Amino Asitler ve Koenzim A

Koenzim A ve Yapısı

• Koenzim A'nın yapısında pantotetik asit bulunur.
• Koenzim A'nın kimyasal formülü: H2N-CH2-CH2-COOH

Kaslarda Bulunan Dipeptidler

• Kaslarda bulunan karnozin ve anzerin dipeptidleri, koenzim A'nın yapısında da bulunur.

GABA (Gama Aminobütirik Asit)

• GABA, glutamik asitin dekarboksilasyonu sonucu oluşur.
• GABA, inhibitör etkiye sahip bir nörotransmitterdir.

Ornitin

• Ornitin, üre döngüsü sırasında argininden oluşur.

Sitrulin

• Sitrulin, üre döngüsünün bir ara ürünüdür.

Kreatin

• Kreatin, arginin ile glisinin reaksiyonu sonucu oluşur.
• Kreatin, özellikle kaslarda bulunur.

Homosistein

• Homosistein, metiyonin biyosentezi sırasında oluşan bir ara üründür.

Homoserin

• Homoserin, bazı amino asitlerin (metionin, aspartik asit, treonin) yıkılımı sırasında ortaya çıkan bir ara metabolittir.

Amino Asit Reaksiyonları

• Amino asitler, karboksil grubu, amino grubu ve R kalıntısı ile ilgili reaksiyonlar olmak üzere üç grupta incelenebilir.
• Amino ve karboksil grubu reaksiyonları, tüm amino asitler için genel reaksiyonlardır.
• Karboksil grubuna ait reaksiyonlar:
  • Alkoller ile esterleşme

Protein Hidrolizi

• Proteinler, enzimatik veya kimyasal olarak hidrolize edilerek oligopeptid parçacıkları elde edilebilir.
• Hazırlanan oligopeptid parçacıkları, zincir dizisinin belirlenmesi için kullanılır.

Oligopeptid Parçacıklarının Zincir Dizisinin Belirlenmesi

• Edman yöntemi (PITC=Fenilizotiyosiyonat): En yaygın kullanılan yöntemdir.
• DABITC/PITC yöntemi: PITC'ye göre bazı avantajları vardır:
  • Amino asitin oluşturduğu tiyohidantoinin kırmızı renkli türevleri, poliamid tabaka üzerinde çıplak gözle görülebilir.
  • PITC'ye göre daha zayıf bağlanma gücüne sahiptir.

Hemoglobin ve Miyoglobin Yapısı

• Hemoglobin, 4 Hem ve 1 Globinden oluşur.
• Globin tetramer yapıdadır ve 4 alt ünite içerir.
• Hem yapısı iki kısımdan oluşur: organik kısım + demir atomu.
• Organik kısım, protoporforin IX olarak adlandırılır.
• Miyoglobin, monomerik bir proteindir ve allosterik özellik göstermez.
• Hemoglobinin sigmoidal bir eğri göstermesine karşın, miyoglobinde bu eğri hiperboliktir.

İmmunglobulinler

• IgM:
  • Total immunglobulinlerin %8-10'unu oluşturur.
  • 2 alt sınıfı vardır.
  • Organizmanın bir antijenle karşılaşması halinde ilk sentezlenen moleküldür.
• IgD:
  • Monomer yapıdadır.
  • Total immunglobulinlerin %0.2'sini oluşturur.
• IgE:
  • Monomer yapıdadır.
  • Total immunglobulinlerin %0.004'ünü oluşturur.
  • Mast hücrelerine bağlanarak onları uyarır.

Proteinlerin Hatalı Katlanması

• Proteinlerin hatalı katlanması, amiloid hastalığı (Alzheimer hastalığı) ve prion hastalığı gibi hastalıklara neden olabilir.

Amino Asit Sınıflandırması

• Amino asitler, R zincirlerinin yapısına ve iyonlaşma özelliklerine göre sınıflandırılabilir.
• Nonpolar gruplu amino asitler hidrojen bağı veya iyonik bağ oluşturmazlar.
• Nonpolar gruplu amino asitler nötrdür ve ortama proton vermezler.
• Aspartat ve glutamat, ikinci karboksil grubuna sahip olup pH 7'de net negatif yüke sahiptir.

Amino Asit Kategorileri

• Glukojenik amino asitler, katabolizma sonrası pirüvat veya TCA siklusu ara ürünlerine dönüşür.
• Ketojenik amino asitler, parçalandıklarında asetil CoA veya asetoasetil CoA'ya dönüşürler.
• Bazı amino asitler hem glukojenik hem de ketojeniktir.

Protein Yapısına Girmeyen Bazı Amino Asitler

• β-Alanin, aspartik asidin dekarboksilasyonu ile oluşur.
• Sistein kalıntıları, disülfit bağlarının tekrar oluşmasını önlemek için asetillenebilir.

Amino Asit Kompozisyonunun Belirlenmesi

• Kimyasal yol, asidik hidroliz (6M HCl, 110C⁰, 24 saat) veya alkali hidroliz (2M NaOH, 100C⁰) ile gerçekleştirilir.
• Triptofan, asidik hidrolizde tayin edilemez ancak alkali hidrolizde yıkılmaz.
• Arjinin, sistein, serin ve treonin, alkali hidrolizde tamamen yıkılır.
• Enzimatik yol, N-ucundan başlayan enzimatik hidroliz ile gerçekleştirilir.
• Prolin veya D-amino asit zincirde varsa, enzimatik hidroliz durur.

β-Dönüşler

• Polipeptid zincirlerinin sıkışık moleküller halinde gelmesine neden olur.
• Globüler proteinlerde, amino asit kalıntılarının yaklaşık üçte biri tersine döndüğü dönüş bölgelerinde bulunur.
• Dönüş bölgelerinde glisin ve prolin kalıntıları yer alır.

Tersiyer Yapı

• Sekonder yapıya sahip polipeptid zinciri katlanma ile küresel bir şekil alır ve üç boyutlu bir yapı kazanır.

Hemoglobin Çeşitleri

• HbF (Fetal Hemoglobin): α2 ,γ2 (alfa, gamma)
• HbA (Erişkin Hemoglobin): α2 , β2 (alfa, beta)
• HbA2: α2 , δ2 (alfa, delta), yetişkinlerde %1,5-3 arasında bulunur.
• Delta zincir sentezi, fetal hayatın son evresinde başlar.

Bu quiz, koenzim A'nın yapısı ve amino asitlerin temel reaksiyonları hakkında bilgi sunmaktadır. Koenzim A, dipeptidler ve nörotransmitterler gibi önemli bileşenler üzerinden kimyasal süreçleri inceleyeceğiz.