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Questions and Answers

Qual è il compito principale dei fattori di trascrizione eucariotici?

Sintetizzare l'RNA direttamente.

Convertire il DNA in proteine.

Modificare il codice genetico.

Attivare o reprimere la trascrizione. (correct)

Qual è il processo utilizzato per purificare il DNA plasmidico nei lieviti?

Trascrizione inversa.

Integrazione del DNA esogeno.

Clonazione endogena.

Amplificazione e sequenziamento. (correct)

In quale modo i fattori di trascrizione interagiscono con l'apparato basale della trascrizione?

Inibendo l'azione di altri fattori.

Modificando il codice genetico.

Legando sequenze specifiche di DNA. (correct)

Direttamente con l'RNA polimerasi II.

Cosa determina la modulare struttura dei fattori di trascrizione?

L'interazione di più domini funzionali. Signup and view all the answers

Qual è il risultato della trasformazione dei lieviti con la genoteca?

Generazione di numerose molecole tramite clonaggio. Signup and view all the answers

Che cosa controlla l'analisi SDS-PAGE nel contesto della clonazione delle proteine?

Le dimensioni e la purezza delle proteine. Signup and view all the answers

Qual è la funzione principale degli elementi enhancer nei fattori di trascrizione?

Attivare la trascrizione si legando a specifici fattori. Signup and view all the answers

Cosa provoca l'interazione tra due proteine nel contesto dei fattori di trascrizione?

La formazione del fattore di trascrizione. Signup and view all the answers

Quale dominio di legame al DNA presenta una sequenza di circa 60 aminoacidi?

Homeodomain Signup and view all the answers

Quale affermazione riguardo ai fattori di trascrizione non è corretta?

I fattori di trascrizione sono sempre associati al solco maggiore del DNA. Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni sui domini di legame al DNA è vera?

Il dominio Basic Helix-loop-helix ha porzioni flessibili. Signup and view all the answers

Quale fattore di trascrizione è associato all'helix-turn-helix?

Lac Repressor Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni sull'interazione tra proteine e DNA è corretta?

Le interazioni avvengono senza rompere i legami a idrogeno del DNA. Signup and view all the answers

Nel contesto delle sequenze consenso, cosa si intende per 'probabilità di trovare determinate basi'?

Le percentuali di basi specifiche in una sequenza DNA. Signup and view all the answers

Quale dei seguenti fattori non è un dominio di legame al DNA?

Alpha-helix Signup and view all the answers

Quale aminoacido è menzionato come capace di formare legami a idrogeno con le basi azotate?

Serina Signup and view all the answers

Quale dei seguenti domini di legame è caratterizzato dalla presenza di porzioni flessibili?

Basic Helix-loop-helix Signup and view all the answers

Quale affermazione descrive meglio il ruolo dei fattori di trascrizione eucariotici?

Stimolano l'attività della RNA polimerasi e possono anche reprimere la trascrizione. Signup and view all the answers

Qual è il principale meccanismo attraverso cui i fattori di trascrizione interagiscono con la cromatina?

Inducono il cambiamento della carica delle code istoniche per favorire l'interazione con il DNA. Signup and view all the answers

Qual è la composizione di un nucleosoma e la sua importanza?

Composto da un ottamero di proteine, permette l'organizzazione del DNA in forma compattata. Signup and view all the answers

Quale affermazione è corretta riguardo le code istoniche?

La modifica delle loro cariche determina la loro interazione con il DNA. Signup and view all the answers

Qual è l'effetto della modifica della spaziatura dei nucleosomi?

Permette una maggiore accessibilità del DNA ai complessi trascrizionali. Signup and view all the answers

Qual è il ruolo principale dei lipidi cationici nella trasfezione?

Facilitare la fagocitosi del plasmide nella cellula Signup and view all the answers

Cosa si osserva nelle cellule blu e rosse dopo la trasfezione con il promotore della luciferasi?

Bassa attività di luciferasi Signup and view all the answers

Quale affermazione è vera riguardo il fattore di trascrizione osservato in TRANSFACT?

È specificamente espresso nelle cellule verdi Signup and view all the answers

Perché la cellula rossa non esprime il gene osservato nella cellula verde?

Perché ha un repressore specifico per la trascrizione Signup and view all the answers

Cosa succede quando si aggiunge un plasmide per il fattore di trascrizione alla cellula rossa?

La cellula rossa inizia a trascrivere la luciferasi Signup and view all the answers

Qual è la funzione principale del promotore nel contesto della trasfezione?

Controllare l'espressione del fattore di trascrizione Signup and view all the answers

Perché si utilizza un costrutto di trasfezione nelle cellule verdi?

Perché il gene di interesse è già attivo in esse Signup and view all the answers

Qual è la caratteristica principale delle cellule adipocitarie in questo contesto?

Espressione selettiva di geni specifici Signup and view all the answers

Qual è la relazione tra gli enancher e la trascrizione genica?

Gli enancher attivano la trascrizione dei geni Signup and view all the answers

Cosa indicano le cellule verdi riguardo all'espressione genica nel contesto della ricerca?

Espressione specifica di fattori di trascrizione Signup and view all the answers

Quale metodo è utilizzato per dimostrare il legame tra DNA e proteina?

Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) Signup and view all the answers

Qual è la funzione principale dei fattori di trascrizione nel contesto descritto?

Riconoscere e legarsi a sequenze di DNA Signup and view all the answers

In quale condizione il complesso DNA-proteina appare più pesante durante l'elettroforesi?

Quando il DNA si lega alla proteina Signup and view all the answers

Cosa segnala la presenza di DNA radioattivo nell'esperimento?

Il DNA si è legato al fattore di trascrizione Signup and view all the answers

Qual è il ruolo della sequenza mutagenizzata in questo esperimento?

Identificare la sequenza target per il fattore di trascrizione Signup and view all the answers

Qual è la composizione dei due oligonucleotidi sintetizzati?

Sequenze di 6 paia di basi complementari Signup and view all the answers

Quale gel è comunemente utilizzato per l'elettroforesi in questo esperimento?

Gel di poliacrilamide Signup and view all the answers

Che tipo di provette vengono utilizzate per purificare la proteina nel processo?

Provette a microcentrifuga Signup and view all the answers

Qual è il principale obiettivo degli esperimenti in vitro menzionati?

Dimostrare il legame diretto tra DNA e proteina Signup and view all the answers

Cosa rappresenta il vettore di clonaggio Ptirex nell'esperimento?

Un veicolo per la sequenza di DNA Signup and view all the answers

Study Notes

Clonaggio e Interazione delle Proteine

Utilizzo di cDNA da geni espressi nel cervello per effettuare clonaggio casuale delle proteine.
Un miscuglio di cDNA clonato è posizionato a valle della GAL activation domain come preda.
Controllo della clonazione tramite SDS-PAGE e analisi con elettroforesi.
Trasformazione di lieviti con la genoteca, seguito da piastra di selezione senza leucina per identificare i sopravvissuti.
Replica plating su piastra contenente X-Gal per confermare interazioni proteiche.

Fattori di Trascrizione Eucariotici

Attivano o reprimono la trascrizione legandosi a elementi genetici chiave, come enhancer e silencer.
Importante nel reclutamento della RNA polimerasi e nell’interazione con il complesso trascrizionale.
Modificano la cromatina per facilitare o inibire l’accesso ai geni target da parte dei fattori di trascrizione.
Proteine modulari con domini distintivi per legame al DNA e attivazione/repressione della trascrizione.

Sequenze Consenso e Domini di Legame

I fattori di trascrizione riconoscono sequenze specifiche del DNA, definite come sequenze consenso, per il legame.
Sequenze consenso riconosciute comprendono posizioni chiave nei promotori, simili a quelle nei procarioti.
Domini di legame al DNA come Homeodomain, Zinc-finger, e Basic Helix-loop-helix sono fondamentali per l’attività dei fattori di trascrizione.

Trasfezione e Studio dei Geni

Processo di trasfezione tramite lipidi cationici per introdurre plasmidi nelle cellule.
Le cellule devono esprimere geni specifici per avere una risposta evidenziabile, tramite un sistema di reporter come la luciferasi.
Comportamento delle cellule dipende dalla presenza di fattori di trascrizione che legano gli enhancer o reprimono l’espressione.

EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assay)

Utilizzato per dimostrare il legame tra proteine e specifiche sequenze di DNA.
Consiste nella formazione di complessi proteina-DNA da analizzare in gel di poliacrilamide.
La migrazione del DNA è influenzata dalla presenza o meno della proteina legante, indicante l’interazione.

Modifiche della Cromatina

Fattori di trascrizione interagiscono con nucleosomi e rimodellano la cromatina per aumentare l'accessibilità ai geni.
Inclusione di proteine stabilizzanti e fattori necessitati per mantenere l’organizzazione nucleosomiale.
Modifiche della carica degli istoni influenzano la loro interazione con il DNA, facilitando l’accesso per i complessi di trascrizione.

Meccanismi di Attivazione della Trascrizione

La struttura del DNA organizzato in nucleosomi può essere alterata per consentire accesso a fattori di trascrizione specifici.
La formazione delle fibre di cromatina (10nm e 30nm) è influenzata dal legame di fattori di trascrizione e complessi di rimodellamento.
Nucleosomi costituiti da istoni fondamentali (H2A, H2B, H3, H4) circondano il DNA, con codici istonici che partecipano all'organizzazione della cromatina.

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Description

Questo quiz esplora le tecniche di clonaggio proteico utilizzando cDNA e la loro applicazione nell'analisi delle interazioni proteiche. Inoltre, si discute il ruolo dei fattori di trascrizione e come influenzano la trascrizione genica nei sistemi eucariotici. Metodi come SDS-PAGE e trasformazione di lieviti verranno analizzati per comprendere meglio questi processi cellulari.