Questions and Answers
¿Quién fue el primero en proponer un sistema explícito de reconstrucción filogenética?
Cuál de las siguientes afirmaciones sobre la cladística es correcta?
¿Qué método se utiliza en sistemática filogenética para agrupar organismos?
¿Qué tipo de caracteres son relevantes para determinar las relaciones evolutivas según la cladística?
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¿Cuáles son los supuestos básicos de la cladística?
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¿Qué nombre recibe el árbol que ilustra las relaciones entre grupos de organismos en el análisis filogenético?
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¿Cuál de las siguientes opciones describe mejor la filogenia?
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¿Qué revolucionó el enfoque metodológico en la sistemática a partir de los aportes de Hennig?
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Qué implica el principio de Parsimonia en la reconstrucción filogenética?
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Cuál es una ventaja de los métodos de Parsimonia?
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Qué son sitios informativos en el análisis de Máxima Parsimonia?
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Cuál de las siguientes afirmaciones sobre los métodos de Parsimonia es cierta?
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Qué se considera un tipo de dato en los métodos de computación para árboles filogenéticos?
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Cuál de los siguientes es un método de análisis de Máxima Parsimonia?
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En el contexto de la sistemática filogenética, qué es más relevante al aplicar el principio de Parsimonia?
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Cuál es una característica de los métodos de Parsimonia en comparación con los de Maximum Likelihood?
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¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta sobre los caracteres no informativos en análisis cladístico?
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En el análisis de parsimoniar, ¿cuál es el segundo paso que se debe realizar?
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¿Qué se incluye en el primer paso de los métodos de distancia?
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¿Cuál es una desventaja del método UPGMA en el análisis filogenético?
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¿Cuál es la característica principal del método de máxima verosimilitud (ML)?
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Cuando se comparan dos secuencias de DNA, ¿cuál es el resultado observado?
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Sobre los modelos de sustitución de DNA, ¿cuál es un error común en su uso?
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¿Cuál de las siguientes afirmaciones es cierta en relación a la fenética y la cladística?
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¿Qué se entiende por 'likelihood' en el contexto de las hipótesis filogenéticas?
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¿Cuál es el objetivo del método de Maximum Likelihood en la inferencia filogenética?
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¿Qué relación hay entre los datos y el modelo en el contexto de la likelihood?
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¿Qué tipo de sustitución se produce cuando una purina se intercambia por otra purina?
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¿Cuál de los siguientes elementos no es parte de los parámetros utilizados en un modelo de máxima probabilidad?
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¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre las mutaciones es correcta?
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¿Qué representa la matriz de tasa relativa de sustitución en un modelo de máxima probabilidad?
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¿Qué representan las transversiones en el contexto de las sustituciones nucleotídicas?
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¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre la inferencia filogenética es incorrecta?
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¿Cuál es la medida más simple para evaluar el cambio evolutivo en secuencias genéticas?
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¿Qué implicación tienen las mutaciones no sinónimas en la proteína resultante?
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¿Cómo se define la probabilidad de observar los datos en el contexto de un árbol filogenético?
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En un árbol filogenético, ¿qué parámetro describe la frecuencia de los nucleótidos?
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¿Qué tipo de mutación es menos probable que afecte la supervivencia de un organismo?
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¿Qué es más probable que cause un cambio en la secuencia de aminoácidos en una proteína?
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¿Las mutaciones sinónimas son generalmente fijadas con mayor frecuencia que?
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Study Notes
Análisis Filogenético
- Determina si el quagga es más parecido a una zebra o a un caballo.
- El árbol filogenético muestra relaciones de parentesco entre grupos de organismos que provienen de ancestros comunes.
Introducción
- El análisis filogenético se originó en el siglo XIX, inicialmente para estudios genealógicos basados en caracteres morfológicos.
- Se ha ampliado para incluir caracteres cromosómicos, aloenzimáticos y moleculares.
Willie Hennig
- Entomólogo alemán, pionero en la reconstrucción filogenética.
- Su libro "Grundzüge einer Theorie der phylogenetishen Systematik" (1950) revolucionó la sistemática en metodología (cladística) y teoría de clasificación.
Supuestos Básicos en Cladística
- Todos los organismos están relacionados por descendencia de un ancestro común.
- Existe un patrón bifurcante de cladogénesis.
- Los caracteres cambian en los linajes a lo largo del tiempo.
Cladística
- Método que agrupa organismos por caracteres derivados compartidos (sinapomorfías).
- Los taxa que comparten más caracteres derivados se agrupan más cercanamente en un cladograma.
- Encontrar un árbol óptimo no garantiza que sea el "verdadero".
Métodos de Reconstrucción Filogenética
- Métodos matemáticos y estadísticos para inferir divergencias entre taxa y sus conexiones.
- Clasificación de métodos:
- Computación: Optimización, Algoritmos de agrupamiento.
- Distancia: Parsimonia, Maximum Likelihood, Minimum Evolution.
Principio de Parsimonia
- Criterio científico que preferencia hipótesis más simples.
- En sistemática, análogo a "asumir homología en ausencia de evidencia contraria".
- Preferir la hipótesis con menor número de pasos evolutivos.
Métodos de Distancia
- Comparación de taxa basada en secuencias y generación de matriz de distancias.
- Estimación de filogenia a partir de la matriz.
- Métodos más comunes: UPGMA, que agrupa según la menor distancia media entre taxa.
Método de Máxima Verosimilitud (ML)
- Desarrollado por Cavalli-Sforza y Edwards (1967), ofrece estimaciones con menor varianza.
- Evalúa la probabilidad de observar datos dadas ciertas hipótesis y modelos.
Parámetros del Modelo de Máxima Verosimilitud
- Incluye la topología del árbol y la proporción de sitios invariantes.
- Estima frecuencias de bases nucleotídicas y tasas de sustitución.
Tipos de Sustituciones Genéticas
- Transiciones: Sustituciones que intercambian purinas.
- Transversiones: Sustituciones que intercambian purinas y pirimidinas.
Código Genético
- Mutaciones sinónimas (silentes) no cambian el aminoácido codificado.
- Mutaciones no sinónimas cambian el aminoácido, impactando la función.
Medición del Cambio Evolutivo
- Se mide contando el número de sitios nucleotídicos diferentes.
- Diferentes tipos de secuencias evolucionan a tasas distintas, lo que afecta su análisis filogenético.
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Description
Este cuestionario aborda el análisis filogenético y la cladística, explorando las relaciones evolutivas entre organismos como el quagga, la zebra y el caballo. Se revisa la historia del análisis filogenético y los aportes de Willie Hennig en este campo. Además, se examinan los supuestos básicos en cladística y su metodología.
