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Questions and Answers
¿Cuántos pares de bases hay en la base de datos abierta de WGS?
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¿Cuál es el nombre de la base de datos que se va a utilizar para descargar el genoma humano completo?
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¿Es necesario darse de alta, rellenar formularios, utilizar software complejo, etc. para descargar el genoma humano completo?
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¿Cuántas bases de datos abiertas se mencionan en el texto?
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¿Qué tipo de información se puede descargar de la base de datos abierta de GENCODE?
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¿Cuál es el nombre de la base de datos que se utiliza para almacenar información de expresión génica?
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¿Qué es el genoma humano completo?
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¿Cuál es el nombre de la base de datos que se utiliza para almacenar información de asociación genética?
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¿Cuál es el formato en que se va a descargar el genoma humano completo?
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¿Cuál es el nombre de la base de datos que se utiliza para almacenar información de referencia genómica?
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Study Notes
El formato FASTA
- El formato FASTA es un formato simple y ampliamente utilizado para almacenar secuencias biológicas (ADN y proteína).
- Se almacena en un archivo de texto plano con la extensión
.fasta. - Cada secuencia comienza con una línea que inicia con el carácter ">" y sirve para describir la secuencia, seguida de la propia secuencia.
- El formato FASTA es necesario para intercambiar datos, reducir errores, permitir reproducibilidad y procesar información con software específico.
Identificación de secuencias biológicas
- Ante una secuencia desconocida, se buscan:
- Codón de inicio (en eucariotas): AUG
- Codones de parada (UAA, UAG o UGA)
- Se identifican los ORFs (open reading frame), marco de lectura abierto
- Secuencia de ARN que aparece entre codón de inicio y codón de parada
- No se consideran los intrones (no codificantes)
- Las secuencias se leen en dirección 5’ a 3’
Características del ADN
- El ADN está compuesto por 2 hebras, antiparalelas (corren en direcciones opuestas).
- Cada hebra tiene un extremo 5’ y otro 3’ y las leemos de 5’ a 3’.
Bases de datos abiertas
- Existen bases de datos abiertas que almacenan información sobre secuencias biológicas, como:
- Gene Expression Omnibus
- PDB – Protein databank
- ArrayExpress – Functional Genomics Data
- Refseq – genomic, transcript and protein reference sequences
- GENCODE
- GWAS
- dbGaP
- Se puede descargar el genoma humano completo desde GENCODE.
- No es necesario darse de alta, rellenar formularios, utilizar software complejo, etc.
- El genoma humano se puede descargar en formato FASTA.
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Description
Aprende a analizar secuencias de ADN en formato FASTA, identificando codones de inicio y parada, ORFs y secuencias de ARN. ¡Prueba tus conocimientos en biología molecular!
