Genom, Pangenom a Metagenom

Celková sekvence nukleové kyseliny, která je charakteristická pro daný organismus. Obsahuje veškeré genetické informace organismu.

Core - jádro

<p>False (B)</p> Signup and view all the answers

<p>Počet genů (A), Repetitivní sekvence (B), Velikost genomu (C), Obsah GC párů (D), Funkční kategorie genů (E), Počet chromozomů (F)</p> Signup and view all the answers

<p>False (B)</p> Signup and view all the answers

<p>False (B)</p> Signup and view all the answers

<p>Sekvenováním a průtokovou cytometrií</p> Signup and view all the answers

<p>v párech bází (bp) nebo pikogramech (pg)</p> Signup and view all the answers

<p>Celkový obsah DNA v haploidním genomu.</p> Signup and view all the answers

<p>False (B)</p> Signup and view all the answers

<p>1 - 10 Mb (C)</p> Signup and view all the answers

<p>Celkový počet chromozomů v haploidním genomu.</p> Signup and view all the answers

<p>Četnost výskytu synonymních kodonů pro danou aminokyselinu v kódující DNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Počet genů na jednotku délky DNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Na základě kinetiky renaturace DNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Disperzní repetice (B)</p> Signup and view all the answers

<p>Homologické geny vzniklé duplikací genu u stejného druhu (B)</p> Signup and view all the answers

<p>Skupina genů, která se během evoluce vyvinula z jednoho společného předka a zachovala si vysoký stupeň sekvenční podobnosti.</p> Signup and view all the answers

<p>Eliminace DNA (A), Transponovatelné elementy (B), Mutace (C), Inkorporace cizorodé DNA (D), Rekombinaci (E), Horizontální přenos genetické informace (F)</p> Signup and view all the answers

<p>-ssRNA (A), dsDNA s RNA intermediátem (B), +ssRNA (C), ssRNA s DNA intermediátem (D), dsDNA (E), dsRNA (F), ssDNA (G)</p> Signup and view all the answers

<p>True (A)</p> Signup and view all the answers

<p>Některé viry, archae a eukaryota.</p> Signup and view all the answers

<p>False (B)</p> Signup and view all the answers

<p>Virus integrovaný do genomu hostitelské buňky.</p> Signup and view all the answers

<p>Ochrana před zlomy NK a větší možnost rekombinace.</p> Signup and view all the answers

<p>Nereplikativní rekombinace (A), Reassortment (B), Replikativní rekombinace (C)</p> Signup and view all the answers

<p>Přítomnost dvou kopií virového genomu v jedné virové částici.</p> Signup and view all the answers

<p>Viry infikující jiné, obrovské viry, které mají kružnicovou dsDNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Viroidy (A), Satelitní RNA (B)</p> Signup and view all the answers

<p>Kružnicová ssRNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Kružnicovou dsDNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Mimochromozomální molekuly DNA, které mohou přenášet různé genetické informace.</p> Signup and view all the answers

<p>Podle mechanismu replikace (A), Podle hostitele (B), Podle počtu kopií (C), Podle kompatibility s jinými plazmidy (D), Podle schopnosti přenosu (E), Podle funkce (F)</p> Signup and view all the answers

<p>Schopnost konjugace.</p> Signup and view all the answers

<p>Schopnost odolávat antibiotikům a těžkým kovům.</p> Signup and view all the answers

<p>Produkce toxinů, bakteriocinů.</p> Signup and view all the answers

<p>Má přítomnost restrikčních míst, schopnost autonomní replikace a stabilní udržení vnesené DNA, selekční markery a schopnost snadného přenosu do hostitelských buněk.</p> Signup and view all the answers

<p>Plastidy (A), Mitochondrie (B), Plazmidy (C), Jádro (D)</p> Signup and view all the answers

<p>False (B)</p> Signup and view all the answers

<p>Lineární dsDNA, segmentovaný, diploidní, vysoký podíl ncDNA, nízká genová hustota.</p> Signup and view all the answers

<p>Stejný obsah a organizace genetické informace.</p> Signup and view all the answers

<p>Geny pro rRNA (A), Geny pro tRNA (B), Minisatelity (C), Geny pro histony (D), Pseudogeny (E), Satelity (F), Mikrosatelity (G), Mobilní genetické elementy (H)</p> Signup and view all the answers

<p>K mapování a jako DNA markery.</p> Signup and view all the answers

<p>Ochrana chromozomů před fúzí a degradací.</p> Signup and view all the answers

<p>V nukleozómech centromery.</p> Signup and view all the answers

<p>V tandemových repeticích v oblastích NORs.</p> Signup and view all the answers

<p>RNA (A), Nehistonové proteiny (B), Histony (C), DNA (D)</p> Signup and view all the answers

<p>H3 (A), H2B (D), H4 (E), H2A (F)</p> Signup and view all the answers

<p>Liší se aminokyselinovou sekvencí a můžou být specifické pro určité typy buněk.</p> Signup and view all the answers

<p>Jádro nukleozomu tvořené oktamerem core histonů a 146/7 bp DNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Nukleozóm s navázaným linker histonem.</p> Signup and view all the answers

<p>False (B)</p> Signup and view all the answers

<p>SMC proteiny (A), Histonové chaperony (B), HMG proteiny (C), Proteiny modifikující chromatin (D)</p> Signup and view all the answers

<p>Podílejí se na architektuře chromatinu a usnadňují asociace histonů s DNA.</p> Signup and view all the answers

<p>Usnadňují vazbu histonů na DNA a jejich uvolňování z nukleozomů.</p> Signup and view all the answers

<p>Koheziny a kondenziny.</p> Signup and view all the answers

<p>Organizace chromatinu v interfázi, udržení sesterských chromatid pohromadě a kondenzace chromozomů v mitóze.</p> Signup and view all the answers

<p>Erasers (A), Readers (B), Movers (C), Writers (D)</p> Signup and view all the answers

<p>Metylace (A), Ubikvitinace (B), Acetylace (C)</p> Signup and view all the answers

<p>Metylace původně nemytelované sekvence.</p> Signup and view all the answers

<p>Metylace hemimetylované sekvence.</p> Signup and view all the answers

<p>Zkompaktňování chromatinu.</p> Signup and view all the answers

<p>Komplexy proteinů, které se podílí na kompaktnosti chromatinu a inhibici transkripce.</p> Signup and view all the answers

<p>Komplexy proteinů, které se podílí na rozvolnění chromatinu a aktivaci transkripce.</p> Signup and view all the answers

<p>Nucleosome spacing (A), Vyhazování histonových dimerů nebo oktamerů (B), Nahrazování kanonických histonů nekanonickými (C), Nucleosome sliding (D)</p> Signup and view all the answers

<p>Méně kompaktní forma chromatinu, bohaté na kodující sekvence, transkripčně aktivní.</p> Signup and view all the answers

Celková sekvence nukleové kyseliny specifická pro daný organismus, zahrnuje všechny genetické informace organismu. Může být DNA nebo RNA (jen u virů), jednořetězcová nebo dvouřetězcová, lineární nebo kružnicová a segmentovaná nebo nesegmentovaná.

Soubor genů sdílených skupinou organismů na úrovni druhu, rodu nebo vyšší taxonomické skupiny. Zahrnuje geny přítomné ve všech jedincích (jádro pangenomu) a geny, které se vyskytují jen u části jedinců.

Souhrnné genetické informace veškeré komunity organismů. Často se používá pro studium mikrobiálních společenstev.

Jádro pangenomu, geny přítomné ve všech jedincích daného druhu/rodu.

Část pangenomu, geny sdílené jen některými jedinci daného druhu/rodu. Tyto geny nejsou pro přežití organismu esenciální.

Jedinečné geny typické pro specifického jedince daného druhu/rodu.

Velikost genomu, členění (počet chromozomů, plazmidů, stupeň ploidie), obsah GC párů, počet genů, délka genů, typ a počet repetitivních sekvencí, typ a počet regulačních sekvencí, stupně homologií s genomy příbuzných organismů a genetická diverzita v rámci organismu (polymorfismy, haplotypy).

Velikost genomu obvykle nekoreluje s komplexitou organismu. Například některé rostliny mají mnohem větší genom než člověk.

Obsah DNA v jednom haploidním genomu.

Počet chromozomů v haploidní buňce (n) nebo diploidní buňce (2n). Neurčuje stupeň polyploidie.

Frekvence výskytu synonymních kodonů (kodony pro stejnou aminokyselinu) v kodujici DNA.

Počet genů na jednotku délky genomu. Může se značně lišit mezi organismy a dokonce i mezi chromozomy jednoho organismu.

Sekvence s 1-10 kopiemi v haploidním genomu. Mají tendenci renaturaci pomaleji.

Sekvence s více než 10 kopiemi v haploidním genomu. Mají tendenci renaturaci rychleji.

Vzájemná podobnost primární struktury (sekvence) nukleových kyselin, vyjadřuje se v procentech. Neimplikuje funkční podobnost.

Vzájemná podobnost vyplývající ze společného původu.

Homologické geny vzniklé duplikací původního genu v rámci stejného organizmu.

Homologické geny u různých druhů, vzniklé po speciaci (od stejného prapředka).

Homologické geny získané horizontalnim prenosem mezi organismy.

Skupina genů, které během evoluce sdílely jednoho společného předka a udržují si vysoký stupeň sekvenční podobnosti.

Mutace menšího a většího rozsahu (včetně chromozomálních přestaveb), transponovatelné elementy, rekombinace (rovnoměrná i nerovnoměrná, homologní i nehomologní), inkorporace cizorodých sekvencí (horizontální přenos), eliminace DNA (např. zkracování telomer), inkorporace volné DNA z vlastního organismu.

Hlavní molekula DNA v bakterii, typicky kružnicová.

Malé kruhové molekuly DNA, které se nacházejí v bakteriích, ale nejsou nezbytné pro生存. Může být s ní prováděna konjugace (přenos genetické informace).

Použití průtokové cytometrie k měření velikosti genomu: označíme DNA v buňkách fluorescenčním barvivem, projdou trubicí osvětlenou laserem, intenzita fluorescence odpovídá množství DNA a dá se použít k odhadu velikosti genomu. Sekvenování - určíme pořadí nukleotidů v genomu a tak určíme jeho délku.

Viry s dvouřetězcovou DNA. Často mají větší genomy než viry s jinými typy genomu.

Viry s jednořetězcovou DNA. V životním cyklu se přemění na dsDNA.

Typické vlastnosti virových genomů: typ nukleové kyseliny (DNA/RNA, ds/ss), velikost, informační obsah, počet genů, genová hustota, typické parametry replikace, struktura a funkce virových proteinů.

Integrovaný virus v genomu hostitelské buňky (převzato z virové RNA a zařazeno do DNA).

Genom viru je rozdělen do více molekul (segmentů). Všechny segmenty jsou přítomny v jedné virové částici.

Genom viru je rozdělen do více molekul (segmentů). Různé segmenty jsou přítomny v různých virových částicích.

Viry, které infikují jiné viry. Mají dsDNA genom.

Subvirální agens, které pro svůj životní cyklus potřebuje pomoc (helper) virus. Genom je typicky kódůván RNA.

Subvirální agens, které infikují rostliny a nemají protein obal (enkapsidu). Jsou složeny z kružnicové ssRNA.