Questions and Answers
Quelle méthode est considérée comme l'une des plus anciennes pour représenter le niveau d'expression des gènes?
Le séquençage par quelques centaines de pb est suffisant pour analyser les génomes de mammifères.
False
Quel est l'outil qui permet de mapper le génome en utilisant des séquences beaucoup plus longues?
minION
Une Heatmap peut aussi être utilisée pour faire des analyses à l'échelle d'une seule ______.
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Associez chaque concept aux informations correspondantes :
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Quels types de personnes sont généralement inclus dans une étude GWAS ?
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Les variants structurels sont moins courants que les petites mutations dans les génomes.
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Quelle est la principale raison pour laquelle la proportion de variants spécifiques à une population est la plus grande en Afrique ?
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Le microchimérisme implique que des cellules de la ______ passent chez l'enfant durant la vie intra-utérine.
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Associez chaque terme génétique à sa définition appropriée :
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Study Notes
Outils pour les analyses -omiques
- Réassociation des fragments de séquençage essentielle pour déterminer la séquence complète des génomes.
- Séquençage de plusieurs milliers de paires de bases (pb) nécessaire pour les mammifères en raison de répétitions génomiques.
- Techniques comme minION permettent d'analyser des séquences plus longues, facilitant le mapping génomique.
Visualisation des données génomiques
- La méthode Heatmap représente le niveau d'expression des gènes par des variations de couleur.
- Utilisation de Heatmaps pour différentes leucémies, chaque colonne représentant un type de leucémie et chaque ligne un gène.
- Valeur moyenne centrée sur 0, représentant soit un tissu sain soit la moyenne des échantillons analysés.
- Heatmaps adaptées pour des analyses single-cell et comparaisons d'expressions à différents stades de différenciation.
Ontologie des gènes et GWAS
- L'ontologie des gènes attribue à chaque gène des informations sur sa fonction et son expression.
- Les études GWAS analysent les variations génétiques entre personnes saines et malades, comme pour le diabète.
- Un article de 2015 souligne que les variations génétiques se produisent environ toutes les 1000 pb, incluant des insertions, déletions et polymorphismes de nucléotides.
Variabilité génétique
- Les variantes spécifiques sont plus nombreuses en Afrique, due au long isolement des populations génétiques.
- Le microchimérisme implique des cellules de la mère dans lchild qui peuvent influencer des phénotypes uniques.
Métagénomique
- Examen de fragments de la biosphère via des échantillons, comme l'ARN 16S du microbiote.
- Importante interaction entre le microbiote intestinal et le système immunitaire; déséquilibres potentiellement liés à des maladies inflammatoires.
- Greffes de microbiotes envisagées pour traiter des dysbioses.
Représentation des données biologiques
- Analyse du microbiote via des box plots montrant la diversité génétique dans diverses conditions de santé, y compris le cancer.
- Violin plots offrent une représentation plus précise de la distribution des données comparée aux box plots.
Validation des données et variabilité
- Validation des résultats par qPCR ou rt qPCR pour confirmer les données d'expression.
- La variabilité peut être liée à des facteurs techniques ou biologiques et doit être considérée, surtout durant les phases de développement.
Transcription et cartes du génome
- Constat qu'une large partie du génome est transcrite, y compris des régions intergéniques.
- Global run-on permet de suivre la transcription des ARN, mettant en lumière les taux de synthèse plutôt que la quantité globale.
- Observations montrent une forte présence de polypeptides au niveau des régions +1 et des terminateurs, moins dans le corps du gène.
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Description
Ce quiz aborde les outils utilisés pour les analyses -omiques, en se concentrant sur la réassociation des fragments de séquençage. Il met en lumière les défis rencontrés lors de l'analyse des génomes de mammifères, qui contiennent de nombreuses répétitions. Testez vos connaissances sur ces méthodes cruciales pour déchiffrer les séquences complètes.
