UP2 Obj 1 Cocos e Cocobacilos Gram Negativos 2 PDF

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Summary

This document provides detailed information on gram negative bacteria and their subtypes in the context of microbiology. The document specifically deals with the genus Neisseria and the bacteria's characteristics, historical background, and clinical manifestations. This document is likely part of lecture notes for a microbiology course or study.

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1 1) COCOS GRAM NEGATIVOS Género Neisseria Patrick Murray Cap. 23 Pertence à Família das Neisseriaceae. O Género Neisseria compreende diversas espécies, sendo 2 delas importantes em patologia humana: 1. N. gonorrhoeae: é o agente causal da gonorreia, uma doença sexualmente transmiti...

1 1) COCOS GRAM NEGATIVOS Género Neisseria Patrick Murray Cap. 23 Pertence à Família das Neisseriaceae. O Género Neisseria compreende diversas espécies, sendo 2 delas importantes em patologia humana: 1. N. gonorrhoeae: é o agente causal da gonorreia, uma doença sexualmente transmitida. 2. N. meningitidis: é um microrganismo frequentemente associado a meningite bacteriana aguda. A N. gonorrhoeae e a N.meningitidis são agentes patogénicos estritos do Homem. Organism Historical Derivation Named after the German physician Albert Neisser, who originally Neisseria described the organism responsible for gonorrhea gone, seed; rhoia, a flow (a flow of seeds; reference to the disease N. gonorrhoeae gonorrhea) meningis, the covering of the brain; itis, inflammation (inflammation N. meningitidis of the meninges as in meningitis) Características gerais do género Neisseriae São diplococos Gram negativos dispostos aos pares, com os bordos internos adjacentes e achatados em forma de “rim” ou “grão de café”; Na maioria dos casos apresentam-se intracelularmente; São microrganismos de crescimento difícil; Quando se suspeita de uma Neisseria, no laboratório é necessário efectuar: a. Cultura - utilizar meios de cultura enriquecidos (Gelose Chocolate) b. Incubação - Incubar numa atmosfera húmida, com uma temperatura de 35 a 37º.C. c. Identificação – por teste da oxidase (+) e testes bioquímicos de identificação Porque são microrganismos extremamente lábeis fora do seu habitat, as amostras enviadas ao laboratório são processadas de imediato. Nunca refrigerar. Diplococos Gram negativos em forma de “rim”. 2 Neisseria gonorrhoeae Patrick Murray Cap. 23 https://www.cdc.gov/std/gonorrhea/stdfact-gonorrhea-detailed.htm Características microbiológicas A N. gonorrhoeae é responsável por uma infecção génito urinária, a gonorreia. Na gonorreia o exame cultural é efectuado num meio rico em sangue, selectivo e inibidor da flora que coloniza a uretra O meio utilizado habitualmente é o de Thayer - Martin VCAT (gelose chocolate com Vancomicina, Colistina, Anfotericina e Trimetoprim), Os antibióticos inibem a flora genital permitindo o crescimento do Gonococo. Cultura em VCAT: colónias pequenas convexas acinzentadas, mucóides após incubação durante 48 h a 35-37° C em CO2 Coloração de Gram: Diplococos Gram negativos Factores de virulência Possui fímbrias ou pili que actuam como factores de aderência aos epitélios não ciliados Algumas estirpes de N. gonorrhoeae possuem as chamadas proteínas de opacidade (OPA) que promovem a ligação às células epiteliais Manifestações clínicas É um agente infeccioso estritamente humano, associado a diversas situações clínicas: 1) Infecção génito-urinária Infecção genital no homem: a uretrite aguda é a apresentação mais frequente no homem, apresenta-se com um corrimento purulento e disúria (ardor durante a micção), a maioria dos homens infectados têm sintomatologia; Infecção genital na mulher: a cervicite (infecção do colo do útero) é a apresentação mais frequente:  Muitas vezes decorre de forma assintomática  A infecção sintomática acompanha-se de corrimento vaginal, disúria e dor abdominal  Origina infecções genitais ascendentes como a salpingite e doença inflamatória pélvica (DIP)  Nas amostras endocervicais observam-se os diplococos Gram negativos intracelulares;  Não infecta as células do epitélio vaginal 2) infecção disseminada a partir de uma infecção geniturinária primária: 3 Na infecção genital não tratada a sintomatologia regride em semanas e estabelece-se o estado de “portador assintomático”. Os portadores assintomáticos, são o maior reservatório do Gonococo, e é mais frequente na mulher (> 50%). É responsável por doença pélvica inflamatória (DPI); Gonococémia: ocorre por disseminação a partir de uma infecção génito – urinária primária (da uretra ou do cervix). Acompanha-se de septicemia e pode atingir diversos órgãos nomeadamente a pele observando-se um rash postular; Artrite gonocócica: a artrite séptica purulenta migratória do adulto, ocorre como complicação da gonococémia, e pode atingir diversas articulações Ver caso clínico Conjuntivite gonocócica (exsudado ocular purulento):  No R.N. é adquirida durante a passagem pelo canal de parto “ophthalmia neonatorum”  No adulto ocorre por auto inoculação. A gonorreia crónica pode levar à esterilidade Transmissão da gonorreia O modo mais frequente de transmissão é por contacto sexual. Pertence ao grupo das denominadas DST. A infecção gonocócica tem maior incidência nos indivíduos entre os 15 aos 24 anos e é mais frequente em indivíduos com múltiplos parceiros sexuais. Os principais veículos de transmissão são os portadores assintomáticos. Diagnóstico laboratorial Transporte da amostra em meio de transporte de Stuart’s / Zaragatoas com carvão; Gram: A coloração de Gram é diagnóstica o No exsudado uretral de um homem sintomático o Na artrite gonocócica - o líquido articular é um produto habitualmente estéril; Cultura: em meios ricos com sangue: G. chocolate. Utilizar G chocolate com VCAT nos produtos não estéreis; Identificação por testes bioquímicos seguida do antibiograma das colónias isoladas; Testes de Biologia molecular: o Estão disponíveis testes multiplex para pesquisa conjunta da N gonorrhoeae e Chlamydia trachomatis. São rápidos de executar, específicos e sensíveis e o CDC aconselha a sua execução. Não substituem a cultura pela necessidade de execução do antibiograma. A N 4 gonorrhoeae e a C.trachomatis. são 2 importantes agentes responsáveis por DST em todo o mundo. Sensibilidade aos antibióticos: A penicilina deixou de ser o antibiótico de eleição, porque têm sido isoladas, nos últimos anos, estirpes produtoras de -lactamases. O CDC recomenda a utilização de uma cefalosporina de 3ª geração (ceftriaxona), na terapêutica empírica. Neisseria meningitidis Patrick Murray Cap.23 https://www.cdc.gov/meningococcal/ Características microbiológicas É o agente responsável pela meningite meningocócica; Possui uma cápsula polisacarídica antigénica, que protege a bactéria da fagocitose, e facilita a penetração na célula do hospedeiro (onde a replicação ocorre). Serve de base para a tipificação dos diferentes serogrupos; Actualmente podem separar-se os meningococos por métodos de aglutinação em vários serogrupos. Os mais importantes clinicamente, e que estão associados a doença endémica ou epidémica são os serogrupos A, B, C, X, Y e W-135 (antigénios capsulares); Em Portugal os serogrupos prevalentes são o B e o C (DGS); Coloração de Gram: diplococos Gram negativos em forma de grãos de café; É muito sensível à temperatura (perde rapidamente a viabilidade abaixo dos 35 - 37º.C). A N. menigitidis possui na sua parede celular um Lipo Oligo Sacárido (LOS) que promove a libertação de endotoxinas 5 A região com > incidência de N. meningitidis é uma faixa da África Subsariana conhecida como “cinturão da meningite ” com maior incidência do serogrupo A > 80%, seguindo-se os serogrupos C, X, e W135. Manifestações clínicas da doença meningocócica É uma doença altamente contagiosa, que ocorre preferencialmente no Inverno e Primavera. Ocorre em todas as idades com um pico na infância, e um 2º pico nos adolescentes e jovens adultos (15 a 24 anos). Meningite Meningocócica: Infecção purulenta das meninges. A meningite meningocócica tem um início abrupto com cefaleias, sinais meníngeos,febre e rigidez da nuca. Apresenta uma taxa de mortalidade muito elevada quando não tratada (ronda os 100%) e quando tratada precocemente baixa para 10% Meningococémia: é uma infecção disseminada (septicemia) que se pode ou não acompanhar de meningite. Acompanha-se de trombose dos pequenos vasos originando o aparecimento rápido de petéquias características, a nível da pele, que coalescem em largas zonas hemorrágcas Ver caso clinico Outras infecções causadas pela N. meningitidis incluem uma broncopneumonia mais frequentemente associada aos serogrupos Y e W 135 que apresenta um bom prognóstico. A transmissão da N. meningitidis, faz-se habitualmente por via respiratória, através de pequenas gotículas salivares. A N. meningitidis, pode colonizar transitoriamente a nasofaringe de alguns indivíduos saudáveis sem causar doença. O estado de portador assintomático nasofaríngeo, pode evoluir para doença invasiva. Os indivíduos que tiveram contacto com doentes com meningite meningocócica devem ser vigiados e efectuada quimioprofilaxia aos contactos íntimos. A doença invasiva meningocócica é uma doença de declaração obrigatória em Portugal. Cultura: colónias pequenas convexas acinzentadas, incubação durante 48 h a 35° C em CO2 Diagnóstico laboratorial Na suspeita de meningite meningocócica efectua-se:  Colheita de LCR;  Exame químico Proteínas ↑ >100 mg/dL, Glucose  40 mg/dL  Exame citológico: aumento de leucócitos, com predomínio de 6 polimorfonucleares (PMN);  Coloração de Gram: presença de diplococos Gram negativos em forma de rim (diagnóstico presuntivo);  Exame cultural: processar de imediato a amostra de LCR (conservar a amostra na estufa e nunca no frio pois a N. meningitidis perde a viabilidade) o Cultura em meio de gelose chocolate. o Identificação bioquímica e antibiograma  Testes de biologia molecular. A vacinação é efectuada com uma vacina conjugada polivalente (serotipos prevalentes) Desde 2006 foi incluído no plano nacional de vacinação (PNV) a vacina para a N. meningitidis grupo C, que é administrada aos 12 meses de idade. No final do ano de 2014 começou a ser comercializada uma nova vacina para a N. meningitidis do grupo B. É administrada a partir dos 2 meses de idade. Foi proposto pela DGS integrar no PNV a partir de 1 de Outubro de 2020 a vacina para a N. meningitidis do grupo B, para todas as crianças no primeiro ano de vida. Sensibilidade aos antibióticos Quando se inicia terapêutica empírica na meningite meningocócica, administrar uma cefalosporina de 3ª geração: cefotaxima ou ceftriaxona. Embora a penicilina seja a terapêutica de eleição, e porque estão descritas estirpes resistentes à penicilina, esta só deve ser administrada após a confirmação pelo antibiograma. Meningite / bacteriana Os microrganismos mais frequentemente associados a meningite bacteriana são:  A N. meningitidis o H. influenza e o S. pneumoniae,  No R.N a E. coli e o S. agalactiae  Nos restantes grupos o S. aureus, a Listeria monocytogenes e o M. tuberculosis Os sinais clínicos associados a uma meningite bacteriana compreendem:  Cefaleias, febre, Irritabilidade, confusão mental, convulsões ou coma.  Sinais de irritação meníngea como a rigidez da nuca, o sinal de Kerning, o sinal de Bruzinski`s ou o sinal de Laségue. 7 Diagnóstico laboratorial:  Efectuar colheita de sangue para leucograma (leucocitose com neutrofilia e desvio à esquerda), determinação da velocidade de sedimentação VS ↑ / PCR ↑;  Efectuar colheita para 2 set de hemoculturas em simultâneo;  Efectuar colheita do LCR. Ver Patrick Murray Cap 16 Cerebrospinal Fluid LCR  Efectuar colheita por punção lombar entre L3 e L4. Observar a pressão aumentada;  Na meningite bacteriana, o aspecto macroscópico do LCR é turvo (o aspecto macroscópico de um LCR normal é límpido, cristalino em “água de rocha”;  Efectuar exame citológico com contagem em câmara de Nageotte. Na meningite bacteriana: observa-se aumento da contagem de células, com predomínio de PMN, (contagem total de leucócitos no LCR> 10 /uL):  O exame químico do LCR, varia com o tipo de meningite (bacteriana / viral / tuberculosa);  Coloração de Gram: após concentração por centrifugação. Observar os microrganismos presentes, bacilos / cocos / Gram positivos / Gram negativos  Coloração de Ziehl-Neelsen para pesquisa de BAAR  Exame cultural: o Processar de imediato qualquer amostra de LCR o Conservar a amostra na estufa e nunca no frio pois a N. meningitidis perde a viabilidade o Efectuar cultura em meios que permitam o crescimento dos microrganismos responsáveis por meningite bacteriana (G. sangue, G chocolate e MacConkey) o Efectuar cultura para Mycobacterium tuberculosis em meio de Lowenstein (incubação 42 dias) o Efectuar exame cultural para fungos (meio de Saboraud) 8  Quando a quantidade de LCR é suficiente, inocular um frasco com meio de cultura líquido, que incuba 5 dias (permite uma melhor recuperação dos microrganismos)  Efectuar identificação bioquímica das colónias e antibiograma  Testes de biologia molecular: o São efectuados directamente a partir do LCR o De detecção rápida +/- 1 h → Film ArrayⓇ o Estão disponíveis painéis sindrómicos multiplex para identificação simultânea de bactérias, vírus e fungos associados a meningite e encefalite (14 alvos detectados)  Efectuar teste de VDRL no LCR para despiste da Neurosífilis. 9 2) Cocobacilos e bactérias Gram negativas exigentes Género Haemophilus Patrick Murray Cap. 24 https://www.cdc.gov/hi-disease/clinicians.html O género Haemophilus pertence à família das Pasteurellaceae. Possui várias espécies patogénicas para o Homem: H. influenzae - frequentemente associado a doença no Homem; H. parainfluenzae – comensal da boca raramente associado a doença no Homem; H. ducrey – doença rara nos países desenvolvidos. É responsável por uma doença sexualmente transmitida (DST), denominado cancro mole (cancroide). Haemophilus influenzae Características microbiológicas É um pequeno bacilo pleiomórfico ou cocobacilo Gram negativo, que pode apresentar estirpes capsuladas e não capsuladas. A cultura: necessita de meios ricos, como a gelose chocolate (gelose sangue aquecida a 60º.C). Temperatura de crescimento 35-37º C com um pH óptimo a 7.6. Incubação: cresce em aerobiose e numa atmosfera rica em CO2 (5%). Identificação: discos com factores V, X e V+X. Patogénese O H. influenzae pertence à flora saprófita humana e está presente na nasofaringe da grande maioria dos adultos e crianças saudáveis. É um agente patogénico estrito do Homem. Transmite-se por gotículas respiratórias. Estres capsuladas As estirpes mais virulentas de H. Influenzae são as formas capsuladas. Possuem uma cápsula polisacarídica com 6 serotipos antigénicos (serotipos a a f).  Nos países onde a vacina para o serotipo b é efectuada, a infecção por H. influenza tipo b deixou de ter a importância do passado, nomeadamente como causa de meningite.  Nos países onde a vacina não é efectuada o H. influenzae tipo b continua a ser o serotipo mais frequentemente associado a doença invasiva grave.  As estirpes de H. influenzae tipo b, podem ser isoladas no aparelho respiratório superior de indivíduos portadores intermitentes. As estirpes capsuladas de H.influenzae tipo b estão associadas a doença invasiva no Homem não imunizado: Meningite - estudo microbiológico do LCR; Epiglotite – faringite que se acompanha de febre e dificuldade respiratória; Bacteriémia; 10 O maior factor de virulência da H. influenzae tipo b, é a sua cápsula polisacarídica, que contem poliribitol fosfato (PRP). O PRP é utilizado: Na produção da vacina conjugada utilizada nos nossos dias. Na identificação laboratorial (detecção de antigénio nas amostras de LCR). Estirpes não capsuladas A grande maioria das estirpes de H. influenzae não capsuladas pertence à FSH. Porque não apresentam cápsula, não são tipáveis. São responsáveis por: Otite média e sinusite mais frequentes em crianças. Infecção respiratória inferior: Bronquite, pneumonia, principalmente em adultos e associada a Doença Pulmonar Crónica Obstrutiva (DPCO). Ver caso clínico Diagnóstico laboratorial O H, influenzae para crescer necessita da presença simultânea de factor X (haemina) e factor V (NAD). São utilizados discos impregnados com factor V, X e XV. Num resultado positivo observa-se só crescimento em volta do disco de factor X+V. Vacinação: Nos 1ºs meses de vida a criança apresenta algum grau de “imunidade passiva”, transferida pela mãe, que diminui progressivamente e atinge níveis mínimos, dos 2 meses aos 3 anos de idade. Estão disponíveis neste momento, diversas vacinas para o H.influenzae tipo b. A imunização activa deve ser iniciada aos 2 meses de idade, com uma vacina conjugada (PRP) Esta vacina passou a integrar o Plano Nacional de Vacinação a partir de 2000. 11 Género Brucella Patrick Murray Cap. 29 https://www.cdc.gov/brucellosis/clinicians/index.html É o agente responsável pela Brucelose, também conhecida como “Febre-de-malta” “Febre ondulante” ou “Febre Mediterrânica” ,“febre de Bang”. O seu nome deve-se ao facto de ter sido isolada pela primeira vez por David Bruce na ilha de Malta, e apresentar-se tipicamente com febre intermitente “ondulante” predominante nos países Mediterrânicos. É uma zoonose que infecta diversos animais, sendo o Homem, o hospedeiro acidental. Géneros de Brucella: B. abortus (gado), B. suis (suínos), B. melitensis (caprinos), B. canis (menos comum) A B. mellitensis é a responsável pela maioria das infecções no Homem (Brucelose). Transmissão Faz-se pelos animais ou por produtos animais contaminados; A porta de entrada mais frequente é a via digestiva, por ingestão de leite, ou de queijo não pasteurizado; A infecção por via cutânea é frequente nos trabalhadores rurais, nos veterinários, ou por contacto com placentas contaminadas; Outra via de transmissão é a via inalatória (potencial utilização como arma biológica); É responsável por uma doença profissional nos trabalhadores de laboratório (as amostras devem ser manipuladas em câmaras de segurança biológica); A Brucelose pode ser encontrada em todo o mundo, embora existam áreas endémicas, nomeadamente a bacia do Mediterrâneo. A doença manifesta-se de forma insidiosa. Apresenta-se com um síndrome febril arrastado, com fadiga, dores musculares e articulares. A Brucela é fagocitada pelos macrófagos e monócitos, e tem capacidade de formar granulomas em diversos órgãos. A Brucelose pode apresentar-se de forma aguda e pode evoluir para a cronicidade. A infecção crónica ocorre em doentes que não efectuaram a terapêutica correctamente (5%). Ver caso clínico Uma das complicações da Brucelose é o derrame articular e a artrite. 12 Características gerais: São pequenos cocobacilos Gram negativos que não possuem cápsula São microrganismos intracelulares Para crescer no laboratório necessitam de meios de cultura ricos (meio de gelose chocolate). São aeróbios estritos, necessitando algumas estirpes de CO2 para o crescimento inicial (B. abortus). São microrganismos de crescimento lento (incubação durante 2 a 3 semanas) Diagnóstico laboratorial: 1. Hemocultura: O diagnóstico definitivo da Brucelose é feito pelo isolamento do microrganismo no sangue circulante.  Incuba no mínimo 2 semanas nos sistemas automatizados. 2. Serologia: Testes rápidos de aglutinação – utilizam antigénios de B.abortus que reagem também com anticorpos da B. melitensis e B suis (reacção cruzada). * Teste de Rosa de Bengala: É um teste qualitativo, torna-se positivo precocemente após a infecção e permanece positivo durante largos períodos. * Teste de Wright: detecta a presença de IgG e IgM. É positivo de 10 – 15 dias após o início da infecção. Permite a titulação de anticorpos para seguir a evolução da doença. * Outros testes serológicos: para pesquisa de anticorpos no soro do doente; IgG, IgA e IgM. 3. Teste de biologia molecular: Começam a ser utilizados principalmente em laboratórios de referência Prevenção e controlo:  Vacinação dos animais  Abate dos animais infectados  Pasteurização do leite  Uso de luvas na manipulação dos animais (veterinários e tratadores de gado)  Medidas de segurança no laboratório Terapêutica: Doxiciclina durante 4 a 8 semanas 13 Género Bordetella: https://www.cdc.gov/pertussis/clinical/treatment.html Estão descritas 8 espécies, 4 delas associadas a doença no Homem: Bordetella pertussis Bordetella parapertussis Bordetella bronchiseptica Bordetella holmesii Bordetella pertussis É o microrganismo responsável pela Tosse Convulsa ou Coqueluche A Tosse Convulsa ocorre em todo o mundo. Sempre foi considerada uma doença pediátrica, controlada nos países desenvolvidos. Nos últimos anos têm vindo a observar-se um aumento no número de infecções, atingindo agora adolescentes e adultos (doença re-emergente) Características microbiológicas Cocobacilo Gram negativo pequeno Aeróbio estrito Que não cresce nos meios habituais de cultura Apresenta crescimento lento Transmissão: por aerossóis pessoa a pessoa Período de incubação: 7 a 10 dias após a exposição Tem-se observado um aumento da incidência da Tosse Convulsa nos últimos anos por:  Haver um maior número de casos declarados o Um melhor conhecimento da doença  Um melhor diagnóstico laboratorial, com os novos testes de biologia molecular  Pela menor eficácia da vacina acelular, com uma imunidade de menor duração  Pelo aparecimento crescente de mutantes de escape vacinal da B. pertussis 14 Manifestações clínicas A Tosse Convulsa apresenta 3 fases: Fase Catarral: apresentando-se como uma constipação vulgar que dura 1 a 2 semanas. Apresenta- se com rinorreia febre baixa, tosse ocasional; Fase Paroxística: 1 a 10 semanas, apresenta a sintomatologia típica da tosse convulsa com paroxismos de tosse seca que terminam com um “guincho inspiratório final”. Há formação de muco espesso, que é responsável pela obstrução das vias aéreas, pelas crises repetidas de tosse e pela dificuldade inspiratória e cianose; Fase Convalescente: (2 a 3 semanas), a duração depende da rapidez e da capacidade de regeneração do epitélio ciliado. Os paroxismos de tosse diminuem em número e em gravidade. Laboratório 1. Sangue periférico: leucocitose com linfocitose 2. Secreções da nasofaringe – testes de PCR Colheita secreções da nasofaringe (muco): com zaragatoa ou seringa, na parte posterior da nasofaringe, efectuada por via nasal Cultura: Não cresce nos meios habituais de cultura embora seja pouco exigente nutricionalmente. Usar meios de cultura suplementados com carvão, amido sangue ou albumina para absorver as substâncias tóxicas que produz durante o crescimento. Gelose de Bordet- Gengou ou Gelose de Regan e Lowe Biologia molecular São os testes mais específicos e sensíveis no diagnóstico da Tosse Convulsa, cada vez mais utilizados no diagnóstico da infecção. Estão disponíveis painéis sindrómicos com testes multiplex Serologia EIA Utilizado como teste confirmatório / estudos epidemiológicos 15 Terapêutica: macrólidos: A azitromicina e claritromicina são melhor tolerados e por isso os mais utilizados Vacina É dada em conjunto com a difteria e o tétano – vacina tríplice Tal como a doença, que confere somente uma imunidade temporária (4 a 20 anos), a vacina também não confere imunidade duradoura, e varia com o tipo de vacina – A vacina de células inteira foi abandonada, nos últimos anos, pelas complicações associadas.Existem 2 tipo de vacina acelular, 1 para crianças e outra para adultos. Com re-emergência, da tosse Convulsa, e para prevenir a doença nos lactentes com idade 10 CFU/mL As culturas quantitativas de LBA apresentam uma sensibilidade de ≈ 73%. Hemocultura Colher em simultâneo a amostra respiratória e hemoculturas, antes de iniciar antibioterapia. Processamento laboratorial 1. Colheita e conservação: a colheita deve ser feita para um recipiente esterilizado de boca larga com tampa de rosca, e a mostra deve ser transportada ao laboratório de imediato. Em caso de demora deve ser conservada no frigorífico a 2 - 8 °C. 2. Ver o aspecto macroscópico: não enviar amostras de expectoração com aspecto salivar. 3. Aspecto microscópico – fazer screening das amostras Tabela Murray Washington 4. Exame directo da amostra:  Coloração de Gram  Coloração de Ziehl - Neelsen 5. Exame cultural, efectuado nos meios de cultura onde crescem as bactérias mais frequentemente responsáveis por infecção do TRI. Em meios sólidos (Gelose sangue, Gelose chocolate, MacConkey. 6. Cultura em meio Lowenstein e Midlebrook na suspeita de tuberculose 7. Cultura para fungos quando solicitado (meio de Saboraud) 8. Identificação bioquímica e antibiograma das colónias suspeitas.  Os testes de biologia molecular (BM) têm vindo a ser cada vez mais utilizados no diagnóstico das infecções do TRI, principalmente nas infecções virais, nas pneumonias atípicas e na tosse convulsa. Pelo facto de as amostras do TRI serem, habitualmente, amostras pouco produtivas, os testes de BM disponíveis permitem efectuar o estudo em secreções nasofaríngeas colhidas por zaragatoa. Na suspeita de tuberculose pulmonar, efectuar testes de BM de pesquisa directa nas amostras biológicas (expectoração, BAL, líquido pleural).  Na infecção do TRI por S. pneumoniae e L. pneumophila, efectuar pesquisa de antigénios urinários por testes rápidos imunocromatográficos. 22

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