RNA Sequencing Analysis

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Qual è il tipo di microarray che utilizza la sintesi fotolitografica?

Microarray a cDNA

Microarray a bassa densità di oligonucleotidi

Microarray ad alta densità di oligonucleotidi (correct)

Microarray ibrido

Quale enzima taglia l'ibrido DNA?

RNAsi-H (correct)

Reverse trascrittasi

DNA polimerasi

RNAsi

Che cos'è il fattore di proporzionalità nel calcolo dell'espressione genica?

Il prodotto di 15 e 36

2,4 diviso la lunghezza del trascritto

15 milioni diviso 1.000.000 (correct)

36 diviso 15

Perché è necessario l'arricchimento o degradazione dell'rRNA durante l'analisi dell'espressione genica?

Per evitare che l'rRNA ribosomiale abbia un impatto negativo sull'analisi Signup and view all the answers

Che cosa rappresenta l'indice FPKM?

Il numero di reads per kilobase per milione di reads Signup and view all the answers

Qual è il vantaggio dell'utilizzo di microarray ad alta densità di oligonucleotidi?

Permette di analizzare un numero maggiore di geni Signup and view all the answers

Quanto è il numero minimo di sequenze necessarie per ogni campione sequenziato dal punto di vista del RNA?

20 milioni di sequenze Signup and view all the answers

Qual è lo scopo del crosslinking con la formaldeide?

Fissare le interazioni tra proteine e DNA Signup and view all the answers

Quale fattore influenza l'analisi del dato di espressione genica?

La lunghezza del trascritto Signup and view all the answers

Perché è importante trovare il giusto compromesso tra numero di repliche e numero di pazienti?

Per garantire un coverage adeguato del campione Signup and view all the answers

Cosa si ottiene dopo aver 'cross-linkato' il nucleo e aver tagliato le parti rimaste singole?

Porzioni di DNA attaccate alle proteine Signup and view all the answers

Cosa succede se il campione non è sufficientemente coperto?

Il campione non potrà essere considerato attendibile Signup and view all the answers

Quale è il nome del metodo che consente di studiare solo una regione verso un'altra?

Metodo one-to-one Signup and view all the answers

Quale problema deve essere evitato durante l'analisi del dato di espressione genica?

Tutti i sopra Signup and view all the answers

Perché si utilizzano dei primers noti nel metodo 3C?

Per cercare le regioni che interagiscono Signup and view all the answers

Cosa si ottiene dopo aver revertito il cross-linking?

Molecole di DNA lineari Signup and view all the answers

Perché è più facile identificare l'espressione di geni abbondantemente espressi?

Perché sono più facilmente coperti dalle sequenze Signup and view all the answers

Quale è il vantaggio del metodo 3C?

Consente di studiare solo una regione verso un'altra Signup and view all the answers

Che cosa determina l'acetilazione degli istoni?

Un distaccamento delle istone dal filamento di DNA Signup and view all the answers

Qual è la funzione delle istone acetiltransferasi?

Aggiungere i gruppi acetilici agli istoni Signup and view all the answers

Cosa rappresenta l'iper-metilazione degli istoni?

Una repressione trascrizionale Signup and view all the answers

Che cosa sono gli erasers?

Enzimi che rimuovono modifiche epigenetiche Signup and view all the answers

Cosa fanno le proteine readers?

Interpretano i segnali epigenetici Signup and view all the answers

Quale tipo di modifiche subiscono le proteine istoniche?

Modifiche post-traduzionali Signup and view all the answers

Qual è il ruolo epigenetico degli RNA-non codificanti?

Modulano l'espressione dei geni Signup and view all the answers

In che modo gli istoni influenzano la struttura del DNA?

Avvolgendo il DNA in una struttura compatta Signup and view all the answers

Che cosa si verifica quando il DNA passa da uno stato di estrema compattazione a uno stato rilassato?

L'espressione dei geni Signup and view all the answers

Che cos'è la metilazione nel DNA?

La modifica delle citosine in specifiche regioni del DNA Signup and view all the answers

Perché l'iper-metilazione delle citosine può impedire l'espressione del gene?

Perché blocca la trascrizione del gene Signup and view all the answers

Che cosa sono le isole-CpG?

Regioni del DNA che contengono pattern CpG Signup and view all the answers