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Questions and Answers
Quelles sont les méthodes utilisées pour le diagnostic de la β-thalassémie via Southern Blotting afin de détecter les délétions?
Quelles sont les méthodes utilisées pour le diagnostic de la β-thalassémie via Southern Blotting afin de détecter les délétions?
- Techniques de RT-PCR
- Hybridation in situ en fluorescence (FISH)
- Amplification sélective à partir d'ADN génomique total
- Electrophorèse sur gel d'agarose suivie d'une hybridation avec une sonde marquée (correct)
L'utilisation de l'ARN comme matériel de test génétique est préférable à l'ADN car l'ARN est plus stable et plus facile à isoler.
L'utilisation de l'ARN comme matériel de test génétique est préférable à l'ADN car l'ARN est plus stable et plus facile à isoler.
False (B)
Quel est le principe de la méthode PCR-Multiplex pour détecter les délétions de dystrophine et comment permet-elle d'analyser plusieurs exons simultanément?
Quel est le principe de la méthode PCR-Multiplex pour détecter les délétions de dystrophine et comment permet-elle d'analyser plusieurs exons simultanément?
La PCR-Multiplex utilise plusieurs paires d'amorces ciblant différentes régions (exons) du gène de la dystrophine, permettant l'amplification simultanée de multiples fragments. L'analyse des tailles des produits PCR révèle la présence ou l'absence de certains exons, indiquant ainsi les délétions.
La technique de CGH (Comparative Genomic Hybridization) est utilisée pour détecter les ______ dans le génome, notamment celles qui ne sont pas liées au chromosome X.
La technique de CGH (Comparative Genomic Hybridization) est utilisée pour détecter les ______ dans le génome, notamment celles qui ne sont pas liées au chromosome X.
Associez les types de mutations aux techniques de détection appropriées:
Associez les types de mutations aux techniques de détection appropriées:
Quelle est la signification de la mutation G380R dans le récepteur FGFR3 du point de vue du diagnostic génétique et quelle condition spécifique est-elle associée?
Quelle est la signification de la mutation G380R dans le récepteur FGFR3 du point de vue du diagnostic génétique et quelle condition spécifique est-elle associée?
Dans le contexte des tests génétiques, une mutation dans un gène spécifique est toujours suffisante pour confirmer une maladie génétique.
Dans le contexte des tests génétiques, une mutation dans un gène spécifique est toujours suffisante pour confirmer une maladie génétique.
Dans le cadre du diagnostic moléculaire, quels sont les avantages de l'utilisation de biopsies de villosités choriales par rapport aux amniocentèses pour la détection prénatale des maladies génétiques?
Dans le cadre du diagnostic moléculaire, quels sont les avantages de l'utilisation de biopsies de villosités choriales par rapport aux amniocentèses pour la détection prénatale des maladies génétiques?
La PCR (réaction en chaîne par polymérase) nécessite l'utilisation d'une ADN polymérase thermostable, telle que celle extraite de ______, pour résister aux températures élevées utilisées pendant les cycles d'amplification.
La PCR (réaction en chaîne par polymérase) nécessite l'utilisation d'une ADN polymérase thermostable, telle que celle extraite de ______, pour résister aux températures élevées utilisées pendant les cycles d'amplification.
Associez chaque type de matériel biologique avec son principal avantage dans le cadre des tests génétiques:
Associez chaque type de matériel biologique avec son principal avantage dans le cadre des tests génétiques:
Quel est l'impact d'une délétion ou d'une mutation affectant l'épissage de l'ARN sur la fonction d'une protéine, et comment cela est-il détecté?
Quel est l'impact d'une délétion ou d'une mutation affectant l'épissage de l'ARN sur la fonction d'une protéine, et comment cela est-il détecté?
Les tests génétiques prénataux ne peuvent être réalisés qu'en cas de suspicion d'une maladie génétique familiale connue.
Les tests génétiques prénataux ne peuvent être réalisés qu'en cas de suspicion d'une maladie génétique familiale connue.
Décrivez comment les tests d'ASO (Allele-Specific Oligonucleotide) sont utilisés pour identifier les mutations ponctuelles spécifiques et comment ils diffèrent des méthodes de séquençage standard.
Décrivez comment les tests d'ASO (Allele-Specific Oligonucleotide) sont utilisés pour identifier les mutations ponctuelles spécifiques et comment ils diffèrent des méthodes de séquençage standard.
La technologie FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) est utilisée pour détecter la ______ génétique en utilisant des sondes fluorescentes qui s'hybrident à des séquences d'ADN spécifiques sur les chromosomes.
La technologie FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) est utilisée pour détecter la ______ génétique en utilisant des sondes fluorescentes qui s'hybrident à des séquences d'ADN spécifiques sur les chromosomes.
Associez chaque maladie génétique à la technique de diagnostic moléculaire la plus appropriée:
Associez chaque maladie génétique à la technique de diagnostic moléculaire la plus appropriée:
Quel est le rôle des oligonucléotides dans la PCR et comment leur conception influence-t-elle la spécificité d'amplification d'une région d'ADN cible?
Quel est le rôle des oligonucléotides dans la PCR et comment leur conception influence-t-elle la spécificité d'amplification d'une région d'ADN cible?
La délétion d'un exon dans le gène de la dystrophine entraîne toujours une dystrophie musculaire de Duchenne (DMD).
La délétion d'un exon dans le gène de la dystrophine entraîne toujours une dystrophie musculaire de Duchenne (DMD).
Expliquez comment l'analyse RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) peut être utilisée pour détecter la présence ou l'absence d'une mutation spécifique dans un gène donné.
Expliquez comment l'analyse RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) peut être utilisée pour détecter la présence ou l'absence d'une mutation spécifique dans un gène donné.
En CGH, un ratio de fluorescence ______ à 1 indique une délétion dans la région génomique analysée.
En CGH, un ratio de fluorescence ______ à 1 indique une délétion dans la région génomique analysée.
Associez chaque application de FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) à sa description:
Associez chaque application de FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) à sa description:
Comment la PCR allèle-spécifique est-elle utilisée pour détecter des mutations somatiques minoritaires dans les échantillons tumoraux, et quels sont les défis associés à cette approche?
Comment la PCR allèle-spécifique est-elle utilisée pour détecter des mutations somatiques minoritaires dans les échantillons tumoraux, et quels sont les défis associés à cette approche?
L'analyse des mutations dans l'ADN tumoral circulant (ctDNA) est limitée à la détection des mutations présentes dans le tissu tumoral primaire.
L'analyse des mutations dans l'ADN tumoral circulant (ctDNA) est limitée à la détection des mutations présentes dans le tissu tumoral primaire.
Décrivez comment la CGH sur matrice (array CGH) améliore la résolution et la sensibilité de la CGH traditionnelle pour la détection des variations du nombre de copies (CNV).
Décrivez comment la CGH sur matrice (array CGH) améliore la résolution et la sensibilité de la CGH traditionnelle pour la détection des variations du nombre de copies (CNV).
Dans le contexte de l'anémie de Fanconi, un test RFLP peut être utilisé pour détecter la présence d'une mutation dans le site d'épissage du gène ______, qui affecte la fonction du produit génique et provoque des problèmes hématologiques graves.
Dans le contexte de l'anémie de Fanconi, un test RFLP peut être utilisé pour détecter la présence d'une mutation dans le site d'épissage du gène ______, qui affecte la fonction du produit génique et provoque des problèmes hématologiques graves.
Associez chaque type de test génétique prénatal à la méthode de prélèvement d'échantillon correspondante:
Associez chaque type de test génétique prénatal à la méthode de prélèvement d'échantillon correspondante:
Quel est l'impact de la mutation L858R sur la fonction du récepteur EGFR, et comment cette mutation est-elle généralement ciblée dans le traitement du cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC)?
Quel est l'impact de la mutation L858R sur la fonction du récepteur EGFR, et comment cette mutation est-elle généralement ciblée dans le traitement du cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC)?
L'utilisation d'un test de dépistage génétique ciblant des mutations spécifiques permet de détecter toutes les mutations possibles dans un gène donné.
L'utilisation d'un test de dépistage génétique ciblant des mutations spécifiques permet de détecter toutes les mutations possibles dans un gène donné.
Expliquez le rôle du Cot-1 DNA dans la CGH et comment son utilisation contribue à améliorer la spécificité du test.
Expliquez le rôle du Cot-1 DNA dans la CGH et comment son utilisation contribue à améliorer la spécificité du test.
La recherche de ______ est une application des tests génétiques permettant d'identifier les gènes ayant une séquence similaire à un gène d'intérêt dans le génome.
La recherche de ______ est une application des tests génétiques permettant d'identifier les gènes ayant une séquence similaire à un gène d'intérêt dans le génome.
Associez chaque technique de diagnostic génétique à son avantage principal en termes d'application clinique:
Associez chaque technique de diagnostic génétique à son avantage principal en termes d'application clinique:
Pourquoi est-il crucial de prendre en compte l'origine ethnique lors de l'interprétation des résultats des tests génétiques, en particulier dans le cas de maladies comme la mucoviscidose ou l'anémie falciforme?
Pourquoi est-il crucial de prendre en compte l'origine ethnique lors de l'interprétation des résultats des tests génétiques, en particulier dans le cas de maladies comme la mucoviscidose ou l'anémie falciforme?
La détection d'une mutation germinale (présente dans toutes les cellules de l'organisme) indique la présence d'un cancer.
La détection d'une mutation germinale (présente dans toutes les cellules de l'organisme) indique la présence d'un cancer.
Comment la PCR digitale améliore-t-elle la quantification des mutations rares par rapport à la PCR quantitative classique?
Comment la PCR digitale améliore-t-elle la quantification des mutations rares par rapport à la PCR quantitative classique?
Dans un contexte de diagnostic de Dystrophie musculaire de Duchenne, si un patient présente une délétion des exons 45-54, le transcrit de dystrophine sera ______, et la protéine résultante sera tronquée.
Dans un contexte de diagnostic de Dystrophie musculaire de Duchenne, si un patient présente une délétion des exons 45-54, le transcrit de dystrophine sera ______, et la protéine résultante sera tronquée.
Associez chaque technique de tests génétiques prénataux non invasifs avec son marqueur biologique correspondant:
Associez chaque technique de tests génétiques prénataux non invasifs avec son marqueur biologique correspondant:
Flashcards
Que sont les tests génétiques moléculaires?
Que sont les tests génétiques moléculaires?
Tests génétiques pour identifier ou exclure des mutations.
Quels sont les types d'échantillons utilisés?
Quels sont les types d'échantillons utilisés?
Prélèvements sanguins, écouvillons buccaux, biopsies...
ADN par rapport à l'ARN?
ADN par rapport à l'ARN?
L'ADN est stable et reproductible en grande quantité. L'ARN est instable et plus difficile à travailler.
Qu'est-ce que le Southern Blotting?
Qu'est-ce que le Southern Blotting?
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Quelle est son utilité?
Quelle est son utilité?
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Qu'est-ce que la PCR multiplex?
Qu'est-ce que la PCR multiplex?
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Quelle est la mutation L858R ?
Quelle est la mutation L858R ?
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Qu'est-ce que l'anémie de Fanconi ?
Qu'est-ce que l'anémie de Fanconi ?
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Qu'est-ce que l'anémie falciforme?
Qu'est-ce que l'anémie falciforme?
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Qu'est-ce que l'achondroplasie?
Qu'est-ce que l'achondroplasie?
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Study Notes
Pathologie moléculaire : Tests génétiques et recherche de mutations
- On cherche à savoir si le patient a une mutation dans un gène susceptible d'expliquer la maladie.
- Il s'agit de déterminer si une mutation dans un gène spécifique pourrait être la cause de la pathologie.
- La mutation G380R dans le récepteur FGFR3 indique une achondroplasie chez le patient.
Sélection du matériel de test
- Les échantillons de sang sont une source possible.
- Les rinçages buccaux peuvent être utilisés.
- Des biopsies de villosités choriales peuvent être analysées.
- Une cellule d'un embryon au stade 8 cellules, dans le cadre du diagnostic préimplantatoire, est une option.
- Les cheveux et le liquide séminal peuvent être utilisés (notamment dans les enquêtes criminelles).
- Des échantillons pathologiques stockés peuvent être employés.
ADN
- L'ADN est stable et trouvé en grandes quantités.
- Chaque exon doit être amplifié.
- L'épissage défectueux ne peut pas être déterminé de manière fiable.
ARN
- Le produit RT-PCR contient un gène entier.
- Un épissage défectueux peut être détecté de manière fiable.
- L'ARN est difficile à isoler et instable.
- L'ARN doit être exprimé.
- De nombreuses mutations provoquent l'instabilité de l'ARNm.
Détection des délétions : diagnostic de la β-thalassémie par Southern Blotting
- Recherche de gènes homologues
- Identification des mutations, des délétions et des additions
Recherche multiplexe par PCR des délétions de dystrophine
- Amplification sélective de l'ADN total est effectuée.
- Oligonucléotides : GC, température de fusion
- Dénaturation, fixation de l’amorce, synthèse de l’ADN
- La polymérase thermostable (Thermus aquaticus) est utilisée.
- dATP, dCTP, dGTP, dTTP
Cycle de PCR
- 94° degrés pendant 1 minute
- 54° degrés pendant 1 minute
- 34 cycles : 234 = 1,7 x 1010
- 72° degrés pendant 1 minute
Dystrophine et dystrophie musculaire
-La dystrophine dans la membrane des fibres musculaires sert de lien entre l'actine et les dystroglycanes.
- L'absence de dystrophine entraîne des dystrophies musculaires caractérisées par la rupture de la membrane des fibres musculaires et la libération de créatine kinase.
- Le gène de la dystrophine est l'un des plus grands gènes (environ 0,08 % du génome), avec 2,5 x 106 pb.
- Il contient 79 exons, nécessite 16 heures pour la transcription, et l'ARNm mature fait 14 kb et contient plus de 3 500 acides aminés.
Analyses PCR Multiplex
- L'analyse de 9 exons (petites délétions)
- L'amorce est placée de sorte que le produit PCR de chaque exon ait une taille différente.
- 10 patients de sexe masculin (récessif lié à l'X)
- Les patients 7 et 9 ont probablement des mutations ponctuelles.
- Non applicable aux femmes hétérozygotes !
Détection des délétions non liées au chromosome X
- Détection des délétions non liées au chromosome X : CGH
Hormones androgènes
- Les hormones androgènes activent TMPRSS2.
- Dans environ 50 % des cancers de la prostate, la fusion génique TMPRSS2-ERG est la translocation maligne la plus fréquente.
Tests génétiques
- Tests génétiques des mutations ponctuelles connues
- Dépistage néonatal
- Diagnostic prénatal
Maladies avec nombre limité de mutations
- Anémie falciforme : une mutation spécifique crée un phénotype falciforme, E6V dans HBB Gen
- Achondroplasie : seul G380R crée ce phénotype, G380R dans FGFR3 Gen
- α- et β-Thalassémie : différentes mutations d'origine, nombreuses mutations définies
- Fibrose kystique : mutation d'origine répandue, voir tableau (gène CFTR)
Anémie aplasique
- Anémie de Fanconi : maladie héréditaire autosomique récessive
- Malformations congénitales, anémie, risque accru de leucémie sont à prendre compte.
- Avec l'âge, les 3 linées cellulaires sanguines (globules blancs et rouges, plaquettes) sont insuffisamment formées.
- Il existe un risque accru de pneumonie et d'hémorragie cérébrale.
- Le complexe FA se compose de plusieurs sous-unités : capteur de dommages à l'ADN
Test Génétiques
- La mutation AÜT dans le site d'épissage de l'intron 4 du gène FANCC (dans la population ashkénaze 1:90 [homozygote] ; généralement seulement 1:100 000)
- L'amorce PCR introduit un site de restriction ScaI (AGTACT).
- N : normal homozygote ; H : hétérozygote muté
- Spécifique, plusieurs échantillons peuvent être traités
- Une digestion incomplète peut être problématique
- Peu de sites de restrictions naturels
Analyse ASO Dot-Blot
- Une mutation spécifique par échantillon peut être testée.
- Les petites mutations sont les seules détectable
Mutations sens faux
- La mutation faux-sens (L858R) dans le domaine tyrosine kinase du récepteur du facteur de croissance épidermique (EGFR) conduit à l'activation sélective des protéines améliorant la prolifération cellulaire.
- Environ 41 % des CBNPC dus à des mutations EGFR présentent une mutation L858R.
- Décès par cancer par année aux États-Unis
- Cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC)
- Prédiction du Rendement des Inhibiteurs de TK (Tarceva ; Iressa)
- Le test PCR permet de vérifier la mutation même si seulement 0,1 % (1:10-3) de l’échantillon d’ADN testé provient de cellules cancéreuses (T).
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