biomol 2/3

Questions and Answers

Quale affermazione riguarda meglio la funzione degli aminoacil-tRNA sintetasi?

Regolano esclusivamente l'appaiamento degli anticodoni.

Forniscono energia per il legame tra aminoacido e tRNA.

Determinano il riconoscimento corretto dell'aminoacido e del tRNA. (correct)

Caricano gli aminoacidi sui ribosomi.

Cosa distingue i tRNA isoaccettori l'uno dall'altro?

La presenza o assenza del nucleotide CCA.

La sequenza di nucleotidi nella regione accettori.

La prima base del loro anticodone. (correct)

Le loro lunghezze molecolari.

Qual è la caratteristica principale del fenomeno di wobble pairing?

Il terzo nucleotide del codone può variare senza influenzare l'appaiamento. (correct)

Il wobble pairing consente un riconoscimento errato dell'aminoacido.

Il legame tra tRNA e mRNA è sempre perfetto.

Le basi del codone sono sempre identiche.

Quale affermazione sulla conservazione dei nucleotidi nei tRNA è corretta?

La porzione vicina al braccio CCA è molto conservata tra diversi tRNA. Signup and view all the answers

In quale direzione è normalmente scritto l'mRNA?

Da 5' a 3'. Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni sul fluorocromo nella TAQ PCR è corretta?

Il fluorocromo diventa fluorescente solo dopo che si spezza. Signup and view all the answers

Qual è la principale caratteristica di un RNA antisenso utilizzato nella ibridazione in situ?

È complementare all'mRNA del gene da analizzare. Signup and view all the answers

Per quale motivo si preferisce l'ibridazione RNA/RNA rispetto a quella DNA/RNA nella sonda?

Il tasso di ibridazione e stabilità sono maggiori negli ibridi RNA/RNA. Signup and view all the answers

Qual è il ruolo dell'enzima fosfatasi alcalina nel processo di ibridazione in situ?

Forma un precipitato colorato nelle cellule che esprimono il gene. Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni è vera riguardo alle RNA polimerasi derivate da fagi?

Consentono la sintesi di alte quantità di RNA. Signup and view all the answers

Perchè l'ibridazione in situ non è considerata quantitativa?

Perchè si basa su sezioni di tessuti con poche molecole di RNA. Signup and view all the answers

Cosa accade al campione dopo il trattamento con l'anticorpo anti-digossigenina?

Si forma un precipitate colorato marcante. Signup and view all the answers

Qual è il vantaggio di utilizzare sonde specifiche nelle regioni ripetute del genoma umano?

Riduce il rischio di ibridazione non specifica. Signup and view all the answers

Qual è il composito principale della sonda marcata utilizzata nel metodo di ibridazione?

UTP modificato. Signup and view all the answers

Quale affermazione sul ruolo della RNA polimerasi I è corretta?

Trascrive solo il gene per l'RNA ribosomale. Signup and view all the answers

Cosa caratterizza i promotori della RNA polimerasi III?

Sono composti da due regioni chiamate Box A e Box B. Signup and view all the answers

Qual è un'importante differenza tra il RNA messaggero nei procarioti e negli eucarioti?

I procarioti producono RNA policistronici. Signup and view all the answers

Qual è la velocità di polimerizzazione della RNA polimerasi II?

Circa 40 nucleotidi al secondo. Signup and view all the answers

Quale funzione hanno i chaperon in relazione al DNA?

Facilitano la riassemblaggio dei nucleosomi. Signup and view all the answers

Qual è la funzione della TBP nella trascrizione?

Si utilizza per collegare le polimerasi ai promotori. Signup and view all the answers

Cosa è vero riguardo alla maturazione dell'RNA?

Include il taglio dell'RNA guidato da modifiche post-trascrizionali. Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni sul processo di trascrizione è corretta?

La polimerasi II è responsabile della trascrizione di mRNA. Signup and view all the answers

Qual è il principale scopo di utilizzare primer su due esoni diversi durante la PCR?

Evitare l'amplificazione del DNA genomico Signup and view all the answers

Cosa indica il ciclo soglia (Ct) in una REAL TIME PCR?

Il ciclo in cui si raggiunge un valore soglia di fluorescenza Signup and view all the answers

Quale caratteristica distingue SYBR green dagli altri coloranti come il bromuro di etidio?

Maggiore fluorescenza in presenza di DNA a doppio filamento Signup and view all the answers

Qual è l'effetto del numero di cicli necessari affinché un campione raggiunga il suo Ct?

È inversamente proporzionale al numero di copie target presente inizialmente Signup and view all the answers

Qual è la funzione del termociclatore durante la REAL TIME PCR?

Analizzare i campioni con un raggio laser Signup and view all the answers

Perché è difficile definire la quantità di DNA amplificato nei primi cicli di PCR?

Perché si osserva una fluorescenza minima Signup and view all the answers

Qual è l'importanza della curva di saturazione nella REAL TIME PCR?

Mostra il raggiungimento della massima amplificazione Signup and view all the answers

Quale affermazione sul SYBR green è corretta?

Si lega solo al DNA a filamento doppio Signup and view all the answers

In quale fase della PCR l'amplificazione di DNA a filamento singolo è maggiormente visibile?

Nel ciclo di raggiungimento della saturazione Signup and view all the answers

Quale dei seguenti processi avviene all'interno di un termociclatore durante una PCR?

Cicli di denaturazione e annealing Signup and view all the answers

Qual è il ruolo della RNA polimerasi nel processo descritto?

Legare il cDNA da T3 Signup and view all the answers

Qual è la funzione del trascrittoma in un esperimento di analisi genica?

Analizzare tutti gli RNA prodotti da un tessuto Signup and view all the answers

Quale tecnica permette l'analisi di un gran numero di geni in contemporanea?

Microarrays cDNA Signup and view all the answers

Che cosa caratterizza l'ibridazione in situ su embrioni interi?

È limitata agli stadi precoci di sviluppo Signup and view all the answers

Qual è il risultato atteso dell'analisi tramite microarrays cDNA?

Osservare dove si lega l'RNA specifico a sonde Signup and view all the answers

Qual è la percentuale di RNA che rappresenta il mRNA rispetto all'intero RNA?

3-5% Signup and view all the answers

Quale aspetto è fondamentale per la generazione di sonde complementari all'RNA messaggero?

Garantire legami tra filamenti inferiore e superiore Signup and view all the answers

Cosa si può osservare confrontando geni espressi in un genoma tumorale rispetto a uno normale?

I cambiamenti nell'espressione genica Signup and view all the answers

Quale affermazione riguardante le sonde per l'ibridazione è corretta?

Devono corrispondere a sequenze di almeno 100bp Signup and view all the answers

Qual è il risultato finale dell'analisi di trascrittoma utilizzando un raggio laser?

Il riconoscimento delle sonde e sequenze Signup and view all the answers

Study Notes

Trascrizione dell'RNA

La RNA polimerasi II polimerizza a una velocità di circa 40 nucleotidi al secondo.
Polimerasi I e III iniziano la trascrizione da promotori differenti, entrambe utilizzano TBP per trascrivere geni RNA.
Polimerasi I trascrive un gene precursore dell'RNA ribosomale, stampando 13.000 nucleotidi, che vengono poi scissi in RNA 18S, 5,8S e 28S.
Polimerasi III è responsabile della sintesi di tRNA, snRNA e 5S rRNA; numerosi promotori di Pol III si trovano a valle del sito d'inizio.
I promotori possono variare in forza, influenzando la quantità di RNA prodotto.

Distinzione tra RNA messaggero in eucarioti e procarioti

Gli RNA policistronici nei procarioti consentono la produzione di più proteine da un singolo filamento.
Tecniche come la REAL TIME PCR quantitativa evitano l'amplificazione di sequenze genomiche, focalizzandosi su esoni distinti.

PCR in tempo reale

La fluorescenza è misurata ciclicamente durante la PCR tramite un termociclatore.
SYBR green lega il DNA a doppio filamento e genera una fluorescenza significativa, utile per monitorare la sintesi del DNA.
Il ciclo soglia (Ct) determina il numero di cicli necessari a raggiungere il valore soglia di fluorescenza, indicando la quantità di DNA presente.

Ibridazione in situ dell'mRNA

Ibridazione in situ consente l'individuazione delle cellule che esprimono un determinato gene.
Viene utilizzata una sonda di RNA antisenso marcata per rilevare l'mRNA in tessuti o embrioni.
L'ibridazione RNA/RNA offre maggiore stabilità rispetto a ibridi DNA/RNA o DNA/DNA.

Trascrittoma

Il trascrittoma consente di analizzare tutti gli RNA prodotti in un singolo esperimento.
I microarrays cDNA possono analizzare numerosi geni simultaneamente, identificando trascritti specifici da circa 20.000 geni.
Confrontando espressione genica in tessuti tumorali e normali, è possibile identificare cambiamenti nei patterns di espressione.

Sintesi del tRNA

Esiste un aminoacil-tRNA sintetasi specifico per ogni amminoacido, ma più tRNA possono legare lo stesso amminoacido.
Gli anticodoni degli isoaccettori possono variare, ma il riconoscimento avviene tramite porzioni conservate nel braccio accettore.

Appaiamento tra tRNA e mRNA

L'mRNA è orientato 5' a sinistra e 3' a destra, mentre il tRNA è complementare in modo inverso.
L'appaiamento wobble pairing consente una certa flessibilità nel terzo nucleotide del codone, garantendo comunque stabilità nelle prime due basi.

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Description

Questo quiz esplora il ruolo dei chaperon nel processo di interazione con il DNA durante la trascrizione. Scoprirai come il DNA flessibile possa adattarsi e collegarsi alla parte già trascritta senza la necessità di una struttura avvolta. Preparati a testare le tue conoscenze su questi meccanismi biologici!