RNA Sequencing Analysis
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Questions and Answers

Qual è il tipo di microarray che utilizza la sintesi fotolitografica?

  • Microarray a cDNA
  • Microarray a bassa densità di oligonucleotidi
  • Microarray ad alta densità di oligonucleotidi (correct)
  • Microarray ibrido

    • Quale enzima taglia l'ibrido DNA?

  • RNAsi-H (correct)
  • Reverse trascrittasi
  • DNA polimerasi
  • RNAsi

    • Che cos'è il fattore di proporzionalità nel calcolo dell'espressione genica?

  • Il prodotto di 15 e 36
  • 2,4 diviso la lunghezza del trascritto
  • 15 milioni diviso 1.000.000 (correct)
  • 36 diviso 15

    • Perché è necessario l'arricchimento o degradazione dell'rRNA durante l'analisi dell'espressione genica?

    <p>Per evitare che l'rRNA ribosomiale abbia un impatto negativo sull'analisi</p> Signup and view all the answers

    Che cosa rappresenta l'indice FPKM?

    <p>Il numero di reads per kilobase per milione di reads</p> Signup and view all the answers

    Qual è il vantaggio dell'utilizzo di microarray ad alta densità di oligonucleotidi?

    <p>Permette di analizzare un numero maggiore di geni</p> Signup and view all the answers

    Quanto è il numero minimo di sequenze necessarie per ogni campione sequenziato dal punto di vista del RNA?

    <p>20 milioni di sequenze</p> Signup and view all the answers

    Qual è lo scopo del crosslinking con la formaldeide?

    <p>Fissare le interazioni tra proteine e DNA</p> Signup and view all the answers

    Quale fattore influenza l'analisi del dato di espressione genica?

    <p>La lunghezza del trascritto</p> Signup and view all the answers

    Perché è importante trovare il giusto compromesso tra numero di repliche e numero di pazienti?

    <p>Per garantire un coverage adeguato del campione</p> Signup and view all the answers

    Cosa si ottiene dopo aver 'cross-linkato' il nucleo e aver tagliato le parti rimaste singole?

    <p>Porzioni di DNA attaccate alle proteine</p> Signup and view all the answers

    Cosa succede se il campione non è sufficientemente coperto?

    <p>Il campione non potrà essere considerato attendibile</p> Signup and view all the answers

    Quale è il nome del metodo che consente di studiare solo una regione verso un'altra?

    <p>Metodo one-to-one</p> Signup and view all the answers

    Quale problema deve essere evitato durante l'analisi del dato di espressione genica?

    <p>Tutti i sopra</p> Signup and view all the answers

    Perché si utilizzano dei primers noti nel metodo 3C?

    <p>Per cercare le regioni che interagiscono</p> Signup and view all the answers

    Cosa si ottiene dopo aver revertito il cross-linking?

    <p>Molecole di DNA lineari</p> Signup and view all the answers

    Perché è più facile identificare l'espressione di geni abbondantemente espressi?

    <p>Perché sono più facilmente coperti dalle sequenze</p> Signup and view all the answers

    Quale è il vantaggio del metodo 3C?

    <p>Consente di studiare solo una regione verso un'altra</p> Signup and view all the answers

    Che cosa determina l'acetilazione degli istoni?

    <p>Un distaccamento delle istone dal filamento di DNA</p> Signup and view all the answers

    Qual è la funzione delle istone acetiltransferasi?

    <p>Aggiungere i gruppi acetilici agli istoni</p> Signup and view all the answers

    Cosa rappresenta l'iper-metilazione degli istoni?

    <p>Una repressione trascrizionale</p> Signup and view all the answers

    Che cosa sono gli erasers?

    <p>Enzimi che rimuovono modifiche epigenetiche</p> Signup and view all the answers

    Cosa fanno le proteine readers?

    <p>Interpretano i segnali epigenetici</p> Signup and view all the answers

    Quale tipo di modifiche subiscono le proteine istoniche?

    <p>Modifiche post-traduzionali</p> Signup and view all the answers

    Qual è il ruolo epigenetico degli RNA-non codificanti?

    <p>Modulano l'espressione dei geni</p> Signup and view all the answers

    In che modo gli istoni influenzano la struttura del DNA?

    <p>Avvolgendo il DNA in una struttura compatta</p> Signup and view all the answers

    Che cosa si verifica quando il DNA passa da uno stato di estrema compattazione a uno stato rilassato?

    <p>L'espressione dei geni</p> Signup and view all the answers

    Che cos'è la metilazione nel DNA?

    <p>La modifica delle citosine in specifiche regioni del DNA</p> Signup and view all the answers

    Perché l'iper-metilazione delle citosine può impedire l'espressione del gene?

    <p>Perché blocca la trascrizione del gene</p> Signup and view all the answers

    Che cosa sono le isole-CpG?

    <p>Regioni del DNA che contengono pattern CpG</p> Signup and view all the answers

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