DNA Mismatch Repair Mechanism

Podcast

Play an AI-generated podcast conversation about this lesson

Questions and Answers

DNA onarım sistemi hangi zincir üzerinde metil grupları aracılığıyla eski ve yeni zinciri ayırt eder?

Hiçbir zincirde

Hem eski hem de yeni zincirde eşit olarak

Yeni zincir üzerinde

Eski zincir üzerinde (correct)

Yanlış eşleşme onarımında, hangi protein yanlış eşleşmiş baz çiftinin bulunduğu geniş bir bölgeye bağlanır?

MutH

MutL

REC-A

MutS (correct)

Hangi proteini, MutS ve MutH proteinlerini birbirine bağlayarak koordinasyon sağlar?

MutS

MutL (correct)

REC-A

MutH

RecA proteininin görevi nedir?

Çift zincir kırıklarını tamir etmek Signup and view all the answers

'Rekombinasyon tamiri' hangi durumda görev alır?

Çift zincir kırıklarının tamirinde Signup and view all the answers

DNA onarım mekanizmaları içerisinde, yanlış eşleşen bazların kimyasal yapısının doğru olduğu ancak farklı olduğu durum hangisidir?

Metil grubunun demetilasyonu Signup and view all the answers

DNA fotoğraflıyaz enzimi hangi durumda görev yapar?

Timin dimerleri arasında fotokimyasal füzyon oluştuğunda Signup and view all the answers

DNA onarım mekanizmalarından hangisi yanlış eşleşmiş veya uygun olmayan yapıları genomdan keserek doğru bazlarla yer değiştirir?

Eksizyon tamiri Signup and view all the answers

'Timin dimerleri oluşumu' hangi durumda meydana gelir?

Ultraviyole ışınlarının 260 nm boyunda olması durumunda Signup and view all the answers

'Metiltransferaz enzimi' hangi işlemi gerçekleştirir?

Guaninden metil grubunu kesme ve çıkarma Signup and view all the answers

DNA replikasyonu sırasında oluşan hataların düzeltilmesinde görev alan MISMATCH REPAİR mekanizması hangi aşamada devreye girer?

DNA sentezi tamamlandıktan sonra Signup and view all the answers

Hasarlı DNA zincirinde XPF/ERCC1 proteini hangi bölgeden kesme yapar?

Hasardan 15-24 nükleotid uzaklıkta olan 5' bölgeden Signup and view all the answers

DNA hasarının tanınması ve düzeltilmesinde görev alan direkt onarım mekanizması hangi aşamada etkilidir?

DNA sentezi tamamlandıktan sonra Signup and view all the answers

XPG proteini hangi uzaklıktan hasardan kesme yapar?

Hasardan 2-8 nükleotid uzaklıkta Signup and view all the answers

NER mekanizmasındaki son basamak hangisidir?

Yeni sentezlenen DNA zincirinin ligasyonu Signup and view all the answers

NER'de DNA hasarının tanınması hangi protein tarafından gerçekleştirilir?

XPC Signup and view all the answers

XPC proteini hangi proteine bağlanır?

HHRAD23B (R23) Signup and view all the answers

DNA zincirini açmak için hangi protein kullanılır?

TFIIH Signup and view all the answers

Hangi protein, hasarın özgül olarak tanınmasını kolaylaştırır?

XPA ve RPA Signup and view all the answers

XPB ve XPD proteinleri hangi yönde helikaz aktivitesine sahiptir?

XPB: 3'→5', XPD: 5'→3' Signup and view all the answers

DNA tamir mekanizmalarında hangisi zarar görmüş bir bazı veya zararın tipini tanımaz?

Eşleşme (Mismatch) Tamiri Signup and view all the answers

NER'in ilk basamağı nedir?

Hasarın tanınması ve hasarlı zincirin kısmen çıkartılması Signup and view all the answers

Prokaryotlarda DNA tamirinde kullanılan anahtar enzimatik kompleks hangisidir?

ABC ekzinükleaz Signup and view all the answers

UVRC hasarın hangi ucuna çentikler açar?

3' ucuna 4-5 nükleotid, 5' ucuna 8 nükleotid Signup and view all the answers

'DNA sarmalının biçiminde meydana gelen bükülüp katlanmalar gibi daha genel özellikleri tanırlar.' ifadesi hangi DNA tamir mekanizması ile ilgilidir?

Nükleotid Eksizyon Tamiri (NER) Signup and view all the answers

DNA onarım mekanizmaları arasında yer almayan hangisidir?

Çapraz bağ tamir mekanizması Signup and view all the answers

Aşağıdakilerden hangisi geri dönüş mekanizmasına örnek değildir?

Baz çıkarma hasarlarının düzeltilmesi Signup and view all the answers

Eksizyonel tamir mekanizmalarından hangisi tek bir nükleotidi çıkarır ve yeni bir baz katar?

Baz eksizyonu tamiri (BER) Signup and view all the answers

Aşağıdakilerden hangisi NER (nükleotid eksizyonu tamiri) mekanizmalarından biridir?

Genom tamir yolu (GGR) Signup and view all the answers

DNA hasarlarının tanınması, hasarlı kısmın uzaklaştırılması ve boşluğun doldurulması hangi onarım mekanizmasına aittir?

Eksizyonel tamir Signup and view all the answers

DNA'daki hasarların onarımı hangi basamaklardan oluşur?

Hasarın tanınması, hasarlı bölgenin çıkartılması, boşluğun doldurulması ve ligasyon Signup and view all the answers

Baz Eksizyon Tamiri (BER) hangi tür hasarların onarımı ile ilgilidir?

DNA bazlarının doğal hidrolizi veya kimyasal ajanlar nedeniyle oluşan uygun olmayan bazların Signup and view all the answers

BER'de görev alan enzim hangisidir?

DNA glikozilaz Signup and view all the answers

DNA glikozilaz enzimi hangi işlevi görür?

Deoksiriboz şeker ve baz arasındaki N-glikozidik bağın hidrolizi ile hatalı bazı uzaklaştırır Signup and view all the answers

O6-methylguanine (O6-meG) hasarı hangi sonuca yol açar?

Transkripsiyon sırasında RNA polimeraz II'nin uzatma görevini kısmi olarak bloke eder Signup and view all the answers

O6-methylguanine (O6-meG) hasarı tamir edilmezse ne olur?

Hücrenin ilk replikasyonu sonunda O6-MeG karşısına tamamlayıcı baz olarak timin geçer Signup and view all the answers

İnsan DNA'sında kaç farklı glikozilaz enzimi tanımlanmıştır?

8 Signup and view all the answers

Direkt reversal mekanizması hangi tür hasarların onarımı ile ilgilidir?

DNA'daki bazların alkilasyonunun Signup and view all the answers

Eksizyon tamiri hangi tür hasarların onarımı ile ilgilidir?

DNA'daki bazların hasarlanmasının Signup and view all the answers

Rekombinasyon tamiri hangi tür hasarların onarımı ile ilgilidir?

DNA'daki çift zincir kırıklarının Signup and view all the answers

Study Notes

DNA Onarım Sistemleri

DNA onarımında eski ve yeni zincirin ayrılması, metil grupları aracılığıyla gerçekleşir.
Yanlış eşleşme onarımında, MutS proteini geniş bir bölgeye bağlanarak yanlış eşleşen baz çiftini tespit eder.
MutS ve MutH proteinlerini bağlayarak koordinasyon sağlayan protein, MutL'dir.
RecA proteini, DNA eşleme ve rekombinasyon süreçlerinde kritik bir rol oynar.
'Rekombinasyon tamiri', çift sarmallı kesikler meydana geldiğinde devreye girer.

Yanlış Eşleşme Onarımı

Yanlış eşleşen bazların kimyasal yapısı doğru ancak farklı durumları, temel eşleşme hatalarıdır.
DNA fotoğraflıyaz enzimi, UV ışığına maruz kalan DNA'nın onarımında görev yapar.
Yanlış eşleşmiş veya uygun olmayan yapıları genomdan kesip doğru bazlarla değiştiren mekanizma, excision repair (tamir) mekanizmasıdır.

Timin Dimerleri ve Metiltransferaz

Timin dimerleri, UV ışığına maruz kalındığında meydana gelir.
Metiltransferaz enzimi, DNA'daki metil gruplarını eklemekle görevli enzimi temsil eder.

Hata Düzeltme Mekanizmaları

DNA replikasyonu sırasında oluşan hataların düzeltilmesi aşamasında, yanlış eşleşme onarım (mismatch repair) mekanizması devrededir.
Hasarlı DNA zincirinde XPF/ERCC1 proteini, kesilme yapacağı bölgeyi belirler.
DNA hasarının tanınması ve düzeltilmesinde direkt onarım mekanizması etkili olur.

Nükleotid Eksizyonu Tamiri

XPG proteini, hasarın 3' ucundan kesim yapar.
NER mekanizmasındaki son basamak, tamir onarım sürecinin tamamlanmasıdır.
NER'de DNA hasarının tanınması, XPC proteini tarafından gerçekleştirilir.
XPC proteini, başka bir protein ile işbirliği yapar.

DNA Helikaz ve Tanıma

DNA zincirini açmak için kullanılan protein, DNA helikazıdır.
Hasarın özgül olarak tanınmasını kolaylaştıran protein, XPA'dır.
XPB ve XPD proteinleri, 5'ten 3' yönde helikaz aktivitesine sahiptir.
DNA tamir mekanizmaları arasında, zarar görmüş bir baz veya zarar türünü tanımayan mekanizma, direkt onarımdır.

Eksizyonel Tamir Mekanizmaları

NER'in ilk basamağı, DNA hasarını tanımaktır.
Prokaryotlarda DNA tamirinde kullanılan anahtar enzim yapısı, UvrABC kompleksidir.
UVRC hasarının 5' ucuna çentikler açar.
DNA onarım mekanizmalarında, "bükülüp katlanmalar gibi genel özellikler" ifadesi, DNA tamiri kavramı ile ilgilidir.

Geri Dönüş Mekanizması

DNA onarım mekanizmaları arasında yer almayan, geri dönüş mekanizması bulunmamaktadır.
Geri dönüş mekanizmasına örnek olmayan işlemlerden biri, yanlış eşleşme düzeltimi yapmamaktır.

Eksizyonel Tamir ve Baz Eksizyon Tamiri

Eksizyonel tamir mekanizmaları arasında, tek bir nükleotidi çıkaran mekanizma, baz eksizyon tamiri (BER)dir.
NER (nükleotid eksizyonu tamiri) mekanizmalarından biri, DNA onarımındaki nükleotid tamiridir.
DNA hasarlarının tanınması, hasarlı kısımların uzaklaştırılması ve boşlukların doldurulması, eksizyon tamiri mekanizmasına aittir.

Baz Eksizyon Tamiri

Baz Eksizyon Tamiri (BER) genellikle oksidatif hasarların onarımı ile ilgilidir.
BER'de görev alan enzim, glikozilazdır.
DNA glikozilaz enzimi, yanlış bazları tanıyıp çıkararak onarım sürecini başlatır.
O6-methylguanine (O6-meG) hasarı, baz eşleşme hatalarına yol açar; tamir edilmezse kanser riskini artırır.
İnsan DNA'sında dokuz farklı glikozilaz enzimi tanımlanmıştır.
Direkt reversal mekanizması, genellikle metilasyon hasarlarının onarımı ile ilgilidir.
Eksizyon tamiri, çevresel etkenlerin neden olduğu hasarları onarır.
Rekombinasyon tamiri, DNA çift sarmalındaki kesikler sebebiyle oluşan hasarların onarımında görev yapar.

Studying That Suits You

Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.

Description

In DNA mismatch repair, incorrect base pairs in the DNA molecule are fixed by replacing the bases. The repair system needs to distinguish between the old and newly synthesized strands to correct mismatches according to the old strand. This discrimination is achieved through methyl groups present on the old strand but not yet on the newly synthesized strand.