Podcast
Questions and Answers
Quelle est la première étape de l'isolement des locus microsatellites selon les travaux pratiques?
Quelle est la première étape de l'isolement des locus microsatellites selon les travaux pratiques?
- Capture des séquences ciblées avec des particules magnétiques
- Hybridation avec des sondes microsatellites
- Amplification par PCR des produits ligaturés
- Digestion de l'ADN génomique avec l'enzyme RsaI (correct)
Quel matériau de protection est requis lors de la manipulation des réactifs chimiques et bactéries?
Quel matériau de protection est requis lors de la manipulation des réactifs chimiques et bactéries?
- Un masque facial
- Des lunettes de protection uniquement
- Une blouse blanche et des gants (correct)
- Gants en latex uniquement
Quelle est la première étape de la méthode de lyse alcaline pour extraire l'ADN plasmidique?
Quelle est la première étape de la méthode de lyse alcaline pour extraire l'ADN plasmidique?
- Ajouter la solution de lyse fortement alcaline
- Préparer la solution neutralisante
- Cultiver les colonies positives (correct)
- Centrifuger le surnageant
Quels types de fragments génétiques sont amplifiés par PCR dans le processus?
Quels types de fragments génétiques sont amplifiés par PCR dans le processus?
Quel est le rôle de la solution fortement alcaline dans la méthode de lyse alcaline?
Quel est le rôle de la solution fortement alcaline dans la méthode de lyse alcaline?
Qu'est-ce qui est utilisé comme amorces lors de l'amplification par PCR?
Qu'est-ce qui est utilisé comme amorces lors de l'amplification par PCR?
Quel est l'objectif principal des Travaux Pratiques mentionnés?
Quel est l'objectif principal des Travaux Pratiques mentionnés?
Quelle est la composition de la solution GTE utilisée dans l'extraction d'ADN?
Quelle est la composition de la solution GTE utilisée dans l'extraction d'ADN?
Quelle méthode est utilisée pour le séquençage de l'ADN dans les Travaux Dirigés?
Quelle méthode est utilisée pour le séquençage de l'ADN dans les Travaux Dirigés?
Quel appareil est utilisé pour mélanger les solutions dans la méthode de lyse alcaline?
Quel appareil est utilisé pour mélanger les solutions dans la méthode de lyse alcaline?
Quel est le but de l'ajout de la solution neutralisante dans la méthode de lyse?
Quel est le but de l'ajout de la solution neutralisante dans la méthode de lyse?
Quels motifs microsatellites sont ciblés dans l'hybridation?
Quels motifs microsatellites sont ciblés dans l'hybridation?
Pourquoi l'ADN plasmidique est-il précipité à l'isopropanol?
Pourquoi l'ADN plasmidique est-il précipité à l'isopropanol?
Quel est le rôle des particules magnétiques dans le processus d'isolement?
Quel est le rôle des particules magnétiques dans le processus d'isolement?
Quel est le phénomène induit par la solution de lyse dans la méthode de lyse alcaline?
Quel est le phénomène induit par la solution de lyse dans la méthode de lyse alcaline?
À quelle température les colonies positives doivent-elles être cultivées?
À quelle température les colonies positives doivent-elles être cultivées?
Pourquoi l'ADN plasmidique se renature-t-il rapidement ?
Pourquoi l'ADN plasmidique se renature-t-il rapidement ?
Quel facteur empêche la renaturation de l'ADN génomique ?
Quel facteur empêche la renaturation de l'ADN génomique ?
Quel rôle jouent les alcools comme l'isopropanol dans la précipitation de l'ADN ?
Quel rôle jouent les alcools comme l'isopropanol dans la précipitation de l'ADN ?
Quelle est la particularité des di-désoxynucléotides (ddNTP) par rapport aux dNTP ?
Quelle est la particularité des di-désoxynucléotides (ddNTP) par rapport aux dNTP ?
Quelle méthode est utilisée pour séparer les fragments d'ADN lors du séquençage ?
Quelle méthode est utilisée pour séparer les fragments d'ADN lors du séquençage ?
Quelle est la fonction de la source laser dans le processus de séquençage automatique ?
Quelle est la fonction de la source laser dans le processus de séquençage automatique ?
Quel est le résultat final du séquençage sur ordinateur ?
Quel est le résultat final du séquençage sur ordinateur ?
Quel colorant est associé au nucléotide cytosine (C) dans le séquençage ?
Quel colorant est associé au nucléotide cytosine (C) dans le séquençage ?
Quel est le rôle du gène hMSH2?
Quel est le rôle du gène hMSH2?
Quelles étapes sont essentielles dans le programme de thermocyclage pour le séquençage Sanger?
Quelles étapes sont essentielles dans le programme de thermocyclage pour le séquençage Sanger?
Quel est le lien établi entre le syndrome de Li-Fraumeni et le gène TOTO?
Quel est le lien établi entre le syndrome de Li-Fraumeni et le gène TOTO?
Quelles méthodes peuvent être utilisées pour purifier une réaction de séquençage?
Quelles méthodes peuvent être utilisées pour purifier une réaction de séquençage?
Quelle technique a été utilisée pour séquencer les inserts des clones recombinants?
Quelle technique a été utilisée pour séquencer les inserts des clones recombinants?
Quel est le but principal de la mini-prep effectuée après la construction de la banque enrichie ?
Quel est le but principal de la mini-prep effectuée après la construction de la banque enrichie ?
Quelles solutions ont été utilisées durant la mini-prep et quel est leur rôle ?
Quelles solutions ont été utilisées durant la mini-prep et quel est leur rôle ?
Quel type de séquençage a été utilisé pour analyser les inserts des clones recombinants ?
Quel type de séquençage a été utilisé pour analyser les inserts des clones recombinants ?
Lors de la réaction de séquençage, quel est le programme de thermocyclage typiquement utilisé ?
Lors de la réaction de séquençage, quel est le programme de thermocyclage typiquement utilisé ?
Quel est le motif isolé des microsatellites étudiés dans l'exercice ?
Quel est le motif isolé des microsatellites étudiés dans l'exercice ?
Quel type d'allèle a été amplifié dans l'exercice, et quelle était sa taille ?
Quel type d'allèle a été amplifié dans l'exercice, et quelle était sa taille ?
Quel est un des facteurs évalués dans l'étude de l'instabilité des microsatellites ?
Quel est un des facteurs évalués dans l'étude de l'instabilité des microsatellites ?
Quelles cellules ont montré une instabilité accrue par rapport à l'âge dans cette étude ?
Quelles cellules ont montré une instabilité accrue par rapport à l'âge dans cette étude ?
Quels sont les premiers 30 nucléotides de la séquence d'insert du côté 5'?
Quels sont les premiers 30 nucléotides de la séquence d'insert du côté 5'?
Quel vecteur a été utilisé pour cloner les inserts?
Quel vecteur a été utilisé pour cloner les inserts?
Quel est le produit d'amplification de taille ciblé par la paire d'amorces désignée?
Quel est le produit d'amplification de taille ciblé par la paire d'amorces désignée?
Comment est désignée la migration sur le gel d'agarose?
Comment est désignée la migration sur le gel d'agarose?
Dans quel échantillon trouve-t-on le tissu tumoral d'une femme atteinte par le syndrome?
Dans quel échantillon trouve-t-on le tissu tumoral d'une femme atteinte par le syndrome?
Quel type de motifs les amorces doivent-elles encadrer?
Quel type de motifs les amorces doivent-elles encadrer?
Quel échantillon correspond à un tissu sain d'un homme non atteint par le syndrome?
Quel échantillon correspond à un tissu sain d'un homme non atteint par le syndrome?
Quel est probablement le but de la réaction d'amplification PCR dans ce contexte?
Quel est probablement le but de la réaction d'amplification PCR dans ce contexte?
Flashcards
Extraction de locus microsatellites
Extraction de locus microsatellites
Procédé d'isolement de régions spécifiques de l'ADN riches en motifs répétitifs courts (microsatellites) dans le génome d'un organisme.
Enzyme RsaI
Enzyme RsaI
Enzyme de restriction qui coupe l'ADN génomique au cours de l'extraction des locus microsatellites.
Adaptateurs PCR
Adaptateurs PCR
Fragments d'ADN ajoutés aux extrémités des fragments d'ADN digérés pour faciliter l'amplification par la Polymerase Chain Reaction (PCR).
PCR
PCR
Signup and view all the flashcards
Sondes microsatellites biotinylées
Sondes microsatellites biotinylées
Signup and view all the flashcards
Particules magnétiques recouvertes de streptavidine
Particules magnétiques recouvertes de streptavidine
Signup and view all the flashcards
Microsatellites
Microsatellites
Signup and view all the flashcards
Banque génomique enrichie
Banque génomique enrichie
Signup and view all the flashcards
Renaturation de l'ADN
Renaturation de l'ADN
Signup and view all the flashcards
ADN plasmidique
ADN plasmidique
Signup and view all the flashcards
ADN génomique
ADN génomique
Signup and view all the flashcards
Di-désoxynucléotides (ddNTP)
Di-désoxynucléotides (ddNTP)
Signup and view all the flashcards
Séquençage de Sanger
Séquençage de Sanger
Signup and view all the flashcards
Fluorochromes
Fluorochromes
Signup and view all the flashcards
Electrophorèse sur gel de polyacrylamide
Electrophorèse sur gel de polyacrylamide
Signup and view all the flashcards
Séquençage automatique
Séquençage automatique
Signup and view all the flashcards
Banque de clones recombinants
Banque de clones recombinants
Signup and view all the flashcards
Syndrome de Li-Fraumeni
Syndrome de Li-Fraumeni
Signup and view all the flashcards
Extraction d'ADN plasmidique (mini-prép)
Extraction d'ADN plasmidique (mini-prép)
Signup and view all the flashcards
Méthode de lyse alcaline
Méthode de lyse alcaline
Signup and view all the flashcards
Solution neutralisante
Solution neutralisante
Signup and view all the flashcards
Colonies positives
Colonies positives
Signup and view all the flashcards
Milieu LB (liquide)
Milieu LB (liquide)
Signup and view all the flashcards
Centrifugation
Centrifugation
Signup and view all the flashcards
Solution GTE
Solution GTE
Signup and view all the flashcards
Mini-prep
Mini-prep
Signup and view all the flashcards
Programme de thermocyclage
Programme de thermocyclage
Signup and view all the flashcards
Motif isolé
Motif isolé
Signup and view all the flashcards
Amorces PCR
Amorces PCR
Signup and view all the flashcards
Clone IS12
Clone IS12
Signup and view all the flashcards
Site de clonage multiple
Site de clonage multiple
Signup and view all the flashcards
30 premiers nucléotides
30 premiers nucléotides
Signup and view all the flashcards
Gel d'électrophorèse
Gel d'électrophorèse
Signup and view all the flashcards
Tm (Température de fusion)
Tm (Température de fusion)
Signup and view all the flashcards
Syndrome
Syndrome
Signup and view all the flashcards
Study Notes
Module Optionnel: Biotechnologie Moléculaire
- Le module porte sur la biotechnologie moléculaire, un domaine des sciences biologiques.
- Il comprend des travaux pratiques dirigés, visant à isoler des locus microsatellites à partir d'une banque génomique.
- L'ADN du puceron Aphis spiraecola est utilisé pour ces travaux.
- Les travaux pratiques incluent l'extraction d'ADN plasmidique (Miniprep), le séquençage automatique et l'analyse bioinformatique des séquences d'inserts.
- Les travaux dirigés ciblent le séquençage d'ADN (méthode Sanger), la désignation d'amorces pour l'amplification des locus microsatellites, le génotypage par les marqueurs microsatellites et l'application de ces marqueurs.
Principe d'isolement de locus microsatellites
- L'ADN génomique est d'abord digéré par l'enzyme Rsal.
- Des adaptateurs sont ajoutés aux fragments.
- Une PCR est effectuée en utilisant les adaptateurs comme amorces.
- Les produits amplifiés sont hybridés à des sondes microsatellites biotinylées.
- Les séquences ciblées sont capturées par des particules magnétiques recouvertes de streptavidine.
- Une PCR supplémentaire est effectuée en utilisant les adaptateurs comme amorces.
- Le produit est cloné dans le vecteur pGEM-T Easy.
TP1: Extraction d'ADN plasmidique (mini-prep)
- La méthode de lyse alcaline est utilisée.
- Des bactéries recombinantes sont sélectionnées et cultivées dans un milieu LB liquide contenant de l'ampicilline.
- Les bactéries sont centrifugées pour récupérer le culot.
- Le culot est resuspendu dans une solution GTE (Glucose, EDTA, Tris-HCl).
- Une solution de lyse alcaline (NaOH 0,2N et SDS 1%) est ajoutée.
- Une solution neutralisante (K-acétate 1M) est ajoutée.
- La centrifugation est effectuée à 10 000 rpm pendant 10 minutes pour éliminer les débris.
- L'ADN plasmidique est précipité à l'aide de l'isopropanol.
- Le culot est lavé à l'éthanol 70% et séché.
- L'ADN plasmidique est resuspendu dans un tampon TE.
TP2: Séquençage automatique d'ADN
- Le séquençage est basé sur la méthode de Sanger.
- Des dideoxynucléotides (ddNTPs) marqués par des fluorochromes sont utilisés.
- Des réactions séparées sont effectuées pour chaque nucléotide.
- Les produits de réaction sont séparés par électrophorèse sur gel pour former des courbes.
- Un ordinateur analyse les courbes pour déterminer la séquence nucléotidique.
TP3: Analyse bioinformatique de séquences
- L'analyse des séquences d'inserts de clones recombinants est effectuée à l'aide de logiciels comme Chromas.
- On identifie les motifs microsatellites présents dans les séquences.
- On utilise le logiciel Primer3 pour trouver des couples d'amorces pour l'amplification des loci.
TD1: Séquençage de l'ADN (méthode de Sanger)
- Cette méthode permet de déterminer la séquence nucléotidique d'un fragment d'ADN.
- Elle implique l'utilisation de dideoxyribonucléotides terminateurs de chaîne.
TD2: Désignation d'amorces pour l'amplification des locus microsatellites
- Ce travail implique la sélection d'amorces pour amplifier les marqueurs microsatellites.
TD3: Génotypage par les marqueurs microsatellites
- Les marqueurs microsatellites sont utilisés pour déterminer le génotype d'un individu.
- Des informations issues d'électrophorèse sont analysées.
TD4: Application des marqueurs microsatellites
- Les marqueurs microsatellites sont appliqués pour des études de diversité génétique.
Studying That Suits You
Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.