MeMi 1 Microbiology Study Notes PDF

MeMi 1 Inhalt {#inhalt.Inhaltsverzeichnisberschrift} ====== [Was gehört zum Leben 5](#was-geh%C3%B6rt-zum-leben) [Struktur & Systematik der Bakterien 5](#struktur-systematik-der-bakterien) [Pilze 5](#pilze) [Parasiten 5](#parasiten) [Viren 5](#viren) [Diagnostischer Überblick 6](#diagnostisch...

MeMi 1 Inhalt {#inhalt.Inhaltsverzeichnisberschrift} ====== [Was gehört zum Leben 5](#was-geh%C3%B6rt-zum-leben) [Struktur & Systematik der Bakterien 5](#struktur-systematik-der-bakterien) [Pilze 5](#pilze) [Parasiten 5](#parasiten) [Viren 5](#viren) [Diagnostischer Überblick 6](#diagnostischer-%C3%BCberblick) [Traditionelle bakteriologische Untersuchung 6](#traditionelle-bakteriologische-untersuchung) [Probeentnahme 7](#probeentnahme) [PCR 7](#pcr) [Maldi-Tof 7](#maldi-tof) [Bunte Reihe 7](#bunte-reihe) [BacT/Alert 7](#bactalert) [Identifizierung von Bakterien 7](#identifizierung-von-bakterien) [Urinbakteriologie 7](#urinbakteriologie) [Screening Methoden 8](#screening-methoden) [Häufige Erreger 8](#h%C3%A4ufige-erreger) [Stuhlbakteriologie 8](#stuhlbakteriologie) [Diagnostische Aspekte für respiratorische Infekte 8](#diagnostische-aspekte-f%C3%BCr-respiratorische-infekte) [Material 8](#material) [Spezielle Hinweise zu Materialien 9](#spezielle-hinweise-zu-materialien) [Epidemiologische Grundbegriffe 9](#epidemiologische-grundbegriffe) [Beurteilung eines diagnostischen Tests 9](#beurteilung-eines-diagnostischen-tests) [Serologische Methoden (Ak-Nachweis) 9](#serologische-methoden-ak-nachweis) [Zoonosen 10](#zoonosen) [Nähbodenkunde 10](#n%C3%A4hbodenkunde) [Flüssignährmedien 10](#fl%C3%BCssign%C3%A4hrmedien) [BHI-Bouillon 10](#bhi-bouillon) [Thio-Bouillon 10](#thio-bouillon) [Halbfeste Nährmedien 10](#halbfeste-n%C3%A4hrmedien) [Feste Nährmedien 10](#feste-n%C3%A4hrmedien) [Blutagar 11](#blutagar) [Kochblutagar 11](#kochblutagar) [CNA Platte 11](#cna-platte) [MCA Platte 11](#mca-platte) [Schädler Platte 11](#sch%C3%A4dler-platte) [KV Platte 11](#kv-platte) [GAR Platte 11](#gar-platte) [U/M Platte 11](#um-platte) [GC-Platte 12](#gc-platte) [Haem Platte 12](#haem-platte) [Hekt Platte 12](#hekt-platte) [Yer Platte 12](#yer-platte) [CAMPY Platte 12](#campy-platte) [MSA Platte 12](#msa-platte) [MRSA Platte 12](#mrsa-platte) [CAN Platte 12](#can-platte) [VRE Platte 12](#vre-platte) [ESBL Platte 13](#esbl-platte) [CARBA Platte 13](#carba-platte) [MHA Platte 13](#mha-platte) [Kligler Schrägagar 13](#kligler-schr%C3%A4gagar) [Bakterien 13](#bakterien) [Gram-positiv 13](#gram-positiv) [Staphylococcus aureus 14](#staphylococcus-aureus) [Streptococcus pneumoniae 14](#streptococcus-pneumoniae) [Gram-negative Glucose-Fermenter (Enterobacteriaceae) 14](#gram-negative-glucose-fermenter-enterobacteriaceae) [Escherichia coli 14](#escherichia-coli) [Klebsiella pneumoniae 14](#klebsiella-pneumoniae) [Salmonella enterica 15](#salmonella-enterica) [Shigellen & andere GNS 15](#shigellen-andere-gns) [Non-Fermenter 15](#non-fermenter) [Pseudomonas aeruginosa 15](#pseudomonas-aeruginosa) [Acinetobacter baumannii 16](#acinetobacter-baumannii) [Stenotrophomonas maltophilia 16](#stenotrophomonas-maltophilia) [Burkolderia cepacia-Komplex 16](#burkolderia-cepacia-komplex) [Burkholderia pseudomallei 16](#burkholderia-pseudomallei) [Anaerobier 16](#anaerobier) [Stufendiagnostik 17](#stufendiagnostik) [Bacteroides fragilis Gruppe 17](#bacteroides-fragilis-gruppe) [Porphyromonas spp. & Prevotella spp. 17](#porphyromonas-spp.-prevotella-spp.) [Leptotrichia buccalis 17](#leptotrichia-buccalis) [Fusobacterium spp. 17](#fusobacterium-spp.) [Clostridien allg. 17](#clostridien-allg.) [Clostridium botulinum & tetani 18](#clostridium-botulinum-tetani) [Clostridium perfringens 18](#clostridium-perfringens) [Clostridium difficile 18](#clostridium-difficile) [Propionibacterium spp. 18](#propionibacterium-spp.) [Lactobacillus spp. 18](#lactobacillus-spp.) [Actinomyces spp. 18](#actinomyces-spp.) [Bifidobacterium spp. 18](#bifidobacterium-spp.) [Gram-positive Kokken, anaerob 18](#gram-positive-kokken-anaerob) [Staphylococcus saccharolyticus 18](#staphylococcus-saccharolyticus) [Gram-negative Kokken, anaerob 18](#gram-negative-kokken-anaerob) [Veillonella spp. 18](#veillonella-spp.) [Anspruchsvolle gram-negative Stäbchen 18](#anspruchsvolle-gram-negative-st%C3%A4bchen) [Haemophilus influenzae 19](#haemophilus-influenzae) [Capnocytophaga canimorsus 19](#capnocytophaga-canimorsus) [Capnocytophaga spp. 19](#capnocytophaga-spp.) [HACEK 19](#hacek) [Klingella kingae 19](#klingella-kingae) [Pasteurella multocida 19](#pasteurella-multocida) [Campylobacter fetus & Helicobacter spp. 19](#campylobacter-fetus-helicobacter-spp.) [Leptrotrichia buccalis 20](#leptrotrichia-buccalis) [Lactobacillus spp. 20](#lactobacillus-spp.-1) [Streptobacillus moniliformis 20](#streptobacillus-moniliformis) [Brucella melitensis 20](#brucella-melitensis) [Francisella tularensis 20](#francisella-tularensis) [Gram-negative Kokken 20](#gram-negative-kokken) [Neisseria gnorrhoeae 20](#neisseria-gnorrhoeae) [Neisseria meningitidis 21](#neisseria-meningitidis) [STD's 21](#stds) [Chlamydia trachomatis 21](#chlamydia-trachomatis) [Treponema pallidum 21](#treponema-pallidum) [Gardnerella vaginalis 21](#gardnerella-vaginalis) [Trichomonas vaginalis 23](#trichomonas-vaginalis) [Haemophilus ducreyi 23](#haemophilus-ducreyi) [Klebsiella granulomatis 23](#klebsiella-granulomatis) [Anaerobe gram-positive Stäbchen 24](#anaerobe-gram-positive-st%C3%A4bchen) [Aerobe gram-positive Stäbchen 24](#aerobe-gram-positive-st%C3%A4bchen) [Bacillus & weitere gram-positive Stäbchen 24](#bacillus-weitere-gram-positive-st%C3%A4bchen) [Bacillus subtilis 24](#bacillus-subtilis) [Bacillus cereus 24](#bacillus-cereus) [Bacillus anthracis 24](#bacillus-anthracis) [Corynebacterium spp. 24](#corynebacterium-spp.) [Corynebacterium diphteriae 25](#corynebacterium-diphteriae) [Corynebacterium ulcerans 25](#corynebacterium-ulcerans) [Corynebacterium amycolatum 25](#corynebacterium-amycolatum) [Corynebacterium jeikeium 25](#corynebacterium-jeikeium) [Actinomyces neuii 25](#actinomyces-neuii) [Erysipelothrix rusiopathiae 25](#erysipelothrix-rusiopathiae) [Turicella otitidis 26](#turicella-otitidis) [Rothia dentocariosa 26](#rothia-dentocariosa) [Cutibacterium spp. 26](#cutibacterium-spp.) [Listeria monocytogenes 26](#listeria-monocytogenes) [Bakterien, die sich nicht oder schwer nach Gram-Färbung einteilen lassen 26](#bakterien-die-sich-nicht-oder-schwer-nach-gram-f%C3%A4rbung-einteilen-lassen) [Clamydia trachomatis 26](#clamydia-trachomatis) [Clamydia pneumoniae 26](#clamydia-pneumoniae) [Clamydia psittaci 27](#clamydia-psittaci) [Mycoplasmen 27](#mycoplasmen) [Coxiella burnetti 27](#coxiella-burnetti) [Rickettsia mooseri & andere Rickettsia spp. & Ehrlichia spp. 27](#rickettsia-mooseri-andere-rickettsia-spp.-ehrlichia-spp.) [Leptospiren 27](#leptospiren) [Bartonella Henselae 28](#bartonella-henselae) [Borrelia burgdorferi 28](#borrelia-burgdorferi) [Treponema pallidum 28](#treponema-pallidum-1) [Säure- & halbsäurefeste Stäbchen 28](#s%C3%A4ure--halbs%C3%A4urefeste-st%C3%A4bchen) [Nocardia asteroides 28](#nocardia-asteroides) [Mycobacterium tuberculosis & andere Mykobakterien 28](#mycobacterium-tuberculosis-andere-mykobakterien) [NTM -- nicht tuberkulöse Mykobakterien 29](#ntm-nicht-tuberkul%C3%B6se-mykobakterien) Was gehört zum Leben ==================== **Mikrobiologie**: Lehre des kleinen Lebens Für die Erfüllung müssen alle **Eigenschaften** vorhanden sein: - - - - - - - - Struktur & Systematik der Bakterien =================================== - - - - - - - **«Stamm»**: naturwissenschaftliche Mikrobiologie (Zellpopulation, die aus einer Zelle hervorgegangen ist = Klon) \| diagnostische Mikrobiologie (Erstkultur einer Erreger-Art, von Patienten isoliert) \| Epidemiologie (der Epidemie auslösender Erreger) Pilze ----- - - - - - - Parasiten --------- - - Viren ----- - - - Diagnostischer Überblick ======================== - - - - - - - - Traditionelle bakteriologische Untersuchung ------------------------------------------- - - Probeentnahme ------------- - - - - PCR --- - Maldi-Tof --------- - Bunte Reihe ----------- BacT/Alert ---------- - Identifizierung von Bakterien ----------------------------- **Zwei Methoden**: Algorithmus mit Schlüsselreaktionen (Vorteil: schnell, Nachteil: fasche Schlüsselreaktion führt in falsche Richtung) \| gleichzeitiger Vergleich mehrerer Reaktionen mit Datenbasis setzt eine wichtige Eigenschaft voraus (Vorteil: Schlüsselreaktion darf einmal falsch sein, weil alle Reaktionen berücksichtigt werden, Nachteil: Keim muss in Datenbasis enthalten sein) Urinbakteriologie ====================================== - - - - - - - - - - - - Screening Methoden ------------------ Methode Sensitiviät (krank als krank eingestuft) Spezifität (gesund als gesund eingestuft) ------------------------------------------ ------------------------------------------ ------------------------------------------- Gram-Färbung des unzentrifugierten Urins 90% 95% Nitritnachweis 60-70% 95% Leukozytenesterase 60-90% 80% Leukozytenzählung 90% 95% Häufige Erreger --------------- - - - Stuhlbakteriologie ================== - Diagnostische Aspekte für respiratorische Infekte ================================================= - Material -------- - - - - ### Spezielle Hinweise zu Materialien - - - - Epidemiologische Grundbegriffe ============================== - - - - - Beurteilung eines diagnostischen Tests ====================================== - - - - - - Serologische Methoden (Ak-Nachweis) =================================== - - - - - - Zoonosen ======== - - - - Nähbodenkunde ============= - - - - - Flüssignährmedien ----------------- - - ### BHI-Bouillon - - - - ### Thio-Bouillon - - - - Halbfeste Nährmedien -------------------- - Feste Nährmedien ---------------- - ### Blutagar - - - ### Kochblutagar - - - - ### CNA Platte - - - ### MCA Platte - - - - ### Schädler Platte - - - ### KV Platte - - - - ### GAR Platte - - - - ### U/M Platte - - - - ### GC-Platte - - - - ### Haem Platte - - - ### Hekt Platte - - - - ### Yer Platte - - - - ### CAMPY Platte - - - - ### MSA Platte - - - - ### MRSA Platte - - - ### CAN Platte - - - - - ### VRE Platte - - - ### ESBL Platte - - - ### CARBA Platte - - - ### MHA Platte - - - ### Kligler Schrägagar - - - Bakterien =============================== - - - - Gram-positiv ------------ **Gram-positive Kokken in Haufen**: Staphylokokken **Gram-positive Kokken in Ketten**: Streptokokken - - - - **Gram-positive Kokken in kurzen Ketten**: Enterokokken - - - - ### Staphylococcus aureus - - - - - - ### Streptococcus pneumoniae - - - Gram-negative Glucose-Fermenter (Enterobacteriaceae) ---------------------------------------------------- - - - - - - - - **TSI (triple sugar iron agar):** - - - - ### Escherichia coli - - - - - - ### Klebsiella pneumoniae - - - - - ### Salmonella enterica - - - - - - - - ### Shigellen & andere GNS - - - Non-Fermenter ------------- - - - - - - - - - - - ### Pseudomonas aeruginosa - - - Typisch Atypisch bei CF --------------------------------- ---------------------------------------- Geruch «traubenartig» Kein Geruch Flache Kolonien Schleimige Kolonien, aber keine Kapsel Metallglanz Kein Metallglanz Pigmente (Pyocyanin, Pyoverdin) Kein Pigment Resistent Sehr empfindlich Colistin empfindlich Colistin resistent  ### Acinetobacter baumannii - - - - - - - ### Stenotrophomonas maltophilia - - - - ### Burkolderia cepacia-Komplex - - - - - ### Burkholderia pseudomallei - - - - - - - Anaerobier ---------- - - - Definition Sauerstoffanteil in Atmosphäre ------------------------------- ----------------------------------------- -------------------------------- Fakultative Anaerobier Können ohne oder mit Sauerstoff wachsen 0-20% Aerotolerante Anaerobier wachsen anaerob besser als aerob 0-20% Mikroaerotolerante Anaerobier ertragen wenig Sauerstoff 0-5% Obligate Anaerobier Sauerstoff ist sofort toxisch \< 0.05% Obligate Aerober Sauerstoff wird unbedingt benötigt ### Stufendiagnostik **Stufe 1**: Anaerobier & normale Platten werden angesetzt Verdacht auf Anaerobier durch Geruch oder Wachstum auf anaeroben Platten **Stufe 2**: Nachweis von Resistenzverhalten gram-negativ Vancomycin-resistent Colistin empfindlich \| gram-positiv Vancomycin empfindlich & Colistin resistent **Stufe 3**: weiterführende Tests (bunte Reihe, Fettsäuren, PCR, Maldi-TOF) ### Bacteroides fragilis Gruppe - - - ### Porphyromonas spp. & Prevotella spp. - - - ### Leptotrichia buccalis - - - ### Fusobacterium spp. - - - - ### Clostridien allg. - - - - ### Clostridium botulinum & tetani - ### Clostridium perfringens - ### Clostridium difficile - ### Propionibacterium spp. - - - - ### Lactobacillus spp. - - - - ### Actinomyces spp. - - - - ### Bifidobacterium spp. - - - Gram-positive Kokken, anaerob ----------------------------- - - - ### Staphylococcus saccharolyticus - Gram-negative Kokken, anaerob ----------------------------- ### Veillonella spp. - Anspruchsvolle gram-negative Stäbchen ------------------------------------- - - - ### Haemophilus influenzae - - - - - ### Capnocytophaga canimorsus - - ### Capnocytophaga spp. - ### HACEK - - - - ### Klingella kingae - - - ### Pasteurella multocida - - - - - ### Campylobacter fetus & Helicobacter spp. - ### Leptrotrichia buccalis - - ### Lactobacillus spp. - - ### Streptobacillus moniliformis - - - - ### Brucella melitensis - - - - - - - - - ### Francisella tularensis - - - - - - - - Gram-negative Kokken -------------------- ### Neisseria gnorrhoeae - - - - - - - - - - ### Neisseria meningitidis - - - - - - - - - - STD's ----- ### Chlamydia trachomatis - - - - ### Treponema pallidum - - - - - ### Gardnerella vaginalis - - - - - **Bakterielle Vaginose (= anaerobe Vaginitis)** - - - - - - +-----------------------+-----------------------+-----------------------+ | Score 0 | Normales gewünschtes |  | | Grad I | | | | | 4+ Laktobazillen | | +-----------------------+-----------------------+-----------------------+ | Score 2 | BV negativ | | | | | | | | 3+ Laktobazillen | | | | | | | | 1+ G. vaginalis | | +-----------------------+-----------------------+-----------------------+ | Score 4 | Veränderte |  | | Grad IIa | | | | | 3+ Laktobazillen | | | | | | | | 3+ GNS. & gram-labile | | | | Stäbchen | | +-----------------------+-----------------------+-----------------------+ | Score 6 | Veränderte | | | | Vaginalflora | | | Grad IIb | | | | | 2+ Laktobazillen | | | | | | | | 4+ GNS & gram-labile | | | | Stäbchen | | +-----------------------+-----------------------+-----------------------+ | Score 8 | Bakterielle Vaginose |  | | | 0 Laktobazillen | | | | | | | | 4+ gram-labile | | | | Stäbchen | | +-----------------------+-----------------------+-----------------------+ | Score 10 | Bakterielle Vaginose | | | | | | | Grad III | 0 Laktobazillen | | | | | | | | 4+ gram-labile | | | | Stäbchen | | +-----------------------+-----------------------+-----------------------+ - -  ### Trichomonas vaginalis - ### Haemophilus ducreyi - - - - - ### Klebsiella granulomatis - - - - Anaerobe gram-positive Stäbchen ------------------------------- - - - Aerobe gram-positive Stäbchen ----------------------------- - - - - - Bacillus & weitere gram-positive Stäbchen ----------------------------------------- ### Bacillus subtilis - ### Bacillus cereus - - - - - - ### Bacillus anthracis - - - - - - - ### Corynebacterium spp. - - - - - - - - ### Corynebacterium diphteriae - - - - - - - - - Biotyp Hämolyse Stärke Nitrat ------------- -------------------------------------- -------- -------- Gravis Keine \+ \+ Mitis Kleine \- \+ Belfanti Kleine \- \- intermedius Kleine Hämolysezone, kleine Kolonien \- \+ ### Corynebacterium ulcerans - - ### Corynebacterium amycolatum - - - - ### Corynebacterium jeikeium - - - - - ### Actinomyces neuii - - - - - ### Erysipelothrix rusiopathiae - - - - ### Turicella otitidis - - - - ### Rothia dentocariosa - - - - ### Cutibacterium spp. - - - - - - - ### Listeria monocytogenes - - - - - - - Bakterien, die sich nicht oder schwer nach Gram-Färbung einteilen lassen ------------------------------------------------------------------------ ### Clamydia trachomatis - - - - ### Clamydia pneumoniae - - - ### Clamydia psittaci - - - - ### Mycoplasmen - - - ### Coxiella burnetti - - - - - ### Rickettsia mooseri & andere Rickettsia spp. & Ehrlichia spp. - - - - - - - ### Leptospiren - - - - - - ### Bartonella Henselae - - - - ### Borrelia burgdorferi - - - - - - ### Treponema pallidum - - - - Säure- & halbsäurefeste Stäbchen -------------------------------- ### Nocardia asteroides - - - - - - - - ### Mycobacterium tuberculosis & andere Mykobakterien - - - - - - - - - - ### NTM -- nicht tuberkulöse Mykobakterien - - -