Χρήση Απορρυπαντικών στις Βιοχημικές Διαδικασίες

Χρήση Απορρυπαντικών (Αμφιπαθή Μόρια)

• Το CTAB ή SDS διασπούν τη συνοχή των φωσφολιπιδίων της μεμβράνης και αποδιατάσσουν τις πρωτεΐνες, καταστέλλοντας τη λειτουργικότητά τους.
• Δημιουργούν σύμπλοκα με τις πρωτεΐνες, οδηγώντας σε απώλεια τριτοταγής δομής και λειτουργικότητας.

Ρύθμιστικό Διάλυμα (Buffer)

• Το Tris-HCl pH 8 ρυθμίζει το pH στο διάλυμα, διατηώντας το σε ουδέτερη περιοχή.
• Πιθανώς αλληλεπιδρά με τους λιποπολυσακχαρίτες στη μεμβράνη, συμβάλλοντας στην περαιτέρω αποσταθεροποίηση της μεμβράνης.

Απομάκρυνση συστατικών Κυττάρου

• Το EDTA παρεμποδίζει τη δράση νουκλεασών, δεσμεύοντας δισθενή κατιόντα όπως Mg2+ και Ca2+ που είναι απαραίτητα για τη δράση τους.
• Η πρωτεϊνάση Κ δρα ως πρωτεάση και απενεργοποιεί τις ενδογενείς νουκλεάσες.
• Η β-μερκαπτοαιθανόλη ανάγει δισουλφιδικούς δεσμούς, καταστρέφοντας την τριτοταγή/τεταρτοταγή δομή των πρωτεϊνών και άρα τη λειτουργία τους.

Διαφορετική Συμπεριφορά του CTAB

• Σε χαμηλές συγκεντρώσεις, το CTAB δεσμεύεται στο DNA και οδηγεί στην κατακρήμνισή του.
• Σε διαλύματα με χαμηλή ιοντική ισχύ, η διαλυτότητα των πρωτεϊνών στο διάλυμα συνήθως αυξάνεται μερικώς (salting-in), ενώ το DNA κατακρημνίζεται.

Μέθοδοι Διαχωρισμού

• Εκχύλιση με οργανικούς διαλύτες (organic extraction).
• Με πρόσδεση σε μεμβράνη SiO2 (silica), κυτταρίνης (cellulose) ή ιοντοανταλλαγής (ion exchange).
• Με πρόσδεση σε μαγνητικά σφαιρίδια.

Διαχωρισμός με Οργανικούς Διαλύτες

• Χρήση διαλύματος φαινόλης: χλωροφορμίου: ισοαμυλικής αλκοόλης ή χλωροφόρμιο: ισοαμυλική αλκοόλη.
• Δημιουργούνται δύο φάσεις, जहάν το DNA διαχωρίζεται στην (άνω) υδατική φάση και οι μετουσιωμένες πρωτεΐνες, λιπίδια και λοιπά κυτταρικά θραύσματα στην (κατώτερη) οργανική φάση.

Ο ρόλος των απορρυπαντικών όπως το CTAB και το SDS στις βιοχημικές διαδικασίες, όπως η διασποнь της μεμβράνης και η καταστολή της λειτουργικότητας των πρωτεϊνών.