteristica della coda carbossiterminale dell'RNA polimerasi II?

<p>È estremamente antigenica dal punto di vista molecolare (D)</p> Signup and view all the answers

Quale amminoacido nella sequenza della coda carbossiterminale è descritto come più ingombrante?

<p>Tirosina (B)</p> Signup and view all the answers

Cosa determina la struttura a zig-zag nel filamento amminoacidico?

<p>La presenza di residui di prolina (A)</p> Signup and view all the answers

Quale di queste affermazioni sul CTD della Polimerasi II è corretta?

<p>È specifico per la RNA pol II e antigenico (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è la funzione della fosforilazione nel contesto della trascrizione?

<p>Facilitare la dissociazione del mediatore dalla Polimerasi II (C)</p> Signup and view all the answers

Perché è significativo il consumo di ATP da parte di TFIIH?

<p>È immensamente grande e necessario per diverse funzioni (B)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Enhancer/Silencer

Sequenze di DNA che si legano a fattori di trascrizione, attivano o inattivano la trascrizione di un gene, anche a distanza dal promotore.

DNA looping

Controllo a distanza di un gene, grazie alla conformazione tridimensionale della cromatina.

Promotore eucariote

Sequenza di DNA a monte del gene che serve come sito di inizio della trascrizione.

Fattori di trascrizione

Proteine che si legano a sequenze specifiche del DNA per regolare l'espressione genica.

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Complesso di pre-inizio

Assemblaggio di fattori generali di trascrizione sul promotore e reclutamento del mediatore per avviare la trascrizione.

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TATA box

Sequenza di DNA specifica che si trova a monte del gene e che è riconosciuta dalla proteina TBP per l'inizio della trascrizione.

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TFII D

Fattore generale di trascrizione che lega la TATA box tramite la proteina TBP ed è essenziale per la trascrizione.

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Bolla di trascrizione

La regione del DNA che si apre (denatura) per permettere la trascrizione.

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TFII H

Fattore generale di trascrizione che ha attività elicasica, apre il DNA e crea la bolla di trascrizione.

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Nucleotide +1

Il primo nucleotide che viene trascritto nella trascrizione a partire dal promotore.

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Mediatore

Un complesso proteico che interagisce con TFIID e la RNA polimerasi II, facilitando l'assemblaggio del complesso di pre-inizio e l'inizio della trascrizione.

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Fosforilazione del CTD

Modificazione chimica della coda carbossiterminale della RNA polimerasi II, svolta da TFIIH, che consente la dissociazione del mediatore e l'inizio dell'allungamento della trascrizione.

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Cosa fa l'elicasica di TFIIH?

TFIIH utilizza ATP per scindere i legami idrogeno tra le due catene di DNA, creando una bolla di denaturazione che permette alla RNA polimerasi II di accedere al DNA.

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Perché TFIIH consuma molta ATP?

TFIIH è una chinasi, un enzima che richiede ATP per fosfori,lare le serine e le treonine della coda carbossiterminale della RNA polimerasi II.

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Coda carbossiterminale della RNA polimerasi II

Tratto caratteristico della RNA polimerasi II, ricco di serine e treonine, che è un substrato per la fosforilazione da parte di TFIIH.

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Antigenicità della coda carbossiterminale

La coda carbossiterminale della RNA polimerasi II è altamente antigenica a causa della sua struttura ripetuta con serine e treonine.

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Importanza dei residui di prolina

I residui di prolina nella coda carbossiterminale della RNA polimerasi II conferiscono alla struttura una forma a zig-zag, rendendola altamente antigenica.

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Antigenicità e struttura

La struttura a zig-zag della coda carbossiterminale della RNA polimerasi II, dovuta alla presenza di prolina, la rende altamente antigenica.

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Fosforilazione della coda carbossi-terminale

La fosforilazione della coda carbossi-terminale dell'RNA polimerasi II è un processo cruciale per l'attivazione della trascrizione. La chinasi TFIIH fosforila 5 residui di serina e treonina su ogni ripetizione di 7 amminoacidi, 'accendendo' l'RNA polimerasi II.

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Riconoscimento antigenico

La coda carbossi-terminale dell'RNA polimerasi II è antigenica a causa della sua struttura flessibile con molti angoli netti creati dalla presenza di proline. Questa struttura la rende facilmente riconoscibile da altre proteine.

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'Firing' della RNA polimerasi II

Il legame di TFIIH alla coda carbossi-terminale dell'RNA polimerasi II determina la fosforilazione di 5 residui per ogni ripetizione di 7 amminoacidi, 'accendendo' l'attività catalitica della polimerasi II. Questo evento di 'firing' è la chiave di svolta per iniziare la trascrizione.

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Ruolo della coda carbossi-terminale nella trascrizione

La coda carbossi-terminale dell'RNA polimerasi II svolge un ruolo chiave nella trascrizione, regolando l'attività catalitica dell'enzima e interagendo con le proteine che modificano gli RNA appena trascritti. La fosforilazione di questa coda è fondamentale per l'avvio della trascrizione.

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Modificazioni post-traduzionali degli RNA

Adese alla coda dell'RNA polimerasi II, nelle cellule eucariotiche, ci sono le subunità enzimatiche che svolgono le modificazioni post-traduzionali degli RNA appena trascritti, come il capping, lo splicing e la poliadeninazione. Queste modificazioni sono cruciali per la maturazione e la stabilità degli RNA.

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Study Notes

Biologia Molecolare - Trascrizione Eucariotica

  • La trascrizione eucariotica coinvolge silencers ed enhancer, molecole che interagiscono con la polimerasi tramite mediatori, attivando o disattivando la trascrizione.
  • A monte della TATA box, c'è una sequenza di -35 basi, oltre a repressori e attivatori che regolano la replicazione.
  • La polimerasi è il complesso proteico finale, responsabile dell'assemblaggio finale.
  • La cromatina presenta punti remoti dal promotore, interagenti con molecole che controllano l'enzima trascrizionale.
  • Questo controllo remoto avviene grazie al DNA looping, e alla conformazione tridimensionale della cromatina.
  • Gli enhancer e i silencer agiscono in sinergia con i fattori di trascrizione, regolando la trascrizione in modo ubiquitario o tessuto-specifico.
  • I consensus adiacenti alla polimerasi II legano i fattori generali della trascrizione.
  • Il complesso di pre-inizio è essenziale per l'inizio della trascrizione, reclutando tutti i fattori generali sul promotore.
  • Il mediatore trasmette segnali positivi e negativi da regioni remote al complesso enzimatico.
  • L'assemblaggio proteico sul promotore è inerte, in attesa di attivazione.

Inizio della Trascrizione

  • Il promotore è identificato dal riconoscimento della TATA box, legata alla subunità proteica TBP (TATA-binding protein).
  • La TBP è un fattore generale di trascrizione essenziale per il funzionamento della polimerasi.
  • Il legame del fattore TFII D crea l'intorno fisico ottimale per la trascrizione ed il ripiegamento a 80° della doppia elica.
  • Il legame di TFII B è stabilizzato da altri fattori generali, impedendo il legame di potenziali inibitori.
  • La polimerasi si lega e si posiziona in modo preciso, permettendo l'inizio della trascrizione dal +1.
  • Il fattore TFII H (con attività elicasica) si lega al promotore, denaturando il DNA e creando la bolla di trascrizione.

Fosforilazione della Coda Carbossi-terminale (CTD) dell'RNA polimerasi II

  • La CTD è caratteristica dell'RNA polimerasi II, ed è un substrato per la fosforilazione da parte di TFII H, un enzima chinasi.
  • La fosforilazione della CTD è fondamentale per l'avvio del processo di trascrizione.
  • La sequenza amminoacidica ripetuta della CTD con Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser è estremamente riconoscibile per altri fattori, determinando una struttura antigenica.
  • Prolina crea ripiegamenti strutturali, conferendo all'enzima specificità nella trascrizione.

Allungamento

  • Il processo di allungamento è simile alla trascrizione procariotica,con l'aggiunta di nucleotidi secondo la complementarità.
  • La RNA polimerasi distingue RNA e DNA.
  • I complessi di rimodellamento modificano la cromatina, regolando l'accessibilità alle sequenze di DNA e l'attività della polimerasi.
  • Le modificazioni post-traduzionali degli istoni (acetilazioni, fosforilazioni, etc.) influenzano l'espressione genica, in modo non ereditabile geneticamente.

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