מבוא לדנא פולימראז PDF

**תכונות של דנא פולימראז** 1. דנא פולימראז לא יכול לסנתז לבד את הדנא, הוא צריך תבנית שאותה הוא מעתיק, זאת אומרת, הוא צריך את הגדיל הקומפלימטנרי. כמו כן, הוא לא יכול להתחיל מ-0 וצריך את קצה 3 החופשי כדי להתחיל ממנו, לכן הוא צריך גם פריימר. 2. לדנא פולימראז פעילות קטליטית, זה אומר שהוא...

**תכונות של דנא פולימראז** 1. דנא פולימראז לא יכול לסנתז לבד את הדנא, הוא צריך תבנית שאותה הוא מעתיק, זאת אומרת, הוא צריך את הגדיל הקומפלימטנרי. כמו כן, הוא לא יכול להתחיל מ-0 וצריך את קצה 3 החופשי כדי להתחיל ממנו, לכן הוא צריך גם פריימר. 2. לדנא פולימראז פעילות קטליטית, זה אומר שהוא עובד מ-5 ל-3 לכן התבנית שלו צריכה להיות 3 ל-5 וגם שיש לו proofreading באמצעות exonuclease בכיוון ההפוך, מ-3 ל-5. 3. הסובסטרים הם ד-אקסי נוקלאוטיד טרי-פוספט dNTP, כלומר, בעמדה 2 יש להם H ולא OH. **פריימר (primer):** מולקולה קטנה שתורמת את קצה 3 החופשי שלה כדי שנא פולימראז ייעגן עליה. הפריימר השכיח בתאים הוא מולקולה קצרה של **רנא (ssRNA)** שמסונתזת על ידי **פרימאז.** לדנא פולימראז לא משנה מה אורך הפריימר, העיקר שיהיה לו קצה להיעגן עליו. דנא פולימראז צריך דנא טרי-פוספט, אבל הוא קושר רק מונו-פוספט ומשחרר את השחר לצורך יצירת אנרגיה. **פרימאז** דנא פולימראז לא יכול להתחיל לסנתז מ-0, אבל רנא פולימראז כן יכול, לכן פרימאז, שיוצר את הפריימר, הוא סוג של רנא פולימראז. נאמר על פרימאז גם שהוא ״רנא פולימראז תלוי דנא״ (DNA dep. RNA pol.). המשמעות היא שהוא מייצר רנא רק מתבנית של דנא, הוא לא יכול ליצור רנא מתבנית של רנא. נזכר שהסוכר בדנא הוא ד-אוקסי ריבוז (חסר חמצן, רק H) וברנא הוא ריבוז (OH). פרימאז יוצר מקטעים קצרים מ-5 ל-3 של רנא שהם קומפלימנטריים לרצף הדנא. לפרימאז יש low processivity, כלומר, הוא לא יציב ומתפרק אחרי מספר בודד של נוקלאוטידים (10-12). תכונה זו חשובה כדי לוודא שהרצפים החדשים שיווצרו בגדיל החדש יהיה מדנא ולא מרנא. כמו כן אין לפרימאז proofreading. הפרימאז הוא אקטיבי רק כשהוא נמצא בקומפלקס שנקרא **פרימוזום** (primosome). **פרימוזום** **מורכב מ:** 1. Helicase DnaB 2. Helicase loader - DnaC (שמשוחרר מאוחר יותר מהדנא) 3. Primase -- DnaG 4. Replication factor בחלק העליון לא מצויר אבל בכל זאת נמצא טופואיזומראז שפותח את הקשר שנוצר. **SSB Protein** Singer-staranded DNA binding protein: חלבונים שנקשרים למקטע שהוא גדיל בודד (ss) ומונעים מהגדילים להתחבר בחזרה כאשר ההליקאז מפריד ביניהם. כמו כן, הם מונעים מנוקלאזות שונות לפרק את הגדיל הבודד -- בגלל שאין בגוף גדילים בודדים, הגוף רואה בהם גורם זר. החלבונים האלה גם מונעים מאותם גדילים ליצור מבנים שניוניים. לחיידקים 3 סוגים של דנא פולימראז: 1 אחראי על תיקון של נזקי דנא והשלמה סופית של הרפליקציה, 2 אחראי בעיקר על תיקון דנא ו-3 הוא זה שעושה את הרפליקציה. כדי סיים רפליקציה צריך גם את 1 וגם את 3. +-------------+-------------+-------------+-------------+-------------+ | **Exonuclea | **Exonuclea | **Polymeriz | **Function* | **polymeras | | se | se | ation | * | e** | | (proofreadi | (proofreadi | (5\'**[**→* | | | | ng)** | ng)** | *]{.math | | | | | |.inline}**3 | | | | **(5\'**[** | **(3\'**[** | \')** | | | | →**]{.math | →5**]{.math | | | | |.inline}**3 |.inline}**\ | | | | | \')** | ')** | | | | +=============+=============+=============+=============+=============+ | yes | yes | yes | DNA repair | **1** | | | | | and okazaki | | | | | | fragment | | | | | | processing | | +-------------+-------------+-------------+-------------+-------------+ | no | yes | yes | DNA repir | **2** | +-------------+-------------+-------------+-------------+-------------+ | no | yes | yes | DNA | **3** | | | | | Replication | | +-------------+-------------+-------------+-------------+-------------+ קצב הרפליקציה בחיידקים הוא בערך 50,000 בסיסים לשקה שזה כ-1000 בסיסים לשנייה. קצב הרפליקציה בבני אדם הוא איטי יותר.