Fase di Inizio e Allungamento Trascrizione

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Questions and Answers

Quale di queste affermazioni riguardo al DNA scrunching è corretta?

  • Non è necessario modificare la struttura del DNA.
  • Il DNA si apre per esporre il filamento templato. (correct)
  • La denaturazione avviene senza l'uso di energia.
  • Il DNA rimane sempre in una struttura a doppia elica.

Qual è la sequenza consenso più comune nei promotori dei batteri?

  • TATAAT (correct)
  • ATCGGC
  • CCTAGG
  • GCGCAG

Qual è la funzione principale del promotore nel processo di trascrizione?

  • Fornire energia per l'attività dell'enzima
  • Attivare la sintesi di proteine
  • Consentire il legame della RNA polimerasi per avviare la trascrizione (correct)
  • Rendere il DNA resistente alla denaturazione

Quale ruolo svolge il fattore sigma70 durante la formazione del complesso binario aperto?

<p>Rilascia energia dal superavvolgimento. (D)</p> Signup and view all the answers

Cosa rappresentano le sequenze consenso nel promotore?

<p>Sequenze comuni in diversi promotori (D)</p> Signup and view all the answers

Cosa accade durante gli inizi abortivi?

<p>Si sintetizzano i primi 2-10 nucleotidi ma il complesso si stacca. (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è il ruolo specifico del fattore sigma nell'assemblaggio dell'oloenzima?

<p>Identificare e legare le sequenze -10 e -35 del promotore (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è il ruolo dell'energia potenziale liberata dalla rottura del superavvolgimento negativo?

<p>Stabilizzare il complesso ternario. (C)</p> Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni è falsa riguardo al complesso binario chiuso?

<p>Il core dell'oloenzima si stacca dal DNA. (B)</p> Signup and view all the answers

Cosa accade durante il passaggio dal complesso binario chiuso a quello aperto?

<p>Il fattore sigma si stacca dall'oloenzima (A)</p> Signup and view all the answers

Quale affermazione descrive correttamente la struttura del complesso binario chiuso?

<p>Il DNA è ancora a doppia elica e non è stato denaturato (B)</p> Signup and view all the answers

Qual è la direzione di sintesi durante l'attività della polimerasi RNA?

<p>5' --&gt; 3' (D)</p> Signup and view all the answers

Qual è il risultato del fenomeno del DNA scrunching?

<p>Si determina la curvatura di un filamento di DNA (A)</p> Signup and view all the answers

Cosa causa la curvatura del DNA durante il legame con il fattore sigma70?

<p>Il ripiegamento del DNA a 90°. (A)</p> Signup and view all the answers

Cosa impedisce alla RNA polimerasi di avanzare immediatamente dopo la formazione del complesso aperto?

<p>Le interazioni specifiche tra RNA polimerasi e fattore sigma (D)</p> Signup and view all the answers

Perché il fattore sigma non lega il promotore come monomero?

<p>Perché la regione 1.1 mima il DNA (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è il ruolo specifico della proteina N nel ciclo del fago lambda?

<p>Funziona come anti-terminatore legandosi alla polimerasi (A)</p> Signup and view all the answers

Cosa avviene in presenza della proteina N in un operone Trp con mutazione nonsense?

<p>La polarità viene invertita e i geni vengono espressi (A)</p> Signup and view all the answers

Quali elementi sono coinvolti nel processo di terminazione della trascrizione nei batteri?

<p>Attenuatori e anti-terminatori (B)</p> Signup and view all the answers

In che modo gli anti-terminatori influenzano il ciclo di trascrizione nei fagi?

<p>Permettono la transizione tra geni early e geni late (D)</p> Signup and view all the answers

Quale effetto si osserva quando non è presente la proteina N durante la trascrizione?

<p>Si verifica terminazione della trascrizione con conseguente polarità (B)</p> Signup and view all the answers

Qual è il principale risultato della formazione del complesso binario aperto?

<p>Rilascio di energia per l'inserimento del filamento stampo (D)</p> Signup and view all the answers

Cosa avviene durante la transizione dalla fase di inizio alla fase di allungamento?

<p>Il fattore sigma si distacca permettendo l'allungamento (A)</p> Signup and view all the answers

Quali sono le porzioni della RNA polimerasi che partecipano al processo di allungamento?

<p>Porzioni delle subunità β e β’ (A)</p> Signup and view all the answers

Che ruolo ha il pirofosfato nel processo di trascrizione?

<p>Rilascia l'energia necessaria per la formazione del legame fosfodiesterico (B)</p> Signup and view all the answers

Perché è fondamentale studiare la trascrizione nei batteri per i futuri medici?

<p>Per comprendere il meccanismo di resistenza agli antibiotici (A)</p> Signup and view all the answers

Qual è il meccanismo d'azione della rifampicina?

<p>Blocca la trascrizione interferendo con il sito catalitico (C)</p> Signup and view all the answers

Quale affermazione riguardo alla RNA polimerasi è corretta?

<p>È altamente conservata tra diversi organismi (D)</p> Signup and view all the answers

Qual è la funzione del canale di uscita dell'RNA nella RNA polimerasi?

<p>Permettere l'uscita dell'RNA sintetizzato (D)</p> Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni sull'RNA polimerasi è corretta?

<p>L'RNA polimerasi può fermarsi per vari motivi, inclusa l'introduzione di un nucleotide sbagliato. (C)</p> Signup and view all the answers

Cosa avviene durante l'attività di editing pirofosfolitico dell'RNA polimerasi?

<p>Il pirofosfato appena staccato viene rilegato al nucleotide incorporato. (C)</p> Signup and view all the answers

Quale di queste affermazioni sulla topologia del DNA è corretta?

<p>Il DNA è una doppia elica destrogira con solco maggiore e minore. (A)</p> Signup and view all the answers

Cos'è necessario per rilassare il DNA superavvolto?

<p>Rompe i microdomini presenti nel DNA. (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è uno dei meccanismi attraverso cui l'RNA polimerasi corregge gli errori?

<p>Editing pirofosfolitico. (B)</p> Signup and view all the answers

Per quale motivo l'RNA polimerasi può interrompere la trascrizione?

<p>Quando incontra una sequenza di DNA che arresta la trascrizione. (A)</p> Signup and view all the answers

Quale affermazione descrive accuratamente il cromosoma batterico?

<p>È circolare e associato a circa 400 sottodomini. (C)</p> Signup and view all the answers

Quale comportamento caratterizza la DNA polimerasi rispetto all'RNA polimerasi?

<p>La DNA polimerasi ha una maggiore accuratezza nella replicazione. (C)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Sigma factor binding

The sigma factor binds tightly to the promoter region of DNA.

Promoter sequence

A DNA sequence that initiates transcription.

Consensus sequences

Specific DNA sequences (like -10 and -35 boxes) crucial for promoter recognition.

DNA scrunching

The process of DNA denaturing, creating a DNA open complex.

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Open complex

The DNA double helix becomes a single strand to allow transcription.

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Sigma factor release

Sigma factor leaves the RNA polymerase holoenzyme during the transition to the open complex.

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RNA exit channel

A channel allowing newly synthesized RNA to exit the RNA polymerase.

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RNA polymerase movement

Movement along the DNA template utilizing DNA and RNA exit/entry channels.

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Conformation change

Shape or structure change in RNA polymerase during elongation.

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Phosphodiester bond formation

New nucleotide joining to a growing RNA chain with energy releasing.

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Antibiotics and RNA polymerase

Some antibiotics target bacterial RNA polymerase, hindering transcription.

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Proofreading activity

Error correction in RNA transcripts during synthesis.

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Pyrophospholytic editing

Reverse of phosphodiester bond formation for RNA's error correction.

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Hydrolytic editing

Error correction removing an incorrect RNA sequence

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Bacterial DNA topology

Bacterial DNA is supercoiled, and associated with proteins, forming subsections.

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Subdomains

Independent supercoiled DNA segments in bacteria.

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Transcription termination

Ending of transcription.

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Transcription attenuators

Sequences that prematurely end transcription.

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Transcription anti-terminators

Sequences that block termination to continue transcription

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Bacteriophage lambda

A virus that infects bacteria using anti-terminators.

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Study Notes

FASE DI INIZIO

  • Il fattore sigma si lega al promotore con elevata affinità
  • Il promotore è una sequenza di DNA che regola l'inizio della trascrizione
  • Le sequenze consenso, come la box -10 e la box -35, sono tipiche dei promotori batterici
  • Il DNA scrunching, un processo di denaturazione del DNA, porta alla formazione del complesso binario aperto (DNA a doppia elica diventa a singola)
  • Il fattore sigma si stacca dall'oloenzima durante il passaggio al complesso binario aperto
  • Lo spostamento della regione sigma 1.1 apre il canale di uscita dell'RNA
  • Il fattore sigma rimane legato al promotore, tenendo ferma la polimerasi fino al distacco

FASE DI ALLUNGAMENTO

  • Il movimento dell'RNA polimerasi avviene tramite un canale di entrata del DNA, un canale di uscita del DNA e un canale di uscita dell'RNA
  • Il ponte proteico della RNApol subisce un cambio conformazionale durante l'allungamento
  • La rottura del legame covalente del nucleotide entrante libera l'energia per la formazione di un nuovo legame fosfodiesterico
  • La RNApol batterica è un bersaglio per gli antibiotici, come le rifampicine e la fidaxomicina
  • Gli antibiotici si legano al sito catalitico o allostericamente inibendo la trascrizione

ATTIVITÀ DI CORREZIONE DI BOZZE (PROOFREADING ACTIVITY)

  • La RNApol corregge gli errori durante la trascrizione utilizzando l'editing pirofosfolitico o l'editing idrolitico
  • L'editing pirofosfolitico è una reazione inversa della formazione del legame fosfodiesterico
  • L'editing idrolitico comporta la rimozione di una sequenza di RNA errata

TOPOLOGIA DEL DNA

  • Il DNA batterico è superavvolto e associato a proteine, formando circa 400 sottodomini
  • I sottodomini sono porzioni di DNA superavvolte da proteine, indipendenti tra loro
  • La struttura superavvolta è necessaria per impacchettare il DNA nella cellula batterica

REGOLAZIONE DELLA TERMINAZIONE

  • La terminazione della trascrizione nei batteri può essere regolata da attenuatori e anti-terminatori
  • Gli attenuatori terminano prematuramente la trascrizione
  • Gli anti-terminatori impediscono la terminazione
  • Il fago lambda utilizza gli anti-terminatori per regolare la trascrizione dei suoi geni
  • L'attività anti-terminatrice della proteina N del fago lambda è dimostrata dalla sua capacità di invertire la polarità di un operone con codone di stop prematuro

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