Introduction à la virologie

Podcast

Play an AI-generated podcast conversation about this lesson

Questions and Answers

Quelle stratégie permet à un virus de ne pas se faire reconnaître par le système immunitaire ?

Interférence avec les cytokines

Augmentation de la variabilité génétique

Inhibition de l'activité NK

Expression nulle ou restreinte d'antigènes viraux (correct)

Quel virus est connu pour provoquer une atteinte directe des cellules de l'immunité adaptative ?

HSV

CMV

Grippe

HIV (correct)

Quelle est une méthode utilisée par les virus pour perturbé le bon fonctionnement de l'immunité ?

Augmentation de l'expression des CMH

Activation des cellules T

Utilisation de virokines et viro-récepteurs (correct)

Élimination des antigènes viraux

Comment les virus à ARN augmentent-ils leur variabilité antigénique ?

Mutations et réassortiments Signup and view all the answers

Qu'est-ce qu'une immuno-évasine ?

Une protéine interférant avec la présentation des antigènes Signup and view all the answers

Quelle technique est adaptée pour la détection d'antigènes viraux dans le diagnostic direct ?

Techniques automatisées de type ELISA Signup and view all the answers

Pourquoi est-il important de réaliser un prélèvement précoce et orienté ?

Pour minimiser la fenêtre sérologique Signup and view all the answers

Quels types de techniques sont utilisés pour la détection des acides nucléiques viraux ?

Séquencage direct Signup and view all the answers

Quelle affirmation concernant le diagnostic indirect est correcte ?

Il requiert un délai d'apparition des anticorps. Signup and view all the answers

Quel est l'avantage principal des techniques PCR dans le diagnostic ?

Elles permettent une amplification génique rapide et automatisable. Signup and view all the answers

Qu'est-ce que la sérologie automatisée permet de détecter dans le contexte du VIH ?

Des antigènes comme l'Ag p24 Signup and view all the answers

La détection des rotavirus dans les selles peut être réalisée par :

Test immunochromatographique pour une détection rapide Signup and view all the answers

Quelle est l'une des limites du diagnostic indirect ?

Il est peu adapté pour le diagnostic des infections aiguës. Signup and view all the answers

Quel test est principalement utilisé pour la détection des anticorps spécifiques dans le diagnostic indirect des infections virales?

Western Blot Signup and view all the answers

La détection directe d'un virus dans le laboratoire implique généralement l'utilisation de quelle méthode?

Isolement viral en culture de cellules Signup and view all the answers

Quel est le rôle principal des antigènes spécifiques dans le diagnostic virologique?

Identifier la présence d'une infection active Signup and view all the answers

Quelle méthode de diagnostic indirect permet de quantifier le génome viral?

PCR quantitative Signup and view all the answers

Quels anticorps sont généralement détectés lors de la réponse immunitaire précoce aux infections virales?

IgM et IgG Signup and view all the answers

Quelles techniques sont souvent utilisées pour le diagnostic par détection des antigènes viraux?

ELISA et chemiluminescence Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour établir un profil anticorps dans la sérologie humorale?

Western Blot Signup and view all the answers

Quel type de prélèvement est généralement utilisé pour l'isolement viral direct?

Sang Signup and view all the answers

Quelle est la principale caractéristique des tests immuno-enzymatiques dans le diagnostic viral?

Ils sont simples et automatisables. Signup and view all the answers

Quelle est la méthode généralement utilisée pour détecter une infection passée par la sérologie?

Détection des Ac par des tests immuno-enzymatiques Signup and view all the answers

Study Notes

Introduction à la Virologie

Cours IFSI S1 UE 2.10, Infectiologie, Hygiène 2024
Thèmes abordés : structure et multiplication des virus, physiopathologie et diagnostic, notions de thérapeutique et de prévention.
Intervenant : Dr Joël Gozlan, Hôpital Saint-Antoine, AP-HP, CDR Saint-Antoine INSERM UMR_S 938.

Les virus ont mauvaise réputation

Les virus possèdent une mauvaise réputation, car ils sont associés à des mauvaises nouvelles et à la pandémie.
Citation de Peter Medawar (prix Nobel 1960) : « bad news wrapped into proteins ».
Les virus ont causé des pandémies passées, actuelles et à venir.

Parasitisme intracellulaire obligatoire

Les micro-organismes sont rudimentaires.
Leur multiplication se fait par réplication.
Ils sont dépourvus de machinerie permettant la production d'énergie, la réplication autonome du génome, la synthèse protéique et l'assemblage.
Ils détournent la machinerie de la cellule infectée pour se reproduire.

Notion d'Hôte

La notion d'hôte est cruciale en virologie.
Hôte cellulaire : interactions bidirectionnelles entre le virus et la cellule hôte.
Hôte organisme : le devenir de l'infection dépend de l'immunocompétence de l'hôte.
- Sujet immunocompétent : réponse immunitaire potentiellement permettant l'élimination du virus.
- Sujet immunodéprimé : infections opportunistes plus sévères.

Qu'est-ce qu'un virus ?

Un virus est un micro-organisme de structure simple.
Il possède un génome viral, une capside et une enveloppe (ou pas).
Les glycoprotéines se trouvant sur l'enveloppe aident à la fixation et à la pénétration cellulaire.

Taille, génome et gènes

Taille : de 25 nm (parvovirus) à 300 nm (poxvirus).
Génome : de < 2000 pb (HDV) à > 200 000 pb (HerpèsV et poxV).
Gènes : de 1 gène (HDV) à 150-200 gènes (EBV).

ADN et ARN

ADN : stable biochimiquement et génétiquement car les enzymes peuvent corriger les erreurs de recopiage.
ARN : peu stable biochimiquement et génétiquement car les enzymes ne peuvent pas corriger les erreurs. Il est sensible aux hydrolyses chimiques et enzymatiques.

Capside virale

La capside est un ensemble de protéines qui s'organisent autour du génome viral, en symétrie cubique (icosaédrique) ou hélicoïdale.
2 fonctions essentielles de la capside : protection du génome viral et fixation aux récepteurs cellulaires (pour les virus nus, avant endocytose).

Enveloppe virale

L'enveloppe dérive des membranes cellulaires.
Elle confère une fragilité au virus et permet une transmission directe des virus enveloppés.
Elle est modifiée par insertion de protéines virales (souvent glycosylées), formant des spicules, qui participent à l'attachement et à l'antigénicité.

Physiopathologie des infections virales

...un virus est un programme génétique

Un virus est un programme génétique qui véhicule des messages simples : « reproduisez-moi ! », « acceptez-moi ! »

Multiplication d'un virus dans la cellule

Le spectre de l'hôte et le tropisme cellulaire sont importants.
La sensibilité de la cellule à l'infection dépend de la présence de récepteurs.
La permissivité de la cellule est la capacité à « fabriquer » des virions.
La multiplication du virus se déroule en plusieurs étapes : pénétration, réplication du génome, production et libération des virions.

Sensibilité d'une cellule à l'infection

L'expression des récepteurs (et co-récepteurs) viraux ou de structures annexes est importante.
L'entrée du virus dans la cellule cible déclenche et poursuit le cycle viral, ou non.

Permissivité d'une cellule pour un virus

La capacité d'une cellule à subir un cycle replicatif complet et à produire de nouveaux virions.
Implique la présence de la machinerie cellulaire et des enzymes virales.

Devenir de la cellule infectée

Infection productive (ou replicative ou lytique) : expression de tous les gènes viraux et généralement mort de la cellule.
Infection abortive : interruption du cycle viral avant sa complétion et généralement survie de la cellule.
Infection latente : expression de quelques gènes de latence, mauvaise reconnaissance par le système immunitaire, pas de réplication et pas de contagiosité.
Reprise du cycle lytique (réactivation virale) : à partir de la latence.

Latence et réactivation

L'exemple du virus herpès simplex est utilisé pour illustrer le phénomène de latence et de réactivation.

Modes de transmission des virus

Transmission horizontale : directe (aérienne, foeco-orale, sexuelle) et indirecte (aliments, eau, seringues, produits biologiques, vecteurs animaux).

Relation structure-transmission

Les virus nus résistent au milieu extérieur et peuvent être transmis par différentes voies.
Les virus enveloppés sont fragiles et sont principalement transmis par voie interhumaine directe.

Transmission de l'infection virale (verticale)

Transmission de la mère à l'enfant (voie transplacentaire, périnatale, maternage et allaitement). Espèces de virus : rubéole, CMV, B19, VIH, VHB, HSV, VIH, HTLV1

Transmission virale

Tableau présentant les modes de transmission de différents virus (aérienne, foeco-orale, etc.)

Infection virale de l'organisme humain

Différents types d'infections virales (localisées, généralisées) et développement de l'infection. (entrée, multiplication, diffusion, excrétion, persistance éventuelle)

Défis des infections virales

Infections localisées et généralisées.

Défenses antivirales de l'organisme

Les barrières physiques (peau, muqueuses).
Les réactions inflammatoires et l'immunité naturelle.
Les mécanismes spécifiques (immunité humorale et cellulaire).

Destruction de l'hôte

Sélection de virus à faible pathogénicité (symbiose hôte-virus).
Infections virales persistantes.

Évasion immunitaire

Les virus évitent la reconnaissance et le bon fonctionnement du système immunitaire pour persister.

Principales stratégies d'évasion immunitaire

Expression nulle ou restreinte d'antigènes viraux.
Variabilité génétique et antigénique des virus.
Interférence avec la présentation des antigènes.

Empêcher le bon fonctionnement de l'immunité

Activité anti-NK des virus.
Atteinte directe des cellules de l'immunité adaptative.
Interférence avec l'action des facteurs solubles.
Protection de la cellule infectée de la mort cellulaire.

Principaux modes de persistance virale:

Infection chronique (réplication continue, production virale variable, contagiosité persistante) et infection latente (réplication épisodique, pas de production virale constante).

Immuno-pathogénicité

La réaction immunitaire n'est pas toujours favorable à l'hôte. Exemples donnés : déplétion CD4 (VIH), cytolyse hépatique (VHB), pneumonie à CMV, mononucléose infectieuse (EBV) et tempête cytokinique (SARS-CoV-2).

Diagnostic d'une infection virale au laboratoire

Diagnostic direct : détection de virus ou de composants viraux (par exemple : visualisation des virions de façon visuelle en microscopie électronique, isolement viral en culture cellulaire, détection des antigènes viraux et technique de quantification du génome viral).
Diagnostic indirect : détection des anticorps spécifiques (sérologie). techniques utilisés pour la détection des anticorps (tests immuno-enzymatiques).

Diagnostic virologique: sites de prélèvement

Sites de prélèvements importants à considérer, comme l'entrée, la multiplication primaire et les sites d'excrétion selon le type d'infection.

Diagnostic indirect

Détection d'anticorps totaux (IgG ou IgM).
Trace indirecte d'une infection passée ou en cours.
Antigènes spécifiques utilisés.

Principales techniques utilisées

ELISA, chimiluminescence, Western Blot, tests rapides (immuno-diffusion).

Limites du diagnostic indirect

Délai d'apparition des anticorps (fenêtre sérologique).
Réponse immunitaire de l'hôte.
Passages passifs d'anticorps.
Peu adapté au diagnostic des réactivations.

Importance du prélèvement

Prélèvements précoces et orientés en fonction de l'étiologie suspectée.
Suivre les règles de prélèvement et d'acheminement.

Détection d'antigènes viraux

Utilisation d'anticorps spécifiques.
Techniques automatisées (ELISA).
Techniques rapides.

Détection d'acides nucléiques viraux

Utilisation de sondes et d'oligonucleotides spécifiques.
Techniques de PCR.
Techniques de séquençage.
Techniques multiplex.

Amplification génique (PCR)

Techniques quantifiables et automatisables pour l'amplification.

Diagnostic virologique: importance

Choix judicieux des techniques de diagnostic en fonction de la question posée et en réduisant les redondances et examens inutiles.

Détection de rotavirus dans les selles

Détection rapide d'antigènes viraux par test immunochromatographique.

Détection du virus herpès simplex

Isolement en culture cellulaire et PCR quantitative.

Diagnostic d'une infection VIH

Sérologie automatisée.
PCR quantitative (charge virale).
Séquençage utilisé pour plus de précision.

Suivi d'une infection chronique (VIH, VHC)

Utilisations de la PCR quantitative pour la charge virale.
Techniques de séquençage pour le suivi.

Interprétation raisonnée des examens

Facteurs cliniques, technique utilisée, paramètres virologiques et données biologiques associés.

Le diagnostic virologique : hier et aujourd'hui

Diagnostic se basant sur des hypothèses diagnostiques du micro-organisme ciblé par le clinicien.
Techniques et laboratoire adaptés nécessaires.

Les techniques -du présent et du futur

Approche syndromique : prélèvement unique et multiples cibles.
Détection moléculaire par PCR multiplex et puces ADN.
Tests unitaires et/ou par séries au labo ou au lit du malade.

PCR multiplex miniaturisées (exemple FilmArray®)

Analyse rapide et automatisée. Analyse de multiples éléments dans un temps court.

Multiplication de tests délocalisés depuis 2020

Systèmes Qiastat, GenXpert et IDnow.
Formation et coûts importants à considérer.

Traitement des infections virales

Lien fréquent entre niveau de réplication virale et retentissement clinique.
Objectifs du traitement antiviral : bloquer la réplication et être bien toléré.
Cible les étapes spécifiques du cycle viral.

Traitements anti-VIH

Anti-CCR5 & Inhibiteurs de fusion.
Inhibiteurs de la transcriptase inverse (RT).
Inhibiteurs des intégrases.
Anti-protéases.

Limites de la chimiothérapie antivirale

Spécificité d'action souvent étroite.
Pas de thérapie à large spectre, diagnostic virologique précis nécessaire.
Troubles liés à la multiplication, incapacité à éradiquer l'infection latente.
Emergence de résistances, interactions pharmacologiques, toxicité et coût.

Prévention des infections virales

Procédures de prévention des infections nosocomiales virales.

Prévention des infections nosocomiales virales: procédures non spécifiques

Procédures standard.
Matériels à usage unique.
Nettoyage, désinfection, stérilisation des dispositifs recyclables.
Précautions accrues pour les agents pathogènes.
Exemples liés au virus Ebola et aux fièvres hémorragiques.

Précautions standard pour la manipulation des produits biologiques (I & II)

Procédures spécifiques pour la prévention des risques (protection individuelle, matériel et gestes techniques adaptés) et le traitement des déchets (transport sécurisé, gestion et évacuation des déchets).

Produits virucides courants

Produits utilisés pour désinfecter et tuer les virus.

Conduite à tenir en cas d'accident d'exposition à un liquide biologique

Procédure de sécurité et protocole à suivre en cas d'incident d'accident.

En conclusion...

L'infection virale implique divers partenaires (organisme infecté, cellules, système immunitaire) et des stratégies évolutionnistes.
Le diagnostic virologique est clé avec les examens et rôle clé des équipes paramédicales, hygiène et prélèvements, et biologie délocalisée.

Studying That Suits You

Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.

Description

Ce quiz explore les stratégies que les virus utilisent pour échapper au système immunitaire. Découvrez comment certains virus perturbent le fonctionnement du système immunitaire et augmentent leur variabilité antigénique. Testez vos connaissances sur les mécanismes d'immuno-évasion et les virus qui affectent les cellules immunitaires.