Biotechnologie Moléculaire: Isolation de Locus

Choose a study mode

Play Quiz
Study Flashcards
Spaced Repetition
Chat to Lesson

Podcast

Play an AI-generated podcast conversation about this lesson

Questions and Answers

Quelle est la première étape de l'isolement des locus microsatellites selon les travaux pratiques?

  • Capture des séquences ciblées avec des particules magnétiques
  • Hybridation avec des sondes microsatellites
  • Amplification par PCR des produits ligaturés
  • Digestion de l'ADN génomique avec l'enzyme RsaI (correct)

Quel matériau de protection est requis lors de la manipulation des réactifs chimiques et bactéries?

  • Un masque facial
  • Des lunettes de protection uniquement
  • Une blouse blanche et des gants (correct)
  • Gants en latex uniquement

Quelle est la première étape de la méthode de lyse alcaline pour extraire l'ADN plasmidique?

  • Ajouter la solution de lyse fortement alcaline
  • Préparer la solution neutralisante
  • Cultiver les colonies positives (correct)
  • Centrifuger le surnageant

Quels types de fragments génétiques sont amplifiés par PCR dans le processus?

<p>Produits amplifiés après ligation (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rôle de la solution fortement alcaline dans la méthode de lyse alcaline?

<p>Former des pores dans la paroi cellulaire (B)</p> Signup and view all the answers

Qu'est-ce qui est utilisé comme amorces lors de l'amplification par PCR?

<p>Les adaptateurs ligaturés (A)</p> Signup and view all the answers

Quel est l'objectif principal des Travaux Pratiques mentionnés?

<p>Isoler des locus microsatellites et analyser les résultats (C)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la composition de la solution GTE utilisée dans l'extraction d'ADN?

<p>50mM glucose, 10mM EDTA, 25mM Tris-HCl (B)</p> Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour le séquençage de l'ADN dans les Travaux Dirigés?

<p>Méthode de Sanger (D)</p> Signup and view all the answers

Quel appareil est utilisé pour mélanger les solutions dans la méthode de lyse alcaline?

<p>Vortex (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est le but de l'ajout de la solution neutralisante dans la méthode de lyse?

<p>Neutraliser la solution alcaline (D)</p> Signup and view all the answers

Quels motifs microsatellites sont ciblés dans l'hybridation?

<p>(CA)8, (TG)12, (AG)12 (D)</p> Signup and view all the answers

Pourquoi l'ADN plasmidique est-il précipité à l'isopropanol?

<p>Pour l'extraire en quantité suffisante (C)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rôle des particules magnétiques dans le processus d'isolement?

<p>Capturer les séquences ciblées (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est le phénomène induit par la solution de lyse dans la méthode de lyse alcaline?

<p>Dénaturation des acides nucléiques (D)</p> Signup and view all the answers

À quelle température les colonies positives doivent-elles être cultivées?

<p>37°C (C)</p> Signup and view all the answers

Pourquoi l'ADN plasmidique se renature-t-il rapidement ?

<p>Parce que les brins ne se sont pas séparés. (A)</p> Signup and view all the answers

Quel facteur empêche la renaturation de l'ADN génomique ?

<p>La précipitation des fragments d'ADN simple brin. (A)</p> Signup and view all the answers

Quel rôle jouent les alcools comme l'isopropanol dans la précipitation de l'ADN ?

<p>Ils mobilisent l'eau du milieu. (D)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la particularité des di-désoxynucléotides (ddNTP) par rapport aux dNTP ?

<p>Ils n'ont pas de groupe hydroxyle (OH) à l'extrémité 3'. (D)</p> Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour séparer les fragments d'ADN lors du séquençage ?

<p>Électrophorèse sur gel de polyacrylamide. (A)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la fonction de la source laser dans le processus de séquençage automatique ?

<p>Exciter les fluorochromes pour émettre de la lumière. (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est le résultat final du séquençage sur ordinateur ?

<p>Des courbes présentant des pics de fluorescence. (A)</p> Signup and view all the answers

Quel colorant est associé au nucléotide cytosine (C) dans le séquençage ?

<p>Bleu pour C. (D)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rôle du gène hMSH2?

<p>Il joue un rôle dans la réparation de mésappariements de l’ADN. (D)</p> Signup and view all the answers

Quelles étapes sont essentielles dans le programme de thermocyclage pour le séquençage Sanger?

<p>Dénaturation, hybridation, extension. (C)</p> Signup and view all the answers

Quel est le lien établi entre le syndrome de Li-Fraumeni et le gène TOTO?

<p>Une forte liaison a été trouvée avec des marqueurs microsatellites proches du gène TOTO. (D)</p> Signup and view all the answers

Quelles méthodes peuvent être utilisées pour purifier une réaction de séquençage?

<p>Précipitation à l'éthanol, filtration à membrane. (A)</p> Signup and view all the answers

Quelle technique a été utilisée pour séquencer les inserts des clones recombinants?

<p>Séquencage selon Sanger. (D)</p> Signup and view all the answers

Quel est le but principal de la mini-prep effectuée après la construction de la banque enrichie ?

<p>Isoler et purifier l'ADN des clones recombinants. (C)</p> Signup and view all the answers

Quelles solutions ont été utilisées durant la mini-prep et quel est leur rôle ?

<p>S1 est un tampon de lyse, S2 un tampon d'échantillonnage, S3 un tampon d'élution. (B)</p> Signup and view all the answers

Quel type de séquençage a été utilisé pour analyser les inserts des clones recombinants ?

<p>Séquençage de Sanger. (D)</p> Signup and view all the answers

Lors de la réaction de séquençage, quel est le programme de thermocyclage typiquement utilisé ?

<p>95°C pour 30s, 55°C pour 30s, 72°C pour 1min. (D)</p> Signup and view all the answers

Quel est le motif isolé des microsatellites étudiés dans l'exercice ?

<p>Tous les choix sont des motifs isolés. (D)</p> Signup and view all the answers

Quel type d'allèle a été amplifié dans l'exercice, et quelle était sa taille ?

<p>Un allèle de 240pb. (B)</p> Signup and view all the answers

Quel est un des facteurs évalués dans l'étude de l'instabilité des microsatellites ?

<p>L'âge des sujets. (C)</p> Signup and view all the answers

Quelles cellules ont montré une instabilité accrue par rapport à l'âge dans cette étude ?

<p>Cellules souches de sujets âgés. (C)</p> Signup and view all the answers

Quels sont les premiers 30 nucléotides de la séquence d'insert du côté 5'?

<p>CGGGAATTCGATTTGTGTGC (C)</p> Signup and view all the answers

Quel vecteur a été utilisé pour cloner les inserts?

<p>pGEM®-T Easy Vector (A)</p> Signup and view all the answers

Quel est le produit d'amplification de taille ciblé par la paire d'amorces désignée?

<p>300 pb (A)</p> Signup and view all the answers

Comment est désignée la migration sur le gel d'agarose?

<p>De gauche à droite (B)</p> Signup and view all the answers

Dans quel échantillon trouve-t-on le tissu tumoral d'une femme atteinte par le syndrome?

<p>Piste 3 (C)</p> Signup and view all the answers

Quel type de motifs les amorces doivent-elles encadrer?

<p>Motifs microsatellites (C)</p> Signup and view all the answers

Quel échantillon correspond à un tissu sain d'un homme non atteint par le syndrome?

<p>Piste 1 (A)</p> Signup and view all the answers

Quel est probablement le but de la réaction d'amplification PCR dans ce contexte?

<p>Détecter des microsatellites (D)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Extraction de locus microsatellites

Procédé d'isolement de régions spécifiques de l'ADN riches en motifs répétitifs courts (microsatellites) dans le génome d'un organisme.

Enzyme RsaI

Enzyme de restriction qui coupe l'ADN génomique au cours de l'extraction des locus microsatellites.

Adaptateurs PCR

Fragments d'ADN ajoutés aux extrémités des fragments d'ADN digérés pour faciliter l'amplification par la Polymerase Chain Reaction (PCR).

PCR

Technique de biologie moléculaire permettant d'amplifier spécifiquement une séquence d'ADN.

Signup and view all the flashcards

Sondes microsatellites biotinylées

Molécules d'ADN simples qui se lient spécifiquement à des séquences d'ADN riches en répétitions courtes (microsatellites) dans un échantillon d'ADN.

Signup and view all the flashcards

Particules magnétiques recouvertes de streptavidine

Matériaux utilisés pour la capture des séquences ciblées par des sondes microsatellites biotinylées, grâce à l'interaction streptavidine-biotine.

Signup and view all the flashcards

Microsatellites

Séquence d'ADN caractérisées par la répétition de motifs courts de bases nucléotidiques.

Signup and view all the flashcards

Banque génomique enrichie

Collection d'ADN génomique d'un organisme, enrichie en séquences de microsatellites spécifiques.

Signup and view all the flashcards

Renaturation de l'ADN

Le processus par lequel les brins d'ADN séparés se rejoignent pour former une double hélice.

Signup and view all the flashcards

ADN plasmidique

Petit fragment d'ADN circulaire extrachromosomique.

Signup and view all the flashcards

ADN génomique

ADN qui compose le matériel génétique d'une cellule.

Signup and view all the flashcards

Di-désoxynucléotides (ddNTP)

Nucléotides qui arrêtent la réplication de l'ADN durant le séquençage.

Signup and view all the flashcards

Séquençage de Sanger

Technique pour déterminer la séquence d'un fragment d'ADN.

Signup and view all the flashcards

Fluorochromes

Molécules qui émettent de la lumière à des longueurs d'onde spécifiques.

Signup and view all the flashcards

Electrophorèse sur gel de polyacrylamide

Technique pour séparer des fragments d'ADN selon leur taille.

Signup and view all the flashcards

Séquençage automatique

Méthode de séquençage automatisé utilisant un séquenceur.

Signup and view all the flashcards

Banque de clones recombinants

Collection d'ADN plasmidique contenant des fragments d'ADN étrangers insérés via l'utilisation de vecteurs.

Signup and view all the flashcards

Syndrome de Li-Fraumeni

Un syndrome génétique héréditaire marqué par une prédisposition accrue au développement de certains cancers, particulièrement chez les jeunes.

Signup and view all the flashcards

Extraction d'ADN plasmidique (mini-prép)

Une méthode pour isoler l'ADN plasmidique des bactéries.

Signup and view all the flashcards

Méthode de lyse alcaline

Un procédé d'extraction d'ADN en utilisant une solution alcaline pour perturber les cellules bactériennes et libérer l'ADN.

Signup and view all the flashcards

Solution neutralisante

Solution qui neutralise le milieu alcalin pour permettre la récupération d'ADN.

Signup and view all the flashcards

Colonies positives

Bactéries qui contiennent le plasmide d'intérêt.

Signup and view all the flashcards

Milieu LB (liquide)

Un milieu de culture nutritif pour les bactéries.

Signup and view all the flashcards

Centrifugation

Technique pour séparer les composants d'un mélange selon leur masse.

Signup and view all the flashcards

Solution GTE

Solution de glucose, EDTA et Tris-HCl, utile dans le protocole d'extraction d'ADN.

Signup and view all the flashcards

Mini-prep

Une procédure de purification de l'ADN qui utilise trois solutions (S1, S2, S3) pour éliminer les contaminants et extraire l'ADN plasmidique.

Signup and view all the flashcards

Programme de thermocyclage

Un ensemble de températures et de durées spécifiques utilisées pour réaliser une réaction de PCR ou de séquençage.

Signup and view all the flashcards

Motif isolé

Une séquence d'ADN répétitive et variable dans le génome, comme un microsatellite, utilisée pour identifier des individus ou des populations.

Signup and view all the flashcards

Amorces PCR

Des courtes séquences d'ADN complémentaires aux séquences ciblées sur l'ADN qui permettent d'amorcer la réaction de PCR.

Signup and view all the flashcards

Clone IS12

Séquence d'ADN insérée dans le vecteur pGEM®-T Easy Vector, contenant un marqueur microsatellite.

Signup and view all the flashcards

Site de clonage multiple

Région du vecteur d'ADN contenant plusieurs sites de restriction, permettant l'insertion de différents fragments d'ADN.

Signup and view all the flashcards

30 premiers nucléotides

Les premiers 30 nucléotides de la séquence du clone IS12, du côté 5' (extrémité gauche).

Signup and view all the flashcards

Gel d'électrophorèse

Technique pour séparer des fragments d'ADN en fonction de leur taille, affichant les résultats sur un gel.

Signup and view all the flashcards

Tm (Température de fusion)

Température à laquelle une moitié d'une molécule d'ADN double brin se sépare en deux brins simples.

Signup and view all the flashcards

Syndrome

Ensemble de symptômes ou de signes caractéristiques d'une maladie génétique particulière.

Signup and view all the flashcards

Study Notes

Module Optionnel: Biotechnologie Moléculaire

  • Le module porte sur la biotechnologie moléculaire, un domaine des sciences biologiques.
  • Il comprend des travaux pratiques dirigés, visant à isoler des locus microsatellites à partir d'une banque génomique.
  • L'ADN du puceron Aphis spiraecola est utilisé pour ces travaux.
  • Les travaux pratiques incluent l'extraction d'ADN plasmidique (Miniprep), le séquençage automatique et l'analyse bioinformatique des séquences d'inserts.
  • Les travaux dirigés ciblent le séquençage d'ADN (méthode Sanger), la désignation d'amorces pour l'amplification des locus microsatellites, le génotypage par les marqueurs microsatellites et l'application de ces marqueurs.

Principe d'isolement de locus microsatellites

  • L'ADN génomique est d'abord digéré par l'enzyme Rsal.
  • Des adaptateurs sont ajoutés aux fragments.
  • Une PCR est effectuée en utilisant les adaptateurs comme amorces.
  • Les produits amplifiés sont hybridés à des sondes microsatellites biotinylées.
  • Les séquences ciblées sont capturées par des particules magnétiques recouvertes de streptavidine.
  • Une PCR supplémentaire est effectuée en utilisant les adaptateurs comme amorces.
  • Le produit est cloné dans le vecteur pGEM-T Easy.

TP1: Extraction d'ADN plasmidique (mini-prep)

  • La méthode de lyse alcaline est utilisée.
  • Des bactéries recombinantes sont sélectionnées et cultivées dans un milieu LB liquide contenant de l'ampicilline.
  • Les bactéries sont centrifugées pour récupérer le culot.
  • Le culot est resuspendu dans une solution GTE (Glucose, EDTA, Tris-HCl).
  • Une solution de lyse alcaline (NaOH 0,2N et SDS 1%) est ajoutée.
  • Une solution neutralisante (K-acétate 1M) est ajoutée.
  • La centrifugation est effectuée à 10 000 rpm pendant 10 minutes pour éliminer les débris.
  • L'ADN plasmidique est précipité à l'aide de l'isopropanol.
  • Le culot est lavé à l'éthanol 70% et séché.
  • L'ADN plasmidique est resuspendu dans un tampon TE.

TP2: Séquençage automatique d'ADN

  • Le séquençage est basé sur la méthode de Sanger.
  • Des dideoxynucléotides (ddNTPs) marqués par des fluorochromes sont utilisés.
  • Des réactions séparées sont effectuées pour chaque nucléotide.
  • Les produits de réaction sont séparés par électrophorèse sur gel pour former des courbes.
  • Un ordinateur analyse les courbes pour déterminer la séquence nucléotidique.

TP3: Analyse bioinformatique de séquences

  • L'analyse des séquences d'inserts de clones recombinants est effectuée à l'aide de logiciels comme Chromas.
  • On identifie les motifs microsatellites présents dans les séquences.
  • On utilise le logiciel Primer3 pour trouver des couples d'amorces pour l'amplification des loci.

TD1: Séquençage de l'ADN (méthode de Sanger)

  • Cette méthode permet de déterminer la séquence nucléotidique d'un fragment d'ADN.
  • Elle implique l'utilisation de dideoxyribonucléotides terminateurs de chaîne.

TD2: Désignation d'amorces pour l'amplification des locus microsatellites

  • Ce travail implique la sélection d'amorces pour amplifier les marqueurs microsatellites.

TD3: Génotypage par les marqueurs microsatellites

  • Les marqueurs microsatellites sont utilisés pour déterminer le génotype d'un individu.
  • Des informations issues d'électrophorèse sont analysées.

TD4: Application des marqueurs microsatellites

  • Les marqueurs microsatellites sont appliqués pour des études de diversité génétique.

Studying That Suits You

Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.

Quiz Team

Related Documents

More Like This

Use Quizgecko on...
Browser
Browser