synthèse remaniée.docx

Table des matières {#table-des-matières.En-ttedetabledesmatires} ================== [[Le genre Staphylococcus] 4](#le-genre-staphylococcus) [[1.] [Espèces et pathologie] 4](#esp%C3%A8ces-et-pathologie) [[1.1.] [Non-alimentaire] 4](#non-alimentaire) [[2.] [Réservoir] 4](#r%C3%A9servoir) [[3.] [D...

Table des matières {#table-des-matières.En-ttedetabledesmatires} ================== [[Le genre Staphylococcus] 4](#le-genre-staphylococcus) [[1.] [Espèces et pathologie] 4](#esp%C3%A8ces-et-pathologie) [[1.1.] [Non-alimentaire] 4](#non-alimentaire) [[2.] [Réservoir] 4](#r%C3%A9servoir) [[3.] [Définition/classification] 4](#d%C3%A9finitionclassification) [[3.1.] [Hémolyse^2^] 5](#h%C3%A9molyse2) [[3.2.] [Coagulase libre = staphylocoagulase] 5](#coagulase-libre-staphylocoagulase) [[3.3.] [Coagulase lié = clumping factor] 6](#coagulase-li%C3%A9-clumping-factor) [[3.4.] [Triple test « Staph-Latex »] 6](#triple-test-staph-latex) [[3.5.] [Résistance/sensibilité à la novobiovine 5μg] 6](#r%C3%A9sistancesensibilit%C3%A9-%C3%A0-la-novobiovine-5%CE%BCg) [[4.] [Identification] 6](#identification) [[4.1.] [Infection cutanée (pus)] 7](#infection-cutan%C3%A9e-pus) [[4.2.] [Septicémie (hémoculture)] 7](#septic%C3%A9mie-h%C3%A9moculture) [[5.] [Dans le domaine agroalimentaire] 7](#dans-le-domaine-agroalimentaire) [[Le genre Streptococcus] 7](#le-genre-streptococcus) [[1.] [Espèces et pathologies] 7](#esp%C3%A8ces-et-pathologies) [[2.] [Réservoir] 8](#r%C3%A9servoir-1) [[3.] [Définition/classification] 8](#d%C3%A9finitionclassification-1) [[3.1.] [Groupe ?] 9](#_Toc167796047) [[3.2.] [ Esculine ?] 9](#esculine) [[3.3.] [PYRR ?] 9](#pyrr) [[3.4.] [Résistance/sensibilité à l'optochine] 10](#r%C3%A9sistancesensibilit%C3%A9-%C3%A0-loptochine) [[4.] [Identification] 10](#identification-1) [[4.1.] [Infection urinaires, cutanées, VRB, etc] 11](#infection-urinaires-cutan%C3%A9es-vrb-etc) [[4.2.] [Septicémie (hémoculture)] 11](#septic%C3%A9mie-h%C3%A9moculture-1) [[5.] [Dans le domaine agroalimentaire] 11](#dans-le-domaine-agroalimentaire-1) [[Les bacilles Gram -- Entérobactéries] 11](#les-bacilles-gram-ent%C3%A9robact%C3%A9ries) [[1.] [Généralités] 11](#g%C3%A9n%C3%A9ralit%C3%A9s) [[1.1.] [Gélose Mac Conkey (séléctif)] 11](#g%C3%A9lose-mac-conkey-s%C3%A9l%C3%A9ctif) [[1.2.] [Kligler (polyvalent)] 12](#kligler-polyvalent) [[2.] [Les espèces entéropathogènes] 13](#les-esp%C3%A8ces-ent%C3%A9ropathog%C3%A8nes) [[2.1.] [Salmonella sp.] 13](#salmonella-sp.) [[2.2.] [Escherichia coli] 15](#escherichia-coli) [[2.3.] [Yersinia sp.] 16](#yersinia-sp.) [[3.] [Les non-entéropathogènes] 18](#les-non-ent%C3%A9ropathog%C3%A8nes) [[3.1.] [Escherichia coli] 18](#escherichia-coli-1) [[3.2.] [Klebsiella sp.] 18](#klebsiella-sp.) [[3.3.] [Enterobacter sp.] 20](#enterobacter-sp.) [[3.4.] [Proteus sp.] 21](#proteus-sp.) [[4.] [Dans le domaine agroalimentaire] 21](#dans-le-domaine-agroalimentaire-2) [[4.1.] [Entérobactéries] 21](#ent%C3%A9robact%C3%A9ries) [[4.2.] [Escherichia coli] 22](#escherichia-coli-2) [[4.3.] [Salmonella spp.] 22](#salmonella-spp.) [[Bacilles Gram -- non fermentants] 22](#bacilles-gram-non-fermentants) [[1.] [Espèce et pathologies] 22](#esp%C3%A8ce-et-pathologies-1) [[2.] [Réservoir] 22](#r%C3%A9servoir-2) [[3.] [Définition/classification] 23](#d%C3%A9finitionclassification-5) [[4.] [Identification] 23](#identification-2) [[5.] [Dans le domaine agro-alimentaire] 24](#dans-le-domaine-agro-alimentaire) [[Bacilles Gram +] 24](#bacilles-gram) [[1.] [Non- sporulés] 24](#non--sporul%C3%A9s) [[1.1.] [Espèces et pathologies] 24](#esp%C3%A8ces-et-pathologies-4) [[1.2.] [Réservoir] 24](#r%C3%A9servoir-3) [[1.3.] [Définition/classification] 25](#d%C3%A9finitionclassification-6) [[1.4.] [Identification] 25](#identification-3) [[2.] [Sporulés] 26](#sporul%C3%A9s) [[2.1.] [Espèces et pathologies (sporulés)] 26](#esp%C3%A8ces-et-pathologies-sporul%C3%A9s) [[2.2.] [Réservoir] 26](#r%C3%A9servoir-4) [[2.3.] [Définition/Classification] 26](#d%C3%A9finitionclassification-7) [[2.4.] [Identification] 27](#identification-4) [[3.] [Dans le domaine agroalimentaire] 27](#dans-le-domaine-agroalimentaire-3) [[3.1.] [Listeria monocytogenes] 27](#listeria-monocytogenes) [[3.2.] [Bacillus cereus] 27](#bacillus-cereus) [[3.3.] [Clostridium botulinum] 27](#clostridium-botulinum) [[3.4.] [Clostridium perfringens] 28](#clostridium-perfringens) [[Antibiotiques et antibiogramme] 28](#antibiotiques-et-antibiogramme) [[1.] [Substances antibactériennes : généralités] 28](#substances-antibact%C3%A9riennes-g%C3%A9n%C3%A9ralit%C3%A9s) [[1.1.] [CMI -- CMB] 28](#cmi-cmb) [[1.2.] [Spectre] 28](#spectre) [[2.] [Détermination de l'efficacité d'un antibiotique : antibiogramme (ABG)] 29](#d%C3%A9termination-de-lefficacit%C3%A9-dun-antibiotique-antibiogramme-abg) [[2.1.] [Méthode de dilution = référence] 29](#m%C3%A9thode-de-dilution-r%C3%A9f%C3%A9rence) [[2.2.] [Méthode des disques] 30](#m%C3%A9thode-des-disques) [[2.3.] [Etest®] 31](#etest) [[3.] [Classes d'antibiotiques] 31](#classes-dantibiotiques) [[3.1.] [Inhibition de la synthèse des acides nucléiques] 31](#inhibition-de-la-synth%C3%A8se-des-acides-nucl%C3%A9iques) [[3.2.] [Inhibition de la synthèse de la paroi] 32](#inhibition-de-la-synth%C3%A8se-de-la-paroi) [*[3.3.]* [Inhibition de la synthèse des protéines] 32](#inhibition-de-la-synth%C3%A8se-des-prot%C3%A9ines) [[Technique de prélèvement et analyses : sang] 32](#technique-de-pr%C3%A9l%C3%A8vement-et-analyses-sang) [[1.] [Prélèvement] 32](#pr%C3%A9l%C3%A8vement) [[1.1.] [Composition et incubation des 2 flacons] 33](#composition-et-incubation-des-2-flacons) [[1.2.] [Flacon +] 33](#flacon) [[2.] [Bactéries fréquentes] 33](#bact%C3%A9ries-fr%C3%A9quentes) [[3.] [Culture et identification] 33](#culture-et-identification) [[Techniques de prélèvements et analyses : selles] 34](#techniques-de-pr%C3%A9l%C3%A8vements-et-analyses-selles) [[1.] [Prélèvements] 34](#pr%C3%A9l%C3%A8vements) [[2.] [Transport/stockage] 34](#_Toc167796114) [[3.] [Pathogènes fréquents] 34](#pathog%C3%A8nes-fr%C3%A9quents) [[3.1.] [Bactéries] 34](#bact%C3%A9ries) [[3.2.] [Analyses] 35](#analyses) [[Technique de prélèvement et analyses : urine] 36](#technique-de-pr%C3%A9l%C3%A8vement-et-analyses-urine) [[1.] [Prélèvement] 36](#pr%C3%A9l%C3%A8vement-1) [[2.] [Transport/stockage] 36](#transportstockage-1) [[3.] [Bactéries pathogènes fréquentes] 37](#bact%C3%A9ries-pathog%C3%A8nes-fr%C3%A9quentes) [[4.] [Analyses] 37](#analyses-1) [[4.1.] [Examens macroscopiques] 37](#examens-macroscopiques) [[4.2.] [Examens microscopiques] 37](#examens-microscopiques) [[4.3.] [Culture  dénombrement et identification] 37](#culture-%C3%A8-d%C3%A9nombrement-et-identification) [[Milieu polyvalent ChromID CPS Elite] 38](#milieu-polyvalent-chromid-cps-elite) [[Techniques de prélèvement et analyses : lait] 39](#techniques-de-pr%C3%A9l%C3%A8vement-et-analyses-lait) [[1.] [Microflore naturelle du lait] 39](#microflore-naturelle-du-lait) [[2.] [Mammite] 39](#mammite) [[2.1.] [Mammite endogène] 39](#mammite-endog%C3%A8ne) [[2.2.] [Mammite exogène] 40](#mammite-exog%C3%A8ne) [[3.] [Prélèvements] 40](#pr%C3%A9l%C3%A8vements-1) [[4.] [Transport/stockage] 40](#transportstockage-2) [[5.] [Culture et identification] 40](#culture-et-identification-1) Microbiologie alimentaire Le genre Staphylococcus ======================= 1. Espèces et pathologie --------------------- 1. ### Non-alimentaire Sta. aureus, Sta. hyicus et Sta. intermedius Si rupture de la barrière cutanée (blessure, KT, chirurgie) Infections diverses ✓Peau et muqueuses ✓Système génital ✓Système urinaire ✓Système respiratoire ✓Bactériémie / septicémie Sta. epidermidis / cathéter Sta. saprophyticus / inf. urinaires Réservoir --------- - Rhino-pharynx / peau ✓Sta. aureus (Homme, porc,\...) ✓Sta. hyicus (porcs, bovins, chevaux,\...) ✓Sta. intermedius (chiens,\...) dont Sta. pseudintermedius (chiens, chats,\...) ✓Sta. epidermidis et Sta. saprophyticus (divers) peau Définition/classification ------------------------- [Genre] : Staphylococcus [Espèces fréquentes] : ✓Sta. epidermidis ✓Sta. hyicus ✓Groupe des Sta. intermedius (sensu stricto, Sta. pseudintermedius, autres) ✓Sta. Saprophyticus ✓Sta. epidermidis [\ ] Enzyme du métabolisme respiratoire aérobie : H2O2→H2O + 1⁄2 02 ### Hémolyse^2^ NaCl hémolyse partielle = hémolyse, dégrade les GR jusqu'au stade biliverdine hémolyse complète pas d'hémolyse  ### Coagulase libre = staphylocoagulase = fibrinogène transformé en fibrine [\ ] 1. Émulsionner 1 colonie 2. Incuber 2h à 4h à 37°C ### Coagulase lié = clumping factor ### Triple test « Staph-Latex » 1\. Vérifier l'absence d'autoagglutination déposer une goutte de billes sans repère (contrôle négatif) émulsionner une colonie à identifier 2\. Si pas d'agglutination déposer une goutte de billes avec repère (test) Staph. Aureus ou inter. si agglu ### Résistance/sensibilité à la novobiovine 5μg Sur Staph. gamma-hémolytique [Sur gélose au sang] 1. Suspension standardisée - souche pure - sérum phy - 1,5\*10\^-8 UFC/mL (=0,5 Mac Farland) 2. Ensemencement massif - Écouvillon stérile - Stries serrées (3 passages + contours) 3. Dépôt du comprimé 4. 24h/37°C/aérobie 5. Lecture si diamètre de la ZI \>12 mm Identification -------------- 1. Isolement du prélèvement / gélose au sang 2. Hémolyse sur gélose au sang (+ANC)→α, β ou Υ? 3. Coloration de Gram si GS (pas si GS+ANC)→CG+ en amas 4. Catalase → + 5. Coagulase libre, Staph. latex ou R/S novobiocine 5μg 7. ### Infection cutanée (pus) 1. Isolement sur GS+ANC 24h/37°C/aéro. colonies blanches 2. β-hémolyse si S. intermedius et S. aureus 3. Coloration de Gram ◊ CG+, amas 4. Catalase + A. Si bêta-H ◊ Staph-latex ### Septicémie (hémoculture) 1. Isolement sur GS → 24h/37°C/aéro. → colonies blanches 2. Hémolyse? 3. Coloration de Gram CG+, amas 4. Catalase → + A. Si bêta-H → Staph-latex B. Si gamma-H→R/S novobiocine Dans le domaine agroalimentaire ------------------------------- - Staphylococcus aureus (Sta. intermedius et Sta. hyicus) - Contamination d'origine humaine (ou mammite/lait) - **Intoxination** - Entérotoxine (staphylococcique) thermostable - Incubation courte : 30' à 8 heures avec relation dose (20-144 ng) / sensibilité Pas de fièvre - Nausées, vomissements, crampes abdominales voire diarrhée - Guérison à + 24h - Etat de choc, déshydratation possibles si cc++ et terrain 'faible' - Surtout plats préparés / riches Le genre Streptococcus ====================== Espèces et pathologies ---------------------- - *Str. agalactiae, Str. dysgalactiae, Str. uberis* - *Str. bovis* - *Str. canis* - *Str. equi* - *Str. Pneumoniae* - *Str. Viridans* - *Enterococcus cecorum* - *E. faecalis* Réservoir --------- Souvent ubiquitaires - *Str. agalactiae, Str. dysgalactiae, Str. uberis* - *Str. bovis* - *Str. Canis* - *Str. equi* - *Str. Pneumoniae* - *Str. Viridans* - *Enterococcus cecorum, E. faecalis*  Définition/classification ------------------------- [Famille] : *Streptococcaceae / Enterococcaceae* [Genre] : *Streptococcus / Enterococcus* [Caractères morphologiques et biochimiques] - Coques Gram+, en chaîne voire diplocoque ou amas - Petites colonies grises, rondes - Aéro-anaérobies - Catalase -- Une image contenant texte, capture d'écran, Police, nombre Description générée automatiquement 1. []{#_Toc167796047.anchor}Groupe ? - Classification de Lancefield - Basée sur polysaccharide C dans la paroi è groupes A, B, C, D, E, F, G,\... è "A = *Str. pyogenes*, B = *Str. agalactiae,\...* [Mode opératoire] 1. Suspension dans 300 μl enzyme de Maxted è 37°C/15' à Ag décelables 2. Suspension de billes de latex avec anticorps (Ac) spécifiques du groupe suspecté 3. Ajouter suspension de Maxted 4. Agglutination si correspondance Ac/Ag ### Esculine ? - Dégradation de l'esculine (esculinase) è esculétine - Esculétine + citrate de Fe è précipité marron à noir è *Str. bovis* ou *Enterococcus* 3. ### PYRR[^3^](#fn3){#fnref3.footnote-ref} ? {#pyrr} Sur Streptococcus alpha- et gamma-hémo.  [En tube de 0,25 ml de sérum phy.] 1. Ensemencement « milky » 2. Dépôt du comprimé 3. 4h/37°C/aérobiose 4. Lecture è Si rose = PYRR + (*E. cecorum ou E. faecalis*) 4. ### Résistance/sensibilité à l'optochine Sur alpha-hémolytiques non-groupables [Sur gélose au sang] 1. Ensemencement massif 2. Dépôt du comprimé 3. 24h/37°C/aérobiose 4. Lecture èSi R = *Str. uberis, Str. Viridans* è Si S = *Str. pneumoniae* 4. Identification -------------- 1. 2. 3. Catalase è - 4. Typage si bêta voire gamma-hémolytiques 5. A. PYRR si esculine + et R/S optochine si alpha-H non groupable *MALDI-TOF* A partir d'une colonie isolée et fraîche 1. Analyte (colonie) associé à une **matrice protectrice** (MA) 2. Ionisation des protéines bactériennes par **rayon laser** (LDI) è émissions d\'ions +/- lourds 3. Ions accélérés dans un champ électrique è migration - Vitesse de migration fonction de m/z (m = masse ; z = charge) - **Temps de vol** propre à chacun (TOF) 4. Détection du passage des ions en fin de parcours par un spectromètre de masse è mesure du temps de vol è spectre spécifique  ### Infection urinaires, cutanées, VRB, etc[^5^](#fn5){#fnref5.footnote-ref} {#infection-urinaires-cutanées-vrb-etc} 1. Isolement sur GS+ANC (+BEA si urinaire) à 2. α, β ou Υ-hémolyse 3. Catalase è - 4. Typage si bêta/gamma-H 5. A. PYRR si esculine + B. R/S optochine si alpha-H non groupable ou MALDI-TOF après 2 ### Septicémie (hémoculture) 1. Isolement sur GS (voire BEA) è 24h/37°C/aéro. è petites colonies grises 2. α, β ou Υ-hémolyse 3. Coloration de Gram è CG+, chaîne, diplocoque,\... 4. Catalase è - 5. Typage si bêta-H ou gamma-H 6. A. PYRR si esculine + B. R/S optochine si alpha-H non groupable ou MALDI-TOF après 2 Dans le domaine agroalimentaire ------------------------------- - Enterococcus sp. - Indicateur de contamination fécale dans l'eau - Pas pathogène par ingestion - Critère microbiologique/ eaux de distribution **absence/100 mL** Les bacilles Gram -- Entérobactéries ==================================== Généralités ---------------------------------- [Famille] : Enterobacteriaceae [Réservoir] : ubiquitaires (intestinale) [Caractéristiques morphologiques et] [biochimiques] : - BG-, isolés - R. sels biliaires (GMC) - F. gluc+ (Kligler) - Oxydase négative - Aéro-anaérobie 1. ### Gélose Mac Conkey (séléctif) [Fonction :] Mise en évidence de BG- « intestinaux » fermentant ou pas le lactose [Composition] - Peptones - Sels biliaires (anti non « intestinaux ») - Cristal violet (anti Gram +) - Lactose - Rouge neutre - NaCl - Agar [Lecture] : - Non BG- « intestinales » inhibées - BG- intestinales lactose + è acidification è colonies fuchsia (+ halo de précipitation) - BG- intestinales lactose - è pas d\'acidification è colonies incolores 2. ### Kligler (polyvalent) [Fonction :] Mise en évidence de 4 caractéristiques biochimiques : - F. glucose - F. lactose (bêta-galactosidase) - Production de gaz lors de la/des fermentation (s) - Production d'H2S (thiosulfate réductase) [Composition :] - Peptone - Extrait de levure et viande - NaCl - Glucose 1g/L - Lactose 10g/L - Rouge de phénol - Thiosulfate de Na - Citrate de Fe - Agar **pH \~7,4** [Lecture :] - Fermentation du glucose è culot - Fermentation du lactose (bêta-galactosidase) èculot \+ Production de gaz lors des fermentations èculot o Si oui è bulles ou gélose 'éclatée' \+ Réduction du thiosulfate (thiosulfate réductase) culot o Si oui è H2S+ èprécipité de FeS è culot noir (èculot jaune!!) o Si non èculot jaune ou rouge èCytochrome oxydase = enzyme respiratoire : dernier accepteur d'électrons de la chaîne respiratoire chez les aérobies strictes è O2 - Absente chez les entérobactéries - Présente chez les BG- non-fermentants (P.ex. Pseudomonas) ð caractère distinctif [Mode op.] 1\. Sur un papier filtre, déposer un disque de substrat (DMPD[^6^](#fn6){#fnref6.footnote-ref}), avec une pince en plastique 2.Déposer 2-3 gouttes d'eau de ville sur le disque ==\> diffusion du réactif 3\. Avec une öse en plastique, prélever une colonie isolée de BG-/L- 4\. Faire une strie perpendiculaire au disque 5\. Si apparition d'une trace bleue/violette è oxydase+ 2. Les espèces entéropathogènes ---------------------------- 3. ### Salmonella sp. 1. #### Espèce et pathologies - Salmonella entérina è gastro-entérite, entérocolite, septicémie (portage possible) - Transmission oro-fécale è ne fait pas partie de la flore normale intestinale è pathogène ou porteurs sains 2. #### Définition/classification [Genre :] *Salmonella* [Espèces :] *Salmonella bongori* et *S. enterica* [Sous-espèces :] *S. enterica enterica* [Sérovars][^7^](#fn7){#fnref7.footnote-ref} [(Ag, O, H et K) :] #### ***S.e. e.** Dublin* - ***S.e. e.** Enteritidis* - ***S.e. e.** Gallinarum* - ***S.e. e**. Typhimurium* -... zoonose ou pas [Caractères morphologiques et biochimiques :] - BG-, isolés / F. gluc + / Ox- / Aéro-anaéro[bie] - Lactose - è NON-COLIFORME[^8^](#fn8){#fnref8.footnote-ref}!! - Saccharose -- - Xylose + - LDC + - H2S + ##### XLD (Xylose -- Lysine -- Désoxycholate) [Fonction :] Mise en évidence de BG- résistants aux sels biliaires et - Fermentation d'un sucre ou plus (lactose, saccharose, xylose) - Décarboxylation de la lysine (lysine décarboxylase) - Production de H2S (thiosulfate réductase) [Composition :] - Extrait de levure - Désoxycholate de Na BG- « intestinaux » - NaCl - Agar [Lecture] : Si croissance è BG- 'intestinal' - - Si au - un sucre + è productions d'acides è ↓pH è colonies jaunes (+ précipité jaune) - Si aucun sucre fermenté è colonies incolores - Si LDC + productions de 'bases' è ↑ pH o Si Xylose + et LDC+ è colonies incolores o Si lactose et/ou saccharose + è colonies jaunes Si H2S+ è réaction avec le citrate de Fe è centre noir 3. #### Identification si selle 1.Isolement sur XLD 2. Incubation colonie incolores à centre noir 3. Galerie Api 20 ou MALDI TOF 4. Sérotypage (Sciensano) *Galerie Api 20* - Pour BG- résistants aux sels biliaires, Ox- - Plusieurs substrats pour plusieurs enzymes *Maldi-Tof = technique d'identification*[^9^](#fn9){#fnref9.footnote-ref} *Sérotypage = cartérisation des souches via leurs antigènes* O = LPS H = flagelles K = capsule [Mode opératoire :] - Utilisation de billes de latex recouvertes d'anticorps connus - Mélange avec la souche à tester (antigènes inconnus) - Positif si agglutination 4. #### Identification si sang 1.Isolement sur Mac Conkey 2.Incubation colonie incolores 3.Recherche de l'oxydase è - 4.Galerie Api 20E ou MALDI TOF 5.Sérotypage (Sciensano) 4. ### Escherichia coli 5. #### Pathologies[^10^](#fn10){#fnref10.footnote-ref} {#pathologies} colibacilloses pré et post-sevrage, entérites, septicémie - EPEC (O199 : H2,\...) è jeunes animaux - ETEC è nouveaux-nés ( à jeunes animaux) o Adhésion + entérotoxine - NTEC èjeunes et adultes - EHEC (O138 : K82,\...) è jeunes animaux #### Définition/classification [Genre :] *Escherichia* [Espèce :] *Escherichia coli* [Caractères morphologiques et biochimiques :] BG-, isolés [^11^](#fn11){#fnref11.footnote-ref} - F. gluc +. - Ox- - Aéro-anaérobies - F. lactose + (cf. XLD)  #### Identification si selles 1. Isolement sur XLD 2. Incubation à colonie jaune (+ milieu jaune) 3. Galerie Api 20E ou MALDI TOF 4. Sérotypage #### #### Identification si sang 1. Isolement Mac Conkey 2. Incubation colonies fuschia (+halo fuschia) 3. Galrie Api 20E ou MALDI 4. Sérotypage *Sérotypage*[^12^](#fn12){#fnref12.footnote-ref} - O = LPS - H = flagelles - K= capsule [Mode op.] 1. Utilisation de billes latex recouvertes d'anticorps connus 2. Mélange avec la souche à tester (antigènes inconnus) 3. Positif si agglutination 5. ### Yersinia sp. 9. #### Espèces et pathologies[^13^](#fn13){#fnref13.footnote-ref} {#espèces-et-pathologies-1} - *Yersinia enterocolitica* = entérite (portage) - *Yersinia pseudotuberculosis* = gastro-entérite, entérocolite, septicémie è transmission oro-fécale (+poils, poussières,etc) 10. #### Définition/classification [Famille :] *Yersiniaceae* [Genre :] *Yersinia* [Espèce :] *Yersinia enteritidis et Y. pseudotuberculosis* [Caractères morphologiques et biochimiques :] - BG-, isolés / F. gluc + / Ox- / Aéro-anaérobie Lactose - è NON-COLIFORME!! - F Mannitol + (cf. milieu CIN) - Croissance à 29°C CIN[^14^](#fn14){#fnref14.footnote-ref} [Composition] [Lecture] - Si M+ è acide è petites colonies à centre rose fuschia - Y. enterocolitica è = halo pâle (œil de bœuf) #### Identification si selles 1. Isolement sur CIN 2. Incubation à 29°C è colonie à centre rose et bords translucides 3. Galerie API 20^E^ (29°C) #### Identification si sang 1. Isolement sur MC 2. Incubation è petite colonies transparentes (bêta-galactosidase -) 3. Oxydase -- 4. Galerie Api 20^E^ (29°C) 3. ### Les non-entéropathogènes 6. ### Escherichia coli[^15^](#fn15){#fnref15.footnote-ref} {#escherichia-coli-1} 13. #### Pathologies {#pathologies-1} - infections urinaires (N°1), mammites ascendantes, pyodermites... 14. #### Caractères biochimiques - BG-, isolés - F. gluc + - Ox- - Aéro-anaérobies - F. lactose + - Bêta-glucuronidase + (cf. milieu ChromID CPS Elite) *Milieu ChromID CPS Elite* - Milieu polyvalent et chromogène - Substrat enzymatique chromogène incolore - Si enzyme « adaptée » è clivage et libération du groupement chromogène è couleur (de la colonie) - Mise en évidence de 4 caractéristiques biochimiques - β-galactosidase = colonies rose pâle - β-glucuronidase = colonies bordeaux - β-glucosidase (\~ esculinase) = colonies bleues - Tryptophane désaminase = milieu brun orangé - E.coli est β-galactosidase + et β-glucuronidase + à colonies bordeaux 15. #### Identification si urine - colonies rouges/bordeaux 16. #### Identification si autres prélèvements (sauf copro.) 1. Isolement sur MC 2. Incubation 3. Galerie Api 20^E^ ou MALDI-TOF 7. ### Klebsiella sp.[^16^](#fn16){#fnref16.footnote-ref} {#klebsiella-sp.} 17. #### Espèces et pathologies {#espèces-et-pathologies-2} 18. #### Caractères biochimiques - Entérobactérie - Bêta-galactosidase + - Béta-glucosidase + (milieu chroID CPS Élite) - Uréase + - F.butane-diolique + (=VP+) - Indole -/**indole+** *MILIEU ChormID Élite* - Milieu polyvalent - Milieu chromogène - Substrat enzymatique chromogène incolore - Si enzyme « adaptée » è clivage et libération du groupement chromogène è couleur (de la colonie) - Mise en évidence de 4 caractéristiques biochimiques - β-galactosidase è rose pâle - β-glucuronidase è bordeaux - β-glucosidase ( dégrade l'esculinase[^17^](#fn17){#fnref17.footnote-ref}) è bleu - Tryptophane désaminase è milieu brun orangé *Klebsiella est β-galactosidase + et β-glucosidase* è *colonies bleu/gris* Uréase + = urée CO2 + 2 NH3 (baisse de pH)  [Mode opératoire ] 1. Ensemencer massivement un bouillon à l'urée (urée, rouge de phénol, NaCl, éthanol, tryptophane) 2. Incuber 24h/37°C/aéro Fermentation butane-diolique + (=VP+) = glucose actoine butane-diol [Mode opératoire] 1. Ensemencer un bouillon Clark & Luis (glucose, peptone, tampon) 2. Incuber 3. Ajouter KOH & alpha-naphtol 4. Chauffer 37°C/15' 5. è VP+ si coloration rose [Mode opératoire] 1. Ensemencer un milieu avec tryptophane (SIM) 2. Incuber 3. Ajouter du réactif de Kovacs è indole + si anneau rose en surface 19. #### Identification si urine 3. Galerie Api20 (Lac +, VP+, indole...) 20. #### Identification si autre prélèvement 1. Isolement sur Mac Conkey 2. Incubation 24h/37°C/aéro. 3. Galerie Api20E (Lac +, VP+, urée +, indole,\...) ou MALDI-TOF 8. ### Enterobacter sp.[^19^](#fn19){#fnref19.footnote-ref} {#enterobacter-sp.} 21. #### Pathologies {#pathologies-2} Infections urinaires, mammites #### Caractères biochimiques - Entérobactérie - F.lactose + (gélose MC) - Bêta-glucosidase + (cf. milieu ChromID CPS Elite) - Uréase - - F. butane-diolique + (=VP+) 23. #### Identification si urine 1\. Isolement sur milieu chromogène 2\. Incubation è colonie bleu 3\. Galerie Api 20E ####  Identification si autre prélèvement 1. Isolement sur MC 2. Incubation 3. Galerie Api 20E (F. lac+, VP+...) 9. ### Proteus sp.[^20^](#fn20){#fnref20.footnote-ref} {#proteus-sp.} 25. #### Espèces et pathologies {#espèces-et-pathologies-3} Proteus mirabilis & P. vulgaris è infections urinaires, mammites #### Caractères biochimiques - Entérobactérie - F. lactose - (bêta-galactosidase -) - H2S+ (thiosulfate réductase + ; cf. kligler et XLD) - Urée + - Indole - / indole + (tryptophanase +) 27. #### Identification si urine 1. Isolement sur milieu chromogène 2. Incubation èmilieu orange/brun 3. Recherche d'indole (ajout Griess) - Si rose = P.vulgaris - Si incolore = P. mirabilis #### Identification si autre prélèvement 1. Isolement sur MC 2. Incubation 3. Oxy -- 4. Galerie Api 20E 4. Dans le domaine agroalimentaire ------------------------------- 10. ### Entérobactéries - Indicateur de contamination fécale peu spécifique - Indicateur : si présent anomalie - Indicateur de contamination fécale souillure supposée fécale - Contamination fécale = principale source de pathogènes alimentaires - Pas forcément de pathogène associé mais risque + élevé si + grande cc. - Dénombrements - Carcasses de bovins, ovins, caprins : M = 5\*102 UFC/cm2 - Lait pasteurisé : M = 5 UFC/ml - Crème glacée : M =100 UFC/g 11. ### Escherichia coli {#escherichia-coli-2} - Idem Entérobactéries - Dénombrements - VH : M = 500 UFC/g - Beurre : M = 100 UFC/g - Fruits et légumes pré-découpés : M = 1000 UFC/g 12. ### Salmonella spp. - Ne fait pas partie de la flore normale - Pathogène par ingestion ! - Recherche - VH à consommer crue : absence dans 25g - Crèmes glacées : idem ### Bacilles Gram -- non fermentants[^21^](#fn21){#fnref21.footnote-ref} {#bacilles-gram-non-fermentants} ===================================================================== Espèce et pathologies --------------------- - *Pseudomonas aeruginosa*[^22^](#fn22){#fnref22.footnote-ref} = bacille pyocyanique - Infection peau - Surinfection de plaies (brûlures) è pus verdâtre - Otites externes - Infections nosocomiales (VRB, septicémie) - Opportuniste Réservoir --------- Environnement aqueux (eau,sol, végétaux) è saprophyte - Évier,etc - Solutions antiseptiques, etc - Biofilms Définition/classification ------------------------------------------------ [Famille :] *Pseudomonadaceae* [Genre :] *Pseudomonas* [Espèce :] *Pseudomonas aeruginosa* [Caractères morphologiques et biochimiques :] - BG-, isolés - Aérobie stricte - **Oxydase +** - **Production de pyocyanine** *Cytochrome oxydase = enzyme respiratoire : dernier accepteur d'électrons de la chaîne respiratoire chez les aérobies strictes* è *O2* - Absente chez les entérobactéries - Présente chez les BG- non fermantantes (ex : pseudomonas) ð Caractère distinctif [Mode op]. 1. Sur un papier filtre, déposer un disque de substrat (DMPD), avec une pince en plastique 2. Déposer 2-3 gouttes d'eau de ville sur le disque è diffusion du réactif 3. Avec une öse en plastique, prélever une colonie isolée de BG-/L- 4. Faire une strie perpendiculaire au disque 5. Si apparition d'une trace bleue/violette è oxydase+  *Production de pyocianine = pigment bleuté* [Mode op.] 1. Ensemencer la pente d'un milieu Pseudomonas agar 2. Visser le bouchon partiellement Identification -------------- 1. Isolement du prélèvement mono/polymicrobien sur gélose MC 2. Incubation è colonies incolores 3. Recherche de l'oxy è + 4. Galerie Api 20NE ou MALDI TOF *Galerie Api 20NE* Série de substrats + indicateur 1. Ensemencement à p. d'une suspension 2. Ajout éventuel de paraffine 3. Incubation 4. Ajout éventuel de réactifs 5. Lecture = tests positifs ou négatifs 6. Détermination du code è identité de la souche  Dans le domaine agro-alimentaire -------------------------------- - Interdite en eaux de source et minérales - **0/250 ml** - Microfiltration - Filtration sur membrane (porosité = 0,45μ) de 250ml - Dépôt sur milieu sélectif - Incubation - Lecture Bacilles Gram + =============== 1. Non- sporulés ------------- 1. ### Espèces et pathologies {#espèces-et-pathologies-4} - *Corynebacterium pseudotuberculosis* - Folliculite - *C. ulcerans* - Mammite - *C. renale* - Infections urinaires - *Listeria monocytogenes* - Avortements - Septicémies - Méningites 2. ### Réservoir - *Corynebacterium pseudotuberculosis* - Peau - *C. ulcerans* - Peau, muqueuses - *C. renale* - Tractus génital/bovins - *Listeria monocytogenes* - Ubiquitaire (!! Silo) 3. ### Définition/classification [Famille] : *Corynebacteriaceae / Listeriaceae* [Genre] : *Corynebacterium / Listeria* [Caractères morphologiques et biochimiques] - Petits bacilles Gram+ en massue et lettres chinoises / en palissade - Petites colonies blanches - Hémolyses variables selon les espèces - Catalase + *Mobilité à 29°C* [Milieu SIM] 1. Strie verticale aller-retour même chemin 2. Incubation à 29°C è trouble si mobile + è L.monocytogenes - Peptone - Tryptophane - Thiosulfate de Na - Citrate de Fe - Agar (demi-cc) *Camp test* = recherche de camp factor è synergie bêta-hémolytique [Sur gélose au sang de mouton] 1. Strie verticale de *Staphylococcus aureus* ATCC (2 hémolyses bêta) 2. Strie verticale du BG+, catalase + à identifier 3. Incubation 24h/37°C/aérobiose 4. Synergie hémolytique è hémolyse bêta en forme de 'marteau' à l'intersection des 2 stries = amplification de la 2^e^ hémolyse du *Staph.* ### Identification Après croissance sur gélose au sang (+ ANC) 1. Hémolyse è bêta ou gamma 2. Coloration de Gram è petit BG+ 3. Catalase è + 4. BE A. si esculine + è camp test B. Si esculine - è galerie Api Coryne 2. Sporulés -------- 5. ### Espèces et pathologies (sporulés) - Bacillus anthracis - Anthrax - Clostridium difficile - Pathologies intestinales - Clostridium perfringens - Pathologies intestinales - Clostridium tetani - Tétanos 6. ### Réservoir - Bacillus anthracis - Ubiquitaire - Clostridium difficile - Tractus intestinal - Clostridium perfringens - Tractus intestinal - Clostridium tetani - Ubiquitaire 7. ### Définition/Classification [Famille] : Bacillaceae / Clostridiaceae [Genre] : Bacillus / Clostridium [Caractères morphologiques et biochimiques] - Gros bacilles Gram+, en chaîne voire isolés - Sporulés - Grosses colonies grises et rugueuses - Catalase + / catalase -- - Anaérobies strictes  Camp inverse è synergie bêta-hémolytique [Sur gélose au sang de mouton ] 1. Strie verticale de *Strepto. agalactiae* ATCC 2. Strie verticale du BG+ anaérobie à identifier 3. Incubation 24h/37°C/anaérobiose 4. Synergie hémolytique è hémolyse bêta en forme de 'chapeau de gendarme' à l'intersection ### Identification Après croissance sur gélose au sang 1. Hémolyse è bêta ou gamma 2. Coloration de Gram à gros BG + en chaîne ou isolé (voire sporulé) 3. Catalase 3. Dans le domaine agroalimentaire ------------------------------- 9. ### Listeria monocytogenes - Pathogène par ingestion - Recherche - VH à consommer crue : absence dans 25g - Crèmes glacées : absence dans 25g 10. ### Bacillus cereus - Intoxination - Repas collectif de masse - Grande quantité et riches (féculents amidon) - Riz, pdt, haricots\... - Germination des spores avant/après cuisson (et nutriments faciles d'accès) - Toxine thermostable produite sur matières-1ères ou après cuisson = toxine émétique = céréulide) pathotype émétique - Entérotoxine produite dans l'intestin pathotype diarrhéique 11. ### Clostridium botulinum = Souches qui provoquent des symptômes botuliques à cause d'1 toxine (neurotoxine) - Intoxination - Neurotoxine (bloque le largage de l'acéthylcholine) 1. Troubles oculaires (strabisme, difficulté d\'accommodation, mydriase) 2. Arrêt des sécrétions naturelles (larmes, salive, mucus nasal, \...) 3. Troubles de la déglutition et de l\'élocution 4. Paralysie flasque muscles respiratoires 5. Mort dans 65% des cas - Possible contamination de plaies profondes toxinogénèse !! - Rares cas de toxi-infection+ toxinogénèse chez n.-nés 12. ### Clostridium perfringens - Toxinogène - Endotoxine (entérotoxine) produite lors de la sporulation et libérée lors de la lyse de la spore (germination) intoxination? - Diarrhée - Crampes intestinales - Ni fièvre, ni vomissement - Disparition des symptômes : 24-48h - Exotoxine létales, nécrosantes in situ (plaies) gangrène gazeuse toxi-infection Antibiotiques et antibiogramme ============================== Substances antibactériennes : généralités ----------------------------------------- - Antibiotique = - Substance chimique - Origine microbienne voire synthétique - Capable d'enrayer la multiplication de bactéries pathogènes - A une dose suffisamment faible è ne détruit pas notre organisme (toxicité sélective) - Utilisée ds un but thérapeutique - Effet bactéricide ou bactériostatique ( !!cc) 1. ### CMI -- CMB - CMI = concentration minimale inhibitrice - Cc la plus faible en un AB capable d'inhiber la croissance d'une pop bactérienne - CMB = concentration minimale bactéricide - Cc la plus faible en un AB capable de tuer 99,99% d'une pop bactérienne SI CMB/CMI = 1-2 è AB bactéricide CMB/CMI = 4-16 è AB bactériostatique ### Spectre - Spectre étroit = Efficacité sur une variété restreinte de microo - Large spectre = Action sur de nombreux types d'agents pathogènes  Détermination de l'efficacité d'un antibiotique : antibiogramme (ABG) --------------------------------------------------------------------- - ABG = - Technique in vitro - Teste l'efficacité d'AB sur un agent bactérien (une souche) o Aide à la décision thérapeutique - Substance(s) active(s) - Estimation de la dose thérapeutique appropriée - Apporte une aide à l'identification bactérienne - Assure une surveillance épidémiologique de la résistance bactérienne Après identification !! 3. ### Méthode de dilution = référence CMI et CMB 1. Série de tubes de bouillon de Mueller-Hinton Cc augmente en AB et T- 2. Ensemencement par une suspension standard de la souche à tester (cc et vol.) 3. Incubation 18-24h à 37°C [Résultats et interprétation : CMI] 1^er^ tube ou pas de croissance visible Affiner grâce à des tubes contenant des cc. intermédiaires à la CMI et tube précédent  4. Inoculer les tubes où pas de croissance visible et le T-/Muller Hinton gélosé sans AB 5. Comptage des UFC [Résultats et interprétation : CMB] - CMI=16μg/ml - A: \> 0.01% de colonies - B:\