biomol 3/3
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Questions and Answers

Qual è il compito principale dei fattori di trascrizione eucariotici?

  • Sintetizzare l'RNA direttamente.
  • Convertire il DNA in proteine.
  • Modificare il codice genetico.
  • Attivare o reprimere la trascrizione. (correct)

    • Qual è il processo utilizzato per purificare il DNA plasmidico nei lieviti?

  • Trascrizione inversa.
  • Integrazione del DNA esogeno.
  • Clonazione endogena.
  • Amplificazione e sequenziamento. (correct)

    • In quale modo i fattori di trascrizione interagiscono con l'apparato basale della trascrizione?

  • Inibendo l'azione di altri fattori.
  • Modificando il codice genetico.
  • Legando sequenze specifiche di DNA. (correct)
  • Direttamente con l'RNA polimerasi II.

    • Cosa determina la modulare struttura dei fattori di trascrizione?

    <p>L'interazione di più domini funzionali.</p> Signup and view all the answers

    Qual è il risultato della trasformazione dei lieviti con la genoteca?

    <p>Generazione di numerose molecole tramite clonaggio.</p> Signup and view all the answers

    Che cosa controlla l'analisi SDS-PAGE nel contesto della clonazione delle proteine?

    <p>Le dimensioni e la purezza delle proteine.</p> Signup and view all the answers

    Qual è la funzione principale degli elementi enhancer nei fattori di trascrizione?

    <p>Attivare la trascrizione si legando a specifici fattori.</p> Signup and view all the answers

    Cosa provoca l'interazione tra due proteine nel contesto dei fattori di trascrizione?

    <p>La formazione del fattore di trascrizione.</p> Signup and view all the answers

    Quale dominio di legame al DNA presenta una sequenza di circa 60 aminoacidi?

    <p>Homeodomain</p> Signup and view all the answers

    Quale affermazione riguardo ai fattori di trascrizione non è corretta?

    <p>I fattori di trascrizione sono sempre associati al solco maggiore del DNA.</p> Signup and view all the answers

    Quale delle seguenti affermazioni sui domini di legame al DNA è vera?

    <p>Il dominio Basic Helix-loop-helix ha porzioni flessibili.</p> Signup and view all the answers

    Quale fattore di trascrizione è associato all'helix-turn-helix?

    <p>Lac Repressor</p> Signup and view all the answers

    Quale delle seguenti affermazioni sull'interazione tra proteine e DNA è corretta?

    <p>Le interazioni avvengono senza rompere i legami a idrogeno del DNA.</p> Signup and view all the answers

    Nel contesto delle sequenze consenso, cosa si intende per 'probabilità di trovare determinate basi'?

    <p>Le percentuali di basi specifiche in una sequenza DNA.</p> Signup and view all the answers

    Quale dei seguenti fattori non è un dominio di legame al DNA?

    <p>Alpha-helix</p> Signup and view all the answers

    Quale aminoacido è menzionato come capace di formare legami a idrogeno con le basi azotate?

    <p>Serina</p> Signup and view all the answers

    Quale dei seguenti domini di legame è caratterizzato dalla presenza di porzioni flessibili?

    <p>Basic Helix-loop-helix</p> Signup and view all the answers

    Quale affermazione descrive meglio il ruolo dei fattori di trascrizione eucariotici?

    <p>Stimolano l'attività della RNA polimerasi e possono anche reprimere la trascrizione.</p> Signup and view all the answers

    Qual è il principale meccanismo attraverso cui i fattori di trascrizione interagiscono con la cromatina?

    <p>Inducono il cambiamento della carica delle code istoniche per favorire l'interazione con il DNA.</p> Signup and view all the answers

    Qual è la composizione di un nucleosoma e la sua importanza?

    <p>Composto da un ottamero di proteine, permette l'organizzazione del DNA in forma compattata.</p> Signup and view all the answers

    Quale affermazione è corretta riguardo le code istoniche?

    <p>La modifica delle loro cariche determina la loro interazione con il DNA.</p> Signup and view all the answers

    Qual è l'effetto della modifica della spaziatura dei nucleosomi?

    <p>Permette una maggiore accessibilità del DNA ai complessi trascrizionali.</p> Signup and view all the answers

    Qual è il ruolo principale dei lipidi cationici nella trasfezione?

    <p>Facilitare la fagocitosi del plasmide nella cellula</p> Signup and view all the answers

    Cosa si osserva nelle cellule blu e rosse dopo la trasfezione con il promotore della luciferasi?

    <p>Bassa attività di luciferasi</p> Signup and view all the answers

    Quale affermazione è vera riguardo il fattore di trascrizione osservato in TRANSFACT?

    <p>È specificamente espresso nelle cellule verdi</p> Signup and view all the answers

    Perché la cellula rossa non esprime il gene osservato nella cellula verde?

    <p>Perché ha un repressore specifico per la trascrizione</p> Signup and view all the answers

    Cosa succede quando si aggiunge un plasmide per il fattore di trascrizione alla cellula rossa?

    <p>La cellula rossa inizia a trascrivere la luciferasi</p> Signup and view all the answers

    Qual è la funzione principale del promotore nel contesto della trasfezione?

    <p>Controllare l'espressione del fattore di trascrizione</p> Signup and view all the answers

    Perché si utilizza un costrutto di trasfezione nelle cellule verdi?

    <p>Perché il gene di interesse è già attivo in esse</p> Signup and view all the answers

    Qual è la caratteristica principale delle cellule adipocitarie in questo contesto?

    <p>Espressione selettiva di geni specifici</p> Signup and view all the answers

    Qual è la relazione tra gli enancher e la trascrizione genica?

    <p>Gli enancher attivano la trascrizione dei geni</p> Signup and view all the answers

    Cosa indicano le cellule verdi riguardo all'espressione genica nel contesto della ricerca?

    <p>Espressione specifica di fattori di trascrizione</p> Signup and view all the answers

    Quale metodo è utilizzato per dimostrare il legame tra DNA e proteina?

    <p>Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)</p> Signup and view all the answers

    Qual è la funzione principale dei fattori di trascrizione nel contesto descritto?

    <p>Riconoscere e legarsi a sequenze di DNA</p> Signup and view all the answers

    In quale condizione il complesso DNA-proteina appare più pesante durante l'elettroforesi?

    <p>Quando il DNA si lega alla proteina</p> Signup and view all the answers

    Cosa segnala la presenza di DNA radioattivo nell'esperimento?

    <p>Il DNA si è legato al fattore di trascrizione</p> Signup and view all the answers

    Qual è il ruolo della sequenza mutagenizzata in questo esperimento?

    <p>Identificare la sequenza target per il fattore di trascrizione</p> Signup and view all the answers

    Qual è la composizione dei due oligonucleotidi sintetizzati?

    <p>Sequenze di 6 paia di basi complementari</p> Signup and view all the answers

    Quale gel è comunemente utilizzato per l'elettroforesi in questo esperimento?

    <p>Gel di poliacrilamide</p> Signup and view all the answers

    Che tipo di provette vengono utilizzate per purificare la proteina nel processo?

    <p>Provette a microcentrifuga</p> Signup and view all the answers

    Qual è il principale obiettivo degli esperimenti in vitro menzionati?

    <p>Dimostrare il legame diretto tra DNA e proteina</p> Signup and view all the answers

    Cosa rappresenta il vettore di clonaggio Ptirex nell'esperimento?

    <p>Un veicolo per la sequenza di DNA</p> Signup and view all the answers

    Study Notes

    Clonaggio e Interazione delle Proteine

    • Utilizzo di cDNA da geni espressi nel cervello per effettuare clonaggio casuale delle proteine.
    • Un miscuglio di cDNA clonato è posizionato a valle della GAL activation domain come preda.
    • Controllo della clonazione tramite SDS-PAGE e analisi con elettroforesi.
    • Trasformazione di lieviti con la genoteca, seguito da piastra di selezione senza leucina per identificare i sopravvissuti.
    • Replica plating su piastra contenente X-Gal per confermare interazioni proteiche.

    Fattori di Trascrizione Eucariotici

    • Attivano o reprimono la trascrizione legandosi a elementi genetici chiave, come enhancer e silencer.
    • Importante nel reclutamento della RNA polimerasi e nell’interazione con il complesso trascrizionale.
    • Modificano la cromatina per facilitare o inibire l’accesso ai geni target da parte dei fattori di trascrizione.
    • Proteine modulari con domini distintivi per legame al DNA e attivazione/repressione della trascrizione.

    Sequenze Consenso e Domini di Legame

    • I fattori di trascrizione riconoscono sequenze specifiche del DNA, definite come sequenze consenso, per il legame.
    • Sequenze consenso riconosciute comprendono posizioni chiave nei promotori, simili a quelle nei procarioti.
    • Domini di legame al DNA come Homeodomain, Zinc-finger, e Basic Helix-loop-helix sono fondamentali per l’attività dei fattori di trascrizione.

    Trasfezione e Studio dei Geni

    • Processo di trasfezione tramite lipidi cationici per introdurre plasmidi nelle cellule.
    • Le cellule devono esprimere geni specifici per avere una risposta evidenziabile, tramite un sistema di reporter come la luciferasi.
    • Comportamento delle cellule dipende dalla presenza di fattori di trascrizione che legano gli enhancer o reprimono l’espressione.

    EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assay)

    • Utilizzato per dimostrare il legame tra proteine e specifiche sequenze di DNA.
    • Consiste nella formazione di complessi proteina-DNA da analizzare in gel di poliacrilamide.
    • La migrazione del DNA è influenzata dalla presenza o meno della proteina legante, indicante l’interazione.

    Modifiche della Cromatina

    • Fattori di trascrizione interagiscono con nucleosomi e rimodellano la cromatina per aumentare l'accessibilità ai geni.
    • Inclusione di proteine stabilizzanti e fattori necessitati per mantenere l’organizzazione nucleosomiale.
    • Modifiche della carica degli istoni influenzano la loro interazione con il DNA, facilitando l’accesso per i complessi di trascrizione.

    Meccanismi di Attivazione della Trascrizione

    • La struttura del DNA organizzato in nucleosomi può essere alterata per consentire accesso a fattori di trascrizione specifici.
    • La formazione delle fibre di cromatina (10nm e 30nm) è influenzata dal legame di fattori di trascrizione e complessi di rimodellamento.
    • Nucleosomi costituiti da istoni fondamentali (H2A, H2B, H3, H4) circondano il DNA, con codici istonici che partecipano all'organizzazione della cromatina.

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    Description

    Questo quiz esplora le tecniche di clonaggio proteico utilizzando cDNA e la loro applicazione nell'analisi delle interazioni proteiche. Inoltre, si discute il ruolo dei fattori di trascrizione e come influenzano la trascrizione genica nei sistemi eucariotici. Metodi come SDS-PAGE e trasformazione di lieviti verranno analizzati per comprendere meglio questi processi cellulari.

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